sp|Q0JDM0|C3H27_ORYSJ ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 27
Intron 1 GTATTTCCCA ... GATTTACCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.33 | 2 | 3 | 8 |
| A2 | 57.14 | 3 | 5 | 3 |
| A3 | 75 | 1 | 6 | 0 |
| A4 | 88.24 | 1 | 7 | 8 |
| A5 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A6 | 60 | 2 | 6 | 0 |
| A7 | 50 | 2 | 4 | 0 |
| A8 | 60 | 3 | 6 | 3 |
| A9 | 60 | 1 | 0 | 3 |
| A10 | 20 | 4 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN116514_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformGCCGGGGAATTGTTTAATTGCTCAAATTGCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTC
GTCAAAACCCTGGAATCCTTGACGGAAGCAGATCCTTCATTGGTAGCGAATTATGTGGTGGCATTACTGAAAAACAATAAGTCCGAGGAGGAGTTGCAAAAGATTTGTATTACTCAACTTCATGAGTTCCTTGGAGATAACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATC
TGTAGATGACATAGAAGGTAGGAATCCTGTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTGCTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTG
ACTCTCCGTCCTTTACACAAGGTGAAGATGTAAGAAGTATTTGCAACAAGAGGGCCAGGCCTGTTAGCAATGATCAGTCAGTACTGGACAGTGAGGAGATATCCAAACAGTGTAGGGATTCGACACTGATACACACAGATAGAGAGGGATCCAGAAAATACCATAAAATTCGGCATGGATATACATTCTCATCCCGATCT
AATGTGGATGGAGATCATAAAAGGGGAAGCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAGTAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATC
AGGTGTGACAAATCTGTATCCTGGCAGAGCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCACGCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCA
GGTGCAGAGACTTTGAGGAGCGTGGATTTTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAATCCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCA
GCAGGTTCAGCCAAGAAAAATTCTTATGATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTTGAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATA
TTTATCAGATGGTAATCCACATGACAGGCCTAGCCATGTCATGTCTGACATTGGTGTCAATATAAAGCCTCAGAGATGTGTCACTTTGGCTGGAATCTCTCAGAATAAAGTCTCATCTGTATGGGATCGTATTGGTCCTCGGGAGCCAGAGGAAGGTTCTTCTGGTGGAGCTTTGCAACGTGGAAAGCAGACAAAAGAAT
TATATAATGGCCAAAGCTCCTATAGTAATGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACATATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGA
AACGTGGACCAAAGAAGTAGACGAGGAAATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCTTGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGC
TCTCACTTCAACAGATGCTGTCATGGGGAACCGGTTCATCAAATTAGCATGGGCCAAGTGGGATAGCACAATGGAACTAGAAAAGACCAGTGCAAGCTTAGCACCTCCTGGGAAGTCTTCCAATGCAATGGCTGGTGCCATTCCAGTCTCGTCAATGCCTAAGCAAAATATTAATAACTCTGTTCTGCCATTCAGTCCTC
GAGTTTCAACATCTGAAGCAATTAATGCTGATGCCCGTTCTGTTAAGCTCATGCAAGCAAATGAGTCAAGGTCTTCAACCATTTCTACTGTTGTGCATAAGCAGGAGACTCTCGACTCTCTGAAGCTGCTTCGTCAAAAGCAGGAAATGCTTGCCCAGAAACGGGAAGATTTTCGTCGCCATCTGGAAAAATTAGCAAAA
CAGGGAATAGGTACCAGAGTGGAACATTCTGATAAAAATCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAAACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCC
ATTGCCAAAAATTTCGAAACTATCTCTAGTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTCATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAG
AAAATGCCAAACATCAATATAATGAAGCCTCAAAGATTTCAGAAACATGTGTCATACGTGTTACTTATGCTACACGTCAAGCAGCTGAAAGAGCTTTTATTGAAGGTAGGTGTTGGCAAGGGAAAAACTTGCAGCTAGCATGGGTGATGACTTCCAACACTCTTAACCATGAATTTGGAAAGAATACAGCACATCAAAAT
TCAAAAGGGGATTCTACCAAGGGAGCTTTAATTGAAATGGATACTGTGGGAGGACAAACTGTTACAATGGATGATCCTATTAATACAGACATGAATGGTGCTGAAAAATTCTCCACTGAGAGAGGGCAGAATGTAACAGCATTAGTTTAAAAGGGAAGACCCTGTACACTATATAGATGTTTCCCGTGCAGTAACAAGCA
AATGAAGCAGCTGAATTGGGTGGCAGCAGCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTACAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAG
TGTTCAAGATTTTTTTATTATCAAATGCAAATTGAACGGCTTAACTTGCAGGTATAGATTTTCTGAGGCATGCCATAATATTGATCCGTTCTATAGTTTAAATGCCAAGTTTTAGATTCTGCACAGTTCAGCTGTCCAAGCTGCTGCCATCAGTTTATATGCTAAGTTGTAAATGTTACACAGGTCATTTAGTAAGGTAA
TAGTTGCCATGCAATGTTCTCAACTTGCATCCTCTATGCAACGTGTTACAAGGGTGAAGCAGCCTGTGTTTGCTATCTATGTGTTTTACTCAAGGTGACAGCCAATCAAGATTTGTGTTTACTGATCAGAACCTTCTGGTTATCTATTATTTTGGTTTGTTACTTCAGGATGGAGTTGTTCATATGATGGAAGATGAACT
GTATCTCCTTTTATATTGCTTTATTAGATTCACAGTAGATGCTATACATTATTTTGGATGCCTTGGAAACTTTTGAATCAATTTTGCTTGTGTCAAGTTTAGGTCAAGGCATGATCTTCTCTCATAGTGTAGTAGTTTCTGTATATAATACTACTGGTTTTAGTTTTATAATCAGGACATTGCATGGTTCACATAACAGA
ATCAAAGACAGGCTTGTAAACTAGATTTTTAAGGTTTGCTCTGCTCTAAAGCAGTCTTAATGGCAGGGCAGGTTTTCTGGGTCTGGAAGCATTTTGGTTTTTAATTAATGTAAGTTCATATGCGGATGATGTTATCACTCCTCATTGAAGATTTAGTCTTGATCTGGCCCATTTTCATGATAAATTCATCAATATATAGT
CTGATGGAGTATCCAGAGGTATGGCTTTCATATTCTTCCCACCGGTCAATTAGGCTTTCTCACTGAAGGCCTTTCAGGGGTATGTTTAGTTCATCAACAAATTAACGGGGATGAGGTATATCTACATTCAGCTGGATCTTTTGGTATTCGTTTTTTCTTGTGTTTAATTGCATTATAATGTAACATAAAATCAAATTATT
TCGACAAGTCCATGGCACGAAACTTAATCTCACACATCTCAAGCTACCAGGACAGAAAACTTCAGGGTTCCATCAAAACTGAATAAGCAAGGTTCCTAAAAAAAGTGTCCCCAAATTTTCAACACAAATATTAAAATTTCTTTATTTTTCAGAATCACCTAGTAACAATAATTTTTTTGCATCGGCTCTGTATAATACAA
ATTTTAAACTATTAATGGTTAATAAAGGTGAAAATCCAG
>TRINITY_DN116514_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCCGGGGAATTGTTTAATTGCTCAAATTGCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTC
GTCAAAACCCTGGAATCCTTGACGGAAGCAGATCCTTCATTGGTAGCGAATTATGTGGTGGCATTACTGAAAAACAATAAGTCCGAGGAGGAGTTGCAAAAGATTTGTATTACTCAACTTCATGAGTTCCTTGGAGATAACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATC
TGTAGATGACATAGAAGGTAGGAATCCTGTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTGCTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTG
ACTCTCCGTCCTTTACACAAGGTGAAGATGTAAGAAGTATTTGCAACAAGAGGGCCAGGCCTGTTAGCAATGATCAGTCAGTACTGGACAGTGAGGAGATATCCAAACAGTGTAGGGATTCGACACTGATACACACAGATAGAGAGGGATCCAGAAAATACCATAAAATTCGGCATGGATATACATTCTCATCCCGATCT
AATGTGGATGGAGATCATAAAAGGGGAAGCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAGTAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATC
AGGTGTGACAAATCTGTATCCTGGCAGAGCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCACGCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCA
GGTGCAGAGACTTTGAGGAGCGTGGATTTTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAATCCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCA
GCAGGTTCAGCCAAGAAAAATTCTTATGATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTTGAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATA
TTTATCAGATGGTAATCCACATGACAGGCCTAGCCATGTCATGTCTGACATTGGTGTCAATATAAAGCCTCAGAGATGTGTCACTTTGGCTGGAATCTCTCAGAATAAAGTCTCATCTGTATGGGATCGTATTGGTCCTCGGGAGCCAGAGGAAGGTTCTTCTGGTGGAGCTTTGCAACGTGGAAAGCAGACAAAAGAAT
TATATAATGGCCAAAGCTCCTATAGTAATGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACATATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGA
AACGTGGACCAAAGAAGTAGACGAGGAAATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCTTGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGC
TCTCACTTCAACAGATGCTGTCATGGGGAACCGGTTCATCAAATTAGCATGGGCCAAGTGGGATAGCACAATGGAACTAGAAAAGACCAGTGCAAGCTTAGCACCTCCTGGGAAGTCTTCCAATGCAATGGCTGGTGCCATTCCAGTCTCGTCAATGCCTAAGCAAAATATTAATAACTCTGTTCTGCCATTCAGTCCTC
GAGTTTCAACATCTGAAGCAATTAATGCTGATGCCCGTTCTGTTAAGCTCATGCAAGCAAATGAGTCAAGGTCTTCAACCATTTCTACTGTTGTGCATAAGCAGGAGACTCTCGACTCTCTGAAGCTGCTTCGTCAAAAGCAGGAAATGCTTGCCCAGAAACGGGAAGATTTTCGTCGCCATCTGGAAAAATTAGCAAAA
CAGGGAATAGGTACCAGAGTGGAACATTCTGATAAAAATCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAAACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCC
ATTGCCAAAAATTTCGAAACTATCTCTAGTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTCATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAG
AAAATGCCAAACATCAATATAATGAAGCCTCAAAGATTTCAGAAACATGTGTCATACGTGTTACTTATGCTACACGTCAAGCAGCTGAAAGAGCTTTTATTGAAGGTAGGTGTTGGCAAGGGAAAAACTTGCAGCTAGCATGGGTGATGACTTCCAACACTCTTAACCATGAATTTGGAAAGAATACAGCACATCAAAAT
TCAAAAGGGGATTCTACCAAGGGAGCTTTAATTGAAATGGATACTGTGGGAGGACAAACTGTTACAATGGATGATCCTATTAATACAGACATGAATGGTGCTGAAAAATTCTCCACTGAGAGAGGGCAGAATGTAACAGCATTAGTTTAAAAGGGAAGACCCTGTACACTATATAGATGTTTCCCGTGCAGTAACAAGCA
AATGAAGCAGCTGAATTGGGTGGCAGCAGCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTACAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAG
TGTTCAAGATTTTTTTATTATCAAATGCAAATTGAACGGCTTAACTTGCAGGTATAGATTTTCTGAGGCATGCCATAATATTGATCCGTTCTATAGTTTAAATGCCAAGTTTTAGATTCTGCACAGTTCAGCTGTCCAAGCTGCTGCCATCAGTTTATATGCTAAGTTGTAAATGTTACACAGGTCATTTAGTAAGGTAA
TAGTTGCCATGCAATGTTCTCAACTTGCATCCTCTATGCAACGTGTTACAAGGGTGAAGCAGCCTGTGTTTGCTATCTATGTGTTTTACTCAAGGTGACAGCCAATCAAGATTTGTGTTTACTGATCAGAACCTTCTGGTTATCTATTATTTTGGTTTGTTACTTCAGGATGGAGTTGTTCATATGATGGAAGATGAACT
GTATCTCCTTTTATATTGCTTTATTAGATTCACAGTAGATGCTATACATTATTTTGGATGCCTTGGAAACTTTTGAATCAATTTTGCTTGTGTCAAGTTTAGGTCAAGGCATGATCTTCTCTCATAGTGTAGTAGTTTCTGTATATAATACTACTGGTTTTAGTTTTATAATCAGGACATTGCATGGTTCACATAACAGA
ATCAAAGACAGGCTTGTAAACTAGATTTTTAAGGTTTGCTCTGCTCTAAAGCAGTCTTAATGGCAGGGCAGGTTTTCTGGGTCTGGAAGCATTTTGGTTTTTAATTAATGTAAGTTCATATGCGGATGATGTTATCACTCCTCATTGAAGATTTAGTCTTGATCTGGCCCATTTTCATGATAAATTCATCAATATATAGT
CTGATGGAGTATCCAGAGGTATGGCTTTCATATTCTTCCCACCGGTCAATTAGgtatttcccatcttatgttttctttaaaaatttgaaattttgaacagatttgaaatgatctttgaaatcttagctccttattaatcctgtgatttgtaatactgaattcttttggtgatttaccagGCTTTCTCACTGAAGGCCTTT
CAGGGGTATGTTTAGTTCATCAACAAATTAACGGGGATGAGGTATATCTACATTCAGCTGGATCTTTTGGTATTCGTTTTTTCTTGTGTTTAATTGCATTATAATGTAACATAAAATCAAATTATTTCGACAAGTCCATGGCACGAAACTTAATCTCACACATCTCAAGCTACCAGGACAGAAAACTTCAGGGTTCCATC
AAAACTGAATAAGCAAGGTTCCTAAAAAAAGTGTCCCCAAATTTTCAACACAAATATTAAAATTTCTTTATTTTTCAGAATCACCTAGTAACAATAATTTTTTTGCATCGGCTCTGTATAATACAAATTTTAAACTATTAATGGTTAATAAAGGTGAAAATCCAG
Intron 2 GTGTTACAGA ... CTAATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.08 | 113 | 20 | 14 |
| A2 | 22.17 | 79 | 33 | 12 |
| A3 | 13.31 | 114 | 28 | 7 |
| A4 | 17.58 | 75 | 22 | 10 |
| A5 | 24.59 | 23 | 7 | 8 |
| A6 | 2.13 | 23 | 1 | 0 |
| A7 | 9.49 | 62 | 9 | 4 |
| A8 | 10.77 | 29 | 6 | 1 |
| A9 | 18.1 | 43 | 12 | 7 |
| A10 | 14.11 | 70 | 14 | 9 |
>TRINITY_DN116514_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGCCGGGGAATTGTTTAATTGCTCAAATTGCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTC
GTCAAAACCCTGGAATCCTTGACGGAAGCAGATCCTTCATTGGTAGCGAATTATGTGGTGGCATTACTGAAAAACAATAAGTCCGAGGAGGAGTTGCAAAAGATTTGTATTACTCAACTTCATGAGTTCCTTGGAGATAACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATC
TGTAGATGACATAGAAGGTAGGAATCCTGTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTGCTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTG
ACTCTCCGTCCTTTACACAAGGTGAAGATGTAAGAAGTATTTGCAACAAGAGGGCCAGGCCTGTTAGCAATGATCAGTCAGTACTGGACAGTGAGGAGATATCCAAACAGTGTAGGGATTCGACACTGATACACACAGATAGAGAGGGATCCAGAAAATACCATAAAATTCGGCATGGATATACATTCTCATCCCGATCT
AATGTGGATGGAGATCATAAAAGGGGAAGCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAGTAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATC
AGGTGTGACAAATCTGTATCCTGGCAGAGCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCACGCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCA
GGTGCAGAGACTTTGAGGAGCGTGGATTTTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAATCCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCA
GCAGGTTCAGCCAAGAAAAATTCTTATGATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTTGAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATA
TTTATCAGATGGTAATCCACATGACAGGCCTAGCCATGTCATGTCTGACATTGGTGTCAATATAAAGCCTCAGAGATGTGTCACTTTGGCTGGAATCTCTCAGAATAAAGTCTCATCTGTATGGGATCGTATTGGTCCTCGGGAGCCAGAGGAAGGTTCTTCTGGTGGAGCTTTGCAACGTGGAAAGCAGACAAAAGAAT
TATATAATGGCCAAAGCTCCTATAGTAATGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACATATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGA
AACGTGGACCAAAGAAGTAGACGAGGAAATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCTTGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGC
TCTCACTTCAACAGATGCTGTCATGGGGAACCGGTTCATCAAATTAGCATGGGCCAAGTGGGATAGCACAATGGAACTAGAAAAGACCAGTGCAAGCTTAGCACCTCCTGGGAAGTCTTCCAATGCAATGGCTGGTGCCATTCCAGTCTCGTCAATGCCTAAGCAAAATATTAATAACTCTGTTCTGCCATTCAGTCCTC
GAGTTTCAACATCTGAAGCAATTAATGCTGATGCCCGTTCTGTTAAGCTCATGCAAGCAAATGAGTCAAGGTCTTCAACCATTTCTACTGTTGTGCATAAGCAGGAGACTCTCGACTCTCTGAAGCTGCTTCGTCAAAAGCAGGAAATGCTTGCCCAGAAACGGGAAGATTTTCGTCGCCATCTGGAAAAATTAGCAAAA
CAGGGAATAGGTACCAGAGTGGAACATTCTGATAAAAATCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAAACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCC
ATTGCCAAAAATTTCGAAACTATCTCTAGTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTCATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAG
AAAATGCCAAACATCAATATAATGAAGCCTCAAAGATTTCAGAAACATGTGTCATACGTGTTACTTATGCTACACGTCAAGCAGCTGAAAGAGCTTTTATTGAAGGTAGGTGTTGGCAAGGGAAAAACTTGCAGCTAGCATGGGTGATGACTTCCAACACTCTTAACCATGAATTTGGAAAGAATACAGCACATCAAAAT
TCAAAAGGGGATTCTACCAAGGGAGCTTTAATTGAAATGGATACTGTGGGAGGACAAACTGTTACAATGGATGATCCTATTAATACAGACATGAATGGTGCTGAAAAATTCTCCACTGAGAGAGGGCAGAATGTAACAGCATTAGTTTAAAAGGGAAGACCCTGTACACTATATAGATGTTTCCCGTGCAGTAACAAGCA
AATGAAGCAGCTGAATTGGGTGGCAGCAGCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTACAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAG
TGTTCAAGATTTTTTTATTATCAAATGCAAATTGAACGGCTTAACTTGCAGGTATAGATTTTCTGAGGCATGCCATAATATTGATCCGTTCTATAGTTTAAATGCCAAGTTTTAGATTCTGCACAGTTCAGCTGTCCAAGCTGCTGCCATCAGTTTATATGCTAAGTTGTAAATGTTACACAGGTCATTTAGTAAGGTAA
TAGTTGCCATGCAATGTTCTCAACTTGCATCCTCTATGCAACGTGTTACAAGGGTGAAGCAGCCTGTGTTTGCTATCTATGTGTTTTACTCAAGGTGACAGCCAATCAAGATTTGTGTTTACTGATCAGAACCTTCTGGTTATCTATTATTTTGGTTTGTTACTTCAGGATGGAGTTGTTCATATGATGGAAGATGAACT
GTATCTCCTTTTATATTGCTTTATTAGATTCACAGTAGATGCTATACATTATTTTGGATGCCTTGGAAACTTTTGAATCAATTTTGCTTGTGTCAAGTTTAGGTCAAGGCATGATCTTCTCTCATAGTGTAGTAGTTTCTGTATATAATACTACTGGTTTTAGTTTTATAATCAGGACATTGCATGGTTCACATAACAGA
ATCAAAGACAGGCTTGTAAACTAGATTTTTAAGGTTTGCTCTGCTCTAAAGCAGTCTTAATGGCAGGGCAGGTTTTCTGGGTCTGGAAGCATTTTGGTTTTTAATTAATGTAAGTTCATATGCGGATGATGTTATCACTCCTCATTGAAGATTTAGTCTTGATCTGGCCCATTTTCATGATAAATTCATCAATATATAGT
CTGATGGAGTATCCAGAGGTATGGCTTTCATATTCTTCCCACCGGTCAATTAGGTATTTCCCATCTTATGTTTTCTTTAAAAATTTGAAATTTTGAACAGATTTGAAATGATCTTTGAAATCTTAGCTCCTTATTAATCCTGTGATTTGTAATACTGAATTCTTTTGGTGATTTACCAGGCTTTCTCACTGAAGGCCTTT
CAGGGGTATGTTTAGTTCATCAACAAATTAACGGGGATGAGGTATATCTACATTCAGCTGGATCTTTTGGTATTCGTTTTTTCTTGTGTTTAATTGCATTATAATGTAACATAAAATCAAATTATTTCGACAAGTCCATGGCACGAAACTTAATCTCACACATCTCAAGCTACCAGGACAGAAAACTTCAGGGTTCCATC
AAAACTGAATAAGCAAGGTTCCTAAAAAAAGTGTCCCCAAATTTTCAACACAAATATTAAAATTTCTTTATTTTTCAGAATCACCTAGTAACAATAATTTTTTTGCATCGGCTCTGTATAATACAAATTTTAAACTATTAATGGTTAATAAAGGTGAAAATCCAG
>TRINITY_DN116514_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCCGGGGAATTGTTTAATTGCTCAAATTGCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTC
GTCAAAACCCTGGAATCCTTACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATCTGTAGATGACATAGAAGGTAGGAATCCTGTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTG
CTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTGACTCTCCGTCCTTTACACAAGGTGAAGATGTAAGAAGTATTTGCAACAAGAGGGCCAGGCCTGTTAGCAATGATCAGTCAGTACTGGACAGTGAGGAGATATCCAAACAGTGTAGGGAT
TCGACACTGATACACACAGATAGAGAGGGATCCAGAAAATACCATAAAATTCGGCATGGATATACATTCTCATCCCGATCTAATGTGGATGGAGATCATAAAAGGGGAAGCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAG
TAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATCAGGTGTGACAAATCTGTATCCTGGCAGAGCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCAC
GCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCAGGTGCAGAGACTTTGAGGAGCGTGGATTTTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGgtgttacagaataattagctgcat
tgttgaataatatgtggactgtctaactttataaaaacagatgcattcagttctttgtgttgttagagcaatgaagttgagtggtctgcttttgttttgtttctcttgaacgagtctcaaagacaataatttaacattgattttgattgttgtgcttctaatgacagAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAAT
CCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCAGCAGGTTCAGCCAAGAAAAATTCTTATGATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTT
GAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATATTTATCAGATGGTAATCCACATGACAGGCCTAGCCATGTCATGTCTGACATTGGTGTCAATATAAAGCCTCAGAGATGTGTCACTTTGGCTGGAATCTCTCAGAATAAAGTCTCATCTGTATGGGATC
GTATTGGTCCTCGGGAGCCAGAGGAAGGTTCTTCTGGTGGAGCTTTGCAACGTGGAAAGCAGACAAAAGAATTATATAATGGCCAAAGCTCCTATAGTAATGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACA
TATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGAAACGTGGACCAAAGAAGTAGACGAGGAAATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCT
TGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGCTCTCACTTCAACAGATGCTGTCATGGGGAACCGGTTCATCAAATTAGCATGGGCCAAGTGGGATAGCACAATGGAACTAGAAAAGACCAGTGCAAGCTTAGCACCTCCTGGGAAGTCTTCCAATGCAA
TGGCTGGTGCCATTCCAGTCTCGTCAATGCCTAAGCAAAATATTAATAACTCTGTTCTGCCATTCAGTCCTCGAGTTTCAACATCTGAAGCAATTAATGCTGATGCCCGTTCTGTTAAGCTCATGCAAGCAAATGAGTCAAGGTCTTCAACCATTTCTACTGTTGTGCATAAGCAGGAGACTCTCGACTCTCTGAAGCTG
CTTCGTCAAAAGCAGGAAATGCTTGCCCAGAAACGGGAAGATTTTCGTCGCCATCTGGAAAAATTAGCAAAACAGGGAATAGGTACCAGAGTGGAACATTCTGATAAAAATCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAA
ACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCCATTGCCAAAAATTTCGAAACTATCTCTAGTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTC
ATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAGAAAATGCCAAACATCAATATAATGAAGCCTCAAAGATTTCAGAAACATGTGTCATACGTGTTACTTATGCTACACGTCAAGCAGCTGAAAGAGCTTTTATTGAAGGTAGGTGTTGGCAAGGGAAAAAC
TTGCAGCTAGCATGGGTGATGACTTCCAACACTCTTAACCATGAATTTGGAAAGAATACAGCACATCAAAATTCAAAAGGGGATTCTACCAAGGGAGCTTTAATTGAAATGGATACTGTGGGAGGACAAACTGTTACAATGGATGATCCTATTAATACAGACATGAATGGTGCTGAAAAATTCTCCACTGAGAGAGGGCA
GAATGTAACAGCATTAGTTTAAAAGGGAAGACCCTGTACACTATATAGATGTTTCCCGTGCAGTAACAAGCAAATGAAGCAGCTGAATTGGGTGGCAGCAGCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTA
CAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAGTGTTCAAGATTTTTTTATTATCAAATGCAAATTGAACGGCTTAACTTGCAGGTATAGATTTTCTGAGGCATGCCATAATATTGATCCGTTCTATAGTTTAAATGCCAAGTTTTAGATTCTGCACAGTT
CAGCTGTCCAAGCTGCTGCCATCAGTTTATATGCTAAGTTGTAAATGTTACACAGGTCATTTAGTAAGGTAATAGTTGCCATGCAATGTTCTCAACTTGCATCCTCTATGCAACGTGTTACAAGGGTGAAGCAGCCTGTGTTTGCTATCTATGTGTTTTACTCAAGGTGACAGCCAATCAAGATTTGTGTTTACTGATCA
GAACCTTCTGGTTATCTATTATTTTGGTTTGTTACTTCAGGATGGAGTTGTTCATATGATGGAAGATGAACTGTATCTCCTTTTATATTGCTTTATTAGATTCACAGTAGATGCTATACATTATTTTGGATGCCTTGGAAACTTTTGAATCAATTTTGCTTGTGTCAAGTTTAGGTCAAGGCATGATCTTCTCTCATAGT
GTAGTAGTTTCTGTATATAATACTACTGGTTTTAGTTTTATAATCAGGACATTGCATGGTTCACATAACAGAATCAAAGACAGGCTTGTAAACTAGATTTTTAAGGTTTGCTCTGCTCTAAAGCAGTCTTAATGGCAGGGCAGGTTTTCTGGGTCTGGAAGCATTTTGGTTTTTAATTAATGTAAGTTCATATGCGGATG
ATGTTATCACTCCTCATTGAAGATTTAGTCTTGATCTGGCCCATTTTCATGATAAATTCATCAATATATAGTCTGATGGAGTATCCAGAGGTATGGCTTTCATATTCTTCCCACCGGTCAATTAGG
Intron 3 GTATGGCTTT ... GATTTACCAG
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| A4 | 63.64 | 4 | 7 | 8 |
| A5 | 55.56 | 8 | 10 | 1 |
| A6 | 52.94 | 16 | 18 | 0 |
| A7 | 48 | 13 | 12 | 0 |
| A8 | 46.34 | 22 | 19 | 3 |
| A9 | 44.44 | 10 | 8 | 3 |
| A10 | 25 | 6 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN116577_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTCGTCAAAACCCTGGAATCCTTGACGGAAG
CAGATCCTTCATTGGTAGCGAATTATGTGGTGGCATTACTGAAAAACAATAAGTCCGAGGAGGAGTTGCAAAAGATTTGTATTACTCAACTTCATGAGTTCCTTGGAGATAACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATCTGTAGATGACATAGAAGGTAGGAATCCT
GTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTGCTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTGACTCTCCGTCCTTTACACAAGGTGAAGA
TGTAAGAAGTATTTGCAACAAGAGGGCCAGGCCTGTTAGCAATGATCAGTCAGTACTGGACAGTGAGGAGATATCCAAACAGTGTAGGGATTCGACACTGATACACACAGATAGAGAGGGATCCAGAAAATACCATAAAATTCGGCATGGATATACATTCTCATCCCGATCTAATGTGGATGGAGATCATAAAAGGGGAA
GCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAGTAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATCAGGTGTGACAAATCTGTATCCTGGCAGA
GCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCACGCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCAGGTGCAGAGACTTTGAGGAGCGTGGATT
TTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAATCCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCAGCAGGTTCAGCCAAGAAAAATTCTTATG
ATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTTGAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATATTTATCAGATGGTAATCCACATGACAGG
CCTAGCCATGTCATGTCTGACATTGGTGTCAATATAAAGCCTCAGAGATGTGTCACTTTGGCTGGAATCTCTCAGAATAAAGTCTCATCTGTATGGGATCGTATTGGTCCTCGGGAGCCAGAGGAAGGTTCTTCTGGTGGAGCTTTGCAACGTGGAAAGCAGACAAAAGAATTATATAATGGCCAAAGCTCCTATAGTAA
TGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACATATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGAAACGTGGACCAAAGAAGTAGACGAGGAA
ATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCTTGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGCTCTCACTTCAACAGATGCTGTCATGGGG
AACCGGTTCATCAAATTAGCATGGGCCAAGTGGGATAGCACAATGGAACTAGAAAAGACCAGTGCAAGCTTAGCACCTCCTGGGAAGTCTTCCAATGCAATGGCTGGTGCCATTCCAGTCTCGTCAATGCCTAAGCAAAATATTAATAACTCTGTTCTGCCATTCAGTCCTCGAGTTTCAACATCTGAAGCAATTAATGC
TGATGCCCGTTCTGTTAAGCTCATGCCAGCAAATGAGTCAAGGTCTTCAACCATTTCTACTGTTGTGCATAAGCAGGAGACTCTCGACTCTCTGAAGCTGCTTCGTCAAAAGCAGGAAATGCTTGCCCAGAAACGGGAAGATTTTCGTCGCCATCTGGAAAAATTAGCAAAACAGGGAATAGGTACCAGAGTGGAACATT
CTGATAAAAGTCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAAACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCCATTGCCAAAAATTTCGAAACTATCTCTA
GTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTCATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAGAAAATGCCAAACATCAATATAATGAAGC
CTCAAAGATTTCAGAAACATGTGTCATACGTGTTACTTATGCTACACGTCAAGCAGCTGAAAGAGCTTTTATTGAAGGTAGGTGTTGGCAAGGGAAAAACTTGCAGCTAGCATGGGTGATGACTTCCAACACTCTTAACCATGAATTTGGAAAGAATACAGCACATCAAAATTCAAAAGGGGATTCTACCAAGGGAGCTT
TAATTGAAATGGATACTGTGGGAGGACAAACTGTTACAATGGATGATCCTATTAATACAGACATGAATGGTGCTGAAAAATTCTCCACTGAGAGAGGGCAGAATGTAACAGCATTAGTTTAAAAGGGAAGACCCTGTACACTATATAGATGTTTCCCGTGCAGTAACAAGCAAATGAAGCAGCTGAATTGGGTGGCAGCA
GCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTACAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAGTGTTCAAGATTTTTTTATTATCAAATGC
AAATTGAACGGCTTAACTTGCAGGTATAGATTTTCTGAGGCATGCCATAATATTGATCCGTTCTATAGTTTAAATGCCAAGTTTTAGATTCTGCACAGTTCAGCTGTCCAAGCTGCTGCCATCAGTTTATATGCTAAGTTGTAAATGTTACACAGGTCATTTAGTAAGGTAATAGTTGCCATGCAATGTTCTCAACTTGC
ATCCTCTATGCAACGTGTTACAAGGGTGAAGCAGCCTGTGTTTGCTATCTATGTGTTTTACTCAAGGTGACAGCCAATCAAGATTTGTGTTTACTGATCAGAACCTTCTGGTTATCTATTATTTTGGTTTGCTACTTCAGGATGGAGTTGTTCATATGATGGAAGATGAACTGTATCTCCTTTTATATTGCTTTATTAGA
TTCACAGTAGATGCTATACATTATTTTGGATGCCTTGGAAACTTTTGAATCAATTTTGCTTGTGTCAAGTTTAGGTCAAGGCATGATCTTCTCTCATAGTGTAGTAGTTTCTGTATATAATACTACTGGTTTTAGTTTTATAATCAGGACATTGCATGGTTCACATAACAGAATCAAAGACAGGCTTGTAAACTAGATTT
TTAAGGTTTGCTCTGCTCTAAAGCAGTCTTAATGGCAGGGCAGGTTTTCTGGGTCTGGAAGCATTTTGGTTTTTAATTAATGTAAGTTCATATGCGGATGATGTTATCACTCCTCATTGAAGATTTAGTCTTGATCTGGCCCATTTTCATGATAAATTCATCAATATATAGTCTGATGGAGTATCCAGAGGCTTTCTCAC
TGAAGGCCTTTCAGGGGTATGTTTAGTTCATCAACAAATTAACGGGGATGAGGTATATCTACATTCAGCTGGATCTTTTGGTATTCGTTTTTTCTTCTGTTTAATTGCATTATAATGTAACATAAAATCAAATTATTTCGACAAGTCCATGGCACGAAACTTAATCTCACACATCTCAAGCTACCAGGACAGAAAACTTC
AGGGTTCCATCAAAACTGAATAAGCAAGGTTCCTAAAAAAAGTGTCCCCAAATTTTCAACACAAATATTAAAATTTCTTTATTTTTCGGAATCACCTAGTAACAATAATTTTTTTTGCATCGGCTCTGTATAATACAAATTTTAAACTATTAATGGTTAATAAAGGTGAAAATCCAGTGTTAACAATAATTTTAAACTAT
TAATGGTTTAACAATATGTTAACGAGTTTTAACTCGTGTACTCTACTGTAGTGTTCATATAGCTTGGAAAAACAGTTGTCGCTTGTTAATAGTAGGTAAGCTAGTAGTGTTGATTCGTTAGTTTTTTTGTTTGGCTGTGCTTCCTCCATTACTTGTCCTGTAAATTGTTATAAATGTTTGGTGTCAGTTGGGTTTTCCTC
TGTTTCTGTGGTTTATGCTTGCTCATTTCATCAGAACTTAATTCTTTGGGAATCTCTTTCTTAGATTTCTATATGGAGATCGTTATAAGTGCGTGATTGGAATGTCTCTCAACTGTTTTGTATATGGTTGGACTTTTTGTGTCTTGTATCATTTTGTATTTTTCTGAGTTTTGTTTCTCATTGAGTGGAGGTGCTTCTGT
GATGTTCCATCAGCTCGCCTAGCAATCTTTGAGTGCTTACAATTTTGTTTAACTCACTCCCCTGGAGTAATGTAGTTTTGAATTGTTCTATCTTTTATTACATTACTTGGACCATTTACTTGCTGTAAAATTTGACCTTCATATTCTAGACTTGCTTTATCACAAATTTCATTCATAAAGAAAGAAAAGTACATTCTGCA
TATGTAGTACGCATTTCATGATCCTCTGGAGTGATCTCATATAAAAAATTTCCACGACCAACCAAGGCTGTAAGTCTTAAATGTTTAGAAACATGTCGTCCTATCTTCAAGCACTTGAGATAACTAAAAAAATCCATATCAGCTTATAAAATAAAAAATTAAAACTTAAACCCTGATCTATCAAGCAAGAGAGGGATCAA
ATTACACTTCAATAAATTGGATCGCTCTTGGTGCTTGATAGATCCAGGTTTAAGATGGATCTATG
>TRINITY_DN116577_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:GCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTCGTCAAAACCCTGGAATCCTTGACGGAAG
CAGATCCTTCATTGGTAGCGAATTATGTGGTGGCATTACTGAAAAACAATAAGTCCGAGGAGGAGTTGCAAAAGATTTGTATTACTCAACTTCATGAGTTCCTTGGAGATAACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATCTGTAGATGACATAGAAGGTAGGAATCCT
GTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTGCTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTGACTCTCCGTCCTTTACACAAGGTGAAGA
TGTAAGAAGTATTTGCAACAAGAGGGCCAGGCCTGTTAGCAATGATCAGTCAGTACTGGACAGTGAGGAGATATCCAAACAGTGTAGGGATTCGACACTGATACACACAGATAGAGAGGGATCCAGAAAATACCATAAAATTCGGCATGGATATACATTCTCATCCCGATCTAATGTGGATGGAGATCATAAAAGGGGAA
GCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAGTAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATCAGGTGTGACAAATCTGTATCCTGGCAGA
GCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCACGCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCAGGTGCAGAGACTTTGAGGAGCGTGGATT
TTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAATCCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCAGCAGGTTCAGCCAAGAAAAATTCTTATG
ATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTTGAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATATTTATCAGATGGTAATCCACATGACAGG
CCTAGCCATGTCATGTCTGACATTGGTGTCAATATAAAGCCTCAGAGATGTGTCACTTTGGCTGGAATCTCTCAGAATAAAGTCTCATCTGTATGGGATCGTATTGGTCCTCGGGAGCCAGAGGAAGGTTCTTCTGGTGGAGCTTTGCAACGTGGAAAGCAGACAAAAGAATTATATAATGGCCAAAGCTCCTATAGTAA
TGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACATATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGAAACGTGGACCAAAGAAGTAGACGAGGAA
ATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCTTGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGCTCTCACTTCAACAGATGCTGTCATGGGG
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CTGATAAAAGTCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAAACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCCATTGCCAAAAATTTCGAAACTATCTCTA
GTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTCATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAGAAAATGCCAAACATCAATATAATGAAGC
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TAATTGAAATGGATACTGTGGGAGGACAAACTGTTACAATGGATGATCCTATTAATACAGACATGAATGGTGCTGAAAAATTCTCCACTGAGAGAGGGCAGAATGTAACAGCATTAGTTTAAAAGGGAAGACCCTGTACACTATATAGATGTTTCCCGTGCAGTAACAAGCAAATGAAGCAGCTGAATTGGGTGGCAGCA
GCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTACAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAGTGTTCAAGATTTTTTTATTATCAAATGC
AAATTGAACGGCTTAACTTGCAGGTATAGATTTTCTGAGGCATGCCATAATATTGATCCGTTCTATAGTTTAAATGCCAAGTTTTAGATTCTGCACAGTTCAGCTGTCCAAGCTGCTGCCATCAGTTTATATGCTAAGTTGTAAATGTTACACAGGTCATTTAGTAAGGTAATAGTTGCCATGCAATGTTCTCAACTTGC
ATCCTCTATGCAACGTGTTACAAGGGTGAAGCAGCCTGTGTTTGCTATCTATGTGTTTTACTCAAGGTGACAGCCAATCAAGATTTGTGTTTACTGATCAGAACCTTCTGGTTATCTATTATTTTGGTTTGCTACTTCAGGATGGAGTTGTTCATATGATGGAAGATGAACTGTATCTCCTTTTATATTGCTTTATTAGA
TTCACAGTAGATGCTATACATTATTTTGGATGCCTTGGAAACTTTTGAATCAATTTTGCTTGTGTCAAGTTTAGGTCAAGGCATGATCTTCTCTCATAGTGTAGTAGTTTCTGTATATAATACTACTGGTTTTAGTTTTATAATCAGGACATTGCATGGTTCACATAACAGAATCAAAGACAGGCTTGTAAACTAGATTT
TTAAGGTTTGCTCTGCTCTAAAGCAGTCTTAATGGCAGGGCAGGTTTTCTGGGTCTGGAAGCATTTTGGTTTTTAATTAATGTAAGTTCATATGCGGATGATGTTATCACTCCTCATTGAAGATTTAGTCTTGATCTGGCCCATTTTCATGATAAATTCATCAATATATAGTCTGATGGAGTATCCAGAGgtatggcttt
catattcttcccaccggtcaattaggtatttcccatcttatgttttctttaaaaatttgaaattttgaacagattttaaatgatctttgaaatcttagctccttattaatcctgtgatttgtaatactgaattcttttggtgatttaccagGCTTTCTCACTGAAGGCCTTTCAGGGGTATGTTTAGTTCATCAACAAAT
TAACGGGGATGAGGTATATCTACATTCAGCTGGATCTTTTGGTATTCGTTTTTTCTTCTGTTTAATTGCATTATAATGTAACATAAAATCAAATTATTTCGACAAGTCCATGGCACGAAACTTAATCTCACACATCTCAAGCTACCAGGACAGAAAACTTCAGGGTTCCATCAAAACTGAATAAGCAAGGTTCCTAAAAA
AAGTGTCCCCAAATTTTCAACACAAATATTAAAATTTCTTTATTTTTCGGAATCACCTAGTAACAATAATTTTTTTTGCATCGGCTCTGTATAATACAAATTTTAAACTATTAATGGTTAATAAAGGTGAAAATCCAGTGTTAACAATAATTTTAAACTATTAATGGTTTAACAATATGTTAACGAGTTTTAACTCGTGT
ACTCTACTGTAGTGTTCATATAGCTTGGAAAAACAGTTGTCGCTTGTTAATAGTAGGTAAGCTAGTAGTGTTGATTCGTTAGTTTTTTTGTTTGGCTGTGCTTCCTCCATTACTTGTCCTGTAAATTGTTATAAATGTTTGGTGTCAGTTGGGTTTTCCTCTGTTTCTGTGGTTTATGCTTGCTCATTTCATCAGAACTT
AATTCTTTGGGAATCTCTTTCTTAGATTTCTATATGGAGATCGTTATAAGTGCGTGATTGGAATGTCTCTCAACTGTTTTGTATATGGTTGGACTTTTTGTGTCTTGTATCATTTTGTATTTTTCTGAGTTTTGTTTCTCATTGAGTGGAGGTGCTTCTGTGATGTTCCATCAGCTCGCCTAGCAATCTTTGAGTGCTTA
CAATTTTGTTTAACTCACTCCCCTGGAGTAATGTAGTTTTGAATTGTTCTATCTTTTATTACATTACTTGGACCATTTACTTGCTGTAAAATTTGACCTTCATATTCTAGACTTGCTTTATCACAAATTTCATTCATAAAGAAAGAAAAGTACATTCTGCATATGTAGTACGCATTTCATGATCCTCTGGAGTGATCTCA
TATAAAAAATTTCCACGACCAACCAAGGCTGTAAGTCTTAAATGTTTAGAAACATGTCGTCCTATCTTCAAGCACTTGAGATAACTAAAAAAATCCATATCAGCTTATAAAATAAAAAATTAAAACTTAAACCCTGATCTATCAAGCAAGAGAGGGATCAAATTACACTTCAATAAATTGGATCGCTCTTGGTGCTTGAT
AGATCCAGGTTTAAGATGGATCTATG
Intron 4 GTATGGCTTT ... GGTCAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.43 | 15 | 13 | 2 |
| A2 | 100 | 0 | 3 | 3 |
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| A7 | 48 | 13 | 12 | 2 |
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>TRINITY_DN44015_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformCTCAAATTGCTTTTCTTTGTTTCAAGATCTATGACTTGCTCCCTCTGCCATATGCGCCAATCGCAGGAGAAGGGCAGAGACAATTGATTGAAGTGGAACAGGTGAATGGCCGAAAATAATGCTGAGCAACGGACGCAAACAAGTATGAAGTTTCGGGAGCCTCTCCTTCTGCGGTACCTCGTCAAAACCCTGGAATCCTT
GACGGAAGCAGATCCTTCATTGGTAGCGAATTATGTGGTGGCATTACTGAAAAACAATAAGTCCGAGGAGGAGTTGCAAAAGATTTGTATTACTCAACTTCATGAGTTCCTTGGAGATAACACCAAGTCTTTTGTCACAAAGCTGTTCCATGCACTTGAAGATAGCACAATTCTGGCATCTGTAGATGACATAGAAGGTA
GGAATCCTGTAGATGCCACTACTACTATTGTTCCTGGTGATTCTGCAGATCTGAGCTCATCCCTTCAGAATGAGAGACTTCCTAGTGCTATTGTTGGTGCTTTTGCTGAACATGATGAACAGGAGGGAAGTAATGATGAAGATGATGACCGGAACCCTAAACACACAAGACGAATTGTTGACTCTCCGTCCTTTACACAA
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AAGGGGAAGCCAGACAATGTATAATGAAGCTGTTACACCTGGTTTTGATAGTGTAAATGGTCCTATTCATCTTCCCCGGGGACAAGGAAGGGGAATTAGTAGTGGTCCCTGGGGTCTACATGATTCAAGGTTTCCTTCTTACGAGACTCTTGATTTTCCATCTGCTGTGCCTCTTAGATCAGGTGTGACAAATCTGTATC
CTGGCAGAGCGATTCTTAATCATGGAAAAACTACGAATCCACCTTGGGTACCTTTTGCGCCGCTGCCTGGACTGACTAATGGGGGCCTAGAGCAGTCACGCCTATTGTATACTGGATTGCAAGGGCATGGGATATCCTTAAATTCTACCATTGGAATTGGCATGGGTATAGGGCATCCCAGGTGCAGAGACTTTGAGGAG
CGTGGATTTTGTTTAAGAGGGGATATGTGCCCAATGGAGCATGGAGCAAACAGGATTGTTGTTGATGATTTTCAGAGCCTCTCAAAATTGAATCTTTCAGTACCAAATCCAAGCAGGCGTTTGATGGGGATGGGAACTGGCACGGGGGGTGGGTCTTCACCTGCAGTCATTTCTATCTCAGCAGGTTCAGCCAAGAAAAA
TTCTTATGATAAGAATATTGGATATGGGGATTCTGTACATATGAATGCTTCTCCTACTAGAACTGTGGGGATAGACCCTGATTTATATGACCCAGATCAGCCTTTCTTGAACAATGGTCATCCAGAGGCATCATCTCTGCTCAGGAAGCTTCCTTCTCTCGGGAAAGGAGAGGATGGATATTTATCAGATGGTAATCCAC
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TATAGTAATGGAGAAAAGAGAGATAATGAAACTGATTCTGATCAACACAGTGAGTCTAAAGGTATTGGCATCTGCATGCAACATGGAAAAGCTAGGGGAGCTGGCACATATGGAGTGCGTCTGGACACAGGCTCTGATTCATCCAAACATCCTGAAAGTGTGGGCCACGCAACTCAAAGAAACGTGGACCAAAGAAGTAG
ACGAGGAAATCAGAAGGCACAACGCACACTATTTGTATTTTGTATTCCTCCCCATAACAACAAGGCAGAATTGCTTCTATCTCATTTTAAGAAATTTGGGGAGGTTCTTGGTATCCGTATTCCACCAAACACTGATAGGGCTTTCGTACAATATTCTAGTAAAAAGGAAGCTGAGGCAGCTCTCACTTCAACAGATGCTG
TCATGGGGAACCGGTTCATCAAATTAGCATGGGCCAAGTGGGATAGCACAATGGAACTAGAAAAGACCAGTGCAAGCTTAGCACCTCCTGGGAAGTCTTCCAATGCAATGGCTGGTGCCATTCCAGTCTCGTCAATGCCTAAGCAAAATATTAATAACTCTGTTCTGCCATTCAGTCCTCGAGTTTCAACATCTGAAGCA
ATTAATGCTGATGCCCGTTCTGTTAAGCTCATGCAAGCAAATGAGTCAAGGTCTTCAACCATTTCTACTGTTGTGCATAAGCAGGAGACTCTAGACTCTCTGAAGCTGCTTCGTCAAAAGCAGGAAATGCTTGCCCAGAAACGGGAAGATTTTCGTCGCCATCTGGAAAAATTAGCAAAACAGGGAATAGGTACCAGAGT
GGAACATTCTGATAAAAGTCCATCTGCCAAGTGTCAGAAAACAGAAGAGGCTGTTACACCTTCACCTGGACCTGTTAATAGTATAAGAAATGATAAAGGAGTTAGCAAACAAACCTCTGAAGGAGTTTCAAAACAAATTTCAGGTTCAAGGTCGTTATCACCTGCAGTAATCTCTCACCCATTGCCAAAAATTTCGAAAC
TATCTCTAGTTCCACCCTCGGGGCCACTTTCAGGGCCAAAGTTCAGTCCAAATCGATTCAAGTTAGATAATCGGTCAACAGCATTGAAAATTCTTCCACCTCTACCTCATGGTCTCTTGGATATTGTTGCATTGAAAGAGCACTTTGCATTGTTTGGTGACCTCTCTGCTGTGGAAGTAGAAAATGCCAAACATCAATAT
AATGAAGCCTCAAAGATTTCAGAAACATGTGTCATACGTGTTACTTATGCTACACGTCAAGCAGCTGAAAGAGCTTTTATTGAAGGTAGGTGTTGGCAAGGGAAAAACTTGCAGCTAGCATGGGTGATGACTTCCAACACTCTTAACCATGAATTTGGAAAGAATACAGCACATCAAAATTCAAAAGGGGATTCTACCAA
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TGGCAGCAGCACTGACGGAACTAGAGCTCAAATCAAGTTGTCAAATTTTGATGCTTTTTCAAATCACAGTTTCTTCTAACACGGTGAGTTGATTCAGCTCTTATAGTACAGTGCTGACAGATTGAGGACCCAGCCCTGCAAAAGAATATGTACATTTAATGGGTGCTGCATTGCATATAGTGTTCAAGATTTTTTTATTA
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