NA ----> NA
Intron 1 GTTTCTACCT ... CATGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.57 | 20 | 7 | 9 |
| A2 | 26.09 | 17 | 4 | 8 |
| A3 | 28.57 | 20 | 3 | 13 |
| A4 | 36.59 | 13 | 8 | 7 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 27.27 | 12 | 9 | 0 |
| A7 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A8 | 10 | 9 | 1 | 1 |
| A9 | 27.27 | 4 | 2 | 1 |
| A10 | 0 | 14 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformTGGCAAATGAGTTTGATATTCATAAGCTTCCTGTGCAAGATCCTCCATCTAAAGAGTTCTCTTCGTCTCATCTAACTTGGTACAAGTGTGAAGGACACCATCATACTGTTGACGAGATTGCTCTTATACCTTATGCTAGAGTTGAAGGTTTTTTAAAAGGGGAGTCTGATAATGTTGAATGTCCTACGCGATTTCGTATT
GAAGGTGGAAGGAAAAATGTAAGATTCAGTAGCACAAAACAGCGGAAACCTGCTGACTATTCCGAATTCAGGCTGTATTGGTGTGCATTTGGTCCAGATAACTATGGGGAGAGTGGAACTGTTTTGCCCAGCAAAAAGTTTAGAACGGGTGGGAGAAAAAGGGCTGTACGGCCACAAGCAATGCGAGGCTGCATGTGCCA
TTTCATAATTAAACGCTTATTTGTTCGACCACATGTTGCTGTCATTGTATACAACCAAAGGCAACATGTAGATAATACAGGTACAGTTTGCCATGGACCCCTTGATAGAAATGCTCTTGGGCCTCGAACTATGACACATCCCTATGTCTCAGATGAGCTTCGCCAACAAGCAATGTCAATGATATATTTGGGAATCTCTG
AGGAAAATATATTGCAGAAATATATTGAAGGTGCAGAGGCATTTGGTGGTTCTGGTAGTGGCGGTGATCTCGCTTCCAAATATGTACAGAAATTAGAGGTGGTTATTAAGCGGTCCACATATGAACTTGACCCTGATGATCTATCCAGTGTTCGAATCTGGGTTGAAAGACATCCAAAGAATGTGTTTTTCTACCAGGAT
TCCTCTGATACAGGTTCTTTTATTCTTGGGATTCAAACAGAATGGCAATTACAGCAAATGATTCGCTTTGGTAACAATAGTCTTGTAGCAGCTGACACAACGTTTGGAATTAACAAGCTCAAGGTTCCCATCACTGCTCGTGTATCCTTTGTACACTCTTCTTGTCTTCGATTCAAACCACCACGCACTCCCTGCTGCAT
GGGTTATTACACGAAGTTTTGCAAGTGACGATGTTCGCAAGTGGACCGGAGCACTTCATGACAGAATCCATGCCAAGGATCCTTCATGGAAGCTGACCGGTTTCACAGTTGATGACGCAGCAACAGAGATAGCTACAATTAGAGATGTGTTTCAGTGTCCTTTATTGCTATGTCTGTGGCGTGTTCGTCGAGCATGGCTT
AAAAACATTACAAAGACATGTAGCAATATGGAGGTGCGGCGAGAGATGTTTAAGCGCCTTGGGCATATCATGTATAGCACTTGGACTGGAGTTGATTCTGTAGATGCCGTGGCAGAATTTATTCAGGATTTTGTAGACCAGAGTGCCTTCTTGAAATATTTTAAATCACGATGGGTGCCCAAAATAGAGATGTGGCTCGC
TGCAATGAAGATTCTCCCACTTGCAAGTCAGGAGACATGTGGTGCTTTTGAATCATACCATGCTAGGCTGAAGACTAGGTTATTTGATGAGTTGGACATTGCTGCATGCCAGCGGGTTGATTGGTTGGTGCACAAGCTGATCACTGAGGTGCATTCTTGCTATTGGCTTGATCAATATGCAGGAGAAAGTGGCTTGCTTG
GAAACATAAGAGAGCAATACATTAATTCCACCTCATGGCACAGAGCAGTTCAAATCCCAGACTCTGATGTTATCTTGAATAATGAAGATCTTCGCTTTGCAAAGGTCGTCAGCCAAAGTGATCGCACACAAACACATGTTGTGTGGAATCCAGGTTCAGAGTTTGCACTTTGTGATTGTTCTTGGTCAATGCTAGGCTAT
CTTTGCAAACATGTTATTAAGGTTAACATGGTTTGTTGTAACCGTCAAGTGGCTCAGCCATCAATGTCTTTTCATACTTATCATCATGTGTTGCTTAGTTTATGGCAAAATTCTCCTGATGATTCAATTGCTCTTGACCGTGCCTCAGCACGAGTTATTCACATGCAGCGGGATCTTCAGAGGGTTGTAGAGCTATACAA
CTTTAGTGGTGTTAACTCTTTATTGAATTCATTCTCTGTTAAGTGGATTGGAAAGAAACGCAGAACACTTAAGCATAAAGCTATTACATATCAACATTATGATTCATTGGGTATGGGTACTGTTGCAACA
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATTCGATTTTCAGAGATGGCAAATGAGTTTGATATTCATAAGCTTCCTGTGCAAGATCCTCCATCTAAAGAGTTCTCTTCGTCTCATCTAACTTGGTACAAGTGTGAAGGACACCATCATACTGTTGACGAGATTGCTCTTATACCTTATGCTAGAGTTGAAGGTTTTTTAAAAGGGGAGTCTGATAATGTTGAATGTCC
TACGCGATTTCGTATTGAAGGTGGAAGGAAAAATGTAAGATTCAGTAGCACAAAACAGCGGAAACCTGCTGACTATTCCGAATTCAGGCTGTATTGGTGTGCATTTGGTCCAGATAACTATGGGGAGAGTGGAACTGTTTTGCCCAGCAAAAAGTTTAGAACGGGTGGGAGAAAAAGGGCTGTACGGCCACAAGCAATGC
GAGGCTGCATGTGCCATTTCATAATTAAACGCTTATTTGTTCGACCACATGTTGCTGTCATTGTATACAACCAAAGGCAACATGTAGATAATACAGGTACAGTTTGCCATGGACCCCTTGATAGAAATGCTCTTGGGCCTCGAACTATGACACATCCCTATGTCTCAGATGAGCTTCGCCAACAAGCAATGTCAATGATA
TATTTGGGAATCTCTGAGGAAAATATATTGCAGAAATATATTGAAGGTGCAGAGGCATTTGGTGGTTCTGGTAGTGGCGGTGATCTCGCTTCCAAATATGTACAGAAATTAGAGGTGGTTATTAAGCGGTCCACATATGAACTTGACCCTGATGATCTATCCAGTGTTCGAATCTGGGTTGAAAGACATCCAAAGAATGT
GTTTTTCTACCAGGATTCCTCTGATACAGGTTCTTTTATTCTTGGGATTCAAACAGAATGGCAATTACAGCAAATGATTCGCTTTGGTAACAATAGTCTTGTAGCAGCTGACACAACGTTTGGAATTAACAAGCTCAAGGTTCCCATCACTGCTCGTGgtttctacctgccctcttacatttttttgagtgcacgtgaaa
gagataaattgaccctgacattatcttttgcatggtgcagTATCCTTTGTACACTCTTCTTGTCTTCGATTCAAACCACCACGCACTCCCTGCTGCATGGGTTATTACACGAAGTTTTGCAAGTGACGATGTTCGCAAGTGGACCGGAGCACTTCATGACAGAATCCATGCCAAGGATCCTTCATGGAAGCTGACCGGTT
TCACAGTTGATGACGCAGCAACAGAGATAGCTACAATTAGAGATGTGTTTCAGTGTCCTTTATTGCTATGTCTGTGGCGTGTTCGTCGAGCATGGCTTAAAAACATTACAAAGACATGTAGCAATATGGAGGTGCGGCGAGAGATGTTTAAGCGCCTTGGGCATATCATGTATAGCACTTGGACTGGAGTTGATTCTGTA
GATGCCGTGGCAGAATTTATTCAGGATTTTGTAGACCAGAGTGCCTTCTTGAAATATTTTAAATCACGATGGGTGCCCAAAATAGAGATGTGGCTCGCTGCAATGAAGATTCTCCCACTTGCAAGTCAGGAGACATGTGGTGCTTTTGAATCATACCATGCTAGGCTGAAGACTAGGTTATTTGATGAGTTGGACATTGC
TGCATGCCAGCGGGTTGATTGGTTGGTGCACAAGCTGATCACTGAGGTGCATTCTTGCTATTGGCTTGATCAATATGCAGGAGAAAGTGGCTTGCTTGGAAACATAAGAGAGCAATACATTAATTCCACCTCATGGCACAGAGCAGTTCAAATCCCAGACTCTGATGTTATCTTGAATAATGAAGATCTTCGCTTTGCAA
AGGTCGTCAGCCAAAGTGATCGCACACAAACACATGTTGTGTGGAATCCAGGTTCAGAGTTTGCACTTTGTGATTGTTCTTGGTCAATGCTAGGCTATCTTTGCAAACATGTTATTAAGGTTAACATGGTTTGTTGTAACCGTCAAGTGGCTCAGCCATCAATGTCTTTTCATACTTATCATCATGTGTTGCTTAGTTTA
TGGCAAAATTCTCCTGATGATTCAATTGCTCTTGACCGTGCCTCAGCACGAGTTATTCACATGCAGCGGGATCTTCAGAGGGTTGTAGAGCTATACAACTTTAGTGGTGTTAACTCTTTATTGAATTCATTCTCTGTTAAGTGGATTGGAAAGAAACGCAGAACACTTAAGCATAAAGCTATTACATATCAACATTATGA
TTCATTGGGTATGGGTACTGTTGCAACA
Intron 2 GTTCCCATCA ... CATGGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.67 | 22 | 7 | 9 |
| A2 | 27.59 | 21 | 8 | 8 |
| A3 | 28.81 | 21 | 4 | 13 |
| A4 | 34.88 | 14 | 8 | 7 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 27.27 | 12 | 9 | 0 |
| A7 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A8 | 5.26 | 9 | 0 | 1 |
| A9 | 27.27 | 4 | 2 | 1 |
| A10 | 5.88 | 16 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformGCCAGAGAGGAGGGGCATGGCAGCTCGACGCTAGAATAGTTAGGGGTAGAAAAGGTGGGAGTGGAGATCCCGGTAAGAATGAGTGGATAGAGATCTTGTCTTTGCGCCAATAAGCAGAGGGTTTTCTCCAAGAGGGCCAAAAGGATATCGTGCAGTGCATTGAAGTTTCTCTTTGCATGGGAGTTGGAGCCACGGGGAAA
TAACAAGTCTCTACACCAAGAACCCCGATCGAGGTGGAATGGAGTGGACGGATCATAGGAGTTTGATCCCATTATGCCATTGTCTTAGTTATGGTCGCGAAATGGCAGAAATTCAAGAGGACAGCCTTCAAGAAGTTCTAGAGGAAACAGTTGAAATGGCAAATGAGTTTGATATTCATAAGCTTCCTGTGCAAGATCCT
CCATCTAAAGAGTTCTCTTCGTCTCATCTAACTTGGTACAAGTGTGAAGGACACCATCATACTGTTGACGAGATTGCTCTTATACCTTATGCTAGAGTTGAAGGTTTTTTAAAAGGGGAGTCTGATAATGTTGAATGTCCTACGCGATTTCGTATTGAAGGTGGAAGGAAAAATGTAAGATTCAGTAGCACAAAACAGCG
GAAACCTGCTGACTATTCCGAATTCAGGCTGTATTGGTGTGCATTTGGTCCAGATAACTATGGGGAGAGTGGAACTGTTTTGCCCAGCAAAAAGTTTAGAACGGGTGGGAGAAAAAGGGCTGTACGGCCACAAGCAATGCGAGGCTGCATGTGCCATTTCATAATTAAACGCTTATTTGTTCGACCACATGTTGCTGTCA
TTGTATACAACCAAAGGCAACATGTAGATAATACAGGTACAGTTTGCCATGGACCCCTTGATAGAAATGCTCTTGGGCCTCGAACTATGACACATCCCTATGTCTCAGATGAGCTTCGCCAACAAGCAATGTCAATGATATATTTGGGAATCTCTGAGGAAAATATATTGCAGAAATATATTGAAGGTGCAGAGGCATTT
GGTGGTTCTGGTAGTGGCGGTGATCTCGCTTCCAAATATGTACAGAAATTAGAGGTGGTTATTAAGCGGTCCACATATGAACTTGACCCTGATGATCTATCCAGTGTTCGAATCTGGGTTGAAAGACATCCAAAGAATGTGTTTTTCTACCAGGATTCCTCTGATACAGGTTCTTTTATTCTTGGGATTCAAACAGAATG
GCAATTACAGCAAATGATTCGCTTTGGTAACAATAGTCTTGTAGCAGCTGACACAACGTTTGGAATTAACAAGCTCAAGTATCCTTTGTACACTCTTCTTGTCTTCGATTCAAACCACCACGCACTCCCTGCTGCATGGGTTATTACACGAAGTTTTGCAAGTGACGATGTTCGCAAGTGGACCGGAGCACTTCATGACA
GAATCCATGCCAAGGATCCTTCATGGAAGCTGACCGGTTTCACAGTTGATGACGCAGCAACAGAGATAGCTACAATTAGAGATGTGTTTCAGTGTCCTTTATTGCTATGTCTGTGGCGTGTTCGTCGAGCATGGCTTAAAAACATTACAAAGACATGTAGCAATATGGAGGTGCGGCGAGAGATGTTTAAGCGCCTTGGG
CATATCATGTATAGCACTTGGACTGGAGTTGATTCTGTAGATGCCGTGGCAGAATTTATTCAGGATTTTGTAGACCAGAGTGCCTTCTTGAAATATTTTAAATCACGATGGGTGCCCAAAATAGAGATGTGGCTCGCTGCAATGAAGATTCTCCCACTTGCAAGTCAGGAGACATGTGGTGCTTTTGAATCATACCATGC
TAGGCTGAAGACTAGGTTATTTGATGAGTTGGACATTGCTGCATGCCAGCGGGTTGATTGGTTGGTGCACAAGCTGATCACTGAGGTGCATTCTTGCTATTGGCTTGATCAATATGCAGGAGAAAGTGGCTTGCTTGGAAACATAAGAGAGCAATACATTAATTCCACCTCATGGCACAGAGCAGTTCAAATCCCAGACT
CTGATGTTATCTTGAATAATGAAGATCTTCGCTTTGCAAAGGTCGTCAGCCAAAGTGATCGCACACAAACACATGTTGTGTGGAATCCAGGTTCAGAGTTTGCACTTTGTGATTGTTCTTGGTCAATGCTAGGCTATCTTTGCAAACATGTTATTAAGGTTAACATGGTTTGTTGTAACCGTCAAGTGGCTCAGCCATCA
ATGTCTTTTCATACTTATCATCATGTGTTGCTTAGTTTATGGCAAAATTCTCCTGATGATTCAATTGCTCTTGACCGTGCCTCAGCACGAGTTATTCACATGCAGCGGGATCTTCAGAGGGTTGTAGAGCTATACAACTTTAGTGGTGTTAACTCTTTATTGAATTCATTCTCTGTTAAGTGGATTGGAAAGAAACGCAG
AACACTTAAGCATAAAGCTATTACATATCAACATTATGATTCATTGGGTATGGGTACTGTTGCAACA
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i11 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATTCGATTTTCAGAGATGGCAAATGAGTTTGATATTCATAAGCTTCCTGTGCAAGATCCTCCATCTAAAGAGTTCTCTTCGTCTCATCTAACTTGGTACAAGTGTGAAGGACACCATCATACTGTTGACGAGATTGCTCTTATACCTTATGCTAGAGTTGAAGGTTTTTTAAAAGGGGAGTCTGATAATGTTGAATGTCC
TACGCGATTTCGTATTGAAGGTGGAAGGAAAAATGTAAGATTCAGTAGCACAAAACAGCGGAAACCTGCTGACTATTCCGAATTCAGGCTGTATTGGTGTGCATTTGGTCCAGATAACTATGGGGAGAGTGGAACTGTTTTGCCCAGCAAAAAGTTTAGAACGGGTGGGAGAAAAAGGGCTGTACGGCCACAAGCAATGC
GAGGCTGCATGTGCCATTTCATAATTAAACGCTTATTTGTTCGACCACATGTTGCTGTCATTGTATACAACCAAAGGCAACATGTAGATAATACAGGTACAGTTTGCCATGGACCCCTTGATAGAAATGCTCTTGGGCCTCGAACTATGACACATCCCTATGTCTCAGATGAGCTTCGCCAACAAGCAATGTCAATGATA
TATTTGGGAATCTCTGAGGAAAATATATTGCAGAAATATATTGAAGGTGCAGAGGCATTTGGTGGTTCTGGTAGTGGCGGTGATCTCGCTTCCAAATATGTACAGAAATTAGAGGTGGTTATTAAGCGGTCCACATATGAACTTGACCCTGATGATCTATCCAGTGTTCGAATCTGGGTTGAAAGACATCCAAAGAATGT
GTTTTTCTACCAGGATTCCTCTGATACAGGTTCTTTTATTCTTGGGATTCAAACAGAATGGCAATTACAGCAAATGATTCGCTTTGGTAACAATAGTCTTGTAGCAGCTGACACAACGTTTGGAATTAACAAGCTCAAGgttcccatcactgctcgtggtttctacctgccctcttacatttttttgagtgcacgtgaaa
gagataaattgaccctgacattatcttttgcatggtgcagTATCCTTTGTACACTCTTCTTGTCTTCGATTCAAACCACCACGCACTCCCTGCTGCATGGGTTATTACACGAAGTTTTGCAAGTGACGATGTTCGCAAGTGGACCGGAGCACTTCATGACAGAATCCATGCCAAGGATCCTTCATGGAAGCTGACCGGTT
TCACAGTTGATGACGCAGCAACAGAGATAGCTACAATTAGAGATGTGTTTCAGTGTCCTTTATTGCTATGTCTGTGGCGTGTTCGTCGAGCATGGCTTAAAAACATTACAAAGACATGTAGCAATATGGAGGTGCGGCGAGAGATGTTTAAGCGCCTTGGGCATATCATGTATAGCACTTGGACTGGAGTTGATTCTGTA
GATGCCGTGGCAGAATTTATTCAGGATTTTGTAGACCAGAGTGCCTTCTTGAAATATTTTAAATCACGATGGGTGCCCAAAATAGAGATGTGGCTCGCTGCAATGAAGATTCTCCCACTTGCAAGTCAGGAGACATGTGGTGCTTTTGAATCATACCATGCTAGGCTGAAGACTAGGTTATTTGATGAGTTGGACATTGC
TGCATGCCAGCGGGTTGATTGGTTGGTGCACAAGCTGATCACTGAGGTGCATTCTTGCTATTGGCTTGATCAATATGCAGGAGAAAGTGGCTTGCTTGGAAACATAAGAGAGCAATACATTAATTCCACCTCATGGCACAGAGCAGTTCAAATCCCAGACTCTGATGTTATCTTGAATAATGAAGATCTTCGCTTTGCAA
AGGTCGTCAGCCAAAGTGATCGCACACAAACACATGTTGTGTGGAATCCAGGTTCAGAGTTTGCACTTTGTGATTGTTCTTGGTCAATGCTAGGCTATCTTTGCAAACATGTTATTAAGGTTAACATGGTTTGTTGTAACCGTCAAGTGGCTCAGCCATCAATGTCTTTTCATACTTATCATCATGTGTTGCTTAGTTTA
TGGCAAAATTCTCCTGATGATTCAATTGCTCTTGACCGTGCCTCAGCACGAGTTATTCACATGCAGCGGGATCTTCAGAGGGTTGTAGAGCTATACAACTTTAGTGGTGTTAACTCTTTATTGAATTCATTCTCTGTTAAGTGGATTGGAAAGAAACGCAGAACACTTAAGCATAAAGCTATTACATATCAACATTATGA
TTCATTGGGTATGGGTACTGTTGCAACA
Intron 3 GTACAATACC ... TGTATTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.29 | 11 | 6 | 1 |
| A2 | 35 | 13 | 7 | 0 |
| A3 | 50 | 10 | 10 | 6 |
| A4 | 18.75 | 13 | 3 | 4 |
| A5 | 42.86 | 4 | 3 | 0 |
| A6 | 21.43 | 11 | 3 | 0 |
| A7 | 37.04 | 17 | 10 | 1 |
| A8 | 8.33 | 22 | 2 | 0 |
| A9 | 46.67 | 8 | 7 | 0 |
| A10 | 33.33 | 8 | 4 | 1 |
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformGGTATGGGTACTGTTGCAACAAGTAGAAATGCCGATACAGTTCACGCTAATGAGCATAGAGATGTTACGGATCAGCATCCTGATTCACTGGGTACAGGTACTATTGCAACAGTTAGGAATGCTGTGACAGTTCGAGCCAATGGTTCAGCTAGTCGTCGCAAAAAAGGTTGGAAACTAAAGTTGAAGGAGAAATCAGCATG
ACATGGGCTGGATAGTTAATGATGGAATCATGATACAAATCAACAAAACCATCTTCTACAACAACAATGACGATAGCTTGACTGGTGATTAGAGTTGGATGTTGCCTTTTTCCAATGGTGTGAATTCAATACAAGGAAGACGTGCTATGGTTATTGTTCATGTTCTAAATTTCAGCTCCTCTTCCTACGATGCAAAGCAT
TTTTGCAAGTACACTGCTGGTTTTGCACTTTAATGGATGCATGGAATGATTCTGCTGGGTTGAAAGGGTACATTCCAGCAATTAAAAATGCTTCAGATGGCAAATGAGTTTGATAT
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGTATGGGTACTGTTGCAACAAGTAGAAATGCCGATACAGTTCACGCTAATGAGCATAGAGATGTTACGGATCAGCATCCTGATTCACTGGGTACAGGTACTATTGCAACAGTTAGGAATGCTGTGACAGTTCGAGCCAATGGTTCAGCTAGTCGTCGCAAAAAAGGTTGGAAACTAAAGTTGAAGGAGAAATCAGCATG
ACATGGGCTGGATAGTTAATGATGGAATCATGATACAAATCAACAAAACCATCTTCTACAACAACAATGACGATAGCTTGACTGGTGATTAGAGTTGGATGTTGCCTTTTTCCAATGGTGTGAATTCAATACAAGGAAGACGTGCTATGGTTATTGTTCATGTTCTAAATTTCAGCTCCTCTTCCTACGATGCAAAGCAT
TTTTGCAAGTACACTgtacaatacctaactgatgagcatttgatgttttgactaaacatacatctttagcgcttcttcaattttagtttgttgaagatgtcagcatatcgaaatgatgctttataggttgtatccggcaaaaggtagtcaattgatttttatcttaggaatttactatggcagttttgaaggctcttaac
tgtttgatattcttatccgctgtcatcatatttctgtattttagGCTGGTTTTGCACTTTAATGGATGCATGGAATGATTCTGCTGGGTTGAAAGGGTACATTCCAGCAATTAAAAATGCTTCAGGTTAGCACATCACCTTTGCTGTTTCCTTTGCTGGTTTTTGTTTCTAGGTTCCATTTTATTACTTGGATGAGTCAG
CGTTAACTTTACTCAGTGGTTTTCTTATGAAGAAAGTTGATCAGCTACAATGCAAATAATAGGTTTTTAATATTTATTGCTTTCTCTTAATGACAAGGATTATCATAGTTTTACCTTTTTTCTTTTTTCTTTTCTGTTATTTGAATTATAAACCCTTGAGACTTGAAGTGCATATTCCACTATCAATCTTGTTACATTCT
TGAACTATATATCATAATTTAATTTCACTGAATTGATTCAATTCCATTCTTACATAAGCAAGTATTCAAAATTTCAAATTTTGAGGACAAAAATGCTTTAACTGGCCATAGCATTTGTTTGGTTTTCTCCAAAAGGAGACAACTCGATGGTGACAACTCTGTGCTGATTTTCATTGTTGTATTTATTTTGTTCTGCACCA
TTCTTCTGTGAGGTTAATGACGTCTGACACCAGTCCTTGCATGCAAATAACATTATTGTTGTGTCTCTCTGATCTTTTGTTGTAGTCGCTATGTGGAGGAAGTGCC
Intron 4 GTACATATTA ... TGCTGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.14 | 11 | 1 | 6 |
| A2 | 31.58 | 13 | 4 | 8 |
| A3 | 17.24 | 12 | 3 | 2 |
| A4 | 37.5 | 10 | 5 | 7 |
| A5 | 16.67 | 5 | 0 | 2 |
| A6 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A7 | 25 | 3 | 0 | 2 |
| A8 | 29.41 | 6 | 2 | 3 |
| A9 | 25 | 6 | 2 | 2 |
| A10 | 26.32 | 14 | 4 | 6 |
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformGCCAGAGAGGAGGGGCATGGCAGCTCGACGCTAGAATAGTTAGGGGTAGAAAAGGTGGGAGTGGAGATCCCGGTAAGAATGAGTGGATAGAGATCTTGTCTTTGCGCCAATAAGCAGAGGGTTTTCTCCAAGAGGGCCAAAAGGATATCGTGCAGTGCATTGAAGTTTCTCTTTGCATGGGAGTTGGAGCCACGGGGAAA
TAACAAGTCTCTACACCAAGAACCCCGATCGAGGTGGAATGGAGTGGACGGATCATAGGAGTTTGATCCCATTATGCCATTGTCTTAGTTATGGTCGCGAAATGGCAGAAATTCAAGAGGACAGCCTTCAAGAAGTTCTAGAGGAAACAGTTGAAATGGCAAATGAGTTTGATATTCATAAGCTTCCTGTGCAAGATCCT
CCATCTAAAGAGTTCTCTTCGTCTCATCTAACTTGGTACAAGTGTGAAGGACACCATCATACTGTTGACGAGATTGCTCTTATACCTTATGCTAGAGTTGAAGGTTTTTTAAAAGGGGAGTCTGATAATGTTGAATGTCCTACGCGATTTCGTATTGAAGGTGGAAGGAAAAATGTAAGATTCAGTAGCACAAAACAGCG
GAAACCTGCTGACTATTCCGAATTCAGGCTGTATTGGTGTGCATTTGGTCCAGATAACTATGGGGAGAGTGGAACTGTTTTGCCCAGCAAAAAGTTTAGAACGGGTGGGAGAAAAAGGGCTGTACGGCCACAAGCAATGCGAGGCTGCATGTGCCATTTCATAATTAAACGCTTATTTGTTCGACCACATGTTGCTGTCA
TTGTATACAACCAAAGGCAACATGTAGATAATACAGGTACAGTTTGCCATGGACCCCTTGATAGAAATGCTCTTGGGCCTCGAACTATGACACATCCCTATGTCTCAGATGAGCTTCGCCAACAAGCAATGTCAATGATATATTTGGGAATCTCTGAGGAAAATATATTGCAGAAATATATTGAAGGTGCAGAGGCATTT
GGTGGTTCTGGTAGTGGCGGTGATCTCGCTTCCAAATATGTACAGAAATTAGAGGTGGTTATTAAGCGGTCCACATATGAACTTGACCCTGATGATCTATCCAGTGTTCGAATCTGGGTTGAAAGACATCCAAAGAATGTGTTTTTCTACCAGGATTCCTCTGATACAGGTTCTTTTATTCTTGGGATTCAAACAGAATG
GCAATTACAGCAAATGATTCGCTTTGGTAACAATAGTCTTGTAGCAGCTGACACAACGTTTGGAATTAACAAGCTCAAGTATCCTTTGTACACTCTTCTTGTCTTCGATTCAAACCACCACGCACTCCCTGCTGCATGGGTTATTACACGAAGTTTTGCAAGTGACGATGTTCGCAAGTGGACCGGAGCACTTCATGACA
GAATCCATGCCAAGGATCCTTCATGGAAGCTGACCGGTTTCACAGTTGATGACGCAGCAACAGAGATAGCTACAATTAGAGATGTGTTTCAGTGTCCTTTATTGCTATGTCTGTGGCGTGTTCGTCGAGCATGGCTTAAAAACATTACAAAGACATGTAGCAATATGGAGGTGCGGCGAGAGATGTTTAAGCGCCTTGGG
CATATCATGTATAGCACTTGGACTGGAGTTGATTCTGTAGATGCCGTGGCAGAATTTATTCAGGATTTTGTAGACCAGAGTGCCTTCTTGAAATATTTTAAATCACGATGGGTGCCCAAAATAGAGATGTGGCTCGCTGCAATGAAGATTCTCCCACTTGCAAGTCAGGAGACATGTGGTGCTTTTGAATCATACCATGC
TAGGCTGAAGACTAGGTTATTTGATGAGTTGGACATTGCTGCATGCCAGCGGGTTGATTGGTTGGTGCACAAGCTGATCACTGAGGTGCATTCTTGCTATTGGCTTGATCAATATGCAGGAGAAAGTGGCTTGCTTGGAAACATAAGAGAGCAATACATTAATTCCACCTCATGGCACAGAGCAGTTCAAATCCCAGACT
CTGATGTTATCTTGAATAATGAAGATCTTCGCTTTGCAAAGGTCGTCAGCCAAAGTGATCGCACACAAACACATGTTGTGTGGAATCCAGGTTCAGAGTTTGCACTTTGTGATTGTTCTTGGTCAATGCTAGGCTATCTTTGCAAACATGTTATTAAGGTTAACATGGTTTGTTGTAACCGTCAAGTGGCTCAGCCATCA
ATGTCTTTTCATACTTATCATCATGTGTTGCTTAGTTTATGGCAAAATTCTCCTGATGATTCAATTGCTCTTGACCGTGCCTCAGCACGAGTTATTCACATGCAGCGGGATCTTCAGAGGGTTGTAGAGCTATACAACTTTAGTGGTGTTAACTCTTTATTGAATTCATTCTCTGTTAAGTGGATTGGAAAGAAACGCAG
AACACTTAAGCATAAAGCTATTACATATCAACATTATGATTCATTGGGTATGGGTACTGTTGCAACA
>TRINITY_DN101016_c0_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCCAGAGAGGAGGGGCATGGCAGCTCGACGCTAGAATAGTTAGGGGTAGAAAAGGTGGGAGTGGAGATCCCGGTAAGAATGAGTGGATAGAGATCTTGTCTTTGCGCCAATAAGCAGAGGGTTTTCTCCAAGAGGGCCAAAAGGATATCGTGCAGTGCATTGAAGTTTCTCTTTGCATGGGAGTTGGAGCCACGGGGAAA
TAACAAGTCTCTACACCAAGAACCCCGATCGAGGTGGAATGGAGTGGACGGATCATAGGAGTTTGATCCCATTATGCCATTGTCTTAGTTATGGTCGCGAAATGGCAGATGGCAAATGAGTTTGATATTCATAAGCTTCCTGTGCAAGATCCTCCATCTAAAGAGTTCTCTTCGTCTCATCTAACTTGGTACAAGTGTGA
AGGACACCATCATACTGTTGACGAGATTGCTCTTATACCTTATGCTAGAGTTGAAGGTTTTTTAAAAGGGGAGTCTGATAATGTTGAATGTCCTACGCGATTTCGTATTGAAGGTGGAAGGAAAAATGTAAGATTCAGTAGCACAAAACAGCGGAAACCTGCTGACTATTCCGAATTCAGGCTGTATTGGTGTGCATTTG
GTCCAGATAACTATGGGGAGAGTGGAACTGTTTTGCCCAGCAAAAAGTTTAGAACGGGTGGGAGAAAAAGGGCTGTACGGCCACAAGCAATGCGAGGCTGCATGTGCCATTTCATAATTAAACGCTTATTTGTTCGACCACATGTTGCTGTCATTGTATACAACCAAAGGCAACATGTAGATAATACAGGTACAGTTTGC
CATGGACCCCTTGATAGAAATGCTCTTGGGCCTCGAACTATGACACATCCCTATGTCTCAGATGAGCTTCGCCAACAAGCAATGTCAATGATATATTTGGGAATCTCTGAGGAAAATATATTGCAGAAATATATTGAAGGTGCAGAGGCATTTGGTGGTTCTGGTAGTGGCGGTGATCTCGCTTCCAAATATGTACAGAA
ATTAGAGGTGGTTATTAAGCGGTCCACATATGAACTTGACCCTGATGATCTATCCAGTGTTCGAATCTGGGTTGAAAGACATCCAAAGAATGTGTTTTTCTACCAGGATTCCTCTGATACAGGTTCTTTTATTCTTGGGATTCAAACAGAATGGCAATTACAGCAAATGATTCGCTTTGGTAACAATAGTCTTGTAGCAG
CTGACACAACGTTTGGAATTAACAAGCTCAAGTATCCTTTGTACACTCTTCTTGTCTTCGATTCAAACCACCACGCACTCCCTGCTGCATGGGTTATTACACGAAGTTTTGCAAGTGACGATGTTCGCAAGTGGACCGGAGCACTTCATGACAGAATCCATGCCAAGGATCCTTCATGGAAGCTGACCGGTTTCACAGTT
GATGACGCAGCAACAGAGATAGCTACAATTAGgtacatattacaactgcattgctttttaatcttaagttgttgagtcttgtgtgcttggaattatttatgagtggttgaattgtaattgctggggcttggcctttaactgtaggaatacttctaaagtcacctaattgctggggcttgaactgtaggaatacttctaaa
gtcacctagtttatgctgtacagAGATGTGTTTCAGTGTCCTTTATTGCTATGTCTGTGGCGTGTTCGTCGAGCATGGCTTAAAAACATTACAAAGACATGTAGCAATATGGAGGTGCGGCGAGAGATGTTTAAGCGCCTTGGGCATATCATGTATAGCACTTGGACTGGAGTTGATTCTGTAGATGCCGTGGCAGAATT
TATTCAGGATTTTGTAGACCAGAGTGCCTTCTTGAAATATTTTAAATCACGATGGGTGCCCAAAATAGAGATGTGGCTCGCTGCAATGAAGATTCTCCCACTTGCAAGTCAGGAGACATGTGGTGCTTTTGAATCATACCATGCTAGGCTGAAGACTAGGTTATTTGATGAGTTGGACATTGCTGCATGCCAGCGGGTTG
ATTGGTTGGTGCACAAGCTGATCACTGAGGTGCATTCTTGCTATTGGCTTGATCAATATGCAGGAGAAAGTGGCTTGCTTGGAAACATAAGAGAGCAATACATTAATTCCACCTCATGGCACAGAGCAGTTCAAATCCCAGACTCTGATGTTATCTTGAATAATGAAGATCTTCGCTTTGCAAAGGTCGTCAGCCAAAGT
GATCGCACACAAACACATGTTGTGTGGAATCCAGGTTCAGAGTTTGCACTTTGTGATTGTTCTTGGTCAATGCTAGGCTATCTTTGCAAACATGTTATTAAGGTTAACATGGTTTGTTGTAACCGTCAAGTGGCTCAGCCATCAATGTCTTTTCATACTTATCATCATGTGTTGCTTAGTTTATGGCAAAATTCTCCTGA
TGATTCAATTGCTCTTGACCGTGCCTCAGCACGAGTTATTCACATGCAGCGGGATCTTCAGAGGGTTGTAGAGCTATACAACTTTAGTGGTGTTAACTCTTTATTGAATTCATTCTCTGTTAAGTGGATTGGAAAGAAACGCAGAACACTTAAGCATAAAGCTATTACATATCAACATTATGATTCATTGGGTATGGGTA
CTGTTGCAACA