sp|P31583|RHN1_NICPL ----> Ras-related protein RHN1

Intron 1 GTATGCCTTA ... TGGATGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92.59	2	23	27
A2	70	6	10	18
A3	87.34	5	46	23
A4	95.24	1	22	18
A5	69.81	8	17	20
A6	88.24	4	32	28
A7	79.64	17	63	70
A8	87.71	11	87	70
A9	87.85	13	95	93
A10	85.99	11	62	73

>TRINITY_DN44949_c2_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CGGGGAAGGATATTTAAAGATATACAGGGTAAACCACTGGCTCTGATTATGGAGCCTAATCTGGTGGGGACATCAAGTGAGCCTTTGCATAGCTCCCGAGACCTTCTGCTTGCATTACACAACACTCAACCACTTGAGCTAGCCCACCGGGCTTCTTGGCATAAGATTGCGTGGAAACTAAGGCAAGCCCAAACAGTCCA
GGTGATGTAGATTCCACAAGTGTGGTGGGTGCAAGTGAAGGCTAATGAGAAGGTACAACCGTGGCCTCTTCTTTATTGGACAAGCAAGGAAGAAAGAGCTTGCTTACAGCCAGTTTTACGGGAATGGTGTTTCTTGGTGATATGGGTTCTGGAAAATCGAGCCTCATTTTGTGATTTTTCAAAGGCCAATTCTTGGATTA
TTAGACGCTAGCTGTGAATGTGGTCGCTGTGAAATTTGAGATACGGGACACTACAGGTCTAGAAAGATATCATAGCTTGGCTCACATGTATTATCGTGGTGTTGCTGCAGCGATAATTGTTTATGACATCACAAATTTGGAAGGTACAAACTTGGATTCTGTCCAAACGGGCCTGATTGTTGATACAGGCATCAAAAGAT
GCCTTGTCCACGTCCACCTGTTAAAGAAATTCTCAAAAAGACTCAACAGTTGGCTTCTGCCACGAATGATGCCTACCCAAACAGATATCCCCAGCATAGGCATAACAATTATCATCTTCAAGCAGATAGAACCTACTTGCAGCAGCCTTTGGCCAATGCTTCTCAGTGATTTCCTGGAAGTTCACCTAGCATAGGCATAA
CAATTATCATCATCAAGCAGATGGAACCTACTTGCAGCAGCCTTTGGCCAATGCTTCTCGGTGATTGCCTGGAAGTTCACCTATACGTGGGTATCCAAAGAATCAGCAAAAGAAATGGACACATCGTCTCCCCCAACATCAGGTAAATCAGAGTCAAGGCCAATCATCAAAGCCTATGGAAAATGGATTATTGAGTCAAG
CAAGCAGTCTCTGCTGCATTGCCACTTCCACAAGGACATTTTAGGTTCGTTGACATGACTCAGTGCATGGCTGTTCTTCTGTGGGGACTGTTGTAAGTTTGTAATATTTTTTTTTATGTTAACTTGTATCAAAACATGTTACTTTGATGCCTATCTACCTAATTCTTAGTCTTTCCTCCTGTTATGTTGGGGGCATGACA
GTTACGTGATTGTCAAAATTATACCTTGATTGGTATATTTATTTTGAGATTTGAATATTCAATTTTACCAAACTTCAAAATTATTGTTTCATATTGAACTCCTTGGTCTTTAGCACCAATTAATAGCAAATTTTCTTTCTTACAGTTTTTC

>TRINITY_DN44949_c2_g1_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TTTCCATGGGCATAGTGGGTGTCATGGAAGGATATTCAACTAATGCAGTTTCCATGGGCATAGTGGGTGTCATGGAAGGATATTCAACTAATGCAGTTTCCATGGGCATAGTGGGTGTCGGGGAAGGATATTTAAAGATATgtatgccttaatctatatcatttaagatatatgtcttggtatatgattttcttttttcc
aaggaatattttgtggggaaatactccaaatacttccccatattttatggatggtagACAGGGTAAACCACTGGCTCTGATTATGGAGCCTAATCTGGTGGGGACATCAAGTGAGCCTTTGCATAGCTCCCGAGACCTTCTGCTTGCATTACACAACACTCAACCACTTGAGCTAGCCCACCGGGCTTCTTGGCATAAGA
TTGCGTGGAAACTAAGGCAAGCCCAAACAGTCCAGGTGATGTAGATTCCACAAGTGTGGTGGGTGCAAGTGAAGGCTAATGAGAAGGTACAACCGTGGCCTCTTCTTTATTGGACAAGCAAGGAAGAAAGAGCTTGCTTACAGCCAGTTTTACGGGAATGGTGTTTCTTGGTGATATGGGTTCTGGAAAATCGAGCCTCA
TTTTGTGATTTTTCAAAGGCCAATTCTTGGATTATTAGACGCTAGCTGTGAATGTGGTCGCTGTGAAATTTGAGATACGGGACACTACAGGTCTAGAAAGATATCATAGCTTGGCTCACATGTATTATCGTGGTGTTGCTGCAGCGATAATTGTTTATGACATCACAAATTTGGAAGGTACAAACTTGGATTCTGTCCAA
ACGGGCCTGATTGTTGATACAGGCATCAAAAGATGCCTTGTCCACGTCCACCTGTTAAAGAAATTCTCAAAAAGACTCAACAGTTGGCTTCTGCCACGAATGATGCCTACCCAAACAGATATCCCCAGCATAGGCATAACAATTATCATCTTCAAGCAGATAGAACCTACTTGCAGCAGCCTTTGGCCAATGCTTCTCAG
TGATTTCCTGGAAGTTCACCTAGCATAGGCATAACAATTATCATCATCAAGCAGATGGAACCTACTTGCAGCAGCCTTTGGCCAATGCTTCTCGGTGATTGCCTGGAAGTTCACCTATACGTGGGTATCCAAAGAATCAGCAAAAGAAATGGACACATCGTCTCCCCCAACATCAGGTAAATCAGAGTCAAGGCCAATCA
TCAAAGCCTATGGAAAATGGATTATTGAGTCAAGCAAGCAGTCTCTGCTGCATTGCCACTTCCACAAGGACATTTTAGGTTCGTTGACATGACTCAGTGCATGGCTGTTCTTCTGTGGGGACTGTTGTAAGTTTGTAATATTTTTTTTTATGTTAACTTGTATCAAAACATGTTACTTTGATGCCTATCTACCTAATTCT
TAGTCTTTCCTCCTGTTATGTTGGGGGCATGACAGTTACGTGATTGTCAAAATTATACCTTGATTGGTATATTTATTTTGAGATTTGAATATTCAATTTTACCAAACTTCAAAATTATTGTTTCATATTGAACTCCTTGGTCTTTAGCACCAATTAATAGCAAATTTTCTTTCTTACAGTTTTTC

Intron 2 GTACTTATGC ... TTGGGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	32.26	21	0	10
A2	15.38	11	0	2
A3	38.46	8	0	5
A4	22.22	7	0	2
A5	60	2	2	3
A6	18.18	18	0	4
A7	23.19	53	0	16
A8	18.42	62	0	14
A9	31.75	43	5	20
A10	23.94	54	1	17

>TRINITY_DN43323_c1_g6_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTGATATCTCTTTAATATATTTTATAATATTTTACAGTTTATGTTTAATGTTTTTAATGATATTTTGTTGTCTTTATTTTTTTTATAAGATTTGTTTGTTTTAGATTTGTTGCATTTAATGGGTGGGGTAATCAAGGTAGTATGAAATCAACTAATGCAGTTTCCATGGGCATAGTGGGTGTCAGGGAAGAAGGATATT
CAACTAATGCAGTTTCCATGGGCATAGTGGGTGTCATGGAAGGATATTCAACTAATGCAGTTTCCATGGGCATAGTGGGTGTCGGGAAAGGATATTTAAAGATATGTATGCCTTAATCTATATCATTTAAGATATATGTCTTGGTATATGATTTTCTTTTTTCCAAGGAATATTTTGTGGGGAAACACTCCAAATACTTC
CCCATATTTTATGGATGGTAGACAGGGTAAACCACTGGCTCTGATTATGGAGCCTAATCTGGTGGGGACATCAAGTGAGCCTTTGCATAGCTCCCGAGACCTTCTGCTTGCATTACACAACACTCAACCACTTGAGCTAGCCCACCGGGCTTCTTGGCATAAGATTGCGTGGAAACTAAGGCAAGCCCAAACAGTCCAGG
TGATGTAGATTCCACAAGTGTGGTGGGTGCAAGTGAAGGCTAATGAGAAGGTACAACCGTGGCCTCTTCTTTATTGGACAAGCAAGGAAGAAAGAGCTTGCTTACAGCCAGTTTTACGGGAATGGTGTTTCTTGGTGATATGGGTTCTGGAAAATCGAGCCTCATTTTGTGATTTTTCAAAGGCCAATTCTTGGATTATT
AGACGCTAGCTGTGAATGTGGTCGCTGTGAAATTTGAGATACGGGACACTACAGGTCTAGAAAGATATCATAGCTTGGCTCACATGTATTATCGTGGTGTTGCTGCAGCGATAATTGTTTATGACATCACAAATTTGGAAGGTACAAACTTGGATTCTGTCCAAACGGGCCTGATTGTTGATACAGGCATCAAAAGATGC
CTTGTCCACGTCCACCTGTTAAAGAAATTCTCAAAAAGACTCAACAGTTGGCTTCTGCCACGAATGATGCCTACCCAAACAGATATCCCTAGCATAGGCATAACAATTATCATCTTC

>TRINITY_DN43323_c1_g6_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCTTGGCATAAGATgtacttatgcatacaatatttggtttctatttaatattttttataatttacagtatgctaatatttctcatgggatttttgtgtttttgttgggttcagTGCGTGGAAACTAAGGCAAGCCCAAACAGTCCAGGTGATGTAGATTCCACAAGTGTGGTGGGTGCAAGTGAAGGCTAATGAGAAGGT
ACAACCGTGGCCTCTTCTTTATTGGACAAGCAAGGAAGAAAGAGCTTGCTTACAGCCAGTTTTACGGGAATGGTGTTTCTTGGTGATATGGGTTCTGGAAAATCGAGCCTCATTTTGTGATTTTTCAAAGGCCAATTCTTGGATTATTAGACGCTAGCTGTGAATGTGGTCGCTGTGAAATTTGAGATACGGGACACTAC
AGGTCTAGAAAGATATCATAGCTTGGCTCACATGTATTATCGTGGTGTTGCTGCAGCGATAATTGTTTATGACATCACAAATTTGGAAGGTACAAACTTGGATTCTGTCCAAACGGGCCTGATTGTTGATACAGGCATCAAAAGATGCCTTGTCCACGTCCACCTGTTAAAGAAATTCTCAAAAAGACTCAACAGTTGGC
TTCTGCCACGAATGATGCCTACCCAAACAGATATCCCTAGCATAGGCATAACAATTATCATCTTC