sp|Q5SNN4|C3H40_ORYSJ ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 40

Intron 1 GTACGACTAC ... CGGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.13	229	85	77
A2	19.62	168	30	52
A3	19.67	194	45	50
A4	19.2	181	41	45
A5	21.15	82	19	25
A6	19.54	247	51	69
A7	19.61	453	103	118
A8	18.42	206	48	45
A9	16.65	468	107	80
A10	19.45	468	123	103

>TRINITY_DN118699_c2_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGGGGGTATGCTACTTTTAACTATCCTACAGTGTGGAAGAGTAGGCGATAGTCGTGTACGTCTCACAAGTCTCGGAAGAAGCAAAAGCAGCCTTGGCCTCTGGCTACTAACTCGACTCGTAATTGTTCTCCTGTCGACTTCTCATCGTTTTAAAGCGAATCGACTCGTAATTGTTCTCCTTACGCCGAATCAGAATACT
CATTCTTGTTCTTGGCCATGCGATACATACGATGAAAAGCAGCATACGTTGACACAGGGTACCAGGTTACGCAGTTTGACTCATTGCCGCGGGTCTCGCTCTCAATTTGATCACTCACACAAACCCAACCTCGGCACGTGTAGATAAATATTGATCAAGTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCATCAGAGGAATAGA
GGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCCATTATATGCGAATCCTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGAT
GCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGC
AGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGGAAGGTCCGTCCAAATGATACAATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACAGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAA
AAGATCGATTTTATGGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGCAAGGTACAAGAA

>TRINITY_DN118699_c2_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTGGGGGTATGCTACTTTTAACTATCCTACAGTGTGGAAGAGTAGGCGATAGTCGTGTACGTCTCACAAGTCTCGGAAGAAGCAAAAGCAGCCTTGGCCTCTGGCTACTAACTCGACTCGTAATTGTTCTCCTGTCGACTTCTCATCGTTTTAAAGCGAATCGACTCGTAATTGTTCTCCTTACGCCGAATCAGAATACT
CATTCTTGTTCTTGGCCATGCGATACATACGATGAAAAGCAGCATACGTTGACACAGGGTACCAGGTTACGCAGTTTGACTCATTGCCGCGGGTCTCGCTCTCAgtacgactactaatctctacctgccatagatgggtgtctttcctcaacaaatttaatggcatcttcagaagaagatcgatctagggtttttttttt
aaattggaagaagggcaatttttgaaagcctatatatctccgagtgaatatttgaaattttcttcagacttcatgatttggagttaattgtttgaccgggaatttttacttgtttaataaccttcgatgggctctgcgggttgcagATTTGATCACTCACACAAACCCAACCTCGGCACGTGTAGATAAATATTGATCAA
GTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCATCAGAGGAATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCCATTATATGCGAATCCTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGC
ACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAA
TAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCAGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGGAAGGTCCGTCCAAATGATACAATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACAGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGAC
ATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAAAGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAAGGACAAC
TTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTCAAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCACAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAGGAGATGA
AGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTTTCTCAGCATCAAAGCCAACAGCAGCCACAAAATAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCCCACCGTCAGAAAGGACCTACTATCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCTCCAGCGCAAGAGCCTG
GCAGCAGTAAACAGGGCACAGCAAATGAAGGTCAGGAAGGTCAACATTCCCAGCAGGCTCCATATGGGCCCTCAGATGGTTCCTACTATGGATCACAACAGTCTCAAGAAGGTCAATATCATCACTATTATGGGCCTTATGGACCCCCACCACCATATCAACAATATCCACCATATCAATCAGCTCCACCACCCCCACTT
CCTCCTCCACCATATTATCAGCCACAATATTAAACTGCACTAATATTTGTTTCCCTACTTTAGTGTATATGGTTTATTAAATAGAGCTGCAGACCTGATCCATGCAGGCGTTGGCTGATAGGTGTATTCAACAGAGAGTGTTGAGACAGCCATCTGTACTTAGCTCAAGTTTTACCCAGCTCCTTGGCTACTGCATCTGA
CTTCAATGAAAACAAGTTGTTGTTCTATGCCTCTGTGTACACTTTTCCTAACATGTCAAGATCATTTGTACTGAGTTATATTCAGCTGGTATTGTTGTGAACTAAAATCTGGGACCTTCTTTTGTTCATAGTCTGGGTTTGATGAAAATTGATGTTTTAGACAAAGAACATATCGGCAAATTTGTTCTACCTTGCTGGCC
ACATTGTTTTGAGTCCTGTTCTTAAACACAATTATGAAGTTGAATTGCTATAGGTACATGACCCATTTCAGGTTTTAACTATATTGCAACTTAAACTGTGCTTTAAGATATTATAATGGTTTGTGGCTTGGTGTGCCTTGCAGTATCCTTAGTACCTTACCCAGCATATAATATATATTGTGGCCATTCCTTCACTTCTT
ACATATTGTGTACAATTTCTTATATAGGTTAGATACTTGACCATTGCATCAGAGAATATCTTATTGAGTGAGCATAGCCTCCATGGCATATCTTAGTGTCTCTTTCTGTAGATCAAAGAATAGTATAAGATCTGGCTGCAGTAGCATTAGTTTACATAGATCCGTTTCTTTAACTTGTTGGAGGAGCTTCTTTTGCTTTT
CAAGCTAGATGAATTCAACATTTCTCTTTAGTGAAAGCATTCGAATGTAAAGTAACATTGGATTAGTGAGACATGAGCTTACAGAAGTAAATTTTCCTTTCCAGATTTCTTAACTCTAATAGACTGTTTAGCTTTGGCCACCCGACAATGACGCTTACCTTTTCCACATTGATGTGAAGTCCATCTTTGTCATCCTTTTG
CTGGGAAAATGGAGGGACTCGTTCCTGTTGCTCTCTGACGATTCCCCTTGAAACATATAACTTCATTCTCCTGTATTATAAATCTATTCTCCT

Intron 2 GTAAGATTTT ... TCCTGAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.11	80	19.3	10
A2	9.8	46	12	5
A3	42.42	19	7	14
A4	28.57	45	7.7	18
A5	16.13	26	3.3	5
A6	11.32	47	14	6
A7	12.99	134	31.7	20
A8	27.27	48	10	18
A9	13.56	102	32.3	16
A10	10.9	139	46	17

>TRINITY_DN44534_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTGTTAATTCGAACATGATCAGTTGGCTCGAACGATCTGAACATGATAACCCGAGCAAAATGTTCAACCAACCTAGCCCGCCAATAGTAAATAACAACAACCCGCACTCGACCCCAATCTATATTACATCGTCGGCTTGTTAAGCTTTGACCCTACTCAACTATGCGCCACTCCGGCCGGGCCGGCCCATCATGTGTTT
CGGTAACACCCCCAAACCTATAAGGAAAGCCCTATATATATATTTCGGCTACAGGGTACAAAAAGAAGTTTAGATGCCTGCTCATTAGCACCTCCGCCCCTGATTATCCCTGGATCTGCTCATTAGCCTTCCGCCCCTGATTACCCGTGGATAGCAGTCCGACTGGTTATACCTTGGAAGTGATTTTTTTTCAATGCAAG
GGTTTGTGATCAGGTTCAAAAGTAACCCACTTACACCATGATTTCGTATATCACCTCTGATTGATAATTTGTCGAAACGTCTGCTTTACGGGGTTTGTACTCCAGGTTGAAATGTTCGAGTTGCAGGTTCTATATTAGAGGCCTTCGGGGTTTGAATAAAGTGTAACGCTGACCTGCAAGCTTAAATTTAGCTGCTATTA
ACAGTAGCTCAACTGTAAGGAAATTGCGTTTTGAAGGCTCACCAGCTAGCTACGATTCAAGGTTTCCGACCACGGGATTCTTCCATTTTTTATTCGGTTGCAGATTTTCTCACTTCTGCGGACCCAACCTTGGCCCGTGTAGATAAATATTGTTCAATTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCAGCAGAGAAATAGAG
GCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCAATTATATGCGAGTCGTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATG
CAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCA
GGAATAGATTATGAGTCATCATATGGAAAGGTCCGTCCAAATGATACGATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACCGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAA
AGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAAGGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTC
AAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCGCAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAGGAGATGATGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTT
TCTCAGCATCAAAGCCAACAGCAGCCACAAAATAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCCCACCGTCAGAAAGGACCTACTATCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCTCCAGCGCAAGAGCCTGGCAGCAGTAAACAGGGCACAGCAAATGAAGGCCAGGAAGGTCA
ACATTCCCAACAGGCTCCATATGGACCCTCGGATGGTTCCTATTATGGATCACAACAGTCTCAAGAAGGTCAATATCATCACTATTATGGGCCTCCTTACGGACCCCCACCACCATATCAACAATATCCACAATATCAATCAGCTCCACCACCCCCACTTCCTCCTCCACCATATTATCAGCCACAATATTAAACTGCAC
TAATATTTGTTTCCCTACTTTAGTGTATATGGTTTATTAAATAGAGCTGCAGACCTGATCCATGCAGGCGTTGGCTGATAGGTGTATTCAACAGAGAGTGTTGAGACAGCCATCTGTACTTAGCTCAAGTTTTACCCAGCTCCTTGGCTACTGCATCTGACTTCAATGAAAACAAGTTGTTGTTCTATGCCTCTGTGTAC
ACTTTTCCTAACATGTCAAGATCATTTGTACTGAGTTATATTCAGCTGGTATTGTTGTGAACTAAAATCTGGGACCTTCTTTTGTTCATAGTCTGGGTTTGATGAAAATTGATGTTTTAGACAAAGAACATATCGGCAAATTTGTTCTACCTTGCTGGCCACATTGTTTTGAGTCCTGTTCTTAAACACAATTATGAAGT
TGAATTGCTATAGGTACATGACCCATTTCAGGTTTTAACTATATTGCAACTTAAACTGTGCTTTAAGATATTATAATGGTTTGTGGCTTGGTGTGCCTTGCAGTATCCTTAGTACCTTACCCAGCATATAATATATATTGTGGCCATTCCTTCACTTCTTACATATTGTGTACAATTTCTTATATAGGTTAGATACTTGA
CCATTGCATCAGAGAATATCTTTAAAAGAAATGCAACTGATCTGTCCTATTGAGTGAGCATGACCTCCATGGCATATCTTGATGTCTCTGTCTATAGATCGAAGATTGGTATAAGATCTGGCTACAGTGGCATTAGAGCAACTCCAGATTAGTATAAGATCTGGCTGCAGTGGCATTAGAGCATTAGAGTAAACTCCAGA
TTGCCATTCTTACTCTGCCAAAATGCATATAAAATGTCCTGCATTAGAAGTGGGAATTCAGAATTTATAGTTAGTGAAGAACACCACAAGGAAGAGGAACTCCAGTTATCAAAGGGCTCTACTTTGAATATGGTCATTGTTCTAAAGGTGTTGAAAGATGCAAACTCCTGTATTCCACAGTTAGTTGCGACAACTGGTCT
ATTGGCTCTTTTACTCCTACCATCTTTTACCTGGTTCACGAACACCTGGTCCTTTTTTTAATCTGTGAAGAAATTGATTTGGGTTTGCTGCATGTGGATATAAGTATTCTTTAGCTATTTTAACAACAGATTCTCTCAAGTGTTTTATGGTTTCCATGTGAGCCAGGTAATTGGGATGAAGTTCCAACTTGATTTTAGCC
TATACAGGAAATTTATTTTTCTTGTTCATCTGTCTTTAGATACTTTTTTATCAATGTAGTTTGGAGTTCACATCTTGCTTCCATGGCTGCTTCTAAAAGTAAATAAAATGAGCGCTCTACAAATCAGTACGG

>TRINITY_DN44534_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTCGAAACGTCTGCTTTACGGgtaagatttttttctctttagcgtcttcttcttttcttactttgtgaaacgctctgttagtttccacgtttattacttcttgaagggttaagaccctaaatgtaaattctggagtctattcctgaaaagGGTTTGTACTCCAGGTTGAAATGTTCGAGTTGCAGGTTCTATATTAGAGG
CCTTCGGGGTTTGAATAAAGTGTAACGCTGACCTGCAAGCTTAAATTTAGCTGCTATTAACAGTAGCTCAACTGTAAGGAAATTGCGTTTTGAAGGCTCACCAGCTAGCTACGATTCAAGGTTTCCGACCACGGGATTCTTCCATTTTTTATTCGGTTGCAGATTTTCTCACTTCTGCGGACCCAACCTTGGCCCGTGTA
GATAAATATTGTTCAATTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCAGCAGAGAAATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCAATTATATGCGAGTCGTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAA
AGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTC
CAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCAGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGAAAGGTCCGTCCAAATGATACGATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACCGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCT
GAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAAAGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGC
TGATCTCAAGGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTCAAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCGCAGGCTCCTAAACCAGAAGTTG
AGCATCAAGGAGATGATGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTTTCTCAGCATCAAAGCCAACAGCAGCCACAAAATAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCCCACCGTCAGAAAGGACCTACTATCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCT
CCAGCGCAAGAGCCTGGCAGCAGTAAACAGGGCACAGCAAATGAAGGCCAGGAAGGTCAACATTCCCAACAGGCTCCATATGGACCCTCGGATGGTTCCTATTATGGATCACAACAGTCTCAAGAAGGTCAATATCATCACTATTATGGGCCTCCTTACGGACCCCCACCACCATATCAACAATATCCACAATATCAATC
AGCTCCACCACCCCCACTTCCTCCTCCACCATATTATCAGCCACAATATTAAACTGCACTAATATTTGTTTCCCTACTTTAGTGTATATGGTTTATTAAATAGAGCTGCAGACCTGATCCATGCAGGCGTTGGCTGATAGGTGTATTCAACAGAGAGTGTTGAGACAGCCATCTGTACTTAGCTCAAGTTTTACCCAGCT
CCTTGGCTACTGCATCTGACTTCAATGAAAACAAGTTGTTGTTCTATGCCTCTGTGTACACTTTTCCTAACATGTCAAGATCATTTGTACTGAGTTATATTCAGCTGGTATTGTTGTGAACTAAAATCTGGGACCTTCTTTTGTTCATAGTCTGGGTTTGATGAAAATTGATGTTTTAGACAAAGAACATATCGGCAAAT
TTGTTCTACCTTGCTGGCCACATTGTTTTGAGTCCTGTTCTTAAACACAATTATGAAGTTGAATTGCTATAGGTACATGACCCATTTCAGGTTTTAACTATATTGCAACTTAAACTGTGCTTTAAGATATTATAATGGTTTGTGGCTTGGTGTGCCTTGCAGTATCCTTAGTACCTTACCCAGCATATAATATATATTGT
GGCCATTCCTTCACTTCTTACATATTGTGTACAATTTCTTATATAGGTTAGATACTTGACCATTGCATCAGAGAATATCTTTAAAAGAAATGCAACTGATCTGTCCTATTGAGTGAGCATGACCTCCATGGCATATCTTGATGTCTCTGTCTATAGATCGAAGATTGGTATAAGATCTGGCTACAGTGGCATTAGAGCAA
CTCCAGATTAGTATAAGATCTGGCTGCAGTGGCATTAGAGCATTAGAGTAAACTCCAGATTGCCATTCTTACTCTGCCAAAATGCATATAAAATGTCCTGCATTAGAAGTGGGAATTCAGAATTTATAGTTAGTGAAGAACACCACAAGGAAGAGGAACTCCAGTTATCAAAGGGCTCTACTTTGAATATGGTCATTGTT
CTAAAGGTGTTGAAAGATGCAAACTCCTGTATTCCACAGTTAGTTGCGACAACTGGTCTATTGGCTCTTTTACTCCTACCATCTTTTACCTGGTTCACGAACACCTGGTCCTTTTTTTAATCTGTGAAGAAATTGATTTGGGTTTGCTGCATGTGGATATAAGTATTCTTTAGCTATTTTAACAACAGATTCTCTCAAGT
GTTTTATGGTTTCCATGTGAGCCAGGTAATTGGGATGAAGTTCCAACTTGATTTTAGCCTATACAGGAAATTTATTTTTCTTGTTCATCTGTCTTTAGATACTTTTTTATCAATGTAGTTTGGAGTTCACATCTTGCTTCCATGGCTGCTTCTAAAAGTAAATAAAATGAGCGCTCTACAAATCAGTACGG

Intron 3 GTAAGATTTT ... TGTACTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.33	96	24.2	23
A2	15.25	50	15	9
A3	43.59	22	8.5	17
A4	32.93	55	9.3	27
A5	25.58	32	4.2	11
A6	19.05	51	17.5	12
A7	18.56	149.2	39.3	34
A8	32.56	58	12.5	28
A9	22.22	126	40.2	36
A10	20.95	166	57.5	44

>TRINITY_DN118699_c2_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

CCCTACTCAACTATGCGCCACTCCGGCCGGGCCGGCCCATCATGTGTTTCGGTAACACCCCCAAACCTATAAGGAAAGCCCTATATATATATTTCGGCTACAGGGTACAAAAAGAAGTTTAGATGCCTGCTCATTAGCACCTCCGCCCCTGATTATCCCTGGATCTGCTCATTAGCCTTCCGCCCCTGATTACCCGTGGA
TAGCAGTCCGACTGGTTATACCTTGGAAGTGATTTTTTTTCAATGCAAGGGTTTGTGATCAGGTTCAAAAGTAACCCACTTACACCATGATTTCGTATATCACCTCTGATTGATAATTTGTCGAAACGTCTGCTTTACGGGTTGAAATGTTCGAGTTGCAGGTTCTATATTAGAGGCCTTCGGGGTTTGAATAAAGTGTA
ACGCTGACCTGCAAGCTTAAATTTAGCTGCTATTAACAGTAGCTCAACTGTAAGGAAATTGCGTTTTGAAGGCTCACCAGCTAGCTACGATTCAAGGTTTCCGACCACGGGATTCTTCCATTTTTTATTCGAAATTTGGTGGATGAAGGAGGGCGTATTTATCATTGCTAGCACTGTGGTGAGGGTGTTTCACTTGGCAA
GAGAAGACAAGAAAGAGAGGCCGCATGACTGTCGAGGGAGATAAGCAAATCGTGGGGGCCAAGTTTCATGCTCAAACGCAGCTGAAAATGACTTGTTCCTTCGTTGGTTACCTACCGAAGAGTTGCAGATTTTCTCACTTCTGCGGACCCAACCTTGGCCCGTGTAGATAAATATTGTTCAATTCACAAGGAAGAAAGGA
GGGTCTGGGCAGCAGAGAAATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCAATTATATGCGAGTCGTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGGTATGTCTGGAAACATTATGTTTTTTGTTTTTTTTCTTCTTTTAAAATGCTGAT
ACCAACCTGATGTATGGTTCTATATGTATGATCTGTGGTGTGTTATTGTGTGTTTGATGTAGGTGTATTTTCTAAATGTTCCAAAAAATTACATCTTTATGTCTATATTTTATTTCTTTAAGTTTAGTTTCCTTTTTGCTTATAGATACACGTTGCCTATTGTGGGGGGTCTATGGTGTCCCAGTATCAGGTGAATGACA
TGCTAT

>TRINITY_DN118699_c2_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCCTACTCAACTATGCGCCACTCCGGCCGGGCCGGCCCATCATGTGTTTCGGTAACACCCCCAAACCTATAAGGAAAGCCCTATATATATATTTCGGCTACAGGGTACAAAAAGAAGTTTAGATGCCTGCTCATTAGCACCTCCGCCCCTGATTATCCCTGGATCTGCTCATTAGCCTTCCGCCCCTGATTACCCGTGGA
TAGCAGTCCGACTGGTTATACCTTGGAAGTGATTTTTTTTCAATGCAAGGGTTTGTGATCAGGTTCAAAAGTAACCCACTTACACCATGATTTCGTATATCACCTCTGATTGATAATTTGTCGAAACGTCTGCTTTACGGgtaagatttttttctcttaagcgtcttcttcttttcttactttgtgaaacgctctgttag
tttccacgtttattacttcttgaagggttaagaccctaaatgtaaattctggagtctattcctgaaaagggtttgtactccagGTTGAAATGTTCGAGTTGCAGGTTCTATATTAGAGGCCTTCGGGGTTTGAATAAAGTGTAACGCTGACCTGCAAGCTTAAATTTAGCTGCTATTAACAGTAGCTCAACTGTAAGGAA
ATTGCGTTTTGAAGGCTCACCAGCTAGCTACGATTCAAGGTTTCCGACCACGGGATTCTTCCATTTTTTATTCGAAATTTGGTGGATGAAGGAGGGCGTATTTATCATTGCTAGCACTGTGGTGAGGGTGTTTCACTTGGCAAGAGAAGACAAGAAAGAGAGGCCGCATGACTGTCGAGGGAGATAAGCAAATCGTGGGG
GCCAAGTTTCATGCTCAAACGCAGCTGAAAATGACTTGTTCCTTCGTTGGTTACCTACCGAAGAGTTGCAGATTTTCTCACTTCTGCGGACCCAACCTTGGCCCGTGTAGATAAATATTGTTCAATTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCAGCAGAGAAATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTC
TGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCAATTATATGCGAGTCGTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACA
TGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCAGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGGAAGGT
CCGTCCAAATGATACAATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACAGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAAAGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTG
CAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAAGGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTCAAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACC
AGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCACAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAGGAGATGAAGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTTTCTCAGCATCAAAGCCAACAGCAGCCACAAAA
TAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCCCACCGTCAGAAAGGACCTACTATCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCTCCAGCGCAAGAGCCTGGCAGCAGTAAACAGGGCACAGCAAATGAAGGTCAGGAAGGTCAACATTCCCAGCAGGCTCCATATGGGCCCTCAG
ATGGTTCCTACTATGGATCACAACAGTCTCAAGAAGGTCAATATCATCACTATTATGGGCCTTATGGACCCCCACCACCATATCAACAATATCCACCATATCAATCAGCTCCACCACCCCCACTTCCTCCTCCACCATATTATCAGCCACAATATTAAACTGCACTAATATTTGTTTCCCTACTTTAGTGTATATGGTTT
ATTAAATAGAGCTGCAGACCTGATCCATGCAGGCGTTGGCTGATAGGTGTATTCAACAGAGAGTGTTGAGACAGCCATCTGTACTTAGCTCAAGTTTTACCCAGCTCCTTGGCTACTGCATCTGACTTCAATGAAAACAAGTTGTTGTTCTATGCCTCTGTGTACACTTTTCCTAACATGTCAAGATCATTTGTACTGAG
TTATATTCAGCTGGTATTGTTGTGAACTAAAATCTGGGACCTTCTTTTGTTCATAGTCTGGGTTTGATGAAAATTGATGTTTTAGACAAAGAACATATCGGCAAATTTGTTCTACCTTGCTGGCCACATTGTTTTGAGTCCTGTTCTTAAACACAATTATGAAGTTGAATTGCTATAGGTACATGACCCATTTCAGGTTT
TAACTATATTGCAACTTAAACTGTGCTTTAAGATATTATAATGGTTTGTGGCTTGGTGTGCCTTGCAGTATCCTTAGTACCTTACCCAGCATATAATATATATTGTGGCCATTCCTTCACTTCTTACATATTGTGTACAATTTCTTATATAGGTTAGATACTTGACCATTGCATCAGAGAATATCTTATTGAGTGAGCAT
AGCCTCCATGGCATATCTTAGTGTCTCTTTCTGTAGATCAAAGAATAGTATAAGATCTGGCTGCAGTAGCATTAGTTTACATAGATCCGTTTCTTTAACTTGTTGGAGGAGCTTCTTTTGCTTTTCAAGCTAGATGAATTCAACATTTCTCTTTAGTGAAAGCATTCGAATGTAAAGTAACATTGGATTAGTGAGACATG
AGCTTACAGAAGTAAATTTTCCTTTCCAGATTTCTTAACTCTAATAGACTGTTTAGCTTTGGCCACCCGACAATGACGCTTACCTTTTCCACATTGATGTGAAGTCCATCTTTGTCATCCTTTTGCTGGGAAAATGGAGGGACTCGTTCCTGTTGCTCTCTGACGATTCCCCTTGAAACATATAACTTCATTCTCCTGTA
TTATAAATCTATTCTCCT

Intron 4 GTACGACTAC ... CGGGTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.25	229	86	77
A2	19.81	168	31	52
A3	19.67	194	45	50
A4	19.38	181	42	45
A5	21.53	82	20	25
A6	19.81	247	53	69
A7	20.04	453	109	118
A8	18.42	206	48	45
A9	16.95	468	111	80
A10	19.31	468	121	103

>TRINITY_DN43923_c0_g2_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

CGGCTGTGGGGGTATGCTACTTTTAACTATCCTACAGTGTGGAAGAGTAGGCGATAGTCGTGTACGTCTCACAAGTCTCGGAAGAAGCAAAAGCAGCCTTGGCCTCTGGCTACTAACTCGACTCGTAATTGTTCTCCTGTCGACTTCTCATCGTTTTAAAGGGAATCGACTCGTAATTGTTCTCCTTACGCCGAATCAGA
ATACTCATTCTTGTTCTTGGCCATGCGATACATACGATGAAAAGCAGCATACGTTGACACAGGGTACCAGGTTACGCAGTTTGACTCATTGCCGCGGGTCTCGCTCTCAATTTGATCACTCACACAAACCCAACCTCGGCACGTGTAGATAAATATTGATCAAGTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCATCAGAGGA
ATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCCATTATATGCGAATCCTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCC
GTGATGCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCT
AGAGCAGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGAAAGGTCCGTCCAAATGATACGATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACAGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAA
TATAAAAGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAAGGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTG
TCTTTCAAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCGCAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAGGAGATGATGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCT
GTTGTTTCTCAGCATCAAAGCCAGCAGCAGCCACAGAATAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCTTACCGTCAGAAAGGACCTACTACCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCTCCAGCGCAAGAGCCTGGCAGCAGTAAACAGGGCACAGCAAATGAAGGCCAGGA
AGGTCAACATTCCCAACAGGCTCCATATGGACCCTCGGATGGTTCCTATTATGGATCACAACAGTCTCAAGAAGGTCAATATCATCACTATTATGGGCCTCCTTACGGACCCCCACCACCATATCAACAATATCCACAATATCAATCAGCTCCACCACCCCCACTTCCTCCTCCACCATATTATCAGCCACAATATTAAA
CTGCACTAATATTTGTTTCCCTACTTTAGTGTATATGGTTTATTAAATAGAGCTGCAGACCTGATCCATGCAGGCGTTGGCTGATAGGTGTATTCAACAGAGAGTGTTGAGACAGCCATCTGTACTTAGCTCAAGTTTTACCCAGCTCCTTGGCTACTGCATCTGACTTCAATGAAAACAAGTTGTTGTTCTATGCCTCT
GTGTACACTTTTCCTAACATGTCAAGATCATTTGTACTGAGTTATATTCAGCTGGTATTGTTGTGAACTAAAATCTGGGACCTTCTTTTGTTCATAGTCTGGGTTTGATGAAAATTGATGTTTTAGACAAAGAACATATCGGCAAATTTGTTCTACCTTGCTGGCCACATTGTTTTGAGTCCTGTTCTTAAACACAATTA
TGAAGTTGAATTGCTATAGGTACATGACCCATTTCAGGTTTTAACTATATTGCAACTTAAACTGTGCTTTAAGATATTATAATGGTTTGTGGCTTGGTGTGCCTTGCAGTATCCTTAGTACCTTACCCAGCATATAATATATATTGTGGCCATTCCTTCACTTCTTACATATTGTGTACAATTTCTTATATAGGTTAGAT
ACTTGACCATTGCATCAGAGAATATCTTTAAAAGAAATGCAACTGATCTGTCCTATTGAGTGAGCATGACCTCCATGGCATATCTTGATGTCTCTGTCTATAGATCGAAGATTGGTATAAGATCTGGCTACAGTGGCATTAGAGCAACTCCAGATTAGTATAAGATCTGGCTGCAGTGGCATTAGAGCATTAGAGTAAAC
TCCAGATTGCCATTCTTACTCTGCCAAAATGCATATAAAATGTCCTGCATTAGAAGTGGGAATTCAGAATTTATAGTTAGTGAAGAACACCACAAGGAAGAGGAACTCCAGTTATCAAAGGGCTCTACTTTGAATATGGTCATTGTTCTAAAGGTGTTGAAAGATGCAAACTCCTGTATTCCACAGTTAGTTGCGACAAC
TGGTCTATTGGCTCTTTTACTCCTACCATCTTTTACCTGGTTCACGAACACCTGGTCCTTTTTTTAATCTGTGAAGAAATTGATTTGGGTTTGCTGCATGTGGATATAAGTATTCTTTAGCTATTTTAACAACAGATTCTCTCAAGTGTTTTATGGTTTCCATGTGAGCCAGGTAATTGGGATGAAGTTCCAACTTGATT
TTAGCCTATACAGGAAATTTATTTTTCTTGTTCATCTGTCTTTAGATACTTTTTTATCAATGTAGTTTGGAGTTCACATCTTGCTTCCATGGCTGCTTCTAAAAGTAAATAATATGAGCGCTCTACAAATCAGTATGGGGGAGATGTTGTAAGGCGTAATGTTGTGTACCATTATGTAACATGCCGTTCCGATAAAAAAA
TAAAAATAAAAATGCG

>TRINITY_DN43923_c0_g2_i12 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CGGCTGTGGGGGTATGCTACTTTTAACTATCCTACAGTGTGGAAGAGTAGGCGATAGTCGTGTACGTCTCACAAGTCTCGGAAGAAGCAAAAGCAGCCTTGGCCTCTGGCTACTAACTCGACTCGTAATTGTTCTCCTGTCGACTTCTCATCGTTTTAAAGGGAATCGACTCGTAATTGTTCTCCTTACGCCGAATCAGA
ATACTCATTCTTGTTCTTGGCCATGCGATACATACGATGAAAAGCAGCATACGTTGACACAGGGTACCAGGTTACGCAGTTTGACTCATTGCCGCGGGTCTCGCTCTCAgtacgactactaatctctacctgccctagatgggtgtctttcctcaacaaatttaatggcatcttcagaagaagatcgatctagggttttt
tttttttaaattggaagaagggcaatttttgaaagcctatatatctccgagtgaatatttgaaattttcttcagacttcatgatttggagttaattgtttgaccgggaatttttacttgttcaataaccttcgatgggctctgcgggttgcagATTTGATCACTCACACAAACCCAACCTCGGCACGTGTAGATAAATAT
TGATCAAGTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCATCAGAGGAATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCCATTATATGCGAATCCTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAA
AATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCG
ATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCAGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGAAAGGTCCGTCCAAATGATACGATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACAGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCA
TACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAAAGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAA
GGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTCAAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCGCAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAG
GAGATGATGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTTTCTCAGCATCAAAGCCAGCAGCAGCCACAGAATAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCTTACCGTCAGAAAGGACCTACTACCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCTCCAGCGCAA
GAGCCTGGCAGCAGTAAACAGGGCACAGCAAATGAAGGCCAGGAAGGTCAACATTCCCAACAGGCTCCATATGGACCCTCGGATGGTTCCTATTATGGATCACAACAGTCTCAAGAAGGTCAATATCATCACTATTATGGGCCTCCTTACGGACCCCCACCACCATATCAACAATATCCACAATATCAATCAGCTCCACC
ACCCCCACTTCCTCCTCCACCATATTATCAGCCACAATATTAAACTGCACTAATATTTGTTTCCCTACTTTAGTGTATATGGTTTATTAAATAGAGCTGCAGACCTGATCCATGCAGGCGTTGGCTGATAGGTGTATTCAACAGAGAGTGTTGAGACAGCCATCTGTACTTAGCTCAAGTTTTACCCAGCTCCTTGGCTA
CTGCATCTGACTTCAATGAAAACAAGTTGTTGTTCTATGCCTCTGTGTACACTTTTCCTAACATGTCAAGATCATTTGTACTGAGTTATATTCAGCTGGTATTGTTGTGAACTAAAATCTGGGACCTTCTTTTGTTCATAGTCTGGGTTTGATGAAAATTGATGTTTTAGACAAAGAACATATCGGCAAATTTGTTCTAC
CTTGCTGGCCACATTGTTTTGAGTCCTGTTCTTAAACACAATTATGAAGTTGAATTGCTATAGGTACATGACCCATTTCAGGTTTTAACTATATTGCAACTTAAACTGTGCTTTAAGATATTATAATGGTTTGTGGCTTGGTGTGCCTTGCAGTATCCTTAGTACCTTACCCAGCATATAATATATATTGTGGCCATTCC
TTCACTTCTTACATATTGTGTACAATTTCTTATATAGGTTAGATACTTGACCATTGCATCAGAGAATATCTTTAAAAGAAATGCAACTGATCTGTCCTATTGAGTGAGCATGACCTCCATGGCATATCTTGATGTCTCTGTCTATAGATCGAAGATTGGTATAAGATCTGGCTACAGTGGCATTAGAGCAACTCCAGATT
AGTATAAGATCTGGCTGCAGTGGCATTAGAGCATTAGAGTAAACTCCAGATTGCCATTCTTACTCTGCCAAAATGCATATAAAATGTCCTGCATTAGAAGTGGGAATTCAGAATTTATAGTTAGTGAAGAACACCACAAGGAAGAGGAACTCCAGTTATCAAAGGGCTCTACTTTGAATATGGTCATTGTTCTAAAGGTG
TTGAAAGATGCAAACTCCTGTATTCCACAGTTAGTTGCGACAACTGGTCTATTGGCTCTTTTACTCCTACCATCTTTTACCTGGTTCACGAACACCTGGTCCTTTTTTTAATCTGTGAAGAAATTGATTTGGGTTTGCTGCATGTGGATATAAGTATTCTTTAGCTATTTTAACAACAGATTCTCTCAAGTGTTTTATGG
TTTCCATGTGAGCCAGGTAATTGGGATGAAGTTCCAACTTGATTTTAGCCTATACAGGAAATTTATTTTTCTTGTTCATCTGTCTTTAGATACTTTTTTATCAATGTAGTTTGGAGTTCACATCTTGCTTCCATGGCTGCTTCTAAAAGTAAATAATATGAGCGCTCTACAAATCAGTATGGGGGAGATGTTGTAAGGCG
TAATGTTGTGTACCATTATGTAACATGCCGTTCCGATAAAAAAATAAAAATAAAAATGCG

Intron 5 GTACGACTAC ... ATCGATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A2	19.45	168	31.2	50
A3	18.49	194	42	46
A4	18.86	181	40.2	44
A5	19.68	82	16.2	24
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A7	20	453	103	123.5
A8	18.74	206	49	46
A9	16.48	468	107.7	77
A10	18.87	468	123.7	94

>TRINITY_DN109166_c1_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGGGTATGCTACTTTTAACTATCCTACAGTGTGGAAGAGTAGGCGATAGTCGTGTACGTCTCACAAGTCTCGGAAGAAGCAAAAGCAGCCTTGGCCTCTGGCTACTAACTCGACTCGTAATTGTTCTCCTGTCGACTTCTCATCGTTTTAAAGGGAATCGACTCGTAATTGTTCTCCTTACGCCGAATCAGAATACTCA
TTCTTGTTCTTGGCCATGCGATACATACGATGAAAAGCAGCATACGTTGACACAGGGTACCAGGTTACGCAGTTTGACTCATTGCCGCGGGTCTCGCTCTCAATTTGATCACTCACACAAACCCAACCTCGGCACGTGTAGATAAATATTGATCAAGTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCATCAGAGGAATAGAGG
CGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCCATTATATGCGAATCCTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCGAATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGC
AAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGGCCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCAG
GAATAGATTATGAGTCATCATATGGAAAGGTCCGTCCAAATGATACGATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACCGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTTCGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAAA
GATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGGGCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAAGGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTCA
AAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGCCGCAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAGGAGATGATGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTTT
CTCAGCATCAAAGCCAACAGCAGCCACAAAATAGTCAGGATCAGCCTTCTCTAAATTATTTCAATATTCCTCCTCCACCCCCACCGTCAGAAAGGACCTACTATCCATCCATGGATCCTCAGAGAATGGGTGCTGTTGCTCCAGCGCAAGAGCCTGGCAGCAGCAAACAGGGCAACGTGCTTGTTTATGCAAATTAAAAA
CTGGTGAAGCATCTTCAGTCAATACCCATGATGGATTAGAGGATTCCGAAGCTGTTGCTCGGAAAAATTCATGTCCAGTTTGAAACGTCTTCTACAAAACACTGAGGGTGAAAATCTTTTTACATTATCGGGCCCAACATCACTAGACAGAGACGAACTGCTTACATGGATAAAATATTAAGTGTGTCAAGACGTGAGCC
GGACATTGCAAATTATTTGTTTCTTCTTGCACCGGAACAAGAGGAAAATCATTGGTGAAACACCGATCATCACGCCCC

>TRINITY_DN109166_c1_g1_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGGTATGCTACTTTTAACTATCCTACAGTGTGGAAGAGTAGGCGATAGTCGTGTACGTCTCACAAGTCTCGGAAGAAGCAAAAGCAGCCTTGGCCTCTGGCTACTAACTCGACTCGTAATTGTTCTCCTGTCGACTTCTCATCGTTTTAAAGGGAATCGACTCGTAATTGTTCTCCTTACGCCGAATCAGAATACTCA
TTCTTGTTCTTGGCCATGCGATACATACGATGAAAAGCAGCATACGTTGACACAGGGTACCAGGTTACGCAGTTTGACTCATTGCCGCGGGTCTCGCTCTCAgtacgactactaatctctacctgccatagatgggtgtctttcctcaacaaatttaatggcatcttcagaagaagatcgatctagATTTGATCACTCAC
ACAAACCCAACCTCGGCACGTGTAGATAAATATTGATCAAGTCACAAGGAAGAAAGGAGGGTCTGGGCATCAGAGGAATAGAGGCGAGAGGTAAGGAGGATGGCTCACAGACTTCTGAGAGACACAGAGGCCGATGGCTGGGAGCGCTCTGATTTCCCCATTATATGCGAATCCTGCCTTGGTGATAACCCTTACGTGCG
AATGACAAAGGCAAATTTCGACAAAGAGTGTAAAATTTGCACCAGACCATTTACAGTTTTCAGGTGGAGACCAGGCCGTGATGCAAGGTACAAGAAAACAGAGGTTTGCCAAACATGCTGTAAACTCAAAAATGTTTGTCAGGTGTGCCTGCTTGATCTCGAATATGGATTACCAGTCCAAGTTCGAGATACAGCCTTGG
CCATTAACTCCAATGAGACTATTCCAAGGAGCGATGTCAATAGAGAGTATTTTGCCGAGGAACAGGATCGCAAGGCTAGAGCAGGAATAGATTATGAGTCATCATATGGAAAGGTCCGTCCAAATGATACGATATTGAAGCTTCAAAGAACAACACCATATTACCGAAGAAATCGTGCTCATGTATGTAGTTTCTTTGTT
CGTGGTGAGTGTACACGTGGTGCTGAATGTCCATACCGACATGAGATGCCCATAACAGGGGAGCTTTCTCAGCAGAATATAAAAGATCGATTTTATGGAGTAAATGATCCAGTTGCAGCAAGGCTCTTGAATAAAGCTGGTGAGATGCCATCACTTGTTCCTCCTGAAGATGAAGGTATAAAAACTCTGTATGTGGGTGG
GCTTGATTCAAGGGTTACTGAAGCTGATCTCAAGGACAACTTCTATGCATATGGTGAAATTGAGTCCATCAGACTTGTCTTTCAAAGAGCATGTGCATTTGTTACATATACAACCAGAGAAGGGGCTGAGAAAGCAGCAGAGAATTTGTCCAACAAGCTAGTTATAAAAGGTTTGAGATTAAAGCTGTTGTGGGGAAAGC
CGCAGGCTCCTAAACCAGAAGTTGAGCATCAAGGAGATGATGCTGCAAAAATTATTAGTGGTATGCTTCCAAGAGCTGTTGTTTCTCAGCATCAAAGCCA