sp|Q9STT2|VPS29_ARATH ----> Vacuolar protein sorting-associated protein 29

Intron 1 GTACTCGGTA ... TGATTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	70	11.3	14
A2	18.84	56	6.8	13
A3	9.84	94	9.8	10.3
A4	23.64	84	16.8	26
A5	15.52	49	6.8	9
A6	14.98	471	52.5	83
A7	18.04	377	34.5	83
A8	14.8	236	30.8	41
A9	17.92	339	46.5	74
A10	17.4	318	33.8	67

>TRINITY_DN105886_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAAACACGAACGACTAAAGTGACCAATTTATTGTCGTAAAGTCGAAACGACTCTTATTTGCCAGCATGCTTCTCCCACCCACTGTAATACTCATTTAGATCTGCAAATTCAAAGGATTTAGCTCGGAGAAGCTGCGACGAATCTATTCTCGACGTTTCTCCCTCTCCAGCAAAACATATTGTTGTGAAGGGCATTGAGA
TTATCATAGCAAAATCTGAATAGAAGAGATGGTGTTGGTACTAGCTCTGGGTGACCTGCATATTCCGCATAGGGCACCTGACTTGCCCACTAAATTTAAATCTATGCTTGTACCCGGAAAAATCCAGCACATTATTAGCCCTGGAAATCTTTGCATCAAGGAAGTTTATGACTACTTGAAGAGTCTTTGTCCAGACTTGC
ATGTGACTCGGGGTGAGTATGATGAGGATCCACGTTACCCAGAAACCAAAACACTTACAATTGGACAGTTCAAGCTTGGGCTTTGCCATGGCCATCAGGTAATTCCTTGGGGAGATCTTGATTCCTTAGCAATGCTGCAGCGCCAGTTAGATGTGGACATTCTTATTACGGGCCATACTCATCAGTTTAAAGCTTACAAG
CATGAAGGAGGGGTTGTGATAAATCCTGGCTCAGCAACAGGTGCCTATAGTAGCATAACATATGATGTTAATCCCAGTTTTGTCCTGATGGACATTGATGGCCTGAGAGTAGTGGTTTATGTTTATGAACTCATTGATGGGGAAGTAAAGGTAGACAAAATTGACTTTAAAAAATCACCAACATCCCAGTAGTGCATTAT
TCCATAGAAGAAAATTACACTGGTCTATGGTAGATTTGGGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACTGGGGTACAAGAAACTGGATATGCTTTATACTTTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTGCTGGGGATAAAGTTAAAACCCCTTGTTTGTTTGGTGGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTT
TACTTGTTGCTGAACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTGAACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACAGGGTACAAGGAACTGGATATGCTTTATATATTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTCTTACTAC
TACGGATGCAATGCTAAAACCCCTTGTTTGTTTTTGTGGAAAAA

>TRINITY_DN105886_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAAACACGAACGACTAAAGTGACCAATTTATTGTCGTAAAGTCGAAACGACTCTTATTTGCCAGCATGCTTCTCCCACCCACTGTAATACTCATTTAGATCTGCAAATTCAAAGGATTTAGCTCGGAGAAGCTGCGACGAATCTATTCTCGACGTTTCTCCCTCTCCAGgtactcggtagtgttatttcagactttata
gggcattagcaatgccgtaccagttttcaaattcaattccgcaagctgttaagttttggccactgatctcgggctcttcttaccttattcatgttatcggatgatgaaattgtatgatttttctaatgcctagtgtaatgattatgattgattgacagCAAAACATATTGTTGTGAAGGGCATTGAGATTATCATAGCAA
AATCTGAATAGAAGAGATGGTGTTGGTACTAGCTCTGGGTGACCTGCATATTCCGCATAGGGCACCTGACTTGCCCACTAAATTTAAATCTATGCTTGTACCCGGAAAAATCCAGCACATTATTAGCCCTGGAAATCTTTGCATCAAGGAAGTTTATGACTACTTGAAGAGTCTTTGTCCAGACTTGCATGTGACTCGGG
GTGAGTATGATGAGGATCCACGTTACCCAGAAACCAAAACACTTACAATTGGACAGTTCAAGCTTGGGCTTTGCCATGGCCATCAGGTAATTCCTTGGGGAGATCTTGATTCCTTAGCAATGCTGCAGCGCCAGTTAGATGTGGACATTCTTATTACGGGCCATACTCATCAGTTTAAAGCTTACAAGCATGAAGGAGGG
GTTGTGATAAATCCTGGCTCAGCAACAGGTGCCTATAGTAGCATAACATATGATGTTAATCCCAGTTTTGTCCTGATGGACATTGATGGCCTGAGAGTAGTGGTTTATGTTTATGAACTCATTGATGGGGAAGTAAAGGTAGACAAAATTGACTTTAAAAAATCACCAACATCCCAGTAGTGCATTATTCCATAGAAGAA
AATTACACTGGTCTATGGTAGATTTGGGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACTGGGGTACAAGAAACTGGATATGCTTTATACTTTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTGCTGGGGATAAAGTTAAAACCCCTTGTTTGTTTGGTGGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTG
AACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTGAACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACAGGGTACAAGGAACTGGATATGCTTTATATATTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTCTTACTACTACGGATGCAAT
GCTAAAACCCCTTGTTTGTTTTTGTGGAAAAA

Intron 2 GTACTCGGTA ... TGTTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.81	80	12	25
A2	31.43	72	7.2	33
A3	20.66	96	10.4	25
A4	29.79	99	17.8	42
A5	21.43	55	7.2	15
A6	25.07	568	56	190
A7	26.92	456	36.8	168
A8	27.03	297	32.8	110
A9	26.62	408	49.6	148
A10	27.36	393	36	148

>TRINITY_DN105886_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AAAAACACGAACGACTAAAGTGACCAATTTATTGTCGTAAAGTCGAAACGACTCTTATTTGCCAGCATGCTTCTCCCACCCACTGTAATACTCATTTAGATCTGCAAATTCAAAGGATTTAGCTCGGAGAAGCTGCGACGAATCTATTCTCGACGTTTCTCCCTCTCCAGGGCATTGAGATTATCATAGCAAAATCTGAA
TAGAAGAGATGGTGTTGGTACTAGCTCTGGGTGACCTGCATATTCCGCATAGGGCACCTGACTTGCCCACTAAATTTAAATCTATGCTTGTACCCGGAAAAATCCAGCACATTATTAGCCCTGGAAATCTTTGCATCAAGGAAGTTTATGACTACTTGAAGAGTCTTTGTCCAGACTTGCATGTGACTCGGGGTGAGTAT
GATGAGGATCCACGTTACCCAGAAACCAAAACACTTACAATTGGACAGTTCAAGCTTGGGCTTTGCCATGGCCATCAGGTAATTCCTTGGGGAGATCTTGATTCCTTAGCAATGCTGCAGCGCCAGTTAGATGTGGACATTCTTATTACGGGCCATACTCATCAGTTTAAAGCTTACAAGCATGAAGGAGGGGTTGTGAT
AAATCCTGGCTCAGCAACAGGTGCCTATAGTAGCATAACATATGATGTTAATCCCAGTTTTGTCCTGATGGACATTGATGGCCTGAGAGTAGTGGTTTATGTTTATGAACTCATTGATGGGGAAGTAAAGGTAGACAAAATTGACTTTAAAAAATCACCAACATCCCAGTAGTGCATTATTCCATAGAAGAAAATTACAC
TGGTCTATGGTAGATTTGGGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACTGGGGTACAAGAAACTGGATATGCTTTATACTTTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTGCTGGGGATAAAGTTAAAACCCCTTGTTTGTTTGGTGGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTGAACTGAGA
CTTTTGTGGTAGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTGAACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACAGGGTACAAGGAACTGGATATGCTTTATATATTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTCTTACTACTACGGATGCAATGCTAAAAC
CCCTTGTTTGTTTTTGTGGAAAAA

>TRINITY_DN105886_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:

AAAAACACGAACGACTAAAGTGACCAATTTATTGTCGTAAAGTCGAAACGACTCTTATTTGCCAGCATGCTTCTCCCACCCACTGTAATACTCATTTAGATCTGCAAATTCAAAGGATTTAGCTCGGAGAAGCTGCGACGAATCTATTCTCGACGTTTCTCCCTCTCCAGgtactcggtagtgttatttcagactttata
gggcattagcaatgccgtaccagttttcaaattcaattccgcaagctgttaagttttggccactgatctcgggctcttcttaccttattcatgttatcggatgatgaaattgtatgatttttctaatgcctagtgtaatgattatgattgattgacagcaaaacatattgttgtgaagGGCATTGAGATTATCATAGCAA
AATCTGAATAGAAGAGATGGTGTTGGTACTAGCTCTGGGTGACCTGCATATTCCGCATAGGGCACCTGACTTGCCCACTAAATTTAAATCTATGCTTGTACCCGGAAAAATCCAGCACATTATTAGCCCTGGAAATCTTTGCATCAAGGAAGTTTATGACTACTTGAAGAGTCTTTGTCCAGACTTGCATGTGACTCGGG
GTGAGTATGATGAGGATCCACGTTACCCAGAAACCAAAACACTTACAATTGGACAGTTCAAGCTTGGGCTTTGCCATGGCCATCAGGTAATTCCTTGGGGAGATCTTGATTCCTTAGCAATGCTGCAGCGCCAGTTAGATGTGGACATTCTTATTACGGGCCATACTCATCAGTTTAAAGCTTACAAGCATGAAGGAGGG
GTTGTGATAAATCCTGGCTCAGCAACAGGTGCCTATAGTAGCATAACATATGATGTTAATCCCAGTTTTGTCCTGATGGACATTGATGGCCTGAGAGTAGTGGTTTATGTTTATGAACTCATTGATGGGGAAGTAAAGGTAGACAAAATTGACTTTAAAAAATCACCAACATCCCAGTAGTGCATTATTCCATAGAAGAA
AATTACACTGGTCTATGGTAGATTTGGGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACTGGGGTACAAGAAACTGGATATGCTTTATACTTTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTGCTGGGGATAAAGTTAAAACCCCTTGTTTGTTTGGTGGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTG
AACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAAGTTTTGAGGTGAGCTAGATAATTGATTTTTTTTACTTGTTGCTGAACTGAGACTTTTGTGGTAGATTTGAGTTGCATTAAGTTGGTAACCCTTACAGGGTACAAGGAACTGGATATGCTTTATATATTAGCTTTCCTATAATCCATTGTTACTCTTACTACTACGGATGCAAT
GCTAAAACCCCTTGTTTGTTTTTGTGGAAAAA