NA ----> NA

Intron 1 GTATGTATGG ... GGCAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	74.8	408.5	1495	846
A2	75.3	309.5	1237	586
A3	71.82	449	1446	734
A4	73.81	361	1320	638
A5	72.94	147.5	496	268
A6	73.75	31	115	48
A7	57.39	229	374	217
A8	55.81	175	299	124
A9	58.94	103.5	175	114
A10	49.84	175	217	123

>TRINITY_DN44293_c5_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTTGTTTGTTTTCTTTTTGTTGTTTTTGCTATTGTTGTTTGTATCATTTGCTATTGTTTTTTTTGTTTTTCTATTTCTATGGGTGTTATTTTCTTGCATTTATGAGCATGGCCGTGCTAATTTATTGTTTGGTGCTTTTTTTTTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTGATATGTTTTTCTTATCTTTGTGAATATTTTTTGT
TTGGGTTCAATTGGTGTAGAAATAAGGTAGGCCTTGGAAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGCAGATTTCACCGGTATGTTATGGCTAAAGGCGGAGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCTTGTGCCTATAAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATT
GCATAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGCCATGGATGCTTTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTG

>TRINITY_DN44293_c5_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCTTTGTTTGTTTTCTTTTTGTTGTTTTTGCTATTGTTGTTTGTATCATTTGCTATTGTTTTTTTTGTTTTTCTATTTCTATGGGTGTTATTTTCTTGCATTTATGAGCATGGCCGTGCTAATTTATTGTTTGGTGCTTTTTTTTTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTGATATGTTTTTCTTATCTTTGTGAATATTTTTTGT
TTGGGTTCAATTGGTGTAGAAATAAGGTAGGCCTTGGAAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGCAGATTTCACCGGTATGTTATGGCTAAAGGCGGAGgtatgtatgggagaatttacttgttcgttgctacataattttataattatagggttccatgttttcatttcacttagtcgctgcttcttaattttatca
tgtatgtttaaatttagaggcagtgcagGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCTTGTGCCTATAAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGA
CAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGCCATGGATGCTTTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTG

Intron 2 GTATGTGCTT ... TTGTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.29	344	183	1715
A2	80.78	301	148	1265
A3	84.92	312	115	1757
A4	82.04	360	161	1644
A5	84.11	113	59	598
A6	79.89	35	5	139
A7	86.61	68	20	440
A8	85.12	54	24	309
A9	83.95	39	12	204
A10	87.76	36	14	258

>TRINITY_DN134298_c1_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GACAAGTTCAGTTAGTAAAGGTGAAGATTGTGGTGGGTGTTCTTGGTTGGCCATGTATGCTTTTTGGTGTTGTAGAGTAGAGTTCAATTGGTGCGGAAATTAAGGTAGGCCTTGGCAAGCCATTTTGTGGGCATATGGCTAGTGCAAATGCCACCGGTATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGGTATGTATGGGAGAATTT
ACTTGTTCGTTGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCT

>TRINITY_DN134298_c1_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAATATTTATCATAAGATTTAATGGTCTCTGTCTAATGCTTATCTATATTTTGGTGTACAGGGTGTTCTTGGTTGGCCATGTATGCTTTTTGGTGTTGTAGAGTAGAgtatgtgcttgttatttctctttggttgttttatttttgttgtttttgtttgtatcatttgctatttgctattgttttttattgttttctat
ttctatgggtattaatttttttgcatttatgagcatggccatgctaatttgttgtttggtgtttttttttggctttctcatatgtttttatatttgtgaatattttgtgtttagGTTCAATTGGTGCGGAAATTAAGGTAGGCCTTGGCAAGCCATTTTGTGGGCATATGGCTAGTGCAAATGCCACCGGTATGTATGTA
TGGCTAAAGGCGGAGGTATGTATGGGAGAATTTACTTGTTCGTTGCTACATAATTTTATAATTTTAGGGTTCCT

Intron 3 GTATGTATGG ... TTAAATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.61	557	1495	830
A2	68.76	405	1237	546
A3	66.28	537	1446	665
A4	65.87	495	1320	591
A5	65.77	190	496	234
A6	57.78	57	115	41
A7	47	305	374	167
A8	43.14	263	299	100
A9	44.78	172	175	104
A10	40.22	220	217	79

>TRINITY_DN44293_c5_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

TCTTTGTTTGTTTTCTTTTTGTTGTTTTTGCTATTGTTGTTTGTATCATTTGCTATTGTTTTTTTTGTTTTTCTATTTCTATGGGTGTTATTTTCTTGCATTTATGAGCATGGCCGTGCTAATTTATTGTTTGGTGCTTTTTTTTTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTGATATGTTTTTCTTATCTTTGTGAATATTTTTTGT
TTGGGTTCAATTGGTGTAGAAATAAGGTAGGCCTTGGAAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGCAGATTTCACCGGTATGTTATGGCTAAAGGCGGAGAGGCAGTGCAGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCTTGTGCCTATAAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGG
TCTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGCCATGGATGCTTTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTG

>TRINITY_DN44293_c5_g1_i8 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TCTTTGTTTGTTTTCTTTTTGTTGTTTTTGCTATTGTTGTTTGTATCATTTGCTATTGTTTTTTTTGTTTTTCTATTTCTATGGGTGTTATTTTCTTGCATTTATGAGCATGGCCGTGCTAATTTATTGTTTGGTGCTTTTTTTTTTTTCTTTTGTTGGTTTTCTGATATGTTTTTCTTATCTTTGTGAATATTTTTTGT
TTGGGTTCAATTGGTGTAGAAATAAGGTAGGCCTTGGAAAGCCATATTGTGGGCATATGGCTAATGCAGATTTCACCGGTATGTTATGGCTAAAGGCGGAGgtatgtatgggagaatttacttgttcgttgctacataattttataattatagggttccatgttttcatttcacttagtcgctgcttcttaattttatca
tgtatgtttaaatttagAGGCAGTGCAGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCTTGTGCCTATAAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGA
CAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGCCATGGATGCTTTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTG

Intron 4 GTATGTATGG ... GCTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76.77	380.7	1457.3	937.7
A2	77.55	298.3	1245.3	729
A3	72.73	437	1372.7	819.3
A4	76.38	340	1331.7	749
A5	74.79	143.3	514.7	297.7
A6	73.71	32	108.3	57.3
A7	61.92	181.7	323.3	231
A8	62.38	129	260.7	130.7
A9	67.06	77.3	165.7	133.3
A10	58.23	123.7	193	138

>TRINITY_DN44293_c5_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

ATATTGTGGGCATATGGCTAATGTAGATTCCACTGGTATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGGTATGTATGGGAGAATTTACTTGTTCATTGCTACATAATTTTATAATTGTAGGGTTCCATGTTTTCATTGAACTTAGTTGCTGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGCTAATGCGGGTAAAGGA
AGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATGTGCGACTTTTGGTCTTTGCAGAAGATGTACTGAATTCTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGC
CATGGATGCTTTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTGTAGATTTCCACCGGTATGTGTGTATGGCTAGAGGAGGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCTTGTGCCTATAAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCT
GGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGCCATGGATGCTTTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTG

>TRINITY_DN44293_c5_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:

ATATTGTGGGCATATGGCTAATGTAGATTCCACTGGTATGTATGTATGGCTAAAGGCGGAGGTATGTATGGGAGAATTTACTTGTTCATTGCTACATAATTTTATAATTGTAGGGTTCCATGTTTTCATTGAACTTAGTTGCTGCTTCTTAATTTTATCATGTATGTTTGTTTAAATTTAGAGCTAATGCGGGTAAAGGA
AGGTAATTGGAATCTCAACACATCAACAAGACTTTCCTGTAGTTGAGTAGAGTTTCAAATGTGCGACTTTTGGTCTTTGCAGAAGATGTACTTAATTCTGCGTAAGTGTTCTGGGTTTTGTTGAATATTTTTTGCTTGGGTTCAATTGGTGCGGAAATTAAGGTAGGCCTTGGAAATCCATATTGTGGGCATATGGCTAA
TGTAGATTTCCACCGGTATGTGTGTATGGCTAGAGGAGgtatgtatgggagaatttacttgttcgttgctacataattttataattgtagggttccatgttttcatttagcttagttgttgcttcttaaatttatcatgtatgtttgtttaaatttggagctaatgcagGTAAAGGAAGGTAATTGGAATCTCAACACAT
CAACAAGACTTTCTTGTGCCTATAAGTTGAGTAGAGTTTCAAATATGCGACTTTTGGTCTTTGCAATTGCATAAGATGTACTTAATTTTGCTGGTTGAGGAAATTAAGGCTTCTCCAAACAACCTATATCGTGGATATAGACAAGTGCAGCGGGTGAAGGTGAAGATTGAGGTGTGTGTTCGTGGTTGGCCATGGATGCT
TTTTGGTGTTACAGAGCGCAGTCTGTGCTTG