sp|Q9LF79|ACA8_ARATH ----> Calcium-transporting ATPase 8, plasma membrane-type

Intron 1 GTGGCTGGTT ... CTTATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.04	101.5	18	11
A2	8.07	72	7	3
A3	9	92.5	9	5
A4	3.52	88	4	1
A5	5.31	75	6	0
A6	0	19.5	0	0
A7	6.69	55	1	4
A8	14.73	27	4	2
A9	6.78	52	4	1
A10	6.51	74.5	2	5

>TRINITY_DN118105_c1_g2_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

CCAGAAGCTTGTGATGCTAATGTTTGTAACATTTGCACCAGGCTATGACTTCCTTTTGTTTTTATTCTAGGTTCGTAAAGATCAGAATAACCCCTTTATGATGTCTGGCTGTAAGGTTGCAGATGGCTATGGTACCATACTGGTAACTGGTGTGGGATTAGATACTGAGTGGGGTTTATTGATGGCTAGCATATCAGAGG
ATGAGGAGGAAAAAACTCCCCTACAGATCCGCCTCAATGATGTTGCAACTTTTATTGGTAAAGTTGCACTTACAGTGGCAGTTGTAGTCTTTGTCATCCTATTGATTAGATTCTTTACAGGACATACACAAGACTCCAATGGGAAACCCATGTTTCAAGCAGGCAAGACCAAGGTTGGAGACACAATTAATGGAATTGTT
AACATTTTAGGGATTGCGGTTGTCATTGTCGTTGTTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTTACCTTGACTTTGGCTTATTCAATGAAGAAGATGATGGTGGACAAGGCTTTGGTACGAAGGTTGTCAGCCTGTGAGACTATGGGTTCTGCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACCGGGACGCTGACCTTGAATCA
GATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGACAGGATCAGGGAACCACCGGACAGTTCAGAAAATCTCCCTCCTATTGTACATTCCCTTCTTATTGAGGGTATCTCCCAGAATACCACAGGGAGCGTCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGATAGAAGTCACAGGATCCGCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCAT
TGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCGAAAACGTCCATCTTACATGTTTTTACTTTCAACTCGAAAAAGAAACGTGGAGGTGTTGTTCTGAAGAAGTCTGAAACCGAAGCACATGTCCATTGGAAAGGAGCTGCAGAGATTGTACTAGGCCTCTGCAATACCTGGATTGACAGTACTGGCAATGTGCAAGAA
ATGAATCCTGATAAGGCAGATGAGTTTAGGAAAATAATTGAAGGGATGGCTGCAGCTGCATTACGGTGCATTGCTTTTGCTTACAGGACATGTGATCTTTATAGTGTACCTGCTAATGAAGAGCAATGGCAATCATGGAAAATTTCTGAAGAGAATCTTACCTTCTTGGGAATTGTTGGGATAAAGGATCCATGCAGACC
TAATGTAAGAGAAGTTGTGAATATGTGTCAACGTGCTGGTGTGAAGGTTTGCATGGTGACTGGCGATAACATTTACACAGCACAAGCTATAGCTCTTGAATGTGGCATACTCCAGATAGGACAGTCTATTGCAGAGCCAACTATCATTGAAGGAAGGGTCTTTCGCAACTACACAGAAGAACAGAGGATGGAAATTGTGG
ACAAAATTTATGTAATGTGA

>TRINITY_DN118105_c1_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAAGATGTAAAGTTTCCATATTTGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAATATTGGTGATCAAGTCCCTGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCATGCTTGTTCGTAAAGATCAGAATAACCCCTTTATGATGTCTGGCTGTAAGGTTGCAGA
TGGCTATGGTACCATACTGgtggctggtttggacttccatttccttatttcagGTAACTGGTGTGGGATTAGATACTGAGTGGGGTTTATTGATGGCTAGCATATCAGAGGATGAGGAGGAAAAAACTCCCCTACAGATCCGCCTCAATGATGTTGCAACTTTTATTGGTAAAGTTGCACTTACAGTGGCAGTTGTAGTC
TTTGTCATCCTATTGATTAGATTCTTTACAGGACATACACAAGACTCCAATGGGAAACCCATGTTTCAAGCAGGCAAGACCAAGGTTGGAGACACAATTAATGGAATTGTTAACATTTTAGGGATTGCGGTTGTCATTGTCGTTGTTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTTACCTTGACTTTGGCTTATTCAAT
GAAGAAGATGATGGTGGACAAGGCTTTGGTACGAAGGTTGTCAGCCTGTGAGACTATGGGTTCTGCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACCGGGACGCTGACCTTGAATCAGATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGACAGGATCAGGGAACCACCGGACAGTTCAGAAAATCTCCCTCCTATTGTACATTCCCTTC
TTATTGAGGGTATCTCCCAGAATACCACAGGGAGCGTCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGATAGAAGTCACAGGATCCGCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCGAAAACGTCCATCTTACATGTTTTTACTTTCAACTCGAAAAAGAAACGTGGAGGT
GTTGTTCTGAAGAAGTCTGAAACCGAAGCACATGTCCATTGGAAAGGAGCTGCAGAGATTGTACTAGGCCTCTGCAATACCTGGATTGACAGTACTGGCAATGTGCAAGAAATGAATCCTGATAAGGCAGATGAGTTTAGGAAAATAATTGAAGGGATGGCTGCAGCTGCATTACGGTGCATTGCTTTTGCTTACAGGAC
ATGTGATCTTTATAGTGTACCTGCTAATGAAGAGCAATGGCAATCATGGAAAATTTCTGAAGAGAATCTTACCTTCTTGGGAATTGTTGGGATAAAGGATCCATGCAGACCTAATGTAAGAGAAGTTGTGAATATGTGTCAACGTGCTGGTGTGAAGGTTTGCATGGTGACTGGCGATAACATTTACACAGCACAAGCTA
TAGCTCTTGAATGTGGCATACTCCAGATAGGACAGTCTATTGCAGAGCCAACTATCATTGAAGGAAGGGTCTTTCGCAACTACACAGAAGAACAGAGGATGGAAATTGTGGACAAAATTTATGTAATGTGA

Intron 2 GCTATGAACG ... TTTCCTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.9	408	35	35
A2	7.27	306	24	32.5
A3	7.74	310	26	38.5
A4	7.14	260	20	25
A5	7.81	248	21	11
A6	8.38	82	7.5	7
A7	7.08	269	20.5	16
A8	10.31	113	13	11
A9	13.64	212	33.5	19
A10	5.26	324	18	23

>TRINITY_DN106428_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTAAGGAAGGGTGGTTAGATGGTGCAAGTATATCTTTTGCTGTGATCCTTGTCATTCTTGTTACAGCAATCAGTGATTACAGACAGTCTCTCCAGTTCCAAAATCTCAATGAAGAGAAGGAAAACATTCAACTTCAGGTGATCAGAGGTGGAAGAATATTTAAAATTTCTATATATGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGT
CCCCCTCAATATTGGTGATCAGGTGCCAGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCAAGTTTGTTTATAAAGATCAGAAAAATCCCTTCATGATGTCTGGCTGTAAGGTGGCAGATGGCTATGGTACAATGTTGGTAACTGGTGTGGGATTAAATACTGAGT
GGGGTTTAGTGATGGCTAGAATATCAAAGGATAATGGGGAAGAAACTCCCCTACAGGTCCGCCTCAATGGTGTTGCAACTTTAATTGGTAAAGTTGGACTTGCAGTGGCAGTTGTAACCTTCGTTATCCTTTTGATTAGATTCTTTACTGGACATACGGAAGACAAAAATGGGAAACCCATGTTTCAAGCAGGCAAGACC
AAGATTGGAGATGCAATTAATGGAATTGTTAAAATCTTTTCAATTGCGGTCATTATGCTTGTTATTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTGACCTTGATTTTAGCTTACTCAATGAAAAAGATGATGGCGGACAAGGCTTTGGTACGAAGATTGTCAGCCTGTGAAACTATGGGTTCTGCTACGACAATTTGTAG
TGACAAAACAGGGACACTGACCTTGAATCAGATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGGCAGGATCAGGGAACCACCAAACAGTTCAGAAAGTCTCTCTTTTGTTGTACAGTCCCTTCTTATTGAGGGTATTTCCCAGAATACTACAGGGAGCATCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGATAGAAGTGACAGGATCCC
CAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCGAAAACGTCCA

>TRINITY_DN106428_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTAAGGAAGGGTGGTTAGATGGTGCAAGTATATCTTTTGCTGTGATCCTTGTCATTCTTGTTACAGCAATCAGTGATTACAGACAGTCTCTCCAGTTCCAAAATCTCAATGAAGAGAAGGAAAACATTCAACTTCAGGTGATCAGAGGTGGAAGAATATTTAAAATTTCTATATATGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGT
CCCCCTCAATATTGGTGATCAGGTGCCAGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCAAGTTTgctatgaacgcctctttgtttttcctctagGTTTATAAAGATCAGAAAAATCCCTTCATGATGTCTGGCTGTAAGGTGGCAGATGGCTATGGTACAATGT
TGGTGAGTTGTTATGCCTGGTTATTTGTCTGGAAATAATATCGCCACTTATGATTTGAGCAGCCCCGTTGACCTACTTTTGGTTATTTGTTGGACATCAACAGACTTATCTTATCTTTCTCTATCATTGGTGTTTTTTGCCATGTTTGATAATAGCGTGGGGTGGGTTGGATTTTTATTACCTTTACAGGTAACTGGTGT
GGGATTAAATACTGAGTGGGGTTTAGTGATGGCTAGAATATCAAAGGATAATGGGGAAGAAACTCCCCTACAGGTCCGCCTCAATGGTGTTGCAACTTTAATTGGTAAAGTTGGACTTGCAGTGGCAGTTGTAACCTTCGTTATCCTTTTGATTAGATTCTTTACTGGACATACGGAAGACAAAAATGGGAAACCCATGT
TTCAAGCAGGCAAGACCAAGATTGGAGATGCAATTAATGGAATTGTTAAAATCTTTTCAATTGCGGTCATTATGCTTGTTATTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTGACCTTGATTTTAGCTTACTCAATGAAAAAGATGATGGCGGACAAGGCTTTGGTACGAAGATTGTCAGCCTGTGAAACTATGGGTTCT
GCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACAGGGACACTGACCTTGAATCAGATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGGCAGGATCAGGGAACCACCAAACAGTTCAGAAAGTCTCTCTTTTGTTGTACAGTCCCTTCTTATTGAGGGTATTTCCCAGAATACTACAGGGAGCATCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGAT
AGAAGTGACAGGATCCCCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCGAAAACGTCCA

Intron 3 GTGAGTTGTT ... ACCTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.52	209	6	13
A2	9.31	186	4	18
A3	7.98	191.3	8	15
A4	10.03	156	4	16
A5	1.17	105.3	2	1
A6	2.49	42.7	1	1
A7	12.41	113.3	1	14
A8	7.57	53	2	4
A9	6.99	90.3	3	6
A10	7.55	161.7	1	12

>TRINITY_DN106428_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTAAGGAAGGGTGGTTAGATGGTGCAAGTATATCTTTTGCTGTGATCCTTGTCATTCTTGTTACAGCAATCAGTGATTACAGACAGTCTCTCCAGTTCCAAAATCTCAATGAAGAGAAGGAAAACATTCAACTTCAGGTGATCAGAGGTGGAAGAATATTTAAAATTTCTATATATGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGT
CCCCCTCAATATTGGTGATCAGGTGCCAGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCAAGTTTGCTATGAACGCCTCTTTGTTTTTCCTCTAGGTTTATAAAGATCAGAAAAATCCCTTCATGATGTCTGGCTGTAAGGTGGCAGATGGCTATGGTACAATGT
TGGTAACTGGTGTGGGATTAAATACTGAGTGGGGTTTAGTGATGGCTAGAATATCAAAGGATAATGGGGAAGAAACTCCCCTACAGGTCCGCCTCAATGGTGTTGCAACTTTAATTGGTAAAGTTGGACTTGCAGTGGCAGTTGTAACCTTCGTTATCCTTTTGATTAGATTCTTTACTGGACATACGGAAGACAAAAAT
GGGAAACCCATGTTTCAAGCAGGCAAGACCAAGATTGGAGATGCAATTAATGGAATTGTTAAAATCTTTTCAATTGCGGTCATTATGCTTGTTATTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTGACCTTGATTTTAGCTTACTCAATGAAAAAGATGATGGCGGACAAGGCTTTGGTACGAAGATTGTCAGCCTGTGA
AACTATGGGTTCTGCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACAGGGACACTGACCTTGAATCAGATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGGCAGGATCAGGGAACCACCAAACAGTTCAGAAAGTCTCTCTTTTGTTGTACAGTCCCTTCTTATTGAGGGTATTTCCCAGAATACTACAGGGAGCATCTTTAAACCTGAGG
GTGGTGGAGAGATAGAAGTGACAGGATCCCCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCGAAAACGTCCA

>TRINITY_DN106428_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATTAAGGAAGGGTGGTTAGATGGTGCAAGTATATCTTTTGCTGTGATCCTTGTCATTCTTGTTACAGCAATCAGTGATTACAGACAGTCTCTCCAGTTCCAAAATCTCAATGAAGAGAAGGAAAACATTCAACTTCAGGTGATCAGAGGTGGAAGAATATTTAAAATTTCTATATATGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGT
CCCCCTCAATATTGGTGATCAGGTGCCAGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCAAGTTTGCTATGAACGCCTCTTTGTTTTTCCTCTAGGTTTATAAAGATCAGAAAAATCCCTTCATGATGTCTGGCTGTAAGGTGGCAGATGGCTATGGTACAATGT
TGgtgagttgttatgcctggttatttgtctggaaataatatcgccacttatgatttgagcagccccgttgacctacttttggttatttgttggacatcaacagacttatcttatctttctctatcattggtgttttttgccatgtttgataatagcgtggggtgggttggatttttattacctttacagGTAACTGGTGT
GGGATTAAATACTGAGTGGGGTTTAGTGATGGCTAGAATATCAAAGGATAATGGGGAAGAAACTCCCCTACAGGTCCGCCTCAATGGTGTTGCAACTTTAATTGGTAAAGTTGGACTTGCAGTGGCAGTTGTAACCTTCGTTATCCTTTTGATTAGATTCTTTACTGGACATACGGAAGACAAAAATGGGAAACCCATGT
TTCAAGCAGGCAAGACCAAGATTGGAGATGCAATTAATGGAATTGTTAAAATCTTTTCAATTGCGGTCATTATGCTTGTTATTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTGACCTTGATTTTAGCTTACTCAATGAAAAAGATGATGGCGGACAAGGCTTTGGTACGAAGATTGTCAGCCTGTGAAACTATGGGTTCT
GCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACAGGGACACTGACCTTGAATCAGATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGGCAGGATCAGGGAACCACCAAACAGTTCAGAAAGTCTCTCTTTTGTTGTACAGTCCCTTCTTATTGAGGGTATTTCCCAGAATACTACAGGGAGCATCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGAT
AGAAGTGACAGGATCCCCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCGAAAACGTCCA

Intron 4 GTAGGTCATT ... TGACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.45	140	36	1
A2	14.53	153	26	3
A3	13.22	151	23	6
A4	18.13	131	29	6
A5	7.95	81	7	3
A6	3.03	32	1	2
A7	14.91	97	17	5
A8	27.16	59	22	1
A9	13.13	86	13	1
A10	15.15	112	20	1

>TRINITY_DN118105_c1_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

AGAAGATGTAAAGTTTCCATATTTGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAATATTGGTGATCAAGTCCCTGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCATGCTTGTTCGTAAAGATCAGAATAACCCCTTTATGATGTCTGGCTGTAAGGTTGCAGA
TGGCTATGGTACCATACTGGTAACTGGTGTGGGATTAGATACTGAGTGGGGTTTATTGATGGCTAGCATATCAGAGGATGAGGAGGAAAAAACTCCCCTACAGATCCGCCTCAATGATGTTGCAACTTTTATTGGTAAAGTTGCACTTACAGTGGCAGTTGTAGTCTTTGTCATCCTATTGATTAGATTCTTTACAGGAC
ATACACAAGACTCCAATGGGAAACCCATGTTTCAAGCAGGCAAGACCAAGGTTGGAGACACAATTAATGGAATTGTTAACATTTTAGGGATTGCGGTTGTCATTGTCGTTGTTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTGACCTTGATTTTAGCTTACTCAATGAAAAAGATGATGGCGGACAAGGCTTTGGTACGA
AGATTGTCAGCCTGTGAAACTATGGGTTCTGCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACAGGGACACTGACCTTGAATCAGATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGGCAGGATCAGGGAACCACCAAACAGTTCAGAAAGTCTCTCTTTTGTTGTACAGTCCCTTCTTATTGAGGGTATTTCCCAGAATACTACAGGGAG
CATCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGATAGAAGTGACAGGATCCCCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCCAAATCCTCCATCTTACATGTTTTTATTTTTAACTCCGAAAAGAAACGTGGAGGTGTTGCTCTGAAGAAGTCCGAAACTGAAGTACATA
TTCATTGGAAAGGAGCCGCAGAGATAATTCTAGGTCTCTGCAATACCTGGATTGACAATGTTGGCTCTGTGCAAGAAATTACTCCTGATAAGGCAGATGAGTTTAAAAAAGTCATTGAGGGGATGGCTACAGCTTCATTGCGGTGCATTGCTTTTGCTTACAGGACATATGATATTGATAGTGTGCCTGCTGACGAGGAG
CAAAGCCAATTATGGCAAATTCCTGAAGATAATCTTACCCTCTTGGCAATAGTTGGGATAAAGGTAAAATATTTGAGTTCATAGATATTTGTTCATAAAATTACTTGGAGACCAATGTTTTAAAAGTCAGAATCGGACCTGGAATCGGCCGAGGGTCCCACCTGTAGAATTTTCTGCTTTAAACTGTTTGCTGGTTTATG
TTACATTTTGTGGTTTTCACCTACAGCCG

>TRINITY_DN118105_c1_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAAGATGTAAAGTTTCCATATTTGATCTTGTTGTTGGTGATGTTGTACCCCTCAATATTGGTGATCAAGTCCCTGCAGATGGCATTCTTATTACTGGACATTCCCTGTCAATTGATGAATCTAGTATGACTGGGGAGAGCATGCTTGTTCGTAAAGATCAGAATAACCCCTTTATGATGTCTGGCTGTAAGGTTGCAGA
TGGCTATGGTACCATACTGGTAACTGGTGTGGGATTAGATACTGAGTGGGGTTTATTGATGGCTAGCATATCAGAGGATGAGGAGGAAAAAACTCCCCTACAGATCCGCCTCAATGATGTTGCAACTTTTATTGGTAAAGTTGCACTTACAGTGGCAGTTGTAGTCTTTGTCATCCTATTGATTAGATTCTTTACAGGAC
ATACACAAGACTCCAATGGGAAACCCATGTTTCAAGCAGGCAAGACCAAGGTTGGAGACACAATTAATGGAATTGTTAACATTTTAGGGATTGCGGTTGTCATTGTCGTTGTTGCAGTTCCAGAAGGACTTCCATTGGCAGTGACCTTGATTTTAGCTTACTCAATGAAAAAGATGATGGCGGACAAGGCTTTGGTACGA
AGATTGTCAGCCTGTGAAACTATGGGTTCTGCTACGACAATTTGTAGTGACAAAACAGGGACACTGACCTTGAATCAGgtaggtcattttcattgcttaacatcaatgggttatgattcagccctataaatgtactgagctataataaaaaagacattgcccaattgttatctggtccaacattcttcttgcattgccca
attgttatactgttcgacattcttcttgttaattgtacatgatccataaccctgtcacataacagatcatgcttgacttgcagATGACAGTTGTTAGGGCATGTGTTGCTGGCAGGATCAGGGAACCACCAAACAGTTCAGAAAGTCTCTCTTTTGTTGTACAGTCCCTTCTTATTGAGGGTATTTCCCAGAATACTACA
GGGAGCATCTTTAAACCTGAGGGTGGTGGAGAGATAGAAGTGACAGGATCCCCAACAGAGAAGGCTATTCTTTCTTGGGCATTGAAGCTTGGAATGAATTTTGAAGATGAAAGATCCAAATCCTCCATCTTACATGTTTTTATTTTTAACTCCGAAAAGAAACGTGGAGGTGTTGCTCTGAAGAAGGTAATGGATGTATT
TATGCATTTATAGATTTTGTTTCTCTGTTCAATATAATGTTTTTCTGTATTCAAGTAGTTATCAGTCGTCTCTCACTATTTCTTATTGGCTTTTTTATTAAATTTGAATGCA