sp|Q8H3P9|HAK7_ORYSJ ----> Potassium transporter 7
Intron 1 GTAGGGTTAA ... TTTGTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.74 | 62 | 0 | 25 |
| A2 | 16.2 | 41.4 | 0 | 8 |
| A3 | 22.5 | 31 | 0 | 9 |
| A4 | 32.43 | 25 | 0 | 12 |
| A5 | 12.5 | 21 | 0 | 3 |
| A6 | 17.31 | 43 | 0 | 9 |
| A7 | 25.33 | 56 | 1 | 19 |
| A8 | 28.61 | 52.4 | 1 | 21 |
| A9 | 26.39 | 53 | 0 | 19 |
| A10 | 16.95 | 49 | 0 | 10 |
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGTTAGTTTAACTGCATTTCATGAGATTTTCTTTATTTTCAATGTCCGTTGGCTGCAGCCATTGATAAATGCTTGGATTTATAATTTTTGCAGGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTATTGTGATTGCTTGGC
TATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGTTTGTGGAAACCTAACTCTGTTTTGTTAGAAAACATCTTCCATGTT
ACTAATAACCTTAGCAAATGCTCATGTTTAAGGTAATTGCTCTGGAAACAATCATATATGTATTAGAGTAGTGGTTGTCAGTGGATTGTTCTTTTGTTGTCCGTTACAGGTACAGAGGCGATGTTTGCAGATCTTGGACACTTCACTCCTTTATCCATCCGGGTTTGTCAATTATTCTGAAATAGATGCTTTGAAAGTGT
TTACAAGCAACAGACAAGCTGATTCTAAACATTCACTATGTGTGATGCAGATTGCTTTTGCAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACC
CTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCAC
CTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTG
CTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTT
GTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCT
CAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATGT
ATGAAATTGATTCTCCTCAATTGGGAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCTTCTGTAAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTCTAAAGAAATTGGCTATTGAC
GTAGGATATTCATTCCTTCGAAAGAATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGAGGTGGGTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGTTGAAGAACAGACAATGCATC
TCTGACTCCGAGTAATAAGTACACAGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAAAGTGAAAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCGTACTGCCTCAGCAGTTGTCA
ATACAAAGATCATATATAGAGC
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAGTTTCTATGATTCCATACCTGgtagggttaagttatatataaatagcttgtgtttctactgttggttcttgaatctcccacttggatgtaatttcgttgttatgaaaatttctttgttttgtatgattgatgcataacatggattcatctttttaaaacatgtaaagttaattacacacgtaaatagttacaagtata
tctgtgtgatttgagcttggaccagcctcatttgaatttgtctgtggatggtaagataatctaaatgtcaatttttgtggcagCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTC
CACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATT
GTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAA
GGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATG
AACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCA
GTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATGTATGAAATTGATTCTCCTCAATTGGGAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCTTCTGT
AAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTCTAAAGAAATTGGCTATTGACGTAGGATATTCATTCCTTCGAAAGAATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGAGGTGG
GTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGTTGAAGAACAGACAATGCATCTCTGACTCCGAGTAATAAGTACACAGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAAAGTGA
AAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCGTACTGCCTCAGCAGTTGTCAATACAAAGATCATATATAGAGC
Intron 2 GTTTGTCAAT ... TGTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.65 | 53 | 17 | 47 |
| A2 | 32.38 | 42.8 | 13 | 28 |
| A3 | 28 | 41.2 | 13 | 19 |
| A4 | 22.74 | 30.6 | 4 | 14 |
| A5 | 29.74 | 40.2 | 12 | 22 |
| A6 | 25.75 | 41.8 | 5 | 24 |
| A7 | 32.77 | 54.4 | 18 | 35 |
| A8 | 33.93 | 39 | 18 | 22 |
| A9 | 18.16 | 58.6 | 4 | 22 |
| A10 | 35.27 | 51.4 | 21 | 35 |
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCAAAACTCTAATTCCCCACAAGGCTTTTCAAAGCCAATGATAACCTTGAAGTGATCCTTATCTATTCCTTTAGCCAACTTCCCTTCACAGGCGCGGGATTGGAACCTGGGTCTAGTAGCTCTGAAAACAGACGTTTCCGGAGCAAACCTCAGTAATGGCGTCTCCACGCGTCCCCTGAAGTGGTATTGCTTGCAACAATA
ATACATCCGGAAGCAAACATCAGTGATGGCATCTCCACGCGTCCCCTGCAGTGGTCTTTCTTGCAACAATAACATAACCGGAACACAAACTCATGAGAATAATAGAGGAATAATTTATATTTGTTACGTAATATGAGGGGTTTCACTTCAGATTCTCCGTCTCTGGCTGCTCCGAACCCTGCAACAAGGGTTATAAATTC
ATTGCCATTATCTTCTAGTTCAGTTTCCCTTACAGAGAGATGAATGCAGAGAACAGCCCTAAAAGAGAACTATAACAGAGATCTGCACGCCGCGCCGCGTTTTTAGAGATAAGAATCCCAAAAATGGACCAGGAATTTGGTTCCTACCATCGTCGCATGAATTCACAGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTT
GCTATTGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCCCACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTG
ACAATGGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCAAAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTT
GTGGTTTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGCAATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGC
ACCTATTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGTACAGAGGCGATGTTTGCAGATCTTG
GACACTTCACTCCTTTATCCATCCGGATTGCTTTTGCAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAG
GCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCAT
TGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCA
TCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCAT
CAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGAT
GGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATGTATGAAATTGATTCTCCTCAATTGG
GAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCTTCTGTAAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTCTAAAGAAATTGGCTATTGACGTAGGATATTCATTCCTTCGAAAG
AATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGAGGTGGGTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGTTGAAGAACAGACAATGCATCTCTGACTCCGAGTAATAAGTACAC
AGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAAAGTGAAAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCGTACTGCCTCAGCAGTTGTCAATACAAAGATCATATATAGAGC
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTTAGTTTAACTGCATTTCATGAGATTTTCTTTATTTTCAATGTCCGTTGGCTGCAGCCATTGATAAATGCTTGGATTTATAATTTTTGCAGGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTATTGTGATTGCTTGGC
TATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGTTTGTGGAAACCTAACTCTGTTTTGTTAGAAAACATCTTCCATGTT
ACTAATAACCTTAGCAAATGCTCATGTTTAAGGTAATTGCTCTGGAAACAATCATATATGTATTAGAGTAGTGGTTGTCAGTGGATTGTTCTTTTGTTGTCCGTTACAGGTACAGAGGCGATGTTTGCAGATCTTGGACACTTCACTCCTTTATCCATCCGGgtttgtcaattattctgaaatagatgctttgaaagtgt
ttacaagcaacagacaagctgattctaaacattcactatgtgtgatgcagATTGCTTTTGCAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACC
CTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCAC
CTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTG
CTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTT
GTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCT
CAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATGT
ATGAAATTGATTCTCCTCAATTGGGAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCTTCTGTAAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTCTAAAGAAATTGGCTATTGAC
GTAGGATATTCATTCCTTCGAAAGAATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGAGGTGGGTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGTTGAAGAACAGACAATGCATC
TCTGACTCCGAGTAATAAGTACACAGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAAAGTGAAAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCGTACTGCCTCAGCAGTTGTCA
ATACAAAGATCATATATAGAGC
Intron 3 GTGCGTAAAA ... TCGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32 | 17 | 8 | 1 |
| A2 | 40 | 6 | 4 | 0 |
| A3 | 35.29 | 11 | 6 | 0 |
| A4 | 35.71 | 9 | 5 | 2 |
| A5 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A6 | 26.67 | 22 | 8 | 0 |
| A7 | 35 | 13 | 7 | 0 |
| A8 | 10 | 9 | 1 | 0 |
| A9 | 7.69 | 12 | 1 | 0 |
| A10 | 25 | 3 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformGGACATGTCACATGAGCAAGTCATTCTTGGACCTGATCGAGGCAGGTTGAAGCAAAGCTATTGATCGACTGTTCTGAGTTCAGCCGGCATGAATCTTCCATTTCACAAGTTGAAATTGTTAGAACGGCTATCGGTCTGTGCATAAAATTGTCGTTGAACGGAAAAGCCAGCAATAAGGGCTCGATTTTACGAGAATGTCG
AGATTAAGGGTTTCCCAGGAGCAGGAAAGCGAAAGGAAACCCTTCATGACTGCTCGTCTCCTTTCTTGGATTTTAACATACACAAGAATCCGAGCTGTGATTGTCGTGCTCAGAGTGTCCTTATCGTTCAATCGCAGTTTATGAAAGGGAATGATGAAGAGGCCTTGCAAAGGAATCCGCAGAGACTAATGATTGATGGT
AAGCAGAAAAAATTCTCTTTCACTGTGTATTTGTTTGTAATTGATAAGTTTTTCAAGCAGAGCTGTAAATCGTCCTTGAAATAAGTTTATAGGGAGTTTGCCCCTCGTATACAGAGCAGCTTTTCCCGGTTTTCAGCCTTTATAAATTATGTAATTATGAACTGATAACTGAAA
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGACATGTCACATGAGCAAGTCATTCTTGGACCTGATCGAGGCAGGTTGAAGCAAAGCTATTGATCGACTGTTCTGAGTTCAGCCGGCATGAATCTTCCATTTCACAAGTTGAAATTGTTAGAACGGCTATCGGTCTGTGCATAAAATTGTCGTTGAACGGAAAAGCCAGCAATAAGGGCTCGATTTTACGAGAATGTCG
AGATTAAGGGTTTCCCAGGAGCAGGAAAGCGAAAGGAAACCCTTCATGACTGCTCGTCTCCTTTCTTGGATTTTAACATACACAAGAATCCGAGCTGTGATTGTCGTGCTCAGAGTGTCCTTATCGTTCAATCGCAGTTTATGAAAGgtgcgtaaaatatgactaatattctagaatgcaatcagtatccggctttcacc
attctgtgccttcaccttttgatatttcctcttttccgcctttaaactttgtaatcgtttgcagGGAATGATGAAGAGGCCTTGCAAAGGAATCCGCAGAGACTAATGATTGATGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTTGCTATTGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCC
CACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTGACAATGGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCA
AAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTTGTGGTTTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGC
AATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTATTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATG
TTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGTACAGAGGCGATGTTTGCAGATCTTGGACACTTCACTCCTTTATCCATCCGGATTGCTTTTGCAGGAGTTGTCTATCCA
TGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTG
TTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAA
TCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAA
AACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGC
TGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGA
TGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATGTATGAAATTGATTCTCCTCAATTGGGAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCT
TCTGTAAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTCTAAAGAAATTGGCTATTGACGTAGGATATTCATTCCTTCGAAAGAATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGA
GGTGGGTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGTTGAAGAACAGACAATGCATCTCTGACTCCGAGTAATAAGTACACAGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAA
AGTGAAAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCGTACTGCCTCAGCAGTTGTCAATACAAAGATCATATATAGAGC
Intron 4 GTTTGTGGAA ... GCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.76 | 32 | 32 | 52 |
| A2 | 51.06 | 23 | 19 | 29 |
| A3 | 54.05 | 17 | 19 | 21 |
| A4 | 52.94 | 16 | 22 | 14 |
| A5 | 73.68 | 5 | 11 | 17 |
| A6 | 52.81 | 21 | 22 | 25 |
| A7 | 62.69 | 25 | 43 | 41 |
| A8 | 55 | 18 | 23 | 21 |
| A9 | 51.81 | 20 | 19 | 24 |
| A10 | 54.62 | 27 | 23 | 42 |
>TRINITY_DN111995_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCTCTAATTCCCCACAAGGCTTTTCAAAGCCAATGATAACCTTGAAGTGATCCTTATCTATTCCTTTAGCCAACTTCCCTTCACAGGCGCGGGATTGGAACCTGGGTCTAGTAGCTCTGAAAACAGACGTTTCCGGAGCAAACCTCAGTAATGGCGTCTCCACGCGTCCCCTGAAGTGGTATTGCTTGCAACAATAATACA
TCCGGAAGCAAACATCAGTGATGGCATCTCCACGCGTCCCCTGCAGTGGTCTTTCTTGCAACAATAACATAACCGGAACACAAACTCATGAGAATAATAGAGGAATAATTTATATTTGTTACGTAATATGAGGGGTTTCACTTCAGATTCTCCGTCTCTGGCTGCTCCGAACCCTGCAACAAGGGTTATAAATTCATTGC
CATTATCTTCTAGTTCAGTTTCCCTTACAGAGAGATGAATGCAGAGAACAGCCCTAAAAGAGAACTATAACAGAGATCTGCACGCCGCGCCGCGTTTTTAGAGATAAGAATCCCAAAAATGGACCAGGAATTTGGTTCCTACCATCGTCGCATGAATTCACAGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTTGCTAT
TGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCCCACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTGACAAT
GGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCAAAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTTGTGGT
TTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGCAATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTA
TTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTAC
ATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGAT
AGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGA
ATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAA
TGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTAT
TGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTC
CTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATG
>TRINITY_DN111995_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAAGATTCTAAATATACATCTTTTGTATTAGAAAAAAATGTAACATGCATAATATAATGCTCATGAAAATGAAGATTTTTTTATTACTTTTAACAGGTACTTGTTAGTTTAACTGCATTTCATGAGATTTTCTTTATTTTCAATGTCCGTTGGCTGCAGCCATTGATAAATGCTTGGATTTATAATTTTTGCAGGTGTGG
TGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTATTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGG
GAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGgtttgtggaaacctaactctgttttgttagaaaacatcttccatgttactaataaccttagcaaatgctcatgtttaaggtaattgctctggaaacaatcatatatgtattagagtagtggttgtcagtggattgttcttttgtt
gtccgttacaggtacagaggcgatgtttgcagatcttggacacttcactcctttatccatccgggtttgtcaattattctgaaatagatgctttgaaagtgtttacaagcaacagacaagctgattctaaacattcactatgtgtgatgcagattgcttttgcagGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATG
GGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGT
CCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATT
TTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGG
ATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGG
GCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTG
TTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATG
Intron 5 GTTTGTGGAA ... TCCGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 35.98 | 43.8 | 30.4 | 19.4 |
| A2 | 30.9 | 37 | 19 | 14.7 |
| A3 | 24.77 | 44.8 | 16.6 | 12.7 |
| A4 | 30.53 | 30.9 | 22 | 4.9 |
| A5 | 33.79 | 21.3 | 11 | 11.1 |
| A6 | 31.77 | 37.3 | 22 | 12.9 |
| A7 | 43.28 | 48.2 | 43 | 30.9 |
| A8 | 38.49 | 40.7 | 23 | 28.5 |
| A9 | 22.25 | 51.2 | 19 | 11.4 |
| A10 | 32.92 | 44 | 23 | 20.9 |
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformCAAAACTCTAATTCCCCACAAGGCTTTTCAAAGCCAATGATAACCTTGAAGTGATCCTTATCTATTCCTTTAGCCAACTTCCCTTCACAGGCGCGGGATTGGAACCTGGGTCTAGTAGCTCTGAAAACAGACGTTTCCGGAGCAAACCTCAGTAATGGCGTCTCCACGCGTCCCCTGAAGTGGTATTGCTTGCAACAATA
ATACATCCGGAAGCAAACATCAGTGATGGCATCTCCACGCGTCCCCTGCAGTGGTCTTTCTTGCAACAATAACATAACCGGAACACAAACTCATGAGAATAATAGAGGAATAATTTATATTTGTTACGTAATATGAGGGGTTTCACTTCAGATTCTCCGTCTCTGGCTGCTCCGAACCCTGCAACAAGGGTTATAAATTC
ATTGCCATTATCTTCTAGTTCAGTTTCCCTTACAGAGAGATGAATGCAGAGAACAGCCCTAAAAGAGAACTATAACAGAGATCTGCACGCCGCGCCGCGTTTTTAGAGATAAGAATCCCAAAAATGGACCAGGAATTTGGTTCCTACCATCGTCGCATGAATTCACAGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTT
GCTATTGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCCCACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTG
ACAATGGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCAAAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTT
GTGGTTTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGCAATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGC
ACCTATTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGTACAGAGGCGATGTTTGCAGATCTTG
GACACTTCACTCCTTTATCCATCCGGATTGCTTTTGCAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAG
GCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCAT
TGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCA
TCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCAT
CAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGAT
GGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATGTATGAAATTGATTCTCCTCAATTGG
GAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCTTCTGTAAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTCTAAAGAAATTGGCTATTGACGTAGGATATTCATTCCTTCGAAAG
AATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGAGGTGGGTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGTTGAAGAACAGACAATGCATCTCTGACTCCGAGTAATAAGTACAC
AGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAAAGTGAAAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCGTACTGCCTCAGCAGTTGTCAATACAAAGATCATATATAGAGC
>TRINITY_DN122570_c5_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAAACTCTAATTCCCCACAAGGCTTTTCAAAGCCAATGATAACCTTGAAGTGATCCTTATCTATTCCTTTAGCCAACTTCCCTTCACAGGCGCGGGATTGGAACCTGGGTCTAGTAGCTCTGAAAACAGACGTTTCCGGAGCAAACCTCAGTAATGGCGTCTCCACGCGTCCCCTGAAGTGGTATTGCTTGCAACAATA
ATACATCCGGAAGCAAACATCAGTGATGGCATCTCCACGCGTCCCCTGCAGTGGTCTTTCTTGCAACAATAACATAACCGGAACACAAACTCATGAGAATAATAGAGGAATAATTTATATTTGTTACGTAATATGAGGGGTTTCACTTCAGATTCTCCGTCTCTGGCTGCTCCGAACCCTGCAACAAGGGTTATAAATTC
ATTGCCATTATCTTCTAGTTCAGTTTCCCTTACAGAGAGATGAATGCAGAGAACAGCCCTAAAAGAGAACTATAACAGAGATCTGCACGCCGCGCCGCGTTTTTAGAGATAAGAATCCCAAAAATGGACCAGGAATTTGGTTCCTACCATCGTCGCATGAATTCACAGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTT
GCTATTGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCCCACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTG
ACAATGGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCAAAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTT
GTGGTTTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGCAATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGC
ACCTATTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGgtttgtggaaacctaactctgttttgt
tagaaaacatcttccatgttactaataaccttagcaaatgctcatgtttaaggtaattgctctggaaacaatcatatatgtattagagtagtggttgtcagtggattgttcttttgttgtccgttacagGTACAGAGGCGATGTTTGCAGATCTTGGACACTTCACTCCTTTATCCATCCGGGTTTGTCAATTATTCTGA
AATAGATGCTTTGAAAGTGTTTACAAGCAACAGACAAGCTGATTCTAAACATTCACTATGTGTGATGCAGATTGCTTTTGCAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGC
CTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACT
GTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACA
GGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTC
CTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGAT
TTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTT
ACAGAGTCTCCAGTCCATGTATGAAATTGATTCTCCTCAATTGGGAAGACAACGGCGAGTCAGATTTGAATTGCATAATAGTCCTACAGTAGTACCTTCTGTAAGGGAAGAGCTATTGGAATTGATCAAGGCAAAGGAGGCGGGGGTTGCTTACATATTGGGTCACTCATACATCAAAGCCAGGAAGTCATCATCATTTC
TAAAGAAATTGGCTATTGACGTAGGATATTCATTCCTTCGAAAGAATTGCAGGGGACCTGCTGTGGCATTAAACATTCCACATATTAGCCTGATTGAGGTGGGTATGATATATTATGTGTAGATGCTTTGTATGGACCTTGTTGGTCATATAGGATGGTAAACATCATCATCGTCATCATAATCAGGGCTGTACATCAGT
TGAAGAACAGACAATGCATCTCTGACTCCGAGTAATAAGTACACAGTTTCCATTAGCAGTTTTGTACTGAAAGATGTCAATTTGGTAATTTCTATAAAGTGAAAAGCATCTCTAAGAAATATCTGTAGTGTTATGCATATGTTAATGAACATTGATTCTTTATTTATGTATTATTGAGAAAAAAACAATTTATGTATGCG
TACTGCCTCAGCAGTTGTCAATACAAAGATCATATATAGAGC
Intron 6 GTACAGAGGC ... GCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60.98 | 32 | 44 | 56 |
| A2 | 64.06 | 23 | 37 | 45 |
| A3 | 72.58 | 17 | 46 | 44 |
| A4 | 65.96 | 16 | 32 | 30 |
| A5 | 86.11 | 5 | 21 | 41 |
| A6 | 65.85 | 21 | 38 | 43 |
| A7 | 68.55 | 25 | 48 | 61 |
| A8 | 68.14 | 18 | 40 | 37 |
| A9 | 73.51 | 20 | 52 | 59 |
| A10 | 64.94 | 27 | 44 | 56 |
>TRINITY_DN111995_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCTCTAATTCCCCACAAGGCTTTTCAAAGCCAATGATAACCTTGAAGTGATCCTTATCTATTCCTTTAGCCAACTTCCCTTCACAGGCGCGGGATTGGAACCTGGGTCTAGTAGCTCTGAAAACAGACGTTTCCGGAGCAAACCTCAGTAATGGCGTCTCCACGCGTCCCCTGAAGTGGTATTGCTTGCAACAATAATACA
TCCGGAAGCAAACATCAGTGATGGCATCTCCACGCGTCCCCTGCAGTGGTCTTTCTTGCAACAATAACATAACCGGAACACAAACTCATGAGAATAATAGAGGAATAATTTATATTTGTTACGTAATATGAGGGGTTTCACTTCAGATTCTCCGTCTCTGGCTGCTCCGAACCCTGCAACAAGGGTTATAAATTCATTGC
CATTATCTTCTAGTTCAGTTTCCCTTACAGAGAGATGAATGCAGAGAACAGCCCTAAAAGAGAACTATAACAGAGATCTGCACGCCGCGCCGCGTTTTTAGAGATAAGAATCCCAAAAATGGACCAGGAATTTGGTTCCTACCATCGTCGCATGAATTCACAGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTTGCTAT
TGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCCCACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTGACAAT
GGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCAAAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTTGTGGT
TTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGCAATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTA
TTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTAC
ATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGTTATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGAT
AGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTGCTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGA
ATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATGTATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAA
TGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGTACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTAT
TGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAGCAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTC
CTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATG
>TRINITY_DN111995_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTCTAATTCCCCACAAGGCTTTTCAAAGCCAATGATAACCTTGAAGTGATCCTTATCTATTCCTTTAGCCAACTTCCCTTCACAGGCGCGGGATTGGAACCTGGGTCTAGTAGCTCTGAAAACAGACGTTTCCGGAGCAAACCTCAGTAATGGCGTCTCCACGCGTCCCCTGAAGTGGTATTGCTTGCAACAATAATACA
TCCGGAAGCAAACATCAGTGATGGCATCTCCACGCGTCCCCTGCAGTGGTCTTTCTTGCAACAATAACATAACCGGAACACAAACTCATGAGAATAATAGAGGAATAATTTATATTTGTTACGTAATATGAGGGGTTTCACTTCAGATTCTCCGTCTCTGGCTGCTCCGAACCCTGCAACAAGGGTTATAAATTCATTGC
CATTATCTTCTAGTTCAGTTTCCCTTACAGAGAGATGAATGCAGAGAACAGCCCTAAAAGAGAACTATAACAGAGATCTGCACGCCGCGCCGCGTTTTTAGAGATAAGAATCCCAAAAATGGACCAGGAATTTGGTTCCTACCATCGTCGCATGAATTCACAGGTTTCTCGGAAGAGCTACTACAAATCAACTTTGCTAT
TGGTATATGAAAGCTTTGGGGTGGTTTATGGTGATTTGAGCACATCCCCACTTTATGTCTATAAAAGTACTTTTGACGGAAAGTTGCAGCACCATAAGAATGAAGAGGCAGTCTTTGGGGTCTTTTCATTAATCTTTTGGACATTGACCTTGATCCCTGTTGTTAAGTACGTTGTTATAGTTTTGAGTGCAGGTGACAAT
GGTGAAGGGGGAACTTTTGCGTTGTATTCACTTCTTTGTAGACATGCAAAGTTGAGTTTGCTTCCAAATCAGCAAGCAGCTGATGAAGAAGTTTCTACATATTATACTTCACGGCAGCCAGCTCAGAATACAGGAACCTCTCGTTTGAAGAGATTTCTGGAAAAGCATAGAAGGCTGCGCACAGGTTTACTTGTTGTGGT
TTTACTAGGCACTTGCATGGTAATAGGTGATGGTGTTCTCACACCTGCAATATCAGTTCTCTCATCTGTATCTGGGCTCCAAGTACGCACTACAAAGCTCAATGATAGTGTGGTGGTGGTTCTTGCCTGCATTATATTGATTGGCCTTTTTGCTCTGCAGCATTTTGGCACTCATCGGGTGGCCTTTATTTTTGCACCTA
TTGTGATTGCTTGGCTATTATGCATCAGCACAGTTGGCATATACAATGTTGTTCATTGGAATCCTAGGATATTACGTGCCCTCTCTCCTTATTATGCGATCAAATTCTTTAGGGAAACTGGTAAAGATGGTTGGATTTCTCTTGGTGGGATAGTCCTATGTATTACAGgtacagaggcgatgtttgcagatcttggacac
ttcactcctttatccatccggattgcttttgcagGAGTTGTCTATCCATGTCTGATTCTATCTTACATGGGACAGGCAGCCTTTCTTTCAAAGAATATTACCGATATTAGCACAAGTTTCTATGATTCCATACCTGCGCCTGTTTTTTGGCCTGTGTTTGTAGTGGCCACCCTAGCTGCTATTGTTGGAAGCCAGGCTGT
TATTTCAGCAACGTTTTCAATTGTCAAGCAATGCCATGCTTTGGGTTGTTTTCCACGTATCAAGATAGTCCACACTTCAAGGAATATTTGTGGTCGGATTTACATACCAGAAATAAATTGGATTCTCTTGGTTCTATGCCTTGCTGTCACTGTAGGGTTCAGGGATACCACCTTAATTGGAAATGCTTATGGCATTGCTG
CTATCACTGTTATGTTTGTGACGACATGCCTTATGTCACTTATTATAATCATTGTATGGCGAAAGAATTTTCTATTGGCCATTGGTTTTCTTCTCTTCTTTGGATGCATTGAAGGAGTCTACCTCTCAGCCTCTGTTATGAAGGTGCCACAGGGAGGTTGGGTTCCTCTTGCTTTGTCAGCAATATTTATGGTCATCATG
TATGTATGGCATTATGGTACACGGAGAAAGTATATGTTTGACTTACAAAACAAGGTTTCTATGAAATGGATCCTCACACTTGGACCAAGCCTTGGAATTGTCCGGGTTCCTGGTATTGGATTAATCTATACTGAGTTGGTCACAGGGGTTCCTGCTATATTCTCACATTTTGTCACAAATCTTCCTGCATTTCATCAGGT
ACTTGTGTTTGTGTGCATCAAATCAGTTCCTGTTCCATTTGTCCCTGCTGATGAACGTTATCTTATTGGGCGCATTGGCCCAAAAGTATACCATATGTACAGATGTATTGTGAGGTATGGGTATAAAGATATCCAGAGGGATGATAATGATTTTGAGAATCAACTTATTCTCAGTATTGCCGAATTCATACAGATGGAAG
CAGAAGAATCACAGTCTACAAGCTACGATAATTCACCAGATGGAAGGATGGCAGTAATCAGTGCTCCTGTTCAATCTTCCATAAGGATGGTGATTGCAGACGAGGATGATAATGTGGCGGGGAGTATTCCCAGCAGCAAATCTCCAACTTTACAGAGTCTCCAGTCCATG