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Intron 1 GTAATATAAA ... ACCTCTGCAG

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>TRINITY_DN42071_c0_g2_i2 from sample A8 / Example spliced isoform
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TTTGGTTGAAAGTAATAAATATTCTGAAATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTT
TTTTATCTAATGTGAGAGAAAATGCAGCTAAAGGCAATTTAACTTCTTTGCAAAGCCAACTTCTCAAAATGTTGACTGGATCTGATGTGCTGATAGACAGTATTAATAAAGGTATAGAGGAGCTTAGAAAACATCTCTCATCTTGTAGTGTCTTAGCAGTTTTGGATGATGTAGATCACCGGGATCAGATTGATGCACTT
TTGCCAGGTCGAACTGATCTTCTCCCAAATAGCTTAATAGTGATTACATCTCGAGATAAAGGGGTGATCACAAACTCAGGAGTTGAGAACTCATCGATTTATCAGCTATCTGGGCTAAATAAACAACACTCCCTAGAGCTCTTCTGCGCATACGCCTTCACCCAGCCCTGGTAGATAAATTCTTAGAATTCTGTAGTGGA
TTGCCTTTATTTTTAAAGGTGTTTGGAGCACTTCTCTCTAGGAAAAATGACCAATCAGAATGGAAAGAGGTATTGGATAGACTTCAACAAGGTTTTCCCATAGAAAATAGCCTTCAAATTATTTACGACAGCCTAAATACGGAGGAACGGGAGATGTTCTTGGACTGTGCATGCTTTTTCAGAGGCCTAAAGAGGGATAG
TGCCATTAGAATATGGGATGGATCAGGCTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGC
GATTCCCTGTACCAACTATCCGAGGAATTAAGATGGTTCTTGGTGATGATGTCGATACATGTGGCGGTATTGATATGAGCACCTTGCAACTTCTTGATACCGAAAATTCGAGAAGGCCGATGCAGTTTCCAAGTCTCATATGGCTCCGCTGGAACAAGTGTCCCGATTCTTCCTTGGCTTCATGTATACTAGCGGAGAAT
TTAAGGGTTCTACAAGTATCCGGGAGCGAATTAAGAACATTGTGGGAAGACGAATCACAGTTGCGGGAGATAGAGATTAATGCTCCTCTCTCCAACATTCCAAAGTCGATAGGGCGGCTGAAGCACCTGGAACGCATTGTGGTCGGCAGTTTTTTATCAGGACGGGTTAATCTCACAGAATTGCCACAAGAATTTTGTGA
TCTGCAATCGTTGAAGGCCCTGGTGTTAGCAGGGTGCTCAAAAGTGAAGCTACTGCCAGATTCTTTTGGTGGTTTATTGAATCTCCAACACGTTGATCTCTCATTCTGCCGCAATTTGGAGAGTCTGCCATATTCTTTTGGTAAATTAAGGAATCTCCAACACCTCAATCTCTCAGAATGCCACGATTTGGAAAGGCTGC
CGGATTCCATTGGTGGTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGCTACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACATATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCAC
AATCTAGAGAAGCTGCCAGATTCCTTTGGTGATTTAATCAATCTCCAACACATCAATCTCTCAAATTGCTATGATTTGCAAAGTCTGACAGATTCCTTTGGTAATTTAACAAACCTAGAACACATCGATCTCTCAGGATGCCATAATTTGGAAAGGCTGCCAGATTCCTTCAGGAATTTAATCAAGCTTAAATATCTTGA
TGCGGAGGGTTGCTCTAATTTAACCATTGGAAAACATGAATTATCAGCACGCTTAGAGGTGGCACAACAAAAGTGCCTGGAACAACTAAATTTGAGTGATGAAGAGCATCAAAAGACGGAGACCAACCAAGGTATCTTAGGACAGCATAAGATCGTTCGCAATCAAGATCATAAAAAGACGAAGACCAACCGAGTTATCT
TAAGACAGCATGAGATCGTTCCCCAATCCACCGAGCTTGTCCCGATAGCTAATTCCTTCCGGGTTGGTCTACGTGTCGTATTAGGCCCCACGTCCACTTCCGTTATCCCGCCTTCCGTTTCCTTCCCGCCGCCGTTCTTCTCCCTTCCCGCCGCAGTTCCTCTCCCTTCAGCGGGTGCATGTCCATCAGGCATTAGGCAT
GCAATGGATGGATGGATCAGGCATCTTCGCAATCAAGATACTCGGGCAACAGATCCTAAAAAACCATGGTTATAGTAACCGTTGTAAACAAAGAATACAAGAAATTCGCGGCAAAAGTCACATGTTTACATGTGTTAAGTGTGATGATGTGTAATGGCTAAGAATTAAATGTTTAATGAATGAAAATGGTCGTATCTCAT
GGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATTTGTGATGTTGTCTAACTAC


>TRINITY_DN42071_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CTGACGCAAGGAAGATATGCTGAAGCCTTCAAAGTTCATGAACGGAAGGGGCGATTTGGCTCCATGACTATTGAAAACTGGAGAAAAGCACTTTCACGAGTTGCAGACATCACCGGTTTCGAGCTGGAGCCTGGCAATGGCGATGGGCTTGAGATGGAGCTGCTAGATAAGTTGGTTGAACGAATTCTGAGTCTGGAAGA
TTTGGTTGAAAGTAATAAATATTCTGAAATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTT
TTTTATCTAATGTGAGAGAAAATGCAGCTAAAGGCAATTTAACTTCTTTGCAAAGCCAACTTCTCAAAATGTTGACTGGATCTGATGTGCTGATAGACAGTATTAATAAAGGTATAGAGGAGCTTAGAAAACATCTCTCATCTTGTAGTGTCTTAGCAGTTTTGGATGATGTAGATCACCGGGATCAGATTGATGCACTT
TTGCCAGGTCGAACTGATCTTCTCCCAAATAGCTTAATAGTGATTACATCTCGAGATAAAGGGGTGATCACAAACTCAGGAGTTGAGAACTCATCGATTTATCAGCTATCTGGGCTAAATAAACAACACTCCCTAGAGCTCTTCTGCGCATACGCCTTCACCCAGCCCTGGTAGATAAATTCTTAGAATTCTGTAGTGGA
TTGCCTTTATTTTTAAAGGTGTTTGGAGCACTTCTCTCTAGGAAAAATGACCAATCAGAATGGAAAGAGGTATTGGATAGACTTCAACAAGGTTTTCCCATAGAAAATAGCCTTCAAATTATTTACGACAGCCTAAATACGGAGGAACGGGAGATGTTCTTGGACTGTGCATGCTTTTTCAGAGGCCTAAAGAGGGATAG
TGCCATTAGAATATGGGATGGATCAGGCTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGC
GATTCCCTGTACCAACTATCCGAGGAATTAAGATGGTTCTTGGTGATGATGTCGATACATGTGGCGGTATTGATATGAGCACCTTGCAACTTCTTGATACCGAAAATTCGAGAAGGCCGATGCAGTTTCCAAGTCTCATATGGCTCCGCTGGAACAAGTGTCCCGATTCTTCCTTGGCTTCATGTATACTAGCGGAGAAT
TTAAGGGTTCTACAAGTATCCGGGAGCGAATTAAGAACATTGTGGGAAGACGAATCACAGgtaatataaatccgttctgttaacgtttttgagtttatcgcaattaatattttagtatggcaccacatattgtaagaaggatacgaaagggttttgtaaagagaattgggattttgtaggcacctctgcagTTGCGGGAG
ATAGAGATTAATGCTCCTCTCTCCAACATTCCAAAGTCGATAGGGCGGCTGAAGCACCTGGAACGCATTGTGGTCGGCAGTTTTTTATCAGGACGGGTTAATCTCACAGAATTGCCACAAGAATTTTGTGATCTGCAATCGTTGAAGGCCCTGGTGTTAGCAGGGTGCTCAAAAGTGAAGCTACTGCCAGATTCTTTTGG
TGGTTTATTGAATCTCCAACACGTTGATCTCTCATTCTGCCGCAATTTGGAGAGTCTGCCATATTCTTTTGGTAAATTAAGGAATCTCCAACACCTCAATCTCTCAGAATGCCACGATTTGGAAAGGCTGCCGGATTCCATTGGTGGTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGC
TACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACATATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACAATCTAGAGAAGCTGCCAGATTCCTTTGGTGATTTAATCAATCTCCAACACATCAATCTCTCAAATTGC
TATGATTTGCAAAGTCTGACAGATTCCTTTGGTAATTTAACAAACCTAGAACACATCGATCTCTCAGGATGCCATAATTTGGAAAGGCTGCCAGATTCCTTCAGGAATTTAATCAAGCTTAAATATCTTGATGCGGAGGGTTGCTCTAATTTAACCATTGGAAAACATGAATTATCAGCACGCTTAGAGGTGGCACAACA
AAAGTGCCTGGAACAACTAAATTTGAGTGATGAAGAGCATCAAAAGACGGAGACCAACCAAGGTATCTTAGGACAGCATAAGATCGTTCGCAATCAAGATCATAAAAAGACGAAGACCAACCGAGTTATCTTAAGACAGCATGAGATCGTTCCCCAATCCACCGAGCTTGTCCCGATAGCTAATTCCTTCCGGGTTGGTC
TACGTGTCGTATTAGGCCCCACGTCCACTTCCGTTATCCCGCCTTCCGTTTCCTTCCCGCCGCCGTTCTTCTCCCTTCCCGCCGCAGTTCCTCTCCCTTCAGCGGGTGCATGTCCATCAGGCATTAGGCATGCAATGGATGGATGGATCAGGCATCTTCGCAATCAAGATACTCGGGCAACAGATCCTAAAAAACCATGG
TTATAGTAACCGTTGTAAACAAAGAATACAAGAAATTCGCGGCAAAAGTCACATGTTTACATGTGTTAAGTGTGATGATGTGTAATGGCTAAGAATTAAATGTTTAATGAATGAAAATGGTCGTATCTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGA
TTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATTTGTGATGTTGTCTAACTAC



Intron 2 GTAAATATAA ... GATTTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A829.032209
A926.2345116
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>TRINITY_DN38418_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform
CTCAAAAACCTGGAGAAGGGTGTAAGCTAAACGATGACGATTTGCACTGTTTAGCTTACTACCTGGTGAAGTCATGGTAGGCCACCACCACGCCAAGAAGAAAGAGAAGACGCGTAGAAAACTGACAGACAGATGGTCGGTCACTACCACACCCTTTAAAAAAGGGCGTAGGAACATGATTGACGGACCTCTTGCAAAGA
TTTAAAAAACGCGTAGCAACAACGCTGGACAGAGGGGAGGGCCCGGAGAACATTTCATTCTATTGACCGGTGGGTGGGATGAGAGCTAGCACAAAAGGAGGGGTAGAAGTCTTTTTGGGTATATACTTCTGCTGCCGGCATGCCGTCGTGCTGTTTCTTTTCAATTGCAATCGTCCCCGAATTTTATTGGGGTTTCTCTA
CTCATCCAACCCTTGCAATTTGCGTCCATAGCTTCGACCATCCTTCCAATTACCTCCCATTTCTAATTTTATTTTTCAATCGGCAATGGCTGCATCCTCCTCCACAGCTGTTCATTCCAGCAACATTCAGGGGCATCGCGTATTCATAAACCATTGCGAGGTCGATGTGCAACCCTTCGCGAAGTCTCTCTACCTTCGCC
TTCTCGGTAATGGAGTGTGTATTTCGGCGATTAATACCGCGTCAATCCTTGTGGCGATCTTCTCCCCTCCATATGCGGAATCAAATCGGTGCTTAGATGAACTCGTACTGATGTTGGAGTCAAAGGCTCGAATTATTCCAGTCTTTTACGGTGTCACGCCCGCAGAGGTTCGTCTGACGCAAGGAAGATATGCTGAAGCC
TTCAAAGTTCATGAACGGAAGGGGCGATTTGGCTCCATGACTATTGAAAACTGGAGAAAAGCACTTTCACGAGTTGCAGACATCACCGGTTTCGAGCTGGAGCCTGGCAATGGCGATGGGCTTGAGATGGAGCTGCTAGATAAGTTGGTTGAACGAATTCTGAGTCTGGAAGATTTGGTTGAAAGTAATAAATATTCTGA
AATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTTTTTTATCTAATGTGAGAGAAAATGCAG
CTAAAGGCAATTTAACTTCTTTGCAAAGCCAACTTCTCAAAATGTTGACTGGATCTGATGTGCTGATAGACAGTATTAATAAAGGTATAGAGGAGCTTAGAAAACATCTCTCATCTTGTAGTGTCTTAGCAGTTTTGGATGATGTAGATCACCGGGATCAGATTGATGCACTTTTGCCAGGTCGAACTGATCTTCTCCCA
AATAGCTTAATAGTGATTACATCTCGAGATAAAGGGGTGATCACAAACTCAGGAGTTGAGAACTCATCGATTTATCAGCTATCTGGGCTAAATAAACAACACTCCCTAGAGCTCTTCTGCGCATACGCCTTCACCCAGCCCTGGTAGATAAATTCTTAGAATTCTGTAGTGGATTGCCTTTATTTTTAAAGGTGTTTGGA
GCACTTCTCTCTAGGAAAAATGACCGATCAGAATGGAAAGAGGTATTGGATAGACTTCAACAAGGTTTTCCCATAGAAAATAGCCTTCAAATTATTTACGACAGCCTAAATACGGAGGAACGGGAGATGTTCTTGGACTGTGCATGCTTTTTCAGAGGCCTAAAGAGGGATACTGCCATTAGAATATGGGATGGATCAGG
CTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGCGATTCCCTGTACCAACTATCCGAGGAA
TTAAGATGGTTCTTGGTGATGATGTCGATACATGTGGCGGTATTGATATGAGCACCTTGCAACTTCTTGATACCGAAAATTCGAGAAGGCCGATGCAGTTTCCAAGTCTCATATGGCTCCGCTGGAACAAGTGTCCCGATTCTTCCTTGGCTTCATGTATACTAGCGGAGAATTTAAGGGTTCTACAAGTATCCGGGAGC
GAATTAAGAACATTGTGGGAAGACGAATCACAGGCACCTCTGCAGTTGCGGGAGATAGAGATTAATGCTCCTCTCTCCAACATTCCAAAGTCGATAGGGCGGCTGAAGCACCTGGAACGCATTGTGGTCGGCAGTTTTTTATCAGGACGGGTTAATCTCACAGAATTGCCACAAGAATTTTGTGATCTGCAATCGTTGAA
GGCCCTGGTGTTAGCAGGGTGCTCAAAAGTGAAGCTACTGCCAGATTCTTTTGGTGGTTTATTGAATCTCCAACACGTTGATCTCTCATTCTGCCGCAATTTGGAGAGTCTGCCATATTCTTTTGGTAAATTAAGGAATCTCCAACACCTCAATCTCTCAGAATGCCACGATTTGGAAAGGCTGCCGGATTCCATTGGTG
GTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGCTACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACATATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACGATTTGGGGGAGCTG
CCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACAATCTAGAGAAGCTGCCAGATTCCTTTGGTGATTTAATCAATCTCCAACACATCAATCTCTCAAATTGCTATGATTTGCAAAGTCTGACAGATTCCTTTGGTAATTTAACAAACCTAGAACACATCGATCTCTCAGGATGCCA
TAATTTGGAAAGGCTGCCAGATTCCTTCAGGAATTTAATCAAGCTTAAATATCTTGATGCGGAGGGTTGCTCTAATTTAACCATTGGAAAACATGAATTATCAGCACGCTTAGAGGTGGCACAACAAAAGTGCCTGGAACAACTAAATTTGAGTGATGAAGAGCATCAAAAGACGGAGACCAACCAAGGTATCTTAGGAC
AGCATAAGATCGTTCGCAATCAAGATCATAAAAAGACGAAGACCAACCGAGTTATCTTAAGACAGCATGAGATCGTTCCCCAATCCACCGAGCTTGTCCCGATAGCTAATTCCTTCCGGGTTGGTCTACGTGTCGTATTAGGCCCCACGTCCACTTCCGTTATCCCGCCTTCCGTTTCCTTCCCGCCGCCGTTCTTCTCC
CTTCCCGCCGCAGTTCCTCTCCCTTCAGCGGGTGCATGTCCATCAGGCATTAGGCATGCAATGGATGGATGGATCAGGCATCTTCGCAATCAAGATACTCGGGCAACAGATCCTAAAAAACCATGGTTATAGTAACCGTTGTAAACAAAGAATACAAGAAATTCGCGGCAAAAGTCACATGTTTACATGTGTTAAGTGTG
ATGATGTGTAATGGCTAAGAATTAAATGTTTAATGAATGAAAATGGTCGTATCTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGATTTTAGACTGA
GA


>TRINITY_DN38418_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:
ATTGTGGGAAGACGAATCACAGgtaaatataaatccgttctgttaacgtttttgagtttatcgcaattaatattttagtatggcaccacatagtgtaagaaggatacgaaagggttttgtaaagagaattgggattttgtagGCACCTCTGCAGTTGCGGGAGATAGAGATTAATGCTCCTCTCTCCAACATTCCAAAGT
CGATAGGGCGGCTGAAGCACCTGGAACGCATTGTGGTCGGCAGTTTTTTATCAGGACGGGTTAATCTCACAGAATTGCCACAAGAATTTTGTGATCTGCAATCGTTGAAGGCCCTGGTGTTAGCAGGGTGCTCAAAAGTGAAGCTACTGCCAGATTCTTTTGGTGGTTTATTGAATCTCCAACACGTTGATCTCTCATTC
TGCCGCAATTTGGAGAGTCTGCCATATTCTTTTGGTAAATTAAGGAATCTCCAACACCTCAATCTCTCAGAATGCCACGATTTGGAAAGGCTGCCGGATTCCATTGGTGGTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGCTACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACA
TATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACAATCTAGAGAAGCTGCCAGATTCCTTTGGTGATT
TAATCAATCTCCAACACATCAATCTCTCAAATTGCTATGATTTGCAAAGTCTGACAGATTCCTTTGGTAATTTAACAAACCTAGAACACATCGATCTCTCAGGATGCCATAATTTGGAAAGGCTGCCAGATTCCTTCAGGAATTTAATCAAGCTTAAATATCTTGATGCGGAGGGTTGCTCTAATTTAACCATTGGAAAA
CATGAATTATCAGCACGCTTAGAGGTGGCACAACAAAAGTGCCTGGAACAACTAAATTTGAGTGATGAAGAGCATCAAAAGACGGAGACCAACCAAGGTATCTTAGGACAGCATAAGATCGTTCGCAATCAAGATCATAAAAAGACGAAGACCAACCGAGTTATCTTAAGACAGCATGAGATCGTTCCCCAATCCACCGA
GCTTGTCCCGATAGCTAATTCCTTCCGGGTTGGTCTACGTGTCGTATTAGGCCCCACGTCCACTTCCGTTATCCCGCCTTCCGTTTCCTTCCCGCCGCCGTTCTTCTCCCTTCCCGCCGCAGTTCCTCTCCCTTCAGCGGGTGCATGTCCATCAGGCATTAGGCATGCAATGGATGGATGGATCAGGCATCTTCGCAATC
AAGATACTCGGGCAACAGATCCTAAAAAACCATGGTTATAGTAACCGTTGTAAACAAAGAATACAAGAAATTCGCGGCAAAAGTCACATGTTTACATGTGTTAAGTGTGATGATGTGTAATGGCTAAGAATTAAATGTTTAATGAATGAAAATGGTCGTATCTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCA
TTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGATTTTAGACTGAGA



Intron 3 GTAATATAAA ... GATTTTGTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.32714
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A925.62451516
A1029.87271013



>TRINITY_DN42071_c0_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoform
CTGACGCAAGGAAGATATGCTGAAGCCTTCAAAGTTCATGAACGGAAGGGGCGATTTGGCTCCATGACTATTGAAAACTGGAGAAAAGCACTTTCACGAGTTGCAGACATCACCGGTTTCGAGCTGGAGCCTGGCAATGGCGATGGGCTTGAGATGGAGCTGCTAGATAAGTTGGTTGAACGAATTCTGAGTCTGGAAGA
TTTGGTTGAAAGTAATAAATATTCTGAAATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTT
TTTTATCTAATGTGAGAGAAAATGCAGCTAAAGGCAATTTAACTTCTTTGCAAAGCCAACTTCTCAAAATGTTGACTGGATCTGATGTGCTGATAGACAGTATTAATAAAGGTATAGAGGAGCTTAGAAAACATCTCTCATCTTGTAGTGTCTTAGCAGTTTTGGATGATGTAGATCACCGGGATCAGATTGATGCACTT
TTGCCAGGTCGAACTGATCTTCTCCCAAATAGCTTAATAGTGATTACATCTCGAGATAAAGGGGTGATCACAAACTCAGGAGTTGAGAACTCATCGATTTATCAGCTATCTGGGCTAAATAAACAACACTCCCTAGAGCTCTTCTGCGCATACGCCTTCACCCAGCCCTGGTAGATAAATTCTTAGAATTCTGTAGTGGA
TTGCCTTTATTTTTAAAGGTGTTTGGAGCACTTCTCTCTAGGAAAAATGACCAATCAGAATGGAAAGAGGTATTGGATAGACTTCAACAAGGTTTTCCCATAGAAAATAGCCTTCAAATTATTTACGACAGCCTAAATACGGAGGAACGGGAGATGTTCTTGGACTGTGCATGCTTTTTCAGAGGCCTAAAGAGGGATAG
TGCCATTAGAATATGGGATGGATCAGGCTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGC
GATTCCCTGTACCAACTATCCGAGGAATTAAGATGGTTCTTGGTGATGATGTCGATACATGTGGCGGTATTGATATGAGCACCTTGCAACTTCTTGATACCGAAAATTCGAGAAGGCCGATGCAGTTTCCAAGTCTCATATGGCTCCGCTGGAACAAGTGTCCCGATTCTTCCTTGGCTTCATGTATACTAGCGGAGAAT
TTAAGGGTTCTACAAGTATCCGGGAGCGAATTAAGAACATTGTGGGAAGACGAATCACAGGCACCTCTGCAGTTGCGGGAGATAGAGATTAATGCTCCTCTCTCCAACATTCCAAAGTCGATAGGGCGGCTGAAGCACCTGGAACGCATTGTGGTCGGCAGTTTTTTATCAGGACGGGTTAATCTCACAGAATTGCCACA
AGAATTTTGTGATCTGCAATCGTTGAAGGCCCTGGTGTTAGCAGGGTGCTCAAAAGTGAAGCTACTGCCAGATTCTTTTGGTGGTTTATTGAATCTCCAACACGTTGATCTCTCATTCTGCCGCAATTTGGAGAGTCTGCCATATTCTTTTGGTAAATTAAGGAATCTCCAACACCTCAATCTCTCAGAATGCCACGATT
TGGAAAGGCTGCCGGATTCCATTGGTGGTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGCTACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACATATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTG
CAGGGGTGCCACAATCTAGAGAAGCTGCCAGATTCCTTTGGTGATTTAATCAATCTCCAACACATCAATCTCTCAAATTGCTATGATTTGCAAAGTCTGACAGATTCCTTTGGTAATTTAACAAACCTAGAACACATCGATCTCTCAGGATGCCATAATTTGGAAAGGCTGCCAGATTCCTTCAGGAATTTAATCAAGCT
TAAATATCTTGATGCGGAGGGTTGCTCTAATTTAACCATTGGAAAACATGAATTATCAGCACGCTTAGAGGTGGCACAACAAAAGTGCCTGGAACAACTAAATTTGAGTGATGAAGAGCATCAAAAGACGGAGACCAACCAAGGTATCTTAGGACAGCATAAGATCGTTCGCAATCAAGATCATAAAAAGACGAAGACCA
ACCGAGTTATCTTAAGACAGCATGAGATCGTTCCCCAATCCACCGAGCTTGTCCCGATAGCTAATTCCTTCCGGGTTGGTCTACGTGTCGTATTAGGCCCCACGTCCACTTCCGTTATCCCGCCTTCCGTTTCCTTCCCGCCGCCGTTCTTCTCCCTTCCCGCCGCAGTTCCTCTCCCTTCAGCGGGTGCATGTCCATCA
GGCATTAGGCATGCAATGGATGGATGGATCAGGCATCTTCGCAATCAAGATACTCGGGCAACAGATCCTAAAAAACCATGGTTATAGTAACCGTTGTAAACAAAGAATACAAGAAATTCGCGGCAAAAGTCACATGTTTACATGTGTTAAGTGTGATGATGTGTAATGGCTAAGAATTAAATGTTTAATGAATGAAAATG
GTCGTATCTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATTTGTGATGTTGTCTAACTAC


>TRINITY_DN42071_c0_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:
CTGACGCAAGGAAGATATGCTGAAGCCTTCAAAGTTCATGAACGGAAGGGGCGATTTGGCTCCATGACTATTGAAAACTGGAGAAAAGCACTTTCACGAGTTGCAGACATCACCGGTTTCGAGCTGGAGCCTGGCAATGGCGATGGGCTTGAGATGGAGCTGCTAGATAAGTTGGTTGAACGAATTCTGAGTCTGGAAGA
TTTGGTTGAAAGTAATAAATATTCTGAAATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTT
TTTTATCTAATGTGAGAGAAAATGCAGCTAAAGGCAATTTAACTTCTTTGCAAAGCCAACTTCTCAAAATGTTGACTGGATCTGATGTGCTGATAGACAGTATTAATAAAGGTATAGAGGAGCTTAGAAAACATCTCTCATCTTGTAGTGTCTTAGCAGTTTTGGATGATGTAGATCACCGGGATCAGATTGATGCACTT
TTGCCAGGTCGAACTGATCTTCTCCCAAATAGCTTAATAGTGATTACATCTCGAGATAAAGGGGTGATCACAAACTCAGGAGTTGAGAACTCATCGATTTATCAGCTATCTGGGCTAAATAAACAACACTCCCTAGAGCTCTTCTGCGCATACGCCTTCACCCAGCCCTGGTAGATAAATTCTTAGAATTCTGTAGTGGA
TTGCCTTTATTTTTAAAGGTGTTTGGAGCACTTCTCTCTAGGAAAAATGACCAATCAGAATGGAAAGAGGTATTGGATAGACTTCAACAAGGTTTTCCCATAGAAAATAGCCTTCAAATTATTTACGACAGCCTAAATACGGAGGAACGGGAGATGTTCTTGGACTGTGCATGCTTTTTCAGAGGCCTAAAGAGGGATAG
TGCCATTAGAATATGGGATGGATCAGGCTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGC
GATTCCCTGTACCAACTATCCGAGGAATTAAGATGGTTCTTGGTGATGATGTCGATACATGTGGCGGTATTGATATGAGCACCTTGCAACTTCTTGATACCGAAAATTCGAGAAGGCCGATGCAGTTTCCAAGTCTCATATGGCTCCGCTGGAACAAGTGTCCCGATTCTTCCTTGGCTTCATGTATACTAGCGGAGAAT
TTAAGGGTTCTACAAGTATCCGGGAGCGAATTAAGAACATTGTGGGAAGACGAATCACAGgtaatataaatccgttctgttaacgtttttgagtttatcgcaattaatattttagtatggcaccacatattgtaagaaggatacgaaagggttttgtaaagagaattgggattttgtagGCACCTCTGCAGTTGCGGGAG
ATAGAGATTAATGCTCCTCTCTCCAACATTCCAAAGTCGATAGGGCGGCTGAAGCACCTGGAACGCATTGTGGTCGGCAGTTTTTTATCAGGACGGGTTAATCTCACAGAATTGCCACAAGAATTTTGTGATCTGCAATCGTTGAAGGCCCTGGTGTTAGCAGGGTGCTCAAAAGTGAAGCTACTGCCAGATTCTTTTGG
TGGTTTATTGAATCTCCAACACGTTGATCTCTCATTCTGCCGCAATTTGGAGAGTCTGCCATATTCTTTTGGTAAATTAAGGAATCTCCAACACCTCAATCTCTCAGAATGCCACGATTTGGAAAGGCTGCCGGATTCCATTGGTGGTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGC
TACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACATATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACAATCTAGAGAAGCTGCCAGATTCCTTTGGTGATTTAATCAATCTCCAACACATCAATCTCTCAAATTGC
TATGATTTGCAAAGTCTGACAGATTCCTTTGGTAATTTAACAAACCTAGAACACATCGATCTCTCAGGATGCCATAATTTGGAAAGGCTGCCAGATTCCTTCAGGAATTTAATCAAGCTTAAATATCTTGATGCGGAGGGTTGCTCTAATTTAACCATTGGAAAACATGAATTATCAGCACGCTTAGAGGTGGCACAACA
AAAGTGCCTGGAACAACTAAATTTGAGTGATGAAGAGCATCAAAAGACGGAGACCAACCAAGGTATCTTAGGACAGCATAAGATCGTTCGCAATCAAGATCATAAAAAGACGAAGACCAACCGAGTTATCTTAAGACAGCATGAGATCGTTCCCCAATCCACCGAGCTTGTCCCGATAGCTAATTCCTTCCGGGTTGGTC
TACGTGTCGTATTAGGCCCCACGTCCACTTCCGTTATCCCGCCTTCCGTTTCCTTCCCGCCGCCGTTCTTCTCCCTTCCCGCCGCAGTTCCTCTCCCTTCAGCGGGTGCATGTCCATCAGGCATTAGGCATGCAATGGATGGATGGATCAGGCATCTTCGCAATCAAGATACTCGGGCAACAGATCCTAAAAAACCATGG
TTATAGTAACCGTTGTAAACAAAGAATACAAGAAATTCGCGGCAAAAGTCACATGTTTACATGTGTTAAGTGTGATGATGTGTAATGGCTAAGAATTAAATGTTTAATGAATGAAAATGGTCGTATCTCATGGAGGATTTTAGACTGAGAAATTTGTTGCGTTCATTAATATTTTGCCAACATACTGTGTTCATGGAGGA
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Intron 4 GTAAGTGCTC ... TATTTATCAG

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>TRINITY_DN116775_c3_g3_i1 from sample A3 / Example spliced isoform
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AAAGATTTAAAAAACGCGTAGCAACAACGCTGGACAGAGGGGAGGGCCCGGAGAACATTTCATTCTATTGACCGGTGGGTGGGATGAGAGCTAGCACAAAAGGAGGGGTAGAAGTCTTTTTGGGTATATACTTCTGCTGCCGGCATGCCGTCGTGCTGTTTCTTTTCAATTGCAATCGTCCCCGAATTTTATTGGGGTTT
CTCTACTCATCCAACCCTTGCAATTTGCGTCCATAGCTTCGACCATCCTTCCAATTACCTCCCATTTCTAATTTTATTTTTCAATCGGCAATGGCTGCATCCTCCTCCACAGCTGTTCATTCCAGCAACATTCAGGGGCATCGCGTATTCATAAACCATTGCGAGGTCGATGTGCAACCCTTCGCGAAGTCTCTCTACCT
TCGCCTTCTCGGTAATGGAGTGTGTATTTCGGCGATTAATACCGCGTCAATCCTTGTGGCGATCTTCTCCCCTCCATATGCGGAATCAAATCGGTGCTTAGATGAACTCGTACTGATGTTGGAGTCAAAGGCTCGAATTATTCCAGTCTTTTACGGTGTCACGCCCGCAGAGGTTCGTCTGACGCAAGGAAGATATGCTG
AAGCCTTCAAAGTTCATGAACGGAAGGGGCGATTTGGCTCCATGACTATTGAAAACTGGAGAAAAGCACTTTCACGAGTTGCAGACATCACCGGTTTCGAGCTGGAGCCTGGCAATGGCGATGGGCTTGAGATGGAGCTGCTAGATAAGTTGGTTGAACGAATTCTGAGTCTGGAAGATTTGGTTGAAAGTAATAAATAT
TCTGAAATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTTTTTTATCTAATGTGAGAGAAAA
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TCAGGCTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGCGATTCCCTGTACCAACTATCCG
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TGGTGGTTTAAGGCGCATCCGACACATCGATCTGCGGGGCTGTCATAATTTGAAGAGGCTACCAATTTCTTTTGGTTATTTAAGCGGCCTCGTACATATAAATCTCTCAGGTTGCCACGATTTGGGGGAGCTGCCTGATTCCTTCTGTTTTTTAGGATACCTCCAACACATTGATCTGCAGGGGTGCCACAATCTAGAGA
AGCTGCC


>TRINITY_DN116775_c3_g3_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TGCATCTCAAAAACCTGGAGAAGGGTGTAAGCTAAACGATGACGATTTGCACTGTTTAGCTTACTACCTGGTGAAGTCATGGTAGGCCACCACCACGCCAAGAAGAAAGAGAAGACGCGTAGAAAACTGACAGACAGATGGTCGGTCACTACCACACCCTTTAAAAAAGGGCGTAGGAACATGATTGACGGACCTCTTGC
AAAGATTTAAAAAACGCGTAGCAACAACGCTGGACAGAGGGGAGGGCCCGGAGAACATTTCATTCTATTGACCGGTGGGTGGGATGAGAGCTAGCACAAAAGGAGGGGTAGAAGTCTTTTTGGGTATATACTTCTGCTGCCGGCATGCCGTCGTGCTGTTTCTTTTCAATTGCAATCGTCCCCGAATTTTATTGGGGTTT
CTCTACTCATCCAACCCTTGCAATTTGCGTCCATAGCTTCGACCATCCTTCCAATTACCTCCCATTTCTAATTTTATTTTTCAATCGGCAATGGCTGCATCCTCCTCCACAGCTGTTCATTCCAGCAACATTCAGGGGCATCGCGTATTCATAAACCATTGCGAGGTCGATGTGCAACCCTTCGCGAAGTCTCTCTACCT
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TCTGAAATGATAGGTTTGGATGAAAACGTGGAGGATTTTGAAAGAACAATTTTTTCGGAGCATCGCGGAAGGGCAAAACCTCAAGTCGTCGGGATTGTTGGGGTCGGCGGTGTAGGAAAAACAACCCTGGCAAAAGAATTCTTCGACAGGAAGATGTCACATAACATGAAATCCTGTTTTTTATCTAATGTGAGAGAAAA
TGCAGCTAAAGGCAATTTAACTTCTTTGCAAAGCCAACTTCTCAAAATGTTGACTGGATCTGATGTGCTGATAGACAGTATTAATAAAGGTATAGAGGAGCTTAGAAAACATCTCTCATCTTGTAGTGTCTTAGCAGTTTTGGATGATGTAGATCACCGGGATCAGATTGATGCACTTTTGCCAGGTCGAACTGATCTTC
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TCAGGCTGGGAAGGTCATTTGGGATTCCAAACTCTACAGAACAGATGTCTTTTGGAAGTGGACATGGAAAATAATATACAGATGCATGACCACCTTAGGGATTTTGGAAGAGCTCTTGCTGTGACTATGTTGCCTCTTCGTCTTTGGCACTGTACCGATATCAATGATAGTTTGAAGCGATTCCCTgtaagtgctcaatc
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