sp|Q0WNJ6|CLAH1_ARATH ----> Clathrin heavy chain 1
Intron 1 GTAAGTTGTT ... CTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.81 | 56 | 5 | 10 |
| A2 | 6.67 | 28 | 3 | 1 |
| A3 | 6.67 | 56 | 4 | 4 |
| A4 | 7.41 | 50 | 5 | 3 |
| A5 | 21.43 | 11 | 3 | 3 |
| A6 | 10.07 | 67 | 7 | 8 |
| A7 | 5.92 | 143 | 13 | 5 |
| A8 | 13.23 | 82 | 15 | 10 |
| A9 | 8.17 | 118 | 19 | 2 |
| A10 | 4.12 | 128 | 7 | 4 |
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoformTGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGGTTTGGAGCAA
AGTAGGTGCTTGTTTCGCTGTAGGTTCCTGGGAATGAAAATCCTTCTATCCTTATTTCATTTGCTTCAAAGACCATGGTTGGAGGGCAACTTACTTCAAAGCTACATGTCATTGAGCTTGGTGTACAACCAGGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTA
GTGGCCATGCAGATATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAGCTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAAC
TGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAG
TATAATGTTGCCAACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGTACGAATCACAATATCAACATGTTCTAACTGTTCTACTAGAGAGCCCTCTTTCATCATTTTGAGTATGTATCATCTTTAATGATTCTACTGGATCTTAAGTGCTTTTGAGACACATCATCTTTTCCCAACGTTCTGTACATGTAATAACATAGGGAGATATATT
ACTCGGTCTAAATTTTATTTAGAACGTTATTGCAAGTGTGTGGTTGAGACAACAAT
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGgtaagttgttgataattggagatctatggggtctacaagggcagacagcttgtggtggctactaattcagacaatctgtaagat
attccctatttactttgtggggtaagccaaaatatcctttttgcagGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGGTTTGTTTCCTGTGGACTTTTAGGTGTTGATTACCATTTCACCGTTCTGATTATTATTGTGTCTTTGTCATTTGCCCCAAT
TTCATGCACCCTAGACAAACTTTGTTATAAACAGTGATCAGTTGGTGGAGGAGGCTTCAGGTGGTGCATCTGTAGCACAGATCTTCAAAGAGCGTAATGAAC
Intron 2 GTGGGGCTGA ... TTCCAAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.55 | 1011 | 163 | 238 |
| A2 | 18.84 | 730 | 127 | 212 |
| A3 | 18.75 | 765 | 125 | 228 |
| A4 | 17.27 | 769 | 128 | 193 |
| A5 | 18.88 | 318 | 70 | 78 |
| A6 | 19.44 | 1668 | 244 | 561 |
| A7 | 17.7 | 2060 | 350 | 536 |
| A8 | 17.99 | 1873 | 265 | 557 |
| A9 | 17.47 | 1578 | 249 | 419 |
| A10 | 19.44 | 1256 | 224 | 382 |
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoformTCAGCTACTAGTGAGTTGATTGACTTTGAAATGAAGTTTGTAGAACTGTGAATCCTTTTTCACTGCATTTTGGAAATGCAAATGGTTTGATATTCTTAATCATTTTCCAACTTCTGAAAATATGAATAGAGTTGGAGAAACAACAAAATGACATTAGAACTTTGAGTAACAGTAAAACCATTGATTAAAAAACTAAAGCT
TAGAATACTAAAACATAAAAGTGAAGACTGAAGCACATAATGTTAAAATAAATGTAGTATATTATTATTTCTTCTTTCATAGGATTTATCACTAAATTGGCAGGTTTTTGCATGCTTATCACTAAATAGAAGGGCTGTGCAATGTATCAATTTGACCGTGTTATCTATGACATGATTTTGTAGAGTGTTCCAGTACAGCC
TGGGCAGACACCGCCTCTTCTCCAATATTTTGGGACTCTTCTGACAAGGGGAAAGTTGAATGCCTTTGAGTCATTGGAACTTTCACGACTAGTTGTAAATCAGAACAAGAAAAACCTTTTGGAGAACTGGCTTGCTGAGGACAAGCTGGAGTGCAGTGAGGAATTGGGGGATCTTGTAAAGACCGTGGACAATGACCTTG
CTTTAAAAATTTATATAAAAGCAAGGGCTACACCAAAGGTAGTTGCAGCTTTTGCCGAGAGAAGAGAATTTGACAAAATACTTATATACTCCAAACAGGTTGGATACACACCAGATTATTTGTTCCTCCTCCAGACTATTTTGCGCTCTGATCCACAGGGTGCTGTAAACTTTGCTCTAATGATGTCTCAAATGGAAGGT
GGTTGTCCACTTGACTACAATACAATTACAGATTTGTTCCTACAGCGTAACATGATCCGTGAAGCAACATCCTTTTTATTGGATGTTTTGAAGCCTAATTTGCCAGAACATGGGTATCTTCAAACTAAGGTTCTTGAGATCAACTTGGTCACTTTTCCAAATGTAGCTGATGCAATCCTGGCAAATGGAATGTTTAGTCA
CTATGACCGTCCCCGTATTGCACAATTATGTGAGAAAGCTGGCTTATATATGCGTGCACTCCAGCATTATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCTGCTCCTCGTCA
ACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCAAAACTGGTCAA
ATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTATGTCCAGAAAGT
CAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAGTCAAGATGTAC
ATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAAATTCTCTGTTC
AAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAGTTGATTGAGCT
TCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGCCATTTTCAAAA
AATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGTTCCTTGATGTG
ATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGACCGTCTATTTGA
TGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCAAATATGTGGGC
TGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTAAGTTGTTCTCC
ACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTATATTACAAGGC
AGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAATTTATGTAGAAG
AAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATGCTATGGAGACT
AGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATTCGAGAGTACAC
CACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTATGGGCGGAATGG
GAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCCAATTTTTTTTT
AGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTCTTTTCCCTTTC
CAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACAATGGAGTGTTT
ATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:CACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCTGCTCCTCGTCAACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGT
TCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCAAAACTGGTCAAATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTT
TGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTATGTCCAGAAAGTCAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTG
AGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAGTCAAGATGTACATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTG
GCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAAATTCTCTGTTCAAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAA
GAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAGTTGATTGAGCTTCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACT
TCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGCCATTTTCAAAAAATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTC
AGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGTTCCTTGATGTGATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACT
TGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGACCGTCTATTTGATGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTT
CAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCAAATATGTGGGCTGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATC
TTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTAAGTTGTTCTCCACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCC
AGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTATATTACAAGGCAGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGC
CATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAATTTATGTAGAAGAAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGgtggggctgactttttacatttggttcatgcaacttacagtttgaattctctat
ggatttagtagaatattccaaatcactgatgactacttgttccaagcagGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATGCTATGGAGACTAGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGC
TTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATTCGAGAGTACACCACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAG
GATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTATGGGCGGAATGGGAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGG
TATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCCAATTTTTTTTTAGACTCATGTTCAGTATGATTTTGT
AGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTCTTTTCCCTTTCCAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAA
TGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACAATGGAGTGTTTATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTA
CTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
Intron 3 GCAAGTTTTT ... GACCCCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.23 | 473 | 10 | 85 |
| A2 | 20.31 | 306 | 14 | 78 |
| A3 | 16.25 | 402 | 5 | 78 |
| A4 | 19.42 | 361 | 0 | 87 |
| A5 | 18.43 | 177 | 16 | 40 |
| A6 | 19.7 | 53 | 2 | 13 |
| A7 | 18.78 | 199 | 0 | 46 |
| A8 | 30.77 | 27 | 0 | 12 |
| A9 | 18.97 | 158 | 6 | 37 |
| A10 | 17.82 | 143 | 0 | 31 |
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoformTCAGCTACTAGTGAGTTGATTGACTTTGAAATGAAGTTTGTAGAACTGTGAATCCTTTTTCACTGCATTTTGGAAATGCAAATGGTTTGATATTCTTAATCATTTTCCAACTTCTGAAAATATGAATAGAGTTGGAGAAACAACAAAATGACATTAGAACTTTGAGTAACAGTAAAACCATTGATTAAAAAACTAAAGCT
TAGAATACTAAAACATAAAAGTGAAGACTGAAGCACATAATGTTAAAATAAATGTAGTATATTATTATTTCTTCTTTCATAGGATTTATCACTAAATTGGCAGGTTTTTGCATGCTTATCACTAAATAGAAGGGCTGTGCAATGTATCAATTTGACCGTGTTATCTATGACATGATTTTGTAGAGTGTTCCAGTACAGCC
TGGGCAGACACCGCCTCTTCTCCAATATTTTGGGACTCTTCTGACAAGGGGAAAGTTGAATGCCTTTGAGTCATTGGAACTTTCACGACTAGTTGTAAATCAGAACAAGAAAAACCTTTTGGAGAACTGGCTTGCTGAGGACAAGCTGGAGTGCAGTGAGGAATTGGGGGATCTTGTAAAGACCGTGGACAATGACCTTG
CTTTAAAAATTTATATAAAAGCAAGGGCTACACCAAAGGTAGTTGCAGCTTTTGCCGAGAGAAGAGAATTTGACAAAATACTTATATACTCCAAACAGGTTGGATACACACCAGATTATTTGTTCCTCCTCCAGACTATTTTGCGCTCTGATCCACAGGGTGCTGTAAACTTTGCTCTAATGATGTCTCAAATGGAAGGT
GGTTGTCCACTTGACTACAATACAATTACAGATTTGTTCCTACAGCGTAACATGATCCGTGAAGCAACATCCTTTTTATTGGATGTTTTGAAGCCTAATTTGCCAGAACATGGGTATCTTCAAACTAAGGTTCTTGAGATCAACTTGGTCACTTTTCCAAATGTAGCTGATGCAATCCTGGCAAATGGAATGTTTAGTCA
CTATGACCGTCCCCGTATTGCACAATTATGTGAGAAAGCTGGCTTATATATGCGTGCACTCCAGCATTATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCTGCTCCTCGTCA
ACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCAAAACTGGTCAA
ATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTATGTCCAGAAAGT
CAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAGTCAAGATGTAC
ATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAAATTCTCTGTTC
AAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAGTTGATTGAGCT
TCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGCCATTTTCAAAA
AATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGTTCCTTGATGTG
ATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGACCGTCTATTTGA
TGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCAAATATGTGGGC
TGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTAAGTTGTTCTCC
ACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTATATTACAAGGC
AGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAATTTATGTAGAAG
AAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATGCTATGGAGACT
AGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATTCGAGAGTACAC
CACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTATGGGCGGAATGG
GAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCCAATTTTTTTTT
AGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTCTTTTCCCTTTC
CAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACAATGGAGTGTTT
ATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTCATACTTCTAAATTTATTCAAAATTTTAAGCTATGGAACAAAATGAAATATTTTTACTTAGGTAGGAGAATGTTCTCATGTTTACTTCTCAAGGGAGTTGCCTTCCAATATTTCTCATTATATTTGTTAAGGTTAATTTATTTATTATCTTGAGTTTTGATAGTCTGTGTGCATCTGTTTGCAGCGTAACATGATCCG
TGAAGCAACATCCTTTTTATTGGATGTTTTGAAGCCTAATTTGCCAGAACATGGGTATCTTCAAACTAAGgcaagtttttcaatttaaatatctgtattttatggatattattttagttttacattttattcaatttgattgaccccacagGTTCTTGAGATCAACTTGGTCACTTTTCCAAATGTAGCTGATGCAATCC
TGGCAAATGGAATGTTTAGTCACTATGACCGTCCCCGTATTGCACAATTATGTGAGAAAGCTGGCTTATATATGCGTGCACTCCAGCATTATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGT
ATGAAAGATCTGCTCCTCGTCAACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGA
AGCAGCAGCCAAAACTGGTCAAATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACA
TTGAAGGCTATGTCCAGAAAGTCAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTA
AGTGAAGGAAGTCAAGATGTACATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGT
TACCAATAAAAATTCTCTGTTCAAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATC
TCCCTCATGAGTTGATTGAGCTTCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAG
GAAGCCTTTGCCATTTTCAAAAAATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGA
TGCTACACAGTTCCTTGATGTGATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAA
GTGTGGGAGACCGTCTATTTGATGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTT
AGATTGGCTCAAATATGTGGGCTGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTAT
GGAGCATATTAAGTTGTTCTCCACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCA
ATGTTGAGTTATATTACAAGGCAGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCA
TTGAATGGAATTTATGTAGAAGAAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCT
TTACAAGGATGCTATGGAGACTAGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTAC
TTCAGTTCATTCGAGAGTACACCACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTT
CAACCAGGTATGGGCGGAATGGGAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGA
AGCATGTTGCCAATTTTTTTTTAGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTT
TTCTCTTTTTCTTTTCCCTTTCCAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCT
TCACCTCCACAATGGAGTGTTTATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
Intron 4 GTTTGGAGCA ... GTACAACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92.18 | 59 | 25 | 695 |
| A2 | 91.03 | 47 | 25 | 477 |
| A3 | 90.88 | 55 | 28 | 548 |
| A4 | 90.03 | 57 | 17 | 515 |
| A5 | 93.6 | 16 | 2 | 234 |
| A6 | 49.01 | 77 | 45 | 74 |
| A7 | 58.71 | 109 | 75 | 155 |
| A8 | 44.72 | 68 | 43 | 55 |
| A9 | 53.19 | 110 | 58 | 125 |
| A10 | 68.83 | 72 | 67 | 159 |
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i11 from sample A7 / Example spliced isoformTGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTAAGTTGTTGATAATTGGAGATCTATGGGGTCTACAAGGGCAGACAGCTTGTGGTGGCTACTAATTCAGACAATCTGTAAGAT
ATTCCCTATTTACTTTGTGGGGTAAGCCAAAATATCCTTTTTGCAGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTAGTGGCCATGCAGA
TATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAGCTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCA
ACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAGTATAATGTTGCCA
ACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGAGATTATACCATGTGCTTACTCCGTGAAAGAGATGAAACATGGGATTTGACAAACTCATTTGTAGAAGGAAAAGCAAGGCTTGGTGCCCCTGGTTGTAAAAGTCATGCTTTGAAGCAACTAGACGAAGCTGTTGGATGGGATAATCTGCGAGTGGCTATAGAGGCCACTAGTGAAGA
GATCATAGCAGAACAAAAGATGATGGATAGGTTGCCAATTAATAAGTGGAGTGATGCATATGGTCATGTTCTATTGATTGGTGATGATATTCGATTACACGTTCATTTCACTTTTGGTAAGCAGAGCCTCCTTTCTTCCTCCAAAACCATGATGAATGCTCACATGCTTCCGTGTTTATTCACAATGCAAGTTCTCCAAA
TGATATATTGCATACCGAGTATCATTATTACTCTTTCCATGTAACATTGAGATTTGATTGTCATGTAGCTACACATGCTCAATATAATGGCCTAGGGCAAGGAGCAAGGATTGCATTTGAGGATGCTCATAAGCTTTCTCTTCTCCTTGAAGTTGCAAATGCTTTATGATAATCACTTAAGTGCAATTGATAATAGTCAC
TGTGCAAAGTTATAGTATTCCATTTTATGCATCAATACATTATATTTGATGCATTCTATATATTCGTGTATGTCATTATTGGTAATTTTTTAAAATACATTGAAATATCTTTATATATATATATATAAAA
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGgtttggagcaa
agtaggtgcttgtttcgctgtaggttcctgggaatgaaaatccttctatccttatttcatttgcttcaaagaccatggttggagggcaacttacttcaaagctacatgtcattgagcttggtgtacaaccagGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTA
GTGGCCATGCAGATATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAGCTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAAC
TGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAG
TATAATGTTGCCAACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGTACGAATCACAATATCAACATGTTCTAACTGTTCTACTAGAGAGCCCTCTTTCATCATTTTGAGTATGTATCATCTTTAATGATTCTACTGGATCTTAAGTGCTTTTGAGACACATCATCTTTTCCCAACGTTCTGTACATGTAATAACATAGGGAGATATATT
ACTCGGTCTAAATTTTATTTAGAACGTTATTGCAAGTGTGTGGTTGAGACAACAAT
Intron 5 GTAAGTAACA ... TTCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.49 | 528.5 | 1 | 8 |
| A2 | 1.11 | 357 | 1 | 4 |
| A3 | 2.01 | 488.3 | 1 | 10 |
| A4 | 1.13 | 351 | 0 | 4 |
| A5 | 0.79 | 252 | 0 | 2 |
| A6 | 0 | 71 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 226.3 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 38 | 0 | 0 |
| A9 | 0.61 | 163 | 0 | 1 |
| A10 | 0 | 180 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoformTCAGCTACTAGTGAGTTGATTGACTTTGAAATGAAGTTTGTAGAACTGTGAATCCTTTTTCACTGCATTTTGGAAATGCAAATGGTTTGATATTCTTAATCATTTTCCAACTTCTGAAAATATGAATAGAGTTGGAGAAACAACAAAATGACATTAGAACTTTGAGTAACAGTAAAACCATTGATTAAAAAACTAAAGCT
TAGAATACTAAAACATAAAAGTGAAGACTGAAGCACATAATGTTAAAATAAATGTAGTATATTATTATTTCTTCTTTCATAGGATTTATCACTAAATTGGCAGGTTTTTGCATGCTTATCACTAAATAGAAGGGCTGTGCAATGTATCAATTTGACCGTGTTATCTATGACATGATTTTGTAGAGTGTTCCAGTACAGCC
TGGGCAGACACCGCCTCTTCTCCAATATTTTGGGACTCTTCTGACAAGGGGAAAGTTGAATGCCTTTGAGTCATTGGAACTTTCACGACTAGTTGTAAATCAGAACAAGAAAAACCTTTTGGAGAACTGGCTTGCTGAGGACAAGCTGGAGTGCAGTGAGGAATTGGGGGATCTTGTAAAGACCGTGGACAATGACCTTG
CTTTAAAAATTTATATAAAAGCAAGGGCTACACCAAAGGTAGTTGCAGCTTTTGCCGAGAGAAGAGAATTTGACAAAATACTTATATACTCCAAACAGGTTGGATACACACCAGATTATTTGTTCCTCCTCCAGACTATTTTGCGCTCTGATCCACAGGGTGCTGTAAACTTTGCTCTAATGATGTCTCAAATGGAAGGT
GGTTGTCCACTTGACTACAATACAATTACAGATTTGTTCCTACAGCGTAACATGATCCGTGAAGCAACATCCTTTTTATTGGATGTTTTGAAGCCTAATTTGCCAGAACATGGGTATCTTCAAACTAAGGTTCTTGAGATCAACTTGGTCACTTTTCCAAATGTAGCTGATGCAATCCTGGCAAATGGAATGTTTAGTCA
CTATGACCGTCCCCGTATTGCACAATTATGTGAGAAAGCTGGCTTATATATGCGTGCACTCCAGCATTATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCTGCTCCTCGTCA
ACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCAAAACTGGTCAA
ATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTATGTCCAGAAAGT
CAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAGTCAAGATGTAC
ATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAAATTCTCTGTTC
AAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAGTTGATTGAGCT
TCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGCCATTTTCAAAA
AATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGTTCCTTGATGTG
ATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGACCGTCTATTTGA
TGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCAAATATGTGGGC
TGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTAAGTTGTTCTCC
ACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTATATTACAAGGC
AGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAATTTATGTAGAAG
AAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATGCTATGGAGACT
AGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATTCGAGAGTACAC
CACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTATGGGCGGAATGG
GAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCCAATTTTTTTTT
AGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTCTTTTCCCTTTC
CAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACAATGGAGTGTTT
ATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCTTATATATGCGTGCACTCCAGgtaagtaacacttggggatatatttagaattagaagtactttgatccttttgagagtacaaatcggctatggtatacttgcgaagagatacttaaatttatctcagcataacacataagcttctaaaaagttctcttttgctacattactaatgttgcaaactttcattgcagCATT
ATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGGTCTGTGAATCGTGGTTGTTGTTTTGGAGAGTTACCTTGAAAATTCATAAAGTCTGTCACTGATAATAACATCTTTCAGGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCT
GCTCCTCGTCAACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCA
AAACTGGTCAAATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTAT
GTCCAGAAAGTCAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAG
TCAAGATGTACATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAA
ATTCTCTGTTCAAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAG
TTGATTGAGCTTCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGC
CATTTTCAAAAAATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGT
TCCTTGATGTGATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGAC
CGTCTATTTGATGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCA
AATATGTGGGCTGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTA
AGTTGTTCTCCACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTA
TATTACAAGGCAGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAAT
TTATGTAGAAGAAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATG
CTATGGAGACTAGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATT
CGAGAGTACACCACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTAT
GGGCGGAATGGGAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCC
AATTTTTTTTTAGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTC
TTTTCCCTTTCCAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACA
ATGGAGTGTTTATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
Intron 6 GTTTGTTTCC ... GTACAACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 92.18 | 59 | 16 | 695 |
| A2 | 91.03 | 47 | 13 | 477 |
| A3 | 90.88 | 55 | 13 | 548 |
| A4 | 90.03 | 57 | 13 | 515 |
| A5 | 93.6 | 16 | 6 | 234 |
| A6 | 49.01 | 77 | 5 | 74 |
| A7 | 58.71 | 109 | 11 | 155 |
| A8 | 44.72 | 68 | 9 | 55 |
| A9 | 53.19 | 110 | 8 | 125 |
| A10 | 68.83 | 72 | 2 | 159 |
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i11 from sample A7 / Example spliced isoformTGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTAAGTTGTTGATAATTGGAGATCTATGGGGTCTACAAGGGCAGACAGCTTGTGGTGGCTACTAATTCAGACAATCTGTAAGAT
ATTCCCTATTTACTTTGTGGGGTAAGCCAAAATATCCTTTTTGCAGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTAGTGGCCATGCAGA
TATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAGCTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCA
ACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAGTATAATGTTGCCA
ACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGAGATTATACCATGTGCTTACTCCGTGAAAGAGATGAAACATGGGATTTGACAAACTCATTTGTAGAAGGAAAAGCAAGGCTTGGTGCCCCTGGTTGTAAAAGTCATGCTTTGAAGCAACTAGACGAAGCTGTTGGATGGGATAATCTGCGAGTGGCTATAGAGGCCACTAGTGAAGA
GATCATAGCAGAACAAAAGATGATGGATAGGTTGCCAATTAATAAGTGGAGTGATGCATATGGTCATGTTCTATTGATTGGTGATGATATTCGATTACACGTTCATTTCACTTTTGGTAAGCAGAGCCTCCTTTCTTCCTCCAAAACCATGATGAATGCTCACATGCTTCCGTGTTTATTCACAATGCAAGTTCTCCAAA
TGATATATTGCATACCGAGTATCATTATTACTCTTTCCATGTAACATTGAGATTTGATTGTCATGTAGCTACACATGCTCAATATAATGGCCTAGGGCAAGGAGCAAGGATTGCATTTGAGGATGCTCATAAGCTTTCTCTTCTCCTTGAAGTTGCAAATGCTTTATGATAATCACTTAAGTGCAATTGATAATAGTCAC
TGTGCAAAGTTATAGTATTCCATTTTATGCATCAATACATTATATTTGATGCATTCTATATATTCGTGTATGTCATTATTGGTAATTTTTTAAAATACATTGAAATATCTTTATATATATATATATAAAA
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTAAGTTGTTGATAATTGGAGATCTATGGGGTCTACAAGGGCAGACAGCTTGTGGTGGCTACTAATTCAGACAATCTGTAAGAT
ATTCCCTATTTACTTTGTGGGGTAAGCCAAAATATCCTTTTTGCAGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGgtttgtttcctgtggacttttaggtgttgattaccatttcaccgttctgattattattgtgtctttgtcatttgccccaat
ttcatgcaccctagacaaactttgttataaacagtgatcaactgtgctacatcaggctaaagagcaatcaaccaaaattctagccatcattgcttttttatggttctgtccaacaaactgacctaaaataatacagatgtctaacgtttcttcttagagttggtgcaatctttatacattcacaaacattaaaaattaaa
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ccgaagggttgaccaaataacaaattttggcctttggtttttagcttatgctgcaacatttgcataaattaaggtggaaaaattctctccgcccccccatgatatgcatcacttttctttatgttggttgtatgcaaggtttggagcaaagtaggtgcttgtttcgctgtaggttcctgggaatgaaaatccttctatcc
ttatttcatttgcttcaaagaccatggttggagggcaacttacttcaaagctacatgtcattgagcttggtgtacaaccagGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTAGTGGCCATGCAGATATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAG
CTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTA
CTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAGTATAATGTTGCCAACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGAGATTATACCATGTG
CTTACTCCGTGAAAGAGATGAAACATGGGATTTGACAAACTCATTTGTAGAAGGAAAAGCAAGGCTTGGTGCCCCTGGTTGTAAAAGTCATGCTTTGAAGCAACTAGACGAAGCTGTTGGATGGGATAATCTGCGAGTGGCTATAGAGGCCACTAGTGAAGAGATCATAGCAGAACAAAAGATGATGGATAGGTTGCCAA
TTAATAAGTGGAGTGATGCATATGGTCATGTTCTATTGATTGGTGATGATATTCGATTACACGTTCATTTCACTTTTGGTAAGCAGAGCCTCCTTTCTTCCTCCAAAACCATGATGAATGCTCACATGCTTCCGTGTTTATTCACAATGCAAGTTCTCCAAATGATATATTGCATACCGAGTATCATTATTACTCTTTCC
ATGTAACATTGAGATTTGATTGTCATGTAGCTACACATGCTCAATATAATGGCCTAGGGCAAGGAGCAAGGATTGCATTTGAGGATGCTCATAAGCTTTCTCTTCTCCTTGAAGTTGCAAATGCTTTATGATAATCACTTAAGTGCAATTGATAATAGTCACTGTGCAAAGTTATAGTATTCCATTTTATGCATCAATAC
ATTATATTTGATGCATTCTATATATTCGTGTATGTCATTATTGGTAATTTTTTAAAATACATTGAAATATCTTTATATATATATATATAAAA
Intron 7 GTCTGTGAAT ... CATCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.14 | 478.3 | 2 | 136 |
| A2 | 21.84 | 311.3 | 5 | 87 |
| A3 | 21.17 | 473 | 6 | 127 |
| A4 | 20.65 | 365 | 3 | 95 |
| A5 | 13.88 | 248.3 | 2 | 40 |
| A6 | 18.75 | 78 | 0 | 18 |
| A7 | 18.55 | 228.3 | 0 | 52 |
| A8 | 24.53 | 40 | 0 | 13 |
| A9 | 20.51 | 155 | 1 | 40 |
| A10 | 18.39 | 182 | 0 | 41 |
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i11 from sample A2 / Example spliced isoformTCAGCTACTAGTGAGTTGATTGACTTTGAAATGAAGTTTGTAGAACTGTGAATCCTTTTTCACTGCATTTTGGAAATGCAAATGGTTTGATATTCTTAATCATTTTCCAACTTCTGAAAATATGAATAGAGTTGGAGAAACAACAAAATGACATTAGAACTTTGAGTAACAGTAAAACCATTGATTAAAAAACTAAAGCT
TAGAATACTAAAACATAAAAGTGAAGACTGAAGCACATAATGTTAAAATAAATGTAGTATATTATTATTTCTTCTTTCATAGGATTTATCACTAAATTGGCAGGTTTTTGCATGCTTATCACTAAATAGAAGGGCTGTGCAATGTATCAATTTGACCGTGTTATCTATGACATGATTTTGTAGAGTGTTCCAGTACAGCC
TGGGCAGACACCGCCTCTTCTCCAATATTTTGGGACTCTTCTGACAAGGGGAAAGTTGAATGCCTTTGAGTCATTGGAACTTTCACGACTAGTTGTAAATCAGAACAAGAAAAACCTTTTGGAGAACTGGCTTGCTGAGGACAAGCTGGAGTGCAGTGAGGAATTGGGGGATCTTGTAAAGACCGTGGACAATGACCTTG
CTTTAAAAATTTATATAAAAGCAAGGGCTACACCAAAGGTAGTTGCAGCTTTTGCCGAGAGAAGAGAATTTGACAAAATACTTATATACTCCAAACAGGTTGGATACACACCAGATTATTTGTTCCTCCTCCAGACTATTTTGCGCTCTGATCCACAGGGTGCTGTAAACTTTGCTCTAATGATGTCTCAAATGGAAGGT
GGTTGTCCACTTGACTACAATACAATTACAGATTTGTTCCTACAGCGTAACATGATCCGTGAAGCAACATCCTTTTTATTGGATGTTTTGAAGCCTAATTTGCCAGAACATGGGTATCTTCAAACTAAGGTTCTTGAGATCAACTTGGTCACTTTTCCAAATGTAGCTGATGCAATCCTGGCAAATGGAATGTTTAGTCA
CTATGACCGTCCCCGTATTGCACAATTATGTGAGAAAGCTGGCTTATATATGCGTGCACTCCAGCATTATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCTGCTCCTCGTCA
ACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCAAAACTGGTCAA
ATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTATGTCCAGAAAGT
CAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAGTCAAGATGTAC
ATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAAATTCTCTGTTC
AAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAGTTGATTGAGCT
TCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGCCATTTTCAAAA
AATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGTTCCTTGATGTG
ATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGACCGTCTATTTGA
TGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCAAATATGTGGGC
TGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTAAGTTGTTCTCC
ACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTATATTACAAGGC
AGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAATTTATGTAGAAG
AAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATGCTATGGAGACT
AGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATTCGAGAGTACAC
CACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTATGGGCGGAATGG
GAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCCAATTTTTTTTT
AGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTCTTTTCCCTTTC
CAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACAATGGAGTGTTT
ATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
>TRINITY_DN121565_c3_g2_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:GCTTATATATGCGTGCACTCCAGGTAAGTAACACTTGGGGATATATTTAGAATTAGAAGTACTTTGATCCTTTTGAGAGTACAAATCGGCTATGGTATACTTGCGAAGAGATACTTAAATTTATCTCAGCATAACACATAAGCTTCTAAAAAGTTCTCTTTTGCTACATTACTAATGTTGCAAACTTTCATTGCAGCATT
ATACAGAGTTACCCGATATCAAACGTGTTATTGTCAACACTCATGCTATTGAGCCGCAGgtctgtgaatcgtggttgttgttttggagagttaccttgaaaattcataaagtctgtcactgataataacatctttcagGCACTGGTTGAGTTTTTCGGTACTCTTTCAAGAGAGTGGGCATTGGAGTGTATGAAAGATCT
GCTCCTCGTCAACCTAAGAGGAAACCTCCAGATAATTGTACAGGCTGCAAAAGAATATTCTGATCAACTGGGTGTGGATTCATGTATCAAACTCTTTGAGCAGTTCAAGTCATATGAAGGACTCTATTTCTTTTTAGGTTCATATTTGAGCTCCAGTGAGGACCCCGATATTCACTTTAAATACATTGAAGCAGCAGCCA
AAACTGGTCAAATCAAAGAGGTTGAGCGTGTAACCAGAGAGTCAAACTTCTATGACGCAGAGAAGACAAAGAATTTTCTGATGGAAGCGAGACTTCCAGATGCCCGTCCCCTGATAAATGTTTGTGACCGATTTGGTTTTGTACCAGATCTTACTCACTACTTGTATTCAAACAACATGCTGCGGTACATTGAAGGCTAT
GTCCAGAAAGTCAATCCAAGCAATGCTCCTTTAGTTGTTGGCCAACTACTTGATGATGATTGTCCAGAGGATTTCATTAAAGGTCTTATTTTGTCAGTTCGTTCTCTCCTTCCTGTAGAACCACTTGTTGAAGAATGTGAGAAAAGGAATCGGCTTCGACTGCTGACCCAATTCTTAGAGCATCTTGTAAGTGAAGGAAG
TCAAGATGTACATGTTCACAATGCCCTGGGTAAAATAATTATTGATACAAATAACAATCCAGAACACTTCCTCACAACAAATCCCTACTATGATTCACGTGTGGTGGGTAAATACTGTGAGAAAAGGGATCCAACTCTGGCAGTTGTTGCATATAGGCGGGGCCAATGTGATGATGAACTTATTGATGTTACCAATAAAA
ATTCTCTGTTCAAACTCCAAGCCAGGTATGTTGTTGAGCGGATGGAGCCTGAGCTATGGGAAAAAGTACTTCCTCCTGAAAATCCATTCCGAAGGCAACTCATTGACCAGGTTGTATCGACTGCTTTACCAGAAAGCAAGAATCCAGATCAGGTATCTGCAACAGTGAAAGCGTTCATGACCGCTGATCTCCCTCATGAG
TTGATTGAGCTTCTAGAGAAGATTGTGCTACAAAATTCTGCATTCAGTGGAAACCCCAATCTGCAAAATCTTCTCATTCTTACAGCCATTAAGGCTGACAAGTCACGTGTGATGGATTATATCAACAGGCTCGACAACTTCGATGGCCCTGCTGTTGGAGAGATTGCTGTTGGAGCAGAGTTGTTTGAGGAAGCCTTTGC
CATTTTCAAAAAATTTAACCTAAATGTGCAGGCAGTAAATGTGCTTTTAGATAACATCCGAAGCATTGAACGGGCTGTTGAGTTTGCATCACGTGTTGAGGAAGATGCTGTTTGGAGTCAAGTTGCAAAGGCGCAACTCAGGGAGGGACTCGTCAGCGATGCTATTGAATCATTTATTCGTGCTGATGATGCTACACAGT
TCCTTGATGTGATAAGGGCAGCTGAGCAAGCGAGTGTGTATCATGACTTAGTCAAATACCTGTTGATGGTACGTAAAAAGGTTAAAGAGCCAAAGGTTGATAGCGAGCTTATCTATGCATATGCGAAGATTGACAGACTTGGTGAGATTGAAGAATTCATACTTTCACCTAATGTAGCTAATCTGCAAAGTGTGGGAGAC
CGTCTATTTGATGAAGCTCTCTATGAGGCTGCAAAGATAATTTTTGCCTTTATTTCCAACTGGGCAAAACTTGCTAGCACTCTTGTGAAGCTAAGACAGTTCCAAGGAGCAGTTGATGCTGCTCGCAAGGCAAACAGTTCAAAGACATGGAAGGAAGTTTGCTTTGCCTGTGTTGATGCTGAGGAGTTTAGATTGGCTCA
AATATGTGGGCTGAACATCATTGTGCAGGTGGATGACTTGGAAGAGGTCAGTGATTATTATCAGAATAGGGGCCGCTTTGATGAACTAATTTCTCTAATGGAGAGTGGCTTGGGGTTGGAACGTGCACATATGGGTATCTTTACAGAGCTGGGTATCCTTTATGCTAGATATCGTCCAGACAAACTTATGGAGCATATTA
AGTTGTTCTCCACACGGCTCAACATTCCCAAGCTCATCCGTGTTTGTGATGAGCAGCAGCACTGGAAAGAGCTTACATATCTATACATTCAATATGATGAGTATGACAATGCTGCAGCAACAATCATGAATCATTCTCCAGAGGCATGGGATCACATGCAATTCAAAGATGTTGTGGTCAAGGTGGCCAATGTTGAGTTA
TATTACAAGGCAGTTCACTTTTATTTGCAAGAACATCCAGACCTTATCAATGACCTTTTGAATGTCCTCTCTCTTAGGGTGGATCATACACGTGTGGTTGACATAATGCGCAAGGCCGGACATCTGTATCTTGTAAAGCCATACATGGTTGCAGTCCAGAGCAATAATGTGGCTGCTGTAAACGAGGCATTGAATGGAAT
TTATGTAGAAGAAGAAGATTATGACAGACTGCGAGAATCTATAGATTTGCATGATAACTTTGACCAGATTGGTCTTGCCCAGAAGGTTGAGAAACATGAACTTCTTGAGTTCCGCCGCATTGCTGCCTACATTTACAAGAAAGCAGGAAGATGGAGGCAGTCTGTTGCATTGTCCAAAAAGGATAATCTTTACAAGGATG
CTATGGAGACTAGTTCTCAATCCGGTGATCGTGAGCTTGCAGAAGAATTGCTCGTCTATTTTGTGGAACAGGGCAAGAAAGAGTGCTTTGCTTCATGCTTGTTCACATGCTACGACTTGATCAGGCCTGATGTGGCCTTGGAGCTTGCATGGATGAACAATATGATTGACTTTGCATTCCCATACCTACTTCAGTTCATT
CGAGAGTACACCACAAAAGTGGATGAGCTGGTTAAGGATAAGCTAGAGAATCTTCAAGAAGTAAAGTCCAAGGAGAAGGAAGAAAAGGATCTTGTTTCTCAGCAGAATATGTATGCCCAGCTTCTTCCCCTTGCTTTACCAGCACCTCCGATGCCTGGTATGGGAGGCGGTATGGGAATGGGTGGTTTTCAACCAGGTAT
GGGCGGAATGGGAATGCCTCCTATGCCAGCTTATGGTATGCCGCCTATGGGTGGGTATTGATGATTTGAAAAACCTTTACAGACGATATTTACTTGAAGGAAGTCTCTAGCAAATGAGGTGTTTATATGTGATATTAGCAAGAGTGCTACTAATGGTGTTTTCACCTGGATGCAGCATAATTTGGCAGAAGCATGTTGCC
AATTTTTTTTTAGACTCATGTTCAGTATGATTTTGTAGATTGGAATGGTTAGGTGAGGGCGGATGTTTTCTTTTGATATGACCTGATTTGGTCATTTTCCGAATGTTAGTTTTTCTAATTTTTCCGCATAATATTCTTTAATTGACATTATTCTTTAGTGCAATCAAAATATAACTATCCTTTCCTTTTTTCTCTTTTTC
TTTTCCCTTTCCAAGGGAGTGAATTGGTTAAGGAAATGTTCAATAGTTTAAGTTGGATAGGTTGAGGTATTTTTGTTTGAAGTGTTTATTGGTAGTCTATATATATTATATACACATTTGCATATATCCACATACATAGGAGCGAGCTACTCATTTAAGGATGAGTTGAATGTATTAGTTTGGTCACCTTCACCTCCACA
ATGGAGTGTTTATGGAAGTGTCAAACAATACCTGTACTTCCCTTGCTATTATTTTTCTGTATGTGACGACTATATGACCATGTCTTTCTTTGTAAGCATTTCATTTAAAAATAGTAATATCTCAGGC
Intron 8 GTTTGTTTCC ... TGTATGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.43 | 25 | 16 | 8 |
| A2 | 26.47 | 25 | 13 | 5 |
| A3 | 20 | 28 | 13 | 1 |
| A4 | 30.61 | 17 | 13 | 2 |
| A5 | 66.67 | 2 | 6 | 2 |
| A6 | 7.22 | 45 | 5 | 2 |
| A7 | 13.79 | 75 | 11 | 13 |
| A8 | 14 | 43 | 9 | 5 |
| A9 | 7.2 | 58 | 8 | 1 |
| A10 | 3.6 | 67 | 2 | 3 |
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoformTGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGGTTTGGAGCAA
AGTAGGTGCTTGTTTCGCTGTAGGTTCCTGGGAATGAAAATCCTTCTATCCTTATTTCATTTGCTTCAAAGACCATGGTTGGAGGGCAACTTACTTCAAAGCTACATGTCATTGAGCTTGGTGTACAACCAGGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTA
GTGGCCATGCAGATATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAGCTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAAC
TGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAG
TATAATGTTGCCAACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGTACGAATCACAATATCAACATGTTCTAACTGTTCTACTAGAGAGCCCTCTTTCATCATTTTGAGTATGTATCATCTTTAATGATTCTACTGGATCTTAAGTGCTTTTGAGACACATCATCTTTTCCCAACGTTCTGTACATGTAATAACATAGGGAGATATATT
ACTCGGTCTAAATTTTATTTAGAACGTTATTGCAAGTGTGTGGTTGAGACAACAAT
>TRINITY_DN47400_c1_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:TGTCAAAGTCTCAAAACAGATAAACTCATTACTTGGGATCAGGAGGCAATGATATTGAAGAAGAAGGCTGAAGAGATTATCCCACATTTGAAAGGAAAAATGTATTTATCTTGTTGGTAAGTTGTTGATAATTGGAGATCTATGGGGTCTACAAGGGCAGACAGCTTGTGGTGGCTACTAATTCAGACAATCTGTAAGAT
ATTCCCTATTTACTTTGTGGGGTAAGCCAAAATATCCTTTTTGCAGGTATGATGGGTAGCGGAAAGGCAACTGTTGGAAGTTTTTTAGCAGAAGTCTTCGGATATTACTTTTTTGACAGgtttgtttcctgtggacttttaggtgttgattaccatttcaccgttctgattattattgtgtctttgtcatttgccccaat
ttcatgcaccctagacaaactttgttataaacagtgatcaactgtgctacatcaggctaaagagcaatcaaccaaaattctagccatcattgcttttttatggttctgtccaacaaactgacctaaaataatacagatgtctaacgtttcttcttagagttggtgcaatctttatacattcacaaacattaaaaattaaa
atcaatgatataagagtatacaataataagaaacaattacaagacaactatctggattctgaacataaatacttcatttgattgttcctgaagtaaactgtaaagaatctctattcccataaaagtttccatgaaattattgtgccaaaagaggaaggcctccgtgcaatttttagggtgttcaatgggaaggagaataa
ctacccaggctagatgtcaaatgctgatggagaatggggcaataaaaaaataggtgggaaattgattcattttctttttggccaagagagaaatgtgagggaccttggattccttgtttccttaatttattagctgctaagaccttgttgtgggccagagtctaatagaatagatttattttttagagatcatcactctt
ccgaagggttgaccaaataacaaattttggcctttggtttttagcttatgctgcaacatttgcataaattaaggtggaaaaattctctccgcccccccatgatatgcatcacttttctttatgttggttgtatgcaagGTTTGGAGCAAAGTAGGTGCTTGTTTCGCTGTAGGTTCCTGGGAATGAAAATCCTTCTATCC
TTATTTCATTTGCTTCAAAGACCATGGTTGGAGGGCAACTTACTTCAAAGCTACATGTCATTGAGCTTGGTGTACAACCAGGTAAACCAGGATTTTCGAAGAAACAGACAAATCTCTTCTTTCCACCATATTTTGTAGATTATTTTCTAGTGGCCATGCAGATATCAAACAAGTATAGTATGATATATGTCATCACAAAG
CTGAGACTTCTATTTGTCCACGATTTGGATACTGCTACAGCAGTTTATAGGAATCGTATCAATCCAGATCCCATTTTCTGAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTA
CTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAGTATAATGTTGCCAACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGAGATTATACCATGTG
CTTACTCCGTGAAAGAGATGAAACATGGGATTTGACAAACTCATTTGTAGAAGGAAAAGCAAGGCTTGGTGCCCCTGGTTGTAAAAGTCATGCTTTGAAGCAACTAGACGAAGCTGTTGGATGGGATAATCTGCGAGTGGCTATAGAGGCCACTAGTGAAGAGATCATAGCAGAACAAAAGATGATGGATAGGTTGCCAA
TTAATAAGTGGAGTGATGCATATGGTCATGTTCTATTGATTGGTGATGATATTCGATTACACGTTCATTTCACTTTTGGTAAGCAGAGCCTCCTTTCTTCCTCCAAAACCATGATGAATGCTCACATGCTTCCGTGTTTATTCACAATGCAAGTTCTCCAAATGATATATTGCATACCGAGTATCATTATTACTCTTTCC
ATGTAACATTGAGATTTGATTGTCATGTAGCTACACATGCTCAATATAATGGCCTAGGGCAAGGAGCAAGGATTGCATTTGAGGATGCTCATAAGCTTTCTCTTCTCCTTGAAGTTGCAAATGCTTTATGATAATCACTTAAGTGCAATTGATAATAGTCACTGTGCAAAGTTATAGTATTCCATTTTATGCATCAATAC
ATTATATTTGATGCATTCTATATATTCGTGTATGTCATTATTGGTAATTTTTTAAAATACATTGAAATATCTTTATATATATATATATAAAA
Intron 9 GTAAATCTTT ... ACTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.69 | 74.7 | 4.3 | 12.7 |
| A2 | 8.98 | 35.8 | 0 | 4.2 |
| A3 | 3.57 | 36.8 | 0 | 0.5 |
| A4 | 12.06 | 51 | 0.3 | 6.5 |
| A5 | 0 | 11.5 | 0.3 | 0 |
| A6 | 14.6 | 81.5 | 2.3 | 14.5 |
| A7 | 14.32 | 91.5 | 4.2 | 15.8 |
| A8 | 15.24 | 73.8 | 2.2 | 13.3 |
| A9 | 14.52 | 96.2 | 2.8 | 17.2 |
| A10 | 17.28 | 80.3 | 1.5 | 17.2 |
>TRINITY_DN123402_c0_g3_i5 from sample A1 / Example spliced isoformAACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTT
GTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAGAGTCAGCACTTGGGATTCAAGTATAATGTTGCCAACCTTTTTTTTCCTCAACAATGGAGATTATACCATGTGCTTACTCCGTGAAAGAGATGAAACATGGGATTTGACAAACTCATTTGTAGAAGGAAAAGCAAGGCTTGGTGCCCCTGGTT
GTAAAAGTCATGCTTTGAAGCAACTAGACGAAGCTGTTGGATGGGATAATCTGCGAGTGGCTATAGAGGCCACTAGTGAAGAGATCATAGCAGAACAAAAGATGATGGATAGGTTGCCAATTAATAAGTGGAGTGATGCATATGGTCATGTTCTATTGATTGGTGATGATATTCGATTACACGTTCATTTCACTTTTGGT
AAGCAGAGCCTCCTTTCTTCCTCCAAAACCATGATGAATGCTCACATGCTTCCGTGTTTATTCACAATGCAAGTTCTCCAAATGATATATTGCATACCGAGTATCATTATTACTCTTTCCATGC
>TRINITY_DN123402_c0_g3_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:AACGACATAAGCTTCGTCAATTAATGGTTTCTATATTATCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTTGTTAGTGGATAGCTGAATAATTACTTCATTTAAATTTCAGTCTAGCAATCGCCGAGGACGAGTGTTGCTTGCAACTGTTAATGAAGCAACTATTGTGCCTTTT
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