NA ----> NA

Intron 1 GTAAATCTAA ... TTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	7	5
A2	100	0	1	1
A3	62.83	3.9	8	5
A4	42.85	0.9	1	0
A5	100	0	3	0
A6	61.34	12.1	21	17
A7	53.35	22	31	19
A8	61.06	18	29	27
A9	67.21	10	23	17
A10	53.78	17.9	25	16

>TRINITY_DN37429_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GAGATATTGTGAAGTCCGTGGAGTCGGTGGATGAGCTGTTGCAGTCAGCCCGATGTCGGCTTAATGCCTGCTATCAATCTTTTCTTCTCTGGTTTCCGGTTTCCGAAGCCGAGAAAGATTTGTAACTGGCCTTCCTCGCCTGGAGAATATAGCGAATTAGGGCTTAACGAAGCCGAGAAAGATTCGTAACTGCCCTTCCT
CGCCTGGAGAGTGGAGAATATAGCGATTTAGGGCTTACTTTGGGCATTGAAAAGGACAAGAATAAATGGCCCGTTCGTACATCGATGGGCTGGGCGCCGGGCGCCCATCACCCATGTATCCTTCAGGTAGTGCGAGTTTCGTGTCGTGGAGAACCGGCACGCCTGAGTGGAGCCTCTGATTTCTGCCTGCACACGGACTG
CCAGCCAGTGCCCTAATTCGTCTTTTCATTTATGCTAATTTATTCTTTCCATTTGCAGCCGCCCACAACTTGCCCTCTGCCTCAGCATTCACCATCTGTCCTGAGTACTTCCTCGTGCGGCGCCAGGTTATTGCAATTTCTATTCATCCACATTCTCCGCACAAGGATACTGTAAGTGCAGACTTGTTCTCAGGTCATCT
CTTGATTATGTAGTAAGCTAATCTTCTAATAAAACTACCTTCTATCTAAATTCGACAGGAGTCGTAAAAAAATTTCGGTTATCATCATGATCCATGTTACATATATTGTGTAACAATGTTTCAAGGGTTTCACTTTATCTTGAATCGACTAAAATCCTTGATAGATCAAAGTTTAAAATTGATCAAAACTTTCTATGTCG
CCAAATTCCAAAATAAAACCCAGCTGCATAATATCACTTTATCTTATTCATTCCTCAATCTGCCTCCGCCATGATCCCCTTATTGGAGGACCTCCATAACAGCTGCAGAAAAGCACGGCATTGAATCTGGATTAGCACGCGGTTCGTGCTTAAAGTACTCAGTTAATCTCAATCTGAAATCAGATCGAATCGTCTTGTTC
TGCTGCTGCCGCTGATCTGTTGGCTTTATAGGTTATCGAGTCATAAAAGCCCTAAGCAATAAAGTGCAATTGTTGTCCGCATCGTAATTAAGCTTCTGGATGCCGCGATCTTCAAATACAATGTTCCACAGCACTGCAGCGTCATGATAAGTTTGCATGTGACGCCTTTATTCCTTGGATGGCAGTATGGCACTCATTTA
TCCGAAGACTTTAACTGCAGGCGTGCCAATCACAATGATTGAGTCGTATATGGGCCGACTACACATAGAGCTTTGCTCCACTATTATGGAATATTAAGTGCAGAGCAATGAGGACTTCCAAACCTAAAGTTAAATTGGGCATAAGTATTTTCTCAAAGGTGCATGATGTCTGTATCTCAAAAAAATCCACATTGATTAGA
GTTTTTCTTCGTCATTTCGAACAATTTCAAGCTGGCTTTGTAGTTTCCCTCTCTTGATCTTAAGGATTGAATGTTCAAACCTTATCAACTCTAGAGAGTAAGGTTGCACTGCGGGGAATAAGTGGAGATGGTCCGACTTAAGCTTAGGATTTTCCTCCTGCATATTGTGGAGGTTGCATAATAATTAGTGAACAGTTGTA
TCAGATACATTCAGTACCTGACCAGCGAACATGACAGTCGATAAGATTGGCGCCTGAGGAGTTCCGCTCAGCTCGTATATGGTAAATTGGTAATTCATGTCTTTTATCTTTTATGATCTGGATTTGTGCTTACATAAGTGTAAACTTGTATGTACTGTATTGGTGTAAGAAGTGTGCCAATTACATATAGTAACGTATTT
ATTTTCCTTATTTCCCAGAATTTCGGGCATCTGTATGAAGCTTTGGTAATCAATTCATTACTATTAGTTCCTCTGTTTTAGAAACCTTGTACGTGTGAAAACTTAAATATATGATTCTTAGCTG

>TRINITY_DN37429_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGATATTGTGAAGTCCGTGGAGTCGGTGGATGAGCTGTTGCAGTCAGCCCGATGTCGGCTTAATGCCTGCTATCAATCTTTTCTTCTCTGGTTTCCGGTTTCCGAAGCCGAGAAAGATTTGTAACTGGCCTTCCTCGCCTGGAGAATATAGCGAATTAGGGCTTAACGAAGCCGAGAAAGATTCGTAACTGCCCTTCCT
CGCCTGGAGAGTGGAGAATATAGCGATTTAGGGCTTACTTTGGGCATTGAAAAGGACAAGAATAAATGGCCCGTTCGTACATCGATGGGCTGGGCGCCGGGCGCCCATCACCCATGTATCCTTCAGGTAGTGCGAGTTTCGTGTCGTGGAGAACCGGCACGCCTGAGTGGAGCCTCTGATTTCTGCCTGCACACGGACTG
CCAGCCAGTGCCCTAATTCGTCTTTTCATTTATGCTAATTTATTCTTTCCATTTGCAGCCGCCCACAACTTGCCCTCTGCCTCAGCATTCACCATCTGTCCTGAGTACTTCCTCGTGCGGCGCCAGGTTATTGCAATTTCTATTCATCCACATTCTCCGCACAAGGATACTGTAAGTGCAGACTTGTTCTCAGGTCATCT
CTTGATTATGTAGTAAGCTAATCTTCTAATAAAACTACCTTCTATCTAAATTCGACAGGAGTCGTAAAAAAATTTCGGTTATCATCATGATCCATGTTACATATATTGTGTAACAATGTTTCAAGGGTTTCACTTTATCTTGAATCGACTAAAATCCTTGATAGATCAAAGTTTAAAATTGATCAAAACTTTCTATGTCG
CCAAATTCCAAAATAAAACCCAGCTGCATAATATCACTTTATCTTATTCATTCCTCAATCTGCCTCCGCCATGATCCCCTTATTGGAGGACCTCCATAACAGCTGCAGAAAAGCACGGCATTGAATCTGGATTAGCACGCGGTTCGTGCTTAAAGTACTCAGTTAATCTCAATCTGAAATCAGATCGAATCGTCTTGTTC
TGCTGCTGCCGCTGATCTGTTGGCTTTATAGGTTATCGAGTCATAAAAGCCCTAAGCAATAAAGTGCAATTGTTGTCCGCATCGTAATTAAGCTTCTGGATGCCGCGATCTTCAAATACAATGTTCCACAGCACTGCAGCGTCATGATAAGTTTGCATGTGACGCCTTTATTCCTTGGATGGCAGTATGGCACTCATTTA
TCCGAAGACTTTAACTGCAGGCGTGCCAATCACAATGATTGAGTCGTATATGGGCCGACTACACATAGAGCTTTGCTCCACTATTATGGAATATTAAGTGCAGAGCAATGAGGACTTCCAAACCTAAAGTTAAATTGGGCATAAGTATTTTCTCAAAGGTGCATGATGTCTGTATCTCAAAAAAATCCACATTGATTAGA
GgtaaatctaaacctataattgcaagtctctcatgttgtaattggtttgttgtatggcccgcctcggagttcctcatctattgctcgtctggtagatctgaccaaatcctgagatatattttatatgagcttttatgcagTTTTTCTTCGTCATTTCGAACAATTTCAAGCTGGCTTTGTAGTTTCCCTCTCTTGATCTT
AAGGATTGAATGTTCAAACCTTATCAACTCTAGAGAGTAAGGTTGCACTGCGGGGAATAAGTGGAGATGGTCCGACTTAAGCTTAGGATTTTCCTCCTGCATATTGTGGAGGTTGCATAATAATTAGTGAACAGTTGTATCAGATACATTCAGTACCTGACCAGCGAACATGACAGTCGATAAGATTGGCGCCTGAGGAG
TTCCGCTCAGCTCGTATATGGTAAATTGGTAATTCATGTCTTTTATCTTTTATGATCTGGATTTGTGCTTACATAAGTGTAAACTTGTATGTACTGTATTGGTGTAAGAAGTGTGCCAATTACATATAGTAACGTATTTATTTTCCTTATTTCCCAGAATTTCGGGCATCTGTATGAAGCTTTGGTAATCAATTCATTAC
TATTAGTTCCTCTGTTTTAGAAACCTTGTACGTGTGAAAACTTAAATATATGATTCTTAGCTG

Intron 2 GTAAATTGGT ... TATTTCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	5	0.8
A2	100	0	1	3
A3	100	0	1	2.4
A4	100	0	6	5
A5	-1	0	0	0
A6	87.77	5	50	21.8
A7	67.5	10.6	34	10
A8	90.17	6.6	73	48
A9	80.77	10.6	54	35
A10	79.59	3	14	9.4

>TRINITY_DN40386_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

GTAAATCTAAACCTATAATTGCAAGTCTCTCATGTTGTAATTGGTTTGTTGTATGGCCCGCCTCGGAGTTCCTCATCTATTGCTCGTCTGGTAGATCTGACCAAATCCTGAGATATATTTTATATGAGCTTTTATGCAGTTTTTCTTCGTCATTTCGAACAATTTCAAGCTGGCTTTGTAGTTTCCCTCTCTTGATCTTA
AGGATTGAATGTTCAAACCTTATCAACTCTAGAGAGTAAGGTTGCACTGCGGGGAATAAGTGGAGATGGTCCGACTTAAGCTTAGGATTTTCCTCCTGCATATTGTGGAGGTTGCATAATAATTAGTGAACAGTTGTATCAGATACATTCAGTACCTGACCAGCGAACATGACAGTCGATAAGATTGGCGCCTGAGGAGT
TCCGCTCAGCTCGTATATGAATTTCGGGCATCTGTATGAAGCTTTGGTAATCAATTCATTACTATTAGTTCCTCTGTTTTAAAAAAA

>TRINITY_DN40386_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TAAGCTCGTCTGCCCGGAGATATTGTGAAGTCCGTGGAGTCGGTGGATGAGCTGTTGCAGTCAGCCCGATGTCGGCTTAATGCCTGCTATCAATCTTTTCTTCTCTGGTTTCCGGTTTCCGAAGCCGAGAAAGATTTGTAACTGGCCTTCCTCGCCTGGAGAATATAGCGAATCAGGGCTTAACGAAGCCGAGAAAGATT
CGTAACTGCCCTTCCTCGCCTGGAGAGTGGAGAATATAGCGATTTAGGGCTTACTTTGGGCATTGAAAAGGACAAGAATAAATGGCCCGTTCGTACATCGATGGGCTGGGCGCCGGGCGCCCATCACCCATGTATCCTTCAGGTAGTGCGAGTTTCGTGTCGTGGAGAACCGGCACGCCTGAGTGGAGCCTCTGATTTCT
GCCTGCACACGGACTGCCAGCCAGTGCCCTAATTCGTCTTTTCATTTATGCTAATTTATTCTTTCCATTTGCAGCCGCCCACAACTTGCCCTCTGCCTCAGCATTCACCATCTGTCCTGAGTACTTCCTCGTGCGGCGCCAGGTTATTGCAATTTCTATTCATCCACATTCTCCGCACAAGGATACTGTAAGTGCAGACT
TGTTCTCAGGTCATCTCTTGATTATGTAGTAAGCTAATCTTCTAATAAAACTACCTTCTATCTAAATTCGACAGGAGTCGTAAAAAAATTTCGGTTATCATCATGATCCATGTTACATATATTGTGTAACAATGTTTCAAGGGTTTCACTTTATCTTGAATCGACTAAAATCCTTGATAGATCAAAGTTTAAAATTGATC
AAAACTTTCTATGTCGCCAAATTCCAAAATAAAACCCAGCTGCATAATATCACTTTATCTTATTCATTCCTCAATCTGCCTCCGCCATGATCCCCTTATTGGAGGACCTCCATAACAGCTGCAGAAAAGCACGGCATTGAATCTGGATTAGCACGCGGTTCGTGCTTAAAGTACTCAGTTAATCTCAATCTGAAATCAGA
TCGAATCGTCTTGTTCTGCTGCTGCCGCTGATCTGTTGGCTTTATAGGTTATCGAGTCATAAAAGCCCTAAGCAATAAAGTGCAATTGTTGTCCGCATCGTAATTAAGCTTCTGGATGCCGCGATCTTCAAATACAATGTTCCACAGCACTGCAGCGTCATGATAAGTTTGCATGTGACGCCTTTATTCCTTGGATGGCA
GTATGGCACTCATTTATCCGAAGACTTTAACTGCAGGCGTGCCAATCACAATGATTGAGTCGTATATGGGCCGACTACACATAGAGCTTTGCTCCACTATTATGGAATATTAAGTGCAGAGCAATGAGGACTTCCAAACCTAAAGTTAAATTGGGCATAAGTATTTTCTCAAAGGTGCATGATGTCTGTATCTCAAAAAA
ATCCACATTGATTAGAGTTTTTCTTCGTCATTTCGAACAATTTCAAGCTGGCTTTGTAGTTTCCCTCTCTTGATCTTAAGGATTGAATGTTCAAACCTTATCAACTCTAGAGAGTAAGGTTGCACTGCGGGGAATAAGTGGAGATGGTCCGACTTAAGCTTAGGATTTTCCTCCTGCATATTGTGGAGGTTGCATAATAA
TTAGTGAACAGTTGTATCAGATACATTCAGTACCTGACCAGCGAACATGACAGTCGATAAGATTGGCGCCTGAGGAGTTCCGCTCAGCTCGTATATGgtaaattggtaattcatgtcttttatcttttatgatctggatttgtgcttacataagtgtaaacttgtatgtactgtattggtgtaagaagtgtgccaattac
atatagtaacgtatttattttccttatttcccagAATTTCGGGCATCTGTATGAAGCTTTGGTAATCAATTCATTACTATTAGTTCCTCTGTTTTAAAAAAA

Intron 3 GTAAGTGCAG ... TCCATAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	5	1
A2	100	0	0	5
A3	55.56	2	0	5
A4	100	0	3	0
A5	100	0	0	2
A6	68.75	5	10	12
A7	67.74	5	13	8
A8	83.33	2	10	10
A9	92	1	19	4
A10	82.46	5	37	10

>TRINITY_DN40386_c0_g1_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CACATTCTCCGCACAAGGATACTCTGCAGAAAAGCACGGCATTGAATCTGGATTAGCACGCGGTTCGTGCTTAAAGTACTCAGTTAATCTCAATCTGAAATCAGATCGAATCGTCTTGTTCTGCTGCTGCCGCTGATCTGTTGGCTTTATAGGTTATCGAGTCATAAAAGCCCTAAGCAATAAAGTGCAATTGTTGTCCG
CATCGTAATTAAGCTTCTGGATGCCGCGATCTTCAAATACAATGTTCCACAGCACTGCAGCGTCATGATAAGTTTGCATGTGACGCCTTTATTCCTTGGATGGCAGTATGGCACTCATTTATCCGAAGACTTTAACTGCAGGCGTGCCAATCACAATGATTGAGTCGTATATGGGCCGACTACACATAGAGCTTTGCTCC
ACTATTATGGAATATTAAGTGCAGAGCAATGAGGACTTCCAAACCTAAAGTTAAATTGGGCATAAGTATTTTCTCAAAGGTGCATGATGTCTGTATCTCAAAAAAATCCACATTGATTAGAGGTAAATCTAAACCTATAATTGCAAGTCTCTCATGTTGTAATTGGTTTGTTGTATGGCCCGCCTCGGAGTTCCTCATCT
ATTGCTCGTCTGGTAGATCTGACCAAATCCTGAGATATATTTTATATGAGCTTTTATGCAGTTTTTCTTCGTCATTTCGAACAATTTCAAGCTGGCTTTGTAGTTTCCCTCTCTTGATCTTAAGGATTGAATGTTCAAACCTTATCAACTCTAGAGAGTAAGGTTGCACTGCGGGGAATAAGTGGAGATGGTCCGACTTA
AGCTTAGGATTTTCCTCCTGCATATTGTGGAGGTTGCATAATAATTAGTGAACAGTTGTATCAGATACATTCAGTACCTGACCAGCGAACATGACAGTCGATAAGATTGGCGCCTGAGGAGTTCCGCTCAGCTCGTATATGGTAAATTGGTAATTCATGTCTTTTATCTTTTATGATCTGGATTTGTGCTTACATAAGTG
TAAACTTGTATGTACTGTATTGGTGTAAGAAGTGTGCCAATTACATATAGTAACGTATTTATTTTCCTTATTTCCCAGAATTTCGGGCATCTGTATGAAGCTTTGGTAATCAATTCATTACTATTAGTTCCTCTGTTTTAAAAAAA

>TRINITY_DN40386_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TAAGCTCGTCTGCCCGGAGATATTGTGAAGTCCGTGGAGTCGGTGGATGAGCTGTTGCAGTCAGCCCGATGTCGGCTTAATGCCTGCTATCAATCTTTTCTTCTCTGGTTTCCGGTTTCCGAAGCCGAGAAAGATTTGTAACTGGCCTTCCTCGCCTGGAGAATATAGCGAATCAGGGCTTAACGAAGCCGAGAAAGATT
CGTAACTGCCCTTCCTCGCCTGGAGAGTGGAGAATATAGCGATTTAGGGCTTACTTTGGGCATTGAAAAGGACAAGAATAAATGGCCCGTTCGTACATCGATGGGCTGGGCGCCGGGCGCCCATCACCCATGTATCCTTCAGGTAGTGCGAGTTTCGTGTCGTGGAGAACCGGCACGCCTGAGTGGAGCCTCTGATTTCT
GCCTGCACACGGACTGCCAGCCAGTGCCCTAATTCGTCTTTTCATTTATGCTAATTTATTCTTTCCATTTGCAGCCGCCCACAACTTGCCCTCTGCCTCAGCATTCACCATCTGTCCTGAGTACTTCCTCGTGCGGCGCCAGGTTATTGCAATTTCTATTCATCCACATTCTCCGCACAAGGATACTgtaagtgcagact
tgttctcaggtcatctcttgattatgtagtaagctaatcttctaataaaactaccttctatctaaattcgacaggagtcgtaaaaaaatttcggttatcatcatgatccatgttacatatattgtgtaacaatgtttcaagggtttcactttatcttgaatcgactaaaatccttgatagatcaaagtttaaaattgatc
aaaactttctatgtcgccaaattccaaaataaaacccagctgcataatatcactttatcttattcattcctcaatctgcctccgccatgatccccttattggaggacctccataacagCTGCAGAAAAGCACGGCATTGAATCTGGATTAGCACGCGGTTCGTGCTTAAAGTACTCAGTTAATCTCAATCTGAAATCAGA
TCGAATCGTCTTGTTCTGCTGCTGCCGCTGATCTGTTGGCTTTATAGGTTATCGAGTCATAAAAGCCCTAAGCAATAAAGTGCAATTGTTGTCCGCATCGTAATTAAGCTTCTGGATGCCGCGATCTTCAAATACAATGTTCCACAGCACTGCAGCGTCATGATAAGTTTGCATGTGACGCCTTTATTCCTTGGATGGCA
GTATGGCACTCATTTATCCGAAGACTTTAACTGCAGGCGTGCCAATCACAATGATTGAGTCGTATATGGGCCGACTACACATAGAGCTTTGCTCCACTATTATGGAATATTAAGTGCAGAGCAATGAGGACTTCCAAACCTAAAGTTAAATTGGGCATAAGTATTTTCTCAAAGGTGCATGATGTCTGTATCTCAAAAAA
ATCCACATTGATTAGAGGTAAATCTAAACCTATAATTGCAAGTCTCTCATGTTGTAATTGGTTTGTTGTATGGCCCGCCTCGGAGTTCCTCATCTATTGCTCGTCTGGTAGATCTGACCAAATCCTGAGATATATTTTATATGAGCTTTTATGCAGTTTTTCTTCGTCATTTCGAACAATTTCAAGCTGGCTTTGTAGTT
TCCCTCTCTTGATCTTAAGGATTGAATGTTCAAACCTTATCAACTCTAGAGAGTAAGGTTGCACTGCGGGGAATAAGTGGAGATGGTCCGACTTAAGCTTAGGATTTTCCTCCTGCATATTGTGGAGGTTGCATAATAATTAGTGAACAGTTGTATCAGATACATTCAGTACCTGACCAGCGAACATGACAGTCGATAAG
ATTGGCGCCTGAGGAGTTCCGCTCAGCTCGTATATGGTAAATTGGTAATTCATGTCTTTTATCTTTTATGATCTGGATTTGTGCTTACATAAGTGTAAACTTGTATGTACTGTATTGGTGTAAGAAGTGTGCCAATTACATATAGTAACGTATTTATTTTCCTTATTTCCCAGAATTTCGGGCATCTGTATGAAGCTTTG
GTAATCAATTCATTACTATTAGTTCCTCTGTTTTAAAAAAA