sp|B9RK42|GPC1_RICCO ----> Glycerophosphocholine acyltransferase 1

Intron 1 GTGCAGGATG ... TGTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.43	33	57	108
A2	57.99	46	67	60
A3	68	40	76	94
A4	63.55	37	63	66
A5	58.62	30	35	50
A6	65.33	247	464	467
A7	64.72	218	392	408
A8	64.95	276	456	567
A9	59.9	233	340	356
A10	66.81	119	261	218

>TRINITY_DN96525_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCCTCAAAGAGTACGTCACTGCCTGGTCTTCTCGTAATTCAATTCTTTCCCGCATGCTCACGGCGCCCACAGGGTCCTTTCGGCTCAAATCCTAATAAGTTGAGAACATTCCGTTCGCAGATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAG
CAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAACATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACGCTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGA
ACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTTGGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTTCTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGA
ATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTTCATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGGTGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGG
GATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTGCATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCTTATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGAC
ATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGGCGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAGCGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAG
CTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGATAGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCTGATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAG
AAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACTTTATAAAGTACCTATTCAGTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAGTAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCATGGTACTACAGACAAAAAAAGCCTG
TCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCAACAAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCTGTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAATTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATT
GTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAGCAAGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATCAAGTTACTTTGTTCTAGGG

>TRINITY_DN96525_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCCTCAAAGAGTACGTCACTGCCTGGTCTTCTCGTAATTCAATTCTTTCCCGCATGCTCACGGCGCCCACAGGGTCCTTTCGGCTCAAATCCTAATAAGTTGAGAACATTCCGTTCGCAGATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAG
CAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAACATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACGCTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGA
ACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTTGGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTTCTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGA
ATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTTCATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGGTGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGG
GATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTGCATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCTTATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGAC
ATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGGCGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAGCGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAG
CTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGATAGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCTGATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAG
AAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACTTTATAAAGgtgcaggatgcttgtttacttgtaaaggtgctttaagttggcacttgtaaatttttttgctcctgtgaataggggttaatgtatgttctgtttttggtagtcctgatctttcgcaatatttctttgttttgtagTACCTA

TTCAGTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAGTAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCATGGTACTACAGACAAAAAAAGCCTGTCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCAAC
AAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCTGTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAATTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATTGTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAGCA
AGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATCAAGTTACTTTGTTCTAGGG

Intron 2 GTGCAGGATG ... ACCTATTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	71.67	33	57	110
A2	59.07	44	67	60
A3	66.28	44	76	97
A4	62.14	39	63	65
A5	65.41	23	35	52
A6	65.64	251	464	495
A7	64.66	226	392	435
A8	67.08	254	456	579
A9	61.9	221	340	378
A10	70.72	101	261	227

>TRINITY_DN108585_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

TAGCAATGAATCAGCTAAGGGGAATGATGTTTCAAATGAAAATTGTAAAAGCTCCTCGTCACTCGTACCAATTTAACAGATTAACACATTTGCTTGCAAAATTACTAGTGCTGGCAAAATTACAAAGCCAAGTTCACTTGGGACACAGGTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCC
TCAAAGAGTACGTCACTGCCTGGTCTTCTCGTAATTCAATTCTTTCCCGCATGCCCACGGCGCCCACAGGGTCCTTTCGGCTCAAATCCTAATAAGTTGAGAACATTCCGTTCGCAGATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAGCAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAA
CATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACGCTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGAACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTT
GGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTTCTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGAATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTT
CATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGGTGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGGGATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTG
CATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCTTATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGACATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGG
CGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAGCGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAGCTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGAT
AGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCTGATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAGAAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACT
TTATAAAGTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAGTAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCATGGTACTACAGACAAAAAAGCCTGTCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCA
ACAAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCTGTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAATTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATTGTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAG
CAAGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATCAAGTTACTTTGTTCTAGGGTTTTCCTTTGTATCTTTTATTGGACGATTTGCTTCAGTGAATTGTCGTGAAGAGCAAGCATCAAAGAACAAATGCAAGCATGTTTTGAAATGATAGATGAGC

>TRINITY_DN108585_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAGCAATGAATCAGCTAAGGGGAATGATGTTTCAAATGAAAATTGTAAAAGCTCCTCGTCACTCGTACCAATTTAACAGATTAACACATTTGCTTGCAAAATTACTAGTGCTGGCAAAATTACAAAGCCAAGTTCACTTGGGACACAGGTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCC
TCAAAGAGTACGTCACTGCCTGGTCTTCTCGTAATTCAATTCTTTCCCGCATGCCCACGGCGCCCACAGGGTCCTTTCGGCTCAAATCCTAATAAGTTGAGAACATTCCGTTCGCAGATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAGCAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAA
CATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACGCTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGAACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTT
GGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTTCTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGAATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTT
CATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGGTGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGGGATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTG
CATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCTTATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGACATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGG
CGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAGCGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAGCTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGAT
AGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCTGATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAGAAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACT
TTATAAAGgtgcaggatgcttgtttacttgtaaaggtgctttaagttggcacttgtaaatttttttgctcctgtgaataggggttaatgtatgttctgtttttggtagtcctgatctttcgcaatatttctttgttttgtagtacctattcagTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAG
TAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCATGGTACTACAGACAAAAAAAGCCTGTCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCAACAAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCT
GTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAATTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATTGTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAGCAAGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATC
AAGTTACTTTGTTCTAGGGTTTTCCTTTGTATCTTTTATTGGACGATTTGCTTCAGTGAATTGTCGTGAAGAGCAAGCATCAAAGAACAAATGCAAGCATGTTTTGAAATGATAGATGAGC

Intron 3 GTACGTCACT ... CCGTTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.25	16.5	19	63
A2	80.81	11.5	21.5	48
A3	70.39	32.5	29	77
A4	80	14	14	56
A5	74.87	22	13	65
A6	72.91	75.5	35	203
A7	72.52	95.5	42	252
A8	74.93	31.5	19	94
A9	77.89	69	39.5	243
A10	70.39	101	54	240

>TRINITY_DN96525_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCCTCAAAGAATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAGCAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAACATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACG
CTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGAACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTTGGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTT
CTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGAATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTTCATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGG
TGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGGGATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTGCATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCT
TATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGACATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGGCGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAG
CGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAGCTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGATAGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCT
GATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAGAAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACTTTATAAAGGTGCAGGATGCTTGTTTACTTGTAAAGGTGCTTTAAGTTGGCACTTGTAA
ATTTTTTTGCTCCTGTGAATAGGGGTTAATGTATGTTCTGTTTTTGGTAGTCCTGATCTTTCGCAATATTTCTTTGTTTTGTAGTACCTATTCAGTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAGTAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCAT
GGTACTACAGACAAAAAAAGCCTGTCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCAACAAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCTGTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAA
TTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATTGTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAGCAAGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATCAAGTTACTTTGTTCTAGGG

>TRINITY_DN96525_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCCTCAAAGAgtacgtcactgcctggtcttctcgtaattcaattctttcccgcatgctcacggcgcccacagggtcctttcggctcaaatcctaataagttgagaacattccgttcgcagATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAG
CAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAACATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACGCTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGA
ACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTTGGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTTCTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGA
ATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTTCATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGGTGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGG
GATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTGCATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCTTATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGAC
ATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGGCGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAGCGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAG
CTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGATAGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCTGATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAG
AAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACTTTATAAAGGTGCAGGATGCTTGTTTACTTGTAAAGGTGCTTTAAGTTGGCACTTGTAAATTTTTTTGCTCCTGTGAATAGGGGTTAATGTATGTTCTGTTTTTGGTAGTCCTGATCTTTCGCAATATTTCTTTGTTTTGTAGTACCTA
TTCAGTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAGTAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCATGGTACTACAGACAAAAAAAGCCTGTCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCAAC
AAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCTGTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAATTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATTGTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAGCA
AGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATCAAGTTACTTTGTTCTAGGG

Intron 4 GTAAGTGCAG ... GTTTTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.92	98	4	0
A2	13.79	75	12	0
A3	3.81	101	4	0
A4	10.96	65	8	1
A5	20	36	9	0
A6	4.78	199	10	0
A7	2.03	241	5	0
A8	5.3	143	8	0
A9	3.8	228	9	0
A10	3.14	185	6	0

>TRINITY_DN96525_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform

GTTCCGTTCGACCTGACACGTGGTACTCTTTTTGTGTCGCTGTGTGTGCCCCTCAAAGAGTACGTCACTGCCTGGTCTTCTCGTAATTCAATTCTTTCCCGCATGCTCACGGCGCCCACAGGGTCCTTTCGGCTCAAATCCTAATAAGTTGAGAACATTCCGTTCGCAGATGAGAATAGCAGGATTCTGACAGGTGACAG
CAAGAAGGATTCTGTCAATTGTCGGACAGACATCCTTAGTGGACAAGCTGAACATCGCACACCAGAATGGAAAATTCCAGCGCCGACCGTAGTCAGGAGGTCCGTCGACGCTTTGGAGTAAACTGCCGTCCCCGGGCTGTAGTGCATACCAAACAAATACTGTCAAAGCAGGCTAAGAAGATTGCCAAACAAGCTGAAGA
ACATGAGCGCTTCATTACTAAGGTTACTCACTTTCTCGGAGTTGTGGGATTTGGAACATTTTGCTTTTTATTGGGATCGAGACCCCAGGATGTTCCTTATCTATACTGTTCTCTATTCCTTGTCATGGCTCCACTCAGATGGATTTACTATCGGTTTAAAAAGTGGCATTATTACTTGCTGGACTTCTGCTACTATGCGA
ATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTTCATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAGGTCCCTTGGCTTGGGCAATAATCATTTGGCGGTGTAGTCTTGTTTTCAGCTCATTTGACAAAATTGTCAGTGTTTTGATACATCTTCTTCCAGGGATTGTATTTTTTGTTATTCGGTGGTGG
GATCCTAGAAGAGTTTTGGTTGATGCAGAACAGAAGCTTAGACCTAGACCTGCATGGCCTACTGTCAATGATGAAACTTCGTTGTGGATGTGGCTATTCTTTGTTCCTCTTATGGCCTACAGTTTGTGGCAAGCGTTGTATTTTCTTATAACAAACGTATTACGACGCCAGCGATTGTTGAGGGACCCAGAAGTGATGAC
ATCTTACAGGGAACTTTCAAAAAAAGCTCAAAAAGCAAATAATGTCTGGTGGCGTCTAAGTGGGCTGCTTGGTGATCAAAACCGTATTGTCATGTATGCTTTGTTGCAAGCGGCATTTACAATTGCAGCCATGGCTTTGACTGTTCCTATTTTCAAGTCCTATCGAATGCATGTTGCCTTTGAGATATTGAAGGTTTCAG
CTGTAGTTTGGAATGGAGGGAACTTTTTGATTGAGGTGGTGCCAAGGCAGATAGTTATGAAGGAAAAGAAGAAACTAGAAGTGCGTTCTCAAACTCAGGATCCTAATCCTGATTGACTTTTGGAAACTTTTCATAAAATGCATCTTTGTGGAAGTAATAGCATGCATTGGTGGGAGATTTGCAATCATCTAATCTGGCAG
AAATTGAGAGATAACACCATGAAGGAACGCATGTATAGATTGTCTGATTACTTTATAAAGTACCTATTCAGTACTAAGTGACTATCCACAATATAGTTGTTTACAAAATGCAGTCGAGTAAATGTACTAAAGCTGGCTCACGGGAAAAGTGGGCTAACATTGAAAAGAGCAATCATGGTACTACAGACAAAAAAAGCCTG
TCTTACAGACTCGGTTGATTTGTATGTTGAGGCATTTATACAATTCTGCCAGTATAACATTTCAACAAAAATGCGATCGTTCTAGATAATTCATATTGGTCTCGCCAGATGACACTCTGTGTAGAAGATTCAGAGAAACTGTGTCCATAGAGGTCAGTGTTTTGAACTCGCTTAAATTTGGAGTCTGTTCAATGTTGATT
GTAAGTTAATGAATTTGTCTTCCTTCTAATTTGATTTTCTAGGCTAACTGTTCAGCGTCATTAGCAAGGATGTCTGTATGATTTTTGTGCACTGGCTCTATGAGTTATCCTCTTTATCAAGTTACTTTGTTCTAGGG

>TRINITY_DN96525_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGCTGATCTGTAAATGTCTCGGCATTATTAGTGTACTTGCCTTAACTAGCCTATATTTTTATATGTGGGATCTGGTTAGTTTCTAAACAAGTCATCTATGTGTTAGATTAACCGTGTTATCCTAAAATAGGAGATATAAGAAAGGTTGAAGTTTTCACCAGCACTCAGTGGAATTGCAAATTGTAATCTGTGCTTACAGG
ACTTCTGCTACTATGCGAATGCTATTTTCATAGTGATGATTCTTTTCTTCCCAATGCACGAGAAATTGTTCATGATATGCTTTTCCTTTGCAGAAgtaagtgcagcttttcctttgcagaagtaagtacatggtcaatcatttcattgttcattttatgtgtcctgatttaatagacttctactatgccaatgctattgt
catggtgatgattctgtttctaatggcatgaacattgttcatgatcttttcctttcaagaagtacatgatcgattatgtcatggtttatttatgtatcctgattcaatggactctacctgttttgattatataattgatacatttgagtttttgtagGGTCCCTTGGCTTGGGCGA