sp|Q9C5U3|PRS8A_ARATH ----> 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog A
Intron 1 GTGCACTATT ... TCATTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.88 | 186 | 21 | 40.5 |
| A2 | 18.05 | 211 | 28 | 46.5 |
| A3 | 22.57 | 204.2 | 16.5 | 59.5 |
| A4 | 15.17 | 165 | 22.5 | 29.5 |
| A5 | 17.04 | 112 | 13 | 23 |
| A6 | 21.05 | 375 | 21.5 | 100 |
| A7 | 18.67 | 677 | 49 | 155.5 |
| A8 | 18.98 | 337.2 | 26.5 | 79 |
| A9 | 19.08 | 598 | 36 | 141 |
| A10 | 19.48 | 626 | 53 | 151.5 |
>TRINITY_DN100499_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformAGGGGAGAGCTATTCAATCGTCTTAAAAATATAACTTTATCTGCCATCTATAATCCAAATAAAACAGTAATTGATATTAATATTCCCTATTATGTAAGTTACCTTCACCTATGTTTTTTTGATGTTATCCTCTGGGTTGCTTTTTCTAAGAAAAATCTGGGTTAAGGATTTCAACTTGGCAGATTAGTGCAATTTTAGCA
GTATGAAGGAAATGGTGTTTACTGGATGTATGATCAATTATAGTCTATTCAGATTCCAATAAATGATTCATATTGATATTGGATCTAACTTGTTTCTTATTTTTTAAAGTAATATACCTAATGAAAGGAATAACAAGAGCTACTGTATAAGTATTGAAAGATTACATTTTTCAAACTGGTAACGGACTTGATAATGAGTT
CTGTTTTTGTTCTCTGCAGGTCCATCCTGAAGGGAAGTATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAGAGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCATTGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATG
ACATGATTGGAGGTCTTGACCAACAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAATAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGTTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCA
GGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGTGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGA
TGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTG
CTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAA
TGGAACAGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCAAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATC
AAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAG
>TRINITY_DN100499_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:TAAAAAAGTAGAAAGGTATCTTCCCTACCTCTCAGCGCTATAAATTATATGAAACCCACAAACTCCTTTATTTTTTCCAGTCATTTTGCCCGTCTCTCTTTCTTTTCTGAGGGTTTGTAGCTATGCGAGTAGAGGAACTTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTG
AAGGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAATATTACCTTCAACACATTCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAAGCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACA
GGAGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTTAAAGTTATGGGCAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGTCCATCCTGAAGGGAAGTATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAGAGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCAT
TGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATGACATGATTGGAGGTCTTGACCAACAGATTAAGGAAATCAAAGAGgtgcactattttcattgcatttgaaaggttttgaaattaatgaaagcattcttgaaatcaacttgtcaaattcaatagccatacaattacagccacagttgttaaaaataa
aagtcttttttgccttgcatatacatccatcttggagtgaggttgattttctattttgattatctagtctttagataatttagtgtttcatatttatgatttttatggctatgaattcttacagcgaaggaatctgttttactagtagggagttacaatttcttttgtacattcaattgttccggcttttgtaagatgtg
aaacttatctcaactttacaaactgtttccaaaatatactgtctagcaggttttgacatgctctattcaattttatttcatttgcagGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAATAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGTTGGCCAG
GGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCAGGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGTGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACA
GTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGATGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCA
AGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTC
ACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACAGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCAAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCT
TGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAG
Intron 2 GTATACTTTT ... GTTGTTCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.14 | 220 | 2 | 70 |
| A2 | 17.06 | 209 | 1 | 43 |
| A3 | 17.77 | 236 | 0 | 51 |
| A4 | 26.25 | 191 | 0 | 68 |
| A5 | 19.61 | 123 | 1 | 30 |
| A6 | 16.7 | 434 | 0 | 87 |
| A7 | 17.78 | 712 | 0 | 154 |
| A8 | 22.56 | 453 | 0 | 132 |
| A9 | 17.89 | 725 | 0 | 158 |
| A10 | 16.43 | 656 | 0 | 129 |
>TRINITY_DN113522_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoformCACGAATCAATTGTTTCTTGGGAGCAATCGCAGAAAAGACTAAAGACGACCTACGGGAGGATTAAAAAAGTAGAAAGGTATCTTCCCTACCTCTCAGCGCTATAAATTATATGAAACCCACAAACTCCTTTATTTTTTCCAGTCATTTTGCCCGTCTCTCTTTCTTTTCTGAGGGTTTGTAGCTATGCGAGTAGAGGAAC
TTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTGAAGGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAATATTACCTTCAACACATTCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAA
GCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACAGGAGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTTAAAGTTATGGGCAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGTCCATCCTGAAGGGAAGTATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAG
AGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCATTGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATGACATGATTGGAGGTCTTGACCAACAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAA
TAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGCTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCAGGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATC
TTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGATGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGA
CAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCATTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTA
CACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAAC
ATGGAATAAGTGGATATTTTGCGAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTA
AGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATGAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATT
TATTTGTTGATAAGAAAACTCTAAATACTACTACCGTTATCTCGAGCGAACCTAACATTCATGT
>TRINITY_DN113522_c0_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:TCTTGGAATAGCTCAACCAAAGgtatacttttagtaggagcttcctctttacatatttaatgcgaggcttctgaataatgcccacctcccatgaattacttgttatcttcttatgcaatatttacacatttcagaaatttagtaatgtggttttcctttgtttgttgttcaagGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGT
ACTGGAAAGACATTGCTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCAGGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGA
GTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGATGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTT
TTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCATTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAA
AAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCGAGTGGAATTTGTTTTTTA
ATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATG
CAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATGAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAAATACTACTACCGTTATC
TCGAGCGAACCTAACATTCATGT
Intron 3 GTATCTTCCC ... ATGCGAGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.07 | 222.5 | 1.5 | 284 |
| A2 | 54.9 | 359.9 | 3.5 | 438 |
| A3 | 56.02 | 319.5 | 7.9 | 407 |
| A4 | 58.54 | 264.2 | 5 | 373 |
| A5 | 57.89 | 176 | 0 | 242 |
| A6 | 56.99 | 366.9 | 5.5 | 486 |
| A7 | 55.47 | 854.2 | 10.8 | 1064 |
| A8 | 54.85 | 281.5 | 1 | 342 |
| A9 | 55.59 | 728.3 | 13.1 | 911.6 |
| A10 | 56.13 | 806.5 | 14 | 1032 |
>TRINITY_DN116653_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCGCAGAAAAGACTAAAGACGACCTACGGGAGGATTAAAAAAGTAGAAAGAGGAACTTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTGAAGGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAATATTACCTTCAACACAT
TCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAAGCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACAGGAGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTTAAAGTTATGGGCAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGTCCATCCTGAAGGGAAGT
ATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAGAGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCATTGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATGACATGATTGGAGGTCTTGACCAACAGATTAAGGAAATC
AAAGAGGTACACTATTTTCCCAACAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAATAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGCTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCA
GGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGA
TGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTG
CTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAA
TGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCGAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATC
AAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATT
AGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAA
>TRINITY_DN116653_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAAAAGTAGAAAGgtatcttccctacctctcagcgctataaattatatgaaacccacaaactcctttattttttccagtcattttgcccgtctctctttcttttctgagggtttgtagctatgcgagtagAGGAACTTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTGAA
GGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAATATTACCTTCAACACATTCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAAGCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACAGG
AGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTGAAAGTTATGGGGAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGTACTCCCTCCGAAATGTACCGTTTCTGTAAATTATTCAACATTATTTTGTTTTATATCAAGATCTGCTCGATCTTCAAATCCCCGTTTGGTTGTTTATTGTTATGTTCTTACTGGATAAACTATTCATGTCAATTTC
GTTCTGGAATGTGATTCCTTTAAAACTTACAGAGAAGCATTAAAACTGTCCCAAAGAGGCTTGTGTGGTCAAAACAGCCCTTGAGGGGAAAATTGATTAACATAGGCACTTTTGTTCATCTAAGGCCCGTGAGAAGGGGGCTATTCTTCCTTAAAAGTCACTCAGGGTTTGCACCTAGCCCTAATGTTTTTTTCATGCTT
TTAAGGACTTGAACCTTGGGTGACAATGATGTTTATGGTCCCCTAAGACCAACAAAGTCTATTGGACAGATAGAGGAAATTAAATTAAATATTCTTCGGAATGCCATATCTGACATGTTGCCATCTTTACCACTATCTTTCATGCTGAATCGATGCTCCATTGGTGTTCTTACCAATTTATGAACCCCAAACTTTATATT
TTGGAGACCAAAGCTTTATATTTTGTAAACCCG
Intron 4 GTATGTTATA ... AATATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.3 | 237 | 7 | 72 |
| A2 | 23.55 | 185 | 14 | 57 |
| A3 | 20.54 | 178 | 10 | 46 |
| A4 | 29.14 | 107 | 1 | 44 |
| A5 | 17.43 | 90 | 2 | 19 |
| A6 | 21.26 | 722 | 9 | 195 |
| A7 | 18.56 | 987 | 9 | 225 |
| A8 | 23.24 | 1024 | 9 | 310 |
| A9 | 21.24 | 979 | 13.6 | 264 |
| A10 | 19.16 | 709 | 20.6 | 168 |
>TRINITY_DN116653_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformCGCAGAAAAGACTAAAGACGACCTACGGGAGGATTAAAAAAGTAGAAAGAGGAACTTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTGAAGGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAATATTACCTTCAACACAT
TCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAAGCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACAGGAGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTTAAAGTTATGGGCAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGTCCATCCTGAAGGGAAGT
ATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAGAGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCATTGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATGACATGATTGGAGGTCTTGACCAACAGATTAAGGAAATC
AAAGAGGTACACTATTTTCCCAACAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAATAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGCTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCA
GGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGA
TGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTG
CTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAA
TGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCGAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATC
AAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATT
AGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAA
>TRINITY_DN116653_c0_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGAATATTGATATTTTTGCCAATTTGCCATATGTTCTGTTAGGTTTCCATGATCAGGCTGAAATGGCAATTAAGTTTTAGTTAATTTTCTTTATCTTGATGTAGTTCTTATTGTGTTGGAAAATGCATTATGGGAGATAGCATTACTGTAGGCATACACAATACTTGTTTTTAAATGTTCAGGATTTTTTGTGGACTTTG
ATGCATGCAGTTGAGTATAATCAGGCTATGATGTTCTCATAAATGATTTGAGATGAGTATTATATTTCTCATTAGTTCCTGTGTTTAACAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGgtatgttata
cccttttcctgcaaagcttgtagaaatgcctgtaaagaaaaaagtaatttagtatcattatttttttgaagaattattgtgtacggtgatttgcctctctttttgtgttcttatcctctttaagacataggagcgaagatgattatggctagacgtagctgaatcttagaatgattagggcatgaaattaggaggtctta
aagagtaatttagtccagtgacgagtttcaatatggaggtcatctgcattggtcctgatttggcaatattctttaacctcgaaatgttggatgaactagacttgatataagatataatcctttgagctgattgttttaacattcattaaattctgaatggcatccattttgcaagtagggtttaccacatgaatctaatt
ctaatctctaacattgttttattcaaaggatttctaatacacatatacacatcattaatcagttgctttgcctgctaaatattgcagTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGC
TGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTAT
TTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCGAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAA
CTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATTAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTA
GGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAA
Intron 5 GTATGTTATA ... AATATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.33 | 235.5 | 1.8 | 29.3 |
| A2 | 11.57 | 183.5 | 6.5 | 25.5 |
| A3 | 5.13 | 175.8 | 3.3 | 11.5 |
| A4 | 13.75 | 106.3 | 0.3 | 18.5 |
| A5 | 7.64 | 88.3 | 0.5 | 7.8 |
| A6 | 5.94 | 716 | 3.8 | 53.3 |
| A7 | 5.63 | 976.3 | 2.3 | 66 |
| A8 | 7.19 | 1016.5 | 3.8 | 91.8 |
| A9 | 6.08 | 967.5 | 4 | 73.5 |
| A10 | 7.79 | 699 | 5 | 63.8 |
>TRINITY_DN42784_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCACGAATCAATTGTTTCTTGGGAGCAATCGCAGAAAAGACTAAAGACGACCTACGGGAGGATTAAAAAAGTAGAAAGGTATCTTCCCTACCTCTCAGCGCTATAAATTATATGAAACCCACAAACTCCTTTATTTTTTCCAGTCATTTTGCCCGTCTCTCTTTCTTTTCTGAGGGTTTGTAGCTATGCGAGTAGAGGAAC
TTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTGAAGGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAATATTACCTTCAACACATTCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAA
GCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACAGGAGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTGAAAGTTATGGGGAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGTCCATCCTGAAGGGAAGTATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAG
AGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCATTGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATGACATGATTGGAGGTCTTGACCAACAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAA
TAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGTTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCAGGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATC
TTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGATGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGA
CAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTA
CACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACAGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAAC
ATGGAATAAGTGGATATTTTGCAAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTA
AGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATTAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATT
TATTTGTTGATAAGAAAACTCTAAATACTACTACCGTTATCTCGAGCGAACCTAACATTCATGTTC
>TRINITY_DN42784_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:AAATGATGAGATTAGATTAGCTTACATGTTACTTGTTTCTGTCAAAGTTAATTGTAGTATTGTAATGCCTTTGCATGGCACTATTTTTTGAAGGTTCTGTGTTTCTGTTTAACTAGGAACGACCTGTATTGATAATTTTTTTAAAAAGAGTCAGAAACTTGAGTTAATAGAATATTGATATTTTTGCCAATTTGCCATAT
GTTCTGTTAGGTTTCCATGATCAGGCTGAAATGGCAATTAAGTTTTAGTTAATTTTCTTTATCTTGATGTAGTTCTTATTGTGTTGGAAAATGCATTATGGGAGATAGCATTACTGTAGGCATACACAATACTTGTTTTTAAATGTTCAGGATTTTTTGTGGACTTTGATGCATGCAGTTGAGCATAATCAGGCTATGAT
GTTCTCATAAATGATTTGAGATGAGTATTATATTTCTCATTAGTTCCTGTGTTTAACAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGgtatgttatacccttttcctgcaaagcttgtagaaatgcctg
taaagaaaaaagtaatttagtatcattatttttttgaagaattattgtgtacggtgatttgcctctctttttgtgttcttatcctctttaagacataggagcgaagatgattatggctagacgtagctgaatcttagaatgattagggcatgaaattaggaggtcttaaagagtaatttagtccagtgaccagtttcaat
atggaggtcatctgcattggtcctgatttggcaatattctttaacctcgaaatgttggatgaactagacttgatataagatataatcctttgagctgattgttttacattcattaaattctgaatggcatccattttgcaagtagggtttaccacatgaatctaattctaatctctaacattgttttattccaaggattt
ctaatacacatatacacatcattaatcagttgctttgcctgctaaatattgcagTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCG
GGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACAGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTT
ACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCAAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTG
TCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATTAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCAC
CCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAAATACTACTACCGTTATCTCGAGCGAACCTAACATTCATGTTC
Intron 6 GTAAATTTTG ... GACTGGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.45 | 212.6 | 7.8 | 16 |
| A2 | 4.73 | 152 | 7.6 | 13.6 |
| A3 | 0.32 | 187 | 0.6 | 18.8 |
| A4 | 4.55 | 134 | 6.6 | 7.2 |
| A5 | 3.32 | 63 | 2.2 | 9.6 |
| A6 | 1.62 | 792 | 13.2 | 67.2 |
| A7 | 1.3 | 1008.2 | 13.4 | 102.4 |
| A8 | 1.72 | 1229.8 | 21.8 | 117.6 |
| A9 | 0.47 | 1026 | 4.8 | 102.8 |
| A10 | 1.77 | 692 | 12.6 | 68 |
>TRINITY_DN105210_c4_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoformCAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTGCACTATTTTCATTGCATTTGAAAGGTTTTGAAATTAATGAAAGCATTCTTGAAATCAACTTGTCAAATTCAATAGCCATACAATTACAGCCACAGTTGTTAAAAATATAAGTCTTTTTTGCCTTGCATATACATCCATCTTGTAGTGAGGTTGATTTTCTATTTTGATTATCTAGT
CTTTAGATAATTTAGTGTTTCATATTTATGATTTTTATGGCTATGAATTCTTACAGCGAAGGAATCTGTTTTACTAGTAGGGAGTTACAATTTCTTTTGTACATTCAATTGTTCCGGCTTTTGTAAGATGTGAAACTTATCTCAACTTTACAAACTGTTTCCAAAATATACTGTCTAGCAGGTTTTGACATGCTCTATTC
AATTTTATTTCATTTGCAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAATAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGCTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCAGGTTCTGAATTGGTTCAGAAGTACA
TAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGATGGGTTCGAGGCATCTAATAAGATT
AAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGG
TGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATATCAA
GCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCGAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATC
TTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATGAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAA
AAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAATAAGTGGTATCATTGACTCATCCCATTCTCATATCAGGATTTATTTGTTGATAAGAAACTCTAAATACTACTACCGTTATCTCGAGCGAACCTAACATTCATGTTCATTATGAGTAGTCTTTTAGTTTGAAATGTATTTATGTTGGATTAGGAGAAACGATTAGTAAGTT
AATTTTGAATCTATATTTAATTTTTAATTTTTGTATTAAGTAGTTAAGACTTGTCCTGTTAGACAAAATTGTTGGTGATCATATCTGTGTTTTTTTGTTAAGCTTTTACTTGCACTAAGACTTTTGTTGTAATAATTCTTTGTGCTTTATTTAATTTCTGTTATGAATGTAACTATCTTTGTATAACTATTGTTGCATAC
AACCTTTATCTCTCTCTTGTTTGTACTTACCCTATAGTAGGGTCAGTGGGTTCCTAGTGTTGGCTGGCCT
>TRINITY_DN105210_c4_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:TGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGgtaaattttgtatttctttctgtattaacaattcatatgtattccatttgttgctatatgcgctgggctatagttgacatatatattctgcgactggccagGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGC
TGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGC
GAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTG
ATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATGAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAATAAGTGGTATCATTGACTCATCCCATTCTCATATCAGGATTTATTTGTTGATAAGAAACT
CTAAATACTACTACCGTTATCTCGAGCGAACCTAACATTCATGTTCATTATGAGTAGTCTTTTAGTTTGAAATGTATTTATGTTGGATTAGGAGAAACGATTAGTAAGTTAATTTTGAATCTATATTTAATTTTTAATTTTTGTATTAAGTAGTTAAGACTTGTCCTGTTAGACAAAATTGTTGGTGATCATATCTGTGT
TTTTTTGTTAAGCTTTTACTTGCACTAAGACTTTTGTTGTAATAATTCTTTGTGCTTTATTTAATTTCTGTTATGAATGTAACTATCTTTGTATAACTATTGTTGCATACAACCTTTATCTCTCTCTTGTTTGTACTTACCCTATAGTAGGGTCAGTGGGTTCCTAGTGTTGGCTGGCCT
Intron 7 GTATTTCAAT ... TGTTTAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.14 | 205 | 1 | 31 |
| A2 | 15.23 | 206 | 2 | 37 |
| A3 | 12.38 | 184 | 0 | 26 |
| A4 | 10.06 | 143 | 2 | 16 |
| A5 | 15.91 | 74 | 0 | 14 |
| A6 | 17.3 | 416 | 0 | 87 |
| A7 | 17.15 | 691 | 0 | 143 |
| A8 | 19 | 618 | 0 | 145 |
| A9 | 17.43 | 682 | 0 | 144 |
| A10 | 13.59 | 623 | 0 | 98 |
>TRINITY_DN40266_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformTGTTTCTTGGGAGCAATCGCAGAAAAGACTAAAGACGACCTACGGGAGGATTAAAAAAGTAGAAAGAGGAACTTGGAGGAATTCTGAAACAAGCCTCGGACTTGGAGGCCGCTGCATACACGAAAGAAAAACTGAAGGAGAAGCATCAGCTCCCCAAAGAATCTAACAGAATGGTGAAGCAAGGCGAGGGTTTACGCCAA
TATTACCTTCAACACATTCACGATCTCCAGCTCCAGGTCCGTCAGAAGACGCACAACCTTAACCGCCTTGAAGCTCAGCGAAACGATCTCAACTCTAAAGTCAGAGCGCTGAGGGAGGAATTACAGTTGCTACAGGAGCCGGGATCGTATGTTGGAGAAGTTGTGAAAGTTATGGGGAAGTCTAAGGTTTTGGTTAAGGT
CCATCCTGAAGGGAAGTATGTAGTTGATGTAGACAAGAATATTGACATAACAAAAATCACACCTTCCACAAGAGTAGCTCTTCGTAATGATAGCTACGTGCTTCACTTGATTTTGCCTAGCAAAGTAGATCCATTGGTCAACCTGATGAAGGTGGAGAAGGTGCCGGATTCTACATATGACATGATTGGAGGTCTTGACC
AACAGATTAAGGAAATCAAAGAGGTTATTGAGCTTCCTATCAAGCATCCAGAATTGTTTGAAAGTCTTGGAATAGCTCAACCAAAGGGTGTTCTGTTGTATGGGCCTCCTGGTACTGGAAAGACATTGCTGGCCAGGGCAGTTGCTCATCACACGGACTGCACTTTTATCAGAGTTTCAGGTTCTGAATTGGTTCAGAAG
TACATAGGAGAAGGATCAAGGATGGTTCGCGAGCTTTTTGTTATGGCAAGAGAGCATGCCCCTTCGATTATCTTTATGGACGAAATTGACAGTATAGGATCTGCTCGAATGGAGTCTGGCACAGGCAATGGTGACAGTGAAGTCCAGCGAACTATGCTTGAGCTCCTTAATCAGCTTGATGGGTTTGAGGCATCTAATAA
GATTAAGGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTTGACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCAT
CAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAAGGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATA
TCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCAAGTGGAATTTGTTTTTTAATTCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCC
TATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCAGGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATTAGTATCTGTAGTAAAATCTTT
TAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAAATACTACTACCGTTATCTCGAGCGAACCTAACATTCATGTTCATTATGAGTAGTCTTTTAGTTTGAAATGTATTTA
>TRINITY_DN40266_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:GGCATCTAATAAGATTAAGgtatttcaatttaaaaatgatgagattagattagcttacatgttacttgtttctgtcaaagttaattgtagtattgtaatgcctttgcatggcactattttttgaaggttctgtgtttctgtttaactaggaacgacctgtattgataatttttttaaaaagagtcagaaacttgagttaa
tagaatattgatatttttgccaatttgccatatgttctgttaggtttccatgatcaggctgaaatggcaattaagttttagttaattttctttatcttgatgtagttcttattgtgttggaaaatgcattatgggagatagcattactgtaggcatacacaatacttgtttttaaatgttcaggattttttgtggacttt
gatgcatgcagttgagcataatcaggctatgatgttctcataaatgatttgagatgagtattatatttctcattagttcctgtgtttaatagGTTCTGATGGCTACAAACCGGATAGATATTCTTGACCAAGCTCTTCTTCGACCTGGTCGGATTGACAGGAAAATTGAATTTCCCAATCCTAATGAAGAGTCTCGTTTT
GACATTCTGAAAATCCATTCAAGAAAAATGAATCTAATGCGTGGCATTGATCTAAAGAAAATTGCTGAAAAAATGGGTGGTGCATCAGGTGCAGAGCTTAAGGCTGTGTGCACAGAAGCAGGGATGTTTGCGTTGCGGGAGCGACGTGTCCATGTTACACAAGAGGATTTTGAAATGGCTGTTGCTAAGGTTATGAAAAA
GGAAACAGAGAAGAACATGTCACTGAGGAAACTATGGAAGTAAGGAAAGCAAGGAAAGGATCAATGGAACGGTTGGTTCAATATATCAAGCTAACTGCATGTATTTCATAGTGGGTATCAAACATGTCCAAGCGTTTACATTACTTGCCATGGAAACATGGAATAAGTGGATATTTTGCAAGTGGAATTTGTTTTTTAAT
TCATCGGGATTGAAGATGTCTTGGTTTATATCTTCTACTACGCAGGAAGCTTGGAATTTGAATCAAAAAGTCAAAAACATCTTCCTATCTTATTTTAGCGAGAACTAGAAATGTGATTCTAATTGTTGAATATCGTGTCAAATATTGCACATCTGTAAGAAAATTTTAATTGCGATTTGATTTTGAGCTAGTAAGATGCA
GGGCTGAAATTAGTATTCTGAGCTTGGATGAGCTAGTTTTAGGTTGAGTACTGCTATTTAAATTAGTATCTGTAGTAAAATCTTTTAAAAAGATGGTATATTTAGGTGATAAATACTAAGTGGTATCATTGACTCACCCCATTCTCATATGGGGATTTATTTGTTGATAAGAAAACTCTAAATACTACTACCGTTATCTC
GAGCGAACCTAACATTCATGTTCATTATGAGTAGTCTTTTAGTTTGAAATGTATTTA