sp|Q947D2|PRAF1_ARATH ----> PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1

Intron 1 GTTACGAGTT ... CGAGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.82	6	16.5	31
A2	93.81	1	13.5	17
A3	89.33	2	12.5	21
A4	92.7	1	10.5	15
A5	88.85	1	7.5	8.5
A6	56.73	4	6.5	4
A7	70.33	2	0.5	9
A8	56.62	9	8.5	15
A9	100	0	6	9
A10	79.98	3	10	14

>TRINITY_DN42738_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGATTGTTCCTCACATACATGCCCCTGCTTGACGTGCACACGCAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCA
GATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCT
GAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGA
TTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTC
GTAGCTATGGGGTGAGATTGCTAGTAATTAGCCAATTCGGATTAAATTAGTTTTCGCCAGTACTGCTCTCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGC
CAAGAATTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGA
TTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAG

>TRINITY_DN42738_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAgttacgagttgctctgtagatttgatctctgtgttttcttttctcttctgacagagatacagtgttttaattcttgttttgcaa
ttatgcaacgagatacagGATTGTTCCTCACATACATGCCCCTGCTTGACGTGCACACGCAGGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTA
TGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGT
GTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATG
TATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTATGGGGTGAGATTGCTAGTAATTAGCCAATTCGGATTAAATTAGTTTTCGCCAGTACTGCTCTCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATT
ATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGAATTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTAT
ATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTT
AATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAG

Intron 2 GTTACGAGTT ... GCACACGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	90.8	2	16.5	23
A2	81.99	3	13.5	14
A3	92.72	1	12.5	13
A4	79.61	3	10.5	13
A5	100	0	7.5	3
A6	74.16	2	6.5	5
A7	38.97	9	0.5	11
A8	64.04	8	8.5	20
A9	74.9	2	6	6
A10	75.96	3	10	9

>TRINITY_DN42738_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

GCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTC
TTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTATGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAG
ATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGTGTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAG
TTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATGTATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTATGGGGTGAGATTGCTAGTAATTAGCCAATTCGGATTA
AATTAGTTTTCGCCAGTACTGCTCTCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATTATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGAATTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTT
CCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTATATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTA
CTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTTAATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAG

>TRINITY_DN42738_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCATGTGGTAACAATCACACAGTTGCAGTGGACTCGGATGGATTTGTTTACACTGACTCAGGCAAGCTTTGTGCCTCTTCTGCACCTGATTATGGGCTCTGACAGTAATTCCTACAgttacgagttgctctgtagatttgatctctgtgttttcttttctcttctgacagagatacagtgttttaattcttgttttgcaa
ttatgcaacgagatacaggattgttcctcacatacatgcccctgcttgacgtgcacacgcagGATTTGCGAAAAACCCTTAGCCTACAGATGGAAATCTGCAGATGCCTGTAGATGTTTATGACGTCTTGCAAGCAATACTCTGTCTTCCTTGCAGCTACAATTTTTGTACTCTTTTGTGGCAGCAAACAGAAACCCGTA
TGGAGATGTTAACTATCCTTCACCTTAATTCAGATGTGAACTAAACAATAATTTCCTGCTATGAGTTTTTGCAGTAGAATGGTCTTTCTTCAATGGATATCTGAACTGAAATGGCCAGAGGTCCCTTTGTGTTGAAAGGCCCGTAGATAGAAAAACCTTGAAAATTGTGTGGGGCAAGGGCCAGAATCAGCTGAAACTGT
GTGATACAAATGTAATGAATAATCCAACACAACAAGGACAAATAGTTGAAATCCATATTGGATGGATAAGATATATATTTGATAATTGAATGAATGAGAAGATTTTACAATGAGCATAAACATTGACTGGACACGATGGTAGAGAGTTGTGTCTATTAGTTTCTTATTTTATTATTACTCTTATGTTATGTTTATTTATG
TATTTTATACTTGTTACAATCTGCGTATCTTTTTAAAGGGAAGCTAGCTTGTATTTTGGATGGTAAACACATAAAATCCAAGTCCCACACAATGCAATCGTCGTAGCTATGGGGTGAGATTGCTAGTAATTAGCCAATTCGGATTAAATTAGTTTTCGCCAGTACTGCTCTCAAGGATATGAAATAGTATGCAAATCATT
ATAATTGGACCTATTTAACAAGGGTGGAGTGAATCCAAATGCTGGAAGGCTGCAATAATAGCCACAATCGGCAGGCCACATACAGTCAAGGGGAATGCTTGCCAAGAATTGAACCTGGGTCTTCATCACAACAAGTGATCCAAGTTCCCACTAGACCATGGACTAACAGACTTTTTCTTAAGAATCATTGAGCAGATTAT
ATGCAACTCTTTTTGGTAATAACTTTGTATAAGTTTTGTTGCAAAAAGCAGATTGTTTCATTGATTAGTTATAATTGCAGTTGATGCCTGATATTCATTTGATTTTTGTTCAAGAATAATGTTTGTATATTATTTTCTGGTGTTTACTATACTCTGTAGTTTACCATCAAGGATGGGAGATTTTATTGGTTATGGAGCTT
AATTGTTGTCTCTGTTTGGTTGGTGTGCGTGTGCAGATGGGGATTTGGAGGGTATGGAAGGCTAGGGCATAGGGAACAGAAAGATGAGTGGAG