sp|P92964|SRS31_ARATH ----> Serine/arginine-rich splicing factor RS31

Intron 1 GTAAATTATC ... TTGGAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.37	85	12	10.7
A2	13.73	88	14	8.3
A3	17.59	89	19	13.7
A4	10.75	83	10	4
A5	18.64	48	11	8.3
A6	12.78	198	29	15.3
A7	16.04	157	30	10.3
A8	14.55	94	16	3.7
A9	9.28	176	18	15.7
A10	5.59	169	10	14

>TRINITY_DN125675_c3_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTTTTAAAACTATTCACACTTATCTTGGGGCAAAACCCTGGTTTATCCTTTGGACATCCATTTGCAACTGTTTATATTATTTTATTGCTTGCCACATACCCCAGCAAACAAGTGGATCTGCCTGAGAAGTGAGATGGTGTTTGGGTCAAGGAAGGGAACTATATATACACACACTCTTTCGGGTGTAGTTCATCTTTG
GTTTTTGCGATCGATCATAAGAATTCATCCATTCCGCTACACGATCTGTTCAAGTGTAGGTGATCTGAGAAGCTTGCACCTGATTTCCATTGCACTGTAGAAATTTATGTTGTCAGGAACTTTCTTTAAGTATATCGGTGCTTAGTGAAGAAGAGTGACTCTTAGGGATGAAGCCATTGTACTGTGGAAACGTCGAGTAC
GAGACTCGGCAGTCAGAGATTGAGCGTTTGTTTGGCAAATATGGAAAAGTCGACAGGGTTGATATGAAATCAGGTAATAAATATCATCATATTCGTAATCATACCCTATATATATGGGGTGGTGTTTGACAAACTCGTTTACCTGTTTTTTTTTTGTGATTCAGTTGGGCTTTGGTTTCCAAATACATTAATACTGTACA
AACTATATGTACTTAGTCAACCCTAAACTTGTTCTCAGTTCTTTTTCCACGCTGTTTAAACCCAGTTAAAATCTGTTATCGTCCATAGAATTTTGTGTGGGTGCACACACAATCAGACTAACATAATCAATAAATTAAAGCTGCAACAAGTACTTGCTGCCCAAGGTAGGCTGCCACATACACATACCATTCGTAGAGTT
TAATCATTTCTCATTAAATTATATCACTCGCAGAGTTTAATCATTTCTTATTAAATTATTATAGGAGTTGTTTAAAAATTAGATGATTTGGCTAGGACAGGGGCTTTTTACCGGAATCCGATATTTTTTATTTTACAAAATCTGAATTTAACTGTGATTTAATGGCAATTTTGATGGTATAAATGGATTCAACACCATCA
AAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTTCAAGATAGTGCAAAATGCAAATAGTAAAA

>TRINITY_DN125675_c3_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTTTAAAACTATTCACACTTATCTTGGGGCAAAACCCTGGTTTATCCTTTGGACATCCATTTGCAACTGTTTATATTATTTTATTGCTTGCCACATACCCCAGCAAACAAGTGGATCTGCCTGAGAAGTGAGATGGTGTTTGGGTCAAGGAAGGGAACTATATATACACACACTCTTTCGGGTGTAGTTCATCTTTG
GTTTTTGCGATCGATCATAAGAATTCATCCATTCCGCTACACGATCTGTTCAAGgtaaattatccttttcaggtttcactttgtgtgtgttttgggtatgtgggtgttcttcagcttcgttgtatgacttatgattttttttttcctttgattggaagcagTGTAGGTGATCTGAGAAGCTTGCACCTGATTTCCATTGC
ACTGTAGAAATTTATGTTGTCAGGTGAATATTCATCACATTATCTCAACACCAACCTTCGATTCCTTAGAAAAACGTTAAAGGTTTTAATGATTTTTCATCCGTAGGGTTTCAACAGAAAATTATGTTGGGTGTTTATTTTGGGTTTGACCACGAGATTTTATTTGGTGTTTTATGTTTATGGGCAGAGTTGATTATTTT
GATTAGTCATTTTCCCCTTTTGATTTTGTTTCCAGGAACTTTCTTTAAGTATATCGGTGCTTAGTGAAGAAGAGTGACTCTTAGGGATGAAGCCATTGTACTGTGGAAACGTCGAGTACGAGACTCGGCAGTCAGAGATTGAGCGTTTGTTTGGCAAATATGGAAAAGTCGACAGGGTTGATATGAAATCAGGTAATAAA
TATCATCATATTCGTAATCATACCCTATATATATGGGGTGGTGTTTGACAAACTCGTTTACCTGTTTTTTTTTTGTGATTCAGTTGGGCTTTGGTTTCCAAATACATTAATACTGTACAAACTATATGTACTTAGTCAACCCTAAACTTGTTCTCAGTTCTTTTTCCACGCTGTTTAAACCCAGTTAAAATCTGTTATCG
TCCATAGAATTTTGTGTGGGTGCACACACAATCAGACTAACATAATCAATAAATTAAAGCTGCAACAAGTACTTGCTGCCCAAGGTAGGCTGCCACATACACATACCATTCGTAGAGTTTAATCATTTCTCATTAAATTATATCACTCGCAGAGTTTAATCATTTCTTATTAAATTATTATAGGAGTTGTTTAAAAATTA
GATGATTTGGCTAGGACAGGGGCTTTTTACCGGAATCCGATATTTTTTATTTTACAAAATCTGAATTTAACTGTGATTTAATGGCAATTTTGATGGTATAAATGGATTCAACACCATCAAAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTTCAAG
ATAGTGCAAAATGCAAATAGTAAAA

Intron 2 GTACTTAACT ... ATTTCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.52	10	16	22
A2	45.95	10	4	13
A3	39.81	31	9	32
A4	49.15	15	10	19
A5	63.64	4	2	12
A6	37.27	69	12	70
A7	51.28	57	31	89
A8	51.38	44	32	61
A9	35.91	58	16	49
A10	48.6	55	33	71

>TRINITY_DN46265_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GATACTAAAGAGCATCCAAGATCTTCCTGGAGATCCTGTCCATATTCTTTCGCCATGCCATCACTCTTTGTCTTTTCAGAGGATTGGCTTCTAGTCTTTTTCAGCAAAGTCGATATACAAATGACATCTTACATTTTTCTCATGACACCATTACTTTTCATCCCTCCCATGCCATGTTGAGTCTTCAGCCAGGCTCAAAC
ATGTCAAGAGGTAAAATCCATGACACATCACTGCAATCAGAATGGAGCATAACCGGCGAAGGTTTTGCTTTCATCTATATGGAAGATGAGCAAGATGCAGAGGATGCAATCAGAGGGCTTGACAGTACAGAATTTGGCATGCAAAGACGTCGGCTATCTGTGGAATGGACAAAGCATTCTGACAGAGGTGTTCGCCGATT
TGAAGATGGTAGAAGGTCTGTTACAGATTTGAAGCCAACAAAGACATTATTTGTGATAAACTTTGACTCATACAACACCAAAGTTGAGGACATTGAAAGGCATT

>TRINITY_DN46265_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGTTTTAATGGCCATTTTGATAATAGAAATGGATTCAACACCATCAAAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTCAAGATAGTGCAAAATGCAAATTGTAAAAAATCTGTCAAATTTTTTCAAGATAATGCAAATTGCAAATGGTAGAACT
TTTACACTACACAATTATTATATAGAGCCCTCGTAAGGTTATGACCTTCAAATTTACTGTTATTATTTTGTTTTGTTCACATGTCACGGCTAATAGAAAGTTTATAAAATACAAAATTAGATTAAATTATTAAGAGCTCACTGTTTGCTCCTTCAACACCCCCCTCAACCCCTAACACACACCTCATACGAAAGTTCCGG
ACAACTGCTAAAGCTCTCCACATCTTCAAATTGTTTTTTCTTGCTTGATGAGTGCTAGAAGTCTGGCGTTTTCAGGTGAGAGCTGTATCTGGTGTGAAAACTTGACTTCTGATCCAAAATTGGACGTGTCGTTCTGCTTTTGGCACTCCTCAATCTTGAGAGTCCCTCCGTCATCCGCTTGACCTTTATCAAGGATTTTC
TTTCGCCTCATGTTAACTCCCAACCCATTGTGATATATGGGTAATCAATCTCAATGCTTTCTGGTTCTCTAGGGAAGTAACCTGGTTACATGTTGCATATTTAACTTTACTGCAACAACAATGTTTTTTTGCCTCTCTCTATATTCCCATTCTTTACAGTCATCCTTTTACAGCACAACTTTCAACTTTATACTGTGCTC
ACTGTGCCCACAATTGGATTGGATTTTGATGGGTTAATTGAGTCGTCACGGTCCGAAGACTTAGACAAACAATTTTCACTTTGTTTGCTGTACCTAGGTGGCTTGAAAAGAACCATTTCTAGAGGGGGCAACCTCTTTTTTCAATGTTCTGGGCTGGCTTGAAAAGAACCATTTTATACATGCCAAAAATACTGCTTGCT
TTACACTTAAATGCCATTTCCAGCCTAGAAAACCTTCATTATTGAGCTGGTACCAAGCCCAATACCATATTAACCTGAGTTATATCAACCAGACCCTTATTGTGAACAAAACATGAAACACTCATATAATTTCAAGGACTTCTTTTAATATTTTCTCCAAACACAGATTTTAAAGTGATTTATCTTTTGGATTTTGGATA
CTTTCAACTTTCTAAGATTGAAACTTTAAAATTTTAAATAGAATATTTGCTCTTTTATAAATATATTTGAACTAAATTTTATCGTGCTTTTCTAATGCCTCTCTTCTTATTAGTGGGACGATTTCTCTCTTCATGTCCCAGGACAGTTTCTCTTTTTGATTCTTTGACTCAGGACCAGTTTCGTTCTGATACCATGTAGA
TTTTTTAGGGTGCACGTGCAAAATATTAACATGATCAACATAGAGAGAGTAATACATGTCTCAATATGTTAATGCTGCAACAAACACATCACCAGGAGCCCAACGTAGGCAACACACATACACATACCACCCTTTCAAAGTTTAATGATCTCATTACATTATTATATAGCACCCTCATACGGTTATGGTGGTTTAAACTT
TAACTACCCAACCATCATAGTAACTTTTATGATCTCATTTGGTCATAAGGTTATGGTGTTTTAAACTTTAACTACCAACCACCACAGTAGCTTTTATGGTCTCATTTGGTCACATGTCACACTAACAGAAATGATAAAATTTCCATAAGAGCTCATTGTTTGCTCCTCCACCTCGTCTTCTTATCTCCTCTAAAGAGTCT
CTGGAGTATGTATCTAGAAACCCTTAACCGGTCTTCTCAGTTCATCAGATTCATTCCAGATGTAGAAGTCCTTGCAAAATCCAAATTATGCATGAACTATTGTTTTAAGGTATGTGAGTGTTTTGGGTTCCAACAATGTACGCTTCAAAACCCATACCTTGTCAATGTATGAGCTCACAATTATGCTTCAATTTTATCCA
TTGTCTTCATTGAATGGAAATATCAATTATCTAACAAAATATAGAGAGTTGCTGTTGAACATCCTTGGTGGCAGAGAAGATGCTGCAGCTATTATTCTTATTATGTAAACGAAATTTACTTTATTTTTTATTAGGGAAATCATGTTGGATGCAAGGACTTCAGTCTTCATTATAGTTGGTAATGCATAACAGTAACCTCT
ATGGTTCATATCCAAGGCTACAAGCTAAATTTAAGAAGCAGCATTTTTGAAATGTAGGCCTCTGTACTCAAAGTTTCTTTGGCGCAGGGATACTAAAGAGCATCCAAGATCTTCCTGGAGATCCTGTCCATATTCTTTCGCCATGCCATCACTCTTTGTCTTTTCAGAGGATTGGCTTCTAGTCTTTTTCAGCAAAGTCG
ATATACAAATGACATCTTACATTTTTCTCATGACACCATTACTTTTCATCCCTCCCATGCCATGTTGAGTCTTCAGCCAGGCTCAAACATGTCAAGAGGTAAAATCCATGACACATCACTGCAATCAGAATGGAGCATAACCGGCGAAGgtacttaactgatcgatgaccctactgccacttttggattagtattacctg
aaatactttagtacaacattgcaaggtttgtacccaatgtctcctaatgcgtcaaatctttacagccatgagtaacaggtggtgtatttttttctgtcatagcctgtatatgaaatctttaaccatttgtgcccgagcacactacaaatttgattgcagttcacttgttgtttatttatcgaatctctcttatttctata
gGTTTTGCTTTCATCTATATGGAAGATGAGCAAGATGCAGAGGATGCAATCAGAGGGCTTGACAGTACAGAATTTGGCATGCAAAGACGTCGGCTATCTGTGGAATGGACAAAGCATTCTGACAGAGGTGTTCGCCGATTTGAAGATGGTAGAAGGTCTGTTACAGATTTGAAGCCAACAAAGACATTATTTGTGATAAA
CTTTGACTCATACAACACCAAAGTTGAGGACATTGAAAGGCATT

Intron 3 GTAATGCATA ... TTTGGCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	10	8
A2	88.24	1	11	4
A3	60	2	3	3
A4	85.71	1	9	3
A5	66.67	2	1	7
A6	75	1	3	3
A7	66.2	12	26	21
A8	72.31	9	27	20
A9	56.52	5	8	5
A10	50.82	15	10	21

>TRINITY_DN46265_c0_g1_i15 from sample A7 / Example spliced isoform

ACTTCAGTCTTCATTATAGTTGGGATACTAAAGAGCATCCAAGATCTTCCTGGAGATCCTGTCCATATTCTTTCGCCATGCCATCACTCTTTGTCTTTTCAGAGGATTGGCTTCTAGTCTTTTTCAGCAAAGTCGATATACAAATGACATCTTACATTTTTCTCATGACACCATTACTTTTCATCCCTCCCATGCCATGT
TGAGTCTTCAGCCAGGCTCAAACATGTCAAGAGGTAAAATCCATGACACATCACTGCAATCAGAATGGAGCATAACCGGCGAAGGTACTTAACTGATCGATGACCCTACTGCCACTTTTGGATTAGTATTACCTGAAATACTTTAGTACAACATTGCAAGGTTTGTACCCAATGTCTCCTAATGCGTCAAATCTTTACAG
CCATGAGTAACAGGTGGTGTATTTTTTTCTGTCATAGCCTGTATATGAAATCTTTAACCATTTGTGCCCGAGCACACTACAAATTTGATTGCAGTTCACTTGTTGTTTATTTATCGAATCTCTCTTATTTCTATAGGTTTTGCTTTCATCTATATGGAAGATGAGCAAGATGCAGAGGATGCAATCAGAGGGCTTGACAG
TACAGAATTTGGCATGCAAAGACGTCGGCTATCTGTGGAATGGACAAAGCATTCTGACAGAGGTGTTCGCCGATTTGAAGATGGTAGAAGGTCTGTTACAGATTTGAAGCCAACAAAGACATTATTTGTGATAAACTTTGACTCATACAACACCAAAGTTGAGGACATTGAAAGGCATT

>TRINITY_DN46265_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGTTTTAATGGCCATTTTGATAATAGAAATGGATTCAACACCATCAAAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTCAAGATAGTGCAAAATGCAAATTGTAAAAAATCTGTCAAATTTTTTCAAGATAATGCAAATTGCAAATGGTAGAACT
TTTACACTACACAATTATTATATAGAGCCCTCGTAAGGTTATGACCTTCAAATTTACTGTTATTATTTTGTTTTGTTCACATGTCACGGCTAATAGAAAGTTTATAAAATACAAAATTAGATTAAATTATTAAGAGCTCACTGTTTGCTCCTTCAACACCCCCCTCAACCCCTAACACACACCTCATACGAAAGTTCCGG
ACAACTGCTAAAGCTCTCCACATCTTCAAATTGTTTTTTCTTGCTTGATGAGTGCTAGAAGTCTGGCGTTTTCAGGTGAGAGCTGTATCTGGTGTGAAAACTTGACTTCTGATCCAAAATTGGACGTGTCGTTCTGCTTTTGGCACTCCTCAATCTTGAGAGTCCCTCCGTCATCCGCTTGACCTTTATCAAGGATTTTC
TTTCGCCTCATGTTAACTCCCAACCCATTGTGATATATGGGTAATCAATCTCAATGCTTTCTGGTTCTCTAGGGAAGTAACCTGGTTACATGTTGCATATTTAACTTTACTGCAACAACAATGTTTTTTTGCCTCTCTCTATATTCCCATTCTTTACAGTCATCCTTTTACAGCACAACTTTCAACTTTATACTGTGCTC
ACTGTGCCCACAATTGGATTGGATTTTGATGGGTTAATTGAGTCGTCACGGTCCGAAGACTTAGACAAACAATTTTCACTTTGTTTGCTGTACCTAGGTGGCTTGAAAAGAACCATTTCTAGAGGGGGCAACCTCTTTTTTCAATGTTCTGGGCTGGCTTGAAAAGAACCATTTTATACATGCCAAAAATACTGCTTGCT
TTACACTTAAATGCCATTTCCAGCCTAGAAAACCTTCATTATTGAGCTGGTACCAAGCCCAATACCATATTAACCTGAGTTATATCAACCAGACCCTTATTGTGAACAAAACATGAAACACTCATATAATTTCAAGGACTTCTTTTAATATTTTCTCCAAACACAGATTTTAAAGTGATTTATCTTTTGGATTTTGGATA
CTTTCAACTTTCTAAGATTGAAACTTTAAAATTTTAAATAGAATATTTGCTCTTTTATAAATATATTTGAACTAAATTTTATCGTGCTTTTCTAATGCCTCTCTTCTTATTAGTGGGACGATTTCTCTCTTCATGTCCCAGGACAGTTTCTCTTTTTGATTCTTTGACTCAGGACCAGTTTCGTTCTGATACCATGTAGA
TTTTTTAGGGTGCACGTGCAAAATATTAACATGATCAACATAGAGAGAGTAATACATGTCTCAATATGTTAATGCTGCAACAAACACATCACCAGGAGCCCAACGTAGGCAACACACATACACATACCACCCTTTCAAAGTTTAATGATCTCATTACATTATTATATAGCACCCTCATACGGTTATGGTGGTTTAAACTT
TAACTACCCAACCATCATAGTAACTTTTATGATCTCATTTGGTCATAAGGTTATGGTGTTTTAAACTTTAACTACCAACCACCACAGTAGCTTTTATGGTCTCATTTGGTCACATGTCACACTAACAGAAATGATAAAATTTCCATAAGAGCTCATTGTTTGCTCCTCCACCTCGTCTTCTTATCTCCTCTAAAGAGTCT
CTGGAGTATGTATCTAGAAACCCTTAACCGGTCTTCTCAGTTCATCAGATTCATTCCAGATGTAGAAGTCCTTGCAAAATCCAAATTATGCATGAACTATTGTTTTAAGGTATGTGAGTGTTTTGGGTTCCAACAATGTACGCTTCAAAACCCATACCTTGTCAATGTATGAGCTCACAATTATGCTTCAATTTTATCCA
TTGTCTTCATTGAATGGAAATATCAATTATCTAACAAAATATAGAGAGTTGCTGTTGAACATCCTTGGTGGCAGAGAAGATGCTGCAGCTATTATTCTTATTATGTAAACGAAATTTACTTTATTTTTTATTAGGGAAATCATGTTGGATGCAAGGACTTCAGTCTTCATTATAGTTGgtaatgcataacagtaacctct
atggttcatatccaaggctacaagctaaatttaagaagcagcatttttgaaatgtaggcctctgtactcaaagtttctttggcgcagGGATACTAAAGAGCATCCAAGATCTTCCTGGAGATCCTGTCCATATTCTTTCGCCATGCCATCACTCTTTGTCTTTTCAGAGGATTGGCTTCTAGTCTTTTTCAGCAAAGTCG
ATATACAAATGACATCTTACATTTTTCTCATGACACCATTACTTTTCATCCCTCCCATGCCATGTTGAGTCTTCAGCCAGGCTCAAACATGTCAAGAGGTAAAATCCATGACACATCACTGCAATCAGAATGGAGCATAACCGGCGAAGGTACTTAACTGATCGATGACCCTACTGCCACTTTTGGATTAGTATTACCTG
AAATACTTTAGTACAACATTGCAAGGTTTGTACCCAATGTCTCCTAATGCGTCAAATCTTTACAGCCATGAGTAACAGGTGGTGTATTTTTTTCTGTCATAGCCTGTATATGAAATCTTTAACCATTTGTGCCCGAGCACACTACAAATTTGATTGCAGTTCACTTGTTGTTTATTTATCGAATCTCTCTTATTTCTATA
GGTTTTGCTTTCATCTATATGGAAGATGAGCAAGATGCAGAGGATGCAATCAGAGGGCTTGACAGTACAGAATTTGGCATGCAAAGACGTCGGCTATCTGTGGAATGGACAAAGCATTCTGACAGAGGTGTTCGCCGATTTGAAGATGGTAGAAGGTCTGTTACAGATTTGAAGCCAACAAAGACATTATTTGTGATAAA
CTTTGACTCATACAACACCAAAGTTGAGGACATTGAAAGGCATT

Intron 4 GTGAATATTC ... TTGTTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.69	131	3	58
A2	28.66	112	2	45
A3	22.4	97	5	28
A4	26.62	102	0	37
A5	24	57	2	18
A6	21.15	220	0	59
A7	20.38	168	0	43
A8	15.65	97	0	18
A9	16.8	203	3	41
A10	10.82	173	0	21

>TRINITY_DN125675_c3_g3_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTTTTTAAAACTATTCACACTTATCTTGGGGCAAAACCCTGGTTTATCCTTTGGACATCCATTTGCAACTGTTTATATTATTTTATTGCTTGCCACATACCCCAGCAAACAAGTGGATCTGCCTGAGAAGTGAGATGGTGTTTGGGTCAAGGAAGGGAACTATATATACACACACTCTTTCGGGTGTAGTTCATCTTTG
GTTTTTGCGATCGATCATAAGAATTCATCCATTCCGCTACACGATCTGTTCAAGTGTAGGTGATCTGAGAAGCTTGCACCTGATTTCCATTGCACTGTAGAAATTTATGTTGTCAGGAACTTTCTTTAAGTATATCGGTGCTTAGTGAAGAAGAGTGACTCTTAGGGATGAAGCCATTGTACTGTGGAAACGTCGAGTAC
GAGACTCGGCAGTCAGAGATTGAGCGTTTGTTTGGCAAATATGGAAAAGTCGACAGGGTTGATATGAAATCAGGTAATAAATATCATCATATTCGTAATCATACCCTATATATATGGGGTGGTGTTTGACAAACTCGTTTACCTGTTTTTTTTTTGTGATTCAGTTGGGCTTTGGTTTCCAAATACATTAATACTGTACA
AACTATATGTACTTAGTCAACCCTAAACTTGTTCTCAGTTCTTTTTCCACGCTGTTTAAACCCAGTTAAAATCTGTTATCGTCCATAGAATTTTGTGTGGGTGCACACACAATCAGACTAACATAATCAATAAATTAAAGCTGCAACAAGTACTTGCTGCCCAAGGTAGGCTGCCACATACACATACCATTCGTAGAGTT
TAATCATTTCTCATTAAATTATATCACTCGCAGAGTTTAATCATTTCTTATTAAATTATTATAGGAGTTGTTTAAAAATTAGATGATTTGGCTAGGACAGGGGCTTTTTACCGGAATCCGATATTTTTTATTTTACAAAATCTGAATTTAACTGTGATTTAATGGCAATTTTGATGGTATAAATGGATTCAACACCATCA
AAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTTCAAGATAGTGCAAAATGCAAATAGTAAAA

>TRINITY_DN125675_c3_g3_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTTTTTAAAACTATTCACACTTATCTTGGGGCAAAACCCTGGTTTATCCTTTGGACATCCATTTGCAACTGTTTATATTATTTTATTGCTTGCCACATACCCCAGCAAACAAGTGGATCTGCCTGAGAAGTGAGATGGTGTTTGGGTCAAGGAAGGGAACTATATATACACACACTCTTTCGGGTGTAGTTCATCTTTG
GTTTTTGCGATCGATCATAAGAATTCATCCATTCCGCTACACGATCTGTTCAAGGTAAATTATCCTTTTCAGGTTTCACTTTGTGTGTGTTTTGGGTATGTGGGTGTTCTTCAGCTTCGTTGTATGACTTATGATTTTTTTTTTCCTTTGATTGGAAGCAGTGTAGGTGATCTGAGAAGCTTGCACCTGATTTCCATTGC
ACTGTAGAAATTTATGTTGTCAGgtgaatattcatcacattatctcaacaccaaccttcgattccttagaaaaacgttaaaggttttaatgatttttcatccgtagggtttcaacagaaaattatgttgggtgtttattttgggtttgaccacgagattttatttggtgttttatgtttatgggcagagttgattatttt
gattagtcattttccccttttgattttgtttccagGAACTTTCTTTAAGTATATCGGTGCTTAGTGAAGAAGAGTGACTCTTAGGGATGAAGCCATTGTACTGTGGAAACGTCGAGTACGAGACTCGGCAGTCAGAGATTGAGCGTTTGTTTGGCAAATATGGAAAAGTCGACAGGGTTGATATGAAATCAGGTAATAAA
TATCATCATATTCGTAATCATACCCTATATATATGGGGTGGTGTTTGACAAACTCGTTTACCTGTTTTTTTTTTGTGATTCAGTTGGGCTTTGGTTTCCAAATACATTAATACTGTACAAACTATATGTACTTAGTCAACCCTAAACTTGTTCTCAGTTCTTTTTCCACGCTGTTTAAACCCAGTTAAAATCTGTTATCG
TCCATAGAATTTTGTGTGGGTGCACACACAATCAGACTAACATAATCAATAAATTAAAGCTGCAACAAGTACTTGCTGCCCAAGGTAGGCTGCCACATACACATACCATTCGTAGAGTTTAATCATTTCTCATTAAATTATATCACTCGCAGAGTTTAATCATTTCTTATTAAATTATTATAGGAGTTGTTTAAAAATTA
GATGATTTGGCTAGGACAGGGGCTTTTTACCGGAATCCGATATTTTTTATTTTACAAAATCTGAATTTAACTGTGATTTAATGGCAATTTTGATGGTATAAATGGATTCAACACCATCAAAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTTCAAG
ATAGTGCAAAATGCAAATAGTAAAA

Intron 5 GTAATGCATA ... TTTGGCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	10	8
A2	87.45	1	10	4
A3	63.64	2	3	4
A4	86.19	1	8.5	4
A5	66.67	2	1	7
A6	80	1	3	5
A7	65.91	12	24.5	22
A8	72.93	9	26.5	22
A9	55.36	5	6.5	6
A10	50.82	15	10	21

>TRINITY_DN46265_c0_g1_i15 from sample A7 / Example spliced isoform

ACTTCAGTCTTCATTATAGTTGGGATACTAAAGAGCATCCAAGATCTTCCTGGAGATCCTGTCCATATTCTTTCGCCATGCCATCACTCTTTGTCTTTTCAGAGGATTGGCTTCTAGTCTTTTTCAGCAAAGTCGATATACAAATGACATCTTACATTTTTCTCATGACACCATTACTTTTCATCCCTCCCATGCCATGT
TGAGTCTTCAGCCAGGCTCAAACATGTCAAGAGGTAAAATCCATGACACATCACTGCAATCAGAATGGAGCATAACCGGCGAAGGTACTTAACTGATCGATGACCCTACTGCCACTTTTGGATTAGTATTACCTGAAATACTTTAGTACAACATTGCAAGGTTTGTACCCAATGTCTCCTAATGCGTCAAATCTTTACAG
CCATGAGTAACAGGTGGTGTATTTTTTTCTGTCATAGCCTGTATATGAAATCTTTAACCATTTGTGCCCGAGCACACTACAAATTTGATTGCAGTTCACTTGTTGTTTATTTATCGAATCTCTCTTATTTCTATAGGTTTTGCTTTCATCTATATGGAAGATGAGCAAGATGCAGAGGATGCAATCAGAGGGCTTGACAG
TACAGAATTTGGCATGCAAAGACGTCGGCTATCTGTGGAATGGACAAAGCATTCTGACAGAGGTGTTCGCCGATTTGAAGATGGTAGAAGGTCTGTTACAGATTTGAAGCCAACAAAGACATTATTTGTGATAAACTTTGACTCATACAACACCAAAGTTGAGGACATTGAAAGGCATT

>TRINITY_DN46265_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATGTTTTAATGGCCATTTTGATAATAGAAATGGATTCAACACCATCAAAAACCCTTATGGCACCCAAAATTTCAGAGCTTAAGAGTTGTAGCCAGAATTTTTAAAAATTCTGTCAAATTTTTTCAAGATAGTGCAAAATGCAAATTGTAAAAAATCTGTCAAATTTTTTCAAGATAATGCAAATTGCAAATGGTAGAACT
TTTACACTACACAATTATTATATAGAGCCCTCGTAAGGTTATGACCTTCAAATTTACTGTTATTATTTTGTTTTGTTCACATGTCACGGCTAATAGAAAGTTTATAAAATACAAAATTAGATTAAATTATTAAGAGCTCACTGTTTGCTCCTTCAACACCCCCCTCAACCCCTAACACACACCTCATACGAAAGTTCCGG
ACAACTGCTAAAGCTCTCCACATCTTCAAATTGTTTTTTCTTGCTTGATGAGTGCTAGAAGTCTGGCGTTTTCAGGTGAGAGCTGTATCTGGTGTGAAAACTTGACTTCTGATCCAAAATTGGACGTGTCGTTCTGCTTTTGGCACTCCTCAATCTTGAGAGTCCCTCCGTCATCCGCTTGACCTTTATCAAGGATTTTC
TTTCGCCTCATGTTAACTCCCAACCCATTGTGATATATGGGTAATCAATCTCAATGCTTTCTGGTTCTCTAGGGAAGTAACCTGGTTACATGTTGCATATTTAACTTTACTGCAACAACAATGTTTTTTTGCCTCTCTCTATATTCCCATTCTTTACAGTCATCCTTTTACAGCACAACTTTCAACTTTATACTGTGCTC
ACTGTGCCCACAATTGGATTGGATTTTGATGGGTTAATTGAGTCGTCACGGTCCGAAGACTTAGACAAACAATTTTCACTTTGTTTGCTGTACCTAGGTGGCTTGAAAAGAACCATTTCTAGAGGGGGCAACCTCTTTTTTCAATGTTCTGGGCTGGCTTGAAAAGAACCATTTTATACATGCCAAAAATACTGCTTGCT
TTACACTTAAATGCCATTTCCAGCCTAGAAAACCTTCATTATTGAGCTGGTACCAAGCCCAATACCATATTAACCTGAGTTATATCAACCAGACCCTTATTGTGAACAAAACATGAAACACTCATATAATTTCAAGGACTTCTTTTAATATTTTCTCCAAACACAGATTTTAAAGTGATTTATCTTTTGGATTTTGGATA
CTTTCAACTTTCTAAGATTGAAACTTTAAAATTTTAAATAGAATATTTGCTCTTTTATAAATATATTTGAACTAAATTTTATCGTGCTTTTCTAATGCCTCTCTTCTTATTAGTGGGACGATTTCTCTCTTCATGTCCCAGGACAGTTTCTCTTTTTGATTCTTTGACTCAGGACCAGTTTCGTTCTGATACCATGTAGA
TTTTTTAGGGTGCACGTGCAAAATATTAACATGATCAACATAGAGAGAGTAATACATGTCTCAATATGTTAATGCTGCAACAAACACATCACCAGGAGCCCAACGTAGGCAACACACATACACATACCACCCTTTCAAAGTTTAATGATCTCATTACATTATTATATAGCACCCTCATACGGTTATGGTGGTTTAAACTT
TAACTACCCAACCATCATAGTAACTTTTATGATCTCATTTGGTCATAAGGTTATGGTGTTTTAAACTTTAACTACCAACCACCACAGTAGCTTTTATGGTCTCATTTGGTCACATGTCACACTAACAGAAATGATAAAATTTCCATAAGAGCTCATTGTTTGCTCCTCCACCTCGTCTTCTTATCTCCTCTAAAGAGTCT
CTGGAGTATGTATCTAGAAACCCTTAACCGGTCTTCTCAGTTCATCAGATTCATTCCAGATGTAGAAGTCCTTGCAAAATCCAAATTATGCATGAACTATTGTTTTAAGGTATGTGAGTGTTTTGGGTTCCAACAATGTACGCTTCAAAACCCATACCTTGTCAATGTATGAGCTCACAATTATGCTTCAATTTTATCCA
TTGTCTTCATTGAATGGAAATATCAATTATCTAACAAAATATAGAGAGTTGCTGTTGAACATCCTTGGTGGCAGAGAAGATGCTGCAGCTATTATTCTTATTATGTAAACGAAATTTACTTTATTTTTTATTAGGGAAATCATGTTGGATGCAAGGACTTCAGTCTTCATTATAGTTGgtaatgcataacagtaacctct
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