sp|P10978|POLX_TOBAC ----> Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Intron 1 GTATACAAAT ... TTATTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.67 | 4 | 3 | 4 |
| A2 | 25 | 3 | 0 | 2 |
| A3 | 28.57 | 5 | 3 | 1 |
| A4 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A5 | 60 | 1 | 1 | 2 |
| A6 | 34.33 | 22 | 15 | 8 |
| A7 | 34.55 | 18 | 9 | 10 |
| A8 | 33.67 | 32.5 | 20 | 13 |
| A9 | 20.93 | 17 | 9 | 0 |
| A10 | 28.57 | 20 | 13 | 3 |
>TRINITY_DN41951_c0_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformGGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTACTCATAACAAATTTTCGTCATCTTCCTTGTGCATGGATGGCAGTAAGAGCTTAAAATGCCGT
ATCACTCAATCACAAATTTCTTCTTCAATGAGCCCTACCAACCATGCACAGAAAAAGTTAGTTTGGATATGGACAGAAAGCAAGGAAGTCATGACTACTGCAGTTGAAAGAGGATGGAATACTTTTATTTTCTCTTCAGAAGACAATGAACTTGCTAATGAATGGGCATCAATTGCAAAGATCAGGTCACTGTTCATAAA
TGATGGGCATGTATACGACTGCGAAAGCAAACATGTTGGCATATTTGCTGAGGTTTCTTCTTCCAGCCAGCTTCAAGAAATACAAGCAATGGTTGGGCAGGCTGAAAATATAGTAATAAATTGTCTGGACTGGCAGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTTGCTATCA
CAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGACCGAGTT
TGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCTTACCTTTCTGAGCTACGAAC
TGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGAC
AGTTGGTAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTTGTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAGC
TATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGTTGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCTAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATCCACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACTT
TTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAACCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAAGTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCTTTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGATGAAACTG
AATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATTCTATCAAAGATCCTCCTTCTCAAGGTCAAAATAATGGACTTCTGTATACATTTCTTGCTTCCTGTGCTGAATTGATAAGTTGAGGAGACTCCAAATCCCTCTTTATGTAATTTGAATATAGACTGTCTTACCTACCTCTAGTACTAGTGAACCAGTGATGGA
TAGATTGCTCAATGTGTTACCCCCTGACATGTAGGGGTGACTTGATGATCATTGCCCATGTGATCTTCCATCATATCCAGCAGTTCCA
>TRINITY_DN41951_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTACTCATAACAAATTTTCGTCATCTTCCTTGTGCATGGATGGCAGTAAGAGCTTAAAATGCCGT
ATCACTCAATCACAAATTTCTTCTTCAATGAGCCCTACCAACCATGCACAGAAAAAGTTAGTTTGGATATGGACAGAAAGCAAGGAAGTCATGACTACTGCAGTTGAAAGAGGATGGAATACTTTTATTTTCTCTTCAGAAGACAATGAACTTGCTAATGAATGGGCATCAATTGCAAAGATCAGGTCACTGTTCATAAA
TGATGGGCATGTATACGACTGCGAAAGCAAACATGTTGGCATATTTGCTGAGGTTTCTTCTTCCAGCCAGCTTCAAGAAATACAAGCAATGGTTGGGCAGGCTGAAAATATAGTAATAAATTGTCTGGACTGGCAGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTTGCTATCA
CAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGACCGAGTT
TGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCTTACCTTTCTGAGCTACGAAC
TGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGAC
AGTTGGTAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGgtatacaaattaaggagtttattattgaaagAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTT
GTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAGCTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGTTGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCTAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATC
CACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACTTTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAACCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAAGTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCT
TTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGATGAAACTGAATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATTCTATCAAAGATCCTCCTTCTCAAGGTCAAAATAATGGACTTCTGTATACATTTCTTGCTTCCTGTGCTGAATTGATAAGTTGAGGAGACTCCAAATCCCTCTTTATGTAATTTGAATATAGACTGTCTTAC
CTACCTCTAGTACTAGTGAACCAGTGATGGATAGATTGCTCAATGTGTTACCCCCTGACATGTAGGGGTGACTTGATGATCATTGCCCATGTGATCTTCCATCATATCCAGCAGTTCCA
Intron 2 GTATACAAAT ... CTAAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 39.8 | 4.6 | 3 | 3 |
| A2 | 33.33 | 3 | 0 | 3 |
| A3 | 28.57 | 5 | 3 | 1 |
| A4 | 100 | 0 | 1 | 0 |
| A5 | 60 | 1 | 2 | 1 |
| A6 | 34.72 | 22.6 | 16 | 8 |
| A7 | 34.55 | 18 | 10 | 9 |
| A8 | 39.69 | 32.3 | 21.5 | 21 |
| A9 | 32 | 17 | 11 | 5 |
| A10 | 44.44 | 20 | 23 | 9 |
>TRINITY_DN38791_c0_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoformGAAAAATGGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTACTCATAACAAATTTTCGTCATCTTCCTTGTGCATGGATGGCAGTAAGAGCTTAAA
ATGCCGTATCACTCAATCACAAATTTCTTCTTCAATGAGCCCTACCAACCATGCACAGAAAAAGTTAGTTTGGATATGGACAGAAAGCAAGGAAGTCATGACTACTGCAGTTGAAAGAGGATGGAATACTTTTATTTTCTCTTCAGAAGACAATGAACTTGCTAATGAATGGGCATCAATTGCAAAGATCAGGTCACTGT
TCATAAATGATGGGCATGTATACGACTGCGAAAGCAAACATGTTGGCATATTTGCTGAGGTTTCTTCTTCCAGCCAGCTTCAAGAAATACAAGCAATGGTTGGGCAGGCTGAAAATATAGTAATAAATTGTCTGGACTGGCAGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTT
GCTATCACAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGA
CCGAGTTTGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCATACCTTTCTGAGC
TACGAACTGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAA
GCAAGACAGTTGGTAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTTGTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTC
AATTAGCTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGTTGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCTAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATCCACCACTTATTTTTACATGAAATC
CAAACTTTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAACCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAAGTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCTTTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGAT
GAAACTGAATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATTCTATCAAAGATCCTCCTTCTCAAGGT
>TRINITY_DN38791_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAAAATGGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTACTCATAACAAATTTTCGTCATCTTCCTTGTGCATGGATGGCAGTAAGAGCTTAAA
ATGCCGTATCACTCAATCACAAATTTCTTCTTCAATGAGCCCTACCAACCATGCACAGAAAAAGTTAGTTTGGATATGGACAGAAAGCAAGGAAGTCATGACTACTGCAGTTGAAAGAGGATGGAATACTTTTATTTTCTCTTCAGAAGACAATGAACTTGCTAATGAATGGGCATCAATTGCAAAGATCAGGTCACTGT
TCATAAATGATGGGCATGTATACGACTGCGAAAGCAAACATGTTGGCATATTTGCTGAGGTTTCTTCTTCCAGCCAGCTTCAAGAAATACAAGCAATGGTTGGGCAGGCTGAAAATATAGTAATAAATTGTCTGGACTGGCAGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTT
GCTATCACAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGA
CCGAGTTTGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTA
GTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGACAGTTGGTAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGgtatacaaattaaggagtttattattgaaaggtaaccactttggaaataatatggttgacctaattaaaatatttttgccttt
gaactttatttgcaatagctgaatgttttctctttctatctctttccatggacaacaattcggcacttgctaaattcagAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTTGTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAG
CTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGTTGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCTAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATCCACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACT
TTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAACCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAAGTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCTTTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGATGAAACT
GAATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATTCTATCAAAGATCCTCCTTCTCAAGGT
Intron 3 GTAACCACTT ... CTAAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 38.46 | 4 | 2 | 3 |
| A2 | 50 | 2 | 1 | 3 |
| A3 | 71.43 | 1 | 4 | 1 |
| A4 | 100 | 0 | 1 | 0 |
| A5 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A6 | 44.83 | 8 | 5 | 8 |
| A7 | 42.86 | 10 | 6 | 9 |
| A8 | 53.57 | 13 | 9 | 21 |
| A9 | 100 | 0 | 2 | 5 |
| A10 | 76.92 | 3 | 11 | 9 |
>TRINITY_DN41951_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoformGGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTACTCATAACAAATTTTCGTCATCTTCCTTGTGCATGGATGGCAGTAAGAGCTTAAAATGCCGT
ATCACTCAATCACAAATTTCTTCTTCAATGAGCCCTACCAACCATGCACAGAAAAAGTTAGTTTGGATATGGACAGAAAGCAAGGAAGTCATGACTACTGCAGTTGAAAGAGGATGGAATACTTTTATTTTCTCTTCAGAAGACAATGAACTTGCTAATGAATGGGCATCAATTGCAAAGATCAGGTCACTGTTCATAAA
TGATGGGCATGTATACGACTGCGAAAGCAAACATGTTGGCATATTTGCTGAGGTTTCTTCTTCCAGCCAGCTTCAAGAAATACAAGCAATGGTTGGGCAGGCTGAAAATATAGTAATAAATTGTCTGGACTGGCAGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTTGCTATCA
CAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGACCGAGTT
TGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCTTACCTTTCTGAGCTACGAAC
TGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGAC
AGTTGGTAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGGTATACAAATTAAGGAGTTTATTATTGAAAGAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTT
GTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAGCTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGTTGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCTAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATC
CACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACTTTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAACCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAAGTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCT
TTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGATGAAACTGAATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATTCTATCAAAGATCCTCCTTCTCAAGGTCAAAATAATGGACTTCTGTATACATTTCTTGCTTCCTGTGCTGAATTGATAAGTTGAGGAGACTCCAAATCCCTCTTTATGTAATTTGAATATAGACTGTCTTAC
CTACCTCTAGTACTAGTGAACCAGTGATGGATAGATTGCTCAATGTGTTACCCCCTGACATGTAGGGGTGACTTGATGATCATTGCCCATGTGATCTTCCATCATATCCAGCAGTTCCA
>TRINITY_DN41951_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTACTCATAACAAATTTTCGTCATCTTCCTTGTGCATGGATGGCAGTAAGAGCTTAAAATGCCGT
ATCACTCAATCACAAATTTCTTCTTCAATGAGCCCTACCAACCATGCACAGAAAAAGTTAGTTTGGATATGGACAGAAAGCAAGGAAGTCATGACTACTGCAGTTGAAAGAGGATGGAATACTTTTATTTTCTCTTCAGAAGACAATGAACTTGCTAATGAATGGGCATCAATTGCAAAGATCAGGTCACTGTTCATAAA
TGATGGGCATGTATACGACTGCGAAAGCAAACATGTTGGCATATTTGCTGAGGTTTCTTCTTCCAGCCAGCTTCAAGAAATACAAGCAATGGTTGGGCAGGCTGAAAATATAGTAATAAATTGTCTGGACTGGCAGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTTGCTATCA
CAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGACCGAGTT
TGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCTTACCTTTCTGAGCTACGAAC
TGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGAC
AGTTGGTAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGGTATACAAATTAAGGAGTTTATTATTGAAAGgtaaccactttggaaataatatggttgacctaattaaaatatttttgcctttgaactttatttgcaatagctgaatgttttctctttctat
ctctttccatggacaacaattcggcacttgctaaattcagAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTTGTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAGCTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGT
TGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCTAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATCCACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACTTTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAA
CCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAAGTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCTTTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGATGAAACTGAATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATT
CTATCAAAGATCCTCCTTCTCAAGGTCAAAATAATGGACTTCTGTATACATTTCTTGCTTCCTGTGCTGAATTGATAAGTTGAGGAGACTCCAAATCCCTCTTTATGTAATTTGAATATAGACTGTCTTACCTACCTCTAGTACTAGTGAACCAGTGATGGATAGATTGCTCAATGTGTTACCCCCTGACATGTAGGGGT
GACTTGATGATCATTGCCCATGTGATCTTCCATCATATCCAGCAGTTCCA
Intron 4 GTACTCATAA ... GGACTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.27 | 5 | 16 | 18 |
| A2 | 73.91 | 3 | 9 | 8 |
| A3 | 100 | 0 | 25 | 2 |
| A4 | 100 | 0 | 7 | 1 |
| A5 | 100 | 0 | 9 | 1 |
| A6 | 78.26 | 5 | 19 | 17 |
| A7 | 87.34 | 5 | 54 | 15 |
| A8 | 69.23 | 2 | 5 | 4 |
| A9 | 86.36 | 3 | 30 | 8 |
| A10 | 76.47 | 4 | 13 | 13 |
>TRINITY_DN40053_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformCGTCTTCCTCTTATGTTAAGGGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTTGCTATCACAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGA
TAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGACCGAGTTTGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCA
GGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCATACCTTTCTGAGCTACGAACTGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCT
GATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGACAGTTGGCAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTC
TCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTTGTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAGCTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGTTGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCCAAATGTATGCAAGAATTCAAC
TCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATCCACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACTTTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAACCCTTTGCTCTTGATTTGCCTCTCAAGGAAGTTATTGGTATACACAACTTGTCAAGTTCTATCATAAATTTATTGAA
GTAATGTCTCTTACTTCATGAACAGTGGTTATGCTCTTAATCTGAAATTCATCTTTCCGAAAGTGAATCTCCTGTGATGAAACTGAATATTTATTGTTATGGTTCCATTGACCAGTTCAAATTCTATCAAAG
>TRINITY_DN40053_c0_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:GGGAGGAATCTTGCACACAACCCGTATCTCACCCACGACAGCGTTTGAAAGGGAGAATGCTGGAAACAACAGTCCCGTCGTCAACATTGACATCGTTTCAGCGATTGGTCTTCACGTCTTCCTCTTATGTTAAGGgtactcataacaaattttcgtcatcttccttgtgcatggatggcagtaagagcttaaaatgccgt
atcactcaatcacaaatttcttcttcaatgagccctaccaaccatgcacagaaaaagttagtttggatatggacagaaagcaaggaagtcatgactactgcagttgaaagaggatggaatacttttattttctcttcagaagacaatgaacttgctaatgaatgggcatcaattgcaaagatcaggtcactgttcataaa
tgatgggcatgtatacgactgcgaaagcaaacatgttggcatatttgctgaggtttcttcttccagccagcttcaagaaatacaagcaatggttgggcaggctgaaaatatagtaataaattgtctggactggcagGTTATACCAGCAGAAAACATGGTTGCTGCCTTCCAGGGTACTGGGACATCCATATTTGCTATCA
CAAAGACTGCTCGTGATGCTCAAGTGTTTTTTGAGGCCTTGGAAAAAGGAATGGATGGTGTTGTATTGCAGACAAATGACATGAAACTTGTTCTTGAACTAAAGGCCTATCTTGATAGAAGGGATGATTCAAAGAATGTCATAAACCTGACTACAGCAACTGTGACCCGATTGAAAGTGATGGGCATGGGTGACCGAGTT
TGTGTGGATCTATGCAGTCTGTTATGTCCTGGTGAGGGACTTCTGATTGGTTCCTTTGCTAGAGGCCTTTTTCTTGTCCATTCCGAGTGTTTGGAATCCAGTTATATTGCGAGCAGGCCTTTTCGTGTGAACGCTGGTCCTGTACATTCATATGTTGCAATTCCAGATGGAAAAACCTCATACCTTTCTGAGCTACGAAC
TGGCAATGAGGTTGTTGTGGTTGACATCCATGGTAGGCAGCGGACAGCAATTGTGGGCCGTGTCAAGATAGAGTCCAGACCTCTTATTCTAGTTGAGGCAAAGATAGAATCTGCTGATGTTGCAGAGTGCAGTATTCTCTTACAAAATGCAGAAACAGTTAGTTTAGTTTGTCCTCCTTGTCAAGATAGAGAAGCAAGAC
AGTTGGCAGTACCTGTTTCAACCTTAGAAGTTGGTGATCAAATTCTCCTGAATTTACAGGAGGGTGCACGCCACACAGGTATACAAATTAAGGAGTTTATTATTGAAAGGTAACCACTTTGGAAATAATATGGTTGACCTAATTAAAATATTTTTGCCTTTGAACTTTATTTGCAATAGCTGAATGTTTTCTCTTTCTAT
CTCTTTCCATGGACAACAATTCGGCACTTGCTAAATTCAGAAGTTCATAATGAACCCCTGGAGAAAAAATATAATTCTCTGGATTCTGAATTAATTGTTAACACGAGTCCTCTGTGATATTTTGATATTTTGTCCACTTTGGTGGTCAAGAGGTCAATTAGCTATAATCTTCGTTTACAAATACTACTATATTTTGGTGT
TGCATCTGTAATTCATATAGAACAAGCAGAAGTGGTATTTATTTGTATTAATTCCCAAATGTATGCAAGAATTCAACTCTTGGTTCTTACATGTTAGCATTGAATAGAGCTGCATATTTGCCAGGATCATCCACCACTTATTTTTACATGAAATCCAAACTTTTGATGGTATTCCATAGTAAAAGGATTTTAGTCATGAA
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