sp|F4KD38|NRPC2_ARATH ----> DNA-directed RNA polymerase III subunit 2
Intron 1 GTTTGTGTTT ... CAATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.21 | 91 | 7 | 5 |
| A2 | 8.43 | 76 | 1 | 7 |
| A3 | 7.35 | 63 | 1 | 5 |
| A4 | 4.08 | 47 | 0 | 2 |
| A5 | 19.05 | 34 | 0 | 8 |
| A6 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A7 | 3.7 | 26 | 0 | 1 |
| A8 | 20 | 4 | 0 | 1 |
| A9 | 4 | 24 | 0 | 1 |
| A10 | 7.14 | 39 | 0 | 3 |
>TRINITY_DN134039_c2_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGCCCTGGTTTGGTCGTGACGCCGTCTGGGTCAGGGATATTGAGACTTAATTTTAGTGAGATAGCTGGTGCCTTCGAGAGATTCAGAGCAAAATGGGTCAAGATAAGGAGTTGTTTGGTTCCAAAAACCTAGAAGCTCCTGTTAAAACTGCAGTAGATAAATTTCAGCTGCTTCCAGCATTTCTCAAGGTTAGAGGACTCG
TAAAACAGCACATCGATTCATTCAACTATTTTGTGAACCATGAGATTAAGAAGATTATTCACGCAAAAGCAAATGAAAAAGTCTCAAGTGATGTTAATCCTAATTTTTATCTCAAGTATACAGATATACATGTGGGTATGCCTTGTGTGGAGCAAGATTACATTTTGGAGTCAATCACACCACACCAATGTCGATTAAGG
GATATGACATATTCTGCACCAATCAGCGTTGACGTAGAGTACACTAGAGGAAATGAGATTGTTCAACGGAAGGGGAAGGGAGCCCTTACAATTGGAAGAATGCCTATAATGCTACGGAGTTGCCGTTGTGTGCTCACTGGCAAAAACGAGGCTGAACTTGCACAGCTTGGTGAATGCCCTCTTGATCCAGGAGGCTATTT
TGTTGTTAAGGGGACTGAGAAGGTCATTTTAATTCAGGAACAACTCTCAAAAAACCGAATAATAATTGATACTGACAGTAGTGGAAGTGTTACAGCATCCGTTACCAGTAGTACCCATGAAAGAAAAAGTAAGACGAACATTATTGTTAAGCATGAGCGAATATATTTACGGCTGAACACCTTCACGGATGATGTTCCAA
TTGTTGCTGTCTTAAAGGCTATGGGCACGGAAAGTGATCAAGAAATTGTACAAATGGTAGGAAGGGATCCAAAATTTGCAGGCATACTCGCCCCATCGTTGCAGGAGTGTGCTTCTCTGGGAATCTATACACAACAACATGCACTGGAGTATCTTGGAACAAAGGTGAAAAGCTTGAGACCATCTTGGGTGAAGGCAGAA
CGATCAAAGGTTGATGAAGCTCGGGATATCCTTCTTAATGTCTTCCTTGCAAATGTGCCGGTATATCAATATAATTTTCGGCCAAAATGTATATATGTTGCTGTCATGTTAAGACGGATGTTGGAGGCCATGCTTAATTCAGATGCCATCGATGATAAGGTATGGTGAATGGAGTTTGAAGGTATTGGCCAGAAAAGTAG
TTTTCGCA
>TRINITY_DN134039_c2_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGACTGTAATATGAATATATGGAAAACACATGATAACAATGCAAACTTTGAAATAATCTTGTAAATAATAAGTGTGAGTTTTTTATAACTGTGGTCTGTATGTTTGAAATGAGTGGCAGGTTGTTTGGTTCCAAAAACCTAGAAGCTCCTGTTAAAACTGCAGTAGATAAATTTCAGCTGCTTCCAGCATTTCTCAAGgt
ttgtgtttttgtttttgtctggcttcatgctttttccttttatgggaatggactttttggcataatagtttcaattttcagGTTAGAGGACTCGTAAAACAGCACATCGATTCATTCAACTATTTTGTGAACCATGAGATTAAGAAGATTATTCACGCAAAAGCAAATGAAAAAGTCTCAAGTGATGTTAATCCTAATTT
TTATCTCAAGTATACAGATATACATGTGGGTATGCCTTGTGTGGAGCAAGATTACATTTTGGAGTCAATCACACCACACCAATGTCGATTAAGGGATATGAC
Intron 2 GTATGTTTGA ... TCTGCTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.91 | 55 | 9 | 12 |
| A2 | 14.55 | 47 | 9.5 | 8 |
| A3 | 26.98 | 46 | 15 | 17 |
| A4 | 28.3 | 38 | 9.5 | 15 |
| A5 | 22.58 | 24 | 4 | 7 |
| A6 | 0 | 8 | 0.5 | 0 |
| A7 | 25.81 | 23 | 2 | 8 |
| A8 | 14.29 | 6 | 1 | 1 |
| A9 | 17.39 | 38 | 6 | 8 |
| A10 | 27.59 | 21 | 2.5 | 8 |
>TRINITY_DN122476_c3_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCCCATTTAAAATCGCACTCCACTATTCAAAGAGGGAGAAAGGGCGAGTTCCCTTTGCGCTTCACGTCGAAGTTTTACCCAGCTGTGATTTTTGTGCTCCCCGGAAGGCGAACTTGCAGACTCGAGGGAAGTCGCACCAATCCAAAGTCCCAGTCCTTAGCTGCCATATTTCATTGAAGGGCGAATTCATATGTTAGGGAG
CATCATCTATTTCTATGGTGGTTGAATAAGCGTTTGAGAGTGGGCTCTGTGGTAGAGAGGCGCACTTGCTTTCATTTCCGTACTGTTACTGCTTGCCTTCGGAAATATATATACATATATCAGATTTGAAGTGGACGGAGAAATGATATATTGTGAAGTTGGGGCGCCATAGAGAAATACGAAGGGGACATATCAGTCTG
AAGATCACAACCTTGGAAGAAGCCGCTACAGTTGAGGAGGGCGCATCCTTAACTTATTTTATCAGTTATCTGTTGGAACTCGTGCTGCTACAGGAGTGACTTCATCTCTGTCCAAGTTCATCAGTTATCTGTTGGAACTCGTGCTGCTACAGGAGTGACTTCATCTCTGTCCAAGTTCATTAGTTATTTGTCAGGGATCT
ACTTGTTAAAAGAGGTTGGAACGGCTGACTGTAGGTGAAATCGTCCAGAAGGCTGAGTATTCTCAGCATGCTACAGGCTACCATCTACTGAAGGGCTGTTGGATAAAGTCTGAATTGTTATATTGCATTAAACCAATAATCTACAGCACTGTACACTTTCTTTCTTGCGTTGGAATAAGGATATTGAGACTTAATTTTAG
TGAGATAGCTGGTGCCTTCGAGAGATTCAGAGCAAAATGGGTCAAGATAAGGAGTTGTTTGGTTCCAAAAACCTAGAAGCTCCTGTTAAAACTGCAGTAGATAAATTTCAGCTGCTTCCAGCATTTCTCAAGGTTAGAGGACTCGTAAAACAGCACATCGATTCATTCAACTATTTTGTGAACCATGAGATTAAGAAGAT
TATTCACGCAAAAGCAAATGAAAAAGTCTCAAGTGATGTTAATCCTAATTTTTATCTCAAGTATACAGATATACATGTGGGTATGCCTTGTGTGGAGCAAGATTACATTTTGGAGTCAATCACACCACACCAATGTCGATTAAGGGATATGACATATTCTGCACCAATCAGCGTTGACGTAGAGTACACTAGAGGAAATG
AGATTGTTCAACGGAAGGGGAAGGGAGCCCTTACAATTGGAAGAATGCCTATAATGCTACGGAGTTGCCGTTGTGTGCTCACTGGCAAAAACGAGGCTGAACTTGCACAGCTTGGTGAATGCCCTCTTGATCCAGGAGGCTATTTTGTTGTTAAGGGGACTGAGAAGGTCATTTTAATTCAGGAACAACTCTCAAAAAAC
CGAATAATAATTGATACTGACAGTAGTGGAAGTGTTACAGCATCCGTTACCAGTAGTACCCATGAAAGAAAAAGTAAGACGAACATTATTGTTAAGCATGAGCGAATATATTTACGGCTGAACACCTTCACGGATGATGTTCCAATTGTTGCTGTCTTAAAGGCTATGGGCACGGAAAGTGATCAAGAAATTGTACAAAT
GGTAGGAAGGGATCCAAAATTTGCAGGCATACTCGCCCCATCGTTGCAGGAGTGTGCTTCTCTGGGAATCTATACACAACAACATGCACTGGAGTATCTTGGAACAAAGGTGAAAAGCTTGAGACCATCTTGGGTGAAGGCAGAACGATCAAAGGTTGATGAAGCTCGGGATATCCTTCTTAATGTCTTCCTTGCAAATG
TGCCGGTATATCAATATAATTTTCGGCCAAAATGTATATATGTTGCTGTCATGTTAAGACGGATGTTGGAGGCCATGCTTAATTCAGATGCCATCGATGATAAGGATTACGTGGGTAATAAACGACTGGAGCTTGCGGGTCAGTTAATTGCTTTGCTCTTTGAGGATTTGTTCAAGCGTATGAACTCAGATATCAAAAGG
ACGGTTGATACTACATTTTCAAAGCAGATTCGGGCAACCCAATTCGATGTTGCAAAGGTTATACGGCATGACATGCTTTCTGTAGGATTAGAGCATGCTATTTCCAGTGGAAACTGGACTGTTAAGCGATTCCGAATGGAGAGGAAAGGTGTCACACAGATTGTTTCTAGGTTGTCATTTATAGCAGCACTGGGACATAT
GACAAGAATTTCGTCTCAGTTTGAAAAGACCCGGAAAGTTAGTGGGCCAAGGGCTCTCCAGCCAAGCCAGTGGGGCATGCTTTGCCCATGCGATACTCCTGAAGGAGAAGCATGTGGACTTGTAAAAAACCTTGCATTGATGACTCATGTCACAACTGATGAAGAAGAGGGTCCTCTTATTTCACTGTGCAATTCTCTCG
GAGTAGAAGATTTGAGCTTGCTTTCTGCTGAAGAACTCCATTTACCAAAGACATATTTGGTTATTTTTAACGGGCTTATTCTTGGTGTACATCGGCGACCACAGCGATTTGCAAATGCTCTGAGGAAGCTACGACGAGCTGGTAAAATTGGAGAGTTTGTGAGCGTATTTGTGAACGTAAAACAGCACTGTGTGTATGTT
GCTTCAGATGGTGGCCGTGTTTGTCGACCATTGGTGATTGCTGACAAAGGTGTTTCTAGAATAAAGGAACATCACATGAAAGAATTGAAGGATGGCTTTCGAACATTTGATGATTTCCTACGAGAGGGTTTGGTGGAATATCTCGATGTTAATGAGGAAAACAATGCACTGGTTGCACTGTATGAAGGGGAAGCAACACC
TTCCACTACTCATATAGAGATTGAGCCTTTCACTATTCTCGGTGTTTGTGCTGGACTTATTCCTTTCCCACACCACAACCAGTCACCAAGGAATACTTACCAGTGTGCCATGGGGAAGCAAGCAATGGGCAACATAGCTTACAATCAGTTATGCAGGATGGACACTCTACTCTATATGTTGGTGTATCCTCAACGGCCTC
TTCTGACAACAAAGACGATAGAACTGGTTCAATATGACAAACTTGGAGCTGGTCAGAATGCAACAGTGGCTGTGATGAGTTATAGTGGCTATGATATTGAGGACGCCATTGTGATGAACAAGTCTTCTCTTGATCGTGGATTTGGGCGTTGCATTGTGATGAAAAAGTATTCAGCATCCATTAAGAAGTATACGAATCGT
ACTCAGGATAGAATTGTCAGGCCTGCAATGGCATCAAGTGGGAAAGTTGATACTCGTTTTCAGATCCTAGACAATGACGGGATTGCAGCTCCAGGTGAAATAATAAGATCCCGTGATATATACATAAATAAGCAGACCCCTATAAATGTTAGGGGTGATGTGCCAAATCCAATGGCATTACCAGACAGTGCATACAAGTT
CACTCCGCAAAGTCACAAGACGCAGGAGTCTGCTGTTGTAGATAAAGTGTTGCTGACAAGCAATGATGAAAATCTTCTTAACATAAAGTTTTTATTCCGACATACACGTAGGCCTGAGCTTGGTGACAAATTTAGCAGCAGACATGGACAGAAAGGTGTCTGTGGCACTATTGTTCAGCAGGAAGATTTTCCATTTTCTG
AACGTGGTATTTGCCCAGATTTGATTATGAACCCTCACGGATTTCCAAGTCGAATGACAATTGGGAAGATGATTGAATTACTTGGTGGGAAAGCCGGTGTTTTGTGTGGGAAATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAACCAAGTGGTCATGCTGACAGAGTTGAAACTATCAGTGCCACTCTTGTGAAGCATGGGTTC
AGCTATAGTGGTAAAGATTTTATATATTCAGGTATCACAGGATATCCGCTTCAAGCATATATATTTATGGGTCCTATCTATTATCAGAAGCTCAAGCACATGGTTGTGGATAAGATGCATGCTCGAGCCAGTGGCCCAAGAGTGATGTTGACACGACAACCCACTGAGGGAAGAAGTCGTGAGGGAGGATTGCGACTAGG
AGAAATGGAGCGTGATTGTTTGATAGCATATGGTGCAAGTATGATGATATTGGAACGATTGATGATATCAAGTGACCAATTTGAAGTACAGGTTTGTACAAAATGTGGTTTACTCGGATACTATAACCAAAAACTCAAGATGGCGTATTGTTCCACGTGCAAAAATGGGGAAAACATATCTACCATGAAACTGCCTTATG
CTTGCAAACTTTTGTTTCAGGAATTGCAATCCATGAACATTGTACCTCGCTTGCAACTGGCAGAAGCATGACATAATAAAATTTCTGGAGCATAGAACTCAGATAACAGCGAAATTGGAGGATTGCAACATTTAACAACCCACTTTATCCAAGATGTACCATATTTTCCCATTTTGTGAATAGACTAATCTTTAAAGTTT
AGAGAGTTCAAGTAAATGAATTTTTTAAGCGATTATTTTGGAGAGTGGTAACTGCTTTCAAGAAAAAGTTGAGCAGTACAACTTTTGTTCTGTTTTGCCGATTGCATATTCAGCATTGTATGTTCTATTGCTATTTAACGTCTATGCAGTACATTAGCCAAGCTTATTTTCATATGGATATGAAAAAAAGGCATCAATAT
AAAGGTTATTGAAATGCTTGATAACCTGGGTCATCTAAAACAGGAAAATGGGAACATTGCGAAGATGAATATTGTCAAAAATTCTAGTACCGGTACTGATATGCCAATTTGGTACTGGTATATGGACTGGAGGGCCGTTCTGTATTCCAGTTTGTGGCCTGATCCACCTGTATAAATATGCATGTAGATGTTGCATTTTA
TTTAAATGCTACAAAATTTTCAGTTTTGTATAATATTTACAAAATTGTGTATAATTCATCAATTATTTGTTTACATTTCCTTTCAATGATATTATCTTTCTCACTCCATTTATTGCATCGAGAGGAATGAGGAGCTCTACAGCCCAGTATGGGGGAGATGTTGTCACGTAATGTAACGTTACACTACATTACCAAAAATA
AAA
>TRINITY_DN122476_c3_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGGGGAGGGGTTTAGTAAAATGCTGAATCTTTAGCATTTTCATTTTGTATGTAATTGTTGATGCCTGTCCTTTTGTCTGTGTTTTGTTTTCATTGCTGGGGAATATTTTTAAGAATAAGAGCCTATAGGAATTCAAACCGAGTTTTGGCTGGAAGTGTTCCAAATAGTTCATATTGGTTAGGTCATAAACTGTAATACGT
AGTATTTGCATTCAGGAATGATCTGATGATGCTTTTCTGTGTTTTTGAATCAGTGTTACAGCATCCGTTACCAGTAGTACCCATGAAAGAAAAAGTAAGACGAACATTATTGTTAAGCATGAGCGAATATATTTACGGCTAAACACCTTCACGGATGATgtatgtttgagtacatatttccatttcctaaatattgctct
tgttgagtgattctcaatgaataagtttttatatcagcttgataaattcaaatttgcaaacttttatgaatagtacttttagtcaagatattgttattatagttactattaagatttctgctgtagGTTCCAATTGTTGCTGTCTTAAAGGCTATGGGCACGGAAAGTGATCAAGAAATTGTACAAATGGTAGGAAGGGA
TCCAAAATTTGCAGGCATACTCGCCCCATCGTTGCAGGAGTGTGCTTCTCTGGGAATCTATACACAACAACATGCACTGGAGTATCTTGGAACAAAGGTGAAAAGCTTGAGACCATCTTGGGTGAAGGCAGAACGATCAAAGGTTGATGAAGCTCGGGATATCCTTCTTAATGTCTTCCTTGCAAATGTGCCGGTATATC
AATATAATTTTCGGCCAAAATGTATATATGTTGCTGTCATGTTAAGACGGATGTTGGAGGCCATGCTTAATTCAGATGCCATCGATGATAAGGATTACGTGGGTAATAAACGACTGGAGCTTGCGGGTCAGTT
Intron 3 GTAGGTGTCT ... GGCAAATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.95 | 59 | 0 | 24 |
| A2 | 12.77 | 27.3 | 0 | 4 |
| A3 | 10.27 | 43.7 | 0 | 5 |
| A4 | 20.3 | 35.3 | 0 | 9 |
| A5 | 21.95 | 32 | 0 | 9 |
| A6 | 13.73 | 25.3 | 0 | 4 |
| A7 | 22.72 | 47.7 | 0 | 14 |
| A8 | 9.93 | 36.3 | 0 | 4 |
| A9 | 12.25 | 28.7 | 0 | 4 |
| A10 | 25.37 | 50 | 0 | 17 |
>TRINITY_DN134039_c2_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformATTTTTGAATAGTTGAATGCCAGATATGATTTAATAGATGCCTAGGAACATAAAGACCGATTGTCGAGGAAACTAATGCAATGATATGATTGTTCTTGCAGGTTATACGGCATGACATGCTTTCTGTAGGATTAGAGCATGCTATTTCCAGTGGAAACTGGACTGTTAAGCGATTCCGAATGGAGAGGAAAGGTGTCACA
CAGATTGTTTCTAGGTTGTCATTTATAGCAGCACTGGGACATATGACAAGAATTTCGTCTCAGTTTGAAAAGACCCGGAAAGTTAGTGGGCCAAGGGCTCTCCAGCCAAGCCAGTGGGGCATGCTTTGCCCATGCGATACTCCTGAAGGAGAAGCATGTGGACTTGTAAAAAACCTTGCATTGATGACTCATGTCACAAC
TGATGAAGAAGAGGGTCCTCTTATTTCACTGTGCAATTCTCTCGGAGTAGAAGATTTGAGCTTGCTTTCTGCTGAAGAACTCCATTTACCAAAGACATATTTGGTTATTTTTAACGGGCTTATTCTTGGTGTACATCGGCGACCACAGCGATTTGCAAATGCTCTGAGGAAGCTACGACGAGCTGGTAAAATTGGAGAGT
TTGTGAGCGTATTTGTGAACGTAAAACAGGTATTATTGAATCTTTGTTTTAATGTTACAGAAATCATAGATGCAAGAATCTACTTGTAATTTAATGTTGTTGGACAACAGTGATTGTGCTAAGGATGTTGAAAGGCAATTTGGATGAGATTTTTGAAAAGTTAAACATTTGTAGCTTTGCAACCATTAACATGATGTGCC
TATAGGGTGTAGTTAAGATTTTAATGAGCTTTGCATTTATTTTGCAAAAATACAATGTCGAAGGAGGGGGGGACATATTATTGAAAAATACTAGGGCATTATCTTGCAAGAGAACTGAACCCTTACAACTTTCTTAGGTTCTTGACACTAGATAATTTTATGTCATTATCATGAACCATGCTGCTTCTTTACAATTACTG
TTAAGCTTTTTAGCCAAAATCAAATTGCTGGATTTTGCATCTGTAAAGCAAAGTAGTAAACATAAATGGAAGTGTAGCTTTTTTTGGATGATGTGAATGAAAATTACTAAGCTAAACTTTAAGTAAATCTCTGAAAATTAAGGTTGCTTCATAAAATTAACTAAATAACTATTGATCTAGCTCATATAACAGAGTTAACG
TACTGTAATAAACATGGCATGAACCAGATTTT
>TRINITY_DN134039_c2_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGAGAGGAAAGGTGTCACACAGgtaggtgtctgatgtcatactttttccggaactgccgtttattttatttagaatgtgtaaacatcttatactatgaggatgctattaaatgtcatcaattgatatgttgtatcattgatgtgttgtagcaatttgttcttatttgtctgttccttttaatttataactcattatgaa
attcattttttgatgttttatacagatttgtttgttttttttggttggcaaattagATTGTTTCTAGGTTGTCATTTATAGCAGCACTGGGACATATGACAAGAATTTCGTCTCAGTTTGAAAAGACCCGGAAAGTTAGTGGGCCAAGGGCTCTCCAGCCAAGCCAGTGGGGCATGCTTTGCCCATGCGATACTCCTGAA
GGAGAAGCATGTGGACTTGTAAAAAACCTTGCATTGATGACTCATGTCACAACTGATGAAGAAGAGGGTCCTCTTATTTCACTGGTATGCTTTTTATTTTTTTTTATAATGAAAATGCAGTGTATCTTGATTAATCTTAGGATTTCCTTTTCTTAATGTATTGCTGTGAGCCATGTTACTTTTTCTGATGTATCTCTATT
TGGTACATGTAAAGAATGCTGATTAGAGCAGAACATTGTGGTTCTGTTGCTTGTCTTTAATCTGTCTCATTTTCTGTTTAAAAACAAATCATAGTATTTA
Intron 4 GTAGTGCTTG ... CAATATGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.82 | 95.9 | 2 | 44.5 |
| A2 | 26.79 | 61.5 | 1 | 22 |
| A3 | 25.72 | 61.4 | 4.3 | 21 |
| A4 | 35.19 | 53.9 | 0 | 29 |
| A5 | 33.41 | 38 | 0.3 | 19 |
| A6 | 38.17 | 9.8 | 0 | 6 |
| A7 | 28.62 | 35.4 | 0 | 14 |
| A8 | 23.01 | 6.8 | 0 | 2 |
| A9 | 28.86 | 15.1 | 0 | 6 |
| A10 | 27.64 | 27.1 | 0 | 10 |
>TRINITY_DN134039_c2_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGCCCTGGTTTGGTCGTGACGCCGTCTGGGTCAGGGATATTGAGACTTAATTTTAGTGAGATAGCTGGTGCCTTCGAGAGATTCAGAGCAAAATGGGTCAAGATAAGGAGTTGTTTGGTTCCAAAAACCTAGAAGCTCCTGTTAAAACTGCAGTAGATAAATTTCAGCTGCTTCCAGCATTTCTCAAGGTTAGAGGACTCG
TAAAACAGCACATCGATTCATTCAACTATTTTGTGAACCATGAGATTAAGAAGATTATTCACGCAAAAGCAAATGAAAAAGTCTCAAGTGATGTTAATCCTAATTTTTATCTCAAGTATACAGATATACATGTGGGTATGCCTTGTGTGGAGCAAGATTACATTTTGGAGTCAATCACACCACACCAATGTCGATTAAGG
GATATGACATATTCTGCACCAATCAGCGTTGACGTAGAGTACACTAGAGGAAATGAGATTGTTCAACGGAAGGGGAAGGGAGCCCTTACAATTGGAAGAATGCCTATAATGCTACGGAGTTGCCGTTGTGTGCTCACTGGCAAAAACGAGGCTGAACTTGCACAGCTTGGTGAATGCCCTCTTGATCCAGGAGGCTATTT
TGTTGTTAAGGGGACTGAGAAGGTCATTTTAATTCAGGAACAACTCTCAAAAAACCGAATAATAATTGATACTGACAGTAGTGGAAGTGTTACAGCATCCGTTACCAGTAGTACCCATGAAAGAAAAAGTAAGACGAACATTATTGTTAAGCATGAGCGAATATATTTACGGCTGAACACCTTCACGGATGATGTTCCAA
TTGTTGCTGTCTTAAAGGCTATGGGCACGGAAAGTGATCAAGAAATTGTACAAATGGTAGGAAGGGATCCAAAATTTGCAGGCATACTCGCCCCATCGTTGCAGGAGTGTGCTTCTCTGGGAATCTATACACAACAACATGCACTGGAGTATCTTGGAACAAAGGTGAAAAGCTTGAGACCATCTTGGGTGAAGGCAGAA
CGATCAAAGGTTGATGAAGCTCGGGATATCCTTCTTAATGTCTTCCTTGCAAATGTGCCGGTATATCAATATAATTTTCGGCCAAAATGTATATATGTTGCTGTCATGTTAAGACGGATGTTGGAGGCCATGCTTAATTCAGATGCCATCGATGATAAGGTATGGTGAATGGAGTTTGAAGGTATTGGCCAGAAAAGTAG
TTTTCGCA
>TRINITY_DN134039_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCCCTAATGGTTGGGCTGTGCTTGAGTGGGGCATGAAATGTGAGTGTTATGTTTCTAATCACGATCATTTATCTATAATATATTAATCTGTCAGTCATTTGTTTGCGTAGGAAATAACATATTCAAATGTTTTCAGCATTAAATAATTTATTACCATGTTCATATTTCCATAAGTTAGACTGAACTTGGAGAGAAAAGAA
TAAAGCAGCAACTGCAACTACAATGCATTTTTCTCAAAATGATATTTAATTGGTTTGACATGAGGTACACTAATTCTTACAGATATTCTGCACCAATCAGCGTTGACGTAGAGTACACTAGAGGAAATGAGATTGTTCAACGGAAGGGGAAGgtagtgcttgtggttttgctttatttgcacatctggggagttgtttca
cagctttagtagcttatcatagtccacatgctaatgctttcaatatgtagGGAGCCCTTACAATTGGAAGAATGCCTATAATGCTACGGAGTTGCCGTTGTGTGCTCACTGGCAAAAACGAGGCTGAACTTGCACAGCTTGGTGAATGCCCTCTTGATCCAGGAGGCTATTTTGTTGTTAAGGGGACTGAGAAGGTCATT
TTAATTCAGGAACAACTCTCAAAAAACCGAATAATAATTGATACTGACAGTAGTGGAAGTGTTACAGCATCCGTTACCAGTAGTACCCATGAAAGAAAAAGTAAGACGAACATTATTGTTAAGCATGAGCGAATATATTTACGGCTGAACACCTTCACGGATGATGTTCCAATTGTTGCTGTCTTAAAGGCTATGGGCAC
GGAAAGTGATCAAGAAATTGTACAAATGGTAGGAAGGGATCCAAAATTTGCAGGCATACTCGCCCCATCGTTGCAGGAGTGTGCTTCTCTGGGAATCTATACACAACAACATGCACTGGAGTATCTTGGAACAAAGGTGAAAAGCTTGAGACCATCTTGGGTGAAGGCAGAACGATCAAAGGTTGATGAAGCTCGGGATA
TCCTTCTTAATGTCTTCCTTGCAAATGTGCCGGTATATCAATATAATTTTCGGCCAAAATGTATATATGTTGCTGTCATGTTAAGACGGATGTTGGAGGCCATGCTTAATTCAGATGCCATCGATGATAAGGATTACGTGGGTAATAAACGACTGGAGCTTGCGGGTCAGTTAATTGCTTTGCTCTTTGAGGATTTGTTC
AAGCGTATGAACTCAGATATCAAAAGGACTGTTGATACTACATTTTCAAAGCAGATTCGGGCAACCCAATTCGATGTTGCAAAGGTGGGTCACGTTACTGGTTTTTTAATGTGCCAATTGAAACTTTTCAGGCTCTAGTTTTAAATTTCAAATTGCACAATACAGTAAATAGAGTTGCAGGAAGTTAGAACAGAAATTCT
GTTATTTGCTATGCTAAAAGTAGCAAACCATGACTTAATCCATCC
Intron 5 GTTCCGTGCA ... GGGTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.85 | 69 | 10 | 16 |
| A2 | 26.9 | 53 | 19 | 20 |
| A3 | 14.52 | 53 | 4 | 14 |
| A4 | 17.65 | 35 | 10 | 5 |
| A5 | 16.67 | 10 | 1 | 3 |
| A6 | 16.13 | 143 | 19 | 36 |
| A7 | 19.79 | 154 | 26 | 50 |
| A8 | 17.67 | 261 | 51 | 61 |
| A9 | 16.49 | 195 | 24 | 53 |
| A10 | 16.29 | 149 | 16 | 42 |
>TRINITY_DN121493_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformATTTTTTTGTCGCCCATTTCCGTGTTCTCTTCTCATTTCGTTGCCCGCCTTTGTTGCAAACCTTGTTCGTTGCTCCCGAGTCCCGACTCCCCTGCTCGTCCGGAGTCCGCTACGTTCAGCATTGTGCACGCTGCCACGCACCAGCAGACTGCAGTCCAGGCTTCCGCTTCACGTTGATTCGAATTTGTAGGTGAGTCACA
CTCGTGAGTGCTGAGTCGAGAGTTCGAGACTACTCCCAGTCCTGGTAGGTGGTCCCCGGAGTGACTGTGTCTGCAGTAGTTACATTGCAGCCGTCGAGTGCCCACTGTCAGGCTTCCAGCCGCTCGGTGGAGCTCCTACAGCCCTGGTTTGGTCGTGACGCCGTCTGGGTCAGGGATATTGAGACTTAATTTTAGTGAGA
TAGCTGGTGCCTTCGAGAGATTCAGAGCAAAATGGGTCAAGATAAGGAGTTGTTTGGTTCCAAAAACCTAGAAGCTCCTGTTAAAACTGCAGTAGATAAATTTCAGCTGCTTCCAGCATTTCTCAAGGTTAGAGGACTCGTAAAACAGCACATCGATTCATTCAACTATTTTGTGAACCATGAGATTAAGAAGATTATTC
ACGCAAAAGCAAATGAAAAAGTCTCAAGTGATGTTAATCCTAATTTTTATCTCAAGTATACAGATATACATGTGGGTATGCCTTGTGTGGAGCAAGATTACATTTTGGAGTCAATCACACCACACCAATGTCGATTAAGGGATATGACATATTCTGCACCAATCAGCGTTGACGTAGAGTACACTAGAGGAAATGAGATT
GTTCAACGGAAGGGGAAGGGAGCCCTTACAATTGGAAGAATGCCTATAATGCTACGGAGTTGCCGTTGTGTGCTCACTGGCAAAAACGAGGCTGAACTTGCACAGCTTGGTGAATGCCCTCTTGATCCAGGAGGCTATTTTGTTGTTAAGGGGACTGAGAAGGTCATTTTAATTCAGGAACAACTCTCAAAAAACCGAAT
AATAATTGATACTGACAGTAGTGGAAGTGTTACAGCATCCGTTACCAGTAGTACCCATGAAAGAAAAAGTAAGACGAACATTATTGTTAAGCATGAGCGAATATATTTACGGCTGAACACCTTCACGGATGATGTTCCAATTGTTGCTGTCTTAAAGGCTATGGGCACGGAAAGTGATCAAGAAATTGTACAAATGGTAG
GAAGGGATCCAAAATTTGCAGGCATACTCGCCCCATCGTTGCAGGAGTGTGCTTCTCTGGGAATCTATACACAACAACATGCACTGGAGTATCTTGGAACAAAGGTGAAAAGCTTGAGACCATCTTGGGTGAAGGCAGAACGATCAAAGGTTGATGAAGCTCGGGATATCCTTCTTAATGTCTTCCTTGCAAATGTGCCG
GTATATCAATATAATTTTCGGCCAAAATGTATCTATGTTGCTGTCATGTTAAGACGGATGTTGGAGGCCATGCTTAATTCAGATGCCATCGATGATAAGGATTACGTGGGTAATAAACGACTGGAGCTTGCGGGTCAGTTAATTGCTTTGCTCTTTGAGGATTTGTTCAAGCGTATGAACTCAGATATCAAAAGGACGGT
TGATACTACATTTTCAAAGCAGATTCGGGCAACCCAATTCGATGTTGCAAAGGTTATACGGCATGACATGCTTTCTGTAGGATTAGAGCATGCTATTTCCAGTGGAAACTGGACTGTTAAGCGATTCCGAATGGAGAGGAAAGGTGTCACACAGATTGTTTCTAGGTTGTCATTTATAGCAGCACTGGGACATATGACAA
GAATTTCGTCTCAGTTTGAAAAGACCCGGAAAGTTAGTGGGCCAAGGGCTCTCCAGCCAAGCCAGTGGGGCATGCTTTGCCCATGCGATACTCCTGAAGGAGAAGCATGTGGACTTGTAAAAAACCTTGCATTGATGACTCATGTCACAACTGATGAAGAAGAGGGTCCTCTTATTTCACTGTGCAATTCTCTCGGAGTA
GAAGATTTGAGCTTGCTTTCTGCTGAAGAACTCCATTTACCAAAGACATATTTGGTTATTTTTAACGGGCTTATTCTTGGTGTACATCGGCGACCACAGCGATTTGCAAATGCTCTGAGGAAGCTACGACGAGCTGGTAAAATTGGAGAGTTTGTGAGCGTATTTGTGAACGTAAAACAGCACTGTGTGTATGTTGCTTC
AGATGGTGGCCGTGTTTGTCGACCATTGGTGATTGCTGACAAAGGTGTTTCTAGAATAAAGGAACATCACATGAAAGAATTGAAGGATGGCTTTCGAACATTTGATGATTTCCTACGAGAGGGTTTGGTGGAATATCTCGATGTTAATGAGGAAAACAATGCACTGGTTGCACTGTATGAAGGGGAAGCAACACCTTCCA
CTACTCATATAGAGATTGAGCCTTTCACTATTCTCGGTGTTTGTGCTGGACTTATTCCTTTCCCACACCACAACCAGTCACCAAGGAATACTTACCAGTGTGCCATGGGGAAGCAAGCAATGGGCAACATAGCTTACAATCAGTTATGCAGGATGGACACTCTACTCTATATGTTGGTGTATCCTCAACGGCCTCTTCTG
ACAACAAAGACGATAGAACTGGTTCAATATGACAAACTTGGAGCTGGTCAGAATGCAACAGTGGCTGTGATGAGTTATAGTGGCTATGATATTGAGGACGCCATTGTGATGAACAAGTCTTCTCTTGATCGTGGATTTGGGCGTTGCATTGTGATGAAAAAGTATTCAGCATCCATTAAGAAGTATACGAATCGTACTCA
GGATAGAATTGTCAGGCCTGCAATGGCATCAAGTGGGAAAGTTGATACTCGTTTTCAGATCCTAGACAATGACGGGATTGCAGCTCCAGGTGAAATAATAAGATCCCGTGATATATACATAAATAAGCAGACCCCTATAAATGTTAGGGGTGATGTGCCAAATCCAATGGCATTACCAGACAGTGCATACAAGTTCACTC
CGCAAAGTCACAAGACGCAGGAGTCTGCTGTTGTAGATAAAGTGTTGCTGACAAGCAATGATGAAAATCTTCTTAACATAAAGTTTTTATTCCGACATACACGTAGGCCTGAGCTTGGTGACAAATTTAGCAGCAGACATGGACAGAAAGGTGTCTGTGGCACTATTGTTCAGCAGGAAGATTTTCCATTTTCTGAACGT
GGTATTTGCCCAGATTTGATTATGAACCCTCACGGATTTCCAAGTCGAATGACAATTGGGAAGATGATTGAATTACTTGGTGGGAAAGCCGGTGTTTTGTGTGGGAAATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAACCAAGTGGTCATGCTGACAGAGTTGAAACTATCAGTGCCACTCTTGTGAAGCATGGGTTCAGCTA
TAGTGGTAAAGATTTTATATATTCAGGTATCACAGGATATCCGCTTCAAGCATATATATTTATGGGTCCTATCTATTATCAGAAGCTCAAGCACATGGTTGTGGATAAGATGCATGCTCGAGCCAGTGGCCCAAGAGTGATGTTGACACGACAACCCACTGAGGGAAGAAGTCGTGAGGGAGGATTGCGACTAGGAGAAA
TGGAGCGTGATTGTTTGATAGCATATGGTGCAAGTATGATGATATTGGAACGATTGATGATATCAAGTGACCAATTTGAAGTACAGGTTTGTACAAAATGTGGTTTACTCGGATACTATAACCAAAAACTCAAGATGGCGTATTGCTCCACGTGCAAAAATGGGGAAAACATATCTACCATGAAACTGCCTTATGCTTGC
AAACTTTTGTTTCAGGAATTGCAATCGATGAACATTGTACCTCGCTTGCAACTGGCAGAAGCATGACATAATAAAATTTCTGGAGCATAGAACTCAGATAACAGCGAAATTGGAGGATTCCAACATTTAACAACCCACTTTATCCAAGATGTACCATATTTTCCCATTTTGTGAATAGACTAATCTTTAAAGTTTAGAGA
GTTCAAGTAAATGAATTTTTTAAGCGATTATTTTGGAGAGTGGTAACTGCTTTCAAGAAAAAGTTGAGCAGTACAACTTTTGTTCTGTTTTGCCGATTGCATATTCAGCATTGTATGTTCTATTGCTATTTAACGTCTATGCAGTACATTAGCCAAGCTTATTTTCATATGGATATGAAAAAAAGGCATCAATATAAAGG
TTATTGAAATGCTTGATAACCTGGGTCATCTAAAACAGGAAAATGGGAACATTGCGAAGATGAATACTGTCAAAAATTCTAGTACCGGTACTGCTATGCCGATTTGGTACTGGTATATGGACTGGAGGGCCGTTCTGTATTCCAGTTTGTGGCCTGATCCACCTGTATAAATATGCATGC
>TRINITY_DN121493_c0_g1_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:TATACGGCATGACATGCTTTCTGTAGGATTAGAGCATGCTATTTCCAGTGGAAACTGGACTGTTAAGCGATTCCGAATGGAGAGGAAAGGTGTCACACAGATTGTTTCTAGGTTGTCATTTATAGCAGCACTGGGACATATGACAAGAATTTCGTCTCAGTTTGAAAAGACCCGGAAAGTTAGTGGGCCAAGGGCTCTCC
AGCCAAGCCAGTGGGGCATGCTTTGCCCATGCGATACTCCTGAAGGAGAAGCATGTGGACTTGTAAAAAACCTTGCATTGATGACTCATGTCACAACTGATGAAGAAGAGGGTCCTCTTATTTCACTGTGCAATTCTCTCGGAGTAGAAGATTTGAGCTTGCTTTCTGCTGAAGAACTCCATTTACCAAAGACATATTTG
GTTATTTTTAACGGGCTTATTCTTGGTGTACATCGGCGACCACAGCGATTTGCAAATGCTCTGAGGAAGCTACGACGAGCTGGTAAAATTGGAGAGTTTGTGAGCGTATTTGTGAACGTAAAACAGCACTGTGTGTATGTTGCTTCAGATGGTGGCCGTGTTTGTCGACCATTGGTGATTGCTGACAAAGGTGTTTCTAG
AATAAAGGAACATCACATGAAAGAATTGAAGGATGGCTTTCGAACATTTGATGATTTCCTACGAGAGGGTTTGGTGGAATATCTCGATGTTAATGAGGAAAACAATGCACTGGTTGCACTGTATGAAGGGGAAGCAACACCTTCCACTACTCATATAGAGATTGAGCCTTTCACTATTCTCGGTGTTTGTGCTGGACTTA
TTCCTTTCCCACACCACAACCAGTCACCAAGGAATACTTACCAGTGTGCCATGGGGAAGCAAGCAATGGGCAACATAGCTTACAATCAGTTATGCAGGATGGACACTCTACTCTATATGTTGGTGTATCCTCAACGGCCTCTTCTGACAACAAAGACGATAGAACTGGTTCAATATGACAAACTTGGAGCTGGTCAGAAT
GCAACAGTGGCTGTGATGAGTTATAGTGGCTATGATATTGAGGACGCCATTGTGATGAACAAGTCTTCTCTTGATCGTGGATTTGGGCGTTGCATTGTGATGAAAAAGTATTCAGCATCCATTAAGAAGTATACGAATCGTACTCAGGATAGAATTGTCAGGCCTGCAATGGCATCAAGTGGGAAAGTTGATACTCGTTT
TCAGATCCTAGACAATGACGGGATTGCAGCTCCAGGTGAAATAATAAGATCCCGTGATATATACATAAATAAGCAGACCCCTATAAATGTTAGGGGTGATGTGCCAAATCCAATGGCATTACCAGACAGTGCATACAAGTTCACTCCGCAAAGTCACAAGACGCAGGAGTCTGCTGTTGTAGATAAAGTGTTGCTGACAA
GCAATGATGAAAATCTTCTTAACATAAAGTTTTTATTCCGACATACACGTAGGCCTGAGCTTGGTGACAAATTTAGCAGCAGACATGGACAGAAAGGTGTCTGTGGCACTATTGTTCAGCAGGAAGATTTTCCATTTTCTGAACGTGGTATTTGCCCAGATTTGATTATGAACCCTCACGGATTTCCAAGTCGAATGACA
ATTGGGAAGATGATTGAATTACTTGGTGGGAAAGCCGGTGTTTTGTGTGGGAAATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAACCAAGTGGTCATGCTGACAGAGTTGAAACTATCAGTGCCACTCTTGTGAAGCATGGGTTCAGCTATAGTGGTAAAGATTTTATATATTCAGGTATCACAGGATATCCGCTTCAAGCATA
TATATTTATGGGTCCTATCTATTATCAGAAGCTCAAGCACATGGTTGTGGATAAGATGCATGCTCGAGCCAGTGGCCCAAGAGTGATGTTGACACGACAACCCACTGAGGGAAGAAGTCGTGAGGGAGGATTGCGACTAGGAGAAATGGAGCGTGATTGTTTGATAGCATATGGTGCAAGTATGATGATATTGGAACGAT
TGATGATATCAAGTGACCAATTTGAAGTACAGGTTTGTACAAAATGTGGTTTACTCGGATACTATAACCAAAAACTCAAGATGGCGTATTGCTCCACGTGCAAAAATGGGGAAAACATATCTACCATGAAACTGCCTTATGCTTGCAAACTTTTGTTTCAGgttccgtgcatttctgctactactgctagttagaaattt
atttttgactaggtatcttacaatttctatcttatatgtgttactcggttgtagtttataactattgttgggtctgcagGAATTGCAATCGATGAACATTGTACCTCGCTTGCAACTGGCAGAAGCATGACATAATAAAATTTCTGGAGCATAGAACTCAGATAACAGCGAAATTGGAGGATTCCAACATTTAACAACCC
ACTTTATCCAAGATGTACCATATTTTCCCATTTTGTGAATAGACTAATCTTTAAAGTTTAGAGAGTTCAAGTAAATGAATTTTTTAAGCGATTATTTTGGAGAGTGGTAACTGCTTTCAAGAAAAAGTTGAGCAGTACAACTTTTGTTCTGTTTTGCCGATTGCATATTCAGCATTGTATGTTCTATTGCTATTTAACGT
CTATGCAGTACATTAGCCAAGCTTATTTTCATATGGATATGAAAAAAAGGCATCAATATAAAGGTTATTGAAATGCTTGATAACCTGGGTCATCTAAAACAGGAAAATGGGAACATTGCGAAGATGAATACTGTCAAAAATTCTAGTACCGGTACTGCTATGCCGATTTGGTACTGGTATATGGACTGGAGGGCCGTTCT
GTATTCCAGTTTGTGGCCTGATCCACCTGTATAAATATGCATGC