sp|Q9SS60|PP210_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g03580

Intron 1 GTAAGCCAGG ... TGAGATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	18	0	0
A2	23.08	10	2.5	3
A3	42.86	4	0	3
A4	0	4	0	0
A5	10	9	0	1
A6	27.08	35	3.1	13
A7	12.82	34	6.3	5
A8	30.3	23	7.4	10
A9	10	27	3.1	3
A10	28.57	20	6.9	8

>TRINITY_DN43725_c0_g3_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

AGGAGATGGGGATGGTGGTGGTGGTGCAGAGGAGGCATTTGAGATCTTTTGTCAAATGCAGTGGACAGATGTCAGGGCTAACCTGGTCACCATGATGGTGAGCCTGCTTCCAGCATGTGCTGAGTTAGGCAATATGGAAAGGGGTTGGGCAATTCATGCTTATATAATTAGAGATGGGTTTGAGACAGTTGTTTCTTTGG
GTAGTTCCCTTGTAGCTATGTATGCAAAGTGTGGGTTCATAGATATTGCGGGTAAAGAGTTTGACAGTATGGCTGAAAGAGACATGGTTTCATGGAATGTAGTGATTGTTGGTTATGTTCATGTATGGTTGCATAATTAGAAGAGGATTTGAGCTGGATGTTGCTGTAGGGGATTCCCTTATAGCTGTGTATGCCAAGTG
TGGGAGTTTAGACAACGGATTCCAAGTGTTTGACAAAATGTCTACAAAAGATGTGATTTCATGGACTGCAATGATTGCAGGGTATGTTCACAATGAGCAATTTCATGAGGCCTTGGAACTATTTTATAAAATGCAGGTGGGAGACTTGATACCAAGCTCAGTTACCGTGGTAAACGCCCTCTCACCCATTTAGGAGCTCT
TCAACATGGCAAATGGATTCATGATTATATAACTAGAGTGGATATGACTCAGATGTTTCTGTCAGGAATTCTCTCATAGTGATGTATGCTAAATGCGGGAACACAGATATGGCATGTCATTTATTTTATGAAATGCACATAAGAGATACGGGTTCATGGAATTCTATGATTGCACGCTGTGCCCAAAATGGACATTCTAT
GGAGGCCCTAACACTGTTTCTCCAAATGCATTTGTCGGGTTTGTAACCTAACTCAGTTACCTTTGGGAGTGTTCTGTCAGCTTGTGCCAATCTAGGGGCTTTGCAACATGGCAAGGGCATCCATGATTGCATAATCAAATGTGGACCTGAGTCAGATATTTCTGTGGGTATTGATCTCTTAGACATGTATGCCAGATGTG
GGAATGTCAAATTTGCACATGACTTATTCGATAGGATTCCTAAAAGAGATGCCGTTTCATGGACTGCAATGATTGGGGGGTATGGACTATGAAATGCATGGGTATGGCAAAAACGCACTTGAACTCTTTTCCCAAATGCAAGAAACAAGTGTGATGCCAAATCATGAAACCTTTGTTTCTGTTTTATCTGCATGCAGTCA
TGCAGGCCTGGTGGATGAAGGCTGGCGATACTTTGATTACATGGCTCAAAAATATTGCATCACACCTAATGTTAATCACTATGCATGCATGGCTGACCTTCTTGGTCGTGCTGGGAATCCACATGATGCACTATATTTCATTGGAAAAATGCCAATAAAACCTGATGTTGGTGTTGGGGGGGGGGAGGGCTTGCTCCTTT
CCAGCTATACATTTTCCTGGCTCCTTTCCTTCTCCCTCCCCTACAGTTTTGAAGGACTGCAGCCCTCAGCTGGCGTGGACAACTTGGCTGCCCAAAGCTGGCATAGGCAACTTGGTAGATGAACTCACCCAGTTTTGTCGCTCAGATTTTCAATGGACAAATTCCACATGCCAATCCTCTGTTTGGGTATGAGAACATCA
AGCGAGTTTTTTTTCTGGACCATTCTCAACAGCCAGCATTATTATGCCAGAAGAAACAAGAAGGATACCGAAGTATAGCAGAAGAGCAACCTTAGATATTCAGGTTTATTGCACTCTTTTGGTCGATGAGTGTTATAGATTACTATTTTCAATTTTGGTTTAACCAATGACATGGGTGTTTTATGGTAAGCCAGGTATGT
TGAGAATAATTTGATAAATGTTGCTCTTGTTTTTTAACTTTATGCTATCATTTCTCTTCATCTTTGTTATATTAGTTATCATGGGTGATCCATTATGTTGAATTCAGGTACTAAGACATCTTTATATGCATTCAATGCACTTGAGCCCCTCC

>TRINITY_DN43725_c0_g3_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CATGCCAATCCTCTGTTTGGgtaagccaggtttattgtttgagggcattatttctgaaatttaccccctgccattgttttgttaaacctttgacacaagcttctttgagatgaagGTATGAGAACATCAAGCGAGTTTTTTTTCTGGACCATTCTCAACAGCCAGCATTATTATGCCAGAAGAAACAAGAAGGATACCGA
AGTATAGCAGAAGAGCAACCTTAGATATTCAGGTTTATTGCACTCTTTTGGTCGATGAGTGTTATAGATTACTATTTTCAATTTTGGTTTAACCAATGACATGGGTGTTTTATGGTAAGCCAGGTATGTTGAGAATAATTTGATAAATGTTGCTCTTGTTTTTTAACTTTATGCTATCATTTCTCTTCATCTTTGTTATA
TTAGTTATCATGGGTGATCCATTATGTTGAATTCAGGTACTAAGACATCTTTATATGCATTCAATGCACTTGAGCCCCTCC

Intron 2 GTATGGCAAA ... CTGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.19	5	12	20
A2	88.24	2	13	17
A3	72.55	7	15	22
A4	72.41	4	11	10
A5	73.33	2	7	4
A6	79.71	14	55	55
A7	75	19	64	50
A8	73.21	15	40	42
A9	70.37	16	42	34
A10	91.74	5	58	53

>TRINITY_DN106150_c8_g2_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

CAGAAACTTAGGAACCAAGAAGAATGCATTCCGGTGTTTGACAAAATATCTCAACGTAACGTTTTCTTGTGGAATGCAATCTTCACAGGTTATATCAGAGATGGATTCTTTGAGGAATCTCTTGCTCTCTATTGCCAAATGCAGCAGGAAGGAATGTGGCCAAACAGATACAGCTTACCCTTTGCACTGAAGGCTTGTGC
CCATCTATCAGCTCTGCAAGAGGGAAAGTAGATTCATTATAGTATTGGTAAAATGTGTTTTGAATTCGATGTTGTTGCATTGGTAAATATGTGTGCCAAGTGTGGCAGATTGGATGATGCACGCCAAGTGTGGCAGATTGGAGGATGCACGCCAAGTGTTTGATAAAATGTCTGATGTCTGAAAGAGATGCAGTCTCATG
GAATGCCATGATGTTGGGTATCTTCAGAGTGGAGTTGCAGAGGAGGCATTTGAGATCTTTTGTCAAATGCAGTGGACAGATGTCAGGGCTAACCTGGTCACCATGATGGTGAGCCTGCTTCCAGCATGTGCTGAGTTAGGCAATATGGAAAGGGGTTGGGCAATTCATGCTTATATAATTAGAGATGGGTTTGAGACAGT
TGTTTCTTTGGGTAGTTCCCTTGTAGCTATGTATGCAAAGTGTGGGTTCATAGATATTGCGGGTAAAGAGTTTGACAGTATGGCTGAAAGAGACATGGTTTCATGGAATGTAGTGATTGTTGGTTATGTTCATGTATGGTTGCATAATTAGAAGAGGATTTGAGCTGGATGTTGCTGTAGGGGATTCCCTTATAGCTGTG
TATGCCAAGTGTGGGAGTTTAGACAACGGATTCCAAGTGTTTGACAAAATGTCTACAAAAGATGTGATTTCATGGACTGCAATGATTGCAGGGTATGTTCACAATGAGCAATTTCATGAGGCCTTGGAACTATTTTATAAAATGCAGGTGGGAGACTTGATACCAAGCTCAGTTACCGTGGTAAACGCCCTCTCACCCAT
TTAGGAGCTCTTCAACATGGCAAATGGATTCATGATTATATAACTAGAGTGGATATGACTCAGATGTTTCTGTCAGGAATTCTCTCATAGTGATGTATGCTAAATGCGGGAACACAGATATGGCATGTCATTTATTTTATGAAATGCACATAAGAGATACGGGTTCATGGAATTCTATGATTGCACGCTGTGCCCAAAAT
GGACATTCTATGGAGGCCCTAACACTGTTTCTCCAAATGCATTTGTCGGGTTTGTAACCTAACTCAGTTACCTTTGGGAGTGTTCTGTCAGCTTGTGCCAATCTAGGGGCTTTGCAACATGGCAAGGGCATCCATGATTGCATAATCAAATGTGGACCTGAGTCAGATATTTCTGTGGGTATTGATCTCTTAGACATGTA
TGCCAGATGTGGGAATGTCAAATTTGCACATGACTTATTCGATAGGATTCCTAAAAGAGATGCCGTTTCATGGACTGCAATGATTGGGGGGTATGGACTATGAAATGCATGGTCATGCAGGCCTGGTGGATGAAGGCTGGCGATACTTTGATTACATGGCTCAAAAATATTGCATCACACCTAATGTTAATCACTATGCA
TGCATGGCTGACCTTCTTGGTCGTGCTGGGAATCCACATGATGCACTATATTTCATTGGAAAAATGCCAATAAAACCTGATGTTGGTGTTGGGGGGGGGGAGGGCTTGCTCCTTTCCAGCTATACATTTTCCTGGCTCCTTTCCTTCTCCCTCCCCTACAGTTTTGAAGGACTGCAGCCCTCAGCTGGCGTGGACAACTT
GGCTGCCCAAAGCTGGCATAGGCAACTTGGTAGATGAACTCACCCAGTTTTGTCGCTCAGATTTTCAATGGACAAATTCCACATG

>TRINITY_DN106150_c8_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CCGAATTCATATAGTTGTTCAGCATTATGGCGAAGGTTATATCAGAGATGGATTCTTTGAGGAATCTCTTGCTCTCTATTGCCAAATGCAGCAGGAAGGAATGTGGCCAAACAGATACAGCTTACCCTTTGCACTGAAGGCTTGTGCCCATCTATCAGCTCTGCAAGAGGGAAAGTAGATTCATTATAGTATTGGTAAAA
TGTGTTTTGAATTCGATGTTGTTGCATTGGTAAATATGTGTGCCAAGTGTGGCAGATTGGATGATGCACGCCAAGTGTGGCAGATTGGAGGATGCACGCCAAGTGTTTGATAAAATGTCTGATGTCTGAAAGAGATGCAGTCTCATGGAATGCCATGATGTTGGGTATCTTCAGAGTGGAGTTGCAGAGGAGGCATTTGA
GATCTTTTGTCAAATGCAGTGGACAGATGTCAGGGCTAACCTGGTCACCATGATGGTGAGCCTGCTTCCAGCATGTGCTGAGTTAGGCAATATGGAAAGGGGTTGGGCAATTCATGCTTATATAATTAGAGATGGGTTTGAGACAGTTGTTTCTTTGGGTAGTTCCCTTGTAGCTATGTATGCAAAGTGTGGGTTCATAG
ATATTGCGGGTAAAGAGTTTGACAGTATGGCTGAAAGAGACATGGTTTCATGGAATGTAGTGATTGTTGGTTATGTTCATGTATGGTTGCATAATTAGAAGAGGATTTGAGCTGGATGTTGCTGTAGGGGATTCCCTTATAGCTGTGTATGCCAAGTGTGGGAGTTTAGACAACGGATTCCAAGTGTTTGACAAAATGTC
TACAAAAGATGTGATTTCATGGACTGCAATGATTGCAGGGTATGTTCACAATGAGCAATTTCATGAGGCCTTGGAACTATTTTATAAAATGCAGGTGGGAGACTTGATACCAAGCTCAGTTACCGTGGTAAACGCCCTCTCACCCATTTAGGAGCTCTTCAACATGGCAAATGGATTCATGATTATATAACTAGAGTGGA
TATGACTCAGATGTTTCTGTCAGGAATTCTCTCATAGTGATGTATGCTAAATGCGGGAACACAGATATGGCATGTCATTTATTTTATGAAATGCACATAAGAGATACGGGTTCATGGAATTCTATGATTGCACGCTGTGCCCAAAATGGACATTCTATGGAGGCCCTAACACTGTTTCTCCAAATGCATTTGTCGGGTTT
GTAACCTAACTCAGTTACCTTTGGGAGTGTTCTGTCAGCTTGTGCCAATCTAGGGGCTTTGCAACATGGCAAGGGCATCCATGATTGCATAATCAAATGTGGACCTGAGTCAGATATTTCTGTGGGTATTGATCTCTTAGACATGTATGCCAGATGTGGGAATGTCAAATTTGCACATGACTTATTCGATAGGATTCCTA
AAAGAGATGCCGTTTCATGGACTGCAATGATTGGGGGGTATGGACTATGAAATGCATGGgtatggcaaaaacgcacttgaactcttttcccaaatgcaagaaacaagtgtgatgccaaatcatgaaacctttgtttctgttttatctgcatgcagTCATGCAGGCCTGGTGGATGAAGGCTGGCGATACTTTGATTACAT
GGCTCAAAAATATTGCATCACACCTAATGTTAATCACTATGCATGCATGGCTGACCTTCTTGGTCGTGCTGGGAATCCACATGATGCACTATATTTCATTGGAAAAATGCCAATAAAACCTGATGTTGGTGTTGGGGGGGGGGAGGGCTTGCTCCTTTCCAGCTATACATTTTCCTGGCTCCTTTCCTTCTCCCTCCCCT
ACAGTTTTGAAGGACTGCAGCCCTCAGCTGGCGTGGACAACTTGGCTGCCCAAAGCTGGCATAGGCAACTTGGTAGATGAACTCACCCAGTTTTGTCGCTCAGATTTTCAATGGACAAATTCCACATG