sp|Q941R4|GONS1_ARATH ----> GDP-mannose transporter GONST1
Intron 1 GTAGAGTTAT ... CAAACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.5 | 15 | 12 | 6 |
| A2 | 41.77 | 23 | 26 | 7 |
| A3 | 32.56 | 29 | 19 | 9 |
| A4 | 34.44 | 31.4 | 22 | 11 |
| A5 | 59.72 | 8.4 | 13 | 12 |
| A6 | 28.21 | 14 | 6 | 5 |
| A7 | 23.81 | 24 | 14 | 1 |
| A8 | 29.07 | 6.1 | 4 | 1 |
| A9 | 26.67 | 11 | 6 | 2 |
| A10 | 19.89 | 16.1 | 2 | 6 |
>TRINITY_DN122311_c1_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCGACATCATGGGCGTGCCAAGTTAGGGGCTCGGCGTGTGGGCAGCATGGCATGGGGCGTGGGCGTAACAAGACGTGTTGGCAAAATGACCAAGGCGTGGGCATACAAGTGGGCAAGAAAGGAGCTTGGCTGGGTGGCGTGGACTGGTTAGCATGGACTAGGTGCCCCCCCACACCCACGACGCCCAACACTTGGCTGCAC
GGGTTAAGAGCCCGTGGACGCACAAGTGTGGGCAACAATCAAGTGGACGGATGCATGCAAGAGTGCTGTACTTGCGGACGGTTGGCGACGTGTGTGGCAAGGCTTGTGGAAGAGACGACGTGTGCGACAAGCAGGTGGGTTGGAGCATGCCAGGGTAGGGCACGTGCCCACAACAAGATGTGAAGGCAGCATGGATTGAG
AGCTCCACAGTGGAGTCATGTGGAAGCTAGTGTGTCGGCACACTTAGTGTGTGACGGAGGGGCACCACAAGGTGGAGCCTTGGGTGCACCCTCAAGTCAAGGCATGACTATAATTATGAGAGCATTGGCTAAGAAAGCAACCAAGATTTGACAAGGAGTCAAGGAAAAGAGACTGAAGCGCGACCAACAATGTTAGCTGG
GCAGTGAGCAGGCCGCAGGGGCGGACCTAGCTTGGGTTGGGAGCACGAGCTTTGGGCAGAACACGAGTGCAGTGTGGCAGAACTCGGTGGTAGGGCTAACCGCAGTGGTAGGCAGAGAAACGCAAAAGCTTGCTAGAGTAAGGCAAAACGTTGGGGTTTCTTGTTTTTAAGCTGAGAGAGGCACCACGGTTGGTGAGGCT
GGTCCATGGGGATGCCCCAACCTTCTTTGTAACTGTAACTCTGTTTCTATATAAAGCTTGGGCGCCCCGGTTTGGGTGCCCACCTCATATCTATGTCTCTTATATTCTTGGATGTATGCGTTACATGTGTTATGTGTGATTTGGCTAAATGTTGGAATTTTTGCTAAGTGTTAAATAAGAACATAACTGTAACCAAGCAT
AAAGTGTAACAAGTGTTAAGTGTAAAGACTTAAGTGTTCCGTAGGTTGAAGGCGTAGTCTGCCAGTGAGCCTGCTGAGCTGGTCTCATCCTTGGCTAGGCGCTTGGAAGGTCCTTATAAATATGCATGTACTGGACCCAAGTGAATAGACCTAAAAAATTTCTTTTAACTGTTCAGCAAGAGGAAGAAATTTATGTTGTG
GAGTTGAATATTAGCATTCATCCAATTTATAACAAGTCCAGAATCACCAAATACCTGTAGTGAATCAATGCCTCTGTCCAAAGAGAATTTTAAAAGTAAAAACAAAGCCATAAGCTCATCAAAGTTATTTGTTCCCCTCCCTACATTGCCCTTAACATGGAAGTACTGACTTCTGAGAATTTGACAGGAATAAACAAACC
CACAGCCACAAATAGAAGCACTGTAAGCCCCATCAAAAAAACTCCAAGGCCTTGATTTATCCACCCTAAACTCCCCAACTTTCTGGTCGAGGAAGTTCCTGGACAGACCTTGTAAAAAGAGAGTAATCCCAATACTAGGGCAGAGTAATCCCAATACCAGGGCTGAGGTCTGAAAATATGGAACTAACTGACAGTATACG
GCCTTGACGGTTTGTGCCTCATTCAGCTTCTTATATATGTACCCGTGTTTGCTTCTTCAAATGTCTAATTCCAGGCATAGTCCTACTTGTGATGTCTACTTGTAGATAGAGAACTAGCGCAAAAATGTCTTAGGAACTCCCTTGTTTTGGCCATGCTTGAACTTGCTAGTCCTGCTTATTGCTTTTAGTCATTAGTGAAC
ATAATTTTAGTTTGCGATTTGTTTTGTTTTGTCATTTTTAACTTCCAGCAATATCCTATAAATAAAAATTTGAGTAGCATCAGCAAAATTCCTTTTACCTCCATGAACACTTCTCAAGTTGTATTTTTCAGCTATAAAATCATAATAATCTCTAATATTTTCCAAGTTTAAAATATCTTATGTACATGCAGATCATCTGC
AGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGA
TATCGCTAATGTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAG
AATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGGTATGATTTTG
TTTCATGGACCACTTGCATATTTATTCTTAATTGCTTGCATGAGATATTATTCTGAATTTTAAGCATCCTTTCTGGTGATCGAAGAAGAGTGTTTTGAATATCTGCAAACTGTTAAAGTGATTTTGATAAATTCTCAATTCTTAGTCACCGCATTCTGTTTTTTTACCAAAAAGTTCAAATTCTGTTCAATCTGAAGCAG
TGGCAAATTTTGGTGATTTTAATATGCCTGGTAGTGGTGGATTGTTTTTAATAAAATTTGCCCCCCAAAAATATCAATATTAGTTTTTTGTTAATCTTTAAAAATATACAAACAAACTGTGTGGTGTGTAAAACATGCTCTCAAAAAATATAATGATGTTT
>TRINITY_DN122311_c1_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGG
TGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGCTGCCCA
GTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAACCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACAATGCCG
AATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGGTATAGTTTAAATGTGTTAGAATGTGTTTTTTTTTTTGTATTTATGTGAACGCCCAATTTGAATTCCTGGATCTAAATGGGAGCATTGGAATATAACCATTTATCAATAATT
AGTTAACTGAATCGACAGTGTGTTTTGGGTGTAGTTTGAAGGTATTATTATTATTGGCGAATACCCAATCTGAGTTACTGGATCTAATCTAAGTCCGTCATCAATTTGGGCAGCTGTTTGTTCTGGAGTTTCATAGAGGTTTTTGCTTGTACAGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTT
GAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTG
CTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTACCAGgtagagttattgtgtcttactgacaatcctgcttgtcaatatgagacatgagcagtttgccattatatcagtagttcggagcactgtaaaaatctctgaaagtagttcatgatatgtggttgacaacttatttcgat
agacagttaatattacaaatttggacttttagcatttatttctctaactaattctgctacaaactgcagAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAG
TAATTTCAGGTATGTATGATTAGACATTCAAATTTCAAGACTTGTTTTAATAGCTTGTTTGCTGGGACATGGATTTACTGGATTGTACTCCACATGATTCAATAAAGTTACGGGAGTAGCCCACATTACCAGTGAACAACAAGCAATAGTTCCCAAGGCAACTGAAAATAGATCCAGGTCTCTGATAACGCCCCTGAATT
ACATATACAATTCCATATGCATACTGATCTCTTACAATTTGAATTAATCATTCAACTGCCCAAGACAAAATGTGGACTGCAATGCCATTTATAGTTTGTTAACTTGGATTAACTTGAGCAGGTCCCTTTTATAGGAAGTCACTTCTGATTATATCAGTCCTGGTTAGAACTAGGACAATACTTTTGTGAATTTTATTT
Intron 2 GTAATTCACT ... CATGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.9 | 24 | 10.6 | 14 |
| A2 | 31.23 | 25 | 6.9 | 16 |
| A3 | 35.37 | 24 | 15.5 | 11 |
| A4 | 29.21 | 16 | 6.2 | 7 |
| A5 | 35.37 | 8 | 4.8 | 4 |
| A6 | 25.38 | 58 | 17.8 | 22 |
| A7 | 24.47 | 52 | 20 | 14 |
| A8 | 19.43 | 70 | 12 | 22 |
| A9 | 23.82 | 57 | 4.7 | 31 |
| A10 | 21.09 | 34 | 6.3 | 12 |
>TRINITY_DN44233_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGGCTAGAACCCTTTGGAAGGGCTAGGAAGGGTTCAAATTTGAACGCTGGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGG
TTTAATGTATTTTTTTTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGC
TGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAACCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACA
ATGCCGAATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATAT
CTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTAC
CAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCAT
AACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAG
CAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTC
ACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGC
AGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACC
AATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGAT
TTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAATTCTGGTGCATACCATCTCTAATTTTTGTATCACTCGCTCATTTTCAATGCTAGATATTGTGAGTTTT
ACATGCACAAGCGTGGAAAGGCATACACATAAGAATAAGAAAGAATGGATTTATAAAGATGTCATTGGATGATGCAATTTCTCATT
>TRINITY_DN44233_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:AGAACATAACTGTAACCAAGCATAAAGTGTAACAAGTGTTAAGTGTAAAGACTTAAGTGTTCCGTAGGTTGAAGGCGTAGTCTGCCAGTGAGCCTGCTGAGCTGGTCTCATCCTTGGCTAGGCGCTTGGAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATG
TTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTC
TTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAA
CAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTA
TGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATAT
AGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGgtaattcactgtggacgagagacttgtttttccattttggatttcaatttctcataattctggtacatggattcacaagttcttgtgagtttaaaaaatg
gcatcacattttttatagtaatcaaacatatatggtgtcaaccttttacctcttattttccaacagagtcatgatggttttcatgggtaggtggtttcttttactttcatgttctttagtgagtagtcagtgtgctggttctgttgatgaggttgtttctcacatgccttgccatgttgcagGACTATTTGCAGGAGTAT
TCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGCAGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGT
TTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACCAATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTA
TCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGATTTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAATTCTGGTGCATACCATCTCTAATTTTTG
TATCACTCGCTCATTTTCAATGCTAGATATTGTGAGTTTTACATGCACAAGCGTGGAAAGGCATACACATAAGAATAAGAAAGAATGGATTTATAAAGATGTCATTGGATGATGCAATTTCTCATT
Intron 3 GTGCGGAACC ... TGTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 87.86 | 3 | 30.4 | 13 |
| A2 | 75.52 | 7 | 34 | 9.2 |
| A3 | 82.82 | 4 | 21.6 | 17 |
| A4 | 91.01 | 3 | 35 | 25.8 |
| A5 | 68.72 | 4 | 11.4 | 6.2 |
| A6 | 57.29 | 12 | 16 | 16.2 |
| A7 | 59.59 | 12 | 16.2 | 19.2 |
| A8 | 75.8 | 6 | 28.6 | 9 |
| A9 | 63.79 | 11 | 25.8 | 13 |
| A10 | 66.21 | 10 | 24.2 | 15 |
>TRINITY_DN111062_c10_g1_i8 from sample A3 / Example spliced isoformGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTGTTTGTTCTGGAGTTTCATAGAGGTTTTTGCTTGTACAGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGAC
AACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAATTGTATATGCCCTCTCCGTCTTGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGG
ATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTT
CG
>TRINITY_DN111062_c10_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:TGCGACAAGCAGGTGGGTTGGAGCATGCCAGGGTAGGGCACGTGCCCACAACAAGATGTGAAGGCAGCATGGATTGAGAGCTCCACAGTGGAGTCATGTGGAAGCTAGTGTGTCGGCACACTTAGTGTGTGACGGAGGGGCACCACAAGGTGGAGCCTTGGGTGCACCCTCAAGTCAAGGCATGACTATAATTATGAGAG
CATTGGCTAAGAAAGCAACCAAGAATTGACAAGGAGTCAAGGAAAAGAGACTGAAGCGCGACCAACAATGTTAGCTGGGCAGTGAGCAGGCCGCAGGGGCGGACCTAGCTTGGGTTGGGAGCACGAGCTTTGGGCAGAACACGAGTGCAGTGTGGCAGAACTCGGTGGTAGGGCTAACCGCAGTGGTAGGCAGAGAAACG
CAAAAGCTTGCTAGAGTAAGGCAAAACGTTGGGGTTTCTTGTTTTTAAGCTGAGAGAGGCACCACGGTTGGTGAGGCTGGTCCATGGGGATGCCCCAACCTTCTTTGTAACTGTAACTCTGTTTCTATATAAAGCTTGGGCGCCCCGGTTTGGGTGCCCACCTCATATCTATGTCTCTTATATTCTTGGATGTATGCGTT
ACATGTGTTATGTGTGATTTGGCTAAATGTTGGAATTTTTGCTAAGTGTTAAATAAGAACATAACTGTAACCAAGCATAAAGTGTAACAAGTGTTAAGTGTAAAGACTTAAGTGTTCCGTAGGTTGAAGGCGTAGTCTGCCAGTGAGCCTGCTGAGCTGGTCTCATCCTTGGCTAGGCGCTTGGAAGGTCCTTATAAATA
TGCATGTACTGGACCCAAGTGAATAGACCTAAAAAATTTCTTTTAACTGTTCAGCAAGAGGAAGAAATTTATGTTGTGGAGTTGAATATTAGCATTCATCCAATTTATAACAAGTCCAGAATCACCAAATACCTGTAGTGAATCAATGCCTCTGTCCAAAGAGAATTTTAAAAGTAAAAACAAAGCCATAAGCTCATCAA
AGTTATTTGTTCCCCTCCCTACATTGCCCTTAACATGGAAGTACTGACTTCTGAGAATTTGACAGGAATAAACAAACCCACAGCCACAAATAGAAGCACTGTAAGCCCCATCAAAAAAACTCCAAGGCCTTGATTTATCCACCCTAAACTCCCCAACTTTCTGGTCGAGGAAGTTCCTGGACAGACCTTGTAAAAAGAGA
GTAATCCCAATACTAGGGCAGAGTAATCCCAATACCAGGGCTGAGGTCTGAAAATATGGAACTAACTGACAGTATACGGCCTTGACGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAgtgcggaacc
aggcccttatttctggattggcatattgtctttcctcatgcagcatgatactgcttaataaagttgtcctctcaggttataatttagatgcagggatatcgctaatgttttaccagagccttgtgtgtgtggcagTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGA
GTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCAT
TAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTAC
TTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGG
ATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGTAATTCACTGTGGACGAGAGACTTGTTTTTCCATTTTGGATTTCAATTTCTCATAATTCTGGTACATGGATTCACAAGTTCTTGTGAGTTTAAAAAATGGCATCACATTTTTTATAGTAATCAAACATATATGGTGTCAACCTT
TTACCTCTTATTTTCCAACAGAGTCATGATGGTTTTCATGGGTAGGTGGTTTCTTTTACTTTCATGTTCTTTAGTGAGTAGTCAGTGTGCT
Intron 4 GTGACTTTAG ... AACTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.89 | 7 | 26 | 5 |
| A2 | 68.42 | 3 | 6 | 7 |
| A3 | 57.89 | 12 | 26 | 7 |
| A4 | 73.91 | 3 | 14 | 3 |
| A5 | 42.86 | 8 | 4 | 8 |
| A6 | 100 | 0 | 4 | 4 |
| A7 | 77.78 | 2 | 9 | 5 |
| A8 | 90 | 1 | 14 | 4 |
| A9 | 100 | 0 | 4 | 2 |
| A10 | 42.86 | 6 | 8 | 1 |
>TRINITY_DN39308_c0_g1_i4 from sample A10 / Example spliced isoformATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTC
CATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGCTGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCC
CCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGCTGTTTGTTCTGGAGTTTCATAGAGGTTTTTGCTTGTACAGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGAC
TTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTT
CCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGA
ATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGC
TGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTAT
ATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCA
AATTTATTCAGCATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGCAGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTG
AATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACCAATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACC
TATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGATTTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTC
TATATTTTCAAA
>TRINITY_DN39308_c0_g1_i3 from sample A10 / Example unspliced isoform:ATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTC
CATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGCTGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCC
CCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGgtgactttagatcgcagattgcttcagttgagcatttcgtacattgaaaacccatttcatgtgttaaataacctttacagtttcaataacaatgccgaatccctgctctttcactgcaacttcac
agGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGCTGTTTGTTCTGGAGTTTCATAGAGGTTTTTGCTTGTACAGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGA
TCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAAT
GTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAA
ATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATG
GATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTAT
CAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTG
AAGTGGCAGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAA
TATTACCAATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACC
AATCGATTTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAA
Intron 5 GTATAGTTTA ... GCTTGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.33 | 6 | 30 | 19 |
| A2 | 54.98 | 6.7 | 2 | 13.7 |
| A3 | 68.89 | 8 | 10 | 20.7 |
| A4 | 61.37 | 4 | 5 | 7 |
| A5 | 48.04 | 8.3 | 2 | 13.3 |
| A6 | 39.93 | 6.7 | 3 | 5.7 |
| A7 | 52.63 | 6 | 3 | 10 |
| A8 | 85.19 | 1.3 | 4 | 9.3 |
| A9 | 51.58 | 4 | 0 | 8 |
| A10 | 56.89 | 4.3 | 1 | 8.3 |
>TRINITY_DN101334_c4_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformGAGAAGTGGAACTTAATACAATGGCTCTCCGTCTAATGATTCGTTCAAAAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAAT
CTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAG
CAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGCTGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAA
CCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACAATGCCGAATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCAT
GGCCTCAAAATCAAG
>TRINITY_DN101334_c4_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:GAGAAGTGGAACTTAATACAATGGCTCTCCGTCTAATGATTCGTTCAAAAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAAT
CTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAG
CAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGCTGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAA
CCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACAATGCCGAATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGgtatagtttaaatgtgttagaatgtgtttttttttttgtatttatgtgaacgcccaatttgaatt
cctggatctaaatgggagcattggaatataaccatttatcaataattagttaactgaatcgacagtgtgttttgggtgtagtttgaaggtattattattattggcgaatacccaatctgagttactggatctaatctaagtccgtcatcaatttgggcagctgtttgttctggagtttcatagaggtttttgcttgtaca
gCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGGTGAGTTGCTTTAAAGTTGAAACCCATCTACAAGGGTTTAGAAGTTTTACAAAGTGGCATATATTTTATTATTTGCTGAGCGTTCATACCTACATTTAACATCTGTTCGCTTGTTTTTA
TATTTGTTCATACCCACATTTAACTCCTTTTCGTTTTATTTTTTCCACAAATGACACTTCATTGTTACATAGAAATAATTTAAACTCTGACAGTCCACTTTTGCGAACTCAGCCACTCATGAACGATCAACCTGGCTGGTGCCACAACATTCGGTATTTTTTTCACCATAATTGCTAAGGACTTGCACCTGGCGTCAACT
GGGGATTAGGGGGC
Intron 6 GTTTGAATTC ... TTGTATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.42 | 19.2 | 0.5 | 8 |
| A2 | 16.97 | 19.6 | 3.5 | 4 |
| A3 | 22.73 | 17 | 3.5 | 5 |
| A4 | 21.76 | 10.8 | 2 | 3 |
| A5 | 10 | 8 | 0.5 | 1 |
| A6 | 16.44 | 40.8 | 2.5 | 8 |
| A7 | 4.21 | 44.4 | 4 | 2 |
| A8 | 7.08 | 39.4 | 1 | 3 |
| A9 | 4.02 | 24.4 | 1.5 | 1 |
| A10 | 0 | 20.4 | 2 | 0 |
>TRINITY_DN111062_c10_g1_i15 from sample A3 / Example spliced isoformTGCGACAAGCAGGTGGGTTGGAGCATGCCAGGGTAGGGCACGTGCCCACAACAAGATGTGAAGGCAGCATGGATTGAGAGCTCCACAGTGGAGTCATGTGGAAGCTAGTGTGTCGGCACACTTAGTGTGTGACGGAGGGGCACCACAAGGTGGAGCCTTGGGTGCACCCTCAAGTCAAGGCATGACTATAATTATGAGAG
CATTGGCTAAGAAAGCAACCAAGAATTGACAAGGAGTCAAGGAAAAGAGACTGAAGCGCGACCAACAATGTTAGCTGGGCAGTGAGCAGGCCGCAGGGGCGGACCTAGCTTGGGTTGGGAGCACGAGCTTTGGGCAGAACACGAGTGCAGTGTGGCAGAACTCGGTGGTAGGGCTAACCGCAGTGGTAGGCAGAGAAACG
CAAAAGCTTGCTAGAGTAAGGCAAAACGTTGGGGTTTCTTGTTTTTAAGCTGAGAGAGGCACCACGGTTGGTGAGGCTGGTCCATGGGGATGCCCCAACCTTCTTTGTAACTGTAACTCTGTTTCTATATAAAGCTTGGGCGCCCCGGTTTGGGTGCCCACCTCATATCTATGTCTCTTATATTCTTGGATGTATGCGTT
ACATGTGTTATGTGTGATTTGGCTAAATGTTGGAATTTTTGCTAAGTGTTAAATAAGAACATAACTGTAACCAAGCATAAAGTGTAACAAGTGTTAAGTGTAAAGACTTAAGTGTTCCGTAGGTTGAAGGCGTAGTCTGCCAGTGAGCCTGCTGAGCTGGTCTCATCCTTGGCTAGGCGCTTGGAAGGTCCTTATAAATA
TGCATGTACTGGACCCAAGTGAATAGACCTAAAAAATTTCTTTTAACTGTTCAGCAAGAGGAAGAAATTTATGTTGTGGAGTTGAATATTAGCATTCATCCAATTTATAACAAGTCCAGAATCACCAAATACCTGTAGTGAATCAATGCCTCTGTCCAAAGAGAATTTTAAAAGTAAAAACAAAGCCATAAGCTCATCAA
AGTTATTTGTTCCCCTCCCTACATTGCCCTTAACATGGAAGTACTGACTTCTGAGAATTTGACAGGAATAAACAAACCCACAGCCACAAATAGAAGCACTGTAAGCCCCATCAAAAAAACTCCAAGGCCTTGATTTATCCACCCTAAACTCCCCAACTTTCTGGTCGAGGAAGTTCCTGGACAGACCTTGTAAAAAGAGA
GTAATCCCAATACTAGGGCAGAGTAATCCCAATACCAGGGCTGAGGTCTGAAAATATGGAACTAACTGACAGTATACGGCCTTGACGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACC
AGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGA
GTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCAT
TAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTAC
TTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGG
ATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGCAGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGG
GATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACCAATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGT
AAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGATTTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATT
GCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAATTCTGGTGCATACCATCTCTAATTTTTGTATCACTCGCTCATTTTCAATGCTAGATATTGTGAGTTTTACATGCACA
>TRINITY_DN111062_c10_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TTTAGTTTTTGTAAAGTCCTTTTTTTGCCAAGTTTTATGCTAAGTATTACTTGAGTTCCAATCAAATTCTTGCTCTTCAGTTTGTTGAGTTATTCTTGAGTCCACGTTTCGTGACTTTGGCTTGACTACATGTTTCCGGCTTGAACTATAATAAAAACTTTTCAAACTTCAATGATATATGAATGGAATGAATATTTCTA
GTATGAATAATCTCATTATTTTATTTACAATTGGAATGCAGGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGgtttgaattctttattgagtttgacatgttttcatactgcaa
gatgcaggcagagtaaattgataatatgtatttttggatgattattctcctcaatacttatgcaacgttttttgtatgtagTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGTAATTCACTGTGGACGAGAG
ACTTGTTTTTCCATTTTGGATTTCAATTTCTCATAATTCTGGTACATGGATTCACAAGTTCTTGTGAGTTTAAAAAATGGCATCACATTTTTTATAGTAATCAAACATATATGGTGTCAACCTTTTACCTCTTATTTTCCAACAGAGTCATGATGGTTTTCATGGGTAGGTGGTTTCTTTTACTTTCATGTTCTTTAGTG
AGTAGTCAGTGTGCT
Intron 7 GTATAGTTTA ... GCTTGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80 | 6 | 29 | 19 |
| A2 | 51.52 | 8 | 2 | 15 |
| A3 | 60 | 11 | 10 | 23 |
| A4 | 54.55 | 5 | 5 | 7 |
| A5 | 47.06 | 9 | 2 | 14 |
| A6 | 38.46 | 8 | 3 | 7 |
| A7 | 50 | 7 | 3 | 11 |
| A8 | 77.78 | 2 | 4 | 10 |
| A9 | 47.37 | 5 | 0 | 9 |
| A10 | 47.83 | 6 | 1 | 10 |
>TRINITY_DN40977_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCGTTCAAAAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTT
TTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGC
TGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAACCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACA
ATGCCGAATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATAT
CTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTAC
CAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCAT
AACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAG
CAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTC
ACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGC
AGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACC
AATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGAT
TTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAATTCTGGTGCATACCATCTCTAATTTTTGTATCACTCGCTCATTTTCAATGCTAGATATTGTGAGTTTT
ACATGCACAAGCGTGGAAAGGCATACACATAAGAATAAGAAAGAATGGATTTATAAAGATGTCATTGGATGATGCAATTTCTCATTACATACCAAGAGAAGAGC
>TRINITY_DN40977_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:CGTTCAAAAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTT
TTCCGGTGAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGC
TGCCCAGTACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAACCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACA
ATGCCGAATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGgtatagtttaaatgtgttagaatgtgtttttttttttttgtatttatgtgaacgcccaatttgaattcctggatctaaatgggagcattggaatataaccatttat
caataattagttaactgaatcgacagtgtgttttgggtgtagtttgaaggtattattattattggcgaatacccaatctgagttactggatctaatctaagtccgtcatcaatttgggcagctgtttgttctggagtttcatagaggtttttgcttgtacagCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACA
TCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCAAAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCA
TGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTATAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACG
AGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAATGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGC
TTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCATATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTA
TACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAACCTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGC
ATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTGCTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGCAGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAG
GTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTATGCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACCAATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATAT
ATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCCTCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGATTTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAA
TTCTGGTGCATACCATCTCTAATTTTTGTATCACTCGCTCATTTTCAATGCTAGATATTGTGAGTTTTACATGCACAAGCGTGGAAAGGCATACACATAAGAATAAGAAAGAATGGATTTATAAAGATGTCATTGGATGATGCAATTTCTCATTACATACCAAGAGAAGAGC
Intron 8 GTATAGTTTA ... ATTTGGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.95 | 6 | 30 | 21 |
| A2 | 58.62 | 6 | 2 | 15 |
| A3 | 70.59 | 5 | 10 | 14 |
| A4 | 100 | 0 | 5 | 10 |
| A5 | 41.18 | 10 | 2 | 12 |
| A6 | 63.64 | 2 | 3 | 4 |
| A7 | 61.9 | 4 | 3 | 10 |
| A8 | 86.67 | 1 | 4 | 9 |
| A9 | 75 | 1 | 0 | 6 |
| A10 | 30.43 | 8 | 1 | 6 |
>TRINITY_DN44365_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformAAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGGT
GAAATTAGTTGCTTAGTTGCTGGTTTCCATTGTAATTAGTAAAAACCCTCCATTGATTTTGAAATCAGAGCATCTGTATGAAAATTTCAGGAAAACGAAGGCCAATTAATTATAATTACAAACAAAATTTCATGGAGCAGATTACGCAGGAGCAGATTACGCAGGCTGTTCGGGATGCACGTCCACCTGATGCTGCCCAG
TACTTTCACGTCGTGGAAGTGAGCGCCCCCGTGAGAAATGCATCCAGCGCAGGCCCCGTTATCTGCTTTTTCTATCTATTTTTTAAAATTTTCATTACGGAGGTGACTTTAGATCGCAGATTGCTTCAGTTGAGCATTTCGTACATTGAAAACCCATTTCATGTGTTAAATAACCTTTACAGTTTCAATAACAATGCCGA
ATCCCTGCTCTTTCACTGCAACTTCACAGGCTGACTGCTGCAGGAATTCGGCCTTTGTGCTGGTAGAGGACCCGTTCATTCTATTGGCTGTTTGTTCTGGAGTTTCATAGAGGTTTTTGCTTGTACAGCTGATTTCAAGCATGGCAGTGAGGACTTCGACAGCACATCTTATTTGAAGCTCAGAGACAACCATGGCCTCA
AAATCAAGATCATCTGCAGGATCACGATCAATATCTGATGATATTGATGTAGAGGATGGTGGAGTGGAGAAAGATGTTGAAAGGACTGTCCGAGAACATGGGTTCATAAAAGTGCGGAACCAGGCCCTTATTTCTGGATTGGCATATTGTCTTTCCTCATGCAGCATGATACTGCTTAATAAAGTTGTCCTCTCAGGTTA
TAATTTAGATGCAGGGATATCGCTAATGTTTTACCAGAGCCTTGTGTGTGTGGCAGTTGTATATGCCCTCTCCTTCTTTGGAATAATTTCAACAGAACCATTTACTTGGAAGCTTGTACGAGTATGGATTCCTGTGAATATCATCTTTGTTGGAATGCTTGTTACGAGTAATTTCAGCTTGAAATATATAAATATTGCAA
TGTTGACAATTTTGAAGAATATGACAAATATCATAACAGCTATAGGAGAGATATATCTTTTCAAGAAGCATCATAACAGCAAAGTTTGGGCTGCTCTCATTTTCATGGTCATATCTGCCATTAGTGGAGGAATTACAGATCTCTCTTTTCATGCTGTGGGATATGCTTGGCAAATTGTGAATTGTTTCCTGACAGCAGCA
TATTCGCTAACACTGCGCAGAGTTATGGATGTAGCAAAGCAACAAACAAAATCAGGAAATTTGAACGAATTCTCTATGGTGTTGCTGAATAATTTACTTTCATTACCTTTGGGACTTCTACTTATCATAGTTTTCAAGGAATGGGAATACTTATATTCTTCGCCTATACTTAGGATTCCAGTATTTTGGGTTGTGGCAAC
CTCAAGTGGATTGCTGGGCCTAGCTATCAGTTTCACGTCAATGTGGTTTTTGCACCAGACTGGACCTACAACATATAGTTTGGTGGGATCATTGAATAAGATTCCTATCTCACTTGCTGGGATACTTCTGTTCAAAGTTCCAATAAATGTTCCAAATTTATTCAGCATACTTTTCGGACTATTTGCAGGAGTATTCTTTG
CTAAGGCCAAAATGTCGAAGTAAATTGAAGTGGCAGACAACATAGTAAACTAGAGTGTTGCATGTTGAAAATGATGGGGAGTTTTACAAATCCCAGTCCCTGATCCAGATCCTTTTAGTGGGATCTTTGATCTCTCAAATTGTTTTAATTTTTGAATCACAGAAAGGTTCTCGTACCTGTGAAAAATTGGAAGTTTTTAT
GCACCGAAATGTTAATTTCCATGCGAATATTACCAATAACTTGTGAGCCTTTACTAGACTTGTGTGATGTCCAGTAATCATGGGAAGCTTATATTATGCTCTAATTGTAACAGTAAGCAGTAAAGCAATTCTCTTTTACACATGAAGGCATACCTATAGACAATATATCCCAACTGGACAACGGAAGATGAGTATCGCCC
TCCAGCGAAAAAGTATGCCTTCCCACCAATCGATTTCCCCTATAAATTTGTCAAGCACTCCCAAACTTGATCCTACTTCTAGATATAAAAAAAGAATGGTGCCCAGCTAAAAATGGGCATTGCATCTTTAAAAGAGGCAACTTTTCTAGATGTCTATATTTTCAAATTCTGGTGCATACCATCTCTAATTTTTGTATCAC
TCGCTCATTTTCAATGCTAGATATTGTGAGTTTTACATGC
>TRINITY_DN44365_c0_g1_i12 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAAAATTCATTCTTTCTCGGGTAAAAGATGCGATGGTGTCTCTTTCACAAATCCCCAAAAACAAAGAACCTTCGTAGCCAAAGAAAATATCTGCAAGACTGCAACCATATTTCTTTTAAAAACTAATACATTTGACTTTGCTCTCATAAAATCTTCAAAAAGCCACGCCAGATCCGGGTTTAATGTATTTTTTTTCCGGT
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