sp|Q8GUM5|NICA_ARATH ----> Nicastrin

Intron 1 GTAGTAACTC ... TTTCATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.08	24	50	32
A2	69.66	22	44	57
A3	66.67	21	52	32
A4	62.38	19	36	27
A5	76.47	4	13	13
A6	71.49	69	153	193
A7	72.16	76	214	180
A8	68.38	117	243	263
A9	68.48	90	202	189
A10	70.06	53	135	113

>TRINITY_DN127981_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TATTGAGTATGGTTTTGGAAACCAGACTCATGCATCAGGGTTTTCTCCTGATAAGACATTTCCACAGGCTGAATTTGCCCCTTATAAGAACAAGACCTATTTATGGAATCCTATTGGAGCTGGTATTCTGCAACACAGCTACAACTTTCCTGTCTTTATGCTGTCTCAAGAAAGTACTGCAGTTTTGCAAGAGGTCGCCA
AATTGAACAAACAACAGAACTTTAAGTATCCAGTAAACATGGCAGAGTTTGACCTAGTAATGCAGACGGCTAAATCTGGCACACATACTTCAGAATCCTGTCTTGAAGAGGGAACCTGTCTCCCCTTGGGAGGGTACAGTGTCTGGTCTTCACTCCCACCTATTAATGTTTCATCATCATTACCGGAAAAACCCATTATA
ATGGCAGTAGCAGCAATGGATTCTGCATCATTTTTCCGGGACAAGACTCCTGGAGCTGATTCTCCTCTATCTGGAATGATAGCACTGTTGGCAGCAGTTGATGCCTTATCACATATCGAAGACATGAGTGAATTTACGAAGCAGCTGGTCTTTTTAGTTGTCACGGGGGAAGCATGGGGTTATCTTGGCAGTCGACGATT
TCTTGCAGAACTTACATCTGGTGCAGATTCAGTTAATGGCCTTAGTAGTGCATTGATTGACCAGGTAGTAGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGGAGTTCCTACATTCTTTGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTTGGATCTG
AAGTTATTAAAGTTGAAAGAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGATACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGGAAGAATTCAACACAACCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGCTGCTTCT
CTGGTTTCACGGAGCCTGTATATTCTGGCAACCAATGGATCAGGAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGATGCTTGTTGTCTTGTAAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGTTTGCGCAAATCACTATGTTGGTGTTAT
CATGGGAGACCCTTCGTCTTCATATCCTGATTATGTTGATGATATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTTGCCCTGCTCAAAAGATTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACAAGGTATG
TTCCAGCATATTCAACTCGTCTTACCTATGACTCTGATTCTTGGAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAAGCTTTTGGAAAACTCTTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGGGGCTTGGGAAATTA
TGACATTAGTGCAAGCAACAGTGGTCATCAACTTATAGAACAATTTTTCCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTACATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAGGAAGTTTTAGGTGGCCAAATAGCTGGAGAATGAGACCAAAAAGAAAGAAGATCATGAAAGGTACA
TTTTTATCTGTGGTCTGTCTCCACTATTCAGCATTTTGGGAATGCCACCAGTGCTAGTGTAAACCAGCAACGGAACGAAAATTGGAAGTTACAAGCTCTTCAGAATTGCTAGACATGAGTACTGAGTAAGACGACTTGAAACTAGAGTAGTGTAGAAACCCATAAAAGAAATTGTTTCGGCCATTCTCATAATTGAAAAT
GCCAGATTCATCAATATGTTTTTGTTTGGCCTTAGAACATAGTTGGCTTCACTAATTTTGGAGACTAGAAATGGTTCAACTCTTAAATGGCTACGTGCCGCATATTGTGCTGAGTTGGGTGATGTATAATCATTATCATGGAATGAGAGTGTACAAAATAGTATGATGTTGCATGACAGGTTCTACGTTTGTTTTCTGGC
AATTGAGTATATTATTATTACTTTCATTTATTACTCTAGTATATGGACATGTCACATGACCCTGTGAA

>TRINITY_DN127981_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTAGTGCATTGATTGACCAGGTACTACTGCTAACATGAATTTTTTTTAACTGAAATGTAGTCATCTCTAGCTGATTGAATTTATAAGCGTGGATAGTTCATATGTTTCTGTCCACATGGTTATTGTTTTAAAAAAAGTTCACACAATTTTCGTGCATACTGATTTCAAGAGAGCCTTTTTTGGCATTCTGCTGCATTAAT
TATTTTCTTCCTTATGCATAGGTAGTGGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGGAGTTCCTACATTCTTTGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTTGGATCTGAAGTTATTAAAGTTGAAAGAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGAT
ACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGGAAGAATTCAACACAACCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGCTGCTTCTCTGGTTTCACGGAGCCTGTATATTCTGGCAACCAATGGATCAG
GAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGATGCTTGTTGTCTTGTAAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGTTTGCGCAAATCACTATGTTGGTGTTATCATGGGAGACCCTTCGTCTTCATATCCTGATTATGTTGATGAT
ATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTTGCCCTGCTCAAAAGATTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACAAGGTATGTTCCAGCATATTCAACTCGTCTTACCTATGACTCTGATTCTTG
GAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAAGCTTTTGGAAAACTCTTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGgtagtaactctgggatctttccttgcaatattaagcactaaggcattttttatgaagg
ctctcaagaatgcttagaatgtaattactggcctgtacagattctggtaaaacatagagaatattcaatatatggattgtttatgccaaagcattgaacgcttttcattcagGGGCTTGGGAAATTATGACATTAGTGCAAGCAACAGTGGTCATCAACTTATAGAACAATTTTTCCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTA
CATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAGGAAGGTAAAGTGATTTTTCCTGTCATATTGATGAAATGCAGAGACTGCATTTTTTAAAGATTTTCTTATCCTCTTAATTTGCCGCATATGATTGAATTCAAGTTTTATATGGGTAATTGAAGTATTAGAGGTTTTGTC
GTTTGTTAGATGGCCAAATGTTCAGTTAAAACAAATAAATGACAGTTTTAGGTGGCCAAATAGCTGGAGAATGAGACCAAAAAGAAAGAAGATCATGAAAGGTACATTTTTATCTGTGGTCTGTCTCCACTATTCAGCATTTTGGGAATGCCACCAGTGCTAGTGTAAACCAGCAACGGAACGAAAATTGGAAGTTACAA
GCTCTTCAGAATTGCTAGACATGAGTACTGAGTAAGACGACTTGAAACTAGAGTAGTGTAGAAACCCATAAAAGAAATTGTTTCGGCCATTCTCATAATTGAAAATGCCAGATTCATCAATATGTTTTTGTTTGGCCTTAGAACATAGTTGGCTTCACTAATTTTGGAGACTAGAAATGGTTCAACTCTTAAATGGCTAC
GTGCCGCATATTGTGCTGAGTTGGGTGATGTATAATCATTATCATGGAATGAGAGTGTACAAAATAGTATGATGTTGCATGACAGGTTCTACGTTTGTTTTCTGGCAATTGAGTATATTATTATTACTTTCATTTATTACTCTAGTATATGGACATGTCACATGACCCTGTGAA

Intron 2 GTAGACTTTT ... CCTTGTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.87	49	0	18
A2	8.45	65	0	6
A3	26.32	56	1	20
A4	16.67	75	0	15
A5	21.62	29	0	8
A6	18.18	27	0	6
A7	19.47	91	0	22
A8	21.21	26	0	7
A9	13.4	84	0	13
A10	11.49	77	0	10

>TRINITY_DN116659_c1_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

TTGCCTTTACATGAAATGGAAACTGTTTTCAAAAGGATATTAAACGAACCTGGGTTTGCTCAGCAAGTAGAAGGTTTATTTATTGAGTATGGTTTTGGAAACCAGACTCATGCATCAGGGTTTTCTCCTGATAAGACATTTCCACAGGCTGAATTTGCCCCTTATAAGAACAAGACCTATTTATGGAATCCTATTGGAGC
TGGTATTCTGCAACACAGCTACAACTTTCCTGTCTTTATGCTGTCTCAAGAAAGTACTGCAGTTTTGCAAGAGGTCGCCAAATTGAACAAACAACAGAACTTTAAGTATCCAGTAAACATGGCAGAGTTTGACCTAGTAATGCAGACGGCTAAATCTGGCACACATACTTCAGAATCCTGTCTTGAAGAGGGAACCTGTC
TCCCCTTGGGAGGGTACAGTGTCTGGTCTTCACTCCCACCTATTAATGTTTCATCATCATTACCGGAAAAACCCATTATAATGGCAGTAGCAGCAATGGATTCTGCATCATTTTTCCGGGACAAGACTCCTGGAGCTGATTCTCCTCTATCTGGAATGATAGCACTGTTGGCAGCAGTTGATGCCTTATCACATATCGAA
GACATGAGTGAATTTACGAAGCAGCTGGTCTTTTTAGTTGTCACGGGGGAAGCATGGGGTTATCTTGGCAGTCGACGATTTCTTGCAGAACTTACATCTGGTGCAGATTCAGTTAATGGCCTTAGTAGTGCATTGATTGACCAGGTAGTAGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGGAGTTCCTACATTCTT
TGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTTGGATCTGAAGTTATTAAAGTTGAAAGAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGATACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGGAAGAATTCAACACAA
CCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGCTGCTTCTCTGGTTTCACGGAGCCTGTATATTCTGGCAAACAATGGATCAGGAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGATGCTTGTTGTCTTGT
AAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGTTTGCGCAAATCACTATGTTGGTGTTATCATGGGAGACCCTTCGTCTTCATATCCTGATTATGTTGATGATATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTTGCCCTGCTCAAAAGA
TTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACAAGGTATGTTCCAGCATATTCAACTCGTCTTACCTATGACTCTGATTCTTGGAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAAGCTTTTGGAAAACTC
TTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGGTAGTAACTCTGGGATCTTTCCTTGCAATATTAAGCACTAAGGCATTTTTTATGAAGGCTCTCAAGAATGCTTAGAATGTAATTACTGGCCTGTACAGATTCTGGTAAAACATAGAGAATATTCAATATATGGAT
TGTTTATGCCAAAGCATTGAACGCTTTTCATTCAGGGGCTTGGGAAATTATGACATTAGTGCAAGCAACAGTGGTCATCAACTTATAGAACAATTTTTCCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTACATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAGGAAGGTAAAGTGATT
TTTCCTGTCATATTGATGAAATGCAGAGACTGCATTTTTTAAAGATTTTCTTATCCTCTTAATTTGCCGCATATGATTGAATTCAAGTTTTATATGGGTAATTGAAGTATTAGAGGTTTTGTCGTTTGTTAGATGGCCAAATGTTCAGTTAAAACAAATAAATGACAGTTTTAGGTGGCCAAATAGCTGGAGAATGAGAC
CAAAAAGAAAGAAGATCATGAAAGGTACATTTTTATCTGTGGTCTGTCTCCACTATTCAGCATTTTGGGAATGCCACCAGTGCTAGTGTAAACCAGCAACGGAACGAAAATTGGAAGTTACAAGCTCTTCAGAATTGCTAGACATGAGTACTGAGTAAGACGACTTGAAACTAGAGTAGTGTAGAAACCCATAAAAGAAA
TTGTTTCGGCCATTCTCATAATTGAAAATGCCAGATTCATCAATATGTTTTTGTTTGGCCTTAGAACATAGTTGGCTTCACTAATTTTGGAGACTAGAAATGGTTCAACTCTTAAATGGCTACGTGCCGCATATTGTGCTGAGTTGGGTGATGTATAATCATTATCATGGAATGAGAGTGTACAAAATAGTATGATGTTG
CATGACAGGTTCTACG

>TRINITY_DN116659_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCTAGTAATGCAGgtagacttttatgttctttggaaattcctgaacttgtctcagacattgcttaggattcattcttgtgtttttcagtgcatatatatggtcaatgtgacaaatactaatattagttgttgggaaataatcaaatttgtccttgtctagACGGCTAAATCTGGCACACATACTTCAGAATCCTGTCTTG
AAGAGGGAACCTGTCTCCCCTTGGGAGGGTACAGTGTCTGGTCTTCACTCCCACCTATTAATGTTTCATCATCATTACCGGAAAAACCCATTATAATGGCAGTAGCAGCAATGGATTCTGCATCATTTTTCCGGGACAAGACTCCTGGAGCTGATTCTCCTCTATCTGGAATGATAGCACTGTTGGCAGCAGTTGATGCC
TTATCACATATCGAAGACATGAGTGAATTTACGAAGCAGCTGGTCTTTTTAGTTGTCACGGGGGAAGCATGGGGTTATCTTGGCAGTCGACGATTTCTTGCAGAACTTACATCTGGTGCAGATTCAGTTAATGGCCTTAGTAGTGCATTGATTGACCAGGTAGTAGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGG
AGTTCCTACATTCTTTGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTTGGATCTGAAGTTATTAAAGTTGAAAGAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGATACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGG
AAGAATTCAACACAACCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGCTGCTTCTCTGGTTTCACGGAGCCTGTATATTCTGGCAAACAATGGATCAGGAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGA
TGCTTGTTGTCTTGTAAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGTTTGCGCAAATCACTATGTTGGTGTTATCATGGGAGACCCTTCGTCTTCATATCCTGATTATGTTGATGATATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTT
GCCCTGCTCAAAAGATTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACAAGGTATGTTCCAGCATATTCAACTCGTCTTACCTATGACTCTGATTCTTGGAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAA
GCTTTTGGAAAACTCTTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGGTAGTAACTCTGGGATCTTTCCTTGCAATATTAAGCACTAAGGCATTTTTTATGAAGGCTCTCAAGAATGCTTAGAATGTAATTACTGGCCTGTACAGATTCTGGTAAAACATAGAGAAT
ATTCAATATATGGATTGTTTATGCCAAAGCATTGAACGCTTTTCATTCAGGGGCTTGGGAAATTATGACATTAGTGCAAGCAACAGTGGTCATCAACTTATAGAACAATTTTTCCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTACATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAG
GAAGGTAAAGTGATTTTTCCTGTCATATTGATGAAATGCAGAGACTGCATTTTTTAAAGATTTTCTTATCCTCTTAATTTGCCGCATATGATTGAATTCAAGTTTTATATGGGTAATTGAAGTATTAGAGGTTTTGTCGTTTGTTAGATGGCCAAATGTTCAGTTAAAACAAATAAATGACAGTTTTAGGTGGCCAAATA
GCTGGAGAATGAGACCAAAAAGAAAGAAGATCATGAAAGGTACATTTTTATCTGTGGTCTGTCTCCACTATTCAGCATTTTGGGAATGCCACCAGTGCTAGTGTAAACCAGCAACGGAACGAAAATTGGAAGTTACAAGCTCTTCAGAATTGCTAGACATGAGTACTGAGTAAGACGACTTGAAACTAGAGTAGTGTAGA
AACCCATAAAAGAAATTGTTTCGGCCATTCTCATAATTGAAAATGCCAGATTCATCAATATGTTTTTGTTTGGCCTTAGAACATAGTTGGCTTCACTAATTTTGGAGACTAGAAATGGTTCAACTCTTAAATGGCTACGTGCCGCATATTGTGCTGAGTTGGGTGATGTATAATCATTATCATGGAATGAGAGTGTACAA
AATAGTATGATGTTGCATGACAGGTTCTACG

Intron 3 GTAAAGTGAT ... TAAATGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.83	24	18	21
A2	65.85	14	38	16
A3	69.07	15	39	28
A4	73.68	5	20	8
A5	60	5	8	7
A6	59.17	79	201	28
A7	61.05	89	216	63
A8	62.03	150	362	128
A9	66.33	83	242	85
A10	61.57	54	130	43

>TRINITY_DN127981_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TATTGAGTATGGTTTTGGAAACCAGACTCATGCATCAGGGTTTTCTCCTGATAAGACATTTCCACAGGCTGAATTTGCCCCTTATAAGAACAAGACCTATTTATGGAATCCTATTGGAGCTGGTATTCTGCAACACAGCTACAACTTTCCTGTCTTTATGCTGTCTCAAGAAAGTACTGCAGTTTTGCAAGAGGTCGCCA
AATTGAACAAACAACAGAACTTTAAGTATCCAGTAAACATGGCAGAGTTTGACCTAGTAATGCAGACGGCTAAATCTGGCACACATACTTCAGAATCCTGTCTTGAAGAGGGAACCTGTCTCCCCTTGGGAGGGTACAGTGTCTGGTCTTCACTCCCACCTATTAATGTTTCATCATCATTACCGGAAAAACCCATTATA
ATGGCAGTAGCAGCAATGGATTCTGCATCATTTTTCCGGGACAAGACTCCTGGAGCTGATTCTCCTCTATCTGGAATGATAGCACTGTTGGCAGCAGTTGATGCCTTATCACATATCGAAGACATGAGTGAATTTACGAAGCAGCTGGTCTTTTTAGTTGTCACGGGGGAAGCATGGGGTTATCTTGGCAGTCGACGATT
TCTTGCAGAACTTACATCTGGTGCAGATTCAGTTAATGGCCTTAGTAGTGCATTGATTGACCAGGTAGTAGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGGAGTTCCTACATTCTTTGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTTGGATCTG
AAGTTATTAAAGTTGAAAGAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGATACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGGAAGAATTCAACACAACCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGCTGCTTCT
CTGGTTTCACGGAGCCTGTATATTCTGGCAACCAATGGATCAGGAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGATGCTTGTTGTCTTGTAAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGTTTGCGCAAATCACTATGTTGGTGTTAT
CATGGGAGACCCTTCGTCTTCATATCCTGATTATGTTGATGATATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTTGCCCTGCTCAAAAGATTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACAAGGTATG
TTCCAGCATATTCAACTCGTCTTACCTATGACTCTGATTCTTGGAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAAGCTTTTGGAAAACTCTTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGGGGCTTGGGAAATTA
TGACATTAGTGCAAGCAACAGTGGTCATCAACTTATAGAACAATTTTTCCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTACATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAGGAAGTTTTAGGTGGCCAAATAGCTGGAGAATGAGACCAAAAAGAAAGAAGATCATGAAAGGTACA
TTTTTATCTGTGGTCTGTCTCCACTATTCAGCATTTTGGGAATGCCACCAGTGCTAGTGTAAACCAGCAACGGAACGAAAATTGGAAGTTACAAGCTCTTCAGAATTGCTAGACATGAGTACTGAGTAAGACGACTTGAAACTAGAGTAGTGTAGAAACCCATAAAAGAAATTGTTTCGGCCATTCTCATAATTGAAAAT
GCCAGATTCATCAATATGTTTTTGTTTGGCCTTAGAACATAGTTGGCTTCACTAATTTTGGAGACTAGAAATGGTTCAACTCTTAAATGGCTACGTGCCGCATATTGTGCTGAGTTGGGTGATGTATAATCATTATCATGGAATGAGAGTGTACAAAATAGTATGATGTTGCATGACAGGTTCTACGTTTGTTTTCTGGC
AATTGAGTATATTATTATTACTTTCATTTATTACTCTAGTATATGGACATGTCACATGACCCTGTGAA

>TRINITY_DN127981_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTTGAAATGAAAATCATTAAGTACTCTTCGACTAAGAATAAGATGTGGGACTGTGATTCTAGCTTCCTGCTTTGGACTATTCACTTGATGGTTCCATGTCATGGTACATGCATTGGAATACACTGTATTGAAACTATGGTGGTGCAACTGACCTGCTTCATGTATCTCATGTAGGTCGCCAAATTGAACAAACAACAGA
ACTTTAAGTATCCAGTAAACATGGCAGAGTTTGACCTAGTAATGCAGACGGCTAAATCTGGCACACATACTTCAGAATCCTGTCTTGAAGAGGGAACCTGTCTCCCCTTGGGAGGGTACAGTGTCTGGTCTTCACTCCCACCTATTAATGTTTCATCATCATTACCGGAAAAACCCATTATAATGGCAGTAGCAGCAATG
GATTCTGCATCATTTTTCCGGGACAAGACTCCTGGAGCTGATTCTCCTCTATCTGGAATGATAGCACTGTTGGCAGCAGTTGATGCCTTATCACATATCGAAGACATGAGTGAATTTACGAAGCAGCTGGTCTTTTTAGTTGTCACGGGGGAAGCATGGGGTTATCTTGGCAGTCGACGATTTCTTGCAGAACTTACATC
TGGTGCAGATTCAGTTAATGGCCTTAGTAGTGCATTGATTGACCAGGTAGTAGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGGAGTTCCTACATTCTTTGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTTGGATCTGAAGTTATTAAAGTTGAAA
GAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGATACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGGAAGAATTCAACACAACCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGCTGCTTCTCTGGTTTCACGGAGCCTG
TATATTCTGGCAACCAATGGATCAGGAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGATGCTTGTTGTCTTGTAAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGTTTGCGCAAATCACTATGTTGGTGTTATCATGGGAGACCCTTCGTC
TTCATATCCTGATTATGTTGATGATATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTTGCCCTGCTCAAAAGATTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACAAGGTATGTTCCAGCATATTCAACTC
GTCTTACCTATGACTCTGATTCTTGGAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAAGCTTTTGGAAAACTCTTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGGTAGTAACTCTGGGATCTTTCCTTGCAATATTA
AGCACTAAGGCATTTTTTATGAAGGCTCTCAAGAATGCTTAGAATGTAATTACTGGCCTGTACAGATTCTGGTAAAACATAGAGAATATTCAATATATGGATTGTTTATGCCAAAGCATTGAACGCTTTTCATTCAGGGGCTTGGGAAATTATGACATTAGTGCAAGCAACAGTGGTCATCAACTTATAGAACAATTTTT
CCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTACATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAGGAAGgtaaagtgatttttcctgtcatattgatgaaatgcagagactgcattttttaaagattttcttatcctcttaatttgccgcatatgattgaattcaagttttatatggg
taattgaagtattagaggttttgtcgtttgttagatggccaaatgttcagttaaaacaaataaatgacagTTTTAGGTGGCCAAATAGCTGGAGAATGAGACCAAAAAGAAAGAAGATCATGAAAGGTACATTTTTATCTGTGGTCTGTCTCCACTATTCAGCATTTTGGGAATGCCACCAGTGCTAGTGTAAACCAGCA
ACGGAACGAAAATTGGAAGTTACAAGCTCTTCAGAATTGCTAGACATGAGTACTGAGTAAGACGACTTGAAACTAGAGTAGTGTAGAAACCCATAAAAGAAATTGTTTCGGCCATTCTCATAATTGAAAATGCCAGATTCATCAATATGTTTTTGTTTGGCCTTAGAACATAGTTGGCTTCACTAATTTTGGAGACTAGA
AATGGTTCAACTCTTAAATGGCTACGTGCCGCATATTGTGCTGAGTTGGGTGATGTATAATCATTATCATGGAATGAGAGTGTACAAAATAGTATGATGTTGCATGACAGGTTCTACGTTTGTTTTCTGGCAATTGAGTATATTATTATTACTTTCATTTATTACTCTAGTATATGGACATGTCACATGACCCTGTGAA

Intron 4 GTTCCTTTCA ... ATCTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.37	69	3	26
A2	22.5	62	4	18
A3	33.33	48	3	24
A4	27.27	48	4	18
A5	34.62	17	3	9
A6	13.25	72	0	11
A7	22.79	105	7	31
A8	21.66	123	0	34
A9	20.67	119	0	31
A10	18.18	108	0	24

>TRINITY_DN43152_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTATTTATTGAGTATGGTTTTGGAAACCAGACTCATGCATCAGGGTTTTCTCCTGATAAGACATTTCCACAGGCTGAATTTGCCCCTTATAAGAACAAGACCTATTTATGGAATCCTATTGGAGCTGGTATTCTGCAACACAGCTACAACTTTCCTGTCTTTATGCTGTCTCAAGAAAGTACTGCAGTTTTGCAAGAG
GTCGCCAAATTGAACAAACAACAGAACTTTAAGTATCCAGTAAACATGGCAGAGTTTGACCTAGTAATGCAGACGGCTAAATCTGGCACACATACTTCAGAATCCTGTCTTGAAGAGGGAACCTGTCTCCCCTTGGGAGGGTACAGTGTCTGGTCTTCACTCCCACCTATTAATGTTTCATCATCATTACCGGAAAAACC
CATTATAATGGCAGTAGCAGCAATGGATTCTGCATCATTTTTCCGGGACAAGACTCCTGGAGCTGATTCTCCTCTATCTGGAATGATAGCACTGTTGGCAGCAGTTGATGCCTTATCACATATCGAAGACATGAGTGAATTTACGAAGCAGCTGGTCTTTTTAGTTGTCACGGGGGAAGCATGGGGTTATCTTGGCAGTC
GACGATTTCTTGCAGAACTTACATCTGGTGCAGATTCAGTTAATGGCCTTAGTAGTGCATTGATTGACCAGGTAGTAGAAGTTGGTTCTGTTGGCAAAGCTATGATGGAGGGAGTTCCTACATTCTTTGCACACACTCAACAGGACTCTGATAGCACACAAGCTATTGCAAAAGCTTTCGAAAGGGCTGCTGCATCATTT
GGATCTGAAGTTATTAAAGTTGAAAGAGCTAGCACTTCTAATCCAGGGATACCACCTTCATCATTAATGTCCTTCCTAAACAAGGACCCTTCAACTCCAGGAATTGTGTTGGAAGAATTCAACACAACCTTCAAAAACAGTTTTTATCACAGTCATTTGGATGACTCACCAAATGTCAACTCTTCATCAATTACAGCAGC
TGCTTCTCTGGTTTCACGGAGCCTGTATATTCTGGCAAACAATGGATCAGGAAGCAATACAGTTCTGCAGTCAATTAATGTGAACGAATCGCTTGTTGAAGAGCTAGTAGGATGCTTGTTGTCTTGTAAACCAGGGCTATCTTGTAGATTGGTCAAAGAGCTGATCACACCTACCCAAGATTGCGCAAATCACTATGTTG
GTGTTATCATGGGAGACCCTTCGTCTTCATATCCTGATTATGTTGATGATATGTCCCGATTTATCTGGAATTTTCTCGCAGAGCGTACCTCTATTCCAAAAGAAGACTCCTTGCCCTGCTCAAAAGATTGCAAAAATTCAGGTGAACTGTGTGTTGGATCGAGAATAGATCATAAAGGAGTGTGCATGCTTTCAACAACA
AGGTATGTTCCAGCATATTCAACTCGTCTTACCTATGACTCTGATTCTTGGAAGGTTATTCCTGTTCAGCCTAATGATACAATGGGTAAAGTTGATCCAGTCTGGACTGAAAGCTTTTGGAAAACTCTTGGGGTTAGAGTTTACCTGCAACAGAACCCCTTCTTTGATGAACTTATTTTGTTGTCAGGGTTGGTAGTAAC
TCTGGGATCTTTCCTTGCAATATTAAGCACTAAGGCATTTTTTATGAAGGCTCTCAAGAATGCTTAGAATGTAATTACTGGCCTGTACAGATTCTGGTAAAACATAGAGAATATTCAATATATGGATTGTTTATGCCAAAGCATTGAACGCTTTTCATTCAGGGGCTTGGGAAATTATGACATTAGTGCAAGCAACAGTG
GTCATCAACTTATAGAACAATTTTTCCTAGCATTTAAAGTCTAAATGCTACATATAAAAGTATTGGAGGCTAGAGGCAGTGCGAAAAAAATGTTGAGGGTTCATATACAGAGGAAGGTAAAGTGATTTTTCCTGTCATATTGATGAAATGCAGAGACTGCATTTTTTAAAGATTTTCTTATCCTCTTAATTTGCCGCATA
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>TRINITY_DN43152_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

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