sp|Q9ZQ47|GRDP1_ARATH ----> Glycine-rich domain-containing protein 1

Intron 1 GTAAATTTTG ... TGTGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56	11	0	14
A2	51.35	18	6	19
A3	42.86	16	2	12
A4	31.25	11	0	5
A5	20	8	0	2
A6	44.07	33	2	26
A7	43.04	31	1.4	23.4
A8	38	31	0	19
A9	42.59	31	1	23
A10	42.86	16	1	12

>TRINITY_DN124594_c6_g3_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAATGGGTAAGTTAAAAAAAGTGGTTAACTCTTTCTTACCCTGAGTGAAGCGTAGCTGCTTGAATTTTACATTTGATCCGCGAGGTCATACGACAAAGAAATTACGGATGGAGGCCGCGTTCTCAGTGATTTTCGAGGATAAATTTGTCTTTTTGGGGATTTCTTTGGGGGTTTGTAGGGTTTAGTGATGGAGCTTTTG
GCAGGAAGCGGTGGAGGTGTTCAGCCCCGGTCATAGAGGGAAAAAACCATCTGTGAAAGACATATTCTACAGGCCAAGAAAAGGGTTGCTATGGTTTCTGCTATCAAGAACCCTAACAACCCAGGCCCTATGGCAAGAGAGACAAAACAAAATTGCCCTCGCAATTGTATGGTAGGAATGGGGAGAGCCCTGTTATGGAT
TATGAAGACATCAAGTGTGTTGATGGTGAATCTATTCATCATGCAAAGTCTAAATCTTTCCTTCATTCTTCGAACAAGGTAAGTTCTAGTTCTCCTTAATTTCCATCGTCTTTGTAGAACTCTGCATTTAAAGAACTCGAATCGAGACTATGGCCAACATGAGCTAAGTGAGAGTCGAAATTTAGTAAATAGCTTGTGTC
ATCAATGCACACCACAAAACATTAGGGCTTAATTTTTGTTTCTACCTGAAATACCCAGGTTGGATTCTTTAATTAGGCACTTCCGCACCTGAAATATTCATTACCTCATTTAGAAGATATAAAATTCAATGACGATTGAGTATCTTGCCAAAGGCCCATTTTTT

>TRINITY_DN124594_c6_g3_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAATGGGTAAGTTAAAAAAAGTGGTTAACTCTTTCTTACCCTGAGTGAAGCGTAGCTGCTTGAATTTTACATTTGATCCGCGgtaaattttggcctcaatctgcattctatctctttggcatatgattatatctttccttatttattttttccagttgtgttacagAGGTCATACGACAAAGAAATTACGGATGGAGGC
CGCGTTCTCAGTGATTTTCGAGGATAAATTTGTCTTTTTGGGGATTTCTTTGGGGGTTTGTAGGGTTTAGTGATGGAGCTTTTGGCAGGAAGCGGTGGAGGTGTTCAGCCCCGGTCATAGAGGGAAAAAACCATCTGTGAAAGACATATTCTACAGGCCAAGAAAAGGGTTGCTATGGTTTCTGCTATCAAGAACCCTAA
CAACCCAGGCCCTATGGCAAGAGAGACAAAACAAAATTGCCCTCGCAATTGTATGGTAGGAATGGGGAGAGCCCTGTTATGGATTATGAAGACATCAAGTGTGTTGATGGTGAATCTATTCATCATGCAAAGTCTAAATCTTTCCTTCATTCTTCGAACAAGGTAAGTTCTAGTTCTCCTTAATTTCCATCGTCTTTGTA
GAACTCTGCATTTAAAGAACTCGAATCGAGACTATGGCCAACATGAGCTAAGTGAGAGTCGAAATTTAGTAAATAGCTTGTGTCATCAATGCACACCACAAAACATTAGGGCTTAATTTTTGTTTCTACCTGAAATACCCAGGTTGGATTCTTTAATTAGGCACTTCCGCACCTGAAATATTCATTACCTCATTTAGAAG
ATATAAAATTCAATGACGATTGAGTATCTTGCCAAAGGCCCATTTTTT

Intron 2 GTGATTATTT ... TGATCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	8	1	3
A2	50	4	2	4
A3	31.03	20	2	9
A4	25	3	0	1
A5	25	12	0	4
A6	25.84	66	3	23
A7	23.61	55	9	17
A8	30.36	39	2	17
A9	21.3	85	4	23
A10	22.22	28	3	8

>TRINITY_DN119321_c1_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

AAAGTGGTTAACTCTTTCTTACCCTGAGTGAAGCGTAGCTGCTTGAATTTTACATTTGATCCGCGAGGTCATACGACAAAGAAATTACGGATGGAGGCCGCGTTCTCAGTGATTTTCGAGGATAAATTTGTCTTTTTGGGGATTTCTTTGGGGGTTTGTAGGGTTTAGTGATGGAGCTTTTGGCAGGAAGCGGTGGAGGT
GTTCAGCCCCGGTCATAGAGGGAAAAAACCATCTGTGAAAGACATATTCTACAGGCCAAGAAAAGGGTTGCTATGGTTTCTGCTATCAAGAACCCTAACAACCCAGGCCCTATGGCAAGAGAGACAAAACAAAATTGCCCTCGCAATTGTATGGTAGGAATGGGGAGAGCCCTGTTATGGATTATGAAGACATCAAGTGT
GTTGATGGTGAATCTATTCATCATGCAAAGTCTAAATCTTTCCTTCATTCTTCGAACAAGGTTTTCGACAGCTAAAGCACAACTTGTATTTCTTGCATCTGTGGATAGATATCCATGGCTATATCAAGGCCCTGCTATGGAAAGAGATATTCAGAGGTATGAGTAATGATGGCTTCCTTTGCTTGAAAAGACCAAAGCTA
AGACAACATTGGTTCCACCTCTTGACTGTGAATGGGTGTGGTACTTCCACAGGCTTAATCCACTGCAATATTTAGAGGATTGTCCGCGTTTGTATGGAAAATTATCAGTTACCAATGCAATGCCCTCTCCTAAGAGGGATTCTTCCATGGACGTGACACTTAAAATTATAAGAAAATGTGTATCATAACAAGTCGTTTAC
TTTGGATTTGGATGTACTCTGTTCTGCAAAGTCTAATTACAATCGACAACACCCTACGAGAAACAACAAAATCCAATATGATTTGGCTAGGGTTATGAGAAGGCAACGATCCTTTTGGCACCATGTCAGTTTTGTTATCAATGAATTACATATTGCTATAGACCCATCTAAAATTAGGTCTACTAGATGTTGAATATAAG
ACTTCACAAAAGAAAATGTTATATTTAAGTTGGAGTGTACCTTACCACGGTTAGTGCCTTGTATACTGTGAGGTGATTTTATTTACCATGTGTAATTGTTTTGGGTGAGATATTTTTCTGTTCTGTTGAGAGTCAACCGGTCAAGGTGGTTCACACTTGTATGTTAATTAAAAGCAAGCTCCTCTTGTTTCTTTGTATAT
CTTTTTCACATAGATTAGGATTCAGACACTGTTCATTATCATACTGGTGAACTTCAAATAATTTATTTTTTTATGTTGGGATGCGAGTTTTATGTAAAGGTTCATTTGTTTAAATCATTAATGTTATGAGTTCGCTCTGACCGGAAATGCAATTTACAGAATGGTTCCATGATAATGGTGTAAGACTTGCACTTTTGAAC
ATGTGGCTTGTCCTGAGAAATTCTACAGAGTGCTTAAAGCATTTACTTGTGCTAGCACTATCTTAAATCTATTTTAATCCCCTCTTAAGACAGCAGTATTTGATAACACAACTATTCAGCATGGCAGTGAGATGTGATGAGAGGCACAATTATGGTTGTAGTTTTAAAATAAACCGGGCTGCATTTAATTGTTTATGGGC
ATGCATTCAAATTGATATTTCTTTAAATGATGTCGAATATACCGGTTTGGCTGGCTAGACTCTTTTGAACTGTAATTGTTGCAAGATTTATTGTTTCTTAAATCAGATAACCAGTTGGAAAGATGTTAGTGTTGCTTATTCCTTGGGAGG

>TRINITY_DN119321_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTAGTGTCCAAACAAATAATTGTGGCCTTTTCCACTTAAAGGAAAAAAAAAACATTGCTATGAGAAGTGATCATGGATTGATATCGCTGAAGTTGTGGACTTGTAGTGTTCAGAGCACAGAGCGGGAGAAATCGTGGATGCAAGAAATTAGTCAACTTTCGGTTGTTAAAATGTGCATGGAGGAGATTGCCACCATGAAG
GATAGGTGCAATTTTTAAGTGCATTTCTAGTCACCAGAAGATAAATCTATTTCACTGCGTTGATGAAAGGTTTTCGACAGCTAAAGCACAACTTGTATTTCTTGCATCTGTGGATAGATATCCATGGCTATATCAAGGCCCTGCTATGGAAAGAGATATTCAGAGgtgattattttcccatcaaactcatatctatgaaa
ttatacagcttggaagaaattccttactaggtggtagttgaatttgtaatactgagaagactcaactgctaactatttcttgcatgatctgcagGTATGAGTAATGATGGCTTCCTTTGCTTGAAAAGACCAAAGCTAAGACAACATTGGTTCCACCTCTTGACTGTGAATGGGTGTGGTACTTCCACAGGCTTAATCCA
CTGCAATATTTAGAGGATTGTCCGCGTTTGTATGGAAAATTATCAGTTACCAATGCAATGCCCTCTCCTAAGAGGGATTCTTCCATGGACGTGACACTTAAAATTATAAGAAAATGTGTATCATAACAAGTCGTTTACTTTGGATTTGGATGTACTCTGTTCTGCAAAGTCTAATTACAATCGACAACACCCTACGAGAA
ACAACAAAATCCAATATGATTTGGCTAGGGTTATGAGAAGGCAACGATCCTTTTGGCACCATGTCAGTTTTGTTATCAATGAATTACATATTGCTATAGACCCATCTAAAATTAGGTCTACTAGATGTTGAATATAAGACTTCACAAAAGAAAATGTTATATTTAAGTTGGAGTGTACCTTACCACGGTTAGTGCCTTGT
ATACTGTGAGGTGATTTTATTTACCATGTGTAATTGTTTTGGGTGAGATATTTTTCTGTTCTGTTGAGAGTCAACCGGTCAAGGTGGTTCACACTTGTATGTTAATTAAAAGCAAGCTCCTCTTGTTTCTTTGTATATCTTTTTCACATAGATTAGGATTCAGACACTGTTCATTATCATACTGGTGAACTTCAAATAAT
TTATTTTTTTATGTTGGGATGCGAGTTTTATGTAAAGGTTCATTTGTTTAAATCATTAATGTTATGAGTTCGCTCTGACCGGAAATGCAATTTACAGAATGGTTCCATGATAATGGTGTAAGACTTGCACTTTTGAACATGTGGCTTGTCCTGAGAAATTCTACAGAGTGCTTAAAGCATTTACTTGTGCTAGCACTATC
TTAAATCTATTTTAATCCCCTCTTAAGACAGCAGTATTTGATAACACAACTATTCAGCATGGCAGTGAGATGTGATGAGAGGCACAATTATGGTTGTAGTTTTAAAATAAACCGGGCTGCATTTAATTGTTTATGGGCATGCATTCAAATTGATATTTCTTTAAATGATGTCGAATATACCGGTTTGGCTGGCTAGACTC
TTTTGAACTGTAATTGTTGCAAGATTTATTGTTTCTTAAATCAGATAACCAGTTGGAAAGATGTTAGTGTTGCTTATTCCTTGGGAGG

Intron 3 GTACATTCAT ... TTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.52	97	1	35
A2	24.21	72	2	23
A3	26.13	76.3	9	27
A4	25.86	86	11	30
A5	18.42	31	5	7
A6	31.58	13	0	6
A7	19.44	29	0	7
A8	20	12	0	3
A9	8.33	11	0	1
A10	32	34	0	16

>TRINITY_DN119321_c1_g1_i14 from sample A3 / Example spliced isoform

CTCTTCCTTTTTATTTTTTTTTCTTCTGATTGCAGAGAGAGAGGGAGTAGGAGAAATGTATGGGATTTGTTGGTGCAGAGGAGAGGAGGCTGCAGCAAAATGAATGATGTTAGGCAAATAATAAAATAAATGAGTGGAGTAGAGTGGAGTGGACAAGGAAGATTTTCTTCTTCCCTCTGGATCAGATTGCAGGGCAGCAG
GGCCAGGGCTTCACTTTCTTCCTTCTCATGGCCGCAAGCGTAAGCGCAAGATCTGAGTTTCGAAACCCCCAGTAAGCTAAATTTCCAACCCTAGCTCTCACAGTAAAATCCAGCGAGGCATTGTATTGTATGCATAAAATTTAGGTTCCCAGATCCGCCCGGGTTCGATCCCCAGTGGCGGGACCATATCGTTGCTTTAT
TTGGAGTCCAGATGTTTAGCAATGATAACCACAATGGAGGAAGCGATAGAGATGGTGCAGGCCAAGGACACCAAGGAGCGTATGGCAGGCGTGGAGAGGCTGCAGCAGCTTCTGGAGCATTCGACCAAGAGTTTGAGTGCGACCGAAGTGAGTAATCTCGTGGACGCGTCCATGGGGCTCTTGAAGGATAATAATTTTAG
GGTCAGCCAGGGCGCTCTGCAGGCTCTTGCATTTGCGGCATCATTGTCTGGGGAGCATCTGAAGCTGCATTTCAATGCATTGCTGCCAGCCATTGTCGAAAGGTTAGGAGATGGCAAACAGCCCGTTCGCGATGCCGCTCGTAGGCTTTTGCTGGCTCTCATGGAGGTATCATCGCCAACAATAATTGTGGAGAGAGCAG
GAAGCTATGCTTGGACACATAAGAATTGGCGAGTTCGTGAAGAGTTTGCTCGAACCGTTGCATCTGCCATCAGCCTTTTTGCTGCCACTGAGCTTCCTTTCCAGCGTTTAGTGCTTCCATCCGTGTTACATTTGCTAGAAGACTCAAACAGTAATGCCAGAGAAGCAGCTATTTTATGTTTAGAGGAGATGTATCATCAA
GGAGGACCTCAGTTTCGGGAGGAACTCCAACGTCACAATCTTCGCCCAAGCCAGCTGAAAGAGATCAATGCTAGGTTGGAGAAGATAGAACCAAAGATGCGAGCATTTGAGGGAATGACAGGTCATTTTACACCTTCGGAAATAAAGTCATCTTCAAACTTGCCTGTCATTGGCAACAAGCGAAACAGTCCAAAGACGAA
GACAGTCCGTGAATCATCTCTTGCAGCAGGTGATAATGATGTCACTGAGAAGCCTGTCGATCCTATAAAAGTATATTCTGAAAAGGAATTAGTTAGAGAAATGGATAAGATTGCTGGGATGCTTACACCAGAGCAGGACTGGTCAGTAAGGATTGCTGCCATGCAAAAAGTTGAAGGTCTTGTTTTTGGAGGTCAGTATG
TTGCTAAAATTGTCTTTGTATTATAATATATGGATTAATGCAGTGTTTGTTATCAATTCAGTTCAGTTTTTATTTGGAAATTGTTACAACCTTTACTCATGAATTCTAAGTCTGTGTTTAAATTGTTACAACCTTTACTCATGAATTCTAAGTCTGTGTTTAAATTGTTTTGAAGAAACATGCATTTTATTCTCTTATTA
GAGCCTATGTGGAGACCGATTATTACTGAATATCCATTTCTATGAGTAAAAAAAAGTTGCAGGACTTGATGGAGTACTAAAGCAATGGATGCTTTTGTCTTGGTTGTATGTCAGCATATTTAAGAGTGCTCATTAGAGAGTTCCTTAAGATTTAGTATTTATGCTCCGGACTAGTGGTCTAACTCTATACCAGAGGGTAG
TCATTATGATTTTTTTTTAATAGTTAGTGCCGTGAGTGAATGTGGATTTTCTATAAAAAATTAGTATTAGTTTAAAGAACACTACCATGTATATGAAACAATGGTTAAAATTCACTTGTAGGTACGAGTTAGCTATATTATAAGTTCCTAGTGAAACTGGAGCATCTTCTTGAAGTCTGCTTGTTTCAGTTAATTACACT
AAATGGCAAATGCATGTTTTTGTTTTTAAATGCAATTTGTGCTAGCCAGACTAAAGGTTTCTGTGACGATAACTTGATGCTTTCTGTAATTGTTTCCTGC

>TRINITY_DN119321_c1_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATCAGCTAAAATTGTTCTGGGCAAGGATGGACTGTAACTATGGTTGGTGTCTGTTTGTTCTATAAAAATGTTGAAACTCTTTCTTTTCAGGAGATGTATCATCAAGGAGGACCTCAGTTTCGGGAGGAACTCCAACGTCACAATCTTCGCCCAAGCCAGgtacattcattaaaagttagaaattagatcttgttgctaac
catcgccccttatggatgtagaggttttcctgttcatgccatagccaagtatgactctctaccattacaaaaactaatggtcatatcaccacatcccaatgtattgaagcaaaattgttacttcagttgtgctcagccatttaggtgtattttgctgcagCTGAAAGAGATCAATGCTAGGTTGGAGAAGATAGAACCAA
AGATGCGAGCATTTGAGGGAATGACAGGTCATTTTACACCTTCGGAAATAAAGTCATCTTCAAACTTGCCTGTCATTGGCAACAAGCGAAACAGTCCAAAGACGAAGACAGTCCGTGAATCATCTCTTGCAGCAGGTCGGTGGTTTCTGGAATACACATTCTCAGGCTCTATATGAGAGGCT

Intron 4 GTAAATTTTG ... TTTTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	58.82	7	0	10
A2	52	12	6	13
A3	38.89	11	2	7
A4	23.08	10	0	3
A5	0	6	0	0
A6	39.58	29	2	19
A7	33.33	26	1	13
A8	32.43	25	0	12
A9	36.84	24	1	14
A10	40	12	1	8

>TRINITY_DN44861_c1_g1_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

AAAATGGGTAAGTTAAAAAAAGTGGTTAACTCTTTCTTACCCTGAGTGAAGCGTAGCTGCTTGAATTTTACATTTGATCCGCGTTGTGTTACAGAGGTCATACGACAAAGAAATTACGGATGGAGGCCGCGTTCTCAGTGATTTTCGAGGATAAATTTGTCTTTTTGGGGATTTCTTTGGGGGTTTGTAGGGTTTAGTGA
TGGAGCTTTTGGCAGGAAGCGGTGGAGGTGTTCAGCCCCGGTCATAGAGGGAAAAAACCATCTGTGAAAGACATATTCTACAGGCCAAGAAAAGGGTTGCTATGGTTTCTGCTATCAAGAACCCTAACAACCCAGGCCCTATGGCAAGAGAGACAAAACAAAATTGCCCTCGCAATTGTATGGTAGGAATGGGGAGAGCC
CTGTTATGGATTATGAAGACATCAAGTGTGTTGATGGTGAATCTATTCATCATGCAAAGTCTAAATCTTTCCTTCATTCTTCGAACAAGGTTTTCGACAGCTAAAGCACAACTTGTATTTCTTGCATCTGTGGATAGATATCCATGGCTATATCAAGGCCCTGCTATGGAAAGAGATATTCAGAGGTATGAGTAATGATG
GCTTCCTTTGCTTGAAAAGACCAAAGCTAAGACAACATTGGTTCCACCTCTTGACTGTGAATGGGTGTGGTACTTCCACAGGCTTAATCCACTGCAATATTTAGAGGATTGTCCGCGTTTGTATGGAAAATTATCAGTTACCAATGCAATGCCCTCTCCTAAGAGGGATTCTTCCATGGACGTGACACTTAAAATTATAA
GAAAATGTGTATCATAACAAGTCGTTTACTTTGGATTTGGATGTACTCTGTTCTGCAAAGTCTAATTACAATCGACAACACCCTACGAGAAACAACAAAATCCAATATGATTTGGCTAGGGTTATGAGAAGGCAACGATCCTTTTGGCACCATGTCAGTTTTGTTATCAATGAATTACATATTGCTATAGACCCATCTAA
AATTAGGTCTACTAGATGTTGAATATAAGACTTCACAAAAGAAAATGTTATATTTAAGTTGGAGTGTACCTTACCACGGTTAGTGCCTTGTACACTTGTGAGGTGATTTTATTTACCATGTGTAATTGTTTTGGGT

>TRINITY_DN44861_c1_g1_i10 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTGAATTTTACATTTGATCCGCGgtaaattttggcctcaatctgcattctatctctttggcatatgattatatctttccttatttattttttccagTTGTGTTACAGAGGTCATACGACAAAGAAATTACGGATGGAGGCCGCGTTCTCAGTGATTTTCGAGGATAAATTTGTCTTTTTGGGGATTTCTTTGGGGGTTTG
TAGGGTTTAGTGATGGAGCTTTTGGCAGGAAGCGGTGGAGGTGTTCAGCCCCGGTCATAGAGGGAAAAAACCATCTGTGAAAGACATATTCTACAGGCCAAGAAAAGGGTTGCTATGGTTTCTGCTATCAAGAACCCTAACAACCCAGGCCCTATGGCAAGAGAGACAAAACAAAATTGCCCTCGCAATTGTATGGTAGG
AATGGGGAGAGCCCTGTTATGGATTATGAAGACATCAAGTGTGTTGATGGTGAATCTATTCATCATGCAAAGTCTAAATCTTTCCTTCATTCTTCGAACAAGGTTTTCGACAGCTAAAGCACAACTTGTATTTCTTGCATCTGTGGATAGATATCCATGGCTATATCAAGGCCCTGCTATGGAAAGAGATATTCAGAGGT
ATGAGTAATGATGGCTTCCTTTGCTTGAAAAGACCAAAGCTAAGACAACATTGGTTCCACCTCTTGACTGTGAATGGGTGTGGTACTTCCACAGGCTTAATCCACTGCAATATTTAGAGGATTGTCCGCGTTTGTATGGAAAATTATCAGTTACCAATGCAATGCCCTCTCCTAAGAGGGATTCTTCCATGGACGTGACA
CTTAAAATTATAAGAAAATGTGTATCATAACAAGTCGTTTACTTTGGATTTGGATGTACTCTGTTCTGCAAAGTCTAATTACAATCGACAACACCCTACGAGAAACAACAAAATCCAATATGATTTGGCTAGGGTTATGAGAAGGCAACGATCCTTTTGGCACCATGTCAGTTTTGTTATCAATGAATTACATATTGCTA
TAGACCCATCTAAAATTAGGTCTACTAGATGTTGAATATAAGACTTCACAAAAGAAAATGTTATATTTAAGTTGGAGTGTACCTTACCACGGTTAGTGCCTTGTACACTTGTGAGGTGATTTTATTTACCATGTGTAATTGTTTTGGGT