sp|Q9FF75|SUN1_ARATH ----> SUN domain-containing protein 1

Intron 1 GTATGCTGGC ... CAGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.77	101	23	12
A2	19.11	91	25	18
A3	18.37	80	8	28
A4	21.74	54	8	22
A5	24.68	29	7	12
A6	22.71	228	48	86
A7	25.24	314	91	121
A8	23.79	338	86	125
A9	24.32	238	65	88
A10	22.24	201	60	55

>TRINITY_DN108747_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GGCATGCTGTGGACGGGTTGGGAATGGTTGATTATGATGTGGGCATGGGTAGTGGCAAGGTGGTGCATCATTCTGAAGGGTACTTTCATGGGAATGGAAGGAAATGGGGGCTTGCCACAGTTGGATCTTTATTCAAGATAGGAAATCCAATCCATCCTTATGCGGGTAAGGTATTGCAACCGAGCTATGGGGAACTTGAT
GAGTGTTTGTCATTGAAGGGGAGCAGGGTGTTTGTTGATATTGCTCTGAGGACTGCTATTTTTGTCAATGTTGTTACTCTTGAGCATGTGGCAAAGGCAGGAGTTGTCGAAGCATGTCCCTATGGAGGAAATTGCCGTTATAATCATGATTGGGAAGGTTCTCTGGCGTAGAAACTACCAGATCTGCCTAGAAAGTGCCC
CTTTTCGTATAAGCCAGAGCCATGCCAATATGGGGTAGCATGCCGATTTGCTGGAACCCATATTGAGCGTGATTCCATGCAAAAAGAGGCTCTTGTTAATGACACCGCTTATGAGATGAATGGCCATCACAAAGATTTGCAAAAGCTTATCTAGAAAAAAGTAGTAAAATTTACGAAGGCAGATGATCAACTTAAAAACT
TAAGGATTCTGGTATGATATCAGTTGTAGTTATTCAAATTATTATTTTCCTTTGTTTGTTTTTTTAAACTGATCTGTGATGTCATTTGTTTTTTAGATTCATTGATTTTGACTCTCTAGAACCATTTATGTATGTCTAATATGAAATATCATGTCTGTAACCTGATTTGTTTTTTCAGTTGAGG

>TRINITY_DN108747_c0_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGCATGCTGTGGACGGGTTGGGAATGGTTGATTATGATGTGGGCATGGGTAGTGGCAAGGTGGTGCATCATTCTGAAGGGTACTTTCATGGGAATGGAAGGAAATGGGGGCTTGCCACAGTTGGATCTTTATTCAAGATAGGAAATCCAATCCATCCTTATGCGGGTAAGGTATTGCAACCGAGCTATGGGGAACTTGAT
GAGTGTTTGTCATTGAAGGGGAGCAGGGTGTTTGTTGATATTGCTCTGAGGACTGCTATTTTTGTCAATGTTGTTACTCTTGAGCATGTGGCAAAGGCAGGAGTTGTCGAAGCATGTCCCTATGGAGGAAATTGCCGTTATAATCATGATTGGGAAGGTTCTCTGGCGTAGgtatgctggcacagaagttaagttacttg
ttcaaaagtgttttccattggagcatcttaagcaaagttggtttcttttgtgatatgttgcatgctcctttgcatttatatggtcctttattcaaatcttacgaacatgattttgtttgcagtgtgcagAAACTACCAGATCTGCCTAGAAAGTGCCCCTTTTCGTATAAGCCAGAGCCATGCCAATATGGGGTAGCATG
CCGATTTGCTGGAACCCATATTGAGCGTGATTCCATGCAAAAAGAGGCTCTTGTTAATGACACCGCTTATGAGATGAATGGCCATCACAAAGATTTGCAAAAGCTTATCTAGAAAAAAGTAGTAAAATTTACGAAGGCAGATGATCAACTTAAAAACTTAAGGATTCTGGTATGATATCAGTTGTAGTTATTCAAATTAT
TATTTTCCTTTGTTTGTTTTTTTAAACTGATCTGTGATGTCATTTGTTTTTTAGATTCATTGATTTTGACTCTCTAGAACCATTTATGTATGTCTAATATGAAATATCATGTCTGTAACCTGATTTGTTTTTTCAGTTGAGG

Intron 2 GTATGCTGGC ... AAGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.05	101	60	49
A2	33.33	91	48	43
A3	33.33	80	35	45
A4	33.74	54	24	31
A5	28.4	29	9	14
A6	38.46	228	131	154
A7	38.55	314	194	200
A8	37.75	338	200	210
A9	38.1	238	146	147
A10	35.27	201	111	108

>TRINITY_DN108747_c0_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoform

GGCATGCTGTGGACGGGTTGGGAATGGTTGATTATGATGTGGGCATGGGTAGTGGCAAGGTGGTGCATCATTCTGAAGGGTACTTTCATGGGAATGGAAGGAAATGGGGGCTTGCCACAGTTGGATCTTTATTCAAGATAGGAAATCCAATCCATCCTTATGCGGGTAAGGTATTGCAACCGAGCTATGGGGAACTTGAT
GAGTGTTTGTCATTGAAGGGGAGCAGGGTGTTTGTTGATATTGCTCTGAGGACTGCTATTTTTGTCAATGTTGTTACTCTTGAGCATGTGGCAAAGGCAGGAGTTGTCGAAGCATGTCCCTATGGAGGAAATTGCCGTTATAATCATGATTGGGAAGGTTCTCTGGCGTAGAAACTACCAGATCTGCCTAGAAAGTGCCC
CTTTTCGTATAAGCCAGAGCCATGCCAATATGGGGTAGCATGCCGATTTGCTGGAACCCATATTGAGCGTGATTCCATGCAAAAAGAGGCTCTTGTTAATGACACCGCTTATGAGATGAATGGCCATCACAAAGATTTGCAAAAGCTTATCTAGAAAAAAGTAGTAAAATTTACGAAGGCAGATGATCAACTTAAAAACT
TAAGGATTCTGGTATGATATCAGTTGTAGTTATTCAAATTATTATTTTCCTTTGTTTGTTTTTTTAAACTGATCTGTGATGTCATTTGTTTTTTAGATTCATTGATTTTGACTCTCTAGAACCATTTATGTATGTCTAATATGAAATATCATGTCTGTAACCTGATTTGTTTTTTCAGTTGAGG

>TRINITY_DN108747_c0_g2_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGCATGCTGTGGACGGGTTGGGAATGGTTGATTATGATGTGGGCATGGGTAGTGGCAAGGTGGTGCATCATTCTGAAGGGTACTTTCATGGGAATGGAAGGAAATGGGGGCTTGCCACAGTTGGATCTTTATTCAAGATAGGAAATCCAATCCATCCTTATGCGGGTAAGGTATTGCAACCGAGCTATGGGGAACTTGAT
GAGTGTTTGTCATTGAAGGGGAGCAGGGTGTTTGTTGATATTGCTCTGAGGACTGCTATTTTTGTCAATGTTGTTACTCTTGAGCATGTGGCAAAGGCAGGAGTTGTCGAAGCATGTCCCTATGGAGGAAATTGCCGTTATAATCATGATTGGGAAGGTTCTCTGGCGTAGgtatgctggcacagaagtgtgcagAAACT
ACCAGATCTGCCTAGAAAGTGCCCCTTTTCGTATAAGCCAGAGCCATGCCAATATGGGGTAGCATGCCGATTTGCTGGAACCCATATTGAGCGTGATTCCATGCAAAAAGAGGCTCTTGTTAATGACACCGCTTATGAGATGAATGGCCATCACAAAGATTTGCAAAAGCTTATCTAGAAAAAAGTAGTAAAATTTACGA
AGGCAGATGATCAACTTAAAAACTTAAGGATTCTGGTATGATATCAGTTGTAGTTATTCAAATTATTATTTTCCTTTGTTTGTTTTTTTAAACTGATCTGTGATGTCATTTGTTTTTTAGATTCATTGATTTTGACTCTCTAGAACCATTTATGTATGTCTAATATGAAATATCATGTCTGTAACCTGATTTGTTTTTTC
AGTTGAGG