NA ----> NA

Intron 1 GCTTTTAGGA ... GCCATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.68	1	2.9	5
A2	63.16	3	5.4	5
A3	100	0	0	3
A4	100	0	2	1
A5	70.75	1	3.9	1
A6	66.31	17	36.1	31
A7	60.99	8	11.1	14
A8	56.97	7	8.6	10
A9	65.45	10	21	17
A10	79.29	1	3.7	4

>TRINITY_DN37419_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GTTTTGTCGAGGAAAAAATTAATAAGCTGAATTTATTTTTCTTTCCTCTTTCAAAGGATACAAGTACCGTTGTAGAGGACAACGCTTTATATGCATGATCCGACGAAACAGTATAAGTTGGCATCTATGGGCAAGCTCCTAATGGCGAGCGATATTCAAAAACCCACGAACCAGAGCAGATATGGTCTTATTTATGTGTC
TTTATCTTGTGGGATCGCCTTGCTTTCAGCTATTTTGATCTCTAGAAACATTCTTGGATGGAATCTCATCAACCACCCTGTCAAAGGCATCGGCATCTTATGGGCAGTACAAGGCCCTGTTGTCATTCTGTGCTACAGTCGAATCAGACTCAACCCACAAACTTGCTCGAAAATGTGGGCTATAGGGCGTGGCCTCCTAA
GCTTTCCAATAGGTGCTCTAGTGAATGCGTTTGGAGCAATTGTTTTTGGTGCACCTCTTGGCCTTGAGTATGCTGCAAGGACTCTACACTGGTCACTGTTTATGTCTTCATTAACCGTTGTACCAGCGGCAACTGTTTTTGGTGCATCATGGCAAGATTGGCAGCGTGTTTTTGCACATATCAAGAGTGGCCTATTTGTG
TAACTTATGGCTCAATAGGTGGGTACTTCTTGGGCTTGATGACATCTGGTATCGCTGGTGTTTTAAGATCTAGATGGGCACGTGGAAAGGAAGACTAGTTATTTCAATCTACATTCACTATGTGACATTGGTTACTAAATTCATGGCTATTATCTCAAGTTTATTGAACGAGATATGAGATAATGTTAAGAGAACAAGTG
AATGTAAGACATGCAATTTTTAGCTGCTCTAAAGGGTTTAAGCAAGGAAAAAGTGATTTTGGCATGGTTGGAAGTGGTTGAACATGAAGATCCTTTCTTTCAGTAAATTTTGCAATTGTTTTCTTCTCCATTCCAGCACAAAAATATTCCTTCATTTTACAAATTGATCTCAATGGCTACGCAAGCATGTGCTTATTTGC
ATATTTTAGAGTTTGCACTGCAAATGCTATAGCTTTGAACCTTCTTAATATATGATGAATCGTTAGAATATGGAACATAGTCATGAACATGAGAACCTTGCCAAACTTCAAACTATTCTTCAGCGAGGTTGCCCTTTGCATATATTCAATGACCCTTGGGTCAATGATGTTTTATGCCTTATGTGTAACAGCACACGAGA
AAATTTCCGAACTTTAAACTATCCTTAAGTGAAGTTGCCCTTTGCATATATTCAGTGACCTTGGGGTCAATGATCTCTGAATCCTGCTGTGGAACAAATAACACATGCTTTTTAGC

>TRINITY_DN37419_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GTTTTGTCGAGGAAAAAATTAATAAGCTGAATTTATTTTTCTTTCCTCTTTCAAAGGATACAAGTACCGTTGTAGAGGACAACGCTTTATATGCATGATCCGACGAAACAGTATAAGTTGGCATCTATGGGCAAGCTCCTAATGGCGAGCGATATTCAAAAACCCACGAACCAGAGCAGATATGGTCTTATTTATGTGTC
TTTATCTTGTGGGATCGCCTTGCTTTCAGCTATTTTGATCTCTAGAAACATTCTTGGATGGAATCTCATCAACCACCCTGTCAAAGGCATCGGCATCTTATGGGCAGTACAAGGCCCTGTTGTCATTCTGTGCTACAGTCGAATCAGACTCAACCCACAAACTTGCTCGAAAATGTGGGCTATAGGGCGTGGCCTCCTAA
GCTTTCCAATAGGTGCTCTAGTGAATGCGTTTGGAGCAATTGTTTTTGGTGCACCTCTTGGCCTTGAGTATGCTGCAAGGACTCTACACTGGTCACTGTTTATGTCTTCATTAACCGTTGTACCAGCGGCAACTGTTTTTGGTGCATCATGGCAAGATTGGCAGCGTGTTTTTGCACATATCAAgcttttaggaggtatt
gattatgcactctgcttacctgcatatggagcgcttattggtgcatggtttggagcttggccaatgccattagactgggaaaggccatggcagGAGTGGCCTATTTGTGTAACTTATGGCTCAATAGGTGGGTACTTCTTGGGCTTGATGACATCTGGTATCGCTGGTGTTTTAAGATCTAGATGGGCACGTGGAAAGGA
AGACTAGTTATTTCAATCTACATTCACTATGTGACATTGGTTACTAAATTCATGGCTATTATCTCAAGTTTATTGAACGAGATATGAGATAATGTTAAGAGAACAAGTGAATGTAAGACATGCAATTTTTAGCTGCTCTAAAGGGTTTAAGCAAGGAAAAAGTGATTTTGGCATGGTTGGAAGTGGTTGAACATGAAGAT
CCTTTCTTTCAGTAAATTTTGCAATTGTTTTCTTCTCCATTCCAGCACAAAAATATTCCTTCATTTTACAAATTGATCTCAATGGCTACGCAAGCATGTGCTTATTTGCATATTTTAGAGTTTGCACTGCAAATGCTATAGCTTTGAACCTTCTTAATATATGATGAATCGTTAGAATATGGAACATAGTCATGAACATG
AGAACCTTGCCAAACTTCAAACTATTCTTCAGCGAGGTTGCCCTTTGCATATATTCAATGACCCTTGGGTCAATGATGTTTTATGCCTTATGTGTAACAGCACACGAGAAAATTTCCGAACTTTAAACTATCCTTAAGTGAAGTTGCCCTTTGCATATATTCAGTGACCTTGGGGTCAATGATCTCTGAATCCTGCTGTG
GAACAAATAACACATGCTTTTTAGC

Intron 2 GTTGTACCAG ... GCCATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	5	5
A2	81.82	1	4	5
A3	66.67	1	1	3
A4	100	0	2	1
A5	100	0	3	1
A6	68.81	17	44	31
A7	60	9	13	14
A8	66.67	6	14	10
A9	68.89	7	14	17
A10	46.67	8	10	4

>TRINITY_DN42266_c2_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

TGAAAGTAAAAAGATAACAACCATTTACGGTAGGCTCTCATGGTTCCAATTATTGTTTTGTCGAGGAAAAAATTAATAAGCTGAAATTATTTTTCTTTCCTCTTTCAAAGGATACAAGTACCGTTGTAGAGGACAACGCTTTATATGCATGATCCGACGAAACAGTATAAGTTGGCATCTATGGGCAAGCTCCTAATGGC
GAGCGATATTCAAAAACCCACGAACCAGAGCAGATATGGTCTTATTTATGTGTCTTTATCTTGTGGGATCGCCTTGCTTTCAGCTATTTTGATCTCTAGAAACATTCTTGGATGGAATCTCATCAACCACCCTGTCAAAGGCATCGGCATCTTATGGGCAGTACAAGGCCCTGTTGTCATTATGTGCTACAGTCGAATCA
GACTCAACCCACAAACTTGCTCGAAAATGTGGGCTATAGGGCGTGGCCTCCTAAGCTTTCCAATAGGTGCTCTAGTGAATGCGTTTGGAGCAATTGTTTTTGGTGCACCTCTTGGCCTTGAGTATGCTGCAAGGACTCTACACTGGTCACTGTTTATGTCTTCATTAACCGAGTGGCCTATTTGTGTAACTTATGGCTCA
ATAGGTGGGTACTTCTTGGGCTTGATGACATCTGGTATCGCTGGTGTTTTAAGATCTAGATGGGCACGTGGAAAGGAAGACTAGTTATTTCAATCTACATTCACTATGTGACATTGGTTACTAAATTCATGGCTATTATCTCAAGTTTATTGAACGAGATATGAGATAATGTTAAGAGAACAAGTGAATGTAAGACATGC
AATTTTTAGCTGCTCTAAAGGGTTTAAGCAAGGAAAAAGTGATTTTGGCATGGTTGGAAGTGGTTGAACATGAAGATCCTTTCTTTCAGTAAATTTTGCAATTGTTTTCTTCTCCATTCCAGCACAAAAATATTCCTTCATTTTACAAATTGATCTCAATGGCTACGCAAGCATGTGCTTATTTGCATATTTTAGAGTTT
GCACTGCAAATGCTATAGCTTTGAACCTTCTTAATATATGATGAATCGTTAGAATATGGAACATAGTCATGAACATGAGAACCTTGCCAAACTTCAAACTATTCTTCAGCGAGGTTGCCCTTTGCATATATTCAATGACCCTTGGGTCAATGATGTTTTATGCCTTATGTGTAACAGCACACGAGAAAATTTCCGAACTT
TAAACTATCCTTAAGTGAAGTTGCCCTTTGCATATATTCAGTGACCTTGGGGTCAATGATCTCTGAATCCTGCTGTGGAACAAATAACACATGCTTTTTAGCTTTACAGAACATCATCTTTTCCTTGTTACAGTAATAGAATATCTGGTGG

>TRINITY_DN42266_c2_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAAAGTAAAAAGATAACAACCATTTACGGTAGGCTCTCATGGTTCCAATTATTGTTTTGTCGAGGAAAAAATTAATAAGCTGAAATTATTTTTCTTTCCTCTTTCAAAGGATACAAGTACCGTTGTAGAGGACAACGCTTTATATGCATGATCCGACGAAACAGTATAAGTTGGCATCTATGGGCAAGCTCCTAATGGC
GAGCGATATTCAAAAACCCACGAACCAGAGCAGATATGGTCTTATTTATGTGTCTTTATCTTGTGGGATCGCCTTGCTTTCAGCTATTTTGATCTCTAGAAACATTCTTGGATGGAATCTCATCAACCACCCTGTCAAAGGCATCGGCATCTTATGGGCAGTACAAGGCCCTGTTGTCATTATGTGCTACAGTCGAATCA
GACTCAACCCACAAACTTGCTCGAAAATGTGGGCTATAGGGCGTGGCCTCCTAAGCTTTCCAATAGGTGCTCTAGTGAATGCGTTTGGAGCAATTGTTTTTGGTGCACCTCTTGGCCTTGAGTATGCTGCAAGGACTCTACACTGGTCACTGTTTATGTCTTCATTAACCgttgtaccagcggcaactgtttttggtgca
tcatggcaagattggcagcgtgtttttgcacatatcaagcttttaggaggtattgattatgcactctgcttacctgcatatggagcgcttattggtgcatggtttggagcttggccaatgccattagactgggaaaggccatggcagGAGTGGCCTATTTGTGTAACTTATGGCTCAATAGGTGGGTACTTCTTGGGCTT
GATGACATCTGGTATCGCTGGTGTTTTAAGATCTAGATGGGCACGTGGAAAGGAAGACTAGTTATTTCAATCTACATTCACTATGTGACATTGGTTACTAAATTCATGGCTATTATCTCAAGTTTATTGAACGAGATATGAGATAATGTTAAGAGAACAAGTGAATGTAAGACATGCAATTTTTAGCTGCTCTAAAGGGT
TTAAGCAAGGAAAAAGTGATTTTGGCATGGTTGGAAGTGGTTGAACATGAAGATCCTTTCTTTCAGTAAATTTTGCAATTGTTTTCTTCTCCATTCCAGCACAAAAATATTCCTTCATTTTACAAATTGATCTCAATGGCTACGCAAGCATGTGCTTATTTGCATATTTTAGAGTTTGCACTGCAAATGCTATAGCTTTG
AACCTTCTTAATATATGATGAATCGTTAGAATATGGAACATAGTCATGAACATGAGAACCTTGCCAAACTTCAAACTATTCTTCAGCGAGGTTGCCCTTTGCATATATTCAATGACCCTTGGGTCAATGATGTTTTATGCCTTATGTGTAACAGCACACGAGAAAATTTCCGAACTTTAAACTATCCTTAAGTGAAGTTG
CCCTTTGCATATATTCAGTGACCTTGGGGTCAATGATCTCTGAATCCTGCTGTGGAACAAATAACACATGCTTTTTAGCTTTACAGAACATCATCTTTTCCTTGTTACAGTAATAGAATATCTGGTGG

Intron 3 GTAGGCTCTC ... TCTTTCAAAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	-1	0	0	0
A2	-1	0	0	0
A3	-1	0	0	0
A4	50	1	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	100	0	0	1
A7	0	2	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	100	0	1	1
A10	71.43	2	0	5

>TRINITY_DN38725_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CAACAATCATTCCTCCCAACCATTGCCCTCCCAACCACTCAAGCTACAACCAATGAGTTATTAGGGTTGAAAGTAAAAAGATAACAACCATTTACGGATACAAGTACCGTTGTAGAGGACAACGCTTTATATGCATGATCCGACGAAACAGTATAAGTTGGCATCTATGGGCAAGCTCCTAATGGCGAGCGATATTCAAA
AACCCACGAACCAGAGCAGATATGGTCTTATTTATGTGTCTTTATCTTGTGGGATCGCCTTGCTTTCAGCTATTTTGATCTCTAGAAACATTCTTGGATGGAATCTCATCAACCACCCTGTCAAAGGCATCGGCATCTTATGGGCAGTACAAGGCCCTGTTGTCATTATGTGCTACAGTCGAATCAGACTCAACCCACAA
ACTTGCTCGAAAATGTGGGCTATAGGGCGTGGCCTCCTAAGCTTTCCAATAGGTGCTCTAGTGAATGCGTTTGGAGCAATTGTTTTTGGTGCACCTCTTGGCCTTGAGTATGCTGCAAGGACTCTACACTGGTCACTGTTTATGTCTTCATTAACCGCTTTTAGGAGGTATTGATTATGCACTCTGCTTACCTGCATATG
GAGCGCTTATTGGTGCATGGTTTGGAGCTTGGCCAATGCCATTAGACTGGGAAAGGCCATGGCAGG

>TRINITY_DN38725_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAAAAGATAACAACCATTTACGgtaggctctcatggttccaattattgttttgtcgaggaaaaaattaataagctgaaattatttttctttcctctttcaaagGATACAAGTACCGTTGTAGAGGACAACGCTTTATATGCATGATCCGACGAAACAGTATAAGTTGGCATCTATGGGCAAGCTCCTAATGGCGAGCGAT
ATTCAAAAACCCACGAACCAGAGCAGATATGGTCTTATTTATGTGTCTTTATCTTGTGGGATCGCCTTGCTTTCAGCTATTTTGATCTCTAGAAACATTCTTGGATGGAATCTCATCAACCACCCTGTCAAAGGCATCGGCATCTTATGGGCAGTACAAGGCCCTGTTGTCATTATGTGCTACAGTCGAATCAGACTCAA
CCCACAAACTTGCTCGAAAATGTGGGCTATAGGGCGTGGCCTCCTAAGCTTTCCAATAGGTGCTCTAGTGAATGCGTTTGGAGCAATTGTTTTTGGTGCACCTCTTGGCCTTGAGTATGCTGCAAGGACTCTACACTGGTCACTGTTTATGTCTTCATTAACCGTTGTACCAGCGGCAACTGTTTTTGGTGCATCATGGC
AAGATTGGCAGCGTGTTTTTGCACATATCAAGCTTTTAGGAGGTATTGATTATGCACTCTGCTTACCTGCATATGGAGCGCTTATTGGTGCATGGTTTGGAGCTTGGCCAATGCCATTAGACTGGGAAAGGCCATGGCAGGAGTGGCCTATTTGTGTAACTTATGGCTCAATAGGTGGGTACTTCTTGGGCTTGATGACA
TCTGGTATCGCTGGTGTTTTAAGATCTAGATGGGCACGTGGAAAGGAAGACTAGTTATTTCAATCTACATTCACTATGTGACATTGGTTACTAAATTCATGGCTATTATCTCAAGTTTATTGAACGAGATATGAGATAATGTTAAGAGAACAAGTGAATGTAAGACATGCAATTTTTAGCTGCTCTAAAGGGTTTAAGCA
AGGAAAAAGTGATTTTGGCATGGTTGGAAGTGGTTGAACATGAAGATCCTTTCTTTCAGTAAATTTTGCAATTGTTTTCTTCTCCATTCCAGCACAAAAATATTCCTTCATTTTACAAATTGATCTCAATGGCTACGCAAGCATGTGCTTATTTGCATATTTTAGAGTTTGCACTGCAAATGCTATAGCTTTGAACCTTC
TTAATATATGATGAATCGTTAGAATATGGAACATAGTCATGAACATGAGAACCTTGCCAAACTTCAAACTATTCTTCAGCGAGGTTGCCCTTTGCATATATTCAATGACCCTTGGGTCAATGATGTTTTATGCCTTATGTGTAACAGCACACGAGAAAATTTCCGAACTTTAAACTATCCTTAAGTGAAGTTGCCCTTTG
CATATATTCAGTGACCTTGGGGTCAATGATCTCTGAATCCTGCTGTGGAACAAATAACACATGCTTTTTAGCTTTACAGAACATCATCTTTTCCTTGTTACAGTAATAGAATATCTG