sp|Q9LEK8|PIN1_DIGLA ----> Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1

Intron 1 GTTGAATTCA ... TTTCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.8	249	3	247
A2	49.83	290	1	288
A3	49.83	298	7	296
A4	49.18	185	3	179
A5	50	86	0	86
A6	49.66	1025	14	1011
A7	49.71	1655	11	1636
A8	49.73	1407	10	1392
A9	49.62	1791	19	1764
A10	49.69	1857	8	1834

>TRINITY_DN36464_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

TCTAGGTTTTCTAGATAATCATGGCATCGATGTTTTGCTCTCTGATTCATTTCATCAAACCACTGCCTTAAAAAGTTAAAACTACATGAATTCGCAGAAGGGAAGTGCTTGTTGAATATTCTTGTGTGATGGGGAAAGACGGAAAGGCAAAAGAATCATCTAAAGGGAAGGGAAAGCAAACCTCAGCAGGAGGCGGTGAT
GAGAAGGGCAAAGGAAAGAGTGGAAAGGCCGATGGACTGGGTACATGCACCTATGTCAAAGCAAGGCATATTCTATGTGAGAAACAAGGGAAAATCAATGAAGCATACAAGAAACTACAGGATGGCTGGTTGAGCAATGGAGATAAGGTGCCTCCAGCTGAATTTGCAAAGGTTGCGTCTGAGTATTCAGAATGCCCATC
TGGTAAAAAAGGTGGGGATCTTGGATGGTTTCCTCGAGGGAAGATGGCAGGACCTTTTCAGGAGGTAGCTTTTAACACACCTGTCGGAGCTACCAGTGCTCCATTCAAATCAACGCATGGATATCACATAATTTTGTCAGAAGGGCGAAAGAATTGAATCATTGCTGTTCATGGAGTTAAATGTTCTTGTTTGGAGGAGC
ATCGTGACATGTTCAGGAATGGGTACTATTACTGCAGAGAGAAAATCTTTCACTTTGACAGCTTGAAGTGCTTTTGGGATATTTTTATGATTATGACTATTGGAATTGTGTATATAGAAAAAGATTGAAATCCTTACTTCTCAAATAACTGGCTTGAAAGGAGTGATGTTGTTGTAACTTGTAAGTGTGGCTTGAAATCC
ATTTGCAGAGTTATTACCTGTAAGAAACTGCTATAATGGTAGTTCATAAGTCTGTATGTTGGGTTTAATCAAGTTAAAACACGATGTATTTGGTAGCAGTTTTTGGGTAAATATTTAATAAGCATGTTATGAGTATCTTTATCAAGTAATGGGATTAGAAGATAATGTGATACATTAAAACTTATGTTTTATTGACAAAG
GCATTCTTGGTACCATTATCCTGCCATTAGCTGAGAATGTTTACAGAACTTTGTTTAAGGTTTGAAGTGGTTGATTGACAGAAGGATTTAGCTTTTCATGGCAAAATACTGATGCGTATTTGATCTGTTTATCGTTCTGTTATTTGGAACTCGATTATGTAGACATAGACCTTTGATAGTGCAGATGTGCGTTGTTATTT
GGAG

>TRINITY_DN36464_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCTAGGTTTTCTAGATAATCATGGCATCGATGTTTTGCTCTCTGATTCATTTCATCAAACCACTGCCTTAAAAAGTTAAAACTACATGAATTCGCAgttgaattcactgtttccttttctatgttttgtttcctgagatgtttttgcttttggcacctgggttttaaatcttggccctcaaaactaaacagaatccacat
gaaagaatttttatttgatcgatgttgggtatagacaattcttcatcagattgttattgggttattcagtaaatctcagactgataaatatttttacttttcgggcttttattttacttttatgttcgcgttttcattcagGAAGGGAAGTGCTTGTTGAATATTCTTGTGTGATGGGGAAAGACGGAAAGGCAAAAGAA
TCATCTAAAGGGAAGGGAAAGCAAACCTCAGCAGGAGGCGGTGATGAGAAGGGCAAAGGAAAGAGTGGAAAGGCCGATGGACTGGGTACATGCACCTATGTCAAAGCAAGGCATATTCTATGTGAGAAACAAGGGAAAATCAATGAAGCATACAAGAAACTACAGGATGGCTGGTTGAGCAATGGAGATAAGGTGCCTCC
AGCTGAATTTGCAAAGGTTGCGTCTGAGTATTCAGAATGCCCATCTGGTAAAAAAGGTGGGGATCTTGGATGGTTTCCTCGAGGGAAGATGGCAGGACCTTTTCAGGAGGTAGCTTTTAACACACCTGTCGGAGCTACCAGTGCTCCATTCAAATCAACGCATGGATATCACATAATTTTGTCAGAAGGGCGAAAGAATT
GAATCATTGCTGTTCATGGAGTTAAATGTTCTTGTTTGGAGGAGCATCGTGACATGTTCAGGAATGGGTACTATTACTGCAGAGAGAAAATCTTTCACTTTGACAGCTTGAAGTGCTTTTGGGATATTTTTATGATTATGACTATTGGAATTGTGTATATAGAAAAAGATTGAAATCCTTACTTCTCAAATAACTGGCTT
GAAAGGAGTGATGTTGTTGTAACTTGTAAGTGTGGCTTGAAATCCATTTGCAGAGTTATTACCTGTAAGAAACTGCTATAATGGTAGTTCATAAGTCTGTATGTTGGGTTTAATCAAGTTAAAACACGATGTATTTGGTAGCAGTTTTTGGGTAAATATTTAATAAGCATGTTATGAGTATCTTTATCAAGTAATGGGAT
TAGAAGATAATGTGATACATTAAAACTTATGTTTTATTGACAAAGGCATTCTTGGTACCATTATCCTGCCATTAGCTGAGAATGTTTACAGAACTTTGTTTAAGGTTTGAAGTGGTTGATTGACAGAAGGATTTAGCTTTTCATGGCAAAATACTGATGCGTATTTGATCTGTTTATCGTTCTGTTATTTGGAACTCGAT
TATGTAGACATAGACCTTTGATAGTGCAGATGTGCGTTGTTATTTGGAG

Intron 2 GCTTAGTTGG ... GTCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.33	78	28	147
A2	67.58	71	24	148
A3	65.7	83	33	159
A4	68.33	57	21	123
A5	63.41	30	12	52
A6	65.3	373	142	702
A7	63.98	531	153	943
A8	62.82	480	116	811
A9	64.72	666	244	1222
A10	66.61	416	147	830

>TRINITY_DN31993_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

CGAAAAGTCTCAGTGTTGCTTAATGTTCACCCACTCACCCACATTCTTAACCTCTCATAAAAAGCCTCCAGCTCTAAATTTTGGATATTCGTTTCTCTTACATATCTCCACCTCTCAATATTGGATGTTGCATATATTTTGGATACAGAACCACAAGGAGGCTGATTGTAGAGGAAGGGAAGTGCTTGTTGAATATTCTT
GTGTGATGGGGAAAGACGGAAAGGCAAAAGAATCATCTAAAGGGAAGGGAAAGCAAACCTCAGCAGGAGGCGGTGATGAGAAGGGCAAAGGAAAGAGTGGAAAGGCCGATGGACTGGGTACATGCACCTATGTCAAAGCAAGGCATATTCTATGTGAGAAACAAGGGAAAATCAATGAAGCATACAAGAAACTACAGGAT
GGCTGGTTGAGCAATGGAGATAAGGTGCCTCCAGCTGAATTTGCAAAGGTTGCGTCTGAGTATTCAGAATGCCCATCTGGTAAAAAAGGTGGGGATCTTGGATGGTTTCCTCGAGGGAAGATGGCAGGACCTTTTCAGGAGGTAGCTTTTAACACACCTGTCGGAGCTACCAGTGCTCCATTCAAATCAACGCATGGATA
TCACATAATTTTGTCAGAAGGGCGAAAGAATTGAATCATGGTGTGCTGTTCATGGAGTTAAATGTTCTTGTTTGGAGGAGCATCGTGACATGTTCAGGAATGGGTACTATTACTGCAGAGAGAAAATCTTTCACTTTGACAGCTTGAAGTGCTTTTGGGATATTTTTATGATTATGACTATTGGAATTGTGTATATAGAA
AAAGATTGAAATCCTTACTTCTCAAATAACTGGCTTGAAAGGAGTGATGTTGTTGTAACTTGTAAGTGTGGCTTGAAATCCATTTGCAGAGTTATTACCTGTAAGAAACTGCTATAATGGTAGTTCATAAGTCTGTATGTTGGGTTTAATCAAGTTAAAACACGATGTATTTGGTAGCAGTTTTTGGGTAAATATTTAAT
AAGCATGTTATGAGTATCTTTATCAAGTAATGGGATTAGAAGATAATGTGATACATTAAAACTTATGTTTTATTGACAAAGGCATTCTTGGTACCATTATCCTGCCATTAGCTGAGAATGTTTACAGAACTTTGTTTAAGGTTTGAAGTGGTTGATTGACAGAAGGATTTAGCTTTTCATGGCAAAATACTGATGCGTAT
TTGATCTGTTTATCGTTCTGTTATTTGGAACTCGATTATGTAGACATAGACCTTTGATAGTGCAGATGTGCGTTGTTATTTGGTGATTCTTGTTTTACCAAGTCTGGGTATTATTTCCATGGATGTTGAACATTTCTTTGCGAGATTATTTGGGGTTGTATATATGCCAGGGTGACTGCAGAGTACCCAAACGGAAAGAT
TGGGGTCAGGCATTGCGTGGTTAGTTTTGGAACAATGGTTTTATTGAGCCTGCATGCAGGGTTGCTACCATAGGGAAGGTCCA

>TRINITY_DN31993_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGAAAAGTCTCAGTGTTGCTTAATGTTCACCCACTCACCCACATTCTTAACCTCTCATAAAAAGCCTCCAGCTCTAAATTTTGGATATTCGTTTCTCTTACATATCTCCACCTCTCAATATTGGATGTTGCATATATTTTGGATACAGgcttagttggtttcgttcgatttcatctttcgtctggtgtctttgcagAACC
ACAAGGAGGCTGATTGTAGAGGAAGGGAAGTGCTTGTTGAATATTCTTGTGTGATGGGGAAAGACGGAAAGGCAAAAGAATCATCTAAAGGGAAGGGAAAGCAAACCTCAGCAGGAGGCGGTGATGAGAAGGGCAAAGGAAAGAGTGGAAAGGCCGATGGACTGGGTACATGCACCTATGTCAAAGCAAGGCATATTCTA
TGTGAGAAACAAGGGAAAATCAATGAAGCATACAAGAAACTACAGGATGGCTGGTTGAGCAATGGAGATAAGGTGCCTCCAGCTGAATTTGCAAAGGTTGCGTCTGAGTATTCAGAATGCCCATCTGGTAAAAAAGGTGGGGATCTTGGATGGTTTCCTCGAGGGAAGATGGCAGGACCTTTTCAGGAGGTAGCTTTTAA
CACACCTGTCGGAGCTACCAGTGCTCCATTCAAATCAACGCATGGATATCACATAATTTTGTCAGAAGGGCGAAAGAATTGAATCATGGTGTGCTGTTCATGGAGTTAAATGTTCTTGTTTGGAGGAGCATCGTGACATGTTCAGGAATGGGTACTATTACTGCAGAGAGAAAATCTTTCACTTTGACAGCTTGAAGTGC
TTTTGGGATATTTTTATGATTATGACTATTGGAATTGTGTATATAGAAAAAGATTGAAATCCTTACTTCTCAAATAACTGGCTTGAAAGGAGTGATGTTGTTGTAACTTGTAAGTGTGGCTTGAAATCCATTTGCAGAGTTATTACCTGTAAGAAACTGCTATAATGGTAGTTCATAAGTCTGTATGTTGGGTTTAATCA
AGTTAAAACACGATGTATTTGGTAGCAGTTTTTGGGTAAATATTTAATAAGCATGTTATGAGTATCTTTATCAAGTAATGGGATTAGAAGATAATGTGATACATTAAAACTTATGTTTTATTGACAAAGGCATTCTTGGTACCATTATCCTGCCATTAGCTGAGAATGTTTACAGAACTTTGTTTAAGGTTTGAAGTGGT
TGATTGACAGAAGGATTTAGCTTTTCATGGCAAAATACTGATGCGTATTTGATCTGTTTATCGTTCTGTTATTTGGAACTCGATTATGTAGACATAGACCTTTGATAGTGCAGATGTGCGTTGTTATTTGGTGATTCTTGTTTTACCAAGTCTGGGTATTATTTCCATGGATGTTGAACATTTCTTTGCGAGATTATTTG
GGGTTGTATATATGCCAGGGTGACTGCAGAGTACCCAAACGGAAAGATTGGGGTCAGGCATTGCGTGGTTAGTTTTGGAACAATGGTTTTATTGAGCCTGCATGCAGGGTTGCTACCATAGGGAAGGTCCA

Intron 3 GTATAGACAA ... TTTCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	49.7	250	2	247
A2	49.57	293	3	288
A3	49.42	303	2	296
A4	48.12	193	6	179
A5	50	86	0	86
A6	49.67	1024	3	1010.5
A7	49.72	1655	4	1636.5
A8	49.72	1408	3	1392.5
A9	49.49	1800	11	1764
A10	49.77	1851	1	1834

>TRINITY_DN37956_c0_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

GATAATCATGGCATCGATGTTTTGCTCTCTGATTCATTTCATCAAACCACTGCCTTAAAAAGTTAAAACTACATGAATTCGCAGTTGAATTCACTGTTTCCTTTTCTATGTTTTGTTTCCTGAGATGTTTTTGCTTTTGGCACCTGGGTTTTAAATCTTGGCCCTCAAAACTAAACAGAATCCACATGAAAGAATTTTTA
TTTGATCGATGTTGGGAAGGGAAGTGCTTGTTGAATATTCTTGTGTGATGGGGAAAGACGGAAAGGCAAAAGAATCATCTAAAGGGAAGGGAAAGCAAACCTCAGCAGGAGGCGGTGATGAGAAGGGCAAAGGAAAGAGTGGAAAGGCCGATGGACTGGGTACATGCACCTATGTCAAAGCAAGGCATATTCTATGTGAG
AAACAAGGGAAAATCAATGAAGCATACAAGAAACTACAGGATGGCTGGTTGAGCAATGGAGATAAGGTGCCTCCAGCTGAATTTGCAAAGGTTGCGTCTGAGTATTCAGAATGCCCATCTGGTAAAAAAGGTGGGGATCTTGGATGGTTTCCTCGAGGGAAGATGGCAGGACCTTTTCAGGAGGTAGCTTTTAACACACC
TGTCGGAGCTACCAGTGCTCCATTCAAATCAACGCATGGATATCACATAATTTTGTCAGAAGGGCGAAAGAATTGAATCATGGTGTGCTGTTCATGGAGTTAAATGTTCTTGTTTGGAGGAGCATCGTGACATGTTCAGGAATGGGTACTATTACTGCAGAGAGAAAATCTTTCACTTTGACAGCTTGAAGTGCTTTTGG
GATATTTTTATGATTATGACTATTGGAATTGTGTATATAGAAAAAGATTGAAATCCTTACTTCTCAAATAACTGGCTTGAAAGGAGTGATGTTGTTGTAACTTGTAAGTGTGGCTTGAAATCCATTTGCAGAGTTATTACCTGTAAGAAACTGCTATAATGGTAGTTCATAAGTCTGTATGTTGGGTTTAATCAAGTTAA
AACACGATGTATTTGGTAGCAGTTTTTGGGTAAATATTTAATAAGCATGTTATGAGTATCTTTATCAAGTAATGGGATTAGAAGATAATGTGATACATTAAAACTTATGTTTTATTGACAAAGGCATTCTTGGTACCATTATCCTGCCATTAGCTGAGAATGTTTACAGAACTTTGTTTAAGGTTTGAAGTGGTTGATTG
ACAGAAGGATTTAGCTTTTCATGGCAAAATACTGATGCGTATTTGATCTGTTTATCGTTCTGTTATTTGGAACTCGATTATGTAGACATAGACCTTTGATAGTGCAGATGTGCGTTGTTATTTGGTGATTCTTGTTTTACCAAGTCTGGGTATTATTTCCATGGATGTTGAACATTTCTTTGCGAG

>TRINITY_DN37956_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CGCAGTTGAATTCACTGTTCCTTTTCTATGTTTTGTTTCCTGAGATGTTTTTGCTTTTGGCACCTGGGTTTTAAATCTTGGCCCTCAAAACTAAACAGAATCCACATGAAAGAATTTTTATTTGATCGATGTTGGgtatagacaattcttcatcagattgttattgggttattcagtaaatctcagactgataaatattt
ttacttttcgggcttttattttacttttatgttcgcgttttcattcagGAAGGGAAGTGCTTGTTGAATATTCTTGTGTGATGGGGAAAGACGGAAAGGCAAAAGAATCATCTAAAGGGAAGGGAAAGCAAACCTCAGCAGGAGGCGGTGATGAGAAGGGCAAAGGAAAGAGTGGAAAGGCCGATGGACTGGGTACATGC
ACCTATGTCAAAGCAAGGCATATTCTATGTGAGAAACAAGGGAAAATCAATGAAGCATACAAGAAACTACAGGATGGCTGGTTGAGCAATGGAGATAAGGTGCCTCCAGCTGAATTTGCAAAGGTTGCGTCTGAGTATTCAGAATGCCCATCTGGTAAAAAAGGTGGGGATCTTGGATGGTTTCCTCGAGGGAAGATGGC
AGGACCTTTTCAGGAGGTAGCTTTTAACACACCTGTCGGAGCTACCAGTGCTCCATTCAAATCAACGCATGGATATCACATAATTTTGTCAGAAGGGCGAAAGAATTGAATCATGGTGTGCTGTTCATGGAGTTAAATGTTCTTGTTTGGAGGAGCATCGTGACATGTTCAGGAATGGGTACTATTACTGCAGAGAGAAA
ATCTTTCACTTTGACAGCTTGAAGTGCTTTTGGGATATTTTTATGATTATGACTATTGGAATTGTGTATATAGAAAAAGATTGAAATCCTTACTTCTCAAATAACTGGCTTGAAAGGAGTGATGTTGTTGTAACTTGTAAGTGTGGCTTGAAATCCATTTGCAGAGTTATTACCTGTAAGAAACTGCTATAATGGTAGTT
CATAAGTCTGTATGTTGGGTTTAATCAAGTTAAAACACGATGTATTTGGTAGCAGTTTTTGGGTAAATATTTAATAAGCATGTTATGAGTATCTTTATCAAGTAATGGGATTAGAAGATAATGTGATACATTAAAACTTATGTTTTATTGACAAAGGCATTCTTGGTACCATTATCCTGCCATTAGCTGAGAATGTTTAC
AGAACTTTGTTTAAGGTTTGAAGTGGTTGATTGACAGAAGGATTTAGCTTTTCATGGCAAAATACTGATGCGTATTTGATCTGTTTATCGTTCTGTTATTTGGAACTCGATTATGTAGACATAGACCTTTGATAGTGCAGATGTGCGTTGTTATTTGGTGATTCTTGTTTTACCAAGTCTGGGTATTATTTCCATGGATG
TTGAACATTTCTTTGCGAG