sp|Q9SR06|CLP1_ARATH ----> Protein CLP1 homolog
Intron 1 GTAAGACATC ... GCTCAGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.29 | 122 | 37 | 33 |
| A2 | 18.3 | 106 | 24.5 | 23 |
| A3 | 20.11 | 139 | 36 | 34 |
| A4 | 18.02 | 116 | 32 | 19 |
| A5 | 24.81 | 50 | 19 | 14 |
| A6 | 20.41 | 232 | 58 | 61 |
| A7 | 18.86 | 384 | 107.5 | 71 |
| A8 | 18 | 279 | 63.5 | 59 |
| A9 | 19.27 | 396 | 112 | 77 |
| A10 | 19.21 | 329 | 98.5 | 58 |
>TRINITY_DN107617_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformTGCATATAAAAATACTAAACCGGACAAGGCCATCGGAAACGAAAGAATTCGAGGCATGCCAAATACGTCTGCAGTACTGCAAACCATATTTGATTACAGCTGAAGAAGCAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCACCCTGTCG
AAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGC
AGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTT
GGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGA
ACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAAGCAAATGT
GGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGCTTTGCCAA
TTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCCCAGGGGAA
CTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAACTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATTACCAGCAG
GGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACAATATTTAT
AATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCA
>TRINITY_DN107617_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTCAAGGGATTTTAACTGATAACACATGGTTTAGATTTCTGAAATATGTAGATCTAGCTCTGACAATTTTCTGACTTTCTAGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGCAGATGAGGTAATGAAATGTTCATTTCTAGCTTCTTGGTGCAGTTGGTTAGTAGG
TGCCGATTTCCTTGTATATAGTTCATGGAGAGAGAAAATGATGGTATTCTAGCTTGGTTATTTTACTCTTTCATATAATTTTGTCAAATACCACATGATGCAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAG
AATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGA
ATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGgtaagacatctttcatgtaagagttcattggaattctactgttcagaagttagctataattgcttctttggcaaggtctgggttgttgtaagaatgccagcattgggtttctagtaatgtttcaatctcttaaagtgaaaagccaagtat
taaacaaattgctcagacagTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGGTATTTATCAGAGATGTCACTCTATTGGACTCTAAATTTTT
TGTTACCAAGTTCATTTTATGTTTGATGTTGAATACAGTGCAATATGCC
Intron 2 GTAATGAAAT ... CATGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.32 | 116.5 | 0 | 31.5 |
| A2 | 14.06 | 100 | 8 | 18 |
| A3 | 16.17 | 117.5 | 5 | 24 |
| A4 | 14.92 | 107.8 | 1 | 20 |
| A5 | 9.3 | 45.7 | 1 | 5 |
| A6 | 16.51 | 169.3 | 1 | 37 |
| A7 | 15.11 | 323.3 | 0 | 66.5 |
| A8 | 14.37 | 162.5 | 0 | 31 |
| A9 | 15.6 | 336 | 1 | 70 |
| A10 | 14.33 | 275.3 | 0 | 49.5 |
>TRINITY_DN107617_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformTGCATATAAAAATACTAAACCGGACAAGGCCATCGGAAACGAAAGAATTCGAGGCATGCCAAATACGTCTGCAGTACTGCAAACCATATTTGATTACAGCTGAAGAAGCAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCACCCTGTCG
AAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGC
AGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTT
GGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGA
ACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAAGCAAATGT
GGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGCTTTGCCAA
TTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCCCAGGGGAA
CTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAACTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATTACCAGCAG
GGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACAATATTTAT
AATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCA
>TRINITY_DN107617_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTCAAGGGATTTTAACTGATAACACATGGTTTAGATTTCTGAAATATGTAGATCTAGCTCTGACAATTTTCTGACTTTCTAGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGCAGATGAGgtaatgaaatgttcatttctagcttcttggtgcagttggttagtagg
tgccgatttccttgtatatagttcatggagagagaaaatgatggtattctagcttggttattttactctttcatataattttgtcaaataccacatgatgcagACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAG
AATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGA
ATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGGTAAGACATCTTTCATGTAAGAGTTCATTGGAATTCTACTGTTCAGAAGTTAGCTATAATTGCTTCTTTGGCAAGGTCTGGGTTGTTGTAAGAATGCCAGCATTGGGTTTCTAGTAATGTTTCAATCTCTTAAAGTGAAAAGCCAAGTAT
TAAACAAATTGCTCAGACAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGGTATTTATCAGAGATGTCACTCTATTGGACTCTAAATTTTT
TGTTACCAAGTTCATTTTATGTTTGATGTTGAATACAGTGCAATATGCC
Intron 3 GTAAGACATC ... GGGAACCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.19 | 128 | 37 | 36 |
| A2 | 20.4 | 119 | 24 | 37 |
| A3 | 20.56 | 143 | 36 | 38 |
| A4 | 19.88 | 129 | 32 | 32 |
| A5 | 25.18 | 52 | 19 | 16 |
| A6 | 21.46 | 247 | 58 | 77 |
| A7 | 20.57 | 421 | 107 | 111 |
| A8 | 19.18 | 297 | 63 | 78 |
| A9 | 20.38 | 424 | 112 | 105 |
| A10 | 20.36 | 350 | 97 | 82 |
>TRINITY_DN107617_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformTGCATATAAAAATACTAAACCGGACAAGGCCATCGGAAACGAAAGAATTCGAGGCATGCCAAATACGTCTGCAGTACTGCAAACCATATTTGATTACAGCTGAAGAAGCAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCACCCTGTCG
AAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGC
AGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTT
GGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGAACTTTGGAGCA
GCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAAGCAAATGTGGACATTGTCA
AGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGCTTTGCCAATTGGTGCAGAG
CCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCCCAGGGGAACTTCCCAGTAG
GTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAACTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATTACCAGCAGGGGTAAAAATA
TTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACAATATTTATAATCGGGAATT
AGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCA
>TRINITY_DN107617_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTTTCAAGGGATTTTAACTGATAACACATGGTTTAGATTTCTGAAATATGTAGATCTAGCTCTGACAATTTTCTGACTTTCTAGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGCAGATGAGGTAATGAAATGTTCATTTCTAGCTTCTTGGTGCAGTTGGTTAGTAGG
TGCCGATTTCCTTGTATATAGTTCATGGAGAGAGAAAATGATGGTATTCTAGCTTGGTTATTTTACTCTTTCATATAATTTTGTCAAATACCACATGATGCAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAG
AATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGA
ATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGgtaagacatctttcatgtaagagttcattggaattctactgttcagaagttagctataattgcttctttggcaaggtctgggttgttgtaagaatgccagcattgggtttctagtaatgtttcaatctcttaaagtgaaaagccaagtat
taaacaaattgctcagacagtgggaacccagGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGGTATTTATCAGAGATGTCACTCTATTGGACTCTAAATTTTT
TGTTACCAAGTTCATTTTATGTTTGATGTTGAATACAGTGCAATATGCC
Intron 4 GTATTTATCA ... ATGTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.98 | 157 | 25 | 58 |
| A2 | 29.32 | 176 | 31 | 73 |
| A3 | 35.45 | 173 | 28 | 95 |
| A4 | 26.61 | 182 | 24 | 66 |
| A5 | 39.09 | 67 | 6 | 43 |
| A6 | 36.74 | 415 | 40 | 241 |
| A7 | 37.43 | 744 | 79 | 445 |
| A8 | 37.69 | 572 | 57 | 346 |
| A9 | 36.29 | 697 | 74 | 397 |
| A10 | 38.64 | 597 | 54 | 376 |
>TRINITY_DN102117_c0_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoformTGCATATAAAAATACTAAACCGGACAAGGCCATCGGAAACGAAAGAATTCGAGGCATGCCAAATACGTCTGCAGTACTGCAAACCATATTTGATTACAGCTGAAGAAGCAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCACCCTGTCG
AAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGC
AGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTT
GGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGA
ACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAAGCAAATGT
GGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGCTTTGCCAA
TTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCCCAGGGGAA
CTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAACTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATTACCAGCAG
GGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACAATATTTAT
AATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCAAGAATATGTC
>TRINITY_DN102117_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:TGCATATAAAAATACTAAACCGGACAAGGCCATCGGAAACGAAAGAATTCGAGGCATGCCAAATACGTCTGCAGTACTGCAAACCATATTTGATTACAGCTGAAGAAGCAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCACCCTGTCG
AAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGC
AGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTT
GGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGA
ACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGgtatttatcagagatgtcactctattggactctaaattttttgttaccaagttcattttatgtttgatgttgaatacagtgcaatatgccctatgttattgcatgaa
aaatttgaatggtactaaataattgtgttacctgttttgtatatgtatgcagTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAAGCAAATGTGGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAA
GAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGCTTTGCCAATTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCT
GTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCCCAGGGGAACTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGT
GGACTAAGCCAACTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATTACCAGCAGGGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCA
TTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACAATATTTATAATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGT
CAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCAAGAATATGTC
Intron 5 GTTGGGTTGG ... TTTCCGTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.09 | 193 | 0 | 37 |
| A2 | 16.84 | 163 | 0 | 33 |
| A3 | 16.49 | 162 | 4 | 32 |
| A4 | 8.28 | 155 | 1 | 14 |
| A5 | 24.81 | 97 | 0 | 32 |
| A6 | 21.74 | 162 | 1 | 45 |
| A7 | 18.67 | 331 | 2 | 76 |
| A8 | 15.71 | 161 | 0 | 30 |
| A9 | 15.63 | 324 | 0 | 60 |
| A10 | 14.63 | 356 | 0 | 61 |
>TRINITY_DN37719_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformCACAATTCCTCCATATGCATATAAAAATACTAAACCGGACAAGGCCATCGGAAACGAAAGAATTCGAGGCATGCCAAATACGTCTGCAGTACTGCAAACCATATTTGATTACAGCTGAAGAAGCAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAAT
ACGTTCACCCTGTCGAAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGA
AGTTGCATATGTTGCAGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGG
CTGCAAGGCTGAGTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTG
AAGGAACTTGCTAGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAA
AGGTAAAGCAAATGTGGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTC
GTTCTGCTTTGCCAATTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCT
CCATGCCCAGGGGAACTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAGCTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATA
TCTCATTACCAGCAGGGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTA
TGGAACAATATTTATAATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCAAGAATATGTCCTGTTCTATGTGTGTCCTGTGTATTTTTGTTTTACTCTGGCT
GTTGCAGACTAACATAGATGCAGTGTTGTGCAAGCACTGCTGCTTGTACTGTTTTTGTCTTAGCTTAATAACATGGGAATAGGGAATGCT
>TRINITY_DN37719_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGACAGCTGAAGAAGCAGgttgggttggtcagatttctggtttatacaactgcccacatgcatacagcatcctcatttttcaccgtctctttatttctgactattttggtttccgttagGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCA
CCCTGTCGAAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCA
TATGTTGCAGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAG
GCTGAGTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAAC
TTGCTAGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAA
GCAAATGTGGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGC
TTTGCCAATTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCC
CAGGGGAACTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAGCTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATT
ACCAGCAGGGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACA
ATATTTATAATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCAAGAATATGTCCTGTTCTATGTGTGTCCTGTGTATTTTTGTTTTACTCTGGCTGTTGCAG
ACTAACATAGATGCAGTGTTGTGCAAGCACTGCTGCTTGTACTGTTTTTGTCTTAGCTTAATAACATGGGAATAGGGAATGCT
Intron 6 GTAGTAACAT ... GTTTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.85 | 167 | 33.5 | 44 |
| A2 | 18.71 | 126 | 19 | 29 |
| A3 | 22.09 | 134 | 32 | 38 |
| A4 | 25.42 | 132 | 29.5 | 45 |
| A5 | 20.45 | 70 | 14 | 18 |
| A6 | 20.08 | 195 | 38 | 49 |
| A7 | 17.33 | 415 | 69.5 | 87 |
| A8 | 19.66 | 237 | 30.5 | 58 |
| A9 | 20.16 | 396 | 62 | 100 |
| A10 | 18.77 | 316 | 60.5 | 73 |
>TRINITY_DN105697_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoformGCTGAAGAAGCAGGTTGGGTTGGTCAGATTTCTGGTTTATACAACTGCCCACATGCATACAGCATCCTCATTTTTCACCGTCTCTTTATTTCTGACTATTTTGGTTTCCGTTAGGCTGCAGGAGGAGGATGTGAAGCACTGAAAACAAATAGAAGAACAAGTCTCGGGCGAGCATGGCGAGCAACAATACGTTCACCCTG
TCGAAAGAGAGCGAGCTTCGAATCGAAGTTGGGTGGGATGCGCCCCTCCGCTTACAGCTTACCTCTGGCGCCGCTGAAATCTTCGGCACCGAGTTGCCCCCTCAATACTGGCTCACCTTCCCTCCCGCCCACAAATTCGCGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGT
TGCAGATGAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACAGGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGGATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGA
GTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATTGTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCT
AGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAGTTACTTCTGCAAGCAATTGATACATTCCATGCAAATGTAGTGCTGGTTCTTGGACAGGAAAAGCTTTGTAGCATGTTGAAAGATGTTCTGAAAGGTAAAGCAAA
TGTGGACATTGTCAAGCTCCACAAATCAGGGGGAGTGGTTCCAAGAAATTCTAAGTATCGGCAGCGGATGCGTATTTACAGGACACGGGAATACTTCTATGGTCTTACCAATGAACTATCACCTCATGCCAATGTTGTAAATTTCAGTGACATGCTTATATATCGATTTGGTGGCCCTCAAGCACCTCGTTCTGCTTTGC
CAATTGGTGCAGAGCCTTCAGCAGATCCCACCCGTGTAGCTTCTGTTGCAATTACTATTGATCTTGTGCATGCTGTTCTTGCTGTTTCTTATGCCAAGGAGCCTGAGCTGCTACTCTCCAGCAACGTAGCTGGATTTATCTATATCACCGATATTGACATGGAAAGAGAGAAGATTTCATATATAGCTCCATGCCCAGGG
GAACTTCCCAGTAGGTTACTTTTGTCAGGATCGGTAACATGGGTGGACTAAGCCAGCTAATTTCTTGGATCGTAGTCTGTTCTAAGATGGAGAAAGTAGTGAACTGCTAAGTGCAAACTGAAGTTAATTGCATTGCTTTCCTGGGGACCAATTTTTGTTTGCATGTTGATTCATGTAATATAATGATATCTCATTACCAG
CAGGGGTAAAAATATTGCCTCGCTATTTACCAGATCATATGGCATTTCCTGCTTTTAAATGATGTTGGTTTCACTATTTTCTCCACCATATTTCAGTGTAAAAGCACAACTAGCAGTCAGTGATTATGTATGAAGATTCTTGAGCATTTAAAAATGTAAATTGTTAGCCCATTTAAAAAATGGGCCTATGGAACAATATT
TATAATCGGGAATTAGAAAATGTGTGGGTTGATGGTTGAGGAGTCAGATATACAAGTGGTTCTCCAACTGGTGGTTCCTGCTAGTCTGTTGCTTTTGTATGAAGACAGACTCACCCTTGTACATACTGGTGTATCAAGAATATGTCCTGC
>TRINITY_DN105697_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:TCCATATCCGGATCTAATTCCTGGTAACTCATTTTTTTTATCTTTTTGGTGTTCATCTCGTCCTTTCAGTGAAATGACCTAGCCCAAGAGTCTAAGCCATCAAAACTGAAAAGCAGGTATCTGAAATTCATTGATCTGTTTGTTCTTGGTATTCCCTCATAATGCCTTGTTGAAAGGCTTTCTGGTTCAAATTTGGTCTA
CCAAAGTAGTTTTCCTGTATATAGTGATTGCTCCAGTTGAAATGTTATACTCTATCGGAATTACCATGGTTATGAGGAGTCTTCTGAGGATTACTTCCTAGTAACTCTTGCATGTGTTGAGATTTTTGGTTTACTAATATGATATGTCAGTTTAACTTTAAGATATCAAAATATGTCCGATTGAATTACACGTGTTTCAA
GGGATTTTAACTGATAACACATGGTTTAGATTTCTGAAATATGTAGATCTAGCTCTGACAATTTTCTGACTTTCTAGATTTTCACATGGAATGGTGCTACTGTGGAAGTAGATGGTATAGCAGAAGTTGCATATGTTGCAGATGAGGTAATGAAATGTTCATTTCTAGCTTCTTGGTGCAGTTGGTTAGTAGGTGCAGAT
TTCCTTGTATATAGTTCATGGAGAGAGAAAATGATGGTATTCTAGCTTGGTTATTTTACTCTTTCATATAATTTTGTCAAATGCCACATGATGCAGACACCTATGGTGAGCTATGTCAATGTGCATGCTGTGCTGGAACGTCGTCGAGTTCGTGCCAAGGAAACATCAAATTCTAATCCTTCTAATCATTTAGAATCACA
Ggtagtaacattttgtaatgtaaaattaaaggaatagatccaatgagaaatcatcctatagaattttatattggtctgctttttaattcaaatgattaatttgtctcatcaatggctgaaaacaatctaaaaattcgtggacatgtctcgtgaaagaaatggcacatgcttgacatgaactttgccttggtatggttaaa
ctgttatgtctgaaacggataccaaatgaattgaatctaaggcaagaaacatggcatgcttagaatctgtgaacaatatgtcactctataggcccacttatttctgcattgactcttgagagctcgatatgcatttcctagtttttgttgcaggggttttgtaatatttgtttttgatttttctggcaacagtgaagaat
acaggcatggcctttcaattctactgatagtatatacttctaaattcattgccacactgacaactgttcctaggatcctctgagagtatcaatttcctaagggtgaatctctatttcagttaatcccttatcctaaatctggagagtttgctgcttctgcactcatgcctgttcttacatccttatttctcgcaaccttg
tgattagttgtggaattcatataatgaatgcctattatagtacattttatagatggctgcagagcagcatgacccaacatagttatgagaagtgagaacactaggcggattcctgtaataaattaactgatgtgtttatgcagGGTCCAAGAGTTATTGTGGTCGGTCCCACTGATTCGGGAAAGAGCTCTCTGGCAAGG
ATGTTGCTTAGCTGGGCTGCAAGGCTGAGTTGGAAGCCAACTTTTGTGGATTTGGACATTGGGCAGGGATCCATATCCATTCCTGGATGTATTGCTGCAACCCCCATTGAAATGCCAATTGATCCTATTGAAGGAATACCTCTAGAGATGCCTATTGTCTACTTTTATGGGCACACAACACCAAGTGGGAACCCAGGATT
GTACAAAGCAGTAGTGAAGGAACTTGCTAGAACTTTGGAGCAGCAGTTTGCTGTTAATGCGGAATCTCGAGCAGCAGGCATGGTGATCAATACAATGGGGTGGGTGGAAGGTGTTGGTTATGAG