sp|Q9C8E7|GLR33_ARATH ----> Glutamate receptor 3.3
Intron 1 GTATCTAATG ... AATCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 66.47 | 29 | 54 | 61 |
| A2 | 67.79 | 24 | 31 | 70 |
| A3 | 73.33 | 14 | 33 | 44 |
| A4 | 74.1 | 18 | 60 | 43 |
| A5 | 69.81 | 8 | 21 | 16 |
| A6 | 75.76 | 20 | 35 | 90 |
| A7 | 62.55 | 47 | 45 | 112 |
| A8 | 60 | 26 | 28 | 50 |
| A9 | 64.71 | 42 | 67 | 87 |
| A10 | 66.79 | 45 | 64 | 117 |
>TRINITY_DN48677_c0_g2_i11 from sample A7 / Example spliced isoformAACGCATGAGCCAAGGTTCGAATCCGACGGAGACGGAAAGAGCGGCGCCTCAACGACAAAAGGAGGAAATATCGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCT
TCGGAAATAGTATATGCAGCCTCCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCGGTCTGCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCAGAGGATCAGTTTGTTCATTTCAATAGACGGATTTTTTTTGCGGCAAATTTGACCTCTCCTGATCATTTTAATCGCTAAATTTTAGGTTTTGTTTATAAAATGAGGCT
TAATTCCGCTGGCCTGAGATGTCCTGTCCTGTATTTCCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTATTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTATCATATGGAATGGGTTTGTGACTTTTTAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGAAGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAAACCCAGTGTGCTTCAAATCCGG
TAAGATATATTTGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAGTGCTAGCCTATAATCTTTTCCGTTGAAGGCTTGTACATTTTGAAGCCGGAGTCATGGATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGTTATTTAATGTGTATTGCCTGCATAAAATAAAT
TTCCTGAAGCCATAGGAATGGATGTCGAATCTGGATGTCGAATCTTCAATCCTGGCAGAGAGTCATGCTCTGTTTTACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGGGGTTAGCTTTTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGTTTTTATTTTTGGAGTT
CCTGTCCTAGTGAACGAGATACTTCAACATGTGTCGCTTAACGCACTGCCATAATTGTTTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCGAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCG
>TRINITY_DN48677_c0_g2_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:AACGCATGAGCCAAGGTTCGAATCCGACGGAGACGGAAAGAGCGGCGCCTCAACGACAAAAGGAGGAAATATCGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCT
TCGGAAATAGTATATGCAGCCTCCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCGGTCTGCAAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCAGAGGATCAGTTTGTTCATTTCAATAGACGGATTTTTTTGCGGCAAATCTGACGTCTCCTGATCATTTTAATCGCTAAATTTTAGGTTTTGTTTATAAAATAAGGCTT
AATTCCGCTGGCCTGAGATGTCCTGTCCTGTATTTCCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTATTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTATCATATGGAATGGGTTTGTGACTTTTTAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGAAGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAAACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGT
AAGATATATTTGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAGTGCTAGCCTATAATCTTTTCCGTTGAAGGCTTGTACATTTTGAAGCCGGAGTCATGGATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGTTATTTAATGTGTATTGCCTGCATAAAATAAATT
TCCTGAAGCCATAGGAATGGATGTCGAATCTGGATGTCGAATCTTCAATCCTGGCAGAGAGTCATGCTCTGTTTTACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGGGGTTAGCTTTTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGgtatctaatgtcttatgc
ttcgaaaccactgggactattgttttgattttcctttcagacacgggtttggaattgaaagtttctgtttaaatctctttagcctccagaagtgttaaagaaaattcccgtcatcttgactcttattcgatggtaggatatcggaaactttcctaaatttgttattcatatttatgccgtgtaatcttgcagTTTTTATT
TTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGAGATACTTCAACATGTGTCGCTTAACGCACTGCCATAATTGTTTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCGAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGTTGCTCTTTTTGCATCCAATTCTACAA
TTGGAAGAGTTGCAAAGCCGGCTATAGAATTGGCGGTGAAAGATGTGAACAGCAATGAGACTCTGCTGAACGGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCCTTCGTAGGAACGGCGGAAGCTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCAT
GTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTCTCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATTGCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGG
GAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAAGCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATACACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCA
TTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGGTCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGTCTGCGTCCACATACTCCAAATTCAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTC
TCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCTTCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGATTCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAAC
AACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTTGAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACAGGCTTATCAGTTACCCCTCCAGAAATTACAGCTGCCACCAGTGATAATCAATCTTATATAGAGCCAAACTTCT
CTCATATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAATACCACGGGGTTGGATGCATGGCAGGCAACTTGTGATTGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTAACAGGAAATAGTAGCAGCACAGTGAAAGGATTTTGTATTGATGTGTTTCTTGCAGCAGTGAAATTGCTTCCTTATATTGTTCGGTACACATTT
AAACCTTATGGAACAGGGAATTCTACACCCAATTATGATGATCTCATAAATCAGGTCACTTTACAGTCGTAGGAGATATTTCAGCTGCGGTAA
Intron 2 GTAAGTAGCC ... ATATTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.65 | 86 | 3 | 38 |
| A2 | 22.39 | 52 | 11 | 15 |
| A3 | 19.05 | 51 | 8 | 12 |
| A4 | 15.63 | 54 | 7 | 10 |
| A5 | 44.12 | 19 | 3 | 15 |
| A6 | 31.86 | 77 | 12 | 36 |
| A7 | 23.83 | 163 | 24 | 51 |
| A8 | 22.7 | 143 | 7 | 42 |
| A9 | 23.79 | 157 | 9 | 49 |
| A10 | 25 | 129 | 11 | 43 |
>TRINITY_DN111629_c1_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoformAGCGTGACCTCTACTCGTTCCGAAGATTTGTCCCCTTGAATGGGGCTAAGGCTAAGCAGGCAGCAGCATTAAATGTTGCTTTGCAACTGCGCGGGTATAATGAGTCTGCCCTAAATATTAGATGCTAAAGGAAAGTAAACGCATGATCCAAGGTTCGAATCCGACGGAGACGGAAAGAGCGGCGCCTCAACGACAAAAGG
AGGAAATATCGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCTTCGGAAATAGTATATGCAGCCTGCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCG
GTCTGCGGGGCTAGGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCGGTTTGTTCATTTCAATTGACGGATTTTTTTTTTGCGGCGAATTTTACTTCTCCTGATCAACTTAATCGCTAAATTTTAGGTTCTGTTTATGAAATGAGGCTTAATTCCGCTGGCCTGAGATGCCTTGCCCTGTATTTTCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTA
TTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTCTCGTACGGAACGGGTTTGTGACTTTTCAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGACGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAGACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTGGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAG
TGCTAGCCTATTATCTTTTCCGTATGAAGACTTGTACGTTTTGAAGCCGGAGTCATGTATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTTACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGCTATTTAATGTGTATTGCCTGCATCAAAATAATTTTCTGAAGCCATAGTAATGGATGTCGAATGTTCAATCCTGGCAGAGTCATGCTCTGTTT
TACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGAAGCTGTAGGGGTTAGCTTTTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGGTATCTAATTTCTAATGCTTCGAAACCACTAGGACTTCTGTTTTGATTTTCCTTTCAGACACGGGTTTGAAATTGAAAGTTTC
TGTTTAAATCTGTTTAGCCTCCAGACGCTTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATTCGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTAATCTTGCGGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGGGCTACTTCAACATGTGCCGCTTAACGCACTGCCAGAATTAT
TTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCGAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGCTGCTCTTTTTGCATTCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAAGCCGGCTATAGAATTGGCGGTGAAAGATGTGAACAGCAATGAGACTCTGCT
GAACGGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCCTTCGTAGGAACGGCGGAAGCTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCATGTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTC
TCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATTGCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGGGAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAA
GCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATACACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCATTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGG
TCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGTCTGCGTCCACATACTCCAAATTCAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTCTCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCT
TCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGATTCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAACAACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTT
GAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACGGGCTTATCAGTTACCCTTCCAGAAAATACAGCTGCCATTAGTGTCAATCAATCTTATATAAAGCCAAAACTCTCTGGTATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAGCGCCACGTGGTTGGGTGACTGGCAAGACACTCAA
GATCGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTATCAGTAAATGGTGGCAGCCCAGTGAACGGATTTTGTATTGATGTGTTTACTGCTGCAGTGAAATTGCTTCCTTATACTCTTCAGTACACATTTATACCTTATGGAACAGGGATTTCGACACCCAGTTATAACGAACTCGTGCAGCAGATTGATTTACAGA
AGTTTGATGCAGTTGTAGGAGACATTTCGATTACAACAAATCGGTCAAAGATTGTGGACTTAACACAGCCTTATGTAGAAACAGGCCTAGCTGTGGTAGTTCCTGTAAAGGAGAGAGAGTCAAGTGCATGGGATTTCCTTCGTCCATTTTCAGCAGAGATGTGGTGTACAACTGGTGCCTTTTTTCTAATCATAGGAGCT
GTTGTATGGATTCTGGAGCATAGAATAAACCATGAGTTTCGTGGGCATCCAAAGCGGCAAGTTAGTAATGTTCTCTGGTTTGCTTTCTCGACGATGTTCTTTTCACATAAGGAAAACACTAAGAGCACACTTGGACGAGCAGTGCTTATCATATGGCTATTTGTGGTCTTAATCATTAGTCAAAGTTACACTGCAAGTCT
AACATCAATCCTCACAGTGCAGCAGCTTTCAACAACAATTCAAGGAATCGATGGCTTAGTATCAAGCAATTTACCAATAGGATATCAAACAGGATCATATGTTCAAAATTATCTATCAGAAACGTTCAATATAGCCAAATCCAGACTAATTCCTTTAGATTCAGTCCAGAACTATACTAGAGCATTATCTCTGGGACCAA
ACAGAGGAGGTGTAGCAGCAATTGTGGATGAGTTTCCCTATATTCAATTGTTTTTATCCCAGCAATGTGGATTTACAGCTGTGGGTGGACAATTTTCCAAAAATGGATGGGGATTTGCTTTTCCAAAGGACTCCCCGCTCACATCTGACATGTCCACAGCAATCCTGGCTCTCTCTGAGAATGGTGGTCTTCAGAAAATT
ATTGATAAATGGTTGAAAAATGGTACATGCGACACAAGCAGTCAATTCGACTCCAATAAGTTTGGCCTGGACAGTTTCTGGGGCCTTTTCTTAGTGATGGGAATCGTATGTGTTATAGCGTTGCTTGTATTCTTCTGTCGCATGATTTTCCTGTTCACTCGTTATGCTGACAAATATATTGACGATTCCAATGATGGTTC
CCATTCCCATTCCTTGGGCTCAAGAAGTGCAAAGGTTCTGAAATCATTTGCCAGTTTTGTTGATGAGAGGGAGGATGGTTCAAAAAATGGGAGGCTCAAGAAAAAGCGATCCGATAAAAACATTGATGTGGAGTCTGAGATGTATCAACAGGGGTCCTTAACCTCCCCCCGTGATAACTTCTCTGTTAATAATGGAGAAA
AGCAATCTGAGCAGTACATTGATATGGAGTCTGAGATGTATCAACGTGGGTCCTTTACCTCCCCCAGTGATAACTTCTCTGTTGATCATGCCGTTTCTCCTCATTAGTTCTGTACTATTTCAATGACTGGCTTGTGGAACATTTGAGGATGTAAATATGGATATCTAGTATTGGAAGGGGACCAGTTTGTCGCTCTTAGC
TAACAAGGAGGAGAAGTTTCTGTGAAAGGAGGGTGGGTACTTGAGGAGTATTTCTATGCCTTAACAGTGGACGGGCAAGGCGGCTCTGTGCAGTTGAGCTGTTGTAAGTGTAAATTGTTTTTGCTTCTATTAATTGTAATTATGAATTGTTATTTCTTCTTGTAAAACGTACCTTTACCTTTACCTTTTCTTGATGCAAA
GTCACGGCCAATCAATTACCAAGTCAACTTCCTCTAAAAAAA
>TRINITY_DN111629_c1_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:AGCGTGACCTCTACTCGTTCCGAAGATTTGTCCCCTTGAATGGGGCTAAGGCTAAGCAGGCAGCAGCATTAAATGTTGCTTTGCAACTGCGCGGGTATAATGAGTCTGCCCTAAATATTAGATGCTAAAGGAAAGTAAACGCATGATCCAAGGTTCGAATCCGACGGAGACGGAAAGAGCGGCGCCTCAACGACAAAAGG
AGGAAATATCGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCTTCGGAAATAGTATATGCAGCCTGCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCG
GTCTGCGGGGCTAGGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCGGTTTGTTCATTTCAATTGACGGATTTTTTTTTTGCGGCGAATTTTACTTCTCCTGATCAACTTAATCGCTAAATTTTAGGTTCTGTTTATGAAATGAGGCTTAATTCCGCTGGCCTGAGATGCCTTGCCCTGTATTTTCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTA
TTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTCTCGTACGGAACGGGTTTGTGACTTTTCAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGACGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAGACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTGGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAG
TGCTAGCCTATTATCTTTTCCGTATGAAGACTTGTACGTTTTGAAGCCGGAGTCATGTATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTTACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGCTATTTAATGTGTATTGCCTGCATCAAAATAATTTTCTGAAGCCATAGTAATGGATGTCGAATGTTCAATCCTGGCAGAGTCATGCTCTGTTT
TACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGAAGCTGTAGGGGTTAGCTTTTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGGTATCTAATTTCTAATGCTTCGAAACCACTAGGACTTCTGTTTTGATTTTCCTTTCAGACACGGGTTTGAAATTGAAAGTTTC
TGTTTAAATCTGTTTAGCCTCCAGACGCTTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATTCGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTAATCTTGCGGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGGGCTACTTCAACATGTGCCGCTTAACGCACTGCCAGAATTAT
TTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCGAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGCTGCTCTTTTTGCATTCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAAGCCGGCTATAGAATTGGCGGTGAAAGATGTGAACAGCAATGAGACTCTGCT
GAACGGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCCTTCGTAGGAACGGCGGAAGCTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCATGTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTC
TCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATTGCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGGGAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAA
GCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATACACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCATTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGG
TCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGTCTGCGTCCACATACTCCAAATTCAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTCTCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCT
TCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGATTCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAACAACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTT
GAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACGGGCTTATCAGTTACCCTTCCAGAAAATACAGCTGCCATTAGTGTCAATCAATCTTATATAAAGCCAAAACTCTCTGGTATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAGCGCCACGTGGTTGGGTGACTGGCAAGACACTCAA
GATCGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTATCAGTAAATGGTGGCAGCCCAGTGAACGGATTTTGTATTGATGTGTTTACTGCTGCAGTGAAATTGCTTCCTTATACTCTTCAGTACACATTTATACCTTATGGAACAGGGATTTCGACACCCAGTTATAACGAACTCGTGCAGCAGATTGATTTACAGT
TGTAGGAGACATTTCGATTACAACAAATCGGTCAAAGATTGTGGACTTAACACAGCCTTATGTAGAAACAGGCCTAGCTGTGGTAGTTCCTGTAAAGGAGAGAGAGTCAAGTGCATGGGATTTCCTTCGTCCATTTTCAGCAGAGATGTGGTGTACAACTGGTGCCTTTTTTCTAATCATAGGAGCTGTTGTATGGATTC
TGGAGCATAGAATAAACCATGAGTTTCGTGGGCATCCAAAGCGGCAAGTTAGTAATGTTCTCTGGTTTGCTTTCTCGACGATGTTCTTTTCACATAAGGAAAACACTAAGAGCACACTTGGACGAGCAGTGCTTATCATATGGCTATTTGTGGTCTTAATCATTAGTCAAAGTTACACTGCAAGTCTAACATCAATCCTC
ACAGTGCAGCAGCTTTCAACAACAATTCAAGGAATCGATGGCTTAGTATCAAGCAATTTACCAATAGGATATCAAACAGGATCATATGTTCAAAATTATCTATCAGAAACGTTCAATATAGCCAAATCCAGACTAATTCCTTTAGATTCAGTCCAGAACTATACTAGAGCATTATCTCTGGGACCAAACAGAGGAGGTGT
AGCAGCAATTGTGGATGAGTTTCCCTATATTCAATTGTTTTTATCCCAGCAATGTGGATTTACAGCTGTGGGTGGACAATTTTCCAAAAATGGATGGGGATTTgtaagtagcctttcctctaacctttgttttatcgttttattcttctttactgaaacatgaaaatctgataaggtctatgctgatattaacagGCTTT
TCCAAAGGACTCCCCGCTCACATCTGACATGTCCACAGCAATCCTGGCTCTCTCTGAGAATGGTGGTCTTCAGAAAATTATTGATAAATGGTTGAAAAATGGTACATGCGACACAAGCAGTCAATTCGACTCCAATAAGTTTGGCCTGGACAGTTTCTGGGGCCTTTTCTTAGTGATGGGAATCGTATGTGTTATAGCGT
TGCTTGTATTCTTCTGTCGCATGATTTTCCTGTTCACTCGTTATGCTGACAAATATATTGACGATTCCAATGATGGTTCCCATTCCCATTCCTTGGGCTCAAGAAGTGCAAAGGTTCTGAAATCATTTGCCAGTTTTGTTGATGAGAGGGAGGATGGTTCAAAAAATGGGAGGCTCAAGAAAAAGCGATCCGATAAAAAC
ATTGATGTGGAGTCTGAGATGTATCAACAGGGGTCCTTAACCTCCCCCCGTGATAACTTCTCTGTTAATAATGGAGAAAAGCAATCTGAGCAGTACATTGATATGGAGTCTGAGATGTATCAACGTGGGTCCTTTACCTCCCCCAGTGATAACTTCTCTGTTGATCATGCCGTTTCTCCTCATTAGTTCTGTACTATTTC
AATGACTGGCTTGTGGAACATTTGAGGATGTAAATATGGATATCTAGTATTGGAAGGGGACCAGTTTGTCGCTCTTAGCTAACAAGGAGGAGAAGTTTCTGTGAAAGGAGGGTGGGTACTTGAGGAGTATTTCTATGCCTTAACAGTGGACGGGCAAGGCGGCTCTGTGCAGTTGAGCTGTTGTAAGTGTAAATTGTTTT
TGCTTCTATTAATTGTAATTATGAATTGTTATTTCTTCTTGTAAAACGTACCTTTACCTTTACCTTTTCTTGATGCAAAGTCACGGCCAATCAATTACCAAGTCAACTTCCTCTAAAAAAA
Intron 3 GTTGGTATTT ... TTTGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.14 | 106 | 51 | 32 |
| A2 | 25.83 | 56 | 18 | 21 |
| A3 | 23.19 | 53 | 14 | 18 |
| A4 | 24.88 | 77 | 21 | 30 |
| A5 | 24.14 | 55 | 19 | 16 |
| A6 | 25 | 48 | 18 | 14 |
| A7 | 24.93 | 134 | 57 | 32 |
| A8 | 27.14 | 51 | 23 | 15 |
| A9 | 25.22 | 86 | 21 | 37 |
| A10 | 26.35 | 109 | 37 | 41 |
>TRINITY_DN123553_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformAGGAAATATCGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCTTCGGAAATAGTATATGCAGCCTGCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCG
GTCTGCGGGGCTAGGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCGGTTTGTTCATTTCAATTGACGGATTTTTTTTTTGCGGCGAATTTTACTTCTCCTGATCAACTTAATCGCTAAATTTTAGGTTCTGTTTATGAAATGAGGCTTAATTCCGCTGGCCTGAGATGCCTTGCCCTGTATTTTCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTA
TTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTCTCGTACGGAACGGGTTTGTGACTTTTCAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGACGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAAACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTGGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAG
TGCTAGCCTATTATCTTTTCCGTATGAAGACTAGTACGTTTTGAAGCCGGAGTCATGTATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGCTATTTAATGTGTATTGCCTGCATCAAAATAATTTTCTGAAGCCATAGTAATGGATGTCGAATGTTCAATCCTGGCAGAGTCATGCTCTGTTT
TACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGAAGCTGTAGGGGTTAGCTTTTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGGTATCTAATTTCTAATGCTTCGAAACCACTGGGACTTCTGTTTTGATTTTCCTTTCAGACACGGGTTTGAAATTGAAAGTTTC
TGTTTAAATCTGTTTAGCCTCCAGACGCTTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATTCGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTAATCTTGCGGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGGGCTACTTCAACATGTGCCGCTTAACGCACTGCCAGAATTAT
TTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCAAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGCTGCTCTTTTTGCATTCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAAGCCGGCTATAGAATTGGCGGTGAAAGATGTGAACAGCAATGAGACTCTGCT
GAACGGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCCTTCGTAGGAACGGCGGAAGCTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCATGTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTC
TCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATTGCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGGGAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAA
GCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATACACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCATTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGG
TCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGCCTGCGTCCACATACTCCAAATTCAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTCTCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCT
TCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGATTCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAACAACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTT
GAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACGGGCTTATCAGTTACCCTTCCAGAAAATACAGCTGCCATTAGTGTCAATCAATCTTATATAAAGCCAAAACTCTCTGGTATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAGCGCCACGTGGTTGGGTGACTGGCAAGACACTCAA
GATCGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTATCAGTAAATGGTGGCAGCCCAGTGAAAGGATTTTGTATTGATGTGTTTACTGCTGCAGTGAAATTGCTTCCTTATACTCTTCAGTACACATTTATACCTTATGGAACAGGGATTTCGACACCCAGTTATAACGAACTCGTGCAGCAGATTGATTTACAGT
TGTAGGAGACATTTCGATTACAACAAATCGGTCAAAGATTGTGGACTTAACACAGCCTTATGTAGAAACAGGCCTAGCTGTGGTAGTTCCTGTAAAGGAGAGAGAGTCAAGTGCATGGGATTTCCTTCGTCCATTTTCAGCAGAGATGTGGTGTACAACTGGTGCCTTTTTTCTAATCATAGGAGCTGTTGTATGGATTC
TGGAGCATAGAATAAACCATGAGTTTCGTGGGCATCCAAAGCGGCAAGTTAGTAATGTTCTCTGGTTTGCTTTCTCGACGATGTTCTTTTCACATAAGGAAAACACTAAGAGCACACTTGGACGAGCAGTGCTTATCATATGGCTATTTGTGGTCTTAATCATTAGTCAAAGTTACACTGCAAGTCTAACATCAATCCTC
ACAGTGCAGCAGCTTTCAACAACAATTCAAGGAATCGATGGCTTAGTATCAAGCAATTTACCAATAGGATATCAAACAGGATCATATGTTCAAAATTATCTATCAGAAACGTTCAATATAGCCAAATCCAGACTAATTCCTTTAGATTCAGTCCAGAACTATACTAGAGCATTATCTCTGGGACCAAACAGAGGAGGTGT
AGCAGCAATTGTGGATGAGTTTCCCTATATTCAATTGTTTTTATCCCAGCAATGTGGATTTACAGCTGTGGGTGGACAATTTTCCAAAAATGGATGGGGATTTGCTTTTCCAAAGGACTCCCCGCTCACATCTGACATGTCCACAGCAATCCTGGCTCTCTCTGAGAATGGTGGTCTTCAGAAAATTATTGATAAATGGT
TGAAAAATGGTACATGCGACACAAGCAGTCAATTCGACTCCAATAAGTTTGGCCTGGACAGTTTCTGGGGCCTTTTCTTAGTGATGGGAATCGTATGTGTTATAGCGTTGCTTGTATTCTTCTGTCGCATGATTTTCCTGTTCACTCGTTATGCTGACAAATATATTGACGATTCCAATGATGGTTCCCATTCCCATTCC
TTGGGCTCAAGAAGTGCAAAGGTTCTGAAATCATTTGCCAGTTTTGTTGATGAGAGGGAGGATGGTTCAAAAAATGGGAGGCTCAAGAAAAAGCGATCCGATAAAAACATTGATGTGGAGTCTGAGATGTATCAACAGGGGTCCTTAACCTCCCCCCGTGATAACTTCTCTGTTAATAATGGAGAAAAGCGATCTGAGCA
GTACATTGATATGGAGTCTGAGATGTATCAACGTGGGTCCTTTACCTCCCCCAGTGATAACTTCTCTGTTGATCATGCCGTTTCTCCTCATTAGTTCTGTACTATTTCAATGACTGGCTTGTGGAACATTTGAGGATGTAAATATGGATATCTAGTATTGGAAGGGGACCAGTTTGTCGCTCATAGCTAACAAGGAGGAG
AAGTTTCTGTGAAAGGAGGGTGGGTACTTGAGGAGTATTTCTATGCCTTAACAGTGGACGGGCAAGGCGGCTCTGTGCAGTTGAGCTGTTGTAAGTGTAAATTGTTTTTGCTTCTATTAATTGTAATTATGAATTGTTATTTCTTCTTGTAAAACGTACCTTTACCTTTACCTTTTCTTGATGCAAAGTCACGGCCAATC
AATTACCAAGTCAACTTCCTCTACTTCTAGTTCCAGAAAATTGGGCTCATTTGGAGTGCAAAGGGAAGATGTAAATTTCTTAATTTGTGAGTCTATATCAAATGCACA
>TRINITY_DN123553_c1_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCATGTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTCTCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATT
GCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGGGAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAAGCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATAC
ACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCATTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGGTCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGCCTGCGTCCACATACTCCAAATT
CAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTCTCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCTTCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGAT
TCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAACAACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTTGAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACGGGCTTATC
AGTTACCCTTCCAGAAAATACAGCTGCCATTAGTGTCAATCAATCTTATATAAAGCCAAAACTCTCTGGTATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAGCGCCACGTGGTTGGGTGACTGGCAAGACACTCAAGATCGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTATCAGTAAATGGTGGCAGCCCAGTGAAAG
GATTTTGTATTGATGTGTTTACTGCTGCAGTGAAATTGCTTCCTTATACTCTTCAGTACACATTTATACCTTATGGAACAGGGATTTCGACACCCAGTTATAACGAACTCGTGCAGCAGATTGATTTACAGgttggtatttgttaaactttaatgacccctaaattggttggtagcataattgttgatgtgaaactgtgt
ttcccctaggtataatctcacaaatattcctggagaaccttggataatttatcgtgtaatctaaaagtaagtatatgtatagtacttcagtgcagctattcatagctgaactcctgcagaagtttgatgcagTTGTAGGAGACATTTCGATTACAACAAATCGGTCAAAGATTGTGGACTTAACACAGCCTTATGTAGAA
ACAGGCCTAGCTGTGGTAGTTCCTGTAAAGGAGAGAGAGTCAAGTGCATGGGATTTCCTTCGTCCATTTTCAGCAGAGATGTGGTGTACAACTGGTGCCTTTTTTCTAATCATAGGAGCTGTTGTATGGATTCTGGAGCATAGAATAAACCA
Intron 4 GTAAGTGGAG ... TTTTTGGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.45 | 10 | 12 | 15 |
| A2 | 67.57 | 6 | 11 | 14 |
| A3 | 90.48 | 2 | 24 | 14 |
| A4 | 74.19 | 4 | 13 | 10 |
| A5 | 84.62 | 1 | 6 | 5 |
| A6 | 72.28 | 42 | 133 | 86 |
| A7 | 83.33 | 21 | 136 | 74 |
| A8 | 76.1 | 49 | 196 | 116 |
| A9 | 74.79 | 44 | 163 | 98 |
| A10 | 74.92 | 38 | 130 | 97 |
>TRINITY_DN134191_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGACGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAGACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTGGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAGTGCTAGCCTATAATCTTTTCCGTTGAAGGCTTGTACATTTTGAAGCCGGAGTCATGGATCTTTATTT
TGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGTTATTTAATGTGTATTGCCTGCATAAAATAAATTTCCTGAAGCCATAGGAATGGATGTCGAATCTGGATGTCGAATCTTCAATCCTGGCAGAGAGTCATGCTCTGTTTTACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGGGGTTAGCTT
TTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGGTATCTAATGTCTTATGCTTCGAAACCACTGGGACTATTGTTTTGATTTTCCTTTCAGACACGGGTTTGAAATTGAAAGTTTCTGTTTAAATCTCTTTAGCCTCCAGAAGTGTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATT
CGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTGTAATCTTGCGGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGAGATACTTCAACATGTGTCGCTTAACGCACTGCCATAATTGTTTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCGAGTAACTGCACAAATGCTGATGGA
AATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGTTGCTCTTTTTGCATCCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAATCCGGCTATAGAATTGGCAATGAAAGATGTGAACATCAATGAGACTCTGCTGAACAGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCGTTCGGAGGAAC
GGCAGAAGCCTTGAGCCTGTTAAGGGACAATAAAGACAAATTTGGCCTTGTAATAAGTGATTTTTATATGCCAGCATGGATGGATTTAAGCTGCTGCAACTTGTAGGACTGGAGTTGGACCTTCCTATTATCAAACGAGGACTGGAACTAGTAAAGAAAGAAACATGAATGGCACTAACTTACAGTGCAAAAAACTGTTA
CCTAGGTATACCATTATGAAGACTGAAGGTGCCTTTTTGTTTTGAATTTTGGAACCTTGGGCTTTGAATAAGACACCAGGATTCATAAACAAGTAGGAATTGATAAGATAAGTTATCTGCTGCATGTCCTATCATCCATATTGTTTTTTTTACTAAATTGGGATTGATGCTGAAATAGGCCCGGGATGGATTGTAGTTTT
CAATTATCGCACAGGGCAATCTATCTTTACCTCTTTAATGCACACTCTCTCTTTACTGGAAGCTTGCATAATTGAACCCCTCTGCAACCAAATTAGTAGATATTTCATAAAATATGGGTGTATATTCTTTAAGCTGC
>TRINITY_DN134191_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGACGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAGACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTGGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAGTGCTAGCCTATAATCTTTTCCGTTGAAGGCTTGTACATTTTGAAGCCGGAGTCATGGATCTTTATTT
TGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGTTATTTAATGTGTATTGCCTGCATAAAATAAATTTCCTGAAGCCATAGGAATGGATGTCGAATCTGGATGTCGAATCTTCAATCCTGGCAGAGAGTCATGCTCTGTTTTACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGGGGTTAGCTT
TTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGGTATCTAATGTCTTATGCTTCGAAACCACTGGGACTATTGTTTTGATTTTCCTTTCAGACACGGGTTTGAAATTGAAAGTTTCTGTTTAAATCTCTTTAGCCTCCAGAAGTGTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATT
CGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTGTAATCTTGCGGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGAGATACTTCAACATGTGTCGCTTAACGCACTGCCATAATTGTTTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCGAGTAACTGCACAAATGCTGATGGA
AATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGTTGCTCTTTTTGCATCCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAATCCGGCTATAGAATTGGCAATGAAAGATGTGAACATCAATGAGACTCTGCTGAACAGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCGTTCGGAGGAAC
GGCAGAAGCCTTGAGCCTGTTAAGGGACAATAAAGACAAATTTGGCCTTGTAATAAGTGATTTTTATATGCCAGCATGGATGGATTTAAGCTGCTGCAACTTGTAGGACTGGAGTTGGACCTTCCTATTATCAgtaagtggagcagttcattagatagacctataatttcgattgttactagttctgtgttacttctttt
ttccttcaattctattgtaatatttacaataactaatctcatatacttatggaatgatctgagccattttttttggtagAACGAGGACTGGAACTAGTAAAGAAAGAAACATGAATGGCACTAACTTACAGTGCAAAAAACTGTTACCTAGGTATACCATTATGAAGACTGAAGGTGCCTTTTTGTTTTGAATTTTGGAA
CCTTGGGCTTTGAATAAGACACCAGGATTCATAAACAAGTAGGAATTGATAAGATAAGTTATCTGCTGCATGTCCTATCATCCATATTGTTTTTTTTACTAAATTGGGATTGATGCTGAAATAGGCCCGGGATGGATTGTAGTTTTCAATTATCGCACAGGGCAATCTATCTTTACCTCTTTAATGCACACTCTCTCTTT
ACTGGAAGCTTGCATAATTGAACCCCTCTGCAACCAAATTAGTAGATATTTCATAAAATATGGGTGTATATTCTTTAAGCTGC
Intron 5 GTTAGCTTTT ... TTCCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 85.45 | 8 | 46 | 48 |
| A2 | 85.07 | 5 | 18 | 39 |
| A3 | 85.71 | 5 | 23 | 37 |
| A4 | 93.55 | 3 | 39 | 48 |
| A5 | 90 | 2 | 19 | 17 |
| A6 | 64.6 | 20 | 35 | 38 |
| A7 | 65.28 | 25 | 51 | 43 |
| A8 | 61.06 | 22 | 34 | 35 |
| A9 | 66.17 | 34 | 65 | 68 |
| A10 | 70.29 | 26 | 64 | 59 |
>TRINITY_DN45628_c2_g2_i1 from sample A6 / Example spliced isoformTGTTCATTTCAATAGACGGATTTTTTTTTGCGGCAAATTTGACCTCTCCTGATCATTTTAATCGCTAAATTTTAGGTTTTGTTTATAAAATGAGGCTTAATTCCGCTGGCCTGAGATGTCCTGTCCTGTATTTCCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTATTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTATCA
TATGGAATGGGTTTGTGACTTTTTAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGAAGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAAACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTTGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAGTGCTAGCCTATAATCTTTTCCGTTGAAGGCTTGTACATTTTG
AAGCCGGAGTCATGGATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGTTATTTAATGTGTATTGCCTGCATAAAATAATTTTCCTGAAGCCATAGGAATGGATGTCGAATCTGGATGTCGAATCTTCAATCCTGGCAGAGAGTCATGCTCTGTTTTACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGC
TTTTGAAGTTCTTTGGGACACGGGTTTGGAATTGAAAGTTTCTGTTTAAATCTCTTTAGCCTCCAGAAGTGTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATTCGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTGTAATCTTGCAGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAA
CGAGATACTTCAACATGTGTCGCTTAACGCACTGCCATAATTGTTTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCAAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGTTGCTCTTTTTGCATCCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAATCCGGCT
ATAGAATTGGCAATGAAAGATGTGAACATCAATGAGACTCTGCTGAACAGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCGTTCGGAGGAACGGCAGAAGCCTTGAGCCTGTTAAGGGACAATAAAGACAAATTTGGC
>TRINITY_DN45628_c2_g2_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:CGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCTTCGGAAATAGTATATGCAGCCTGCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCGGTCTGCGGG
GCTAGGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCGGTTTGTTCATTTCAATTGACGGATTTTTTTTTTGCGGCGAATTTTACTTCTCCTGATCAACTTAATCGCTAAATTTTAGGTTCTGTTTATGAAATGAGGCTTAATTCCGCTGGCCTGAGATGCCTTGCCCTGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTATTCGTTTCGATCTCTCGAC
CTAGTGTCTTTGAACATGTATCATATGGAATGGGTTTGTGACTTTTTAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGAAGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAAACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTTGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAGTGCTAGCCTATAATCTTTT
CCGTTGAAGGCTTGTACATTTTGAAGCCGGAGTCATGGATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGTTATTTAATGTGTATTGCCTGCATAAAATAATTTTCCTGAAGCCATAGGAATGGATGTCGAATCTGGATGTCGAATCTTCAATCCTGGCAGAGAGTCATGCTCTGTTTTACAT
TTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGGGgttagcttttggccattctccccttgaatttctttctctcatcctttcttcttcgaattaaaggtatctaatgtcttatgcttcgaaaccactgggactattgttttgattttcctttcagACACGGGTTTGGAATTGAAAGTTTCTGTTTAAATCTCTT
TAGCCTCCAGAAGTGTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATTCGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTGTAATCTTGCAGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGAGATACTTCAACATGTGTCGCTTAACGCACTGCCATAATTGTTTAGTCATTCTG
CTATTCTTCTCCATATTGATTCCAAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGTTGCTCTTTTTGCATCCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAATCCGGCTATAGAATTGGCAATGAAAGATGTGAACATCAATGAGACTCTGCTGAACAGGACAAA
GCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCGTTCGGAGGAACGGCAGAAGCCTTGAGCCTGTTAAGGGACAATAAAGACAAATTTGGC
Intron 6 GTTGGTATTT ... ACTCCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.34 | 93 | 51 | 19 |
| A2 | 25.76 | 49 | 18 | 16 |
| A3 | 22.22 | 49 | 14 | 14 |
| A4 | 24.06 | 71 | 21 | 24 |
| A5 | 21.74 | 45 | 19 | 6 |
| A6 | 24.14 | 44 | 18 | 10 |
| A7 | 24.24 | 125 | 57 | 23 |
| A8 | 26.05 | 44 | 23 | 8 |
| A9 | 24 | 76 | 21 | 27 |
| A10 | 25.48 | 98 | 37 | 30 |
>TRINITY_DN123553_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformAGGAAATATCGGCCGTATTGCAGCGGGCAAAAATCTAGTGGTCCAGATTTTATCCGAGAAAATTAATTCTTCCGTAGAATTGAAGTTTAATGTGTTTGAAAGGCAGACGTTGACGAAGTTCGAAGCTTTTAACGGCTTCGGAAATAGTATATGCAGCCTGCGAGGCTTTGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCCTGCATCG
GTCTGCGGGGCTAGGTACTTTGGCAAGGCGGAGCATCGGTTTGTTCATTTCAATTGACGGATTTTTTTTTTGCGGCGAATTTTACTTCTCCTGATCAACTTAATCGCTAAATTTTAGGTTCTGTTTATGAAATGAGGCTTAATTCCGCTGGCCTGAGATGCCTTGCCCTGTATTTTCATGTTCTCGAAGTTTGAGTTGTA
TTCGTTTCGATCTCTCGACCTAGTGTCTTTGAACATGTCTCGTACGGAACGGGTTTGTGACTTTTCAGAGCCTTCTGTGAGAGGAATAGACGTTTAAGCTTTAAATTTATTCTTAAAACCCAGTGTGCTTCAAATCCGGTAAGATATATTGGAATTGCCGGTGTGTTTTCAAGCTCATTTGCTTTAGCGGCACGCTTAAG
TGCTAGCCTATTATCTTTTCCGTATGAAGACTAGTACGTTTTGAAGCCGGAGTCATGTATCTTTATTTTGAAGCCCGAGGCTCACATCATTGCCGGCTTAAAATTTGCTATTTAATGTGTATTGCCTGCATCAAAATAATTTTCTGAAGCCATAGTAATGGATGTCGAATGTTCAATCCTGGCAGAGTCATGCTCTGTTT
TACATTTCTTGTTCATGAGCCTGCTTGCTTTTGAAGTTCTTTGAAGCTGTAGGGGTTAGCTTTTGGCCATTCTCCCCTTGAATTTCTTTCTCTCATCCTTTCTTCTTCGAATTAAAGGTATCTAATTTCTAATGCTTCGAAACCACTGGGACTTCTGTTTTGATTTTCCTTTCAGACACGGGTTTGAAATTGAAAGTTTC
TGTTTAAATCTGTTTAGCCTCCAGACGCTTTAAAGAAAATTCCCGTCATCTTGACTCTTATTCGATGGTAGGATATCGGAAACTTTCCTAAATTTGTTATTCATATTTATGCCGTAATCTTGCGGTTTTTATTTTTGGAGTTCCTGTCCTAGTGAACGGGCTACTTCAACATGTGCCGCTTAACGCACTGCCAGAATTAT
TTAGTCATTCTGCTATTCTTCTCCATATTGATTCCAAGTAACTGCACAAATGCTGATGGAAATGTGAGCACCGCTGGAAATACAGGGCCTTCTGTTGTCAATGTCGCTGCTCTTTTTGCATTCAATTCTACAATTGGAAGAGTTGCAAAGCCGGCTATAGAATTGGCGGTGAAAGATGTGAACAGCAATGAGACTCTGCT
GAACGGGACAAAGCTGGCGATTAATTTGATGGACTCTAATTGCAATGCCTTCGTAGGAACGGCGGAAGCTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCATGTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTC
TCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATTGCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGGGAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAA
GCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATACACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCATTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGG
TCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGCCTGCGTCCACATACTCCAAATTCAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTCTCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCT
TCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGATTCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAACAACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTT
GAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACGGGCTTATCAGTTACCCTTCCAGAAAATACAGCTGCCATTAGTGTCAATCAATCTTATATAAAGCCAAAACTCTCTGGTATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAGCGCCACGTGGTTGGGTGACTGGCAAGACACTCAA
GATCGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTATCAGTAAATGGTGGCAGCCCAGTGAAAGGATTTTGTATTGATGTGTTTACTGCTGCAGTGAAATTGCTTCCTTATACTCTTCAGTACACATTTATACCTTATGGAACAGGGATTTCGACACCCAGTTATAACGAACTCGTGCAGCAGATTGATTTACAGA
AGTTTGATGCAGTTGTAGGAGACATTTCGATTACAACAAATCGGTCAAAGATTGTGGACTTAACACAGCCTTATGTAGAAACAGGCCTAGCTGTGGTAGTTCCTGTAAAGGAGAGAGAGTCAAGTGCATGGGATTTCCTTCGTCCATTTTCAGCAGAGATGTGGTGTACAACTGGTGCCTTTTTTCTAATCATAGGAGCT
GTTGTATGGATTCTGGAGCATAGAATAAACCATGAGTTTCGTGGGCATCCAAAGCGGCAAGTTAGTAATGTTCTCTGGTTTGCTTTCTCGACGATGTTCTTTTCACATAAGGAAAACACTAAGAGCACACTTGGACGAGCAGTGCTTATCATATGGCTATTTGTGGTCTTAATCATTAGTCAAAGTTACACTGCAAGTCT
AACATCAATCCTCACAGTGCAGCAGCTTTCAACAACAATTCAAGGAATCGATGGCTTAGTATCAAGCAATTTACCAATAGGATATCAAACAGGATCATATGTTCAAAATTATCTATCAGAAACGTTCAATATAGCCAAATCCAGACTAATTCCTTTAGATTCAGTCCAGAACTATACTAGAGCATTATCTCTGGGACCAA
ACAGAGGAGGTGTAGCAGCAATTGTGGATGAGTTTCCCTATATTCAATTGTTTTTATCCCAGCAATGTGGATTTACAGCTGTGGGTGGACAATTTTCCAAAAATGGATGGGGATTTGCTTTTCCAAAGGACTCCCCGCTCACATCTGACATGTCCACAGCAATCCTGGCTCTCTCTGAGAATGGTGGTCTTCAGAAAATT
ATTGATAAATGGTTGAAAAATGGTACATGCGACACAAGCAGTCAATTCGACTCCAATAAGTTTGGCCTGGACAGTTTCTGGGGCCTTTTCTTAGTGATGGGAATCGTATGTGTTATAGCGTTGCTTGTATTCTTCTGTCGCATGATTTTCCTGTTCACTCGTTATGCTGACAAATATATTGACGATTCCAATGATGGTTC
CCATTCCCATTCCTTGGGCTCAAGAAGTGCAAAGGTTCTGAAATCATTTGCCAGTTTTGTTGATGAGAGGGAGGATGGTTCAAAAAATGGGAGGCTCAAGAAAAAGCGATCCGATAAAAACATTGATGTGGAGTCTGAGATGTATCAACAGGGGTCCTTAACCTCCCCCCGTGATAACTTCTCTGTTAATAATGGAGAAA
AGCGATCTGAGCAGTACATTGATATGGAGTCTGAGATGTATCAACGTGGGTCCTTTACCTCCCCCAGTGATAACTTCTCTGTTGATCATGCCGTTTCTCCTCATTAGTTCTGTACTATTTCAATGACTGGCTTGTGGAACATTTGAGGATGTAAATATGGATATCTAGTATTGGAAGGGGACCAGTTTGTCGCTCATAGC
TAACAAGGAGGAGAAGTTTCTGTGAAAGGAGGGTGGGTACTTGAGGAGTATTTCTATGCCTTAACAGTGGACGGGCAAGGCGGCTCTGTGCAGTTGAGCTGTTGTAAGTGTAAATTGTTTTTGCTTCTATTAATTGTAATTATGAATTGTTATTTCTTCTTGTAAAACGTACCTTTACCTTTACCTTTTCTTGATGCAAA
GTCACGGCCAATCAATTACCAAGTCAACTTCCTCTACTTCTAGTTCCAGAAAATTGGGCTCATTTGGAGTGCAAAGGGAAGATGTAAATTTCTTAATTTGTGAGTCTATATCAAATGCACA
>TRINITY_DN123553_c1_g1_i8 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTTTGGAATTAATGAAAAAAGAAGTGGTGGCAATAGTGGGCCCACAATACTCTGACCTTGCTCATGTAGTATCTCTTATGGCAAATGAAGTTCAAATACCACTTTTGTCCTTTGCAGCCACTGATCCAACTCTCACATCATATGAATACCCTTATTTTATCCGTATGGCCCACAATGATGTTTCTGAGATGGAAGCAATT
GCGGCTTTTGTGGATTCTTGTCATTGGAGAGAAGTTGTGGCTGTGTATATAGATAATGACTATGGGAGAAATGGAATTTCTGCATTAGGGGATGCTCTGGCAAATGTGGGTGGTAAGATTACCAATAAGGAAGCTATGGCACCAGGAGTTAGCCGAAGCGAGATGCATAAGGTGTTGGCAAACTTGGATTCAATGGATAC
ACGAGTTTTTGTAGTCCATATGTATTCAGATGCTGGTCTTAAACTTTTTTCTGAAGCTAAGGGCATTGGTATGTTGAGCACCGGTTATGTCTGGATAGCCACGGATTGGTTATCTTCTGTTTTAGATTCTGGTCTACTTGAAGCAGACAACATGAAATCACTTCAAGGGTTAATCAGCCTGCGTCCACATACTCCAAATT
CAGTACAGCAGCGTGTACTCAGACAAAGGTGGAAAAATTTACAAACAGATAATATGGTTAATGTCTCCTTGAATTCATTTGGACTGTATGCCTATGACAGTATACTGATGATTGCTCATTCTATCAATGCCTTCTTGAAACAAGGAGGGAATATCTCTTTTGCAGAACCATCTATTCCGTCAAGTGCAGGTGGAAATGAT
TCAGAATTAGCAGCATTGAAAGTTTTTAAAGGAGGAGCACAGTTACGAAATATAATGCTACAAACAACTTTCAAGGGCGTTGCAGGTCCTGTACAGTTGGACGGGAATAGGGACTTGATGGGTTCTAGTTTTGAGATTATCAATGTAGTTGGTACAAGCTTCCACAGCATTGGTTACTGGTCAAATCGAACGGGCTTATC
AGTTACCCTTCCAGAAAATACAGCTGCCATTAGTGTCAATCAATCTTATATAAAGCCAAAACTCTCTGGTATTATATGGCCTGGTGAAAGCAAAACAGCGCCACGTGGTTGGGTGACTGGCAAGACACTCAAGATCGGTGTGCCTAGAAAGACAGGCTTCAAAGAATTTGTATCAGTAAATGGTGGCAGCCCAGTGAAAG
GATTTTGTATTGATGTGTTTACTGCTGCAGTGAAATTGCTTCCTTATACTCTTCAGTACACATTTATACCTTATGGAACAGGGATTTCGACACCCAGTTATAACGAACTCGTGCAGCAGATTGATTTACAGgttggtatttgttaaactttaatgacccctaaattggttggtagcataattgttgatgtgaaactgtgt
ttcccctaggtataatctcacaaatattcctggagaaccttggataatttatcgtgtaatctaaaagtaagtatatgtatagtacttcagtgcagctattcatagctgaactcctgcagAAGTTTGATGCAGTTGTAGGAGACATTTCGATTACAACAAATCGGTCAAAGATTGTGGACTTAACACAGCCTTATGTAGAA
ACAGGCCTAGCTGTGGTAGTTCCTGTAAAGGAGAGAGAGTCAAGTGCATGGGATTTCCTTCGTCCATTTTCAGCAGAGATGTGGTGTACAACTGGTGCCTTTTTTCTAATCATAGGAGCTGTTGTATGGATTCTGGAGCATAGAATAAACCA