sp|Q9FU27|C3H2_ORYSJ ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 2

Intron 1 GTATTGATCC ... ATGGGAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.98	53	118	107
A2	74.45	35	117	87
A3	77.62	31	107	108
A4	79.21	29	104	117
A5	78.06	17	56	65
A6	64.25	266	461	495
A7	64.76	145	264	269
A8	67.02	142	252	325
A9	64.31	101	172	192
A10	63.09	117	214	186

>TRINITY_DN48962_c0_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

ATCATTACTATGCTCTGACATGCATCATTACTATCAGGATACTGTTATGCTGAGTGCTTAATATTCTAATAATAATAATAATATGAAAATATAATGTTTCAAAGTCTAGCACCGCCTCAAAAAAGTTACAGAGCACAGCGGGGGTTTAATGACAATATTTTTATACAATGTTTTTCTGATATTTATAGCAGGACATGGTA
GTGGAATGAATGGAGGCGGCCTTCAGGGATGGAAATACTCTGAAGGAATTGTGGGGTTAATAGATTTTGATTGATTATATTTGGAATTTGCTACTCTCTGTCTTTCTGGCTTTGTCGGATCTCTCTGTTGTTTGTCTGATTGTTGATTGATATAGAAAAAATGTCAAGCATTTCTGTGGAGCAACCTGCGTTTTCTATGG
GACCATTTCCCTGGTCCTTTTTTAGCGATCTTTCTTTCTGCAAACCATGGCAACGATTTGGCTTATTTCATGTCACCCAGTCGCAGTAGTGGCTTGAATTTGAATGAAGCCTAGTTTTCCTTTGTCACCGAATTCATATTATATGAATTCTTCGCCTTCCAGATTCGCGGTTGGTCGTGGGTTCCAAAACGACGGAAGTA
CTCTGAGCATTCCTGATTTTCCAGACATGAGCTGTGGGTATGATTCTGTACAGAGTAATGAGGATTGCTCGTCTTTTTTACAAAAAGATGGGTGTAGCGAGATGGGTGTTCGAATTAATAACTCGAGTTTGAAGAATTTCCTCACTGCCCTTTGAAGCTTCAAGAGGGTTGTCAAGTTCAAGGCTTGTGTCTTTATCTGA
AACTAGTTCTCAGCAGCCAATGGTGGAGCTCATGAATTCACTGCAAAGCCTTAGGCTGAAGGATTCCTCTATACCTTCATGGCTGCAAGTTCAATCTCAAATGGTCAATGGTGGGACTGGACATGGATCACCTAGAGCTTCCAACCTGCGACATTGCCTTGTTCAAAGTCTCCCCTGCACACCGACTCACTCGGAAAACG
CCGTCGACGACGTGGGTGAATGGTTTGAAGAGCCTGTTCAGAGGGTCAAATCGGGTAAAGACTTGAGGGAAAAGATATATTCGAGGCTTACGAGAGAAAATCTATTCCATGACTGTACTTCTTCAAAAGAATCGCCAGATGTGGGGTTTGTGCATGAGCTTGTCCAGTAATGGATTCAGGGTTGTAGGTTTTTCTTCATT
CTCAGTGTTGCATGGCCGAGTTTTACATGGGGAAAGGATTTACCAAGGCTTGGGATTGCACAGATGAAGATGGGTAGACTTAAATTTACAAATCGATGTCTG

>TRINITY_DN48962_c0_g2_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATCATTACTATGCTCTGACATGCATCATTACTATCAGGATACTGTTATGCTGAGTGCTTAATATTCTAATAATAATAATAATATGAAAATATAATGTTTCAAAGTCTAGCACCGCCTCAAAAAAGTTACAGAGCACAGCGGGGGTTTAATGACAATATTTTTATACAATGTTTTTCTGATATTTATAGCAGGACATGGTA
GTGGAATGAATGGAGGCGGCCTTCAGGGATGGAAATACTCTGAAGGAATTGTGGGGTTAATAGATTTTGATTGATTATATTTGGAATTTGCTACTCTCTGTCTTTCTGGCTTTGTCGGATCTCTCTGTTGTTTGTCTGATTGTTGATTGATATAGAAAAAATGTCAAGCATTTCTGTGGAGCAACCTGCGTTTTCTATGG
GACCATTTCCCTGGTCCTTTTTTAGCGATCTTTCTTTCTGCAAACCATGGCAACGATTTGGCTTATTTCATGTCACCCAGTCGCAGTAGTGGCTTGAATTTGAATGAAGCCTAGTTTTCCTTTGTCACCGAATTCATATTATATGAATTCTTCGCCTTCCAGATTCGCGGTTGGTCGTGGGTTCCAAAACGACGGAAGTA
CTCTGAGCATTCCTGATTTTCCAGACATGAGCTGTGGGTATGATTCTGTACAGAGTAATGAGGATTGCTCGTCTTTTTTACAAAAAGATGGGTGTAGCGAGATGGGTGTTCGAATTAATAACTCGAGTTTGAAGAATTTCCTCACTGCCCTTTGAAGCTTCAAGAGGGTTGTCAAGTTCAAGGCTTGTGTCTTTATCTGA
AACTAGTTCTCAGCAGCCAATGGTGGAGCTCATGAATTCACTGCAAAGCCTTAGGCTGAAGGATTCCTCTATACCTTCATGGCTGCAAGTTCAATCTCAAATGGTCAATGGTGGGACTGGACATGGATCACCTAGAGCTTCCAACCTGCGACATTGCCTTGTTCAAAGTCTCCCCTGCACACCGACTCACTCGGAAAACG
CCGTCGACGACGTGGGTGAATGGTTTGAAGAGCCTGTTCAGAGGGTCAAATCGGGTAAAGACTTGAGGGAAAAGATATATTCGAGGCTTACGAGAGAAAATCTATTCCATGACTGTACTTCTTCAAAAGAATCGCCAGATGTGGGGTTTGTGCATGAGCTTGTCCAGTAATGGATTCAGGGTTGTAGGTTTTTCTTCATT
CTCAGgtattgatccttgtgatgaattcgtaatttttttttttttcatgcttgtattagttgggaactcaagtggtttttgcttggagccatgggaacagTGTTGCATGGCCGAGTTTTACATGGGGAAAGGATTTACCAAGGCTTGGGATTGCACAGATGAAGATGGGTAGACTTAAATTTACAAATCGATGTCTGTTG
AGCTGCAGTGCAAGTGACATGACAATGAGTTTTTGTGGGGGAATGATGACCGCCCTCTCTATTTTGCCCTGGCAATAGGTAGCACACATATTTTAGCAGATGGTAGGTTGCTAGCTGTGGATACCCTGCTTTCTGTTAATTTTTTGGGGATGTAGCAGAACATGCTATAAATGTGATATATAACAATAATAATAATCGAT
TATCATATTAGCCATAGCAGTGAATACTTACATTATATGGTGTTTGGAACGGTAAGCCATCCAACCTTTTTGGTACATTATTTTTCCAGATAGAATAGTTATCTGTACAGGAAGTATAGTATATAAGGGAAGTCAAGTCAAGTTAGGCGACTGCTTGGTACAAACCAGCACCGGCAGTGTGATGCCATTCTGTATA