sp|Q9SEI4|PRS6B_ARATH ----> 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog

Intron 1 GTGGTTATAG ... TGTGTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.26	524	176	74
A2	17.99	335	89	58
A3	21.4	336	116	67
A4	18.01	412	116	65
A5	18.57	171	49	29
A6	18.52	2882	699	611
A7	19.09	2657	681	573
A8	19.66	3200	731	835
A9	19.64	2662	698	603.3
A10	20.69	1749	516.3	396

>TRINITY_DN46047_c0_g3_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAGTCCCACGCTAGTGCAGCCCCTGTCTTTGCCGTGGACTATAAAGCAGCAATACCTTCACCGGTTATTTATTCCATCCACTTTGTTATCTTGGAGAGTTTGCATTTGGTTAAGAAAGCCTACGCTCTGTTCTGGTTTTTATAAGGGAAAGGCAAAGCAAAAGTGAGAATGGCTGCATCGGCCATGGTGCTCAACCCG
AAGTCGGTGGCTGAGGGTCCAACGGGCAAGATAGAGATGAGTATGCTTCCTCCCCATTCCCATTCCCATTCCGACATGGACGAAGAGGATCTGTACAGCCGGTTGAAATCGTTACAGAGACAGATGGAGTTTATCGACATTCAAGAAGAATACGTGAAGGACGAGCAGAAAAACCTAAAGAGAGAACTGCTCAGGGCCCA
GGAGGAGGTGAAGAGGATCCAGTCGGTGCCACTGGTGATCGGGCAGTTCATGGAGATGGTGGATCAGAACAATGGAATAGTGGGTTCCACGACGGGATCGAACTACTATGTGAGGATTCTGAGTACAATCAACAGGGAGCTCCTGAAGCCCTCCGCCTCGGTGGCCCTCCACCGACACTCGAATGCCCTGGTGGACGTCC
TCCCACCCGAGGCCGACTCCTCTATCTCACTCCTCTCCCAGTCAGAGAAACCGGACGTAACCTACAATGATATTGGAGGCTGCGACATACAGAAGCAGGAGATTCGGGAAGCCGTGGAGCTTCCACTCACCCACCACGAGCTTTACAAGCAGATCGGGATAGACCCTCCCCGGGGTGTTCTTCTCTATGGCCCTCCAGGT
ACGGGGAAAACCATGCTTGCCAAGGCCGTCGCCAACCACACCACGGCTGCTTTCATTCGAGTCGTCGGCTCTGAGTTTGTTCAGAAGTATCTTGGAGAGGGACCAAGGATGGTTCGTGATGTCTTTCGCCTTGCTAAAGAGAATGCACCTGCTATAATATTCATTGATGAGGTGGATGCAATTGCAACAGCGCGGTTCGA
TGCTCAAACTGGAGCTGACAGGGAAGTTCAGAGGATCCTGATGGAGCTCTTGAATCAGATGGATGGTTTTGATCAGACTGTGAACGTGAAGGTGATCATGGCAACCAATAGAGCAGATACACTGGATCCTGCACTTCTGCGCCCTGGAAGACTTGATAGGAAAATTGAGTTCCCTCTGCCTGATAGGAGGCAGAAACGCC
TTGTTTTCCAGGTTTGCACAGCAAAAATGAACCTCAGTGACGAGGTAGACCTTGAAGACTATGTATCTCGGCCTGATAAAATTAGTGCTGCAGAGATAACAGCAATTTGCCAAGAGGCTGGTATGCATGCAGTGCGGAAAAACCGCTATGTTATTCTCCCGAAGGATTTTGAAAAGGGTTACAGAGCCAATGTTAAGAAA
CCAGACACAGACTTTGACTTTTACAAGTAATTAAACCTTTTCAGGCAACAGAGATATTCTATTTGTCAATTACATCAACAGAGATATACTTTATGTTTTGGTAGAAGACTCAAGTGATGGTACTGTGCAGTAGAAATGAATATGGACAAAATGTCAATTTGTATTTTCTGAATATATTGTCACCAGATTAAATTGAAATA
CCTCGCTGTTTATGTTTTGTTGCAATGTTATCGAGATATGCGAGGATGAAAATGCTTTATATTATTATAAAATTTACATGATTTAATCCACAG

>TRINITY_DN46047_c0_g3_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCAAGTCCCACGCTAGTGCAGCCCCTGTCTTTGCCGTGGACTATAAAGCAGCAATACCTTCACCGGTTATTTATTCCATCCACTTTGTTATCTTGGAGAGTTTGCATTTGGTTAAGAAAGCCTACGCTCTGTTCTGGTTTTTATAAGGGAAAGGCAAAGCAAAAGTGAGAATGGCTGCATCGGCCATGGTGCTCAACCCG
AAGTCGGTGGCTGAGGGTCCAACGGGCAAGATAGAGATGAGTATGCTTCCTCCCCATTCCCATTCCCATTCCGACATGGACGAAGAGGATCTGTACAGCCGGTTGAAATCGTTACAGAGACAGATGGAGTTTATCGACATTCAAGAAGAATACGTGAAGGACGAGCAGAAAAACCTAAAGAGAGAACTGCTCAGGGCCCA
GGAGGAGGTGAAGAGGATCCAGTCGGTGCCACTGGTGATCGGGCAGTTCATGGAGATGGTGGATCAGAACAATGGAATAGTGGGTTCCACGACGGGATCGAACTACTATGTGAGGATTCTGAGTACAATCAACAGGGAGCTCCTGAAGCCCTCCGCCTCGGTGGCCCTCCACCGACACTCGAATGCCCTGGTGGACGTCC
TCCCACCCGAGGCCGACTCCTCTATCTCACTCCTCTCCCAGTCAGAGAAACCGGACGTAACCTACAATGATATTGGAGGCTGCGACATACAGAAGCAGGAGATTCGGGAAGCCGTGGAGCTTCCACTCACCCACCACGAGCTTTACAAGCAGATCGGGATAGACCCTCCCCGGGGTGTTCTTCTCTATGGCCCTCCAGGT
ACGGGGAAAACCATGCTTGCCAAGGCCGTCGCCAACCACACCACGGCTGCTTTCATTCGAGTCGTCGGCTCTGAGTTTGTTCAGAAGTATCTTGGAGAGGGACCAAGGATGGTTCGTGATGTCTTTCGCCTTGCTAAAGAGAATGCACCTGCTATAATATTCATTGATGAGGTGGATGCAATTGCAACAGCGCGGTTCGA
TGCTCAAACTGGAGCTGACAGGGAAGTTCAGAGGATCCTGATGGAGCTCTTGAATCAGATGGATGGTTTTGATCAGACTGTGAACGTGAAGGTGATCATGGCAACCAATAGAGCAGATACACTGGATCCTGCACTTCTGCGCCCTGGAAGACTTGATAGGAAAATTGAGTTCCCTCTGCCTGATAGGAGGCAGAAACGCC
TTGTTTTCCAGgtggttatagatagtcatgcaaatgtttaatcatgcaatttcaaccttcactgttttttgtatatatttgatgagatacaatactgtgatataagttgtggatattctattggtctttcttaatcgtctttctgggcattcttgcccctcactattacagctgcatggtcgtcacattattataacttt
ataacgctagtaattgttttgtcatattgtgtggcagGTTTGCACAGCAAAAATGAACCTCAGTGACGAGGTAGACCTTGAAGACTATGTATCTCGGCCTGATAAAATTAGTGCTGCAGAGATAACAGCAATTTGCCAAGAGGCTGGTATGCATGCAGTGCGGAAAAACCGCTATGTTATTCTCCCGAAGGATTTTGAAA
AGGGTTACAGAGCCAATGTTAAGAAACCAGACACAGACTTTGACTTTTACAAGTAATTAAACCTTTTCAGGCAACAGAGATATTCTATTTGTCAATTACATCAACAGAGATATACTTTATGTTTTGGTAGAAGACTCAAGTGATGGTACTGTGCAGTAGAAATGAATATGGACAAAATGTCAATTTGTATTTTCTGAATA
TATTGTCACCAGATTAAATTGAAATACCTCGCTGTTTATGTTTTGTTGCAATGTTATCGAGATATGCGAGGATGAAAATGCTTTATATTATTATAAAATTTACATGATTTAATCCACAG

Intron 2 GTGGACCTTA ... GCTAGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.93	393	0	104
A2	18.39	315	0	71
A3	15.35	408	0	74
A4	24.56	258	0	84
A5	14.77	190.5	2	33
A6	18.37	2808	0	632
A7	17.29	2675	2	559
A8	17	2372	0	486
A9	17.64	2559	4	548
A10	17	2167	0	444

>TRINITY_DN42442_c0_g5_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTGATCTCTTCCTCACTCGTGCTTTATACACAAGGAATATCACTTTGCACATAATGAATAGACATTTGCAAACAGATATTGCTTTATCTTGTTCCTTGTATGTTATGTCTTATTCTTTTTTTGGCATTATTGTGGGGTAATCTAAAAGACTAAAGGACATGGAAATTTTGCTAGTTTAAAACTTTAAGAAGAAACAGA
ACAGTCACGATTTCTTCTAGGTTTGGTATAATTTAAAAACTTGTTTCCAACATGCATTATAGAACCATGTATATTCGATTCTCAAAATATGTGGTGTTGAAATAAAGGCACCTACTCTTGGACGTTTTGTTGTAAATAATGTTCGGATTTTGTGTTATAAGTTGTATATGCAGTCACAACAATGCTTATTATAGTGGTAA
TGTTTGTTATTCTGTAATTCCACAAGCTTATGTTGATTGAAAGGTTCTCTTTCTAAATGTTCTTTTCCTACCTGCTGTTCCAACCTGCTGTTCCACATGACCATGTCTATTGGGGTTGTGGCCAAAAAACCGGTTTCTTATCTTTTTGTTCCTACTAGTATTGATTCATTTCTCGCTTCATGCCAGGGACCAAGGATGGT
TAGTGATGTCTTTCGCCTTGCTAAAGAGAATGCACCTGCTATAATATTCATTGATGAGGTGGATGCAATTGCAACAGCGCGGTTCGATGCTCAAACTGGAGCTGACAGGGAAGTTCAGAGGATCCTGATGGAGCTCTTGAATCAGATGGATGGTTTTGATCAGACTGTGAACGTGAAGGTGATCATGGCAACCAATAGAG
CAGATACACTGGATCCTGCACTTCTGCGCCCTGGAAGACTTGATAGGAAAATTGAGTTCCCTCTGCCTGATAGGAGGCAGAAACGCCTTGTTTTCCAGGTGGTTATAGATAGTCATGCAAATGTTTAATCATGCAATTTCAACCTTCACTGTTTTTTGTATATATTTGATGAGATACAATACTGTGATATAAGTTGTGGA
TATTCTATTGGTCTTTCTTAATCGTCTTTCTGGGCATTCTTGCCCCTCACTATTACAGCTGCATGGTCGTCACATTATTATAACTTTATAACGCTAGTAATTGTTTTGTCATATTGTGTGGCAGGTTTGCACAGCAAAAATGAACCTCAGTGACGAGGTAGACCTTGAAGACTATGTATCTCGGCCTGATAAAATTAGTG
CTGCAGAGATAACAGCAATTTGCCAAGAGGCTGGTATGCATGCAGTGCGGAAAAACCGCTATGTTATTCTCCCGAAGGATTTTGAAAAGGGTTACAGAGCCAATGTTAAGAAACCAGACACAGACTTTGACTTTTACAAGTAATTAAACCTTTTCAGGCAACAGAGATATTCTATTTGTCAATTACATCAACAGAGATAT
ACTTTATGTTTTGGTAGAAGACTCAAGTGATGGTACTGTGCAGTAGAAATGAATATGGACAAAATGTCAATTTGTATTTTCTGAATATATTGTCACCAGATTAAATTGAAATACCTCGCTGTTTATGTTTTGTTGCAATGTTATCGAGATATGCGAGGATGAAAATGCTTTATATTATTATAAAATTTACATGATTTAAT
CCACG

>TRINITY_DN42442_c0_g5_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TCCTGATGGAGCTCTTGAATCAGgtggaccttactgttgttggatttcatatgatggttaaattgccattgtcaacaatgctaattacggttctttatttttaatatgacatcaatgcctggtgctagtgcagATGGATGGTTTTGATCAGACTGTGAACGTGAAGGTGATCATGGCAACCAATAGAGCAGATACACTGG
ATCCTGCACTTCTGCGCCCTGGAAGACTTGATAGGAAAATTGAGTTCCCTCTGCCTGATAGGAGGCAGAAACGCCTTGTTTTCCAGGT

Intron 3 GCAAGTGTCA ... CTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.58	376.5	37.5	122
A2	22.13	248.5	28	70
A3	27.34	317.5	28.5	119
A4	18.27	271.5	33	60
A5	27.28	153	15	57
A6	25.25	2746.5	317	919
A7	24.52	2238.5	254.5	721
A8	25.31	3458.5	342.5	1165
A9	24.83	2453	241	805
A10	25.02	1727.5	170.5	573

>TRINITY_DN46047_c0_g3_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAGTCCCACGCTAGTGCAGCCCCTGTCTTTGCCGTGGACTATAAAGCAGCAATACCTTCACCGGTTATTTATTCCATCCACTTTGTTATCTTGGAGAGTTTGCATTTGGTTAAGAAAGCCTACGCTCTGTTCTGGTTTTTATAAGGGAAAGGCAAAGCAAAAGTGAGAATGGCTGCATCGGCCATGGTGCTCAACCCG
AAGTCGGTGGCTGAGGGTCCAACGGGCAAGATAGAGATGAGTATGCTTCCTCCCCATTCCCATTCCCATTCCGACATGGACGAAGAGGATCTGTACAGCCGGTTGAAATCGTTACAGAGACAGATGGAGTTTATCGACATTCAAGAAGAATACGTGAAGGACGAGCAGAAAAACCTAAAGAGAGAACTGCTCAGGGCCCA
GGAGGAGGTGAAGAGGATCCAGTCGGTGCCACTGGTGATCGGGCAGTTCATGGAGATGGTGGATCAGAACAATGGAATAGTGGGTTCCACGACGGGATCGAACTACTATGTGAGGATTCTGAGTACAATCAACAGGGAGCTCCTGAAGCCCTCCGCCTCGGTGGCCCTCCACCGACACTCGAATGCCCTGGTGGACGTCC
TCCCACCCGAGGCCGACTCCTCTATCTCACTCCTCTCCCAGTCAGAGAAACCGGACGTAACCTACAATGATATTGGAGGCTGCGACATACAGAAGCAGGAGATTCGGGAAGCCGTGGAGCTTCCACTCACCCACCACGAGCTTTACAAGCAGATCGGGATAGACCCTCCCCGGGGTGTTCTTCTCTATGGCCCTCCAGGT
ACGGGGAAAACCATGCTTGCCAAGGCCGTCGCCAACCACACCACGGCTGCTTTCATTCGAGTCGTCGGCTCTGAGTTTGTTCAGAAGTATCTTGGAGAGGGACCAAGGATGGTTCGTGATGTCTTTCGCCTTGCTAAAGAGAATGCACCTGCTATAATATTCATTGATGAGGTGGATGCAATTGCAACAGCGCGGTTCGA
TGCTCAAACTGGAGCTGACAGGGAAGTTCAGAGGATCCTGATGGAGCTCTTGAATCAGATGGATGGTTTTGATCAGACTGTGAACGTGAAGGTGATCATGGCAACCAATAGAGCAGATACACTGGATCCTGCACTTCTGCGCCCTGGAAGACTTGATAGGAAAATTGAGTTCCCTCTGCCTGATAGGAGGCAGAAACGCC
TTGTTTTCCAGGTGGTTATAGATAGTCATGCAAATGTTTAATCATGCAATTTCAACCTTCACTGTTTTTTGTATATATTTGATGAGATACAATACTGTGATATAAGTTGTGGATATTCTATTGGTCTTTCTTAATCGTCTTTCTGGGCATTCTTGCCCCTCACTATTACAGCTGCATGGTCGTCACATTATTATAACTTT
ATAACGCTAGTAATTGTTTTGTCATATTGTGTGGCAGGTTTGCACAGCAAAAATGAACCTCAGTGACGAGGTAGACCTTGAAGACTATGTATCTCGGCCTGATAAAATTAGTGCTGCAGAGATAACAGCAATTTGCCAAGAGGCTGGTATGCATGCAGTGCGGAAAAACCGCTATGTTATTCTCCCGAAGGATTTTGAAA
AGGGTTACAGAGCCAATGTTAAGAAACCAGACACAGACTTTGACTTTTACAAGTAATTAAACCTTTTCAGGCAACAGAGATATTCTATTTGTCAATTACATCAACAGAGATATACTTTATGTTTTGGTAGAAGACTCAAGTGATGGTACTGTGCAGTAGAAATGAATATGGACAAAATGTCAATTTGTATTTTCTGAATA
TATTGTCACCAGATTAAATTGAAATACCTCGCTGTTTATGTTTTGTTGCAATGTTATCGAGATATGCGAGGATGAAAATGCTTTATATTATTATAAAATTTACATGATTTAATCCACAG

>TRINITY_DN46047_c0_g3_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCAAGTCCCACGCTAGTGCAGCCCCTGTCTTTGCCGTGGACTATAAAGCAGCAATACCTTCACCGGTTATTTATTCCATCCACTTTGTTATCTTGGAGAGTTTGCATTTGGTTAAGAAAGCCTACGCTCTGTTCTGGTTTTTATAAGGGAAAGGCAAAGCAAAAGTGAGAATGGCTGCATCGGCCATGGTGCTCAACCCG
AAGTCGGTGGCTGAGGGTCCAACGGGCAAGATAGAGATGAGTATGCTTCCTCCCCATTCCCATTCCCATTCCGACATGGACGAAGAGGATCTGTACAGCCGGTTGAAATCGTTACAGAGACAGATGGAGTTTATCGACATTCAAGAAGAATACGTGAAGGACGAGCAGAAAAACCTAAAGAGAGAACTGCTCAGGGCCCA
GGAGGAGGTGAAGAGGATCCAGTCGGTGCCACTGGTGATCGGGCAGTTCATGGAGATGGTGGATCAGAACAATGGAATAGTGGGTTCCACGACGGGATCGAACTACTATGTGAGGATTCTGAGTACAATCAACAGGGAGCTCCTGAAGCCCTCCGCCTCGGTGGCCCTCCACCGACACTCGAATGCCCTGGTGGACGTCC
TCCCACCCGAGGCCGACTCCTCTATCTCACTCCTCTCCCAGTCAGAGAAACCGGACGTAACCTACAATGATATTGGAGGCTGCGACATACAGAAGCAGGAGATTCGGGAAGCCGTGGAGCTTCCACTCACCCACCACGAGCTTTACAAGCAGATCGGGATAGACCCTCCCCGGGGTGTTCTTCTCTATGGCCCTCCAGGT
ACGGGGAAAACCATGCTTGCCAAGGCCGTCGCCAACCACACCACGGCTGCTTTCATTCGAGTCGTCGGCTCTGAGTTTGTTCAGAAGTATCTTGGAGAGGGACCAAGGATGGTTCGTGATGTCTTTCGCCTTGCTAAAGAGAATGCACCTGCTATAATATTCATTGATGAGGTGGATGCAATTGCAACAGCGCGGTTCGA
TGCTCAAACTGGAGCTGACAGGGAAGTTCAGAGGATCCTGATGGAGCTCTTGAATCAGATGGATGGTTTTGATCAGACTGTGAACGTGAAGGTGATCATGGCAACCAATAGAGCAGATACACTGGATCCTGCACTTCTGCGCCCTGGAAGACTTGATAGGAAAATTGAGTTCCCTCTGCCTGATAGGAGGCAGAAACGCC
TTGTTTTCCAGGTTTGCACAGCAAAAATGAACCTCAGTGACGAGGTAGACCTTGAAGACTATGTATCTCGGCCTGATAAAATTAGTGCTGCAGAGgcaagtgtcacttaactatcaagctgtttgctgtttaaaatttctcagctttacaaaattggttctgcagttatttggaaattttaagttatttataatgagttt
aacttcatagtatttatgtatgctatgtctattcttgctgcagATAACAGCAATTTGCCAAGAGGCTGGTATGCATGCAGTGCGGAAAAACCGCTATGTTATTCTCCCGAAGGATTTTGAAAAGGGTTACAGAGCCAATGTTAAGAAACCAGACACAGACTTTGACTTTTACAAGTAATTAAACCTTTTCAGGCAACAGA
GATATTCTATTTGTCAATTACATCAACAGAGATATACTTTATGTTTTGGTAGAAGACTCAAGTGATGGTACTGTGCAGTAGAAATGAATATGGACAAAATGTCAATTTGTATTTTCTGAATATATTGTCACCAGATTAAATTGAAATACCTCGCTGTTTATGTTTTGTTGCAATGTTATCGAGATATGCGAGGATGAAAA
TGCTTTATATTATTATAAAATTTACATGATTTAATCCACAG