NA ----> NA
Intron 1 GTATGTAACT ... TTTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.67 | 10 | 18 | 22 |
| A2 | 100 | 0 | 11 | 11 |
| A3 | 84.62 | 1 | 7 | 4 |
| A4 | 88.89 | 1 | 8 | 8 |
| A5 | 100 | 0 | 6 | 0 |
| A6 | 100 | 0 | 1 | 1 |
| A7 | 91.3 | 1 | 15 | 6 |
| A8 | 69.23 | 4 | 10 | 8 |
| A9 | 86.67 | 1 | 10 | 3 |
| A10 | 52.94 | 4 | 6 | 3 |
>TRINITY_DN46443_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoformCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAACAAACATTTTTAAGATCAATTTGAGTTTTTTTAAAGTTTTATGTTAACTTTACATTACTATTGGATGGTGAA
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GCTCTTTGATGTCTCTCTCTGCCAGTGTAGAGGTAGTCATGTGGGGTGGGAATCACTCTCCCTAATTGATTTGTTTATGTTTATGTTAATTATGTTACTTTATATTAATGTCTATGTTTTGGCATGATCTTTATTTCTTTGTTGCATGTTATAACTTTAAGTTGCTTTGTTCTATTAGTATCTTAGTATCGGTTGTTTCT
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CATTTCCGAGAGTCGTGGCATTAAAGGTGATTATATTATTCTTTCTATTGTAATTAGATGATATGATATTAAGGTGATTATATTATTCTTTTTATTGTAATTAGATGATATGATATTAGAAAATGGATTTATGAGTTTTGACTATTTTCATTTAATTAATTGATTAATTATTTTTATTATTATTTAATTTGATACCATTG
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ATCAATTTTATCAACAAGAAACAAAATGAATCATGCTTAATTAGTTAATTAGTTATTTTTTAATTACAAAAAAATTAATTCTAGTTAATTAGCTCTTTTTAATTACAAACAAATTTAATGGAAAAAATCAGTTGTTGTCTTCTTTTTGGAATGCCTCTATTTATTTTTACTATTTTTAGTGTCCAGACTTTACTTTAGAA
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AAGAAGAAGGAAATCAATGAATGGGATTTCTAGCTCGGTGCGAGCACATGGAAAAACTCCATCTTTTCATTTCATTTCATTGCTCTTTGATAGAGGCAGAGGTACTCGTGGGCTGGAGCAACGCTCCCCTAATTAGTTTGTTAATGTTAATGTATATTAATGTATATCTGTATATTAATGTATATTTGTCTATGTGTTGG
AATGTTCCTTATTTCTTTATTATATGTTATAGTTCCCTGTTGGTTTGCTATGTTTGTTAATTCTATGTGGGACAGATCAGCAGGAGACTGACATACATGCATTGGAGGTACTCAACTTTAGCGGCTTTCTTGTGAACGGTTTAAGCTGGGACTAAGAAGAATACTTTACCCTTAGTTTGCGGTTCGGCCAAATGACTTTT
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CATAACAATCACCATCACTGATACAAATATTATTCTTGAGTTATGTGAAGGGTAGTTTTGACGTAAGGATAAGCATTTGTGATTTTTTATTTTTCTGTTTTGTCATTAATATCAGCGTGGGTGCTAACTATGGATTAACACAACTGAAAACATGATCACAAATATGTAAATAGATGATGCCTTGGGACTCTCTTGATGAA
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TACTACTTTGATTATTTTCATCTTAGAAATATATTAATGTACTTAACCC
>TRINITY_DN46443_c0_g1_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:CATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAACAAACATTTTTAAGATCAATTTGAGTTTTTTAAAGTTTTATGTTAACTTTACATTACTATTGGATGGTGAAA
GCAGTCTTGCTCAAGTGAAAATTTTTGCATCTGGCTTGGGGGCTTGGGGTTTCCTTAAAACTTTAATCGATTCTTATTACTATAGTTGAATCCAGTCTTCCCTTTCTTCTTGTTCACCCACTCTTCCTATGTATCACGAAGGAGGAACGATTCAAGGGTGTGAGCGCATGGAAATACTCCTCCCTGATTTCATTTCGTTG
CTCTTTGATGTCTCTCTCTGCCAGTGTAGAGGTAGTCATGTGGGGTGGGAATCACTCTCCCTAATTGATTTGTTTATGTTTATGTTAATTATGTTACTTTATATTAATGTCTATGTTTTGGCATGATCTTTATTTCTTTGTTGCATGTTATAACTTTAAGTTGCTTTGTTCTATTAGTATCTTAGTATCGGTTGTTTCTT
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TAGAGGTACTCATGTGGGTTGGAGCAACACTCCCCTAATTAGTTTGTTAATGTTAATGTATATTAATGTATATTTGTCTATGTGTTGGAATGTTCCTTATTTCTTTATTATATGTTATAGTTCCCTGTTGGTTTGCTATGTTTGTTAATTCTGTGTGGGACAGATCAGCAGGAGACTGACATACATGCATTGGAGGTACT
CAACTTTAGCGGCTTTCTTGTGAACGGTTTAAGCTGGGACTAAGAAGAATACTTTACCCTTAGTTTGCGGTTCGGCCAAATGACTTTTTCGCAACAGAACCTATGGTCTCAGATTTATGGTGATTTTTCTAAATTTTTTCTCTTAAATATGTTTATCAAACTGGTCATTTTGAGTATGATTAGGTAAATTATGGATAACT
TCCATAGTTTTCTGTAAATTATCAAACCGGTCCTTCTAAGTACGATTAATTAAAATCAAGGATTTCCATAGTTTTCCTAAATTGTCATCATAACAATCACCATCACTGATACAAATATTATTCTTGAGTTATGTGAAGGGTAGTTTTGACGTAAGGATAAGCATTTGTGATTTTTTATTTTTCTGTTTTGTCATTAATAT
CAGCGTGGGTGCTAACTATGGATTAACACAACTGAAAACATGATCACAAATATGTAAATAGATGATGCCTTGGGACTCTCTTGATGAACATTTGATTTTATTCCTATGTATTTGATTTGATTTTGAACATTGACACATTCGTTTTATTATTCCATGGACCATTCTGAATATAATTTTTTGTTTTCGTCTCATTCTTAGTA
GTAGGTGGAAGCTTAACCCAAGGGCCAAATCTACAGCAGAGGCAGAGTGCAACACCAAATATGACGAAGAGAATGTTACTTTAACAGATAACCCAACTTATCAAAGgtatgtaactaataaaattaaatttgattgtaatgtatataatatatatcttcctattacatataatattattttattaaacaattaacgaata
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ttgtttttattattttaccttgactccagagagtggctttcatgacggggtctggtgctaaataaaattccaatatttaagatacatcagccccagtcttatggtcaaatcgacagactttgtcataaaaatatggccacctgttctttatagcgctgcattaccattgataaacaaactctgtctgttaaactctatat
tcaaatgcctggaatataggatactagtaagtgatacgcattagatagagactcctctcttttataaagaactatattggaaggagattgaatgttcaccaagactaaggtaatatgtttgaaatacaataggagctaaaaaaattataattgtagaattcttgtaaagaaaaattattactaattgtattaaaaggcat
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cagAATAAGTGACCATTACTCCATAACAAATCAATTCATATTGGATAATGAACAAGTAAAGGTATGTACATCCATTTAAGATTCTTTCATTTGGTTTATACAACTAATGAAATAAATCAATAAATCAAATTAGAAATCTTGTTAAGAAAAAAAATGAATAAATCAAATTAAAAATTATTTTGTTGTACTACTTTGATTAT
TTTCATCTTAGAAATATATTAATGTACTTAACCC
Intron 2 GTATGTAATA ... TGTGGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.12 | 15 | 24 | 32 |
| A2 | 66.67 | 10 | 15 | 25 |
| A3 | 78.57 | 6 | 13 | 31 |
| A4 | 57.5 | 17 | 16 | 30 |
| A5 | 76.47 | 2 | 5 | 8 |
| A6 | 64.71 | 3 | 3 | 8 |
| A7 | 36.28 | 36 | 10 | 31 |
| A8 | 35.9 | 50 | 17 | 39 |
| A9 | 28 | 18 | 4 | 10 |
| A10 | 35.06 | 25 | 8 | 19 |
>TRINITY_DN46443_c0_g1_i20 from sample A8 / Example spliced isoformCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAACAAACATTTTTAAGATCAATTTGAGTTTTTTTAAAGTTTTATGTTAACTTTACATTACTATTGGATGGTGAA
AGCAGTCTTGCTCAAGTGAAAATTTTTGCATCTGGCTTGGGGGCTTGGGGTTTCCTTAAAACTTTAATCGATTCTTATTACTATAGTTGAATCCAGTCTTCCCTTTCTTCTTGTTCACCCACTCTTCCTATGTATCACGAAGGAGGAACGATTCAAGGGTGTGAGCGCATGGAAATACTCCTCCCTGATTTCATTTCGTT
GCTCTTTGATGTCTCTCTCTGCCAGTGTAGAGGTAGTCATGTGGGGTGGGAATCACTCTCCCTAATTGATTTGTTTATGTTTATGTTAATTATGTTACTTTATATTAATGTCTATGTTTTGGCATGATCTTTATTTCTTTGTTGCATGTTATAACTTTAAGTTGCTTTGTTCTATTAGTATCTTAGTATCGGTTGTTTCT
TAACTCTGTGTGTGAGACTGTGTGAGATAAAGGAGGAGACTGACATATTTACATTGGAGATAGAGGAGGAGACTGACATACTTACATTGGAGGTACTCAACTTCAGCGCCTTTCCTGTGAAGAAGAATACTTTACCCTTTGGAACAGCCAAACGAATTTTTGGCAGGGAACCTATGGTCTTAGATCTACGGTGGAGGCTA
AACCCAAGACACTATCAAGCCGAAGAAACACAGTGCGGCCATGAAAAATGGTGAAGAGAATGCTACCTCTACATAGAATTCCAATGTACCAAAGAGACAGGGCCTACTGAAAACTATATCCAACGGCGAAACTTGCTATAAACAGAGACAGGGCCCATAAGAAGCAAAGTGCAACTGCGAGAGATGATGAAAAGAATCTT
GCCTTCAGAGCGAGCACCAATTTACCACAGATCAGCAGGAGACTGACATACATGCATTGGAGGTACTCAACTTTAGCGGCTTTCTTGTGAACGGTTTAAGCTGGGACTAAGAAGAATACTTTACCCTTAGTTTGCGGTTCGGCCAAATGACTTTTTCGCAACAGAACCTATGGTCTCAGATTTATGGTGGAAGCTTAACC
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TTGCTCCTTTTCCATTGCCAATTACCCATGTTCCTTGCCAGTTTTCGAGTGCCAGATTAATAGAATGGAAAATGATTGAATTAAATAAAATAATCCACTATAAACTATTTTAAAAATTACAATAACTTACTATTTTTTTTAAACAATTTCTTTTACATCTGTGTAAATAATGTTTG
>TRINITY_DN46443_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:CATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAACAAACATTTTTAAGATCAATTTGAGTTTTTTTAAAGTTTTATGTTAACTTTACATTACTATTGGATGGTGAA
AGCAGTCTTGCTCAAGTGAAAATTTTTGCATCTGGCTTGGGGGCTTGGGGTTTCCTTAAAACTTTAATCGATTCTTATTACTATAGTTGAATCCAGTCTTCCCTTTCTTCTTGTTCACCCACTCTTCCTATGTATCACGAAGGAGGAACGATTCAAGGGTGTGAGCGCATGGAAATACTCCTCCCTGATTTCATTTCGTT
GCTCTTTGATGTCTCTCTCTGCCAGTGTAGAGGTAGTCATGTGGGGTGGGAATCACTCTCCCTAATTGATTTGTTTATGTTTATGTTAATTATGTTACTTTATATTAATGTCTATGTTTTGGCATGATCTTTATTTCTTTGTTGCATGTTATAACTTTAAGTTGCTTTGTTCTATTAGTATCTTAGTATCGGTTGTTTCT
TAACTCTGTGTGTGAGACTGTGTGAGATAAAGGAGGAGACTGACATATTTACATTGGAGATAGAGGAGGAGACTGACATACTTACATTGGAGGTACTCAACTTCAGCGCCTTTCCTGTGAAGAAGAATACTTTACCCTTTGGAACAGCCAAACGAATTTTTGGCAGGGAACCTATGGTCTTAGATCTACGGTGGAGGCTA
AACCCAAGACACTATCAAGCCGAAGAAACACAGTGCGGCCATGAAAAATGGTGAAGAGAATGCTACCTCTACATAGAATTCCAATGTACCAAAGAGACAGGGCCTACTGAAAACTATATCCAACGGCGAAACTTGCTATAAACAGAGACAGGGCCCATAAGAAGCAAAGTGCAACTGCGAGAGATGATGAAAAGAATCTT
GCCTTCAGAGCGAGCACCAATTTACCACAGgtatgtaataaataaatttgaatgcttagattgattagatttggttctaatagtatctgtcttcgtacagtgtgaatattacatttaatatttttttactaaacaattaactaatgttttgttattacataattaagtaaataaattacattttggactgtttagggttt
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tatttgtaattaatccttaaaaatcatttccaatttcatttgttttttcttgtattaaattatattttataggaacaaatagataattaaatgtgtaccattaaaaaaattgtaataagatactttaaacttttctttctttttttatttgaatgagtttattagatgcattttcaatgtcatattaattagtccattga
catttggtttttggtttttaaattttgaaataaaattattaactttatttacaataaatacatcacccaagaaaaaaaatggtccaatgaaactaaagcctctacactatggatgaatgctagtatctatgattacatctcattatccttccataatattcaaaacattatgtaagatcaatattatttaagataattaa
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aaaatgatttcccattacatacattgtctctggttggctacactactattacaaagtaagtaaacatatacatgtatttcttctttctctcccactcctctctatgtgtcaggaagaaagaaattaatgaatgggatttctagcttggtgtgagcacacagaaaaaatccatcttttcatttcattgctctttgatagag
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TTCCATAGTTTTCTGTAAATTATCAAACCGGTCCTTCTAAGTACGATTAATTAAAATCAAGGATTTCCATAGTTTTCCTAAATTGTCATCATAACAATCACCATCACTGATACAAATATTATTCTTGAGTTATGTGAAGGGTAGTTTTGACGTAAGGATAAGCATTTGTGATTTTTTATTTTTCTGTTTTGTCATTAATA
TCAGCGTGGGTGCTAACTATGGATTAACACAACTGAAAACATGATCACAAATATGTAAATAGATGATGCCTTGGGACTCTCTTGATGAACATTTGATTTTATTCCTATGTATTTGATTTGATTTTGAACATTGACACATTCGTTTTATTATTCCATGGACCATTCTGAATATAATTTTTTGTTTTCGTCTCATTCTTAGT
AGTAGGTGGAAGCTTAACCCAAGGGCCAAATCTACAGCAGAGGCAGAGTGCAACACCAAATATGACGAAGAGAATGTTACTTTAACAGATAACCCAACTTATCAAAGGTATGTAACTAATAAAATTAAATTTGATTGTAATGTATATAATATATATCTTCCTATTACATATAATATTATTTTATTAAACAATTAACGAAT
AAGATTATTGTTTTTCCTTGCTCTTTTCCCATTGCAAATTACCATGTTCCTTGCCAGTTTTCGAGTGCCAGATTAATAGAATGGAAAATGATTGAATTAAATAAAATAATCCACTATAAACTATTTTAAAAATTACAATAACTTACTATTTTTTTTAAACAATTTCTTTTACATCTGTGTAAATAATGTTTGGAGACAAG
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TTCAAATGCCTGGAATATAGGATACTAGTAAGTGATACGCATTAGATAGAGACTCCTCTCTTTTATAAAGAACTATATTGGAAGGAGATTGAATGTTCACCAAGACTAAGGTAATATGTTTGAAATACAATAGGAGCTAAAAAAATTATAATTGTAGAATTCTTGTAAAGAAAAATTATTACTAATTGTATTAAAAGGCA
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GTATAGCAATTGTGATTTTAGGATTATCTCTTTGTTTAAGTTTTTATTTTCTTATGCTTTCCTAATAATATCATATCATGGTTGTAGTATTTTAGGGTTTATCTCTTTGCCTATAGGGTTTTATTTTGTCCTTTGGTATTATCATTATCATGGCAATAGTTAGTATTTTATTTATGTGTTATTTGTTGGTATGATTTGAT
GCAGAATAAGTGACCATTACTCCATAACAAATCAATTCATATTGGATAATGAACAAGTAAAGGTATGTACATCCATTTAAGATTCTTTCATTTGGTTTATACAACTAATGAAATAAATCAATAAATCAAATTAGAAATCTTGTTAAGAAAAAAAATGAATAAATCAAATTAAAAATTATTTTGTTGTACTACTTTGATTA
TTTTCATCTTAGAAATATATTAATGTACTTAACCC
Intron 3 GTATGTAATA ... TGTGGGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.91 | 15 | 24 | 34 |
| A2 | 66.67 | 10 | 15 | 25 |
| A3 | 78.57 | 6 | 13 | 31 |
| A4 | 57.5 | 17 | 16 | 30 |
| A5 | 76.47 | 2 | 5 | 8 |
| A6 | 64.71 | 3 | 3 | 8 |
| A7 | 36.28 | 36 | 10 | 31 |
| A8 | 35.9 | 50 | 17 | 39 |
| A9 | 28 | 18 | 4 | 10 |
| A10 | 35.06 | 25 | 8 | 19 |
>TRINITY_DN46443_c0_g1_i20 from sample A8 / Example spliced isoformCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAACAAACATTTTTAAGATCAATTTGAGTTTTTTTAAAGTTTTATGTTAACTTTACATTACTATTGGATGGTGAA
AGCAGTCTTGCTCAAGTGAAAATTTTTGCATCTGGCTTGGGGGCTTGGGGTTTCCTTAAAACTTTAATCGATTCTTATTACTATAGTTGAATCCAGTCTTCCCTTTCTTCTTGTTCACCCACTCTTCCTATGTATCACGAAGGAGGAACGATTCAAGGGTGTGAGCGCATGGAAATACTCCTCCCTGATTTCATTTCGTT
GCTCTTTGATGTCTCTCTCTGCCAGTGTAGAGGTAGTCATGTGGGGTGGGAATCACTCTCCCTAATTGATTTGTTTATGTTTATGTTAATTATGTTACTTTATATTAATGTCTATGTTTTGGCATGATCTTTATTTCTTTGTTGCATGTTATAACTTTAAGTTGCTTTGTTCTATTAGTATCTTAGTATCGGTTGTTTCT
TAACTCTGTGTGTGAGACTGTGTGAGATAAAGGAGGAGACTGACATATTTACATTGGAGATAGAGGAGGAGACTGACATACTTACATTGGAGGTACTCAACTTCAGCGCCTTTCCTGTGAAGAAGAATACTTTACCCTTTGGAACAGCCAAACGAATTTTTGGCAGGGAACCTATGGTCTTAGATCTACGGTGGAGGCTA
AACCCAAGACACTATCAAGCCGAAGAAACACAGTGCGGCCATGAAAAATGGTGAAGAGAATGCTACCTCTACATAGAATTCCAATGTACCAAAGAGACAGGGCCTACTGAAAACTATATCCAACGGCGAAACTTGCTATAAACAGAGACAGGGCCCATAAGAAGCAAAGTGCAACTGCGAGAGATGATGAAAAGAATCTT
GCCTTCAGAGCGAGCACCAATTTACCACAGATCAGCAGGAGACTGACATACATGCATTGGAGGTACTCAACTTTAGCGGCTTTCTTGTGAACGGTTTAAGCTGGGACTAAGAAGAATACTTTACCCTTAGTTTGCGGTTCGGCCAAATGACTTTTTCGCAACAGAACCTATGGTCTCAGATTTATGGTGGAAGCTTAACC
CAAAGGGGCCAAATCTACACCAGAGACAGAGTGCAACACCAAATATAACGAAGAGAATGTTACTTTAACGGATAACCCAACTTATGAAAGGTATGTAACTAATAAAATTAAATTTGATTGTAATGTATATAATATATATCTTCCTATTACATATAATATTATTTTATTAAACAATTAACGAATAAGATTATTGTTTTTCC
TTGCTCCTTTTCCATTGCCAATTACCCATGTTCCTTGCCAGTTTTCGAGTGCCAGATTAATAGAATGGAAAATGATTGAATTAAATAAAATAATCCACTATAAACTATTTTAAAAATTACAATAACTTACTATTTTTTTTAAACAATTTCTTTTACATCTGTGTAAATAATGTTTG
>TRINITY_DN46443_c0_g1_i21 from sample A8 / Example unspliced isoform:CATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAGCAAACATTTATGAACTGATCTGTTTTTTCATGTATTAAATTTAATTTTTGAACAAACATTTTTAAGATCAATTTGAGTTTTTTAAAGTTTTATGTTAACTTTACATTACTATTGGATGGTGAAA
GCAGTCTTGCTCAAGTGAAAATTTTTGCATCTGGCTTGGGGGCTTGGGGTTTCCTTAAAACTTTAATCGATTCTTATTACTATAGTTGAATCCAGTCTTCCCTTTCTTCTTGTTCACCCACTCTTCCTATGTATCACGAAGGAGGAACGATTCAAGGGTGTGAGCGCATGGAAATACTCCTCCCTGATTTCATTTCGTTG
CTCTTTGATGTCTCTCTCTGCCAGTGTAGAGGTAGTCATGTGGGGTGGGAATCACTCTCCCTAATTGATTTGTTTATGTTTATGTTAATTATGTTACTTTATATTAATGTCTATGTTTTGGCATGATCTTTATTTCTTTGTTGCATGTTATAACTTTAAGTTGCTTTGTTCTATTAGTATCTTAGTATCGGTTGTTTCTT
AACTCTGTGTGTGAGACTGTGTGAGATAAAGGAGGAGACTGACATATTTACATTGGAGATAGAGGAGGAGACTGACATACTTACATTGGAGGTACTCAACTTCAGCGCCTTTCCTGTGAAGAAGAATACTTTACCCTTTGGAACAGCCAAACGAATTTTTGGCAGGGAACCTATGGTCTTAGATCTACGGTGGAGGCTAA
ACCCAAGACACTATCAAGCCGAAGAAACACAGTGCGGCCATGAAAAATGGTGAAGAGAATGCTACCTCTACATAGAATTCCAATGTACCAAAGAGACAGGGCCTACTGAAAACTATATCCAACGGCGAAACTTGCTATAAACAGAGACAGGGCCCATAAGAAGCAAAGTGCAACTGCGAGAGATGATGAAAAGAATCTTG
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