sp|Q42948|DAPA_TOBAC ----> 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, chloroplastic

Intron 1 GTAAGCCGCT ... CTTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.93	16	25	14
A2	62.96	10	18	16
A3	47.95	19	18	17
A4	53.66	19	14	30
A5	70.21	7	11	22
A6	61.02	23	33	39
A7	63.16	35	57	63
A8	63.04	17	28	30
A9	55.19	41	47	54
A10	60.58	41	63	63

>TRINITY_DN47346_c0_g3_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

CCAAATTTGATCCCTCCATTGAGCCGAACTACAGTCACGGTGCTAACTGCTGCATATTCTCATTGAAACACCAGCAGGTCATATCACTGATTTGATGGGTAAAAGGCCAAGGACGCACTTCATCTCATGACTGCCAGTGTAGAAGGAGAGGTCGCACCGTTTAGTCAGTCTCTGCTGGTGGATGAAGGAGGGCGTATTTA
CCATTGCTAGCACTGTGTTTCTACAGTCAGAGGTGAGGTTGTTTCACTTGGCAAGAGGAGACAAGAAGAGTGGAAACGCCGTTGAAGACAAGAAAGAGAGGGCGCACGACTGTCGAGGGGGATAAGCAAATCGTGGGGGCCAAGATTCATGCTCAAACGCTGCTGAAAATGACTTGTTCCTTCGTTGGTCACCTACAGAA
GATTATTTGTTACTGCTGAGTGCCCATCTTACTGTCTACCATCATACCGTGGCTGTCCATAGTCATTCTGGGCACGGGAAAGGTCGCTACAGGCAATAGAAAGAAGTCTGCAATTTATATCAGTCCACTCGACTGAAGGTCATCTCCAATTTCAGTAGAAAATAGAGGAATCTTTGTAATTTCCTGGAGAAGGCGTGTGT
GTGACAGCATATTTGAGAGAACAGAGTTTGTTCCAACAATTATTTTTGAGATAGCCAATCTTATCTAGCCATGGTTTCTGCCTGTATAAAGCTGTGCAAGTTATTCCCTATCGATATACAAGTTGGTCAAGGCAAGAGGGAAAGCAAAATATGGAGACCAGCAAGAGCAGCTACTATGCAAGATGTATGTCTTCCTATGC
GAAGCTTGGAATTGAAAAATAGAACTCAAGTCGATGAAATAAAAAAACTTAGGTTGATTACAGCAATTAAGACCCCATATTTACCAGATGGACGCTTTGATTTGGAAGCTTATGATTCCCTGGTAAATACACAAATAGTAAACGGTGTTGAGGGTGTCATTGTTGGAGGAACAACTGGTGAAGGGCAGCTAATGAGTTGG
GATGAACATATTATGCTAATTGGACACACTGTCAATTGTTTTGGTGATGCAATCAAAGTCATTGGAAATACCGGAAGCAATTCTACAAGAGAGGCAATACATGCAACAGAGCAAGGCTTTGCCGTTGGAATGCATGCTGCTCTTCACATCAATCCTTACTATGGGAAGACATCCCATGAAGGGCTGGTATTACATTTCAA
AAGTGTGCTTTCAATGGGTCCAACTATTATATATAATGTCCCTGGCAGGACAGGACAAGATATTCCTCCATTGGTAGTAAAAATACTTGCCAAGAGCCCAAATTTTGCTGGTGTTAAAGAATGTGTAGGAAATGACCGTGTTAACGAGTACACAGACAATGGTATGGCTGTCTGGAGTGGAAATGATGATCAGTGTCATG
ATGCAAGGTGGAACTATGGAGCTAGAGGTGTCATCTCTGTTGCAAGTAACTTGGTTCCAGGTTTGATGTGTGATCTTATGTTCAATGGGAAAGATGAAGCTCTGAACAAAATGCTATTACCTTTGATGGACTGGCTCTTTTGTGAGCCTAATCCGATTGCTCTTAATACAGCTTTGGCACAACTTGGTGTAATAAGGCCT
ATATTCAGGTTACCCTATGTCCCTCTTCCTATGGAGAAAAGGATGCAATTCTGCAATATTGTTCAAGATATTGGCCGCAAAAATTTCATTGGAAATAGAGATGTTCAAGTTCTAGATGATGAAGATTTCATTCTCTTGGGTCGGTATTAGAGGGTTGAGTTTTGGGTAAGCAGTAGTTCAAATACTTGATGTTTTTGCAA
TATATCTTTTCCCTTGTACAGTGCATATCACTTTTTCATTTCTTTTGAGCTGTGACTGAGACAATATGTTTGGAAGACTTTGTTTCTGTGCTTAGAGACTTGTAATTACAGGATACTTAACAATGGTTACTGGACAAATCTATGTAGAATTTAATTTATGCTGTTTTCTGTCGAGGAAGTTGGTACACGAAGATTCTACA
TGCATTTTTGCTGCATGGTCAACAAATTATTGGTCTTTTGCAAGTTGTTGATTGTCTCATATTTCCACCAGCAATTTGAAACCAAACATCATTTATTGGTAATATTATTGCTATGTGCCTTTTATTATCTGAAGACAGTGAAATTATACAAGGTCTTTTGCAAG

>TRINITY_DN47346_c0_g3_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CCAAATTTGATCCCTCCATTGAGCCGAACTACAGTCACGGTGCTAACTGCTGCATATTCTCATTGAAACACCAGCAGGTCATATCACTGATTTGATGGGTAAAAGGCCAAGGACGCACTTCATCTCATGACTGCCAGTGTAGAAGGAGAGGTCGCACCGTTTAGTCAGTCTCTGCTGGTGGATGAAGGAGGGCGTATTTA
CCATTGCTAGCACTGTGTTTCTACAGTCAGAGGTGAGGTTGTTTCACTTGGCAAGAGGAGACAAGAAGAGTGGAAACGCCGTTGAAGACAAGAAAGAGAGGGCGCACGACTGTCGAGGGGGATAAGCAAATCGTGGGGGCCAAGATTCATGCTCAAACGCTGCTGAAAATGACTTGTTCCTTCGTTGGTCACCTACAGAA
GATTATTTGTTACTGCTGAGTGCCCATCTTACTGTCTACCATCATACCGTGGCTGTCCATAGTCATTCTGGGCACGGGAAAGGTCGCTACAGGCAATAGAAAGAAGTCTGCAATTTATATCAGTCCACTCGACTGAAGGTCATCTCCAgtaagccgctacatcactcaaatgtatcactgttaacccataaggaagctgc
catcttgaccttgtctcagATTTCAGTAGAAAATAGAGGAATCTTTGTAATTTCCTGGAGAAGGCGTGTGTGTGACAGCATATTTGAGAGAACAGAGTTTGTTCCAACAATTATTTTTGAGATAGCCAATCTTATCTAGCCATGGTTTCTGCCTGTATAAAGCTGTGCAAGTTATTCCCTATCGATATACAAGTTGGTCA
AGGCAAGAGGGAAAGCAAAATATGGAGACCAGCAAGAGCAGCTACTATGCAAGATGTACATCTTCCTATGCGAAGCTTGGAATTGAAAAATAGACAAGACCACAAGAGTGACTAGACAAGAGAACAACCTGATGATTACTTCAGAAGGAACTCAAGTCGATGAAATAAAAAAACTTAGGTTGATTACAGCAATTAAGACC
CCATATTTACCAGATGGACGCTTTGATTTGGAAGCTTATGATTCCCTGGTAAATATGCAAATAGTAAACGGTGTTGAGGGTGTCATTGTTGGAGGAACAACTGGTGAAGGGCAGCTAATGAGTTGGGATGAACATATTATGCTAATTGGACACACTGTCAATTGTTTTGGTGATGCAATCAAAGTCATTGGAAATACCGG
AAGCAATTCTACAAGAGAGGCAATACATGCAACAGAGCAAGGCTTTGCCGTTGGAATGCATGCTGCTCTTCACATCAATCCTTACTATGGGAAGACATCCCATGAAGGGCTGGTATTACATTTCAAAAGTGTGCTTTCAATGGGTCCAACTATTATATATAATGTCCCTGGCAGGACAGGACAAGATATTCCTCCATTGG
TAGTAAAAATACTTGCCAAGAGCCCAAATTTTGCTGGTGTTAAAGAATGTGTAGGAAATGACCGTGTTAACGAGTACACAGACAATGGTATGGCTGTCTGGAGTGGAAATGATGATCAGTGTCATGATGCAAGGTGGAACTATGGAGCTAGAGGTGTCATCTCTGTTGCAAGTAACTTGGTTCCAGGTTTGATGTGTGAT
CTTATGTTCAATGGGAAAGATGAAGCTCTGAACAAAATGCTATTACCTTTGATGGACTGGCTCTTTTGTGAGCCTAATCCGATTGCTCTTAATACAGCTTTGGCACAACTTGGTGTAATAAGGCCTATATTCAGGTTACCCTATGTCCCTCTTCCTATGGAGAAAAGGATGCAATTCTGCAATATTGTTCAAGATATTGG
CCGCAAAAATTTCATTGGAAATAGAGATGTTCAAGTTCTAGATGATGAAGATTTCATTCTCTTGGGTCGGTATTAGAGGGTTGAGTTTTGGGTAAGCAGTAGTTCAAATACTTGATGTTTTTGCAATATATCTTTTCCCTTGTACAGTGCATATCACTTTTTCATTTCTTTTGAGCTGTGACTGAGACAATATGTTTGGA
AGACTTTGTTTCTGTGCTTAGAGACTTGTAATTACAGGATACTTAACAATGGTTACTGGACAAATCTATGTAGAATTTAATTTATGCTGTTTTCTGTCGAGGAAGTTGGTACACGAAGATTCTACATGCATTTTTGCTGCATGGTCAACAAATTATTGGTCTTTTGCAAGTTGTTGATTGTCTCATATTTCCACCAGCAA
TTTGAAACCAAACATCATTTATTGGTAATATTATTGCTATGTGCCTTTTATTATCTGAAGACAGTGAAATTATACAAGGTCTTTTGCAAG

Intron 2 GTATGTCTTC ... TGAAAAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.64	15	50	55
A2	77.21	19	62.4	67.4
A3	75.84	14	42	46.2
A4	76.04	20	63.6	64.6
A5	71.13	9	21	24
A6	72.16	64	160	173.2
A7	65.75	92	157	198.2
A8	66.3	59	100.8	133
A9	67.49	79	156.2	173
A10	71.38	67	153.8	181.8

>TRINITY_DN115733_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTATTTTTGAGATAGCCAATCTTATCTAGCCATGGTTTCTGCCTGTATAAAGCTATGCAAGCTATTCCCTATCGATATACAAGTTGGTCAAGGCAAGAGGGAAAGCAAAATATGGAGACCAGCAAGAGCAGCTACTATGCAAGATAACTCAAGTCGATGAAATAAAAAAACTTAGGTTGATTACAGCAATTAAGACCCC
ATATTTACCAGATGGACGCTTTGATTTGGAAGCTTATGATTCCCTGGTAAATACACAAATAGTAAACGGTGTTGAGGGTGTCATTGTTGGAGGAACAACTGGTGAAGGGCAGCTAATGAGTTGGGATGAACATATTATGCTAATTGGACACACTGTCAATTGTTTTGGTGATGCAATCAAAGTCATTGGAAATACCGGAA
GCAATTCTACAAGAGAGGCAATACATGCAACAGAGCAAGGCTTTGCCGTTGGAATGCATGCTGCTCTTCACATCAATCCTTACTATGGGAAGACATCCCATGAAGGGTTGGTATTACATTTCAAAAGTGTGCTTTCAATGGGTCCATCTATTATATATAATGTCCCTGGTAGGACAGGACAAGATATTCCTCCATTGGTA
GTAAAAATACTTGCCAAGAGCCCAAATTTTGCTGGTGTTAAAGAATGTGTAGGAAATGACCGTGTTAACGAGTACACAGACAATGGTATGGCTGTCTGGAGTGGAAATGATGATCAGTGTCATGATGCAAGGTGGAACTATGGAGCTAGAGGTGTCATCTCTGTTGCAAGTAACTTGGTTCCAGGTTTGATGTGTGATCT
TATGTTCAATGGGAAAGATGAAGCTTTGAACAAAATGCTATTACCTTTGATGGACTGGCTCTTTTGTGAGCCTAATCCGATTGCTCTTAATACAGCTTTGGCACAACTTGGTGTAATAAGGCCTATATTCAGGTTACCCTATGTCCCTCTTCCTATGGAGAAAAGGATGCAATTCTGCAATATTGTTCAAGATATTGGCC
GCAAAAATTTCATTGGAAATAGAGATGTTCAAGTTCTAGATGATGAAGATTTCATTCTCTTGGGTCGGTATTAGAGGGTTGAGTTTTGGGTAAGCAGTAGTTCAAATACTTGATGTTTTTGCAATATATCTTTTCCCTTGTACAGTGCATATCACTTTTTCATTTCTTTTGAGCTGTGACTGAGACAATATGTTTGGAAG
ACTTTGTTTCTGTGCTTAGAGACTTGTACTTACAGGATACTTAACAATGGTTACTGGACAAATCTATGTAGAATTTAATTTATGCTGTTTTCTGTCGAGGAAGTTGGTACACGAAGATTCTACATGCATTTTTGCTGCATGGTCAACAAATTATTGGTCTTTTGCAAGTTGTTGATTGTCTCATATTTCCACCAGCAATT
TGAAA

>TRINITY_DN115733_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAGATTTTCTCGGACAACCAGCTAAAATATGACATTTTAAAATCATTTTAAAGGGGTAGGGTTTTATCTCATTTTTCTTTCGTTCCTTATCCGATTTGCATTCCCTCTCTGGTATAATCCTTACCAAAACGTGCACTGGAACTGTTTTCGAACGACATTGATGGCGGATGAGCAAATCCGCAGAATTTCATTAGCATATA
CTAGTTCAATCAACATCATCAAATTGGAAAACATGATTTCAGTAGAAAATAGAGGAATCTTTGTAATTTCCTAGAGAAGGCGTGTGTGTGACTGCTTACTTAAGAGAACAGAGTTTGTTCCAACGATTATTTTTGAGATAGCCAATCTTATCTAGCCATGGTTTCTGCCTGTATAAAGCTATGCAAGCTATTCCCTATCG
ATATACAAGTTGGTCAAGGCAAGAGGGAAAGCAAAATATGGAGACCAGCAAGAGCAGCTACTATGCAAGATgtatgtcttcctatgcgaagcttggaattgaaaaatagAACTCAAGTCGATGAAATAAAAAAACTTAGGTTGATTACAGCAATTAAGACCCCATATTTACCAGATGGACGCTTTGATTTGGAAGCTTAT
GATTCCCTGGTAAATACACAAATAGTAAACGGTGTTGAGGGTGTCATTGTTGGAGGAACAACTGGTGAAGGGCAGCTAATGAGTTGGGATGAACATATTATGCTAATTGGACACACTGTCAATTGTTTTGGTGATGCAATCAAAGTCATTGGAAATACCGGAAGCAATTCTACAAGAGAGGCAATACATGCAACAGAGCA
AGGCTTTGCCGTTGGAATGCATGCTGCTCTTCACATCAATCCTTACTATGGGAAGACATCCCATGAAGGGTTGGTATTACATTTCAAAAGTGTGCTTTCAATGGGTCCATCTATTATATATAATGTCCCTGGTAGGACAGGACAAGATATTCCTCCATTGGTAGTAAAAATACTTGCCAAGAGCCCAAATTTTGCTGGTG
TTAAAGAATGTGTAGGAAATGACCGTGTTAACGAGTACACAGACAATGGTATGGCTGTCTGGAGTGGAAATGATGATCAGTGTCATGATGCAAGGTGGAACTATGGAGCTAGAGGTGTCATCTCTGTTGCAAGTAACTTGGTTCCAGGTTTGATGTGTGATCTTATGTTCAATGGGAAAGATGAAGCTTTGAACAAAATG
CTATTACCTTTGATGGACTGGCTCTTTTGTGAGCCTAATCCGATTGCTCTTAATACAGCTTTGGCACAACTTGGTGTAATAAGGCCTATATTCAGGTTACCCTATGTCCCTCTTCCTATGGAGAAAAGGATGCAATTCTGCAATATTGTTCAAGATATTGGCCGCAAAAATTTCATTGGAAATAGAGATGTTCAAGTTCT
AGATGATGAAGATTTCATTCTCTTGGGTCGGTATTAGAGGGTTGAGTTTTGGGTAAGCAGTAGTTCAAATACTTGATGTTTTTGCAATATATCTTTTCCCTTGTACAGTGCATATCACTTTTTCATTTCTTTTGAGCTGTGACTGAGACAATATGTTTGGAAGACTTTGTTTCTGTGCTTAGAGACTTGTACTTACAGGA
TACTTAACAATGGTTACTGGACAAATCTATGTAGAATTTAATTTATGCTGTTTTCTGTCGAGGAAGTTGGTACACGAAGATTCTACATGCATTTTTGCTGCATGGTCAACAAATTATTGGTCTTTTGCAAGTTGTTGATTGTCTCATATTTCCACCAGCAATTTGAAA