sp|Q9LUT2|METK4_ARATH ----> S-adenosylmethionine synthase 4

Intron 1 GCCGGTGACC ... TGACCAAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.96	35	18	3
A2	36.36	7	4	5
A3	27.27	24	9	8
A4	40	27	18	3
A5	43.48	13	10	3
A6	20	16	4	0
A7	35.14	24	13	2
A8	45.45	18	15	6
A9	40.91	13	9	0
A10	33.33	18	9	3

>TRINITY_DN125772_c0_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform

GATTCATAATGAGAAGTAAAAAACTATGTTCTTCAATTCAATGTTTATTTATGAGTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGGTGAGGACGTTACTCTGGCTTATTATTCGTGATAATTTTATACTTTTCCTTTTTGTCATAATTACCTACCCTGCCTTTCATTTTGTCATAGTTATTTGGTATGGATGATTCACGAAGAACA
AAATCAATAGTGAAGAAGTTATTATTGATTCCAGTGTCTATTTTTATTTATTTTTCTTTCCTAGATTCTTTTAAGAATATTTATTTTTATTGATTTTTTTTTGTTTTTATTAAAAATTGAAATTATTTAGATTTAATAATAGTTAATTAAGTTATGTTTAATTTGATTATTAATCTTAAACATTTTTATACAAAAGCAAT
TTTTTTTTGTTTTTCTTGTTATGATTATTAAATTGATGTAATATTTTTTTATTTATCTTTCATTGCAGGTGATTCATAATGAGAAGTAAAAAATTATGTTCTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGTGTTGGATGCGTGCCTCATAGCAAGGTTGCCTACGAACAGATCGTTCGTAA
GACCTGCAGGGAGAATGGTTAACATTGAACATCAGAGCCCTGACATTGCCCAGGGCTTTCATTTGGAGCTGAGGAGATTGAAGCCGGTGGCCAAGAGGCTGAGGAGATTGGAGGTGAGGACGTTACTCTGGCTTATTATTCGTGATAATTTTATACTTTTCCTTTTTGCATTAATCGTGATAATTTTAAACTTTTCCTTT
TTTCATAATTACCTACCCTGAATAATTACCTACTCTACCTTTCATTTTGTCATAGTTATTTGGTGTTCTTAACATAAAATGGATGATTCACGAAGAACAAAATCAATAATGAAGAACAAAAGCTTCTATCAATGTCAGATCGATTTAATGGATTTGTTTTTTTTTTTTTTTCATAATTACTTTTAAACGCTCTTACTCGT
TTTATATTTCATGGTATGGATGATTCATGAAGAACAAAATCAAGAAGTGAAGAATTTATTTTGATTCCAATGTCTATTTTATTTTATTTTTCC

>TRINITY_DN125772_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATCTGGGTTTTGTTTCTTTAACCAATTGTGTTTTGTTTTATATAGATCTTCTTATGGGTTTTGTTTGTTTAACCAATTGTGTTTTGTTTGTTTGTTTAACCATATTATTTGACCATATTTCTGATGCAGTGTTGGATGCGTGCCTCATAGAAAGGTTGCCTACGAACAGATCGTTCGTAAGACCTGCAGGGAGAATGG
TTAACATTGAACATCAGAGCCCTGACATTGCCCAGGGCTTTCATTTGGAgccggtgaccagggtgacatgtatttaattttggagccggtgaccaagagGCTGAGGAGATTGAAGCCAGTGACCAAGGTGACATTTAATTTTGTTGTTATAAATATTATGCTTTGTTTTGATTATTAATATTAAGTTTCACTGATCCACT
A

Intron 2 GTGAGGAATG ... TATTTATGAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44	7	6	5
A2	100	0	1	1
A3	0	1	0	0
A4	33.33	2	1	1
A5	50	2	2	2
A6	-1	0	0	0
A7	-1	0	0	0
A8	33.33	4	2	2
A9	-1	0	0	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN125772_c0_g1_i24 from sample A1 / Example spliced isoform

GATTCATAATGAGAAGTAAAAAACTATGTTCTTCAATTCAATGTTTATTTATGAGTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGGTGAGGACGTTACTCTGGCTTATTATTCGTGATAATTTTATACTTTTCCTTTTTGTCATAATTACCTACCCTGCCTTTCATTTTGTCATAGTTATTTGGTATGGATGATTCACGAAGAACA
AAATCAATAGTGAAGAAGTTATTATTGATTCCAGTGTCTATTTTTATTTATTTTTCTTTCCTAGATTCTTTTAAGAATATTTATTTTTATTGATTTTTTTTTGTTTTTATTAAAAATTGAAATTATTTAGATTTAATAATAGTTAATTAAGTTATCTTTAATTTGATTTTTAATTTTAAACTTTTTATACAAAAGCATTT
TTTTTGTTTTTTTATGATTATTAAATTGATTTAAATAAATCATAATGAGAATGAGAAGTAAAAAATTATGTTCTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGGTGAGGAATGTTTATTTATGAGGTGAGGACGTTACTCTGGCTTATTATTCGTGATAATTTTATACTTTTCCTTTTTGTC
ATAATTACCTACCCTGAATAATTACCTACTCTACCTTTCATTTTGTCATAGTTATTTGGTGTTCTTAACATAAAATGGATGATTCACGAAGAACAAAATCAATAATGAAGAACAAAAACTCATTTTGTTTGGTGTTCTTTAACATAAAGCTTCAATGTCAAATCGATTTAATGGATTTGGTTTTTTTTTTTTCAATGTCA
AATCGATTTAACATAAAGCTTCAATTCTATACTCGTTTTATATTTCATGGTATGGATGATTCATGAAGAACAAAATCAAGAAGTGAAGAATTTATTTTGATTCCAATGTCTATTTTATTTTATTTTTCC

>TRINITY_DN125772_c0_g1_i24 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GATTCATAATGAGAAGTAAAAAACTATGTTCTTCAATTCAATGTTTATTTATGAGTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGGTGAGGACGTTACTCTGGCTTATTATTCGTGATAATTTTATACTTTTCCTTTTTGTCATAATTACCTACCCTGCCTTTCATTTTGTCATAGTTATTTGGTATGGATGATTCACGAAGAACA
AAATCAATAGTGAAGAAGTTATTATTGATTCCAGTGTCTATTTTTATTTATTTTTCTTTCCTAGATTCTTTTAAGAATATTTATTTTTATTGATTTTTTTTTGTTTTTATTAAAAATTGAAATTATTTAGATTTAATAATAGTTAATTAAGTTATCTTTAATTTGATTTTTAATTTTAAACTTTTTATACAAAAGCATTT
TTTTTGTTTTTTTATGATTATTAAATTGATTTAAATAAATCATAATGAGAATGAGAAGTAAAAAATTATGTTCTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGTTCAATCCAATGTTTATTTATGAGgtgaggaatgtttatttatgagGTGAGGACGTTACTCTGGCTTATTATTCGTGATAATTTTATACTTTTCCTTTTTGTC
ATAATTACCTACCCTGAATAATTACCTACTCTACCTTTCATTTTGTCATAGTTATTTGGTGTTCTTAACATAAAATGGATGATTCACGAAGAACAAAATCAATAATGAAGAACAAAAACTCATTTTGTTTGGTGTTCTTTAACATAAAGCTTCAATGTCAAATCGATTTAATGGATTTGGTTTTTTTTTTTTCAATGTCA
AATCGATTTAACATAAAGCTTCAATTCTATACTCGTTTTATATTTCATGGTATGGATGATTCATGAAGAACAAAATCAAGAAGTGAAGAATTTATTTTGATTCCAATGTCTATTTTATTTTATTTTTCC

Intron 3 GTTCAATCCA ... TATTTATGAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	0
A2	100	0	1	1
A3	100	0	1	1
A4	100	0	1	1
A5	-1	0	0	0
A6	100	0	3	1
A7	100	0	4	3
A8	100	0	8	2
A9	100	0	5	0
A10	100	0	6	2

>TRINITY_DN125772_c0_g1_i23 from sample A1 / Example spliced isoform

TCTGATGCAGTGTTGGATGCGTGCCTCATAGAAAGGTTGCCTACGAACAGATCGTTCGTAAGACCTGCAGGGAGAATGGTTAACATTGAACATCAGAGCCCTGACATTGCCCAGGGCTTTCATTTGGAGCTGAGGAGATTGAAGCCTGTGACCAAGAGGCTGAGGAGATTGGAGCCGGTGACAAAGGTGATTCATAAAAT
ACAAAAGTGAGAAGTGAAAAAATTATGTTCTTTCAGGTGATTCATAATGAAAGTAAAAAATTATGTTCTTCAATCCAATGTTTATTTATGACCGGTGACAAAGGTGACATGTATTTAATTTTGTTGTTATAAATATTATGCTTT

>TRINITY_DN125772_c0_g1_i30 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTGATGCAGTGTTGGATGCGTGCCTCATAGAAAGGTTGCCTACGAACAGATCGTTCGTAAGACCTGCAGGGAGAATGGTTAACATTGAACATCAGAGCCCTGACATTGCCCAGGGCTTTCATTTGGAGCTGAGGAGATTGAAGCCTGTGACCAAGAGGCTGAGGAGATTGGAGCCGGTGACAAAGGTGATTCATAATGA
AAGTAAAAAATTATGTTCTTCAATCCAATGTTTATTTATGAgttcaatccaatgtttatttatgagCCGGTGACAAAGGTGACATGTATTTAATTTTGTTGTTATAAATATTATGCTTTAAATCATTTTTGCTCATCTTTTACGTACTCCTTGAGTGCACTCTTCTGTCTCTCGGGAGGACTCGAACTTGCGATCTTCGA
GACATTGAGGCGCTTTTTGCTTCCTACATGCTTAGGATCTTCAGATCTGCTCTCTGTTTTATTTTTAAAGAAACATGAAAGATAATTATATTAAAAGAGCTGCTTAGAGCTCTGAGTTACAGAGAGATGATTTTCCTTTTAAGCTGGCAAAAGATGCTGACAGGAGGAAACACAGAGCATCTGTAGAGTTTACTGAAGTG
TTTACAAAATGTTTAAAAAGTTTGCCAGTCCCCCCAGATGCTGATTGTATCCTGTAAAAAATTCCCAGAATCAAAGCTAATCTTTATCACGATGTGTGTTGCCTCTATTTCCATGAGATTCCTTCGCTGTGGAATTTGCTTGCATGTCTTGGGCAATTGGACGCTGATTGTTGTCTTCAATTTCTGTTTCCATAGGAGGC
AAGATCGTGACAATCGATCTGCGGCCAATAGGGACGATCATGTTGAAGAGACCAATTGAACCTTAGTTGCTACAATTTCTCTTGCTTACCTTCCTTTTTTTTCCATTTGGATACAGAAAGCACTGAAAGACTCCACCCCTTGAGGAGTGGCTCGAGGGGAAGTCCACACGGTCTTCATTAAGCTTGCCCAATGGAAGACT
TTGGTGCTGCTTATGAAGTTCTTCTGCGGCTAACAACAGGGCGCCAAACACTGGAGTTGTCGCTTGGGATTGGGCAAATAGTTTGAGACTCGTTGGCAAGATTGGCTAGTCTATCTGCACCAAAATTATTTATCCTAAGAAATTAAGAATCTGAAAGAAACTAAATCTGACCAAAGACTGAATTTCTGAGTGAATTTTTC
TAATGAGTGAGTGAATTTTCATAATCTTTCCGCCTAGAATTAGTTCTTAAGGACTTTATCCCTTCCTTTCTAGGCTTGTAGGAGAGCAAGCGCTTGCACCTGCCATCCCGGGTCTCTACTCTCTCCTAAACGACATGCCTGTCTCATTCTTCCCTGTTGTTTCAGGCATTGCCAACACCGTCTGTTTTTTGAACTCTTAA
GAGCTTTGGAATGGAAAGGAACCGATATCGAGTGCTGTGATCGTTTTTGGACTGCTCTGATATTTGTGTAGTATTCCGAGCCGCTTTTCTGCTGATTGGTATGGTGATTAGCATTCAATTGAAATGTGAAGAAGCTAATTGGGAAGGGGAAAATGGAGTATTGTATAGGTAGTGAAGAAGTGGTTGGAAAGGCTACTTGA
AATCTCGGCAGAGGAGTGATTCATACTGATAATGAGCCATTGAAGTCTTGTCGAACTCGACTTAGGCAGGCCCATGGAAGGGACGGTCTTCAGCAATTCAACTAGCAAAAACTAAGATAGAAAGCTAAAGTCTTCAAATAGCATTTTTCACCCTAGATCCATGGGTTCGAAGTCTGGAAAACTGAAGGGCTGTCAAGTTA
CGCATTCGGAACCTTTACGTCTATAGGGGCTCTGGAGGGCCAACTGCTTAGCGGACTCTCTCTTGTCGCTCTGGATTTCAATACATGTAACCTGACCTTTGGGAATAACCAATTTCACCATACTCTGTGGATAAAAAACCCAAATGATCAATCTATCTTTAAAGCGAGAAAGAAAATAATCAATCTATCTATCCAAGCCT
GGATCAAAACCCAAATGATCAATCTATCTTTAAAAAACCTGGATCAAAACCCAAATGATCAATCTATCTTTAAAGCGAGAAAGAAAATAAGCCTGATGTCTCCCCCTTCTTCTGTCATCTTAGGTTAAAGAAATGGATTCGGTTAGAGGGTGCTTTCATCTTAACCAACTCCTGAATACATCTTTGTTAATAAAAATGCG
TTCTATCACCCGATCTTTGTCAATGCGTTCTAGAGGCGGAAGAATTCTGAGACTCTTCCTGAGCAGCTGCTTCATGGAGCCAACAAGACAGACGCACAGTAGGGTTCGCCCTAAACTGCGTGTAGAACGTCGTATGGGCCTCCAGGGCCCTGAAGCCAATCTGATCTGCAGAGCTCATCTTTTACAGCTTCGCCAGAGAG
CCCGCAATCCCACCACCCATAGAACTGTTCCTGCACGCCCGCACTCTTTTGCCGGCAACACTCACC