NA ----> NA

Intron 1 GTAAATCCTC ... TTTTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	63.48	145	252	38
A2	65.37	142	268	39
A3	62.59	150	251	38
A4	63	101	172	16
A5	59.57	76	112	10
A6	63.13	2821	4831	712
A7	63.79	1481	2609	430
A8	62.04	2510	4103	609
A9	62.63	1849	3099	443
A10	63.16	844	1447	220

>TRINITY_DN119000_c2_g1_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GTGGGTTAGCTCGAGTGGTTGAGTGCTCTGAGCTTAATGTAGGAGGTCGTGTGATCAATCCCTCGAGTTGGTTGGCTTTGTTGCATGTTGCACTTGATGTCCCTATTGTGTTAAGTGTTGTAATCAATGTTGATGGGTTTGCATCGGGTACCATTGGTGAAATGTAGGGAAGTGCTTGGGGTTTTCCCCATGAGGTTTTA
CTTGGAAAAAAGTCAAGCTCAAGGGGGATCTTTGTGTTAATATTTTATCTTTATTTAGTGGCCTTTGGTGGTCACTAATGTAATCAATATATATTTTTAATAAGTTGTCATGTCTTTTAATGTATTGTAAAATGAGGCCTGGTGCCTCATTGCATTGATCATGTGGAGCATTACTGCATATTTGGGTTATCATTTTGCCC
GCTTAATTTTGTGTCTGGGTTTATTTATGCAATATTGTGTGGAGTTGTTATTGGTTCTCATGTTTTGTGTCTAGTTTTAATAGGTTTATAAAATTTCTGTGTATTTGTATGTGTGCACGTGCACGTGTCCACAAAAGACAAAATAAAGATGTGGACATATTATTGTGTGAGGTATGTAGAATAGGATGGAAAATTAAAAG
ACCTAGGAAATGAAAGGCCAAGAGCAAATTATCTTTGTATAAATGCAAGGCCAACATTTGATAGTATAACTTGATAGTTGATAGTCCTCCAATGAAATTCTTCTTTCACACTAGTTGTGTTTCCGTATTCTACTATTGCTTTGTCATTTTTACATATGGCATTTCTAGTATGGAGATGGTTATGATAAATGTAAGGCAAG
CTTGGCAACTTTTATGGAGTGACAATAAATTCTTTTCCAATTTTAGTATAAAATATCTGCCTAGTACAGAGTTTTACAGTTTCATCACTTTATGTTCTTGTGATACCTTTAATATTATGGACCTTTTCATGCCAAAATATTTTTAATTGATTGATATGAAAATTATGCCAGGTATTTTTGCTGCAGGAACGTGCCACACA
GATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCGTTGAGGGTGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCGGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCA
CTTACTTCATCAAATAATATGGACTCATCTAGGGCTACTTCCACAGAACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGCATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACT
GCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAATCTCTTGATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAA
GGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGTTTAGGGCCCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCA
CTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGTACTTTTGAAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATACTGTTGCATCTCATTTATACATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAA
ATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTT

>TRINITY_DN119000_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGGTTGGGCTCCTTAACAGGTATTTTTGCTGCAGGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGG
ACTCATGCCCATCGTTGAGGGTGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCGGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAATAATATGGACT
CATCTAGGGCTACTTCCACAGAACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGCATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGT
CGGAGACCAATAAATCTCTTGATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGC
TCTTCCTCTCGTGTTTAGGGCCCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGAT
CATAGTAGCTACGTACTTTTGAAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATgtaaatcctctcctttattttctcagtaaaaagaatgcattattcattttgcatctctattcctagaaattaatgtggatattcca
tttttatgcagACTGTTGCATCTCATTTATACATGT

Intron 2 GTAGGTTTGA ... AATGTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.55	263	2	56
A2	18.32	321	0	72
A3	23.51	309	6	95
A4	21.23	282	1	76
A5	24.41	223	0	72
A6	22.56	5127.2	0	1494
A7	23.57	2824.8	0	871
A8	24.65	3202.8	4	1048
A9	23.71	2822.2	0	877
A10	21.66	1978	0	547

>TRINITY_DN108714_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGGTTGGGCTCCTTAACAGGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCG
TTGAGGGTGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCTGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAATAATATGGACTCATCTAGGGCTACT
TCCACAGAACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGCATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAA
TCTCTTGATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGT
TTAGGGCCCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGT
ACTTTTGAAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTAAATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATGTGGATATTCCATTTTTATGCAGACT
GTTGCATCTCATTTATACATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTTATCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTTCTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGC
CTGTGTGTCTTTGCTTATGGCATTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAAGTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAAATTGCCAAAATGTCTTGTCTTC

>TRINITY_DN108714_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATTTTATTTGGCACAGAATATGTGATGTTCATAACGATTAAGCTCGTAATTCTCTTTTTAAAGATGATGAGATAAAATAAAATAGCTAAGCTTTTGAATTGTGATTTTTAATTTTATGTTCACGGAAGCTTTACAAGTTTACATTGTGGCTCTTTCATTCTTTGTATGCCTTTATACAAGGATTGTGTAGCAATGATAA
TTCTTTAAAGACAGTTTAAGGTGTGCAGGAAAGCTTGTTTATTTAATATTTTAGGCCTTTACCTTCTCCATGACTCAAAATGTCTGTTTTGCAGTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGgtaggtttgactttgtttcagtttgttaatttgaatgtgtccatgttggtatta
tgttttcacatattttagttgcttatggtagacatggcttttgaatgtgacagGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGTACTTTTGAAGAGGACACATTTC
ATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTAAATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATGTGGATATTCCATTTTTATGCAGACTGTTGCATCTCATTTATACATGA
TAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTTATCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTTCTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGCCTGTGTGTCTTTGCTTATGGCA
TTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAAGTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAAATTGCCAAAATGTCTTGTCTTC

Intron 3 GTTGGGCTCC ... TTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.78	483	146	139
A2	23.12	542	161	165
A3	21.27	729	176	218
A4	21.62	531	137	156
A5	23.05	414	147	101
A6	21.07	4237	926	1336
A7	19.66	3105	657	863
A8	21.07	1755	417	520
A9	21.17	3209	796	928
A10	19.85	2588	595	687

>TRINITY_DN108714_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCGTTGAGGGTGTTGGAGAT
GAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCTGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAATAATATGGACTCATCTAGGGCTACTTCCACAGAACAGCAAGG
GTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGCATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAATCTCTTGATACCATGTG
AGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGTTTAGGGCCCGCATTGTT
TGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGTACTTTTGAAGAGGACAC
ATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTAAATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATGTGGATATTCCATTTTTATGCAGACTGTTGCATCTCATTTATA
CATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTTATCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTTCTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGCCTGTGTGTCTTTGCTTA
TGGCATTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAAGTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAAATTGCCAAAATGTCTTGTCTTC

>TRINITY_DN108714_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGgttgggctccttaacaggtaaaatttaatatccatttcaagatgcgcgcagaattttttgtaatattgct
gtttcagttatcaaaatagttaaattggaaagattttcgtgtctagggttgaaggttcgcttctgttagagtaatctgtctgtctgccgagttgaggtttcaactgtgacattttctgtttagggtttcgaagcatctcgccgcccgacattttgagttttccgttgtgtcggttggcatctcttgatatggagaaaaat
gcaattctctccatttaaggatatatttctgtttaaaccgttgcttttgttaatgacaatgggcctaggctaaattcacagttcaacattaggctaaacttgcgatcagcacctgcaacacaaatacataacgtccacaccaattatttatggggagagacaattatatgccagacaaacccagatggcgcagatatatg
caaacaaatcctagatgacatatggatagaaatcaattacaacggccagcacattacttgctatagataatagggaagcggattgcttccaaagagagaatacttcagatggagagggagtaccataattcaaaacccaaatccaatgatctttaggctacgttacctgtaagtacaaatggtggctccatacgccctac
ataatggtgggactacatgctttagccgactaataattaatacagatcacaatttgaaatgttatgcatcgggcacaacatgccttacctactttgggaatttgcctttaaagttactcgagagatgggtacacctggataaactctttagctttcttggtagtgtttgttggatgattatttctttggcttcgggattg
tacgctgttcctgtgccacgatgaaatgggtatttttgctgcagGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCGTTGAGGGTGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAA
GCTTGGAGTGAATGTGACTCTGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAATAATATGGACTCATCTAGGGCTACTTCCACAGAACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACT
GTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGCATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAATCTCTTGATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGC
TCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGTTTAGGGCCCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGA
TGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGTACTTTTGAAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTA
AATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATGTGGATATTCCATTTTTATGCAGACTGTTGCATCTCATTTATACATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGC
ATTTTATCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTTCTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGCCTGTGTGTCTTTGCTTATGGCATTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAA
GTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAAATTGCCAAAATGTCTTGTCTTC

Intron 4 GTTGGGCTCC ... TTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.52	483	630	678
A2	57.46	542	711	753
A3	55.36	729	865	943
A4	55.99	531	643	708
A5	58.5	414	571	596
A6	57.07	4237	5321.6	5946.1
A7	56.47	3105	3821	4235
A8	56.54	1755	2167	2400
A9	56.53	3209	3986	4360
A10	58.02	2588	3433.1	3721

>TRINITY_DN109343_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

CGCCGGGTCCGCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCGTTGAGGG
TGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCTGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAATAATATGGACTCATCTAGGGCTACTTCCACAG
AACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGTATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAATCTCTTG
ATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGTTTAGGGC
CCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGTACTTTTG
AAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTAAATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATGTGGATATTCCATTTTTATGCAGACTGTTGCAT
CTCATTTATACATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTTGTCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTTCTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGCCTGTGTG
TCTTTGCTTATGGCATTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAAGTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAATTGCCAAAATGTCTTGTCT

>TRINITY_DN109343_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGCCGGGTCCGCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGgttgggctccttaacaggtatttttgctgcagGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAA
TTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCGTTGAGGGTGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCTGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAA
TAATATGGACTCATCTAGGGCTACTTCCACAGAACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGTATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGT
GCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAATCTCTTGATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGAT
CCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGTTTAGGGCCCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACA
TGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGTACTTTTGAAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTAAATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATG
TGGATATTCCATTTTTATGCAGACTGTTGCATCTCATTTATACATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTTGTCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTT
CTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGCCTGTGTGTCTTTGCTTATGGCATTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAAGTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAATTGCCAAAATGTCTTGTCT

Intron 5 GTAAAATTTA ... TTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.96	736	120	139
A2	15.1	866	143	165
A3	14.96	1069	158	218
A4	14.55	775	108	156
A5	14.08	647	111	101
A6	14.11	6474	791	1336
A7	13.26	4661	562	863
A8	14.1	2601	334	520
A9	14.32	4826	685	928
A10	12.86	4053.5	510	687

>TRINITY_DN108714_c0_g1_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGGTTGGGCTCCTTAACAGGAACGTGCCACACAGATTGAAGGGACAATTGCAGGTGGGACTCATGCCCATCG
TTGAGGGTGTTGGAGATGAAGTGGTTTATGTAGCTGTATTTGCTGCATCAGTAGTATTAATTTTTAGACCTTCTCTTTGGCATTGTTCTGTGAGTCTTGGCAAGCTTGGAGTGAATGTGACTCTGAAATGTTTTCAAAGGATATGGAATGGTATCAGTGCACTTACTTCATCAAATAATATGGACTCATCTAGGGCTACT
TCCACAGAACAGCAAGGGTTTCTCATGAGAATGGAGTCTCCTCCAGAAAATGACTGTTGTTCGGTCTGTCATGACAATTTTGACTTGCCTTGTCAGGCAAACTGTGCTCATTGGTTTTGTGGAGATTGCATACTTCGTGTCTGGCATCACAGCTCTGCACTGCAGCCTTGCAAGTGCCCAATTTGTCGGAGACCAATAAA
TCTCTTGATACCATGTGAGTCAGCAACTCAACGGCGTCATGAGCCTGAGGTGGATTCTGTTCTGCAAAATATTGAGAAATATAACCGTATATTTGGTGGAGGCTCTGTTGGTTTTTTCCAGAGGCTTTGGGACACACCACTTCTACTTCGCAGATTGTTAAGGGAGCTGATGGATCCTCAGAGGGCTCTTCCTCTCGTGT
TTAGGGCCCGCATTGTTTGCTTCTTGGCATTGCTAGCAATCTATGTCTTCAGTCCCGTGGATATTCTTCCAGAAGGGATCCTAGGCATTGTAGGTCTACTGGATGACCTTTTGGTAATACTTGTCGTCTTTTTCCATGTGGCTACATTGTATCGCTCAGCACTTTTTAGTCGACATGGTGGCCGATCATAGTAGCTACGT
ACTTTTGAAGAGGACACATTTCATTCGTTCTATTGCTTTTCTCTGGTTGATTTGTTCAGAATTTTGTATCTCATGGAGTGTCCACTTTTGTCCATATTATGTAAATCCTCTCCTTTATTTTCTCAGTAAAAAGAATGCATTATTCATTTTGCATCTCTATTCCTAGAAATTAATGTGGATATTCCATTTTTATGCAGACT
GTTGCATCTCATTTATACATGATAAGTACTAACTATTATGATTCGTGGAATTTTCTAAATGTTTATACACAAAGAGAGAACTCTCTTTGGCATTGGTATTGGCATTTTATCGGGTAGGTTCTCAGAATATTATTAACCCATCCCCATGACAAAGGTGGTTGTGGTATTTGAAGTTCTCTGACAGTCTATGTGGGCTATGC
CTGTGTGTCTTTGCTTATGGCATTACATTCTAGTCCCTCGATTATCCATCAGCCTGGAAACTGGAAGTATTTGCACCCTTCTAAAGTGTATGACCTATGAAAAGTTCCAGTAATTGTCGTTGGCATAAATTGCCAAAATGTCTTGTCTTC

>TRINITY_DN108714_c0_g1_i10 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCGAGCTTTCCTTCGGATCGTTTTAGTACACATACAAATCGGTGGCGCAGGGCCTCGGGCCAATAAGGGTTTGAAGATCAATCGATATATACTCAATTTCCACAGCTCTGTATTATTTTCCTCAGGACAGGTTGGGCTCCTTAACAGgtaaaatttaatatccatttcaagatgcgcgcagaattttttgtaatattgct
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