NA ----> NA

Intron 1 GTTAGAGGTG ... TTATGTTCAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.61	3	6	5
A2	33.33	1	0	1
A3	50	2	0	4
A4	50	1	0	2
A5	100	0	1	0
A6	-1	0	0	0
A7	50.51	2.5	3	2
A8	32.05	8.5	6	2
A9	29.16	5	0	4
A10	46.66	4	3	3

>TRINITY_DN39797_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoform

GTTACATTCAGCTAAGAAATCCGTCGGCGCAAACCCTAATGAGTTTTCCCCACTTTGAGTGCTGCTTTAAATACAATGAGTTTGCCCCAAAATCACAAAATGAAGTCGTTACATTCAGCTAAGAAATCCGTCGGCGCAAACCCTAATGAGTTTTCCCCAAAATCACAAAATGAAGTCGTTACGTTCAGCTAGGAAATCCG
CCGGCGCAAACCCTAAATCCTTTGCAATCTGGCGTCTTTTCACAGACGGAGACTCTTTTCCTTTTCGTCTCTTCCGCAGCTATGGGTTTTTATACAGAGCCCAGCGAAAACTCCAAAAGACATTTCACTGCTGAATCGCCGATACCCAGACAGTGTTACTGTGTGGATGGAAGTGCAGTTATGAAGACGCAATGCAACAG
TGGTTTTGGACAGGAAAAGTGTTTCAGTGCAGTTTTAGCAGATTTTTTCGAGTTTGTACCGAAGCCCATGAGCTATAAGTGGGTTACTAGGCAGCTTTCTCATGCCTGCCTGGGCACATTCTTTTAGGCAGTGAGTAGGGTTGGGTTTATTTTCCTAACGCGCTGTGCATTGGATGGTTCAATTTATGTAAGCCCTAACT
GTCCTTGTGTACAAAGGGGAGGGGGCGAGGTAGGGCTCTCAATTGGGATAGTGAGTGAGATAGGGTTGGAGCCATTGCATTGTATTTTCTTCTTTCAGTTAATATGAAAGATAGATTAAGATCAATATGTGATTGAGTGATTTAGATTTCTGCTTGCTGTAATAAATTTCAGTTGTTGATGTGTTTGTATATCTTCTTTC
CGGCTGTTTTGATAGGTTTTCCAGTTTTAAGTTGCTTATTTCAGTTGTTGATGTGTTTGAAGATCTTCTTTCCAGCTGTTTAGGTTTTTCAGTTTAAAGTTGCTTAGGATTTGATTATGAGTGCAGATCTGCTTACTATGAATTGAAATTTCAACAGAATGATGTAGAGAAGGACTTGAATGGCGATTTGAGGACAAATC
CAGTGCGTGTAAAGTGGCATATTCAATTTGATCTTACAGGGATCAGAGGAGTCCTTCAATATCACTTTCTCAACTCAAAATTAGATCTAATGAGAATTATATACAATGAATATGCTGCCTAAGGGGGAGGTATTATGTTGATATACATTTTGGTGTAAATAAATTGCAATTTTTGAGCTTAGTTAGTGCTTCTTCGTGGC
AGTTTTTTAAGCTTATGTTTATAGTTAATTTAATAATTAAAGAACACTAGTTAACCGTAACTAGTGAGGTTAATGAAACTGGGGCAAGATTGGCTCCACCAAATTTAAATTCTTTCCAGTTATAAGTTTGTATATGTGGTCTTTTAGAAGATATCACAAA

>TRINITY_DN39797_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTTGCAGTGATGTTATAAAAAACGAGAAACAAGAAATAGAACATGGAACGGTGTTGCTTGAGAAATACTTGGGTTTGTACAAGTATTGTTTTTTGGTAATTTAAAAATTCAGTTACAAGTATGTTTTTTTAATATTTTTAATTTTTTATGAAATTAATAGCTCTATAGAAACTAGTAATTTTCATTTGTCTCTCCTCAG
CGTGTTTCAGCAGAATTCAGATCCATATACACCTCCTTGATTTCTGTGCAGCAGTGTTACTGTGTGGATGGAAGTGCAGTTATGAAGACGCAATGCAACAGTGGTTTTGGACAGgttagaggtgaaatgcatgcatgcgtcaactttattttatcatttttaacagatttgttttcccagatttagagagtgctgtttat
ctctaagtttagttgcttgtccagtttacgaagggtttgctttttgttatgttcagGAAAAGTGTTTCAGTGCAGTTTTAGCAGATTTTTTCGAGTTTGTACCGAAGCCCATGAGCTATAAGTGGGTTACTAGGCAGCTTTCTCATGCCTGCCTGGGCACATTCTTTTAGGCAGTGAGTAGGGTTGGGTTTATTTTCCTA
ACGCGCTGTGCATTGGATGGTTCAATTTATGTAAGCCCTAACTGTCCTTGTGTACAAAGGGGAGGGGGCGAGGTAGGGCTCTCAATTGGGATAGTGAGTGAGATAGGGTTGGAGCCATTGCATTGTATTTTCTTCTTTCAGTTAATATGAAAGATAGATTAAGATCAATATGTGATTGAGTGATTTAGATTTCTGCTTGC
TGTAATAAATTTCAGTTGTTGATGTGTTTGTATATCTTCTTTCCGGCTGTTTTGATAGGTTTTCCAGTTTTAAGTTGCTTATTTCAGTTGTTGATGTGTTTGAAGATCTTCTTTCCAGCTGTTTAGGTTTTTCAGTTTAAAGTTGCTTAGGATTTGATTATGAGTGCAGATCTGCTTACTATGAATTGAAATTTCAACAG
AATGATGTAGAGAAGGACTTGAATGGCGATTTGAGGACAAATCCAGTGCGTGTAAAGTGGCATATTCAATTTGATCTTACAGGGATCAGAGGAGTCCTTCAATATCACTTTCTCAACTCAAAATTAGATCTAATGAGAATTATATACAATGAATATGCTGCCTAAGGGGGAGGTATTATGTTGATATACATTTTGGTGTA
AATAAATTGCAATTTTTGAGCTTAGTTAGTGCTTCTTCGTGGCAGTTTTTTAAGCTTATGTTTATAGTTAATTTAATAATTAAAGAACACTAGTTAACCGTAACTAGTGAGGTTAATGAAACTGGGGCAAGATTGGCTCCACCAAATTTAAATTCTTTCCAGTTATAAGTTTGTATATGTGGTCTTTTAGAAGATATCAC
AAA

Intron 2 GTTAGAGGTG ... ATTTCAACAG

Found issues: Low number of reads

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	50	3	6	0
A2	-1	0	0	0
A3	100	0	0	2
A4	0	4	0	0
A5	100	0	1	0
A6	0	4	0	0
A7	33.33	8	3	5
A8	57.14	3	6	2
A9	0	1	0	0
A10	45.45	3	3	2

>TRINITY_DN39797_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

CTTTGCAGTGATGTTATAAAAAACGAGAAACAAGAAATAGAACATGGAACGGTGTTGCTTGAGAAATACTTGGGTTTGTACAAGTATTGTTTTTTGGTAATTTAAAAATTCAGTTACAAGTATGTTTTTTTAATATTTTTAATTTTTTATGAAATTAATAGCTCTATAGAAACTAGTAATTTTCATTTGTCTCTCCTCAG
CGTGTTTCAGCAGAATTCAGATCCATATACACCTCCTTGATTTCTGTGCAGCAGTGTTACTGTGTGGATGGAAGTGCAGTTATGAAGACGCAATGCAACAGTGGTTTTGGACAGAATGATGTAGAGAAGGACTTGAATGGCGATTTGAGGACAAATCCAGTGCGTGTAAAGTGGCGTCTTCAATTTGATCTTACAGGGAT
CAGAGGAGTCCTTCAATATCACTTTCTCAACTCAAAATTAGATCTAATGAGAATTATATACAATGAATATGCTGCCTAAGGGGGAGGTATTATGTTGATATACATTTTGGTGTAAATAAATTGCAATTTTTGAGCTTAGTTAGTGCTTCTTCGTGGCAGTTTTTTAAGCTTATGTTTATAGTTAATTTAATAATTAAAGA
ACACTAGTTAACCGTAACTAGTGAGGTTAATGAAACTGGGGCAAGATTGGCTCCACCAAATTTAAATTCTTTCCAGTTATAAGTTTGTATATGTGGTCTTTTAGAAGATATCACAAA

>TRINITY_DN39797_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CTTTGCAGTGATGTTATAAAAAACGAGAAACAAGAAATAGAACATGGAACGGTGTTGCTTGAGAAATACTTGGGTTTGTACAAGTATTGTTTTTTGGTAATTTAAAAATTCAGTTACAAGTATGTTTTTTTAATATTTTTAATTTTTTATGAAATTAATAGCTCTATAGAAACTAGTAATTTTCATTTGTCTCTCCTCAG
CGTGTTTCAGCAGAATTCAGATCCATATACACCTCCTTGATTTCTGTGCAGCAGTGTTACTGTGTGGATGGAAGTGCAGTTATGAAGACGCAATGCAACAGTGGTTTTGGACAGgttagaggtgaaatgcatgcatgcgtcaactttattttatcatttttaacagatttgttttcccagatttagagagtgctgtttat
ctctaagtttagttgcttgtccagtttacgaagggtttgctttttgttatgttcaggaaaagtgtttcagtgcagttttagcagattttttcgagtttgtaccgaagcccatgagctataagtgggttactaggcagctttctcatgcctgcctgggcacattcttttaggcagtgagtagggttgggtttattttccta
acgcgctgtgcattggatggttcaatttatgtaagccctaactgtccttgtgtacaaaggggagggggcgaggtagggctctcaattgggatagtgagtgagatagggttggagccattgcattgtattttcttctttcagttaatatgaaagatagattaagatcaatatgtgattgagtgatttagatttctgcttgc
tgtaataaatttcagttgttgatgtgtttgtatatcttctttccggctgttttgataggttttccagttttaagttgcttatttcagttgttgatgtgtttgaagatcttctttccagctgtttaggtttttcagtttaaagttgcttaggatttgattatgagtgcagatctgcttactatgaattgaaatttcaacag


AATGATGTAGAGAAGGACTTGAATGGCGATTTGAGGACAAATCCAGTGCGTGTAAAGTGGCATATTCAATTTGATCTTACAGGGATCAGAGGAGTCCTTCAATATCACTTTCTCAACTCAAAATTAGATCTAATGAGAATTATATACAATGAATATGCTGCCTAAGGGGGAGGTATTATGTTGATATACATTTTGGTGTA
AATAAATTGCAATTTTTGAGCTTAGTTAGTGCTTCTTCGTGGCAGTTTTTTAAGCTTATGTTTATAGTTAATTTAATAATTAAAGAACACTAGTTAACCGTAACTAGTGAGGTTAATGAAACTGGGGCAAGATTGGCTCCACCAAATTTAAATTCTTTCCAGTTATAAGTTTGTATATGTGGTCTTTTAGAAGATATCAC
AAA