sp|Q41249|PORA_CUCSA ----> Protochlorophyllide reductase, chloroplastic

Intron 1 GTAGCTTTGG ... ATATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.37	10	9	0
A2	85.71	1	6	2
A3	75	4	12	0
A4	56.76	16	21	1
A5	66.67	2	4	0
A6	74.19	8	23	6
A7	62.07	11	18	0
A8	62.07	11	18	0
A9	56.52	20	26	1
A10	54.55	10	12	0

>TRINITY_DN43509_c0_g2_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

AAGGGTAATGTTATCATAACAGGCGCATCCTCTGGTTTAGGAGAATACAAAGCTCTCAAGGCCAGTGGGGAATGGCATATTTTTATGGCTTGTAGAGATTTCGTTAAGGCAGAGAGAATGGTCCGAACGGTTGGAATTCCCAAAGAGAATTATAATGTCATGCATTTGGATTTGGATTCTCTTGGAAGTGTAAGACAATT
TGCTGATAATTTCAACCGCTCTGGAAGGCGCTGCTGGATGTGTTGGTTTGTAACGTTGCAGTTTATTTGCACACTACCAACGTACCCACATTCACAGCTTAGGGTTTTGAATTGAGTGTGGGTACAAATCATCTGGCCCACTTTCTTCTATCCAGATTGCTGTTGGAGGACTTGGAAAAGTTCAATTTCAAATCAAAGCG
AGTTATAATTGTTGGATCAATTGCAGTGCTGAATACTCTGGAGGCAAGAGGGTAAGGCTTGACCTCCACAAGTTGGTTGAATCTTCCTTATTCCCTGGTCAGGTGATTGAAGTTGAAGGTCACACTCCAAATGGGCACTGCTTGGTTGCATCAAGGGTTGTTGATTCATTTCCTATTTTGAATTCTCTTCATCCAGATAA
TCAAGATGCCCCTTCAGCGAAGAGACTAGTAGTGGACCAGACATTACAGGAAATGTTTTTCCCTAGATCTCAAAAAACCATTTCAATTGTAACTACAGCCATCATTACTTGTTTCTTGTAGATGGGTCCTTCTGTTGATTAAGAGCATCCACAAATCAAAATTGGAACAGTAGATAGATTCTATGGGGAAATATTCCAAG
AGGAAGTTTGTGCAAGGTTACGAGATTATTGTGAAGAGATGGGGCCTGTTGCACGTGTTGTCCTCGTGCCATCTACACGTGACGCACATCATGATTTTGCGTTTCCACAGATAAATTATGTTGCAAATCCAGGGTATTTCTGCTTGGATGAGGTTAGCATAGGTGATAAAAACCTATGTCTCTCACAAGCATCAACCATA
TTGCAGAATGCATAATACTCTTAAAAAATTACTTACATTTTTGTAATATGTCTTCCTCACCCTCCAGCGTGAACCCATTTTGGGTAAACTCTGCTTTGATCTGTTGATCCATGAGGGTGTAACTAAATGGCTTGCAAGCAAGCAACAACAAATTTATTAAGAAAAATAAACCTTGGACTCATAACCTAAGAGAGGAAGAA
ATGGTTTGTCTTCCTGCCCCTATCTAAACTAAACCAACATGTGACTGTATTGGCATTTGAAAGCCTATTTCAGCATTGAGTTGCACATAAAAATTTCTTCCTGTTTCCTGATATTGAAAATAATATAAAGTCAATAAAATGATCTCCC

>TRINITY_DN43509_c0_g2_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAGGGTAATGTTATCATAACAGGCGCATCCTCTGGTTTAGGAGAATACAAAGCTCTCAAGGCCAGTGGGGAATGGCATATTTTTATGGCTTGTAGAGATTTCGTTAAGGCAGAGAGAATGGTCCGAACGGTTGGAATTCCCAAAGAGAATTATAATGTCATGCATTTGGATTTGGATTCTCTTGGAAGTGTAAGACAATT
TGCTGATAATTTCAACCGCTCTGGAAGGCGCTGCTGGATGTGTTGGTTTGTAACGTTGCAGTTTATTTGCACACTACCAACGTACCCACATTCACAGCTTAGGGTTTTGAATTGAGTGTGGGTACAAATCATCTGGCCCACTTTCTTCTATCCAGATTGCTGTTGGAGGACTTGGAAAAGTTCAATTTCAAATCAAAGCG
AGTTATAATTGTTGGATCAATTGCAGTGCTGAATACTCTGGAGGCAAGAGGGTAAGGCTTGACCTCCACAAGTTGGTTGAATCTTCCTTATTCCCTGGTCAGGTGATTGAAGTTGAAGGTCACACTCCAAATGGGCACTGCTTGGTTGCATCAAGGGTTGTTGATTCATTTCCTATTTTGAATTCTCTTCATCCAGATAA
TCAAGATGCCCCTTCAGCGAAGAGACTAGTAGTGGACCAGACATTACAGGAAATGTTTTTCCCTAGATCTCAAAAAACCATTTCAATTGTAACTACAGCCATCATTACTTGTTTCTTGTAGATGGGTCCTTCTGTTGATTAAGAGCATCCACAAATCAAAATTGGAACAGTAGATAGATTCTATGGGGAAATATTCCAAG
AGGAAGTTTGTGCAAGGTTACGAGATTATTGTGAAGAGATGGGGCCTGTTGCACGTGTTGTCCTCGTGCCATCTACACGTGACGCACATCATGATTTTGCGTTTCCACAGgtagctttggtagtttctttgtctttcccaataagtaatttttatccagaatacttactttttcaatcatatgtacttttagcatttata
aatggtgtcttatgcattatgccaagtcttgacatgtaccttgaatggctttgcaaccaccatttgatgttcataaggctgatgatcctaatcagcaagtatgctaatattttattgaatttgtcattttggtatctttgtttccagtgaatttttgtatttttaaaattgttctttgatgtaacttgaagaaaatcaac
atatgtgcagATAAATTATGTTGCAAATCCAGGGTATTTCTGCTTGGATGAGGTTAGCATAGGTGATAAAAACCTATGTCTCTCACAAGCATCAACCATATTGCAGAATGCATAATACTCTTAAAAAATTACTTACATTTTTGTAATATGTCTTCCTCACCCTCCAGCGTGAACCCATTTTGGGTAAACTCTGCTTTGAT
CTGTTGATCCATGAGGGTGTAACTAAATGGCTTGCAAGCAAGCAACAACAAATTTATTAAGAAAAATAAACCTTGGACTCATAACCTAAGAGAGGAAGAAATGGTTTGTCTTCCTGCCCCTATCTAAACTAAACCAACATGTGACTGTATTGGCATTTGAAAGCCTATTTCAGCATTGAGTTGCACATAAAAATTTCTTC
CTGTTTCCTGATATTGAAAATAATATAAAGTCAATAAAATGATCTCCC

Intron 2 GTATGCTAAT ... ATATGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.55	8	0	1
A2	6.97	13.5	2	0
A3	15.17	9.5	0	3
A4	21.85	10.5	3	2
A5	0	3	0	0
A6	40.5	13.5	9	9
A7	10.06	16.5	2	0
A8	29.03	11	4	5
A9	15.68	19	4	3
A10	0	21.5	0	0

>TRINITY_DN44826_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoform

TCCTTGTGCCATCTACACGTGACGGACATCATGATTTTCTGTTTCCACAGCCACCATTTGATGTTCATAACGCTGATGATCCTAATCAGCAAATAAATTATGTTGCAAATCCAGGGTATTTCTGCTTGGATGAGATTACCATTGGAGTCTGTACTGTGGATGTCCTTAGACACCTTAGCAGTGAGGAAATCTCCCGAATT
CCTGATTCTAGCTCAAATGACCGACTTGCAAGGCTTGCAACTGATGTTCTAAGCCAGCGTAGCTTCTACCCACTTTTTCCAGGAGCTTCTGGTTTGCCTTTGGACCTATCTGTTTCACCTGATGCCTTGCACATTGTTTCCATTCCTGACATTCTTATTTTGCCCTCTGATCTTGCATCATTTGTGAAGGTTTTGCAAGT
GGGTGATGTACCTAAGCAAGCAGAGCTGGAGTCATTACAAAATGGTGATTATGGGAACCAGACGAAGCAATTGAAGTGTGTTTGTATCAATCCTAGCAGGTTGGCCAAGGGTACCAATGGAGGTACTTTTGCTGAGCTCCTTTACACGGGGAAAGATCAAAATTCCATTTCGCAAAAATTGGAACACTGTTTTGAAGATA
GAACTATGGTTTCCATTGTGCGCATCTGATCACAGACGTTGTTTATCATTGCTATTTTGTAATTCTTTAATGATCTGGACATACAAGGCCATTGGACTTGATTGTCTGAATGAAAGAACAAGCTGGTTTATGCATGATTTGGTCCACTGCTTAGCAAGCTTTGTCCTTTTCGTTGCAAATGGGACCACTGGCCTTTTTAT
AGAAAACATATTCCCTTGAAAATCGCCTGGGTGTATTCTATACACAATGTCCAATATTGTGCCCGTTTCTTTTCACTACAACAAAATGGCAGCTTGCATTCATTTGATGTTAAGGGTCAAGCTTCAGCGATGCAAGAGTCTACAGAGACTAAATTTGTCCAGATTGAAAATAACTGGGATCCATTTTCACGAGACTTGTA
GCTGGCATTTTACAAACATGAAAGTTAAGCCAAG

>TRINITY_DN44826_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CAGTGAAAACAAGGGAAGCTCCAACAAGCAAAAAAATAGATATAAAGGGTAATGTTATCATAACAGGCGCATCCTCTGGTTTAGGAGAATACAAAGCTCTCAAGGCCAGTGGGGAATGGCATATTTTTATGGCTTGTAGAGATTTCGTTAAGGCAGAGAGAATGGTCCGAACGGTTGGAATTCCCAAAGAGAATTATAAT
GTCATGCATTTGGATTTGGATTCTCTTGGAAGTGTAAGACAATTTGCTGATAATTTCAACCGCTCTGGAAGGCGCTGCTGGATGTGTTGGTTTGTAACGTTGCAGTTTATTTGCACACTACCAACGTACCCACATTCACAGCTTAGGGTTTTGAATTGAGTGTGGGTACAAATCATCTGGCCCACTTTCTTCTATCCAGA
TTGCTGTTGGAGGACTTGGAAAAGTTCAATTTCAAATCAAAGCGAGTTATAATTGTTGGATCAATTGCAGTGCTGAATACTCTGGAGGCAAGAGGGTAAGGCTTGACCTCCACAAGTTGGTTGAATCTTCCTTATTCCCTGGTCAGGTGATTGAAGTTGAAGGTCACACTCCAAATGGGCACTGCTTGGTTGCATCAAGG
GTTGTTGATTCATTTCCTATTTTGAATTCTCTTCATCCAGATAATCAAGATGCCCCTTCAGCGAAGAGACTAGTAGTGGACCAGACATTACAGGAAATGTTTTTCCCTAGATCTCAAAAAACCATTTCAATTGTAACTACAGCCATCATTACTTGTTTCTTGTAGATGGGTCCTTCTGTTGATTAAGAGCATCCACAAAT
CAAAATTGGAACAGTAGATAGATTCTATGGGGAAATATTCCAAGAGGAAGTTTGTGCAAGGTTACGAGATTATTGTGAAGAGATGGGGCCTGTTGCACGTGTTGTCCTCGTGCCATCTACACGTGACGCACATCATGATTTTGCGTTTCCACAGGTAGCTTTGGTAGTTTCTTTGTCTTTCCCAATAAGTAATTTTTATC
CAGAATACTTACTTTTTCAATCATATGTACTTTTAGCATTTATAAATGGTGTCTTATGCATTATGCCAAGTCTTGACATGTACCTTGAATGGCTTTGCAACCACCATTTGATGTTCATAAGGCTGATGATCCTAATCAGCAAgtatgctaatattttattgaatttgtcattttggtatctttgtttccagtgaattttt
gtatttttaaaattgttctttgacgtaacttgaagaaaatcaacatatgtgcagATAAATTATGTTGCAAATCCAGGGTATTTCTGCTTGGATGAGATTACCATTGGAGTCTGTACTGTGGATGTCCTTAGACACCTTAGCAGTGAGGAAATCTCCCGAATTCCTGATTCTAGCTCAAATGACCGACTTGCAAGGCTTGC
AACTGATGTTCTAAGCCAGCGTAGCTTCTACCCACTTTTTCCAGGAGCTTCTGGTTTGCCTTTGGACCTATCTGTTTCACCTGATGCCTTGCACATTGTTTCCATTCCTGACATTCTTATTTTGCCCTCTGATCTTGCATCATTTGTGAAGGTTTTGCAAGTGGGTGATGTACCTAAGCAAGCAGAGCTGGAGTCATTAC
AAAATGGTGATTATGGGAACCAGACGAAGCAATTGAAGTGTGTTTGTATCAATCCTAGCAGGTTGGCCAAGGGTACCAATGGAGGTACTTTTGCTGAGCTCCTTTACACGGGGAAAGATCAAAATTCCATTTCGCAAAAATTGGAACACTGTTTTGAAGATAGAACTATGGTTTCCATTGTGCGCATCTGATCACAGACG
TTGTTTATCATTGCTATTTTGTAATTCTTTAATGATCTGGACATACAAGGCCATTGGACTTGATTGTCTGAATGAAAGAACAAGCTGGTTTATGCATGATTTGGTCCACTGCTTAGCAAGCTTTGTCCTTTTCGTTGCAAATGGGACCACTGGCCTTTTTATAGAAAACATATTCCCTTGAAAATCGCCTGGGTGTATTC
TATACACAATGTCCAATATTGTGCCCGTTTCTTTTCACTACAACAAAATGGCAGCTTGCATTCATTTGATGTTAAGGGTCAAGCTTCAGCGATGCAAGAGTCTACAGAGACTAAATTTGTCCAGATTGAAAATAACTGGGATCCATTTTCACGAGACTTGTAGCTGGCATTTTACAAACATGAAAGTTAAGCCAAG

Intron 3 GTCTGTGATT ... ATTGATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.33	58	0	4
A2	3.85	25	1	1
A3	2.13	46	0	2
A4	4.95	48	1	4
A5	0	15	0	0
A6	11.76	60	8	8
A7	2.59	94	5	0
A8	7.25	32	1	4
A9	5.75	82	5	5
A10	8.8	57	6	5

>TRINITY_DN47569_c1_g4_i1 from sample A10 / Example spliced isoform

AAGGCTTGACCTCCACAAGTTGGTTGAATCTTCCTTATTCCCTGGTCAGGTGATTGAAGTTGAAGGTCACACTCCAAATGGGCACTGCTTGGTTGCATCAAGGGTTGTTGATTCATTTCCTATTTTGAATTCTCTTCATCCAGATAATCAAGATGCCCCTTCAGCGAAGAGACTAGTAGTGGACCAGACATTACAGGAAA
TGTTTTTCCCTAGATCTCAAAAAACCATTTCAATTGTAACTACAGCCATCATTACTTGTTTCTTGTAGATGGGTCCTTCTGTTGATTAAGAGCATCCACAAATCAAAATTGGAACAGTAGATAGATTCTATGGGGAAATATTCCAAGAGGAAGTTTGTGCAAGGTTACGAGATTATTGTGAAGAGATGGGCCCTGGTGCA
CGTGTTGTCCTTGTGCCATCTACACGTGACGCACATCATGATTTTGTGTTTCCACAGCCACCATTTGATGTTCATAACGCTGATGATCCTAATCAGCAAATAAATTATGTTGCAAATCCAGGGTATTTCTGCTTGGATGAGATTACCATTGGAGTTTGCACAGTGGATGTCCTAAGACACCTTAGCAGTGAAGAAATCTC
CCAAATTCCGGAACATAGCTCAAATGATCGGCTTGCAAGACTTTCAACTCACATTCTAAGCCAGCGTAGCTTCTACCCACTTTTTCCAG

>TRINITY_DN47569_c1_g4_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:

AAGGCTTGACCTCCACAAGTTGGTTGAATCTTCCTTATTCCCTGGTCAGGTGATTGAAGTTGAAGGTCACACTCCAAATGGGCACTGCTTGGTTGCATCAAGGGTTGTTGATTCATTTCCTATTTTGAATTCTCTTCATCCAGATAATCAAGATGCCCCTTCAGCGAAGAGACTAGTAGTGGACCAGACATTACAGGAAA
TGTTTTTCCCTAGATCTCAAAAAACCATTTCAATTGTAACTACAGCCATCATTACTTGTTTCTTGTAGATGGGTCCTTCTGTTGATTAAGAGCATCCACAAATCAAAATTGGAACAGTAGATAGATTCTATGGGGAAATATTCCAAGAGGAAGTTTGTGCAAGGgtctgtgatttctctacttccacttagcataatttg
gtgtgcttaaaagcaactaaaatattgtttactttttattctaatacaatattgatgcagTTACGAGATTATTGTGAAGAGATGGGGCCTGTTGCACGTGTTGTCCTCGTGCCATCTACACGTGACGCACATCATGATTTTGCGTTTCCACAGGTAGCTTTGGTAGTTTCTTTGTCTTTCCCAATAAGTAATTTTTATCC
AGAATACTTACTTTTTCAATCATATGTACTTTTAGCATTTATAAATGGTGTCTTATGCATTATGCCAAGTCTTGACATGTACCTTGAATGGCTTTGCAACCACCATTTGATGTTCATAAGGCTGATGATCCC