sp|Q5D869|NRPE1_ARATH ----> DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
Intron 1 GTTCACATGT ... AACTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.55 | 29 | 6 | 9 |
| A2 | 20 | 22 | 2 | 9 |
| A3 | 19.64 | 45 | 9 | 13 |
| A4 | 23.64 | 21 | 8 | 5 |
| A5 | 33.33 | 9 | 0 | 9 |
| A6 | 17.04 | 2.7 | 1 | 0 |
| A7 | 0 | 2 | 0 | 0 |
| A8 | 13.23 | 3.3 | 0 | 1 |
| A9 | 16.67 | 5 | 0 | 2 |
| A10 | 33.33 | 2 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN131570_c0_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformTTTCATTTTCGAGCTCGCATGCTTTTCCGCTCCTCTTCGAAACTAGCAGTTGAGTCGGCATCCCTTCGGATTTTAGATCGATATCGAGATTCATTTGCATTAAGATCGAAAATCCCGCCAGACTGAAGGAGGCGCAGGCCACATCTCTTTCGGATCGAGATATACCCAGTTAGAGACCAAAGATCGAGAGCTAGCATCAC
TACTGCCTGGAGCAGTTTACCTAGTTTACCGAACAGAAGCACCAGTTTCAAAGCCAGAGACGGTTCGAAAGCCAGTTGCTAAGCTCGAGGGAAAAAAGTTGCTGGCGTGAGTGCTTTTGAAGGAGAGAAAATGGAGACAAAAGCTGCGGAGGACGATGCTTTAATTCCGCTTGGACGTATAACGAGTCTTCAGTTCAGTT
TGGTCACAAGCGATGAAATAATAAAGGTGTCTCGCTCTGAGCCTATTCAATTTCCAGGCCAACTATCTGGCCCTTTACTTGGACTTCCTACAGAGTCGCACAAATGCTCATCGTGTGGAACCATTAAACTTGATGAATGTGAAGGCCATTTTGGACATATTCGTCTTCCAACTCCAGTTTTTCATCCTTCTCACATTCCG
GTAGTAGTTCGTATTCTAAAGAGCATTTGTCTAAACTGCTTCAAGCTGAAAAAGAAGAAAAAGATTATGAATGATGTGACAAAAGTACTACCGGAGAAAAAACCTATTAGTTATGGGACGGATTTACAGGGTACGAAAGCTAATAGTTCGATAAATTTCAAAAGGAAGAACTCCGATGCAATTAGTATTGATGCAAGTTC
TAACTATGAAGAGGATCCTTTATTATGTTCTTTGATTCCAATAAGAACTTATGTGCAGCGCACTCCTTGCACGCCTATTAAGAGAAATCTAATTGGTTGTCAAAAGTCAAAAAATTTCAAGTTTATAAAGGAAATAGCAAGGTCGGGCTTACAACAGAAAAAGCAAAGTGCTCTGCTGAAAAAGGGAAATTTTAATACGT
CTATGTCAGATGCTGAGAACAACAAAGAAGGCACAAATTGCAAGTATTGTATGGATGTTGGAAAACAATCTGGACAGCGTTATCCTAGGATTGATGTAAAGATTGTTAATGCTAAAACATGCAACAACGAAGAGTTCAGAGAGATAAGGATCTGGTTGGATAAGGAGATTCCACTAAAGTTTTGGGACTTTGTGGATAGA
TATTCTGGTCATAATTATGAGAATGAGGCATCACGGACACTTCTTCCATTCGAGTTTTTGAACATTCTCAGACAGGTTCCTGAGACAACATCGAAAGGATTTGGAGTAAGGCCAGAATCACTTATTTGGGACTGCCTTCCAGTGCCCCCTAATTGTACTAGGATATCTGCAGATTCAGTCAAGGCAATGAGAATAAGCAT
TGATGGAGCAACTAAAATGTTGAAGAAAATCATCAGTGCAGTGGGGAGAATTAAAGAATCTAGAGGAGGGAAACCCACTTTTGATACTAGAAAGCATGAAACAAAACTGCTCCAGTCATTATGTTCACAATATTTGCGTGCACGTGGTGGTCGAAAGAGCCCAGGAGACAAGGAGCCTTTTCAAGTTCATGGTCAAAGTT
TAGGAGATGCTGAATCATTTTCAAAAATATGGGGTGAGAGGATTGCAACACTGTTTTTGCAAAAACTTTCTCGATTTTCTGCACGTGGTGTCTTAACTGGAGATGCATATATAGAAATAGATGAAATAGGAATTCCTCTTGAAGTAGCGAAAAGTGTTACTGTTGAGGAACGCATAACATTTTATAACAAGGAAAGGATG
CAGAATATTGTGAACCAAGGCCTTTATAGCACATTGGTTGATAGGGGTGGAAATTGTCGATCAAAAGAGTTCCTTGAAATGGTTAAGACGATTGAGATTGGCGAAATTGTTCATCGACAACTTTCAGATGGGGATACTGTCATTGTTAATCGACCACCATCTATACACAAACATTCTATTCAGGCCTTGAAAGTTCGCAT
TCAGCCAAGTTGCAATTTCAGTATCAGCCCTCTTATATGTCCTCCAATGGATGCAGATTTTGATGGGGATTGTATACATGTTTTTGTGCCACAGTCTTTGCAATCTCGAGCGGAACTTTCAGAACTTCTAAGTTTAGATCAGCAACTTATTAATTCTCAGAGTGGACAGATGCTGCTTATGCTTACCCAAGATACTTTAA
TTGCGGCTAGTCTTCTACTCAGCATGCCACTGCTTAATGAAATAACTATGCATCAGCTATCAATGTGGGCACTTTCAGCTGTGCCTGAACCAGCAATCATCAGATCTCCGCATGGAGGACCATATTGGACAGGTTGTCAACTTTTTCAAATGTGCTTACCTCCTGATTTTAACTGCATTGGCAAAGGAATTTATATTCAG
AAAAGTGAACTTGTATGTATCCTTCAAGGTGGGAAGCATTCCCATGATTCTGTTGAACTAATTTTACATACATTGATTTTCCAAAAAGGGCCCAGGGAAGCCCTGAAATTTTTAAATTCGGCACAGCATACTCTAACAGAATGGTTATCTCAAGAAGGGCTTAGTGTGGGTTTGGATGATGTGCATCCATTTCAAGACAC
TACTTCCAAAAAGTATTTGGCTGATGCTGTTAATAAATGTGTTGAAGATGTGGCTCCTCGTATGAAGCATATGATGCTCCCAGGTTTAGAGGATGCAATGGTCCCCTATGTACAGAATCATGTCCACCATACACATAACAGTATATCAAAATGCATCTTTAAATCTAACTCTCTCATTGCAATTGTTGAGGCTGGAAGTG
GGCGTTCTATGAATAAAGTAATTCAGCAAACTGGATTCTTAGGACTGCAGATATATAAAGGAAATGAACTTTTACCTAGAGGGTGGAGTAACTGGCTTTTTTCATCATTGAACATCAACTCACCTCTAAGTGCTGAAGTTAATTTTTGTGAGGCCCGCGGCCTTATTGTGTCCTCTATTACTAATGGTTTAACGCCTCAT
GAAGCATTTATTCATGCAATCTCCTCAAGAGAGGCACTTTTTAGCAAGGCAATAGAGGTCAAGGAACCGGGAAGACTTTCTAAGCAACTTATGGCATTTCTTCGGGACATCATTATCTGTTATGATGGTACCATACGGACCACACAGGGAAAACATTTGGTGCAGTTTCAGTATGATTTAGGACCTATGACAGAGTTATC
AGAATGGAAAGGTGAGAAGACCAAATTGAGGAGACATTTGCAACCTGGAGATCCAGTGGGAATACATGCTGCTACTGCTCTAACAAACCCATCCTATAAAGTTCTCCTTGATTCTGGTCAACAAAACATATGCTCATGGTATCTCCTTAAGGAAGCTTTAACCCGTAGATTCCGCTCTAAAGTGCAACTTCCAGATCGAA
AGGTTATCCTTCGTCTGCGAGGTTGCTGTTGTAATCATGCGTACTGTTCAGAGAAGACTGCACTGCAGATCCAGAACCATTTGCAAAAGGTTCCTTTGAAAATGTTTTCAATCTCTGTTGAAGTTGGGTATTACAATACAGGTAAAATGGAAGATTTTAATGGGACGGCAATCGAAATGGTGGATTCACCTTTTGTTGGA
CATATACGGCTGGATAAGGAGATACTGAGGAAAGTGAATTTATCAATGGATTCGTTACTTTTGAATCTTAAGAGATCCATCAAAACCAATGGCAATCCATTAAACGATATGTCAGACAGACTCATCTTACATATAAGGTGATGATCGCATCGAATCAATAAGCATCGAATGGAGCCATGTTAATTTGGCATCATGGGTTC
CTTTACAAATAAGCACGATCCAAACAATGGAAGGTGAAATCACTATTGAAGCAACAATAGATAGCCGCAAAGTAAAACAACGTGGCGATGCATGGAAAATTGCCCATGATGCATGCTTACCTATAATGGAGTTGCTTAATACTAAAAGATGCATTCCCTATAGCATCCATGAAGTATACAAGTCCTTTGGAGTTTCAGCT
GCTTTTTATCTCCTACTTCAGAGACTCTCTCACTCAATGAACACAATGGGAAGTCATGTCTATAAAGAGGACTTGGTATTGATTGCAAACTGCATGTCCTTCTCTGGTATCGTTACGGGGTTCAGTGCTGCTGGTTATCGGGAGTTACTTCATACTGTGGGAATCTCTGCACCATTCACAGAAGGTGCATTGGAGATGCC
TCTGAAATGCTTCGAAAAGGCAGCTGAAAGGGGTCAAGAAGAACGACTTTCTAGTACACTAGCTTCATGTTCCTGGGGCCAACATCCTTCTGTAGGCACTGGTGGCAATTTTGAATTTTTATATGCAGTGGGTGCCAGTGATCCATCCAGTCAGCTATGCAAGCATGAAGATGTTTATGATTTCCTGGAAAATATTGGCA
TGATCCCCTGTGGAAAAGAAGCTTCTTCCTTAGAATCCCATTTGGATGAAAATCTGTGTGATGAGATAGATGATACCAGTGAGTTTATGTGTTCAGATGTTATTTTTGTGGATTCCCCAATGGAAAAGGGGATAGCTAATTGTGATAATGGGGATGTGAAGTCTTCGTGGGATGCAATTCCAAAATCTCCAGATCAAACA
GATGGTTGGGAGGCATTCACAAAGCTGAACTCACAAACAGATGGTTGGGAAACATCCAAAAAACCAGACTCACAAAGAGATGGTTGGGTTTGCCCAATGCCTGGCAAGGAGGCATCCAAAAATCATACAACTATTCAGTTATCTGGTTGGGAAGCATCTACAAAGCCAGACTCG
>TRINITY_DN131570_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCATTTTGGACATATTCGTCTTCCAACTCCAGTTTTTCATCCTTCTCACATTCCGGTAGTAGTTCGTATTCTAAAGAGCATTTGTCTAAACTGCTTCAAGCTGAAAAAGAAGAAAAAGATTATGAATGATGTGACAAAAGTACTACCGGAGAAAAAACCTATTAGTTATGGGACGGATTTACAGGGTACGAAAGCTAATA
GTTCGATAAATTTCAAAAGGAAGAACTCCGATGCAATTAGTATTGATGCAAGTTCTAACTATGAAGAGGATCCTTTATTATGTTCTTTGATTCCAATAAGAACTTATGTGCAGCGCACTCCTTGCACGCCTATTAAGAGAAATCTAATTGGTTGTCAAAAGTCAAAAAATTTCAAGTTTATAAAGGAAATAGCAAGGTCG
GGCTTACAACAGAAAAAGCAAAGTGCTCTGCTGAAAAAGGGAAATTTTAATACGTCTATGTCAGATGCTGAGAACAACAAAGAAGGCACAAATTGCAAGTATTGTATGGATGTTGGAAAACAATCTGGACAGCGTTATCCTAGGATTGATGTAAAGATTGTTAATGCTAAAACATGCAACAACGAAGAGTTCAGAGAGAT
AAGGATCTGGTTGGATAAGGAGATTCCACTAAAGTTTTGGGACTTTGTGGATAGATATTCTGGTCATAATTATGAGAATGAGGCATCACGGACACTTCTTCCATTCGAGTTTTTGAACATTCTCAGACAGGTTCCTGAGACAACATCGAAAGGATTTGGAGTAAGGCCAGAATCACTTATTTGGGACTGCCTTCCAGTGC
CCCCTAATTGTACTAGGATATCTGCAGATTCAGTCAAGGCAATGAGAATAAGCATTGATGGAGCAACTAAAATGTTGAAGAAAATCATCAGTGCAGTGGGGAGAATTAAAGAATCTAGAGGAGGGAAACCCACTTTTGATACTAGAAAGCATGAAACAAAACTGCTCCAGTCATTATGTTCACAATATTTGCGTGCACGT
GGTGGTCGAAAGAGCCCAGGAGACAAGGAGCCTTTTCAAGTTCATGGTCAAAGTTTAGGAGATGCTGAATCATTTTCAAAAATATGGGGTGAGAGGATTGCAACACTGTTTTTGCAAAAACTTTCTCGATTTTCTGCACGTGGTGTCTTAACTGGAGATGCATATATAGAAATAGATGAAATAGGAATTCCTCTTGAAGT
AGCGAAAAGTGTTACTGTTGAGGAACGCATAACATTTTATAACAAGGAAAGGATGCAGAATATTGTGAACCAAGGCCTTTATAGCACATTGGTTGATAGGGGTGGAAATTGTCGATCAAAAGAGTTCCTTGAAATGGTTAAGACGATTGAGATTGGCGAAATTGTTCATCGACAACTTTCAGATGGGGATACTGTCATTG
TTAATCGACCACCATCTATACACAAACATTCTATTCAGGCCTTGAAAGTTCGCATTCAGCCAAGTTGCAATTTCAGTATCAGCCCTCTTATATGTCCTCCAATGGATGCAGATTTTGATGGGGATTGTATACATGTTTTTGTGCCACAGTCTTTGCAATCTCGAGCGGAACTTTCAGAACTTCTAAGTTTAGATCAGCAA
CTTATTAATTCTCAGAGTGGACAGATGCTGCTTATGCTTACCCAAGATACTTTAATTGCGGCTAGTCTTCTACTCAGCATGCCACTGCTTAATGAAATAACTATGCATCAGCTATCAATGTGGGCACTTTCAGCTGTGCCTGAACCAGCAATCATCAGATCTCCGCATGGAGGACCATATTGGACAGGTTGTCAACTTTT
TCAAATGTGCTTACCTCCTGATTTTAACTGCATTGGCAAAGGAATTTATATTCAGAAAAGTGAACTTGTATGTATCCTTCAAGGTGGGAAGCATTCCCATGATTCTGTTGAACTAATTTTACATACATTGATTTTCCAAAAAGGGCCCAGGGAAGCCCTGAAATTTTTAAATTCGGCACAGCATACTCTAACAGAATGGT
TATCTCAAGAAGGGCTTAGTGTGGGTTTGGATGATGTGCATCCATTTCAAGACACTACTTCCAAAAAGTATTTGGCTGATGCTGTTAATAAATGTGTTGAAGATGTGGCTCCTCGTATGAAGCATATGATGCTCCCAGGTTTAGAGGATGCAATGGTCCCCTATGTACAGAATCATGTCCACCATACACATAACAGTATA
TCAAAATGCATCTTTAAATCTAACTCTCTCATTGCAATTGTTGAGGCTGGAAGTGGGCGTTCTATGAATAAAGTAATTCAGCAAACTGGATTCTTAGGACTGCAGATATATAAAGGAAATGAACTTTTACCTAGAGGGTGGAGTAACTGGCTTTTTTCATCATTGAACATCAACTCACCTCTAAGTGCTGAAGTTAATTT
TTGTGAGGCCCGCGGCCTTATTGTGTCCTCTATTACTAATGGTTTAACGCCTCATGAAGCATTTATTCATGCAATCTCCTCAAGAGAGGCACTTTTTAGCAAGGCAATAGAGGTCAAGGAACCGGGAAGACTTTCTAAGCAACTTATGGCATTTCTTCGGGACATCATTATCTGTTATGATGGTACCATACGGACCACAC
AGGGAAAACATTTGGTGCAGTTTCAGTATGATTTAGGACCTATGACAGAGTTATCAGAATGGAAAGGTGAGAAGACCAAATTGAGGAGACATTTGCAACCTGGAGATCCAGTGGGAATACATGCTGCTACTGCTCTAACAAACCCATCCTATAAAGTTCTCCTTGATTCTGGTCAACAAAACATATGCTCATGGTATCTC
CTTAAGGAAGCTTTAACCCGTAGATTCCGCTCTAAAGTGCAACTTCCAGATCGAAAGGTTATCCTTCGTCTGCGAGGTTGCTGTTGTAATCATGCGTACTGTTCAGAGAAGACTGCACTGCAGATCCAGAACCATTTGCAAAAGGTTCCTTTGAAAATGTTTTCAATCTCTGTTGAAGTTGGGTATTACAATACAGGTAA
AATGGAAGATTTTAATGGGACGGCAATCGAAATGGTGGATTCACCTTTTGTTGGACATATACGGCTGGATAAGgttcacatgttcagtgtctttacttattgcaaatatttatgcttgccaacgtatacaacttaaaagtttacagttaaagctgttgcagtacatatttgtagacttttgacctatgtgtttatctgtt
gatcttgtaaattctgtaactttgcagGAGATACTGAGGAAAGTGAATTTATCAATGGATTCGTTACTTTTGAATCTTAAGAGATCCATCAAAACCAATGGCAATCCATTAAACGATATGTCAGACAGACTCATCTTACATATAAGGTACTTCCAACCTACAAATTTATGCAGCTTCAATGGCATTTTTATTCTGTGGTT
CTTCTTAAAGTGAATTAGTTTCTTCCTCGCATGAATGTGAGAAATAAGACTATTCTATGAAAGTATTTCTTTGTCATATTTGTTGGCATTTGATTTTTTTCTTTTCCGTATTACATATCTTTCAGTAAAGGGTGCAGCTTTGATTGTATTAATCTGTTCCCTTCCTTTGCAATCTCCTCTTTGATTTTTTTACTTGAGAG
CTTTGATTCAAAATCTACAAATGGGTAAGTTACATAGTAATGCATTATTATATTTGATTTTTCATTTTGTGTTTTAGGCAGTTGTTTTTCATTGACGAGTGAATTAAATTTGATAGAAGAGCTTGTATGTCAAATATGTTTTCTTGAAATTCACTATAGCATTTCTGCTTTATGTACACATACGGATACCGACGAAATTG
ATATTTAGACACAGAATATGTAACACTGTAAAACTAGAAAGCATCGTCTCT
Intron 2 GTATATTATA ... CTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.55 | 47 | 8 | 0 |
| A2 | 16.28 | 36 | 7 | 0 |
| A3 | 18.87 | 43 | 10 | 0 |
| A4 | 24.07 | 41 | 13 | 4 |
| A5 | 31.25 | 11 | 5 | 0 |
| A6 | 44.44 | 5 | 4 | 0 |
| A7 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A10 | -1 | 0 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN109262_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformGAGTGATGTTTTCATTTTCGAGCTCGCATGCTTTTCCGCTCCTCTTCGAAACTAGCAGTTGAGTCGGCATCCCTTCGGATTTTAGATCGATATCGAGATTCATTTGCATTAAGATCGAAAATCCCGCCAGACTGAAGGAGGCGCAGGCCACATCCCTTTCGGATCGAGATATACCCAGTTAGAGACCAAAGATCGAGAGC
TAGCATCACTACTGCCTGGAGCAGTTTACCTAGTTTACCGAACAGAAGCACCAGTTTCAAAGCCAGAGACGGTTCGAAAGCCAGTTGCTAAGCTCGAGGGAAAAAAAGTTGCTGGCGTGAGTGCTTTTGAAGGAGAGAAAATGGAGACAAAAGCTGCGGAGGACGATGCTTTAATTCCGCTTGGACGTATAACGAGTCTT
CAGTTCAGTTTGGTCACAAGCGATGAAATAACAAAGGTGTCTCGCTCTGAGCCTATTCAATTTCCAGGCCAACTATCTGGCCCTTTACTTGGACTTCCTACAGAGTCGCACAAATGCTCATCGTGTGGAACCATTAAACTTGATGAATGTGAAGGCCATTTTGGACATATTCGTCTTCCAACTCCAGTTTTTCATCCTTC
TCACATTCCGGTAGTAGTTCGTATTCTAAAGAGCATTTGTCTAAACTGCTTCAAGCTGAAAAAGAAGAAAAAGATTATGAATGATGTGACAAAAGTACTACCGGAGAAAAAACCTATTAGTTATGGGACGGATTTACAGGGTACGAAAGCTAATAGTTCGATAAATTTCAAAAGGAAGAACTCTGATGCAATTAGTATTG
ATGCAAGTTCTAACTATGAAGAGGATCCTTTATTATGTTCTTTGATTCCAATAAGAACTTATGTGCAGCGCACTCCTTGCACGCCTATTAAGAGAAATCTAATTGGTTGTCAAAAGTCAAAAAATTTCAAGTTTATAAAGGAAATAGCAAGGTCGGGCTTACAACAGAAAAAGCAAAGTGCTCTGCTGAAAAAGGGAAAT
TTTAATACGTCTATGTCAGATGCTGAGAACAACAAAGAAGGCACAAATTGCAAGTATTGTATGGATGTTGGAAAACAATCTGGACAGCGTTATCCTAGGATTGATGTAAAGATTGTTAATGCTAAAACATGCAACAACGAAGAGTTCAGAGAGATAAGGATCTGGTTGGATAAGGAGATTCCACTAAAGTTTTGGGACTT
TGTGGATAGATATTCTGGTCATAATTATGAGAATGAGGCATCACGGACACTTCTTCCATTCGAGTTTTTGAACATTCTCAGACAGGTTCCTGAGACAACATCGAAAGGATTTGGAGTAAGGCCAGAATCACTTATTTGGGACTGCCTTCCAGTGCCCCCTAATTGTACTAGGATATCTGCAGATTCAGTCAAGGCAATGA
GAATAAGCATTGATGGAGCAACTAAAATGTTGAAGAAAATCATCAGTGCAGTGGGGAGAATTAAAGAATCTAGAGGAGGGAAACCCACTTTTGATACTAGAAAGCATGAAACAAAACTGCTCCAGTCATTATGTTCACAATATTTGCGTGCACGTGGTGGTCGAAAGAGCCCAGGAGACAAGGAGCCTTTTCAAGTTCAT
GGTCAAAGTTTAGGAGATGCTGAATCATTTTCAAAAATATGGGGTGAGAGGATTGCAACACTGTTTTTGCAAAAACTTTCTCGATTTTCTGCACGTGGTGTCTTAACTGGAGATGCATATATAGAAATAGATGAAATAGGAATTCCTCTTGAAGTAGCGAAAAGTGTTACTGTTGAGGAACGCATAACATTTTATAACAA
GGAAAGGATGCAGAATATTGTGAACCAAGGCCTTTATAGCACATTGGTTGATAGGGGTGGAAATTGTCGATCAAAAGAGTTCCTTGAAATGGTTAAGACGATTGAGATTGGCGAAATTGTTCATCGACAACTTTCAGATGGGGATACTGTCATTGTTAATCGACCACCATCTATACACAAACATTCTATTCAGGCCTTGA
AAGTTCGCATTCAGCCAAGTTGCAATTTCAGTATCAGCCCTCTTATATGTCCTCCAATGGATGCAGATTTTGATGGGGATTGTATACATGTTTTTGTGCCACAGTCTTTGCAATCTCGAGCGGAACTTTCAGAACTTCTAAGTTTAGATCAGCAACTTATTAATTCTCAGAGTGGACAGATGCTGCTTATGCTTACCCAA
GATACTTTAATTGCGGCTAGTCTTCTACTCAGCATGCCACTGCTTAATGAAATAACTATGCATCAGCTATCAATGTGGGCACTTTCAGCTGTCCCTGAACCAGCAATCATCAGATCTCCGCATGGAGGACCATATTGACAGGTTGTCAACTTTTTCAAATGTGCTTACCTCCTGATTTTAACTGCATTGGCAAAGGAATT
TATATTCAGAAAAGTGAACTTGTATGTATCCTTCAAGGTGGGAAGCATTCCCATGATTCTGTTGAACTAATTTTACATACATTGATTTTCCAAAAAGGGCCCAGGGAAGCCCTGAAATTTTTAAATTCGGCACAGCATACTCTAACAGAATGGTTATCTCAAGAAGGGCTTAGTGTGGGTTTGGATGATGTGCATCCATT
TCAAGACACTACTTCCAAAAAGTATTTGGCTGATGCTGTTAATAAATGTGTTGAAGATGTGGCTCCTCGTATGAAGCATATGATGCTCCCAGGTTTAGAGGATGCAATGGTCCCCTATGTACAGAATCATGTCCACCATACACATAACAGTATATCAAAATGCATCTTTAAATCTAACTCTCTCATTGCAATTGTTGAGG
CTGGAAGTGGGCGTTCTATGAATAAAGTAATTCAGCAAACTGGATTCTTAGGACTGCAGATATATAAAGGAAATGAACTTTTACCTAGAGGGTGGAGTAACTGGCTTTTTTCATCATTGAACATCAACTCACCTCTAAGTGCTGAAGTTAATTTTTGTGAGGCCCGCGGCCTTATTGTGTCCTCTATTACTAATGGTTTA
ACGCCTCATGAAGCATTTATTCATGCAATCTCCTCAAGAGAGGCACTTTTTAGCAAGGCAATAGAGGTCAAGGAACCGGGAAGACTTTCTAAGCAACTTATGGCATTTCTTCGGGACATCATTATCTGTTATGATGGTACCATACGGACCACACAGGGAAAACATTTGGTGCAGTTTCAGTATGATTTAGGACCTATGAC
AGAGTTATCAGAATGGAAAGGTGAGAAGACCAAATTGAGGAGACATTTGCAACCTGGAGATCCAGTGGGAATACATGCTGCTACTGCTCTAACAAACCCATCCTATAAAGTTCTCCTTGATTCTGGTCAACAAAACATATGCTCATGGTATCTCCTTAAGGAAGCTTTAACCCGTAGATTCCGCTCTAAAGTGCAACTTC
CAGATCGAAAGGTTATCCTTCGTCTGCGAGGTTGCTGTTGTAATCATGCGTACTGTTCAGAGAAGACTGCACTGCAGATCCAGAACCATTTGCAAAAGGTTCCTTTGAAAATGTTTTCAATCTCTGTTGAAGTTGGGTATTACAATACAGGTAAAATGGAAGATTTTAATGGGACGGCAATCGAAATGGTGGATTCACCT
TTTGTTGGACATATACGGCTGGATAAGGAGATACTGAGGAAAGTGAATTTATCAATGGATTCGTTACTTTTGAATCTTAAGAGATCCATCAAAACCAATGGCAATCCATTAAACGATATGTCAGACAGACTCATCTTACATATAAGTGAAAATTGCAAGGGTGCAGAACATAAAGAAATGGATATCCAAATGCCATGTTT
ACATTTCTACTTACAAGGGTGGGATACCTCAAGTACACATGAAAATATTTGGAATATCATGATAGATGAAATATGCCCGAAATTGTTGGAGATTACAGCTAAAGGTGATGATCGCATCGAATCAATAAGCATCGAATGGAGCCATGTTAATTTGGCATCATGGGTTCCTTTACAAATAAGCACGATCCAAACAATGGAAG
GTGAAATCACTATTGAAGCAACAATAGATAGCCGCAAAGTAAAACAACGTGGCGATGCATGGAAAATTGCCCATGATGCATGCTTACCTATAATGGAGTTGCTTAATACTAAAAGATGCATTCCCTATAGCATCCATGAAGTATACAAGTCCTTTGGAGTTTCAGCTGCTTTTTATCTCCTACTTCAGAGACTCTCTCAC
TCAATGAACACAATGGGAAGTCATGTCTATAAAGAGGACTTGGTATTGATTGCAAACTGCATGTCCTTCTCTGGTATCGTTACGGGGTTCAGTGCTGCTGGTTATCGGGAGTTACTTCATACTGTGGGAAT
>TRINITY_DN109262_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:CTACTGTGCTCCTTCCTGTCGTTCATTGCTGGTTTTCGTGTGCTTTCTGGCCTTAGAATGACTTCTTTATCGATCATAGCGAGTGCTTTCCGTTAAGCGGTCATATAATTCCTCTCAGCATCCGTCGGTGGAAACGATTAGCAGAGGATCAGAAGGCTCACATCTAGGGAAAAAAGTTGCTGGCGTGAGTGCTTTTGAAG
GAGAGAAAATGGAGACAAAAGCTGCGGAGGACGATGCTTTAATTCCGCTTGGACGTATAACGAGTCTTCAGTTCAGTTTGGTCACAAGCGATGAAATAACAAAGGTGTCTCGCTCTGAGCCTATTCAATTTCCAGGCCAACTATCTGGCCCTTTACTTGGACTTCCTACAGAGTCGCACAAATGCTCATCGTGTGGAACC
ATTAAACTTGATGAATGTGAAGGCCATTTTGGACATATTCGTCTTCCAACTCCAGTTTTTCATCCTTCTCACATTCCGGTAGTAGTTCGTATTCTAAAGAGCATTTGTCTAAACTGCTTCAAGCTGAAAAAGAAGAAAAAGATTATGAATGATGTGACAAAAGTACTACCGGAGAAAAAACCTATTAGTTATGGGACGGA
TTTACAGGGTACGAAAGCTAATAGTTCGATAAATTTCAAAAGGAAGAACTCTGATGCAATTAGTATTGATGCAAGTTCTAACTATGAAGAGGATCCTTTATTATGTTCTTTGATTCCAATAAGAACTTATGTGCAGCGCACTCCTTGCACGCCTATTAAGAGAAATCTAATTGGTTGTCAAAAGTCAAAAAATTTCAAGT
TTATAAAGGAAATAGCAAGGTCGGGCTTACAACAGAAAAAGCAAAGTGCTCTGCTGAAAAAGGGAAATTTTAATACGTCTATGTCAGATGCTGAGAACAACAAAGAAGGCACAAATTGCAAGTATTGTATGGATGTTGGAAAACAATCTGGACAGCGTTATCCTAGGATTGATGTAAAGATTGTTAATGCTAAAACATGC
AACAACGAAGAGTTCAGAGAGATAAGGATCTGGTTGGATAAGGAGATTCCACTAAAGTTTTGGGACTTTGTGGATAGATATTCTGGTCATAATTATGAGAATGAGGCATCACGGACACTTCTTCCATTCGAGTTTTTGAACATTCTCAGACAGGTTCCTGAGACAACATCGAAAGGATTTGGAGTAAGGCCAGAATCACT
TATTTGGGACTGCCTTCCAGTGCCCCCTAATTGTACTAGGATATCTGCAGATTCAGTCAAGGCAATGAGAATAAGCATTGATGGAGCAACTAAAATGTTGAAGAAAATCATCAGTGCAGTGGGGAGAATTAAAGAATCTAGAGGAGGGAAACCCACTTTTGATACTAGAAAGCATGAAACAAAACTGCTCCAGTCATTAT
GTTCACAATATTTGCGTGCACGTGGTGGTCGAAAGgtatattatatatttctagtactagctaacaacctgtgtttggtgattaatactaattttcatatagatttagtttcccatgctatttgcactttttgcagAGCCCAGGAGACAAGGAG
Intron 3 GTGAGAATTT ... TCACATCTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.52 | 31 | 5 | 12 |
| A2 | 31.82 | 15 | 4 | 10 |
| A3 | 23.29 | 28 | 10 | 7 |
| A4 | 25.58 | 32 | 11 | 11 |
| A5 | 16.67 | 15 | 5 | 1 |
| A6 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A8 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A10 | -1 | 0 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN120782_c0_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoformGTTGGACAGGTTATGGAGACGCAATGTATTCTCATCATTTTCTTGAGTGATGTTTTCATTTTCGAGCTCGCATGCTTTTCCGCTCCTCTTCGAAACTAGCAGTTGAGCCGGCATCCTTTCGGATTTTAGATCGATATCGAGATTCATTTGCATTAAGATCGAAAATCCCGCCAGACTGAAGGAGGCGCAGGCCACATCCC
TTTCGGATCGAGATATACCCAGTTAGAGACCAAAGATCGAGAGCTAGCATCACTACTGCCTGGAGAGCAGTTTACCTAGTTTACCGAACAGAAGCACCAGTTTCAAAGCCAGAGACGGTTCGAAAGCCAGTTGCTAAGCTCGAGGGAAAAAAGTTGCTGGCGTGAGTGCTTTTGAAGGAGAGAAAATGGAGACAAAAGCT
GCGGAGGACGATGCTTTAATTCCGCTTGGACGTATAACGAGTCTTCAGTTCAGTTTGGTCACAAGCGATGAAATAATAAAGGTGTCTCGCTCTGAGCCTATTCAATTTCCAGGCCAACTATCTGGCCCTTTACTTGGACTTCCTACAGAGTCGCACAAATGCTCATCGTGTGGAACCATTAAACTTGATGAATGTGAAGG
CCATTTTGGACATATTCGTCTTCCAACTCCAGTTTTTCATCCTTCTCACATTCCGGTAGTAGTTCGTATTCTAAAGAGCATTTGTCTAAACTGCTTCAAGCTGAAAAAGAAGAAAAAGATTATGAATGATGTGACAAAAGTACTACCGGAGAAAAAACCTATTAGTTATGGGACGGATTTACAGGGTACGAAAGCTAATA
GTTCGATAAATTTCAAAAGGAAGAACTCCGATGCAATTAGTATTGATGCAAGTTCTAACTATGAAGAGGATCCTTTATTATGTTCTTTGATTCCAATAAGAACTTATGTGCAGCGCACTCCTTGCACGCCTATTAAGAGAAATCTAATTGGTTGTCAAAAGTCAAAAAATTTCAAGTTTATAAAGGAAATAGCAAGGTCG
GGCTTACAACAGAAAAAGCAAAGTGCTCTGCTGAAAAAGGGAAATTTTAATACGTCTATGTCAGATGCTGAGAACAACAAAGAAGGCACAAATTGCAAGTATTGTATGGATGTTGGAAAACAATCTGGACAGCGTTATCCTAGGATTGATGTAAAGATTGTTAATGCTAAAACATGCAACAACGAAGAGTTCAGAGAGAT
AAGGATCTGGTTGGATAAGGAGATTCCACTAAAGTTTTGGGACTTTGTGGATAGATATTCTGGTCATAATTATGAGAATGAGGCATCACGGACACTTCTTCCATTCGAGTTTTTGAACATTCTCAGACAGGTTCCTGAGACAACATCGAAAGGATTTGGAGTAAGGCCAGAATCACTTATTTGGGACTGCCTTCCAGTGC
CCCCTAATTGTACTAGGATATCTGCAGATTCAGTCAAGGCAATGAGAATAAGCATTGATGGAGCAACTAAAATGTTGAAGAAAATCATCAGTGCAGTGGGGAGAATTAAAGAATCTAGAGGAGGGAAACCCACTTTTGATACTAGAAAGCATGAAACAAAACTGCTCCAGTCATTATGTTCACAATATTTGCGTGCACGT
GGTGGTCGAAAGAGCCCAGGAGACAAGGAGCCTTTTCAAGTTCATGGTCAAAGTTTAGGAGATGCTGAATCATTTTCAAAAATATGGGGTGAGAGGATTGCAACACTGTTTTTGCAAAAACTTTCTCGATTTTCTGCACGTGGTGTCTTAACTGGAGATGCATATATAGAAATAGATGAAATAGGAATTCCTCTTGAAGT
AGCGAAAAGTGTTACTGTTGAGGAACGCATAACATTTTATAACAAGGAAAGGATGCAGAATATTGTGAACCAAGGCCTTTATAGCACATTGGTTGATAGGGGTGGAAATTGTCGATCAAAAGAGTTCCTTGAAATGGTTAAGACGATTGAGATTGGCGAAATTGTTCATCGACAACTTTCAGATGGGGATACTGTCATTG
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>TRINITY_DN120782_c0_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTTGGACAGGTTATGGAGACGCAATGTATTCTCATCATTTTCTTGAGTGATGTTTTCATTTTCGAGCTCGCATGCTTTTCCGCTCCTCTTCGAAACTAGCAGTTGAGCCGGCATCCTTTCGGATTTTAGATCGATATCGAGATTCATTTGCATTAAGATCGAAAATCCCGCCAGACTGAAGGAGGCGCAGGCCACATCCC
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