sp|Q570C0|TIR1_ARATH ----> Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
Intron 1 GTAAGAAGTT ... TGAATTACAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.55 | 5 | 6 | 6 |
| A2 | 56.52 | 5 | 7 | 6 |
| A3 | 37.93 | 9 | 5 | 6 |
| A4 | 56.52 | 5 | 7 | 6 |
| A5 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A6 | 20 | 2 | 1 | 0 |
| A7 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A8 | 57.14 | 3 | 5 | 3 |
| A9 | 77.78 | 1 | 3 | 4 |
| A10 | -1 | 0 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN97840_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGTTTGTTGATTTTATTCTCATTGTGATCCATATCATTTAGCCATTTTTTATCATTTTACATAGACTCTATCAAATAGTAACTACTTTGTCTTTGAATAATTGTATCACAGATACCTGGAAATGGCTATTTTGCGTTCTCGACATTTTCTGCATGAGAATCCGTTGAATGTTTGCCAACGTTTGAGTTTGATGATTA
GAGGCTTAGCAAATCCTTTAGCCTCTGCATTTGCTCATTTGTACTTGGCTCGCTGTGCACAAGCATTGATTCCCTATGAAACAGGAGAGGATTATTAATCTTTTAAGAGATTTTGGGGTTCAGCTAAATGTGTGGAAACCAACTCAAAACATTCATCCAGTTTCTGTTTTGGTGCATTACCTGTTGAAGCAGTTACCAGC
AAGAATTGTTAGTACTCATGCCTTGGGGCTACTTAAACTTGTAGAAAGTTCTGTAGATCCTTCAATAGCCCAGATTGCTTGGGTTTAAGCTCTGTGAGTGTAGTCCACCGAGGGAATTATGTCTTACTATCTTGAATGACGTGCTGGAGGTGGTTACTCAATATGCAGATGCAAACGAGTATTTGATGGTTGTGGATGTG
TATATTGATTATATTCTTCAAAATAGCATGGAAGATCAGCTGAACATGATTTTAGATGATATTTCAGAGCATGTAACAGGAATTGTAGTCAATGATGCAGAACTTTCAAGTTTAGAGTCTATCATTCGCAAGTTGATTTTACACTTCACTGATCTAACACATGTTCTTTCTTTGGATCATTTTGTTGACATTTTGGATGT
TCTATATGGCAGCACACGTGTTTCTGTTAACAAGCATATTCTTATTCATATTTCTAGGTGAGTATTGTGACATGCATAATGTTGTTTTCATCTATTTTAGCAATACATGTAGGACTTTGCTAAATTTCAATAAGGAGAATGAAAGAAAGAAAGATCAAAAGGGGCTGATACAATATGCCTAGGTTGATCACCTAATTAGG
ACTAATTAAAATTATTTGTCTTCATTATTAGGTAGGGTTGTGTCTTTT
>TRINITY_DN97840_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:GAATGAAGTTTGCTATGGATAATTTAGTGTTAGTTATAATATGGTAATGTTGACATACAGATGTTGTCAGGGAGGAAAGAATTAGCGCAAAGTGGTGGAAATGGAATTCAGAATTCGTGATTACAGAGCAGAAGCAGAAGCAGCAGTATGTGGCCTTGCAAGAGAAGCAGTTGTGGAGCATCCTTTATGGTCGTGGTCGT
CCCGAAAGGAGGAGAAGAAGGAAAAGAAAAAGGGGGGCACTTCTGTATATAAGCAGCAGCACCACTACCCAACATCTCCATCTGCATCGTTTTCCCCTATAGAGTTTGATGATGCAGCTTCTAAAAAAGGCACTTTTGTTGATCCGCTCAGTGGATCTGCACCGGAATCCCTTTTTTCAACTGATAAGAAACTAGGAAAC
CATTTTGAAAAGATGGTATTACGAGGAGCCTCCGATGAAGCTGTTGAAGCTGCTGCCAAAGAGTGGGATGTTTATAAAATGCTAATGCTGAAAAAATATGCTTGCACAACTACAGACACTATTACTCTATCTGCGGTATCTGACATTATATCTAGAAGTGTCAAAGCTCGGGGTAAGTCTTTGACAAGTGTTCATTTAGA
AGAACTGGATGATCCTGAGAAGAATGCTGAAGAAGAGGTTAAAGTTGTTTCACAACAGGAGTATGTTATGCGGCTACGTGAGCTAAATAATGAGATAGCTCAAGCTTGGCAACAAAATGAACGTGCTACGGCTCTCAAATTGTCCATCAAGGTTGCAAGGCTCTTGTCAGACACATCAGTTCCCCAGTTTTACCCCACCT
TATTTATTTTGGTTACGGATATAATGGATACTTTAGGGAGTCTGGTTTGGAAACGCATTAAAAGAAAGGCAGAATTTGATGATGAGTGAAATCTGATACAAATTTTACCTGATACCTGGAAATGGCTATTTTGCGTTCTCGACATTTTCTGCATGAGAATCCGTTGAATGTTTGCCAACGTTTGAGTTTGATGATTAGAG
GCTTAGCAAATCCTTTAGCCTCTGCATTTGCTCATTTGTACTTGGCTCGCTGTGCACAAGCATTGATTCCCTATGAAACAGGCTTTCTCATCACAGGACTTAGTGATTATATCACACTATTTCAAAGGGTTCTTTCAGGGAATCTGGGCAGTAACATTATGAAGTCTTATGGTGAAAAATGGATGCATGTCCGCTTGGTG
GAACCTGTAATTGAATGGATTATTAGATGCATTTTCAATCATGCAGATCAGGAGAGGATTATTAATCTTTTAAGAGATTTTGGGGTTCAGCTAAATGTGTGGAAACCAACTCAAAACATTCATCCAGTTTCTGTTTTGGTGCATTACCTGTTGAAGCAGTTACCAGCAAGAATTGTTAGTACTCATGCCTTGGGGCTACT
TAAACTTGTAGAAAGTTCTGTAGATCCTTCAATAGCCCAGgtaagaagttcaacttaaagatatgttctgtaatggtgaagaggcaatattggagaggattgagtgataggagcagtctgcatttgtaacacattgatttgcagtacatgaattacagATTGCTTGGGTTTAAGCTCTGTGAGTGTAGTCCACCGAGGGA
ATTATGTCTTACTATCTTGAATGACGTGCTGGAGGTATGTAATGCATTCATATTCCATATGTACATATTTGAGGAGACTCATAATTATTGGCAGCCAGTTTGAATGCCTGGTAAAATTCTTATGTTGTAGTGTATTTAGGTTGTTGATGTGCAAATAAAAGCTGATTGGACTATTTGTTTCCCTAAATTTTATTATTTTT
GTACTTACATAAATTGACATGTGAATCTACAAGTCTAAGAAGAATGATTTAACCAACCAAAATTCATGTTGCTCTTATAAAGGAAACAACCATAGAAGGAGAAGGAAGGAGGATAGTGTTTATTTGGAATGCAATTCCAAAATAGGAATATGCCAG
Intron 2 GTAAGAAGTT ... TGATTTGCAG
Found issues: Low number of reads
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 60 | 4 | 6 | 6 |
| A2 | 52.38 | 5 | 7 | 4 |
| A3 | 35.71 | 9 | 5 | 5 |
| A4 | 54.55 | 5 | 7 | 5 |
| A5 | 50 | 2 | 2 | 2 |
| A6 | 20 | 2 | 1 | 0 |
| A7 | 50 | 1 | 2 | 0 |
| A8 | 57.14 | 3 | 5 | 3 |
| A9 | 77.78 | 1 | 3 | 4 |
| A10 | -1 | 0 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN36184_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformATTACTTCCTCGAATATACCTGGAAATGGCTATTTTGCGTTCTCGACATTTTCTGCATGAGAATCCGTTGAATGTTTGCCAACGTTTGAGTTTGATGATTAGAGGCTTAGCAAATCCTTTAGCCTCTGCATTTGCTCATTTGTACTTGGCTCGCTGTGCACAAGCATTGATTCCCTATGAAACAGGAGAGGATTATTAAT
CTTTTAAGAGATTTTGGGGTTCAGCTAAATGTGTGGAAACCAACTCAAAACATTCATCCAGTTTCTGTTTTGGTGCATTACCTGTTGAAGCAGTTACCAGCAAGAATTGTTAGTACTCATGCCTTGGGGCTACTTAAACTTGTAGAAAGTTCTGTAGATCCTTCAATAGCCCAGTACATGAATTACAGATTGCTTGGGTT
TAAGCTCTGTGAGTGTAGTCCACCGAGGGAATTATGTCTTACTATCTTGAATGACGTGCTGGAGGTGGTTACTCAATATGCAGATGCAAACGAGTATTTGATGGTTGTGGATGTGTATATTGATTATATTCTTCAAAATAGCATGGAAGATCAGCTGAACATGATTTTAGATGATATTTCAGAGCATGTAACAGGAATTG
TAGTCAATGATGCAGAACTTTCAAGTTTAGAGTCTATCATTCGCAAGTTGATTTTACACTTCACTGATCTAACACATGTTCTTTCTTTGGATCATTTTGTTGACATTTTGGATGTTCTATATGGCAGCACACGTGTTTCTGTTAACAAGCATATTCTTATTCATATTTCTAGGAGTAACCAAAGAATTCGAGATCCTGTT
GTGAGGCAATTTCTCTTTGAAGTTTCTAAGGTTCTTCATGAATCCATAAATAGCCTGAGTGGTGAAGATGATTGTAGGCAGATCACTTATATTGTAAATCATTTTGTCCAGCTGGTCGATTTTGGAGGTGATATAGAGCAATATTTGTCTTTTCTAATTGATTGTCGTGCAACATTTGGCAAAATGGACCTTTTAAAGGA
AACATTAGCACATTCAAGTAATTATTTAGCTGCCAGAACCTCAAAGATGGCAAAAGGGTCCCATCAAATGCAAGTGACAGATTTTGTCAAAGCTTGTGTTTCCTTCAATGAAGTAACTATACCTTCCATCAAAAGTATTTTAACACGGCTAAATTTATTACTTGAAACTGCCGAGGTGGCATTACAGAATGCACTTGTAT
CACATACAGAAGGCCTACTCACGACAGCGATAAGTTGTTTACAGGAGATTCAAAGCAAGGATGAACTATGTAGTATGGGGGATGAAGAGGGCATTGTGGCATTTGTTCAGAAATTGGCAGCATTCCTCATTGTTGTTCCAGGGCACCCAACACTGGGAGCTTTTTATCTCTTGAAAGGTCTTTTAATGCTTCTGGACTCT
CAACCTTGGTTGATGCCAGGATTGAGAAGTATACAAACACTTTGTGCAATTGTTTCTTCAACTGCAGCATTAGCTCAAAAAGAGCTACCTTATCATGTTGAAAATAAAGAGGTTGTCAGCAACGATGGGCTATATTTTGGTGATTCTTCTTACAATCAAGAACTTTCAACCATTTCTAATGTTTTAGTACATAAAATATT
GGAAGAATTATATCAAGTCCATGATTCAGATACACGAGGGAGGCAAGCGTTAGATATGTGCAACTTTTTTCTCCTTTCGTTTAAGGCCACCGATGAAGTCATAGAACACTGTACAGATCTGGTCAAGATTGCTGAATCCTCGTCACACACTGATGACAGATATTTGCAAGTAACTGCAAAATTGTTAGCAAAAAGTTCCC
AGAATAGGATGTTTATTGGACCTTTGATATGACATAGCGAGCAGTTAGGTAGATGAAATGCCAACTTATCTACATTTGTCTTCACTCACTAAATGGCTAGCAAAGGCATTAATTTCTTTCATGTACACTTTTCCTGGCGAGTATTGTTAGGCATTTCAGGATGCCAAACAATTCAAAGTATTGAACATTTGAAAAGCATG
CATGTCATCTGCTCAATATGTTTCAGGGCAATTTATGAATTTGAAAATGTTGATAGAATTAATCTGTAAGAGAGATATTTTGTTTTCATTACCTTTCAAATTTAACCATCTATCAAATGTTGCCATACAAATAGCTGAGTTAAGTTTCAAGATTTCACAGAGCGCTAGGGGAGGTATTAAAATTGGAATTTCCATAATAA
TATAATAATACTAATTTCGCGAACCTAACATGTTGGATATGCTTACAATGCCTTGTCTAATCATTTGGGGATGGATTTCCATGTGATACGCTGCTTTTCTGCAAATGGAACTAACGAAGAAAACGCATTTTGATTTTATCACTCGTCAATGCATTGGTTTACAACATTTCAACTCGAGTTCTGTTTATGTGAATCAATAT
AGAGAACGTGTGCCC
>TRINITY_DN36184_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:ATTACTTCCTCGAATATACCTGGAAATGGCTATTTTGCGTTCTCGACATTTTCTGCATGAGAATCCGTTGAATGTTTGCCAACGTTTGAGTTTGATGATTAGAGGCTTAGCAAATCCTTTAGCCTCTGCATTTGCTCATTTGTACTTGGCTCGCTGTGCACAAGCATTGATTCCCTATGAAACAGGAGAGGATTATTAAT
CTTTTAAGAGATTTTGGGGTTCAGCTAAATGTGTGGAAACCAACTCAAAACATTCATCCAGTTTCTGTTTTGGTGCATTACCTGTTGAAGCAGTTACCAGCAAGAATTGTTAGTACTCATGCCTTGGGGCTACTTAAACTTGTAGAAAGTTCTGTAGATCCTTCAATAGCCCAGgtaagaagttcaacttaaagatatgt
tctgtaatggtgaagaggcaatattggagaggattgagtgataggagcagtctgcatttgtaacacattgatttgcagTACATGAATTACAGATTGCTTGGGTTTAAGCTCTGTGAGTGTAGTCCACCGAGGGAATTATGTCTTACTATCTTGAATGACGTGCTGGAGGTATGTAATGCATTCATATTCCATATGTACAT
ATTTGAGGAGACTCATAATTATTGGCAGCCAGTTTGAATGCCTGGTAAAATTCTTATGTTGTAGTGTATTTAGGTTGTTGATGTGCC
Intron 3 GCTTTCTCAT ... TGCAGATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.52 | 5 | 6 | 7 |
| A2 | 60 | 3 | 5 | 4 |
| A3 | 52.94 | 4 | 4 | 5 |
| A4 | 42.11 | 11 | 7 | 9 |
| A5 | 42.86 | 2 | 2 | 1 |
| A6 | 100 | 0 | 0 | 2 |
| A7 | 100 | 0 | 1 | 3 |
| A8 | 50 | 6 | 6 | 6 |
| A9 | 100 | 0 | 1 | 2 |
| A10 | 42.86 | 2 | 1 | 2 |
>TRINITY_DN97840_c0_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformGGATGTTTGTTGATTTTATTCTCATTGTGATCCATATCATTTAGCCATTTTTTATCATTTTACATAGACTCTATCAAATAGTAACTACTTTGTCTTTGAATAATTGTATCACAGATACCTGGAAATGGCTATTTTGCGTTCTCGACATTTTCTGCATGAGAATCCGTTGAATGTTTGCCAACGTTTGAGTTTGATGATTA
GAGGCTTAGCAAATCCTTTAGCCTCTGCATTTGCTCATTTGTACTTGGCTCGCTGTGCACAAGCATTGATTCCCTATGAAACAGGAGAGGATTATTAATCTTTTAAGAGATTTTGGGGTTCAGCTAAATGTGTGGAAACCAACTCAAAACATTCATCCAGTTTCTGTTTTGGTGCATTACCTGTTGAAGCAGTTACCAGC
AAGAATTGTTAGTACTCATGCCTTGGGGCTACTTAAACTTGTAGAAAGTTCTGTAGATCCTTCAATAGCCCAGATTGCTTGGGTTTAAGCTCTGTGAGTGTAGTCCACCGAGGGAATTATGTCTTACTATCTTGAATGACGTGCTGGAGGTGGTTACTCAATATGCAGATGCAAACGAGTATTTGATGGTTGTGGATGTG
TATATTGATTATATTCTTCAAAATAGCATGGAAGATCAGCTGAACATGATTTTAGATGATATTTCAGAGCATGTAACAGGAATTGTAGTCAATGATGCAGAACTTTCAAGTTTAGAGTCTATCATTCGCAAGTTGATTTTACACTTCACTGATCTAACACATGTTCTTTCTTTGGATCATTTTGTTGACATTTTGGATGT
TCTATATGGCAGCACACGTGTTTCTGTTAACAAGCATATTCTTATTCATATTTCTAGGTGAGTATTGTGACATGCATAATGTTGTTTTCATCTATTTTAGCAATACATGTAGGACTTTGCTAAATTTCAATAAGGAGAATGAAAGAAAGAAAGATCAAAAGGGGCTGATACAATATGCCTAGGTTGATCACCTAATTAGG
ACTAATTAAAATTATTTGTCTTCATTATTAGGTAGGGTTGTGTCTTTT
>TRINITY_DN97840_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:GAATGAAGTTTGCTATGGATAATTTAGTGTTAGTTATAATATGGTAATGTTGACATACAGATGTTGTCAGGGAGGAAAGAATTAGCGCAAAGTGGTGGAAATGGAATTCAGAATTCGTGATTACAGAGCAGAAGCAGAAGCAGCAGTATGTGGCCTTGCAAGAGAAGCAGTTGTGGAGCATCCTTTATGGTCGTGGTCGT
CCCGAAAGGAGGAGAAGAAGGAAAAGAAAAAGGGGGGCACTTCTGTATATAAGCAGCAGCACCACTACCCAACATCTCCATCTGCATCGTTTTCCCCTATAGAGTTTGATGATGCAGCTTCTAAAAAAGGCACTTTTGTTGATCCGCTCAGTGGATCTGCACCGGAATCCCTTTTTTCAACTGATAAGAAACTAGGAAAC
CATTTTGAAAAGATGGTATTACGAGGAGCCTCCGATGAAGCTGTTGAAGCTGCTGCCAAAGAGTGGGATGTTTATAAAATGCTAATGCTGAAAAAATATGCTTGCACAACTACAGACACTATTACTCTATCTGCGGTATCTGACATTATATCTAGAAGTGTCAAAGCTCGGGGTAAGTCTTTGACAAGTGTTCATTTAGA
AGAACTGGATGATCCTGAGAAGAATGCTGAAGAAGAGGTTAAAGTTGTTTCACAACAGGAGTATGTTATGCGGCTACGTGAGCTAAATAATGAGATAGCTCAAGCTTGGCAACAAAATGAACGTGCTACGGCTCTCAAATTGTCCATCAAGGTTGCAAGGCTCTTGTCAGACACATCAGTTCCCCAGTTTTACCCCACCT
TATTTATTTTGGTTACGGATATAATGGATACTTTAGGGAGTCTGGTTTGGAAACGCATTAAAAGAAAGGCAGAATTTGATGATGAGTGAAATCTGATACAAATTTTACCTGATACCTGGAAATGGCTATTTTGCGTTCTCGACATTTTCTGCATGAGAATCCGTTGAATGTTTGCCAACGTTTGAGTTTGATGATTAGAG
GCTTAGCAAATCCTTTAGCCTCTGCATTTGCTCATTTGTACTTGGCTCGCTGTGCACAAGCATTGATTCCCTATGAAACAGgctttctcatcacaggacttagtgattatatcacactatttcaaagggttctttcagggaatctgggcagtaacattatgaagtcttatggtgaaaaatggatgcatgtccgcttggtg
gaacctgtaattgaatggattattagatgcattttcaatcatgcagatcagGAGAGGATTATTAATCTTTTAAGAGATTTTGGGGTTCAGCTAAATGTGTGGAAACCAACTCAAAACATTCATCCAGTTTCTGTTTTGGTGCATTACCTGTTGAAGCAGTTACCAGCAAGAATTGTTAGTACTCATGCCTTGGGGCTACT
TAAACTTGTAGAAAGTTCTGTAGATCCTTCAATAGCCCAGGTAAGAAGTTCAACTTAAAGATATGTTCTGTAATGGTGAAGAGGCAATATTGGAGAGGATTGAGTGATAGGAGCAGTCTGCATTTGTAACACATTGATTTGCAGTACATGAATTACAGATTGCTTGGGTTTAAGCTCTGTGAGTGTAGTCCACCGAGGGA
ATTATGTCTTACTATCTTGAATGACGTGCTGGAGGTATGTAATGCATTCATATTCCATATGTACATATTTGAGGAGACTCATAATTATTGGCAGCCAGTTTGAATGCCTGGTAAAATTCTTATGTTGTAGTGTATTTAGGTTGTTGATGTGCAAATAAAAGCTGATTGGACTATTTGTTTCCCTAAATTTTATTATTTTT
GTACTTACATAAATTGACATGTGAATCTACAAGTCTAAGAAGAATGATTTAACCAACCAAAATTCATGTTGCTCTTATAAAGGAAACAACCATAGAAGGAGAAGGAAGGAGGATAGTGTTTATTTGGAATGCAATTCCAAAATAGGAATATGCCAG