sp|A0A1P8AW69|KTN81_ARATH ----> Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 homolog KTN80.1
Intron 1 GTATTATGGG ... AGCTCATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 47.69 | 34 | 31 | 0 |
| A2 | 57.63 | 25 | 34 | 1 |
| A3 | 48.1 | 41 | 38 | 0 |
| A4 | 55.71 | 31 | 39 | 0 |
| A5 | 55.26 | 17 | 21 | 0 |
| A6 | 84.62 | 2 | 11 | 0 |
| A7 | 78.26 | 10 | 36 | 0 |
| A8 | 75 | 3 | 9 | 0 |
| A9 | 67.86 | 9 | 19 | 0 |
| A10 | 59.02 | 25 | 36 | 0 |
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformGTATGAATGTGGAAGTGTTCATGATGTTCTTCGTAGCTTAAGAATGGATTTAGTTTTGTGGCTCTTTTGTTTCTCATGGTCCTTTTATTATGTGCTGTGTTTGATTTTGAAATATGATACAATAGGTTGGTTTAAGTTCTCCCCTAACCAAGTATTTTTATATGTTATGATTAACTTTTTTATCTCTCTTATATAGATGG
GCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAG
AAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATAC
AACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGC
TCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCA
TGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATACCTCCTATGTGTATAAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATC
AGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGAAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTT
TGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAG
GGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTCCTCATCTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTCATTTGCC
TTGTAGGAAAGAATTATTTTTCTTTACAGTAAAGGTTTCTTTATGCACGTTACTGTTGGTCATTAGGTTGCATGTTCATATTCTCTTTCGCTTTCTTAACTCTATTCTATTTATGTTCAAAGTTGATTGATGTTATGCTTTTCTCACCATTTAGTGTGTGATTTGATATTTGTTTTATTAAGTGGTTTCAAAATCTTGGT
ATTGTTTTTCATTTTGCAGTTGCATTTTAGGGTGACACTCTGACATTATCCTATAAGCTGAAGTGTTATAGTGATGTGCTTGGGGTATGTGTAACAGAGAAGTACTCCAAAACAGTATTGATTCTCTTCAGTGTAAACATTAGTAACCATCTCATTGATGTCCATATGTGC
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCCGTGACACACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGGAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACT
CATCGAGTTTGAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGG
CGCGGGATGGAGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCTTGTAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAG
TGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTG
GGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACA
AGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAA
TTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGgtattatgggaaagggaggcatattttatctgctgggcaagatcgagctttccggattttctctgttatattttacatttgctgccactgggcatgacattgcagta
tttaggcgagctcatcagGTGGCTACATGGAGTGGACACCAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGA
TGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATA
TAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCA
ACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGTCACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGA
TTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGGCAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCG
AAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAACTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCAAGAAACCG
GAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAATCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTTACCAAAGTGGGGAGTAAAAAACGGGGAGGAGAATCTTTATCATTTATGCAACTTTTACAATCCTGCTCAGAGATGAAAGATTT
TACAACTTTCACGAATTATTTGAAGGGTTTATCCCCCTCAGCTGTTGATATGGAATTGCGGTTGCTTCAAATTGTGGATAATGAAAATATAACAGAAAGCGAACACAGTGTAGAACTACAAGGGATAGGAATGCTGCTGGATTACTTTGTAAATGAGGTGTCGTGCAATAATAATTTTGAGTTTGTTCAGGCTTTGATAC
GGCTATTTTTAAAGATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAAAGTTCTACATGGCAGAGGCTAGATACAGGCTTCCAAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTAGCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGG
AGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAGCACTAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATCTTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCCCTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTCGATCTTT
TGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTACTATGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTTCAACTTCTTGTTACACTTTCAAGGAAAGTTTTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGC
GTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAAGCATGGATGACATGATGGTGAAGATTTTTTTATAGTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAATGACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAAC
ACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAACTACGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTATTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAAAGATAAATGAGAGATATATCAGAAATAGAGGCAACTAAAGTCTCTGAGTATCG
TGAATTCAGTAAGTCTATTTGTAGTTGAGAAAATCTAGTACGTTGAAAAGATAAA
Intron 2 GTGAGCGTAC ... TGTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.01 | 79.4 | 8.6 | 2.5 |
| A2 | 8.15 | 65.8 | 6.4 | 6 |
| A3 | 2.02 | 61.1 | 7 | 1.3 |
| A4 | 2.93 | 61 | 5.9 | 1.9 |
| A5 | 6.25 | 27 | 1.1 | 1.9 |
| A6 | 0 | 9 | 2.3 | 0 |
| A7 | 0 | 21.4 | 2.3 | 0 |
| A8 | 0 | 9 | 1.9 | 0 |
| A9 | 0 | 16 | 1.1 | 0 |
| A10 | 0 | 22 | 0.8 | 0 |
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformGCCGTGACACACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGGAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACT
CATCGAGTTTGAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGG
CGCGGGATGGAGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCTTGTAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAG
TGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTG
GGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACA
AGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAA
TTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATCAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCT
ACATGGAGTGGACAC
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:GCCGTGACACACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGGAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACT
CATCGAGTTTGAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGG
CGCGGGATGGAGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATgtgagcgtaccagtttctggatgtcttttatgttttatagctttgtatttcatgtatatattttttgcaaagtgagcaaggcttgttttagggcatgcatgatagtagcaaaacctgtagttgtatggggtttggaaaacagc
cgctgatttattgcgtacttttgttttgcagTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCT
Intron 3 GCAACTAAAG ... AGAAATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40 | 3 | 1 | 3 |
| A2 | 33.33 | 1 | 0 | 1 |
| A3 | 53.85 | 3 | 7 | 0 |
| A4 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A5 | 33.33 | 2 | 2 | 0 |
| A6 | 37.5 | 35 | 28 | 14 |
| A7 | 39.62 | 32 | 27 | 15 |
| A8 | 37.18 | 98 | 84 | 32 |
| A9 | 33.33 | 49 | 32 | 17 |
| A10 | 35.21 | 23 | 20 | 5 |
>TRINITY_DN46086_c0_g3_i6 from sample A7 / Example spliced isoformACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGTAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACTCATCGAGTTT
GAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGGCGCGGGATGG
AGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCTTGTAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAG
GCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGA
AGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTG
TCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAG
ATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACG
AGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAG
TGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGC
TATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGT
CACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGG
CAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAA
CTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCAAGAAGCCGGAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAA
TCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTTACCAAAGTGGGGAGTAAAAAACGGGGAGGAGAATCTTTATCATTTATGCAACTTTTACAATCCTGCTCAGAGATGAAAGATTTTACAACTTTCACGAATTATTTGAAGGGTTTATCCCCCTCAGCTGTTGATATGGAATTGCGGTTGCTTCAAATTGTGGATAATGAAA
ATATAACAGAAAGCGAACACAGTGTAGAACTACAAGGGATAGGAATGCTGCTGGATTACTTTGTAAATGAGGTGTCGTGCAATAATAATTTTGAGTTTGTTCAGGCTTTGATACGGCTATTTTTAAAGATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAAAGT
TCTACATGGCAGAGGCTAGATACGGGCTTCCAAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTAGCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGGAGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAGCAC
TAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATCTTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCCCTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTTGATCTTTTGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTACTA
TGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTTCAACTTCTTGTTACAATTTCAAGGAAAGTTTTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGCGTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAAGCA
TGGATGACATGATGGCGAAGATTTTTTTATAGTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAATGACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAACACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAACTA
CGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTATTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAAAGATAAATGAGAGATATATCAGAAATAGAGGCAACTAAAGTCTTCAGGTACTGAGAATTCAGGATCAAGGGAACTCAATGAGAGTTCAAATCATGTATGTGAAGAATGGATATATATTTTAAGTAATTGATTCTTTTTC
CTAGAAA
>TRINITY_DN46086_c0_g3_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:ACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGTAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACTCATCGAGTTT
GAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGGCGCGGGATGG
AGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCTTGTAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAG
GCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGA
AGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTG
TCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAG
ATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACG
AGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAG
TGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGC
TATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGT
CACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGG
CAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAA
CTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCAAGAAGCCGGAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAA
TCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTTACCAAAGTGGGGAGTAAAAAACGGGGAGGAGAATCTTTATCATTTATGCAACTTTTACAATCCTGCTCAGAGATGAAAGATTTTACAACTTTCACGAATTATTTGAAGGGTTTATCCCCCTCAGCTGTTGATATGGAATTGCGGTTGCTTCAAATTGTGGATAATGAAA
ATATAACAGAAAGCGAACACAGTGTAGAACTACAAGGGATAGGAATGCTGCTGGATTACTTTGTAAATGAGGTGTCGTGCAATAATAATTTTGAGTTTGTTCAGGCTTTGATACGGCTATTTTTAAAGATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAAAGT
TCTACATGGCAGAGGCTAGATACGGGCTTCCAAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTAGCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGGAGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAGCAC
TAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATCTTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCCCTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTTGATCTTTTGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTACTA
TGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTTCAACTTCTTGTTACAATTTCAAGGAAAGTTTTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGCGTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAAGCA
TGGATGACATGATGGCGAAGATTTTTTTATAGTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAATGACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAACACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAACTA
CGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTATTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAAAGATAAATGAGAGATATATCAGAAATAGAGgcaactaaagtctctgagtatcgtgaattcagtaagtctatttgtagttgagaaaatctagtacgttgaaaagataaatgggatatagaaatatagGCAACTAAAGTCT
TCAGGTACTGAGAATTCAGGATCAAGGGAACTCAATGAGAGTTCAAATCATGTATGTGAAGAATGGATATATATTTTAAGTAATTGATTCTTTTTCCTAGAAA
Intron 4 GTATTATATT ... TTGCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.92 | 90 | 11 | 21 |
| A2 | 12.5 | 70 | 6 | 10 |
| A3 | 17.24 | 72 | 0 | 15 |
| A4 | 23.61 | 55 | 4 | 17 |
| A5 | 16 | 42 | 4 | 8 |
| A6 | 17.81 | 60 | 0 | 13 |
| A7 | 23.53 | 78 | 0 | 24 |
| A8 | 22.47 | 69 | 0 | 20 |
| A9 | 25 | 78 | 0 | 26 |
| A10 | 10.2 | 88 | 6 | 10 |
>TRINITY_DN106853_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformCACACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGGAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACTCATCGAG
TTTGAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGGCGCGGGA
TGGAGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCTTGTAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATCAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAGTGGACAC
AAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGA
AGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGG
CTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATC
AAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGCGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAA
ACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACAC
CAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGA
GGCTATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCG
TGTCACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCT
GGGCAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCT
CAACTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGGTATTTCTCCTTCTGGTCTCAGGTTATGTTCTTATATTCAATGCTTATGGATTTAAAGTTGTTTCTTTTAGAAAAATATATATTTTATTTAGAATCCAATGAAATTTATGTCAGTCCTT
AATAGGGTGTTTTATTTCTGTTCCCTATTATGCTTCAACACATTTTTGGTCTCCTTTGGGAGGAGTATACAGGGACCTGTTACAATGAAATAAACGCAGTTGATTTACTGAGGAGTATCCAA
>TRINITY_DN106853_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAATAACCTGGGAGAAAAATCTAGTATCAGTGAAGTCCTAAATCGAAAATTGTAAACCTTTTAGGTTATTGAGAGAAAATCATATTAAAGCCTGACTCAAGTTCTGTCATATTTATGGGGTTCAAACCCTATCCATACATGACTATAATTTATATCTATGGGCAAAAGTATATCTTTTTAGATTGGCTATCTGTTTTTAT
AGTTTGTTTACTCAATTTGTTTTGCTTGGCAGCTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGgtattatatttcacttatattgactgcaaatatactgctttcatctaaatcatggattgtttggatgtgtgggggtttatgtc
tattctggaaatcatatattgttttgctttacccaaggatgctgaatggtgcaacttatagattcaaaattgcgctatcttcattgctttcagGTCTTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGTCACTGATTTG
TGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGGCAAATCGGAT
GATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAACTCATGCCTG
AACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAG
Intron 5 GTGTATATTA ... GTTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 30.22 | 53.2 | 10.7 | 22 |
| A2 | 28.48 | 62.4 | 11.3 | 24 |
| A3 | 27.48 | 58.9 | 6.6 | 21 |
| A4 | 29.58 | 48.2 | 4.7 | 19 |
| A5 | 24.41 | 31.2 | 10.1 | 10 |
| A6 | 20.17 | 20.9 | 2.6 | 5 |
| A7 | 18.72 | 93 | 9 | 20 |
| A8 | 23.33 | 35.1 | 1.7 | 10 |
| A9 | 4.12 | 49.6 | 6 | 2 |
| A10 | 25.81 | 63.6 | 6.9 | 21 |
>TRINITY_DN117245_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformAATAAATTGCAGTGATGATATTTAACTTTACATACAATTCCTATCAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCAC
TCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGGATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATAT
TGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGT
>TRINITY_DN117245_c0_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:CACACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGGAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACTCATCGAG
TTTGAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGGCGCGGGA
TGGAGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCAT
TTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAACGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTG
AATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGA
TGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATG
GAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGAT
GAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAGTGAAGgtgtatattatgctttcttt
gtgttattttatctttttacttgtgttgaaggtggtgaccattttcatgcttgagcacgtaattctgtttggttggataggtagctgtgaatctgacataaaattgtaaaccttgtcctttggatgttgtatttgttattgcagTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTG
GCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAA
TTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGTCACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACC
ATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGGCAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGT
TGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAACTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCA
ATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCAAGAAGCCGGAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAATCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTTACCAAAGCGGGCAGTAAAAAACGGGGAGGA
GAATCTTTATCATTTATGCAACTTTTACAATCCTGCTCAGAGATGAAAGATTTTACAACTTTCACGAATTATTTGAAGGGTTTATCCCCCTCAGCTGTTGATATGGAATTGCGGTTGCTTCAAATTGTGGATAATGAAAATATAACAGAAAGCGAACACAGTGTAGAACTACAAGGGATAGGAATGCTGCTGGATTACTT
TGTAAATGAGGTGTCGTGCAATAATAATTTTGAGTTTGTTCAGGCTTTGATACGGCTATTTTTAAAGATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAAAGTTCTACATGGCAGAGGCTAGATACGGGCTTCCAAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTA
GCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGGAGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAGCACTAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATCTTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCC
CTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTCGATCTTTTGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTACTATGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTTCAACTTCTTGTTACAATTTCAAGGAAAGTT
TTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGCGTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAAGCATGGATGACATGATGGTGAAGATTTTTTTATAGTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAAT
GACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAACACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAACTACGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTATTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAA
AGATAAATGAGAG
Intron 6 GTATTATGGG ... TGTTATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.43 | 19 | 51 | 54 |
| A2 | 73.26 | 23 | 58 | 68 |
| A3 | 76.92 | 12 | 50 | 30 |
| A4 | 68 | 32 | 60 | 76 |
| A5 | 68.59 | 15 | 29.5 | 36 |
| A6 | 63.33 | 11 | 16 | 22 |
| A7 | 70.47 | 21 | 52 | 48.3 |
| A8 | 60 | 13 | 14 | 25 |
| A9 | 56.96 | 34 | 31 | 59 |
| A10 | 65.47 | 24 | 47 | 44 |
>TRINITY_DN117245_c0_g1_i10 from sample A2 / Example spliced isoformTTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAA
ACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAG
>TRINITY_DN117245_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTCCTTTTATTATGTGCTGTGTTTGATTTTGAAATATGATACAATAGGTTGGTTTAAGTTCTCCCCTAACCAAGTATTTTTATATGTTATGATTAACTTTTTTATCTCTCTTATATAGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGT
AATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGgtattatgggaaagggaggcata
ttttatctgctgggcaagatcgagctttccggattttctctgttatacagGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGC
CACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTA
TATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTC
TTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGTCACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATG
CATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGGCAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGA
GGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAACTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCA
AGAAGCCGGAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAATCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTTACCAAAG
Intron 7 GTTAGTCGAT ... TTACTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.43 | 57.3 | 26 | 2 |
| A2 | 37.86 | 55.1 | 25 | 0 |
| A3 | 30.73 | 55.7 | 17 | 7 |
| A4 | 38.7 | 55.6 | 29 | 1 |
| A5 | 37.41 | 30 | 14 | 0 |
| A6 | 20.14 | 23.4 | 2 | 0 |
| A7 | 28.91 | 62.6 | 18 | 0 |
| A8 | 28.87 | 16.9 | 4 | 0 |
| A9 | 24.74 | 61.1 | 12 | 0 |
| A10 | 20.28 | 32.9 | 5 | 0 |
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i12 from sample A3 / Example spliced isoformGTATGAATGTGGAAGTGTTCATGATGTTCTTCGTAGCTTAAGAATGGATTTAGTTTTGTGGCTCTTTTGTTTCTCATGGTCCTTTTATTATGTGCTGTGTTTGATTTTGAAATATGATACAATAGGTTGGTTTAAGTTCTCCCCTAACCAAGTATTTTTATATGTTATGATTAACTTTTTTATCTCTCTTATATAGATGG
GCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAG
AAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATAC
AACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGC
TCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCA
TGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATACCTCCTATGTGTATAAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATC
AGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGAAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTT
TGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAG
GGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTCCTCATCTGCTTTAATTTTTTTTTTAATTCATTTGCC
TTGTAGGAAAGAATTATTTTTCTTTACAGTAAAGGTTTCTTTATGCACGTTACTGTTGGTCATTAGGTTGCATGTTCATATTCTCTTTCGCTTTCTTAACTCTATTCTATTTATGTTCAAAGTTGATTGATGTTATGCTTTTCTCACCATTTAGTGTGTGATTTGATATTTGTTTTATTAAGTGGTTTCAAAATCTTGGT
ATTGTTTTTCATTTTGCAGTTGCATTTTAGGGTGACACTCTGACATTATCCTATAAGCTGAAGTGTTATAGTGATGTGCTTGGGGTATGTGTAACAGAGAAGTACTCCAAAACAGTATTGATTCTCTTCAGTGTAAACATTAGTAACCATCTCATTGATGTCCATATGTGC
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i17 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATAATTTCAGAATTTGAGATTCTAAAGTCGAATGTGACTATTTAAAACTGGGGTCTATTCAATGTTTCCCCTACATATATTGTATAATTTGGGAAGGGATTCATTTAATACACACACAGACACACATATATATATAAAATAATATATTAAACTCTTGAACAATTTTGCTGGAAACTGAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGC
ATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGgttagtcgattctaccattttcattttgtagttctagcaggaagcttgacaatttgccttcctccattttacgatgctctg
aatgaattcattcatgtcctcctttgcttttccacaaatcttctattgtagaattgagaatgattttgatttgagaattacttgtataacttagcatctacatggtgtgttgaatgtggttgaggctatcatttttaactgtaagtttgatttcatgcaaggaaatccctgaaaatgtatgacagtttctggagtagcat
tgttttttatgagagatatattgcggcagctaaacagtaccttaaatattcagttatggtatcatctcttaaagtctacttattctctaatttacttgtagGATGAAGAAATGAAGCTGCCT
Intron 8 GTGAATGGGG ... TCTTTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.52 | 106 | 0 | 18 |
| A2 | 21.56 | 131 | 0 | 36 |
| A3 | 13.74 | 113 | 0 | 18 |
| A4 | 15 | 85 | 0 | 15 |
| A5 | 15 | 51 | 0 | 9 |
| A6 | 14.25 | 313 | 3 | 52 |
| A7 | 11.96 | 368 | 1 | 50 |
| A8 | 15.3 | 299 | 2 | 54 |
| A9 | 11.69 | 287 | 0 | 38 |
| A10 | 16.73 | 209 | 0 | 42 |
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoformGCCGTGACACACCATCTCAAGTACTTTCCAAATGATTTAATGTAACAAATATTACTCGTTGGAGGCGGAAGCATTCTCTATACAAAATCATAAAACCCTACAAAACCTAACAACGAGCACCGCCGGGCAGGGAAACCTTACAACGATTGCCCATATTGTGTGTATACAGACACACGATTTATTGCAAGTATCTTCCCACT
CATCGAGTTTGAAGTTGTTCGCAAACACTACTTTACATGATCGTTTTGGCTGTTCTCTTCAACATACTAAACGACTTCAGCACACTTCACATATATTACCGATATCCAGTGAAATTGTATAACAGGCAGAAATGGGATTGTTTGAGCCTTTCAGAGCACTGGGATACATCACTGATGGCGTTCCATTCGCTGTTCAAAGG
CGCGGGATGGAGACTTTTGTTACTCTCAGTGTAGGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATTGTGCCAAGCTAATTCCTGTGCTTGTAGGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAG
TGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAATGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTG
GGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACA
AGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAA
TTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTA
TTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAGTGGACACCAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAAATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGA
TGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGAATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAACTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATA
TAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCAAGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCA
ACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGTCACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAGTGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGA
TTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGGCAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGACATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCG
AAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAACTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGCTTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCAAGAAACCG
GAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAATCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTTACCAAAGTGGGGAGTAAAAAACGGGGAGGAGAATCTTTATCATTTATGCAACTTTTACAATCCTGCTCAGAGATGAAAGATTT
TACAACTTTCACGAATTATTTGAAGGGTTTATCCCCCTCAGCTGTTGATATGGAATTGCGGTTGCTTCAAATTGTGGATAATGAAAATATAACAGAAAGCGAACACAGTGTAGAACTACAAGGGATAGGAATGCTGCTGGATTACTTTGTAAATGAGGTGTCGTGCAATAATAATTTTGAGTTTGTTCAGGCTTTGATAC
GGCTATTTTTAAAGATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAAAGTTCTACATGGCAGAGGCTAGATACAGGCTTCCAAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTAGCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGG
AGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAGCACTAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATCTTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCCCTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTCGATCTTT
TGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTACTATGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTTCAACTTCTTGTTACACTTTCAAGGAAAGTTTTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGC
GTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAAGCATGGATGACATGATGGTGAAGATTTTTTTATAGTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAATGACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAAC
ACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAACTACGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTATTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAAAGATAAATGAGAGATATATCAGAAATAGAGGCAACTAAAGTCTCTGAGTATCG
TGAATTCAGTAAGTCTATTTGTAGTTGAGAAAATCTAGTACGTTGAAAAGATAAA
>TRINITY_DN118982_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:CTTTGATACGGCTATTTTTAAAGgtgaatggggatagttaaatggtacaattgtatcctatctgtatatattctagaaatattttgctggttggtacaactgaaattgatgctaattttattctttaacagATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAA
AGTTCTACATGGCAGAGGCTAGATACAGGCTTCCAAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTAGCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGGAGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAG
CACTAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATCTTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCCCTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTCGATCTTTTGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTA
CTATGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTTCAACTTCTTGTTACACTTTCAAGGAAAGTTTTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGCGTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAA
GCATGGATGACATGATGGTGAAGATTTTTTTATAGTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAATGACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAACACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAA
CTACGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTATTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAAAGATAAATGAGAGATATATCAGAAATAGAGGCAACTAAAGTCTCTGAGTATCGTGAATTCAGTAAGTCTATTTGTAGTTGAGAAAATCTAGTACGTTGAAAAGATAAA
Intron 9 GTCTGTGAGT ... TTCCTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.54 | 53 | 9 | 7 |
| A2 | 8.15 | 67.6 | 6 | 2 |
| A3 | 3.23 | 30 | 1 | 2 |
| A4 | 14.9 | 74.4 | 13 | 8 |
| A5 | 14.36 | 35.8 | 6 | 1 |
| A6 | 8.66 | 21.2 | 2 | 0 |
| A7 | 9.47 | 47.8 | 5 | 1 |
| A8 | 13.99 | 24.6 | 4 | 0 |
| A9 | 12.22 | 57.6 | 8 | 0 |
| A10 | 18.74 | 43.4 | 10 | 0 |
>TRINITY_DN129200_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCTTTTGTTACTCTCAGTGTATGGAAAGCTTGGCAAATTTATAATGACCTCAAATGGATAAAAAGATAAGAGCGCTTGCGTGTTGGCGAGATTTTACATTTGCTGCCACTGGGCATGACATTGCAGTATTTAGGCGAGCTCATCAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGC
AACATGTTTTAAGTGTTGATTTAAACGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACG
CAGAAACAACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCA
ACCTCTTTTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAG
CACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGATGAAGAA
ATGAAGCTGCCTCCAGTCATTGCTTTTGATGCAGCTGAGATTCGTGAAAGAGATTGGTGCAATGTTGTCACCTGCCACTCGGATGATCCTTGTGCATACACATGGCGTCTTCAGAATTTTGTAATTGGTGAACATATTTTGAAGCCATGTTTGGAGGATCCAACACCAGTGAAGTCTTGCAGTATCAGTGCATGTGGCAA
CTTTGCAGTTCTTGGAACAGAGGGAGGGTGGCTTGAGCGATTTAATATTCAATCAGGGATTAGTCGAGGCACTTATATTGATATAGGGGAAAAGCAACAATGTGCACACAATGGAGCAGTTGTTGGTCTGGCTTGTGAAGCTACAAACACCCTTTTAATAAGTGGAGGCTATAACGGAGACATTAAGGTTTGGGATTTCA
AGGGGCGTGGACTAAAGTTCCGATGGGAAATTGAGGTCCCATTAATTAAGATGGTATATCACCCAGGAAATGGTCTTCTAGCAACTGCAGCAGATGATAAGATTCTTCGTTTATTTGATGTCACTGCTATGCGACTTGTGCGTGTATTTATTGGGCACATGGACCGTGTCACTGATTTGTGTTTTAGTGGAGATGGGAAG
TGGCTATTGTCATCTAGTATGGATGGGACCATAAGAGTTTGGGATGTAATTTCATCTAAGCAACTGGATGCAATGCATGTGGATTCAGCTGTAACAGCACTGTCATTGTCACCGGGTATGGATATGCTGGCAACAACTCATGTTGGTCGCAATGGCATCTATCTCTGGGCAAATCGGATGATTTACTCGAAGGCTACTGA
CATTGAGCCTTTTATAAGTGGGAAGGAAGTTGTGAAGGTTTCTATGCCAACTGTGTCATCCAAAAGAAAATCTGAGGAAGGCGAAGAGAAAAGCATAGTTGTTGCAGACACAAACACCAATAAACCTGATATTTCTAGTAGCTCGACTAGGGATTCATATTCAGCTCAACTCATGCCTGAACTTGTGACCCTTGCAATGC
TTCCTAAAGCTCAGTGGCAAAGTCTTGTCAATTTAGACGTTATAAAGATGCGAAACAAACCCATTGAACCGCCCAAGAAGCCGGAGAAAGCTCCTTTCTTCTTGCCATCACTGCCTACACTCTCTGGAGAGAGGATTTTTATCCCTAGCTCTGTGAATGGTGATGGCAATCAAAATGAAACAGGAAATGATAAAACTGTT
ACCAAAGCGGGCAGTAAAAAACGGGGAGGAGAATCTTTATCATTTATGCAACTTTTACAATCCTGCTCAGAGATGAAAGATTTTACAACTTTCACGAATTATTTGAAGGGTTTATCCCCCTCAGCTGTTGATATGGAATTGCGGTTGCTTCAAATTGTGGATAATGAAAATATAACAGAAAGCGAACACAGTGTAGAACT
ACAAGGGATAGGAATGCTGCTGGATTACTTTGTAAATGAGGTGTCGTGCAATAATAATTTTGAGTTTGTTCAGGCTTTGATACGGCTATTTTTAAAGATACATGGTGAAACAATCCGATGCCAACAATATTTGCAGGAGAAGGCAAGGTGGCTACTTGAGATCCAAAGTTCTACATGGCAGAGGCTAGATACGGGCTTCC
AAAATGCAAGGTGTATGATTACATTTCTTAGCAGTTCTCAGTTTTGAACAATCATTTATTTTCAGTGCAGTTCATATGAAGGGAGAATTATGCGAGTTGGTTTCAACCTGTATGCCTATCCCTGCAAAGAATTGAGTGTAAATTGTCTGTTGCAACAAGGATAGAGCACTAAGTTCTTACTATGGCACATGTTATCAATC
TTTGAGGGCTTCGTCATGGGCATTCTTGCCCTCAAGTTGTACTTGTAGCTTGTTGAGTTACCAGTTTTGATCCTTTGATCTTTTGTGGGTTAGCTGAGAATAATAGCAAGGCTATTTTTGCTTCTCGTTTACCCCATTAATGTAAAATATGATATCATGTTGTGTACTATGTAACACATTCCAATGCAATTATTGATTTT
CAACTTCTTGTTACAATTTCAAGGAAAGTTTTAACACTAGTTTAGTTTTGACGAACCGCCTTCGTATTTTACCCTGTTGAAGCGTAGCAAAACATTGCTATAGAGGCAACAAAAGAGATTCTCGAATTTTTATTTGCTATAAACTGGAGCCAATGGCACTCACGAAGCATGGATGACATGATGGCGAAGATTTTTTTATA
GTTGGGGCAGCCGTTTGAAGTTTGAGAAATGACATGATGACCTCTTTATGGACAGCAAAAGATTTCATGTATGGAAAGGAAACACAGAATATAGATGAGGATTTCTAATGTAGTGTAGCAAATTTTGATTGAAAATGAGCAAAGTTGAATTGATGATTAATTGGAACTACGAAATTTGTTTGAATCCAATTGCAAATCTA
TTTGTAGTTGAGAAAATTGGTATGATGAAAAGATAAATGAGAGATATATCAGAAATAGAGGCAACTAAAGTCTTCAGGTACTGAGAATTCAGGATCAAGGGAACTCAATGAGAGTTCAAATCATGTATGTGAAGAATG
>TRINITY_DN129200_c1_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCTTTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCGCCTCCTATGTGTATAAGGTGGCTACATGGAGTGGACACAAGGCAAAAGTTGCATTGCTGCTTTCATTTGGGCAACATGT
TTTAAGTGTTGATTTAAACGGTTGCCTTTTTATATGGAGTGTTGCAGAAGTGGATCAAAATAAACCACCAATTGGACAAATACAACTAGGGGAGAAGTTTTCTCCAAGTTGTATTATGCATCCAGACACTTACCTAAACAAGGTCCTTATTGGGAGTGAAGAAGGTACCTTGCAACTTTGGAATGTGAATACGCAGAAAC
AACTTTATGAGTTTAAAGGCTGGGGATCTTCCATTCGATGCTGCGTCTCATCTCCGGCTCTAGATGTGGTTGGAATTGGTTGCTCAGATGGCAAAATCCATGTCCATAATTTACGATACGATGAAGAGGTAGTGACATTTACACATTCAACAAGAGGGGCTGTCACTGCTTTGGCTTTCAGGACGGATGGGCAACCTCTT
TTAGCAGCTGGAGGTTCCTCTGGGGTGATAAGTATATGGAATCTTGAAAAGAAAAGGCTGCAGTCTGTAATGAAAGATGCCCATGATTCTTCAGTATGTTCTCTTCATTTTTTTGCAAATGAGCCTGTCCTCATGAGTTCTGCAACAGATAATTCAATCAAGATGTGGATCTTTGACACAACTGATGGAGAAGCACGGCT
TTTGAAGTACAGAAGTGGCCATAGTGCACCTCCTATGTGTATAAGGTATTATGGGAAAGGGAGGCATATTTTATCTGCTGGGCAAGATCGAGCTTTCCGGATTTTCTCTGTTATACAGgtctgtgagttttttttccttcaaatttctattcacttcgtgttcattattctatggagggtcttcattttgatgtctcctg
tttactcttacttcctgttagcaatttttgtgccttgattatgggaccatgggttaactctttttatttggagtattggaaaattattttattaatggtgtctgttgttaaggatgtatccatatgttatttttttgagatacttgctgtggtatctataataaattgcagtgatgatatttaactttacatacaattcc
tatcagGATCAACAAAGTAGAGAGCTTTCACAGGGCCATGTTGGAAAACGAGCAAAGAAATTAAAACTGAAGGTTAGTCGATTCTACCATTTTCATTTTGTAGTTCTAGCAGGAAGCTTGACAATTTGCCTTCCTCCATTTTACGATGCTCTGAATGAATTCATTCATGTCCTCCTTTGCTTTTCCACAAATCTTCTATT
GTAGAATTGAGAATGATTTTGATTTGAGAATTACTTGTATAACTTAACATCTACATGGTGTGTTGAATGTGGTTGAGGCTATCATTTTTAACTGTAAGTTTGACTTCATGCAAGGAAACCCC