sp|Q9FG37|GACP3_ARATH ----> Gamma-tubulin complex component 3

Intron 1 GTGGAGAATT ... TTGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.27	1	10	14
A2	81.82	2	9	9
A3	100	0	5	7
A4	85.95	1	10.3	2
A5	-1	0	0	0
A6	75.71	4	17.3	8
A7	56.97	6	11	5
A8	60.65	21	43	22
A9	49.9	19	16	22
A10	66.07	2	4.5	4

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GATAACCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAACTTCAGGC
AGGGTCCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGCGGGGGCGG
GAATGGAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGC
TCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAG
ATTCAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAA
GTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGG
AGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATG
GCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTA
CCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGG
AGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTT
TCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTT
TAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCA
TGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGG
GATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGA
GGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCA
CTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGGTATTTTGATATGATTGGTTAGCCAACAATAATCTATGTTATTGATG
AATAATACTCTAACTCATGTCAGGAAATTTTCACTACATTTAGTTGCTTCCCTTAAATTGATTTGCCAGGGAGCATTCGTTACATTTAAGTGCAGTTCTGGAAACTGAACTGCTTTGTATAATAGGTGTTTTGATTTGACCGTCTTTGTATCAATTTTCCAAGTGCCGTGAATTGTAATATCTCTTATTTAATACAAAGA
AGATCACTGATTGTCAATGTGATCTCTTTTTCTGTGTCCAAGGGTATCCAACAAATTGGATTTGCTTCTTTTCTCCGTTCACATATTTGGGCATTAGCATATCTTGCTTCACGTTGACCACTTGATTGCCATTTCTGAAATTTTTGCAGCTCCATGTTTCAGCAGGATCCTTTCAAGGCACTTTATCAGTCTCTAGAACG
AATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTTGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGGAGATTAGCTGCCCATG
AATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAA

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GATAACCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAACTTCAGGC
AGGGTCCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGCGGGGGCGG
GAATGGAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGC
TCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAG
ATTCAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAA
GTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGG
AGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATG
GCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTA
CCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGG
AGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTT
TCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTT
TAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCA
TGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGG
GATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGA
GGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCA
CTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGCTCCATGTTTCAGCAGGATCCTTTCAAGGCACTTTATCAGTCTCTAG
AACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGGTAAAATATTCAAGCGAGTTTTCATATTCATTTGCATCATCTATGGGAGAGGTTGGATTCTAATAAACTTCTGGCTTTGTCACAGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCA
AGGGCTTGCAGgtggagaattatcaccccagttattttattcaaagtgaattgttgtgatacacaaggttgtttgaactgaatttttcttcgatcgtggtggatttgttaatgtgcatgtttggttactatttgtttgcatgcagATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATC
CCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAA

Intron 2 GTATAGGATT ... TGGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.92	7	1	12
A2	26.91	7	2	3.3
A3	35.48	18	3	17.3
A4	42.13	13	8	11
A5	66.94	3	2	10.3
A6	40.03	35.3	20	27.3
A7	36.25	36	13	29
A8	33.88	25	7	19
A9	29.16	33.3	11	16.8
A10	30.27	28	3	22.3

>TRINITY_DN45363_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

CGTACCCTTGTGTTTGGCTCTATGATGGCCCACAATAGCGGTCATGCTTCTTGAGCTTGCTTTGTAACTTGCAAATTCTCCCGGTTGGGTTGGAACTTATATATGCAATGTTAAGCTTGTGCTAACGGTTCTTGAATATTAATGAAATACAATGTTGTTACCAGGCAGTTTCCCTTGGATTGTTTCGTTCAGCATGTAAC
TTGTATCGTGATTTCCTGTAGGGCACGATAGCGATCTTATCTCAGTTTATTTAGTTTTGAAAAATGAAAGATAGGGTTGTGCCCTCGGATTTGGTTCTTGCTTTCCATGGAAACGTTTACAGCAGCGATCTCTTGCAGTTTTGTTTGTAAATAAATAATGAAATGTTTATCCGCTGTGTTCTCCGAATGATTGATTCAAC
CGCCAACTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGCCCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCTGTACTTTATTTGCTGAGGGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGATGTCGGGCACTTCAC
CTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGATGGTCATGTGGAGAAAGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCTGGTTCTTAAAATCCTAGACCAGGACAGGGTGCCGACAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGTCAAGACAACGGCTCTGCGTGAATATGC
CGAGGTTTCCGAGGTTGTCCAAAAATTCCATTTGAGACCATGTTCCTTCTGAATGCTCTCGTGCACAAGGGCATTATCAATTATCAAAGAATAACTCCCGAATTTTACAATTTGTTGGATCTTGGTGTGACACCAACCAAGTTGAGTACCTCTGCGCTGAGGCATATGCTTTCCTAAATCTACCCAATTTTTTATGCCCT
TGGAAGATTTAAGACTGTTCTTAACTGGATTTCAGAGAATCCAAAGCTCCTGAAGGGCACAAAGATAGTCAACGAAACAATTGAAGTGAGGAGATTAGTTATCACGGCTAGAAAAGCCTACTGTCTTGCTCCAGAGGTGGAATTGTCAAACAGAGTCTTAAGGCACTTTAAAAGGTTTGCAGACCGATTTCTGCGAGTAA
CTTTCGTGGATGATAGCATGCAAGCAATGTCTTCAATGGTGTTAAATGTGCCTACTCATCCCAAAACTGAAGCACAGAAAGTGTTTCTGAAACTGTTAATGCAGTTGATAAGATGAATCTAGGAGATGGAAAGTTTATAGCAGAGCGAACTGCATTCATAATCTCTTGGATAATAATAGTTAGTTTGCTAACAAGGGGTT
CTCCAAT

>TRINITY_DN45363_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGTACCCTTGTGTTTGGCTCTATGATGGCCCACAATAGCGGTCATGCTTCTTGAGCTTGCTTTGTAACTTGCAAATTCTCCCGGTTGGGTTGGAACTTATATATGCAATGTTAAGCTTGTGCTAACGGTTCTTGAATATTAATGAAATACAATGTTGTTACCAGGCAGTTTCCCTTGGATTGTTTCGTTCAGCATGTAAC
TTGTATCGTGATTTCCTGTAGGGCACGATAGCGATCTTATCTCAGTTTATTTAGTTTTGAAAAATGAAAGATAGGGTTGTGCCCTCGGATTTGGTTCTTGCTTTCCATGGAAACGTTTACAGCAGCGATCTCTTGCAGTTTTGTTTGTAAATAAATAATGAAATgtataggattacgcccttctcctttgtgttgatagt
gaatatatgttgataagtttgtgtatatatttatagttactaaatctttgagtagggcttacgtctttagggttttgatcttagtttcaagttatttactgtgatttcatttgcaatgtatatttacatgaaggtgttttttctgggaaatataattcatgctcctgtagtaaggattccttgtctatttagcgagccat
attctaccccgtgttcaatttttgtccgatggttttcagGTTTATCCGCTGTGTTCTCCGAATGATTGATTCAACCGCCAACTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGCCCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCTGTACTTTATTTGCTGAG
GGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGATGTCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGATGGTCATGTGGAGAAAGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCTGGTTCTTAAAATCCTAGACCAGGACAG
GGTGCCGACAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGTCAAGACAACGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCGAGGTTGTCCAAAAATTCCATTTGAGACCATGTTCCTTCTGAATGCTCTCGTGCACAAGGGCATTATCAATTATCAAAGAATAACTCCCGAATTTTACAATTTGTTGGATCTTGG
TGTGACACCAACCAAGTTGAGTACCTCTGCGCTGAGGCATATGCTTTCCTAAATCTACCCAATTTTTTATGCCCTTGGAAGATTTAAGACTGTTCTTAACTGGATTTCAGAGAATCCAAAGCTCCTGAAGGGCACAAAGATAGTCGACGAAACAATTGAAGTGAGGAGATTAGTTATCACGGCTAGAAAAGCCTACTGTC
TTGCTCCAGAGGTGGAATTGTCAAACAGAGTCTTAAGGCACTTTAAAAGGTTTGCAGACCGATTTCTGCGAGTAACTTTCGTCCATGATAGCATGCAAGCAATGTCTTCAATGGTGTTAAATGTGCCTACTCATCCCAAAACTGAAGCACAGAAAGTGTTTCTGAAACTGTTAATGCAGTTGATAAGATGAATCTAGGAG
ATGGAAAGTTTATAGCAGAGCGAACTGCATTCATAATCTCTTGGATAATAATAGTTAGTTTGCTAACAAGGGGTTCTCCAATCCATTGCAATCACAAATAGACACTTTCTTATCCCGAGAGGTAGTTTCCCCATAGATTTGAAGCTATTATTTCGATCTATACTTTGTTTTTCCTGTGAATTCACGTCATTTGCTTCTCG
CAGTTTAGATTGTCTGTTCTTAGTCTTCTCTCTGATCTTCCTAATGTGTTGAGAAATACCCTCCCCACTATCTTCATTTTGAATATGTTTATCAAGCTCAATAGTGCTATTAATTGAATTAGAGCGAGAAGGTTTATTTGCATCTAATCAGACTCTAAGGGATGTATCTGGGGCATCCTTGAATGAACCAGTGCCTGATT
CAGAATCCATATTTTCATTTAGGTCATTTTCACTCTGCCATTGTGGGTGTCTCATTTTGCATTAGGAAATCCTTGACAAATATATTTTGCAATGTTGTGGGCAAGAATATAAATGAATGTTCTTCAGACCATTTTGCCTACATTCATCCCGGAGGTTCTCATCGGCTACTAGTCTGGTACAAAGCACCTGCAATTTCCTT
GTCATTATGGGGATCTACCAGCAAGCCATTCTTCAACGTCTGCACAAGAATGAACCAATCTGTAAGAAAAAATGAGAGAGGTCAATCACGTTAGATCCAATCAGACTTTTATTTTAGACGGTAAAATTTTCAATATACCTGTTTAATGTCTACAGGTCCTCCATTCTTTGTGGCAACCATAGGCAATCCATGTGCAGCTG
CCTGTATTTACACAGAGTGGGAGAATGACGTGCTTTATTATTTTTACACAGAACCAAAAATGCTTTTAGATCAAATTGTTAGGTAAGAGACTTTGAAATTGTGAAAGGCTTCTTAAGTTATTATTTGTGAATTTTGCAAAACGCGACCTTGAATATGCTACCAGAACTGAAACATTTTACTGCTTCCTTATGAAGGAAGA
GTGCTTAGAAGAATGGCATGTAATTCATATCAAATTGTTAGGTCAAAGGTTTTGAAATTTTGAAAGGCTTCTTC

Intron 3 GTATTTTGAT ... CAGTCTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.67	23	44	0.8
A2	67.22	16.1	33	0.7
A3	71.91	15.7	40	0.7
A4	76.32	9	29	0.8
A5	73.33	4	11	0
A6	83.28	51	254	7.7
A7	81.28	24.7	107	6.4
A8	77.75	51	178	7.6
A9	75.89	42.1	132	9.8
A10	78.52	25.4	93	2.8

>TRINITY_DN117820_c10_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAAGTT
TGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGGAGC
TCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATGGCT
GGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTACCA
ACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGGAGA
TATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTTTCA
GGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTTTAA
CTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCATGT
TCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGGGAT
AGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGAGGG
GTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCACTG
TCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGAACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATA
TCCAGAGGGTAAAATATTCAAGCGAGTTTTCATATTCATTTGCATCATCTATGGGAGAGGTTGGATTCTAATAAACTTCTGGCTTTGTCACAGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTTGCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAA
TTGTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAACTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTGGATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTT
GGCTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAATCATTTTATTATATTTGCATTTTTGTATTCTTTATTTTATTATTACTATGAGAGTAGCTAGGTGCTTTACAGTTCAGTTTGGGGGG

>TRINITY_DN117820_c10_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAAGTT
TGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGGAGC
TCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATGGCT
GGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTACCA
ACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGGAGA
TATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTTTCA
GGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTTTAA
CTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCATGT
TCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGGGAT
AGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGAGGG
GTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCACTG
TCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGgtattttgatatgattggttagccaacaataatctatgttattgatgaat
aatactctaactcatgtcaggaaattttcactacatttagttgcttcccttaaattgatttgccagggagcattcgttacatttaagtgcagttctggaaactgaactgctttgtataataggtgttttgatttgaccgtctttgtatcaattttccaagtgccgtgaattgtaatatctcttatttaatacaaagaaga
tcactgattgtcaatgtgatctctttttctgtgtccaagggtatccaacaaattggatttgcttcttttctccgttcacatatttgggcattagcatatcttgcttcacgttgaccacttgattgccatttctgaaatttttgcagctccatgtttcagcaggatcctttcaaggcactttatcagtctctagAACGAAT
TAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGGTAAAATATTCAAGCGAGTTTTCATATTCATTTGCATCATCTATGGGAGAGGTTGGATTCTAATAAACTTCTGGCTTTGTCACAGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTT
GCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAATTGTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAACTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTGGATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGG
AGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAATCATTTTATTATATTTGCATTTTTGTATTCTTTATTTTATTATTACTATGAGAGTAGCTAGGTGCTT
TACAGTTCAGTTTGGGGGG

Intron 4 GTAAAATATT ... TTTGTCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	70.52	2.3	1.5	7.2
A2	37.63	2.6	1.3	2
A3	51.34	7	5.6	8.5
A4	71.42	2.3	4.3	4.8
A5	-1	0	0	0
A6	58.42	10.3	8.9	19.4
A7	63.21	7.9	12.2	14.9
A8	63.98	19.2	23.2	43.7
A9	39.18	23.1	13.7	15.6
A10	66.92	3.8	6.3	8.6

>TRINITY_DN118764_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCCAGTCGATAACCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAA
CTTCAGGCAGGGTCCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGC
GGGGGCGGGAATGGAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGGTGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCT
CACGGGGCCCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGA
ACGGGCAGATTCAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGG
TTTATTAAGTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATT
GCAGGAGGAGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAG
GTGCCATGGCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGA
GATGGGTACCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGA
GGCATTGGAGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCT
TCAAGCTTTCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTT
AAAATTTTTAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTA
CTATATCATGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGA
GCCACGGGGATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCT
CTATTAGAGGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGT
CTGCATCACTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGCTCCATGTTTCAGCAGGATCCTTTCAAGGCACTTTATCA
GTCTCTAGAACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTTGCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAATTGTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAA
CTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTGGATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTAC

>TRINITY_DN118764_c1_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATATATATATATTCTCGTGTCCCTTGTGGGGGTGTCAATTCTCAAGAATGCTTCCAATAGAGATAAAACTCTTATTTGTTTCTTTTAAAGACCTGTGTTGCTTAAAGCCTCCGGATTCTCTATTCACTGAATGGTTCAAAGAAAGGTGGAAAATAGTAATTTGGCAAATTGCTGGTTATTTATATCTGAAAGGTATAAGG
AATGTGTACAATTTAGGTACTAGAAGACTTCTAGGATGGAAGACTGTTAGAAGATCTCAAGTTTGTATGGTTAATTGACCTTTAACAAAATCCTTGCAGAACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGgtaaaatattcaagcgagttttcatattcatttgcatcatcta
tgggagaggttggattctaataaacttctggctttgtcacagAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTTGCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAATTGTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAACTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTG
GATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTAC

Intron 5 GTATTTTGAT ... ATTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.67	23	44	2
A2	66	17	33	0
A3	77.83	11.4	40	0
A4	74.36	10	29	5.5
A5	73.33	4	11	1
A6	85.23	44	254	24
A7	82.31	23	107	7.5
A8	77.59	51.4	178	14
A9	76.3	41	132	24
A10	80.87	22	93	1.5

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GATAACCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAACTTCAGGC
AGGGTCCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGCGGGGGCGG
GAATGGAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGC
TCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAG
ATTCAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAA
GTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGG
AGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATG
GCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTA
CCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGG
AGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTT
TCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTT
TAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCA
TGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGG
GATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGA
GGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCA
CTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGCTCCATGTTTCAGCAGGATCCTTTCAAGGCACTTTATCAGTCTCTAG
AACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGGTAAAATATTCAAGCGAGTTTTCATATTCATTTGCATCATCTATGGGAGAGGTTGGATTCTAATAAACTTCTGGCTTTGTCACAGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCA
AGGGCTTGCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAATTGTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAACTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTGGATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATC
CCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAA

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GATAACCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAACTTCAGGC
AGGGTCCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGCGGGGGCGG
GAATGGAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGC
TCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAG
ATTCAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAA
GTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGG
AGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATG
GCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTA
CCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGG
AGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTT
TCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTT
TAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCA
TGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGG
GATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGA
GGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCA
CTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGgtattttgatatgattggttagccaacaataatctatgttattgatg
aataatactctaactcatgtcaggaaattttcactacatttagttgcttcccttaaattgatttgccagggagcattcgttacatttaagtgcagttctggaaactgaactgctttgtataataggtgttttgatttgaccgtctttgtatcaattttccaagtgccgtgaattgtaatatctcttatttaatacaaaga
agatcactgattgtcaatgtgatctctttttctgtgtccaagggtatccaacaaattggatttgcttcttttctccgttcacatatttgggcattagcatatcttgcttcacgttgaccacttgattgccatttctgaaatttttgcagCTCCATGTTTCAGCAGGATCCTTTCAAGGCACTTTATCAGTCTCTAGGTAC
TTTTGGAGCTCCTATGCATTTGATGGCTACATTAAGAGGCAGTTTTGTTGGATATGTTGTGGTTCATTTCCTTTTAGTGTTTTTGGTATATATTGCTGGGGTTTATTTAGTTTACGATAGAATTGATCTTGCATATTCTTTATCAAGAGCCTTTGATGCTTCTAAAACGACATTAATATACTTACATCCATCTAGAAGTA
TCCTACTGCAAAATCTCACCGTAAGAATATTCATGGAGTTTATAATTGATTAATAGACTATTCTTTCAGTAAAACACTAATTGAATATTCCCTTGAATCCTGAAAATTTATAACCCTTGAAAACTGAGACATAAAAACAGTGTATTCAGAAATCAGACAAACAAAAAGAATAAAGGATCAGGCGTTTCTTAACCTTCTGA
GCTAAGTTGTTAAATCAAGGGAATTTGGTAAATTCAAATTGAAGTGATTAGGCGTTCCTTAACCTTCTGAGTTAAGTTGTGAAATCAAGGGATTATTTGGTAAG

Intron 6 GTAAGAAGCT ... TGGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	86.44	4	33	18
A2	92.31	2	31	17
A3	97.5	1	48	30
A4	87.3	4	38	17
A5	80.56	7	38	20
A6	94.7	4	83	60
A7	85.78	16	117	76
A8	86.67	7	44	47
A9	90.2	10	115	69
A10	93.58	7	144	60

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGGTATAATAGGAGAGAGATCGAACGATAATCTTACAGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAGTTTATTCGCTGTGTTGTCCGGATGATTGATTCAACCGCC
AGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGG

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGGTATAATAGGAGAGAGATCGAACGATAATCTTACAGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAgtaagaagcttgttcccatccatcctcggcttctaaggta
ttccgactgactaacaacactagtgcattccaggtctagggctctatctctagttcgtgcaggtaagtgaaccaagggagtgttaaatggcatacctggctgctttagtattcctggcttcaatttttgtctaatggttttcagGTTTATTCGCTGTGTTGTCCGGATGATTGATTCAACCGCCAGCTCGTGAACGAAGG
TAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGTCTCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCTGTACTTTATTTGCTGAGGGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGGATGTCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCG
GCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTC

Intron 7 GTACTAGAAG ... ATCCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.73	23	21	0
A2	51.56	16	17	4
A3	49.3	15.5	15	6
A4	55	9	11	3
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A6	44.57	51	41	4
A7	42.41	24.5	18	3
A8	49.35	50.5	49	9
A9	43.01	41.5	31	6
A10	43.96	25.5	20	9

>TRINITY_DN46465_c1_g1_i15 from sample A8 / Example spliced isoform

CCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAACTTCAGGCAGGGT
CCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGCGGGGGCGGGAATG
GAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGCTCGGT
TGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCA
GGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAAGTTTG
ATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGGAGCTC
TCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATGGCTGG
CGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTACCAAC
TCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGGAGATA
TTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTTTCAGG
GCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTTTAACT
TTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCATGTTC
GAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGGGATAG
ATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGAGGGGT
TCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCACTGTC
TGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGAACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATC
CAGAGGGTAAAATATTCAAGCGAGTTTTCATATTCATTTGCATCATCTATGGGAGAGGTTGGATTCTAATAAACTTCTGGCTTTGTCACAGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTCCAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTTGCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAATT
GTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAACTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTGGATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTTGAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGG
CTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAATCATTTTATTATATTTGCATTTTTGTATTCTTTATTTTATTATTACTATGAGAGTAGCTAGGTGCTTTACAGTTCAGTTTGGGGAGATTTAACATGTAAAAAATTTATACCT
AAAAAAATTCGATTCCTCTCG

>TRINITY_DN46465_c1_g1_i18 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAACTTCAGGCAGGGT
CCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGCGGGGGCGGGAATG
GAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGCTCGGT
TGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCA
GGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAAGTTTG
ATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGGAGCTC
TCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTGCCATGGCTGG
CGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTACCAAC
TCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGGAGATA
TTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCAAGCTTTCAGG
GCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTTTAACT
TTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTATATCATGTTC
GAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGGGATAG
ATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTATTAGAGGGGT
TCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTGCATCACTGTC
TGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGgtactagaagacttctaggatggaagactgttagaagatctcaagtttgtat
ggttaattgacctttaacaaaatccttgcagAACGAATTAAAAAAAGCTGGCAGATTGAGTTAAATATTGCAGCAGTTATATCCAGAGGGTAAAATATTCAAGCGAGTTTTCATATTCATTTGCATCATCTATGGGAGAGGTTGGATTCTAATAAACTTCTGGCTTTGTCACAGAGGGTATTCACTTGTATTTTTCTTTC
CAACTCATCTTTTGGGGCAAATATGTGGGCAAGGGCTTGCAGGTGGAGAATTATCACCCCAGTTATTTTATTCAAAGTGAATTGTTGTGATACACAAGGTTGTTTGAACTGAATTTTTCTTCGATCGTGGTGGATTTGTTAATGTGCATGTTTGGTTACTATTTGTTTGCATGCAGATGAATTTATATCTTGCCATTGTT
GAGGTGTACGTTGGGTTTAAAATCTTGGATCCCATTGGAGATTAGCTGCCCATGAATGGGTTGATCTTCATTGCAGTGTTTGGCTAGATGACGATTAGCCAAATTACTAGGGCAATGTGGGGCAATAAAAATTGCAAGATAAATATGTTAAATTGTGTTTCTGTAGTGTAATCATTTTATTATATTTGCATTTTTGTATT
CTTTATTTTATTATTACTATGAGAGTAGCTAGGTGCTTTACAGTTCAGTTTGGGGAGATTTAACATGTAAAAAATTTATACCTAAAAAAATTCGATTCCTCTCG

Intron 8 GTAAGAAAAA ... ATATCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.61	4	20	18
A2	79.66	6	24	23
A3	81.82	2	7	11
A4	66.67	2	3	5
A5	100	0	0	3
A6	73.77	16	41	49
A7	79.38	10	31	46
A8	72.64	29	69	85
A9	68.54	14	25	36
A10	74.51	13	25	51

>TRINITY_DN46465_c1_g1_i22 from sample A8 / Example spliced isoform

GGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAGTAAGAAGCTTGTTCCCATCCATCCTCGGCTTCTAAGGTATTCCGACTGACTAACAACACTAGTGCATTCCAGGTCTA
GGGCTCTATCTCTAGTTCGTGCAGGTAAGTGAACCAAGGGAGTGTTAAATGGCATACCTGGCTGCTTTAGTATTCCTGGCTTCAATTTTTGTCTAATGGTTTTCAGGTTTATTCGCTGTGTTGTCCGGATGATTGATTCAACCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACA
GACGTTTTTCAGCTCTCACGGGTCCCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCTGTACTTTATTTGCTGAGGGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGGATGTCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGAT
GGTCATGTGGAGAAAGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCTGGTTCTTAAAATCCTAGACCAGGACAGGGTGCCGACAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGTCAAGACAACGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCGAGGTTGTCCAAAAATTCCATTTGAGACCATGTTCCTTCTGAATGCT
CTCGTGCACAAGGGCATTATCAATTATCAAAGAATAACTCCCGAGTTTTACAATTTGTTGGATCCTGGTGTGACACCAACCAAGTTGAGTACCTCTGCGCTGAGGCATATGCTTTCCTAAATCTACCCAATTTTTTATGCCCTTGGAAGATTTAAGACTGTTCTTAACTGGATTTCAGAGAATCCAAAGCTCCTGAAGGG
CACAAAGATAGTCAACGAAACAATTGAAGTGAGGAGATTGGTTATCACGGCTAGAAAAGCCTACTGTCTTGCTCCAGAGGTGGAATTGTCAAACAGAGTCTTAAGGCACTTTAAAAGGTTTGCAGACCGATTTCTGCGAGTAACTTTCGTGGATGATAGCATGCAAGCAATGTCTTCAATGGTGTTAAATGTGCCTACTC
ATCCCAAAACTGAAGCACAGAAAGTGTTTCTGAAACTGTTAATGCAGTTGATAAGATGAATCTAGGAGATGGAAAGTTTATAGCAGAGCGAACTGCATTCATAATCTCTTGGATAATAATAGTTAGTTTGCTAACAAGGGGTTCTCCAATCCATTGCAATCACAAATAGACACTTTCTTATCCCGAGAGGTAGTTTCCCC
ATAGATTTGAAGCTATTATTTCGATCTATACTTTGTTTTTCCTGTGAATTCACGTCATTTGCTTCTCGCAGTTTAGATTGTCTGTTCTTAGTCTTCTCTCTGATCTTCCTAATGTGTTGAGAAATACCCTCCCCATTATCTTCATTTTGAATAAGTTTATCAAGCTCAATAGTGCTATTAATTGAATTAGAGCGAGAAGG
TTTATTTGCATCTAATCAGACTCTAAGGGATGTATCTGGGGCATCCTTGAATGAACCAGTGCCTGATTCAGAATCCATATTTTCATTTAGGTCATTTTCACTCTGCCATTGTGGGTGTCTCATTTTGCATTAGGAAATCCTTGACAAATATATTTTGCAATGTTGTGGGCAAGAATATAAATGAATGTTCTTCAGACCAT
TTTGCCTACATTCATCCCGGAGGTTCTCATCGGCTACTAGTCTGGTACAAAGCACCTGCAATTTCCTTGTCATTATGGGGATCTACCAGCAAGCCATTCTTCAACGTCTGCACAAGAATGAACCAATCTGTCCTCCATTCTTTGTGGCAACCATAGGCAATCCATGTGCAGCTGCCTGTATTTACACAGAGTGGGAGAAT
GACGTGCTTTATTATTTTTACACAGAACCAAAAATGCTTTTAGATCAAATTGTTAGGTAAGAGACTTTGAAATTGTGAAAGGCTTCTTAAGTTATTATTTGTGAATTTTGCAAAACGCGACCTTGAATATGCTACCAGAACTGAAACATTTTACTGCTTCCTTATGAAGGAAGAGTGCTTAGAAGAATGGAATGTAATTC
ATATCAAATTGTTAGGTCAAAGGTTTTGAAATTTTGAAAGGCTTCTTCCAAAGTTAGTTATTGTTTGTGAAATTTAGAGAATGCTACTTTGAATACACAACCAGAACTGAAACAATTTGCTACTTCATTATGAAGGAAGAGTGGTTGAAGAATGGAATGTAATTCACAATTCTGTAACTGAATGTTTCTCTTTGAAATGC
TACATAACTAAAAATAGAG

>TRINITY_DN46465_c1_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAGTAAGAAGCTTGTTCCCATCCATCCTCGGCTTCTAAGGTATTCCGACTGACTAACAACACTAGTGCATTCCAGGTCTA
GGGCTCTATCTCTAGTTCGTGCAGGTAAGTGAACCAAGGGAGTGTTAAATGGCATACCTGGCTGCTTTAGTATTCCTGGCTTCAATTTTTGTCTAATGGTTTTCAGGTTTATTCGCTGTGTTGTCCGGATGATTGATTCAACCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACA
GACGTTTTTCAGCTCTCACGGGTCCCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCTGTACTTTATTTGCTGAGGGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGGATGTCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGAT
GGTCATGTGGAGAAAGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCTGGTTCTTAAAATCCTAGACCAGGACAGGGTGCCGACAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGTCAAGACAACGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCGAGGTTGTCCAAAAATTCCATTTGAGACCATGTTCCTTCTGAATGCT
CTCGTGCACAAGGGCATTATCAATTATCAAAGAATAACTCCCGAGTTTTACAATTTGTTGGATCCTGGTGTGACACCAACCAAGTTGAGTACCTCTGCGCTGAGGCATATGCTTTCCTAAATCTACCCAATTTTTTATGCCCTTGGAAGATTTAAGACTGTTCTTAACTGGATTTCAGAGAATCCAAAGCTCCTGAAGGG
CACAAAGATAGTCAACGAAACAATTGAAGTGAGGAGATTGGTTATCACGGCTAGAAAAGCCTACTGTCTTGCTCCAGAGGTGGAATTGTCAAACAGAGTCTTAAGGCACTTTAAAAGGTTTGCAGACCGATTTCTGCGAGTAACTTTCGTGGATGATAGCATGCAAGCAATGTCTTCAATGGTGTTAAATGTGCCTACTC
ATCCCAAAACTGAAGCACAGAAAGTGTTTCTGAAACTGTTAATGCAGTTGATAAGATGAATCTAGGAGATGGAAAGTTTATAGCAGAGCGAACTGCATTCATAATCTCTTGGATAATAATAGTTAGTTTGCTAACAAGGGGTTCTCCAATCCATTGCAATCACAAATAGACACTTTCTTATCCCGAGAGGTAGTTTCCCC
ATAGATTTGAAGCTATTATTTCGATCTATACTTTGTTTTTCCTGTGAATTCACGTCATTTGCTTCTCGCAGTTTAGATTGTCTGTTCTTAGTCTTCTCTCTGATCTTCCTAATGTGTTGAGAAATACCCTCCCCATTATCTTCATTTTGAATAAGTTTATCAAGCTCAATAGTGCTATTAATTGAATTAGAGCGAGAAGG
TTTATTTGCATCTAATCAGACTCTAAGGGATGTATCTGGGGCATCCTTGAATGAACCAGTGCCTGATTCAGAATCCATATTTTCATTTAGGTCATTTTCACTCTGCCATTGTGGGTGTCTCATTTTGCATTAGGAAATCCTTGACAAATATATTTTGCAATGTTGTGGGCAAGAATATAAATGAATGTTCTTCAGACCAT
TTTGCCTACATTCATCCCGGAGGTTCTCATCGGCTACTAGTCTGGTACAAAGCACCTGCAATTTCCTTGTCATTATGGGGATCTACCAGCAAGCCATTCTTCAACGTCTGCACAAGAATGAACCAATCTgtaagaaaaaatgagagagtggtcaatcacgttagatccaatcagacttttattttagaaggtagaatttt
caatatacctgtttaatatctacagGTCCTCCATTCTTTGTGGCAACCATAGGCAATCCATGTGCAGCTGCCTGTATTTACACAGAGTGGGAGAATGACGTGCTTTATTATTTTTACACAGAACCAAAAATGCTTTTAGATCAAATTGTTAGGTAAGAGACTTTGAAATTGTGAAAGGCTTCTTAAGTTATTATTTGTGA
ATTTTGCAAAACGCGACCTTGAATATGCTACCAGAACTGAAACATTTTACTGCTTCCTTATGAAGGAAGAGTGCTTAGAAGAATGGAATGTAATTCATATCAAATTGTTAGGTCAAAGGTTTTGAAATTTTGAAAGGCTTCTTCCAAAGTTAGTTATTGTTTGTGAAATTTAGAGAATGCTACTTTGAATACACAACCAG
AACTGAAACAATTTGCTACTTCATTATGAAGGAAGAGTGGTTGAAGAATGGAATGTAATTCACAATTCTGTAACTGAATGTTTCTCTTTGAAATGCTACATAACTAAAAATAGAG

Intron 9 GTAAGAAGCT ... GTTCGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	85.96	4	33	16
A2	90.48	2	31	7
A3	97.1	1	45	22
A4	88.73	4	37	26
A5	77.78	7	36	13
A6	93.6	4	83	34
A7	84.16	16	116	54
A8	84.27	7	43	32
A9	88.8	10	113	45.5
A10	93.72	7	143	66

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i8 from sample A7 / Example spliced isoform

GGGGGTATAATAGGAGAGAGATCGAACGATAATCTTACAGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAGTTTATTCGCTGTGTTGTCCGGATGATTGATTCAACCGCC
AGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGG

>TRINITY_DN46500_c1_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GGGGGTATAATAGGAGAGAGATCGAACGATAATCTTACAGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAgtaagaagcttgttcccatccatcctcggcttctaaggta
ttccgactgactaacaacactagtgcattccaggtctagggctctatctctagttcgtgcagGTTTATTCGCTGTGTTGTCCGGATGATTGATTCAACCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGATGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGTCTCGGTTGCATTGATAACAAA
TGGGCTGTACTTTATTTGCTGAGGGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGGATGTCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAAGCCCGGCCTCCATGGGGGGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCAGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTC

Intron 10 GTATTTTGAT ... TGTGTCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.69	21	44	2
A2	66	17	33	1
A3	78.43	11	40	4
A4	76.32	9	29	3
A5	64.71	6	11	2
A6	84.95	45	254	39
A7	85.6	18	107	14
A8	81.28	41	178	25
A9	80.98	31	132	33
A10	83.78	18	93	7

>TRINITY_DN118764_c1_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

GGCCAGTCGATAACCGGTAGGAAGTAGCAGACAAATACAAAAAACCAGACTAATACACCATACCGATCGGAGGTTTCATCGTCTTGGTGGTCACAGGATCGAATCCGCATCCAAGACCATCTTTCCCAGCGTGCGGTATTTATTCATTCATTCGATTTCTTCCCAAGAAGCGTGGCTTTGCTTCGGCAGATTACAGAAAA
CTTCAGGCAGGGTCCTTCCAATGCCGGCTCGCTGAGGAAATGAAATGAGGTGTTGGGGGTGGTTTTGGCGGCTTCCGGAACAGGGGGGCGCCTCTGCGACAAAACCGCTTTGATCGTTTCTCATCGCAATGGAAGGAGACCAGGTGGCGGGTTTGATGCGAGAGCTGGTATTGCGAATCCTTCCTGCGAAGGGAGGGGGC
GGGGGCGGGAATGGAAACCGGGACCTAATGGCGGAGAGGGCTTTCAAATACTCAATGCGGATCGTGGGGAGCCGGATAACCCCGTCCCTTGCCAATGACGAGGCGGCCATGGCGGAGGCCGTCAAGCGCCAGCTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGGTGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCT
CACGGGGCCCGGTTGCATTGATAACAAATGGGCCGTGCTTTATTTGTTGAGGGCCGTTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCTGAAACCCGGGGGGATGCCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGA
ACGGGCAGATTCAGGTTCTTAAAACCCTAGACCAGGACAGGGCGCCCGCAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGG
TTTATTAAGTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATT
GCAGGAGGAGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAG
GTGCCATGGCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGA
GATGGGTACCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGA
GGCATTGGAGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCT
TCAAGCTTTCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTT
AAAATTTTTAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTA
CTATATCATGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGA
GCCACGGGGATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCT
CTATTAGAGGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGT
CTGCATCACTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGGGTATCCAACAAATTGGATTTGCTTCTTTTCTCCGTTCA
CATATTTGGGCATTAGCATATCTTGCTTCACGTTGACCACTTGATTGCCATTTCTGAAATTTTTGCAGCCCC

>TRINITY_DN118764_c1_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GTTGGAACTTATATATGCAATGTTAAGCTTGTGCTAACGGTTCTTGAATATTAATGAAATACAATGTTGTTACCAGGCAGTTTCCCTTGGATTGTATCGTTCAGCATGTAACTTGTATCGTGATTTCCTGTAGGGCACGATAGCGATCTTATCTCAGTTTATTTAGTTTTGAAAAATGAAAGATAGGGTTGTGCCCTCGG
ATTTGGTTCTTGCTTTCCATGGAAACGTTTACAGCAGCGATCTCTTGCAGTTTTGTTTGTAAATAAATAATGAAATGTTTATCCGCTGTGTTCTCCGAATGATTGATTCAACCGCCAACTCGTGAACGAAGGTAGATCCTCCGGTGCCCTAACTTTCGCTGATTTATACAGACGTTTTTCAGCTCTCACGGGGCCCGGTT
GCATTGATAACAAATGGGCTGTACTTTATTTGCTGAGGGCCGTTGCTGAGGGCCATTTCCGAGGACCAGAGAAAAGAGAAGGCCGAAACCCGGGGGATGTCGGGCACTTCACCTCTACAATCTCAGGCCCGGCCTCCATGGGAGGCTTCCGGTTTTGCCCCGGGCGGATGGTCATGTGGAGAACGGTAGGGTTAGGAACG
GGCAGATTCTGGTTCTTAAAATCCTAGACCAGGACAGGGTGCCGACAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGTCAAGGCAACGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCCTGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTT
ATTAAGTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCA
GGAGGAGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATGACTGCAAGAATTCGAGAGGAGGTG
CCATGGCTGGCGCAATCCACATGCATGCCCAGCATGGCGATCCGCTGGTTCGGGATTTCATGCGAAGGTTGCTGACAAGGGTCTGTTCTCCGCTCTTTGAGATGGTGAGGAGTTGGGTTCTGGAAGGAGAGTTGAATGATATATTTTCTGAGTTTTTTGTGGTCGGGCAGGCAGTGAAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGAT
GGGTACCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGGTCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGC
ATTGGAGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAACCTGCTAACACTATAAGCTCCTTCA
AGCTTTCAGGGCTACTGGAGAGTGCAATTCGTGCCTCCAATGCCCAATATGATGACCCAGATATATTGGATAGGCTGAGAGTGAAGATGATGCCACACAATAGTGGAGACAGGGGGTGGGATGTTTTCTCACTGGAGTATAATGCAAGAGATCCTCTGAATACCATATTTACAGAGTCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAA
ATTTTTAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCATTTTGTCACAAATCTGCAGTACTA
TATCATGTTCGAAGTTCTTGAGTACTCATGGGTGGACTTTTTGGATGAAATGGAGGAAGCAAGAGACCTTGATGAACTTATAGTTGCTCATGAAAGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCC
ACGGGGATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGGGGCTTGGGTTAGTGGAGGCAGAAAGTCCTCATTACAACTTACGGGAGAGTTCCTGCGTGCAATGGGAGAAGAGATGGATGCTATTGCTGTTGAGTATTCATCTCTA
TTAGAGGGGTTCATTGCTCAACTGCCACTTCAGCAGCATGTTGATTTGAAGTTCCTCTTGTTTCGGCTTGATTTCACGGAGTTTTACAGCAAACAGCAATTGAATACACTTACAACACCAACTAAATCGAGGAGGACTTCCATGAGAGGTGGGAAACAGTCACAGAATGCTTGAAAGATTGGCATTGTTTTCAGAGTCTG
CATCACTGTCTGAGTGATCTGGAGTAGCCCCACCAGTTCCTGTAGTGAGCGCTGACTTCATTCATCGGTCTTACCGTTTTAGGCTCTGGCGATTCATTCACGTTTAACCTGATAGCTGAAGGAGTGTGGGATATTTTAGCGTGTGGCAGTAATCTGAGgtattttgatatgattggttagccaacaataatctatgttat
tgatgaataatactctaactcatgtcaggaaattttcactacatttagttgcttcccttaaattgatttgccagggagcattcgttacatttaagtgcagttctggaaactgaactgctttgtataataggtgttttgatttgaccgtctttgtatcaattttccaagtgccgtgaattgtaatatctcttatttaatac
aaagaagatcactgattgtcaatgtgatctctttttctgtgtccaagGGTATCCAACAAATTGGATTTGCTTCTTTTCTCCGTTCACATATTTGGGCATTAGCATATCTTGCTTCACGTTGACCACTTGATTGCCATTTCTGAAATTTTTGCAGCCCC

Intron 11 GTAAGTGAAC ... TGGTTTTCAG

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>TRINITY_DN104705_c2_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoform

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TGGAGAAAGGTAGGGTTAGGAACGGGCAGATTCTGGTTCTTAAAATCCTAGACCAGGACAGGGTGCCGACAGGCGGGGTGCTCATTCTGTCCAAGGACCCGGTAAATGCCAAGGCAGCGGCTCTGCGTGAATATGCCGAGGTTTCCCAGGAGGAGTCCGATGTCACCGAGAGTGCGCTGGTTAAAGACGTTTTGTATGCC
TGCCAGGGAATTGAAGGCCGGTTTATTAAGTTTGATAAGGATCTGGATGGTTTTGCGGTGTCAGAGTCCTACAAGGTGCCGAGGACAACGAGATGTCTGGTTCGGAAATTGTGTGAATTGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGG
GCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGGAGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGGAATTATCTTTCGCTGCGGAGGTTGATGGTCTGGCTTGCAGAGCCGACTGTGAGGATAAGACTGATGGCTGTTTTGGTTGATG
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AAAGCGGAGGCCTTGTGGCGAGATGGGTACCAACTCCACAGTGGTATGTTGCCATCATTCATTCCAGAGCCTCTTGCAAAGAGAATTTTGAGGACGGGGAAGTCGATTAATTTTCTACGCGTTTGTTGCAAAGATCAGGGTTGGGCAGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCATCTGCAGCAGGAACCTCGACAAGGAGAGGCGG
TCTTGGTTATGGGGAAACCGAGGCATTGGAGATATTGGTTGTAGAAGCAGCTAAGAGGATCGATCGGCATTTGATAGAAATAATGTATGTTCAATTCAAGTTCAGAGAACATTGCCTTGCAATCAAGAGATACTTGCTTCTCGGCCAAGGTGACTTCATTCAGTATCTCATGGACATTGTGGGCCCTGATCTCTCTCAAC
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TCTGTGATGGCTAGGTACCTTAAAATTTTTAACTTTCTTTGGAAGCTTAAACGTGTGGAACATGCTCTGAGTGCTACATGGCAGACTATGAAGCCAAACTGCTCTATTGCTCGCCTATTTGCCACTAGGGATGGTGGTGGGAAGCAGCAACTTGTAGCCATTTTAAGACGATGTCAAACACAAAGAAATGAAATGAACCA
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TTAGCCAACAATAATCTATGTTATTGATGAATAATACTCTAACTCATGTCAGGAAATTTTCACTACATTTAGTTGCTTCCCTTAAATTGATTTGCCAGGGAGCATTCGTTACATTTAAGTGCAGTTCTGGAAACTGAACTGCTTTGTATAATAGGTGTTTTGATTTGACCGTCTTTGTATCAATTTTCCAAGTGCCGTGA
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ATTAATATACTTACATCCATCTAGAAGTATCCTACTGCAAAATCTCACCGTAAGAATATTCATGGAGTTTATAATTGATTAATAGACTATTCTTTCAGTAAAACACTAATAGAATATTCCCTTGAATCCTGAAAATTTATAACCCTTGAAAACTGAGACATAAAAACAGTGTATTCAGAAATCAGACAAACAAAAAGAAT
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>TRINITY_DN104705_c2_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATTCATTCGCTTTACTAAATGGTTTGTTCATTCATGTGGGGGTATAATAGGAGAGAGATCGATCGATAATCTTACAGCCGAGATTCGGTAAGGAACGGGGGATAGGTGACACCTTCGCTCGCTTAGAAAGCGTTAGCTTCCGGGTCGGGTGTTTTAGGCTGGCTGGCTGGCTCTGTCTGGGATCTCCCTCCTAGCAAGTA
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TGGGCTGGCTTTATAAGAAGGTGAAGGAGTATGTTTATGAGAGTGTGGAGCGAGGGCCTATTGAGGCGATTGGTACTGTGGGGCAGGCTTTCTGTGCAGCATTGCAGGAGGAGCTCTCGGATTACTATAAGCTGTTGGCGGTGTTGGAGGGGCAGGTGCATAATCCGATACCGGCCATGGCTGAGGGAAAAGGACCGGGG
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AGATACCTTAATGCGATTGTAGAGAAGTCACTTCTGGGGGAACGATCTCATCATTTATATAAAACACTGTTTTCATTGTTTGATCTCATTTTACGCTTTAGGAGCCACGGGGATAGATTATATGAAAGTGCCCGTGAAATGCAGGCGAGAGGTGAAACATATTCAAGGCAGAAGTCCAAGAGAGAACCTCAAAAGTTGGG
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ATATTGCTGGGGTTTATTTAGTTTACGATAGAATTGATCTTGCATATTCTTTATCAAGAGCCTTTGATGCTTCTAAAACGACATTAATATACTTACATCCATCTAGAAGTATCCTACTGCAAAATCTCACCGTAAGAATATTCATGGAGTTTATAATTGATTAATAGACTATTCTTTCAGTAAAACACTAATAGAATATT
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GG