sp|Q8L7A0|TAUE3_ARATH ----> Sulfite exporter TauE/SafE family protein 3
Intron 1 GTAAGTTTCT ... ATTGTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 42.86 | 2 | 1 | 2 |
| A2 | 0 | 6 | 0 | 0 |
| A3 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A4 | 50 | 1 | 1 | 1 |
| A5 | -1 | 0 | 0 | 0 |
| A6 | 13.33 | 13 | 0 | 4 |
| A7 | 4 | 12 | 0 | 1 |
| A8 | 33.33 | 3 | 1 | 2 |
| A9 | 100 | 0 | 3 | 0 |
| A10 | 23.08 | 20 | 3 | 9 |
>TRINITY_DN43769_c0_g1_i9 from sample A8 / Example spliced isoformCACGTGCGATGACTGTGACGGGTCTTATCGCGAAGTCGGAATATTTACGATTTCACAGCTACAATGACTGGATTCAGGCGGACCAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGAC
CGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTATTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGGTTTTTAATAGCTCCTTTCAGCATTTCGAGCTCTTTTTTATTTTTCTTGGCAAAGTTAGGGTCAATCCAAGTATTTTGAATAAATTTGAGCTATTTTGAGCTAAATGTGATCAAATAAGAGGCGAAAGACTTTGC
GCATTTTTATAACTAAGATCTGGCGGAATTGGAGTAATTTGCAACATTTGTGGAAGATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGATCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCCGTACCACGGTTAGTCTTGAACTTGCTTGCATTGTGTTATCCGCGCAAGTT
TTGTCAATTTCTGATAAATAACTCGGTTTGCAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTAGTGGAAAAGACGCAAAGTATGAACCTTCTGTAAATGTGATGAATCAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACTGTGTAAGGAATCTGAATTTTAGCCCTGAAGAATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAA
ATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAAGTTCGGCAGAAAGAATATTTCTGGATGGGGATAACGCTTCGTCTTATTCGGAGAGAAGTTTGGAGAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGAG
TCAGAGTATCATCATGTTTGGCCTAAGCTGTTTGAAGTATTATATGATGGTTGAGCTGTCGTATTTGGTTGGTTGCACAGGCAATGAAATTTGGGTGGGGAATAGTCATTGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATT
ATTGGATTTGATGCCGAAACATCCAGTGCAGATAGTAAACAGGGCAGCTCGCATACC
>TRINITY_DN43769_c0_g1_i6 from sample A8 / Example unspliced isoform:AAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGAGTCAGAGTATCATCATGTTTGGCCTgtaagtttctgattgcagagctattagatttatgtagtgacatttgttttttaatttctttctgtgctctgttaagaaatttaaagatcctgtccttctcattttagagcatctctatcatcgaccagagcggatttatttta
ctatagcttttaactgtttgaggatcactgagtagggaaaagattatgtactacatttggctcgctgatttgatttaaaattaactgctattataatttttttctttgtcgaaaacagaaaaacagaacaagctacttatttagcctcttttgaatcaaaatccatgtatctgactaccttgatctgcttaattgtctca
gAAGCTGTTTGAAGTATTATATGATGGTTGAGCTGTCGTATTTGGTTGGTTGCACAGGCAATGAAATTTGGGTGGGGAATAGTCATTGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCGAAACATC
CAGTGCAGATAGTAAACAGGGCAGCTCGCATACC
Intron 2 GTTTTTAATA ... TTTGTGGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.58 | 70 | 89 | 101 |
| A2 | 49.61 | 96 | 84 | 105 |
| A3 | 54.99 | 79 | 91 | 102 |
| A4 | 48.99 | 88 | 76 | 93 |
| A5 | 48.33 | 62 | 42 | 74 |
| A6 | 42.25 | 82 | 55 | 65 |
| A7 | 45.64 | 131 | 91 | 129 |
| A8 | 40.63 | 38 | 25 | 27 |
| A9 | 42.29 | 116 | 60 | 110 |
| A10 | 40.08 | 157 | 86 | 124 |
>TRINITY_DN42365_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoformCGCGAAGTCGGAATATTTACGATTTCACAGCTACAATGACTGGATTCAGGCGGACCAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTA
TTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGATCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCTGAAGCATGGTTAGTCTTGAACTTGCTTGCATTGTGTTATCCGTGCAAGTTTTGCTAATTTCTGATAAAT
AACTCGGTTTGCAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATC
AAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTGGAGGGCAACACGCTTAAACATCATGTGCTCAAAG
TTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACA
GCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGAT
CATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAA
ATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTA
AGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACA
GGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTC
TGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTG
ATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACG
GAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGA
>TRINITY_DN42365_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATTATTCCAAACGTAAACTTTATTAAACTTTCACATACTAATCGCACGGATTCCACAGCGTCGCGTGTACAGACTTCAACTACCTTAAGCAACACGTAGCAGTCATCAAAGAACTAAAAACCTGGAGACCTTACGAGCAGCCTTACGATCTTTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAAGCTTCTCGGAGGCATGCTA
TTCAGCTTGTTTGGACGAAATCCAAGCCAGATTTGAGgtttttaatagctgctttcagcattttgagctctttttatttttcttcgcaaagttagggtcaatccaagtattttgaataaatttgagctattttgagctaaatgtgatcaaataagaggcgaaagactttgcgcatttttataactaagatctggcggaat
tggagtaatttgcaatatttgtggaagATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGATCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCTGAAGCATGGTTAGTCTTGAACTTGCTTGCATTGTGTTATCCGTGCAAGTTTTGCTAATTTCTGATAAATAACTCGGTTT
GCAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTC
GGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTGGAGGGCAACACGCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTT
CCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCA
AGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTC
CTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAG
TAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTAAGCTTGTATG
AAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGT
GCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGT
GATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCT
CCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTT
TTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGA
Intron 3 GTACTTTCTT ... TTTAATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.18 | 216 | 30 | 66 |
| A2 | 14.86 | 192 | 24 | 43 |
| A3 | 14.29 | 186 | 24 | 38 |
| A4 | 17.09 | 228 | 36 | 58 |
| A5 | 18.01 | 66 | 10 | 19 |
| A6 | 14.99 | 309 | 38 | 71 |
| A7 | 15.82 | 439 | 70 | 95 |
| A8 | 16.06 | 277 | 37 | 69 |
| A9 | 13.25 | 396 | 56 | 65 |
| A10 | 11.42 | 446 | 51 | 64 |
>TRINITY_DN43769_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoformCACGTGCGATGACTGTGACGGGTCTTATCGCGAAGTCGGAATATTTACGATTTCACAGCTACAATGACTGGATTCAGGCGGACCAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGAC
CGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTATTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCT
GCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGA
AAATAGTAGATCCTGTGGAGGGCAACACGCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATA
TTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGG
AGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATT
TCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCT
GCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTTAGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGG
AGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAG
TTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGA
TAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGT
CAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGT
TATGCTGGAATGGTATTCAACATAAATATGAAATTATTCAATTGTAATTCATATATTATGAGACAGTCCAAGTTTTTGCTTGTGAGATGTTGG
>TRINITY_DN43769_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:TGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTCCTAGGT
ACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGgtactttcttattgtcttattatgcctctattgcatggagttattgtgtggttttcgatttatttctattgcaaatgttcatatt
ctttgcatttaatacagAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTAT
TGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTTAGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTC
TTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGT
CTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATG
TTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGT
ATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATC
AGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGAATGGTATTCAACATAAATATGAAATTATTCAATTGTAATTCATATATTATGAGACAGTCCAAGTTTTTGCTTGTGAGATGTTGG
Intron 4 GTTTTTAATA ... CGGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.47 | 160 | 172 | 129 |
| A2 | 47.18 | 159 | 165 | 119 |
| A3 | 42.86 | 182 | 175 | 98 |
| A4 | 41.53 | 207 | 162 | 132 |
| A5 | 44.02 | 103 | 105 | 57 |
| A6 | 40.18 | 131 | 120 | 56 |
| A7 | 41.39 | 245 | 201 | 145 |
| A8 | 44.89 | 62 | 61 | 40 |
| A9 | 39.92 | 213 | 157 | 126 |
| A10 | 43.55 | 232 | 218 | 140 |
>TRINITY_DN118132_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTATTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGCAGGGCATTTACAGTATTT
GATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCT
TGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTCGAGGGCAACACTCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAG
AATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCG
GGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATT
TTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGG
ATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTTAGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGA
ACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGAC
GTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACAT
TAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAAT
AGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCAC
ACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCA
>TRINITY_DN118132_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTATTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGgtttttaatagctcctttc
agcatttcgagctcttttttatttttcttggcaaagttagggtcaatccaagtattttgaataaatttgagctattttgagctaaatgtgatcaaataagaggcgaaagactttgcgcatttttataactaagatctggcggaattggagtaatttgcaatatttgtggaagataatactggaaatttgacggaattaga
tcacatttaagcagaggtcctgcaaatctggcctgatagtgatatatcattccgtgaaagctttctgaagcatggttagtcttgaacttgcttgcattgtgttatccgtgcaagttttgctaatttctgataaataactcggtttgcagCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAA
ACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCC
TCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTCGAGGGCAACACTCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTT
GGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCAAGTGTAAGAAGACATGTTTAGAAAAGAATGGCCGAGATATTCGCTTATTTCTTTG
ATTTTTTCCTAATGAG
Intron 5 GTTAGTCTTG ... CGGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.23 | 124.4 | 84.9 | 129 |
| A2 | 44.98 | 141.2 | 111.8 | 119 |
| A3 | 37.12 | 128.7 | 54 | 98 |
| A4 | 45.17 | 120.9 | 67.1 | 132 |
| A5 | 42.56 | 74.3 | 53 | 57 |
| A6 | 41.4 | 75.3 | 50.4 | 56 |
| A7 | 45.77 | 158.9 | 123.3 | 145 |
| A8 | 44.45 | 39.4 | 23.1 | 40 |
| A9 | 43.75 | 139.2 | 90.6 | 126 |
| A10 | 44.14 | 164 | 119.1 | 140 |
>TRINITY_DN118132_c0_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTATTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGGTTTTTAATAGCTCCTTTC
AGCATTTCGAGCTCTTTTTTATTTTTCTTGGCAAAGTTAGGGTCAATCCAAGTATTTTGAATAAATTTGAGCTATTTTGAGCTAAATGTGATCAAATAAGAGGCGAAAGACTTTGCGCATTTTTATAACTAAGATCTGGCGGAATTGGAGTAATTTGCAATATTTGTGGAAGATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGA
TCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCTGAAGCATGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCT
GAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAA
GTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTCGAGGGCAACACTCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGG
GGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTAT
TAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGG
AAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACG
ACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTTAGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACT
TGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTC
AGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGAT
TGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCA
TGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCA
>TRINITY_DN118132_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTATTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGGTTTTTAATAGCTCCTTTC
AGCATTTCGAGCTCTTTTTTATTTTTCTTGGCAAAGTTAGGGTCAATCCAAGTATTTTGAATAAATTTGAGCTATTTTGAGCTAAATGTGATCAAATAAGAGGCGAAAGACTTTGCGCATTTTTATAACTAAGATCTGGCGGAATTGGAGTAATTTGCAATATTTGTGGAAGATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGA
TCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCTGAAGCATGgttagtcttgaacttgcttgcattgtgttatccgtgcaagttttgctaatttctgataaataactcggtttgcagCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAA
ACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCC
TCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTCGAGGGCAACACTCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTT
GGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAA
GCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGA
CTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGT
TGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTTAGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGG
AGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACT
ATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAAC
GAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGA
GTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGC
TTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCA
Intron 6 GTTTTTAATA ... TTTGTGGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.39 | 75.3 | 172 | 100 |
| A2 | 58.12 | 96.8 | 165 | 103.5 |
| A3 | 59.13 | 97 | 175 | 104.3 |
| A4 | 59.35 | 87.3 | 162 | 92.8 |
| A5 | 58.97 | 62 | 105 | 73.3 |
| A6 | 53.7 | 79 | 120 | 63.3 |
| A7 | 52.58 | 149.8 | 201 | 130.3 |
| A8 | 53.17 | 38.8 | 61 | 27 |
| A9 | 51.93 | 124.3 | 157 | 111.3 |
| A10 | 51.98 | 157.8 | 218 | 123.5 |
>TRINITY_DN42365_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoformCGCGAAGTCGGAATATTTACGATTTCACAGCTACAATGACTGGATTCAGGCGGACCAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTA
TTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGATCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCTGAAGCATGGTTAGTCTTGAACTTGCTTGCATTGTGTTATCCGTGCAAGTTTTGCTAATTTCTGATAAAT
AACTCGGTTTGCAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATC
AAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTGGAGGGCAACACGCTTAAACATCATGTGCTCAAAG
TTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACA
GCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGAT
CATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAA
ATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTA
AGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACA
GGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTC
TGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTG
ATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACG
GAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGA
>TRINITY_DN42365_c0_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:CGCGAAGTCGGAATATTTACGATTTCACAGCTACAATGACTGGATTCAGGCGGACCAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTA
TTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGgtttttaatagctcctttcagcatttcgagctcttttttatttttcttggcaaagttagggtcaatccaagtattttgaataaatttgagctattttgagctaaatgtgatcaaataagaggcgaaagactttgcgcatttttataactaagatctggctgaa
ttggagtaatttgcaacatttgtggaagATAATACTGGAAATTTGACGGAATTAGATCACATTTAAGCAGAGGTCCTGCAAATCTGGCCTGATAGTGATATATCATTCCGTGAAAGCTTTCTGAAGCATGGTTAGTCTTGAACTTGCTTGCATTGTGTTATCCGTGCAAGTTTTGCTAATTTCTGATAAATAACTCGGTT
TGCAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGT
CGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTGGAGGGCAACACGCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACT
TCCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCC
AAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATT
CCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAA
GTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTAAGCTTGTAT
GAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAG
TGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTG
TGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGC
TCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATT
TTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGA
Intron 7 GTTTTTAATA ... CGGTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.52 | 160 | 89 | 129 |
| A2 | 38.96 | 159 | 84 | 119 |
| A3 | 34.18 | 182 | 91 | 98 |
| A4 | 33.44 | 207 | 76 | 132 |
| A5 | 32.46 | 103 | 42 | 57 |
| A6 | 29.76 | 131 | 55 | 56 |
| A7 | 32.51 | 245 | 91 | 145 |
| A8 | 34.39 | 62 | 25 | 40 |
| A9 | 30.39 | 213 | 60 | 126 |
| A10 | 32.75 | 232 | 86 | 140 |
>TRINITY_DN42365_c0_g1_i7 from sample A7 / Example spliced isoformCGCGAAGTCGGAATATTTACGATTTCACAGCTACAATGACTGGATTCAGGCGGACCAAACGGGGAACTAGTGGCATAAATATGGCTTTCCATCACTAAAGTCGGAATCAAGAATCAAGAAGCTGTAGGCATTTCTGCTGCATCCGAGCAGCCTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAGGCTTCTCGGAGGCATACTA
TTCAGCTTGTTTGGGCGAAATCCAAGCCAGATTTGAGCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTT
GAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTCGGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAAGTTCGGCAGAAAGAATATTTCTGGATGGGGATAACGCTTCGTCTTATTCGGAGAGAAGTTTGGAGAAAGTTCGGAACTTCCTTTGGCGATCCAA
CGAGTCAGAGTATCATCATGTTTGGCCTAAGCTGTTTGAAGTATTATATGATGGTTGAGCTGTCGTATTTGGTTGGTTGCACAGGCAATGAAATTTGGGTGGGGAATAGTCATTGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCT
GATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCAAGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTT
TTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTCCTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAA
CCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAGTAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAA
CCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTAAGCTTGTATGAAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGAC
CTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGTGCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTG
TTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGTGATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGA
GGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCTCCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCG
TAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTTTTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGA
>TRINITY_DN42365_c0_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATTATTCCAAACGTAAACTTTATTAAACTTTCACATACTAATCGCACGGATTCCACAGCGTCGCGTGTACAGACTTCAACTACCTTAAGCAACACGTAGCAGTCATCAAAGAACTAAAAACCTGGAGACCTTACGAGCAGCCTTACGATCTTTTACGATCTTTTCAGAAGACCGTGTCCAAGCTTCTCGGAGGCATGCTA
TTCAGCTTGTTTGGACGAAATCCAAGCCAGATTTGAGgtttttaatagctgctttcagcattttgagctctttttatttttcttcgcaaagttagggtcaatccaagtattttgaataaatttgagctattttgagctaaatgtgatcaaataagaggcgaaagactttgcgcatttttataactaagatctggcggaat
tggagtaatttgcaatatttgtggaagataatactggaaatttgacggaattagatcacatttaagcagaggtcctgcaaatctggcctgatagtgatatatcattccgtgaaagctttctgaagcatggttagtcttgaacttgcttgcattgtgttatccgtgcaagttttgctaatttctgataaataactcggttt
gcagCAGGGCATTTACAGTATTTGATCTTATTGGCGGAAAAGACGCAAAGTCTAAACCTTGTGTAAATGTGATGAAACAAAATTTGCTTGTTAACCGGCTCACCGTGTAAGGAATCTGCATTTTAGCCCTGAAGGATCTGCTTGCGGAATTTGTTTCTTGCAAGTTTGAAAATTTAGATTTCATCTGATCAAATATGGTC
GGAGGTGGGCGGAAATGGCTGCTTGTAGCGGTAACGGTTGCTTCATTTGGACTCCTCTTGGCCGTTACATTAGGTTCGGCAGAAAGAATCTTTCTGGATGGGGATAGTGCTTCGTCTGATACGGAGAGAAGTTTGGAGAAAATAGTAGATCCTGTGGAGGGCAACACGCTTAAACATCATGTGCTCAAAGTTCGGAACTT
CCTTTGGCGATCCAACGCGTCAGAATATCATCATGTTTGGCCGGCAATGAAATTTGGGTGGAGAATAGTCATCGGAACAATAGTGGGCTTTTTCGGAGCAGCTGTAGGTAGCGTTGGGGGCGTTGGTGGGGGCGGGATATTCGTTCCCATGCTTACTCTGATTATTGGATTTGATGCCAAGTCCTCAACAGCCATATCCA
AGTGTATGATTATGGGGGCAGCGGGATCTACAGTTTATTACAATCTTAAGCTAAAGCATCCGACTCTAGACTTGCCTATCATTGATTATGATCTGGCCATGCTCTTTCAACCCATGCTTATGTTGGGTATTAGCGTTGGAGTTGCTTTCAATGTTATTTTTGCTGACTGGATGGTCACGGTTTTGCTGATCATCCTATTC
CTAGGTACAGCTACCAAAGCATTTTTGAAAGGAGTAGAAACATGGAAACAAGAGACTATTCTAAAAAAGGAAGCAGAAAGGGTACGTGAAGGGAATGTTACAGCTGATATGGAACCAGAAGAACATCAGGAAGTAGATTTCAAGCCTCTGCCTAGTGAACCTGCGCCAAATGAGCAGATGAATGGTGAAAATGGGGGAAG
TAATAATGAACGTCTGCCAATGGATGTTACTAACACAATTTGGTTAAATGTTCGTTGGAAGGAATTGGCAATACTTGTGTTTGTATGGCTTGCATTCTTGGTATTGCAGATTCTGAAGACTAAATCAACGACATGCTCTGCAGAATATTGGGTGCTAAACCTACTACAGATCCCTGTTGCTATGTCTGTAAGCTTGTATG
AAGCTATAGGCTTATACAAAGGAACAAAAACAGTTGCCTCTAAAGGAGAAGCTGGAGTTAACTGGAAAATATCTCAGCTGCTTCTATATTTCATTTGTGGAGTCTTGGCTGGTGTTGTAGGTGGCCTACTTGGGCTTGGAGGAGGATTCATCCTGGGACCTCTATTTCTGGAGCTGGGCATTCCACCACAGGTTTCAAGT
GCCACAGCAACCTTTTGTATGACGTTTTCTTCATCAATGTCTGTTGTGGAATACTATTTTCTGAAGCGATTTCCAGTTCCCTATGCTGCATACCTTTTTGGGGTCTGCATCATTGCAGCCTTTTTGGGTCAGCATGTAGTTCGAAGGCTTGTCATTTTGTTGGGGAGAGCATCCTTGATCATTTTTATTCTGGCTTTTGT
GATTTTATTAAGTGCTATTACATTAGGTGGGGTAGGTATTGTTAAAATGATTAACGAAATTGAGAATGGAGACTACATGGGCTTTGAGAGCCTTTGCAGCTATGTTGCATGATCCTTTCTTTCTCAGGATTGCTTCTGATAATTCACTTTGATCACTGAGGAATTGGCAGTCAGAAGATTAGCATTTGTGATGTGTGGCT
CCTTCTTTCATGGGAGTTACAATAGTTGATCATGAAATTTGAGGTCTTGGTGTGAGTTTTCAAGCATGTCTTTGACAAGAAATGTCATTTAGGCAAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGCTGAAGCCATGTATCTGTCAGTTGATTCGTTGTAACCGTAGATCTGCCACAAACTGGCACTGAATTACGGAAGGTATTT
TTTAATACATGTTTTTTTTGCACACAAAATTTAAGATGTTAAGATTTCCTCTAGCTTAAATTCAGATATAATCATCCTTGCAAAAACAGCGCTATTAATAAATCAGAGTTCATTAATTTTCAAACTGATTGACTTTAGTTATGCTGGA