sp|P10978|POLX_TOBAC ----> Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

Intron 1 GTACATTGTC ... AATATACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.73	13	15	14
A2	43.75	9	4	10
A3	48.15	7	2	11
A4	60	4	8	4
A5	71.43	2	8	2
A6	25.93	10	5	2
A7	35.85	17	9	10
A8	44	14	14	8
A9	30	21	10	8
A10	43.75	9	6	8

>TRINITY_DN45071_c3_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGGTCTCTGCTAAGGGTATTGCTTCCAGTAAGGAGCGAAAGATGACTAAATTGTTACATGAAAAGTGGATTTGCAAAAATAGTACGATAAGTCCAGCTTCAAACCCAAGGGAATTGGCACCATTTGGCTCAAATAACCTGGATTCCATGACTTTGTGTTGCATAATGTTCTCTATATTCTGGAGTTATAGAGAAACTTG
TTGTATCTTATGTAAATTCTATAGTAAGGTTATTCCATCCACATATTTGATGGGCATGTTGAGATAAGGAGATCCTTTGACAACCAAGTTATCATGTCTATGTATGAAGATGAGAAATTGTTGAAGCTAAAAGACACATTTTGCAAGGGCACATAATTTTGCACTCCTCTCACCATTATGAAGGATGATGTGATTGAAAG
GATTGGAAGACTGAATCTTGAAGAGAATGAAGCACCACTAGCTAAGCAACATGTATCCTCGTAGAAAGTTTCAAAGTGGGTCATGAAGACACTTGAAAGTGTTCATCTTGATGAAGTTGGAAAGATCGGAACTAGAAGTTCGACAAGACAAGAAGATGGAGGAGATGCAGATAATTCAAATTCATGTGATGTAGATGATA
TGGATGTTTCATATGATTGTGAATTGAATTTATCTTCTATCCTTGAACCAAAGAAGTTGTTGCTCATGATTAATGGAAAGAATCCATGTAGAATGAATATAATGCTCTCATAAAAATGGGACATGGAAGTTGGTGGTCCATCCATTTGGAACCAAACCAATTGGTTGCAAGTGGGTCTACAAGAACAAATACAAATTAGA
TGGCCCACTTGATAAGCATAAATCGAGGCTTCTAGAAAAAAAAATTGCATAGAAAGAAGGAATTGACTTTGATAAGAAATTACAACCCCCAAAATGTATCCTAAATAATAAATCGTTAAAAAATTGATTAAGAATTAATTAGCATCGCTAATCACATAAAAAATCAAACCCCTATTTCCCCTAGAAATATTTTTCGGTTG
CACAACAAACAATGTGCGGTTAACTTATTTTGAAACGTGTGGGGTTAACTTATTTTGCAGGGGACACCATGTCAAGTTAATTCAAAATTTTCAATTTGGAAAAGTCCTCCTTTTTCGTTTTTCCCAAAATCACTTACCAAACCAGGTCATTTTCCCGCTTCAACGAACTGTATATTTTACCAAAAGCTGAACTCTACTTG
TTACCAAACCAGGTCGTTTTCTTGCTTGAATGAACTCTTCAAGACAACCTATCAACACACCAGGTGCGATCCCATGCTTGAACGAACCTAGTAAGAAGAAAACCCTATGAAAAAACGCAGTCCAATGCCCTACTTTAGCGATCAAGATCAACAATTGGGTGAGGATTGGGATCAGGGTAATGATTGATTTGTGAGCGGCA
AGGTGAGTGTAATGATTTGATAGGAAAATGTTGTTTGACTTTTTGTTATGGTTCCTGTTGTGAATGAAGGGTATGCAATCATGTTTGGCATGTTTTATGTTCTAGTCAGGGCACTTGCGTATTACATTTACCGATCAAGATCAACAAATGGTTGAGGATCGAGATCACGGTAATGATTAATTCGTGAGCGACAAGGTTAG
TGTAATGATTTGATAGGAAACTATTGTTTGATTTTGTGTTACATTTTTCTGGATTCAATGAAGGGTATGAATTCACGTTTGGCATGTTTTATGTTCCAGTCAGGGCACTTGCCCACTACATTTACCGGTGGATCAGAGGAACTTTCCAGTGATTTCAATCGATAGAAGGGATAGGAGCGCCAGGGTTTGAATCAATTTTA
CCCTTTCTTATTTGATGTAGAAATCTGTTTGGTCCATCTGTATACATAGATTCGAGCTATTGTGGAAAACCATTTTGCTCTAAAAAATGATTCCATGCTCGGTCCCTTTCTCGAAGTTTAACTGATGTAACTATCGAGAACCTCTATTTTTTGGTGTTATATCCTCATAAGACCTGTTAATTTGGTTTTCTAATTTGTGC
AATTTTTGTCTATAAGCAGGCTTTAAAGTTTTTTTGTCAAATACTGTATATCCATATTAATCAATTTTACCCTTTATTATTTGATGCAGAAATCTATTTGGACCATCTGTCTACAATTCTAAAACCTTGGTTAGAAGGAGAAAAAAATCGAAAGTTC

>TRINITY_DN45071_c3_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGGTCTCTGCTAAGGGTATTGCTTCCAGTAAGGAGCGAAAGATGACTAAATTGTTACATGAAAAGTGGATTTGCAAAAATAGTACGATAAGTCCAGCTTCAAACCCAAGGGAATTGGCACCATTTGGCTCAAATAACCTGGATTCCATGACTTTGTGTTGCATAATGTTCTCTATATTCTGGAGTTATAGAGAAACTTG
TTGTATCTTATGTAAATTCTATAGTAAGGTTATTCCATCCACATATTTGATGGGCATGTTGAGATAAGGAGATCCTTTGACAACCAAGTTATCATGTCTATGTATGAAGATGAGAAATTGTTGAAGCTAAAAGACACATTTTGCAAGGGCACATAATTTTGCACTCCTCTCACCATTATGAAGgtacattgtctcccagt
cttttgtggcatgctagatatggacattgatagccttcatttgttaaagaagaatggtgtttttggttttcccaccattataaagaagttgaaacaatgtgatgcttgtatttttggaaaacatagtaagtagcctttccatgagccaaattccagggcacgtagaaaattagagttgatacattatgacttcattgacc
ccatggttgttgcttttgcaaatgataataaatatctcatgaattttattgatgaatataccagGATGATGTGATTGAAAGGATTGGAAGACTGAATCTTGAAGAGAATGAAGCACCACTAGCTAAGCAACATGTATCCTCGTAGAAAGTTTCAAAGTGGGTCATGAAGACACTTGAAAGTGTTCATCTTGATGAAGTTG
GAAAGATCGGAACTAGAAGTTCGACAAGACAAGAAGATGGAGGAGATGCAGATAATTCAAATTCATGTGATGTAGATGATATGGATGTTTCATATGATTGTGAATTGAATTTATCTTCTATCCTTGAACCAAAGAAGTTGTTGCTCATGATTAATGGAAAGAATCCATGTAGAATGAATATAATGCTCTCATAAAAATGG
GACATGGAAGTTGGTGGTCCATCCATTTGG

Intron 2 GTTAGTGTAA ... TATGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.97	13.3	13	17
A2	68.08	5.2	11	11
A3	54.12	13.2	12	19
A4	79.85	2.7	14	6
A5	44.05	3.8	4	2
A6	22.54	79.2	7	39
A7	23.06	36.8	5	17
A8	35.54	32.5	11	24.8
A9	24.56	50.8	1	32
A10	50.01	16	13	19

>TRINITY_DN45280_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTTTCCGTTTGCACAACAAACAATGTGGGGTTAACTTATTGGGTTAAATTATTTTAAACGTGTGGGGTTAACTTATTTTGCAGGGGACACCATGTCAAGTTAATTCAAAATTTTCAATTTGGAAAAGTCCTCCTTTTTCGTTTTTCCCAAAATCACTTACCAAACCAGGTCATTTTCCCGCTTCAACGAACTGTATATT
TTACCAAAAGCTGAACTCTACTTGTTACCAAACCAGGTCGTTTTCTTGCTTGAATGAACTCTTCAAGACAACCTATCAACACACCAGGTGTGATCCCATGCTTGAACGAACCTAGTAAGAAGAAAACCCTGTGAAAAAACGCAGTCCAATGCCCTACTTTAGCGATCAAGATCAACAACTGGGTGAGGATTTGGATTAGG
GTAATGATTGATTTGTGAGCGGCAAGGTGAGTGTAATGATTTGATAGGAAAATGTTGTTTGACTTTTTGTTATGGTTCCTGTTGTGAATGAAGGGTATGTATTCATGTTTGGCATGTTTTATGTTCTAGTTAGGGCACTTGCGTATTACATTTACCGATCAAGATCAACAAATGGTTGAGGATCGAGATCACGGTAATGA
TTAATTCGTGAGCGACAAGTCAGGGCACTTGCCCACTACATTTACCGGTGGATCAGAGGAACTTTCCAGTGATTTCAATCGATAGAAGAGATAGGAGCGCTAGGGTTTGAATCAATTTTACCCTTTCTTATTTGATGTAGAAATCTGTTTGGTCCATCTGTATACATAGATTCGAGCTATTGTGGAAAACCATTTTGCTC
TAAAAAATGATTCCATGCTCGGTCCCTTTCTCAAAGTTTAACTGATGTAACTATCGAGAATCTCTATTTTTTGGTGTTATATCCTCATAAGACCTGTTAATTTGGTTTTCTAATTTGTGCAATTTTTGTCTATAAGCAGGCTTTAAAGTTTTTTTGTCAAATACTGTATATCCATATTAATCAATTTTACCTTTTATTAT
TTGATACAGAAATCTATTTGGAC

>TRINITY_DN45280_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTTTCCGTTTGCACAACAAACAATGTGGGGTTAACTTATTGGGTTAAATTATTTTAAACGTGTGGGGTTAACTTATTTTGCAGGGGACACCATGTCAAGTTAATTCAAAATTTTCAATTTGGAAAAGTCCTCCTTTTTCGTTTTTCCCAAAATCACTTACCAAACCAGGTCATTTTCCCGCTTCAACGAACTGTATATT
TTACCAAAAGCTGAACTCTACTTGTTACCAAACCAGGTCGTTTTCTTGCTTGAATGAACTCTTCAAGACAACCTATCAACACACCAGGTGTGATCCCATGCTTGAACGAACCTAGTAAGAAGAAAACCCTGTGAAAAAACGCAGTCCAATGCCCTACTTTAGCGATCAAGATCAACAATTGGGTGAGGATTGGGATCAGG
GTAATGATTGATTTGTGAGCGGCAAGGTGAGTGTAATGATTTGATAGGAAAATGTTGTTTGACTTTTTGTTATGGTTCCTGTTGTGAATGAAGGGTATGCAATCATGTTTGGCATGTTTTATGTTCTAGTTAGGGCACTTGCGTATTACATTTACCGATCAAGATCAACAAATGGTTGAGGATCGAGATCACGGTAATGA
TTAATTCGTGAGCGACAAGgttagtgtaatgatttgataggaaactattgtttgattttgtgttacatttttctggattcaatgaagggtatgaattcacgtttggcatgttttatgttccagTCAGGGCACTTGCCCACTACATTTACCGGTGGATCAGAGGAACTTTCCAGTGATTTCAATCGATAGAAGGGATAGGA
GCGCCAGGGTTTGAATCAATTTTACCCTTTCTTATTTGATGTAGAAATCTGTTTGGTCCATCTGTATACATAGATTCGAGCTATTGTGGAAAACCATTTTGCTCTAAAAAATGATTCCATGCTCGGTCCCTTTCTCAAAGTTTAACTGATGTAACTATCGAGAATCTCTATTTTTTGGTGTTATATCCTCATAAGACCTG
TTAATTTGGTTTTCTAATTTGTGCAATTTTTGTCTATAAGCAGGCTTTAAAGTTTTTTTGTCAAATACTGTATATCCATATTAATCAATTTTACCTTTTATTATTTGATACAGAAATCTATTTGGAC