sp|Q0DZ85|EXB16_ORYSJ ----> Expansin-B16

Intron 1 GTACGTAGAT ... TTGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	6	6	8
A2	25	3	1	0
A3	-1	0	0	0
A4	16	4	0.8	0.8
A5	100	0	3	3
A6	35.59	17	9.4	1.6
A7	31.24	21	9.6	10.8
A8	11.76	15	2	4.8
A9	15.57	26	4.8	4.8
A10	20.59	27	7	7.6

>TRINITY_DN45397_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

GATTGATTTGAATCAAAATGAATGGAAAAATTAATTAATGTGAAGGATATCATTTTGATTCGAGATATTAACAACTTCTCTTAGTTAACTCTCAGTAGCACGGTTGGTCCCACTGGCATGTGGCATGGTTGGTATTGAGGGATCTTTTTGTTTGGTGGTTCAAAATTCGGGGTAGTGGGGTCGGTTCAAAACTCTGGGTG
GTGGGGGAATGGGAGAAGATACAAAAGTGAGGGGAGTGGGAGAAGACACAAAAAAAATCCAATCATGTTAATGTATTTTGGGTGATTTTGGAACAACATCAACTATTCAAGTGCTTGTTATTTGTTATGTTACACAGGACACCTTGCGAATATCCAGGGGAGAAGATTCACTTCCGAATCAACGAAGGCTCCAATCCTTA
TTGGTTTGCATTCCTTGTTGAATACGAGGATGGAGATGGCGATCTTGGAGCAGTGTCCCTGAAGCAAGCAAACTCTAATTTATGGCAAGCAATGCAAAAAAATTCGGGTGCAGATTGGTATTTGAGTGGCAGCCAACCTTCACTGGCTCCGTTCTCTATTCGGTTGACTACTCTATCAACTCGAAAAACTCTCACAACAG
TTAATGTCATTCCCCAGAATTGGCAACCCGGTGCTACCTACAGATCAATTGTGAACTTTGACTAACCATATCGGGTGACCTATTTTCTGTAGCTTTCATAGAAATATTCCAGAGGACCAATAATCTTGCAAATTAGGACGAAATAAGTATTCGTATCTAAACTAAAATGTTTGATTGTGACGGTTATATGTAGGATGAAT
AGCTAGCGAGGGTTGTATTACTTTTGAACTTCATGAAGATCTATATTTGTGGGATTCTGGCTCTCTTCTTTTGTTGGCTCTCTTCTTTTGTTCTAGGGTTAGCTGCTTCAGGGATTTAACAGTTGATCCCTTTTTGTATCACCACTTAACTGGAGGTGTGTGGCTTTAGTTTATTTTTATTTATTTTTAGTTTTTTGTTT
TACCATCTACTATGGTATCCTTGTGCTTGGGATTGGATCGTAGACCTTGGATTTATGGATTACCAGTGGGGGTTGGGTTATGGATGGCTATATCCATCTTGTATATGGTTGGATTTGGCTTTCTCTTAAGGATCTTCGGTATATGAAGAGATTGTAATACTTTGACAGTTTTTATATACTATAACAGTATAGAGCTTTTC
TATGTTAAAAAAATGTATGAATAGCAACTATTAGTACATATACCAATATTTAAA

>TRINITY_DN45397_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GATTGATTTGAATCAAAATGAATGGAAAAATTAATTAATGTGAAGGATATCATTTTGATTCGAGATATTAACAACTTCTCTTAGTTAACTCTCAGTAGCACGGTTGGTCCCACTGGCATGTGGCATGGTTGGTATTGAGGGATCTTTTTGTTTGGTGGTTCAAAATTCGGGGTAGTGGGGTCGGTTCAAAACTCTGGGTG
GTGGGGGAATGGGAGAAGATACAAAAGTGAGGGGAGTGGGAGAAGACACAAAAAAAATCCAATCATGTTAATGTATTTTGGGTGATTTTGGAACAACATCAACTATTCAAGTGCTTGTTATTTGTTATGTTACACAGGACACCTTGCGAATATCCAGGGGAGAAGATTCACTTCCGAATCAACGAAGGCTCCAATCCTTA
TTGGTTTGCATTCCTTGTTGAATACGAGGATGGAGATGGCGATCTTGGAGCAGTGTCCCTGAAGCAAgtacgtagatcccgtgttcttaaattgtgaaatgtcttaatgtatcaaaagcatgcagtggattatagtttctgttgttgttcttgttgtgtgcagGCAAACTCTAATTTATGGCAAGCAATGCAAAAAAATT
CGGGTGCAGATTGGTATTTGAGTGGCAGCCAACCTTCACTGGCTCCGTTCTCTATTCGGTTGACTACTCTATCAACTCGAAAAACTCTCACAACAGTTAATGTCATTCCCCAGAATTGGCAACCCGGTGCTACCTACAGATCAATTGTGAACTTTGACTAACCATATCGGGTGACCTATTTTCTGTAGCTTTCATAGAAA
TATTCCAGAGGACCAATAATCTTGCAAATTAGGACGAAATAAGTATTCGTATCTAAACTAAAATGTTTGATTGTGACGGTTATATGTAGGATGAATAGCTAGCGAGGGTTGTATTACTTTTGAACTTCATGAAGATCTATATTTGTGGGATTCTGGCTCTCTTCTTTTGTTGGCTCTCTTCTTTTGTTCTAGGGTTAGCT
GCTTCAGGGATTTAACAGTTGATCCCTTTTTGTATCACCACTTAACTGGAGGTGTGTGGCTTTAGTTTATTTTTATTTATTTTTAGTTTTTTGTTTTACCATCTACTATGGTATCCTTGTGCTTGGGATTGGATCGTAGACCTTGGATTTATGGATTACCAGTGGGGGTTGGGTTATGGATGGCTATATCCATCTTGTAT
ATGGTTGGATTTGGCTTTCTCTTAAGGATCTTCGGTATATGAAGAGATTGTAATACTTTGACAGTTTTTATATACTATAACAGTATAGAGCTTTTCTATGTTAAAAAAATGTATGAATAGCAACTATTAGTACATATACCAATATTTAAA

Intron 2 GTATTTTTAT ... TGTTACACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	4	3	1
A2	25	3	0	2
A3	-1	0	0	0
A4	33.33	4	3	1
A5	-1	0	0	0
A6	21.21	13	2	5
A7	33.33	18	7	11
A8	40	9	6	6
A9	22.45	19	7	4
A10	33.33	15	2	13

>TRINITY_DN45133_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

GTGATTTCTTTCAACTAGTCTTAGCTTAAGCATATGCCATCTACTCCCATTAAAAAAAATGAGGAAGTTGAGACAAATTTCTTTAGCTTATTTCGTAGTGCTTGGAACTTCATGTGTAATGCTATGCTCTAGAGCTGCTGCTGCTCCAGATGTCCTTGGAAAACACAAATTAGCAATACAGGAAACACATTGGAATCCAG
CCACTGGTACATGGTTTGGCGATCCAAATGGAGATGGAAACGATGGCGGTGCATGCGGATATGGCAGCGACGTAAAACAGAAACCTTTCCAATCAAAAGTATCAGCAGGTAGTGCAGATCTGTTCAAAGAAGGAGGAGGCTGCGGAGCTTGCTATCAGATAAAATGCACAGATAATCTTTTGTGTTCAGCAAAGCCAGTG
ACTGTGGTGATTACTGACGAATGCCTTGGTGGCCCACCAATGTTGTCTAATGGCAACACACACTTTGATCTCAGCGGTACTGCCTTTGGCCAGCTGGCTTCTGATCCTAATAGAGCTTCGCAGATGCGTAATGCTGGAGTTGTCTCACTTTTGTTCACACGGACACCTTGCGAATATCCAGGGGAGAAGATTCACTTCCG
AATCAACGAAGGCTCCAATCCTTATTGGTTTGCATTCCTTGTTGAATACGAGGATGGAGATGGCGATCTTGGAGCAGTGTCCCTGAAGCAAGCAAACTCTAATTTATGGCAAGCAATGCAAAAAAATTCGGGTGCAGATTGGTATTTGAGTGGCAGCCAACCTTCACTGGCTCCGTTCTCTATTCGGTTGACTACTCTAT
CAACTCGAAAAACTCTCACAACAGTTAATGTCATTCCCCAGAATTGGCAACCCGGTGCTACCTACAGATCAATTGTGAACTTTGACTAACCATATCGGATGACCTATTTTCTGTAGCCTTCATAGAAATATTCCAGAGGACCAATAATCTTGCAAATTAGGACGAAATAAGTATTCGTATCTAAACTAAAATGTTTGATT
GTGACGGTTATATGTAGGATGAATAGCTAGCGAGGGTTGTATTACTTTTGAACTTCATGAAGATCTATATTTGTGGGATTCTGGCTCTCTTCTTTTGTTGGCTCTCTTCTTTTGTTCTAGGGTTAGCTGCTTCAGGGATTTAACAGTTGATCCCTTTTTGTATCACCACTTAACTGGAGGTGTGTGGCTTTAGTTTATTT
TTATTTATTTTTAGTTTTTTGTTTTACCATCTACTATGGTATCCTTGTGCTTGGGATTGGATCGTAGACCTTGGATTTATGGATTACCAGTGGGGGTTGGGTTATGGATGGCTATATCCATCTTGTATATGGTTGGATTTGGCTTTCTCTTAAGGATCTTCGGTATATGAAGAGATTGTAATACTTTGACAGTTTTTATA
TACTATAACAGTATAGAGCTTTTCTATGTTAAAAAAATGTATGAATAGCAACTATTAG

>TRINITY_DN45133_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGATTTCTTTCAACTAGTCTTAGCTTAAGCATATGCCATCTACTCCCATTAAAAAAAATGAGGAAGTTGAGACAAATTTCTTTAGCTTATTTCGTAGTGCTTGGAACTTCATGTGTAATGCTATGCTCTAGAGCTGCTGCTGCTCCAGATGTCCTTGGAAAACACAAATTAGCAATACAGGAAACACATTGGAATCCAG
CCACTGGTACATGGTTTGGCGATCCAAATGGAGATGGAAACGATGGCGGTGCATGCGGATATGGCAGCGACGTAAAACAGAAACCTTTCCAATCAAAAGTATCAGCAGGTAGTGCAGATCTGTTCAAAGAAGGAGGAGGCTGCGGAGCTTGCTATCAGATAAAATGCACAGATAATCTTTTGTGTTCAGCAAAGCCAGTG
ACTGTGGTGATTACTGACGAATGCCTTGGTGGCCCACCAATGTTGTCTAATGGCAACACACACTTTGATCTCAGCGGTACTGCCTTTGGCCAGCTGGCTTCTGATCCTAATAGAGCTTCGCAGATGCGTAATGCTGGAGTTGTCTCACTTTTGTTCACACGgtatttttatttttattttttaaacggtatttttatttt
aattttttaatcttataattggattgatttgaatcaaaatgaatggaaaaattaattaatgtgaaggatatcattttgattcgagataataacaagttctcttagttaattctcagtagcacggttggtcccactggcatgtggcatggttggtattttttggatctttttgtttggcggcttaaaattcggggtagtgg
ggtcggtccaaaactcggggtagtggggggagtccaatgtggcatggttggtattgagggatctttttgtttggtggttcaaaattcggggtagtggggtcggttcaaaactctgggtggtgggggaatgggagaagatacaaaagtgaggggagtgggagaagacacaaaaaaaatccaatcatgttaatgtattttgg
gtgattttggaacaacatcaactattcaagtgcttgttatttgttatgttacacagGACACCTTGCGAATATCCAGGGGAGAAGATTCACTTCCGAATCAACGAAGGCTCCAATCCTTATTGGTTTGCATTCCTTGTTGAATACGAGGATGGAGATGGCGATCTTGGAGCAGTGTCCCTGAAGCAAGCAAACTCTAATTT
ATGGCAAGCAATGCAAAAAAATTCGGGTGCAGATTGGTATTTGAGTGGCAGCCAACCTTCACTGGCTCCGTTCTCTATTCGGTTGACTACTCTATCAACTCGAAAAACTCTCACAACAGTTAATGTCATTCCCCAGAATTGGCAACCCGGTGCTACCTACAGATCAATTGTGAACTTTGACTAACCATATCGGATGACCT
ATTTTCTGTAGCCTTCATAGAAATATTCCAGAGGACCAATAATCTTGCAAATTAGGACGAAATAAGTATTCGTATCTAAACTAAAATGTTTGATTGTGACGGTTATATGTAGGATGAATAGCTAGCGAGGGTTGTATTACTTTTGAACTTCATGAAGATCTATATTTGTGGGATTCTGGCTCTCTTCTTTTGTTGGCTCT
CTTCTTTTGTTCTAGGGTTAGCTGCTTCAGGGATTTAACAGTTGATCCCTTTTTGTATCACCACTTAACTGGAGGTGTGTGGCTTTAGTTTATTTTTATTTATTTTTAGTTTTTTGTTTTACCATCTACTATGGTATCCTTGTGCTTGGGATTGGATCGTAGACCTTGGATTTATGGATTACCAGTGGGGGTTGGGTTAT
GGATGGCTATATCCATCTTGTATATGGTTGGATTTGGCTTTCTCTTAAGGATCTTCGGTATATGAAGAGATTGTAATACTTTGACAGTTTTTATATACTATAACAGTATAGAGCTTTTCTATGTTAAAAAAATGTATGAATAGCAACTATTAG