sp|Q9STZ2|SELT_ARATH ----> SelT-like protein

Intron 1 GTGAAAAAGT ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.07	272	80	32
A2	18.21	192	63.5	22
A3	15.37	245	68	21
A4	15.76	131	34	15
A5	19.15	95	37	8
A6	17.39	1891	566	230
A7	16.97	1791	517	215
A8	18.41	2339	756	300
A9	18.76	1715.5	582	210
A10	16.05	1153	337	104

>TRINITY_DN109963_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

CTCACATGATTTGCAATGCAAGAATCCAAAAAAACAACGACACTAAGCTTGAGCATCTATTGTTTGCATAGCAAAAACCCCTTCAAAACACTAAAATAAATGTTAATTAGGGCCCCAAGATTTATTTGGCGAAAAATAGAGATCCAAATCCGGGTGGAAAGATACCTTTGACCAGATGCAAAGAATCATTTTTATGCATC
TACACAAATATTTCCAATGTTGTCTTCCTTTTCACTTTTTATTTCAAAGCACAGAATAGGGGCTTGAACAGTATCTGAAGTAAGAATGGAGAAGTTGCAGCTGCTGGTGACGGGATTTTGTGCGTTTCTGTTTGTCTCCGATATACTGAATGCATTCAATCCCCCGCCCAGCAAGCCCCAGCATCATCACCAGCATGCCC
ATACGGTGGAGTCGATCCCTATACCTAAAGAAGTCCTCCAACATACCGGTATCAAGCCCCTTGAATCACTGGATGGAGCTGGAGTTGGAGCTGGTGCAGTACACATTTCTTTTTGTACATCATGCTCATACAGGGGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCATTTCCTGGAGTTGATGTGGTACTTTCA
AATTACCCTCCACCATTGCCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTACTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCTTGGAAATTCATTGCA
GTCATTTTTGCAAGGCACAGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGAGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGATTAATGCTCCTATTGTTGAC
ATGAAAGTGGAATTGCAAAGGAACATGTGCAGTAGTTTAAAGGCAATTTAAATAGGTGCTATTGAGTAAAATAGATTTTGGAACCAGGTTGTTCATGCCTTTATATGGTATGTACATCATCTATTATTGCAAAACTTGTGTATTAGTGTTATCTGGTTCGAAATCTCTGGCCCAGCACAATTAGAGTTTTCAATATTGCA
AGATATCTATAAAATTTATTCCCCTTGAATGGATATTGCATTGTTTGCAGTTATAGTCTGGATGTTTGAAAATGAACCATTTTTGGGTCTGTCATTTGCATTTTGAAGTGGAGATTGGCTGTGAATTTTAGCACGCCATTGCAAATAATTATGGACTGATTAGCACTAAATTTAATTCATCGTTGTAATGGGGGCATATT
TGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTTTTTCAAGTTATTGTGCCAGGTGGTGCATTGATTTTTAAACTTCATTACTTTTATTATATATCTATAACTGATTGTTCAAGTTTAAAATGGTTATACAAGTAATACAGAACGGTTTTATATTAAAATACA
GCTTGCCCAATCAGTTAATTATCTGATTTTGCGAAAGCTCGGTTCCCTTGTATGGATATGCCATTGATTAGTGTGTGTTTGGATGTCCGGCAACTACTAATTAAGAAATCCAAATTTCGGTTTGTCATGTCTTTGAGGTGGAGATTGGCAATGGAGGGTATCAAGTAGTTCCATATAATCATGAATGGAACTATCTCCGA
ACGCAAATTCTTCTTGTAACGGGGTCATTTGATATGAATGTGCCATGTATTCTCTTTCAATTTGGAAGAATTTTATATTTAATTTATTTTTATTGGCTAAGAGTATCCAATGCCCTGGATGTGGGACTAGTCTCACCGGCATACCCCGG

>TRINITY_DN109963_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GGTTTTAGCAACTATAACTAGGATTTTTAAGCTTGTGAAACTACTGTTCATGCATTGGAATTTAATTTTTTTTCTTTCTTTAACCTGGAAACGAGTCTTTACTTTTTTCTTTTGCAGGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGAGAAAAATA
TTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGgtgaaaaagttttgaacgttataaatcttgttggttcattctgattgctacattattctttctacgactaattgaaaaaatagattctttctttgaattgaattgtctcactttttgttgtatgcaaattattgccacattattctttctacgttt
ggttcattctgattgccacattattctttctacgactaattgaaaaaatagattctttctttgaattgaatttgtctcactttttgttgtatgcaaacctttattgttgtttacagATTAATGCTCCTATTGTTGACATGAAAGTGGAATTGCAAAGGAACATGTGCAGTAGTTTAAAGGCAATTTAAATAGGTGCTATT
GAGTAAAATAGATTTTGGAACCAGGTTGTTCATGCCTTTATATGGTATGTACATCATCTATTATTGCAAAACTTGTGTATTAGTGTTATCTGGTTCGAAATCTCTGGCCCAGCACAATTAGAGTTTTCAATATTGCAAGATATCTATAAAATTTATTCCCCTTGAATGGATATTGCATTGTTTGCAGTTATAGTCTGGAT
GTTTGAAAATGAACCATTTTTGGGTCTGTCATTTGCATTTTGAAGTGGAGATTGGCTGTGAATTTTAGCACGCCATTGCAAATAATTATGGACTGATTAGCACTAAATTTAATTCATCGTTGTAATGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGG
GCATATTTTTTCAAGTTATTGTGCCAGGTGGTGCATTGATTTTTAAACTTCATTACTTTTATTATATATCTATAACTGATTGTTCAAGTTTAAAATGGTTATACAAGTAATACAGAACGGTTTTATATTAAAATACAGCTTGCCCAATCAGTTAATTATCTGATTTTGCGAAAGCTCGGTTCCCTTGTATGGATATGCCA
TTGATTAGTGTGTGTTTGGATGTCCGGCAACTACTAATTAAGAAATCCAAATTTCGGTTTGTCATGTCTTTGAGGTGGAGATTGGCAATGGAGGGTATCAAGTAGTTCCATATAATCATGAATGGAACTATCTCCGAACGCAAATTCTTCTTGTAACGGGGTCATTTGATATGAATGTGCCATGTATTCTCTTTCAATTT
GGAAGAATTTTATATTTAATTTATTTTTATTGGCTAAGAGTATCCAATGCCCTGGATGTGGGACTAGTCTCACCGGCATACCCCGG

Intron 2 GTGAAAAAGT ... GGTTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.83	37	78	3
A2	68.48	29	63	1
A3	66.67	33	66	0
A4	61.82	21	34	7
A5	68.97	18	40	0
A6	70.14	238	559	6
A7	71.15	206	508	13
A8	67.63	358	748	23
A9	70.1	250	586	18
A10	71.15	135	333	5

>TRINITY_DN39278_c5_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

ACAATATAGCCCCAAAACTTGGCTTTTACAAAGAAAAAATAAAGCCCTCACTTTGGTACATCTGGAAGGAGCGCTTCAGAAACTCTTAGGCGTAACAAGCCTTTTATTAGAACTATTTTTATGCTCGGTTTTAGGAAGAAACAGAAGCTGCCTCAATGTCTATTACATTTATATGCTTTTAAATTATTGTTCATCAGTGA
AATATTAGCCAATGTCCACAAATACTTGGTATGAGTTTTTTGTTTCGTCTTTTGTATTTCTACACAATTTTTTTTTATACTTTCTCTGTTAATTTTTATCTGGTATGTGTGTTCATGGAATCTCGTGCTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTACACAGTTATGCTTTTATACTTTCTGTTAATTTTTTTTGTGGTGATGCATGT
TCATGGAGTATCGCTTCTTATGTGCAAGAAAAGAAATATATATATATATGTATCACAATTGGCAATTGCACACCTGTTATGATACTACTGTGACTATTTCATAATCACCATAAAAGAACAAGCTGTCAAAGCCAGAATATATTGCCCTTGATAATTTTTTCTAATAAATGTTTCTCATGAATATTTAACTGCGTCCTGTT
ATCTGTTTTCTCATTTGTTTTCTTTATTACCTGGTTGGCAACGAACACAGTTTAATGTATCAACTGAGTTTGTCTCCTGTATTTGAAAACTTGTGGTTTTAGCAACTATAACTAGGATTTTTAAGCTTGTGAAACTACTGTTCATGCATTGGAATTTAATTTTTTTTCTTTCTTTAACCTGGAAACGAGTCTTTACTTTT
TTCTTTTGCAGGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGGGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGGTGAGATAAGACTGTCCGACGTGATGGTGCAAATTTAGCCATACTGGGTTTACAAATAGAGG
CACGTAACATCATCCCTTGTGACTCATTCCATGTTGATAAAATACTGAGAGGCTTTGTCAAGTGGCTCAATATGATTCAAGTTAATAAAAAAATGATTTCTTTTATGCC

>TRINITY_DN39278_c5_g2_i5 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTGATTTGAACTCACATGATTTGCAATGCAAGAATCCAAAAAAACAACGACACTAAGCTTGAGCATCTATTGTTTGCATAGCAAAAACCCCTTCAAAACACTAAAATAAATGTTAATTAGGGCCCCCAAGATTTATTTGGCGAAAAATAGAGATCCAAATCCGGTTGGAAAGATACCTTTGACCAGATGCAAAGAATCAT
TTTTATGCATCTACACAAATATTTCCAATGTTGTCTTCCTTTTCACTTTTTATTTCAAAGCACAGAATAGGGGCTTGAACAGTATCTGAAGTAAGAATGGAGAAGGTGCAGCTGCTGGTGACGGGATTTTGTGCGTTTCTGTTTGTCTCCGATATACTGAATGCATTCAATCCCCCGCCCAGCAAGCCCCAGCATCATCA
CCAGCATGCCCATACGGTGGAGTCGATCCCTATACCTAAAGAAGTCCTCCAACATACCGGTATCAAGCCCCTTGAATCACTGGATGGAGCTGGAGTTGGAGCTGGTGCAGTACACATTTCTTTTTGTACATCATGCTCATACAGGGGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCGTTTCCTGGAGTTGATG
TGGTACTTTCAAATTACCCTCCACCATTGCCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTACTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCTTGGA
AATTCATTGCAGTCATTTTTGCAAGGCACAGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGGGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGgtgaaaaagt
tttgaacgttataaatctttttggttcattctgattgccacattattctttctacgactaattgaaaaaatagattctttctttgaattgaatttgtctcactttttgttgtatgcaaacctttattgttgtttacagattaatgctcctattgttgacatgaaagtggaattgcaaaggaacatgtgcagtagtttaaa
ggcaatttaaataggtgctattgagtaaaatagattttggaaccaggttgttcatgcctttatatggtatgtacatcatctattattgcaaaatttgtgtattagtgttatctggttcgaaatctctggcccagcacaattagagttttcaatattgcaagatatctataaaatttattccccttgaatggatattgcat
tgtttgcagttatagtctggatgtttgaaaatgaaccatttttgggtctgtcatttgcattttgaagtggagattggctgtgaattttagcacgccattgcaaataattatggactgattagcactaaatttaattcatcgttgtaatgggggcatatttgcaatttatttcattgttgtaacgggggcatatttgcaat
ttatttcattgttgtaacgggggcatattttttcaagttattgtgccaggtggtgcattgatttttaaacttcattacttttattatatatctataactgattgttcaagtttaaaatggttatacaagtgatacagaacggttttatattaaaatacagcttgcccaatcagttaattatctgattttgcgaaagctcg
gttcccttgtatggatatgccattgattagtgtgtgtttggatgtccggcaactactaattaagaaatccaaatttcggtttgtcatgtctttgaggtggagattggcaatggagggtatcaagtagttccatataatcatgaatggaactatctccgaacgcaaattcttcttgtaacggggtcatttgatatgaatgt
gccatgtattctctttcaatttggaagaattttatatttaatttttttttattggcgaagattattcaatgccctggatgtgggactagtctcaccggcataccccggaatactatagatttataacttattcctcgaatttaaatatggttatacagGTGAGATAAGACTGTCCGACGTGATGGTGCAAATTTAGCCAT
ACTGGGTTTACAAATAGAGGCACGTAACATCATCCCTTGTGACTCATTCCATGTTGATAAAATACTGAGAGGCTTTGTCAAGTGGCTCAATATGATTCAAGTTAATAAAAAAATGATTTCTTTTATGCC

Intron 3 GTGAAAAAGT ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.11	272	79.3	33
A2	18.17	191.6	63.1	22
A3	15.27	245	67.3	21
A4	15.76	131	34	15
A5	19.85	95	38.1	9
A6	17.44	1890.4	563.5	235.3
A7	16.98	1791	513.4	219
A8	18.39	2338.3	752.8	301
A9	18.85	1714.7	583.4	213
A10	16.14	1152.3	335.6	108

>TRINITY_DN118331_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CAAGAATCCAAAAAAACAACGACACTAAGCTTGAGCATCTATTGTTTGCATAGCAAAAACCCCTTCAAAACACTAAAATAAATGTTAATTAGGGCCCCAAGATTTATTTGGCGAAAAATAGAGATCCAAATCCGGGTGGAAAGATACCTTTGACCAGATGCAAAGAATCATTTTTATGCATCTACACAAATATTTCCAAT
GTTGTCTTCCTTTTCACTTTTTATTTCAAAGCACAGAATAGGGGCTTGAACAGTATCTGAAGTAAGAATGGAGAAGTTGCAGCTGCTGGTGACGGGATTTTGTGCGTTTCTGTTTGTCTCCGATATACTGAATGCATTCAATCCCCCGCCCAGCAAGCCCCAGCATCATCACCAGCATGCCCATACGGTGGAGTCGATCC
CTATACCTAAAGAAGTCCTCCAACATACCGGTATCAAGCCCCTTGAATCACTGGATGGAGCTGGAGTTGGAGCTGGTGCAGTACACATTTCTTTTTGTACATCATGCTCATACAGGGGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCATTTCCTGGAGTTGATGTGGTACTTTCAAATTACCCTCCACCATTG
CCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTACTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCTTGGAAATTCATTGCAGTCATTTTTGCAAGGCAC
AGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGAGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGATTAATGCTCCTATTGTTGACATGAAAGTGGAATTGCAA
AGGAACATGTGCAGTAGTTTAAAGGCAATTTAAATAGGTGCTATTGAGTAAAATAGATTTTGGAACCAGGTTGTTCATGCCTTTATATGGTATGTACATCATCTATTATTGCAAAACTTGTGTATTAGTGTTATCTGGTTCGAAATCTCTGGCCCAGCACAATTAGAGTTTTCAATATTGCAAGATATCTATAAAATTTA
TTCCCCTTGAATGGATATTGCATTGTTTGCAGTTATAGTCTGGATGTTTGAAAATGAACCATTTTTGGGTCTGTCATTTGCATTTTGAAGTGGAGATTGGCTGTGAATTTTAGCACGCCATTGCAAATAATTATGGACTGATTAGCACTAAATTTAATTCATCGTTGTAATGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGT
TGTAACGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTT

>TRINITY_DN118331_c1_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CAAGAATCCAAAAAAACAACGACACTAAGCTTGAGCATCTATTGTTTGCATAGCAAAAACCCCTTCAAAACACTAAAATAAATGTTAATTAGGGCCCCAAGATTTATTTGGCGAAAAATAGAGATCCAAATCCGGGTGGAAAGATACCTTTGACCAGATGCAAAGAATCATTTTTATGCATCTACACAAATATTTCCAAT
GTTGTCTTCCTTTTCACTTTTTATTTCAAAGCACAGAATAGGGGCTTGAACAGTATCTGAAGTAAGAATGGAGAAGTTGCAGCTGCTGGTGACGGGATTTTGTGCGTTTCTGTTTGTCTCCGATATACTGAATGCATTCAATCCCCCGCCCAGCAAGCCCCAGCATCATCACCAGCATGCCCATACGGTGGAGTCGATCC
CTATACCTAAAGAAGTCCTCCAACATACCGGTATCAAGCCCCTTGAATCACTGGATGGAGCTGGAGTTGGAGCTGGTGCAGTACACATTTCTTTTTGTACATCATGCTCATACAGGGGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCATTTCCTGGAGTTGATGTGGTACTTTCAAATTACCCTCCACCATTG
CCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTACTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCTTGGAAATTCATTGCAGTCATTTTTGCAAGGCAC
AGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGAGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGgtgaaaaagttttgaacgttataaatctttttggttcat
tctgattgccacattattctttctacgactaattgaaaaaatagattctttctttgaattgaatttgtctcactttttgttgtatgcaaacctttattgttgtttacagATTAATGCTCCTATTGTTGACATGAAAGTGGAATTGCAAAGGAACATGTGCAGTAGTTTAAAGGCAATTTAAATAGGTGCTATTGAGTAAA
ATAGATTTTGGAACCAGGTTGTTCATGCCTTTATATGGTATGTACATCATCTATTATTGCAAAACTTGTGTATTAGTGTTATCTGGTTCGAAATCTCTGGCCCAGCACAATTAGAGTTTTCAATATTGCAAGATATCTATAAAATTTATTCCCCTTGAATGGATATTGCATTGTTTGCAGTTATAGTCTGGATGTTTGAA
AATGAACCATTTTTGGGTCTGTCATTTGCATTTTGAAGTGGAGATTGGCTGTGAATTTTAGCACGCCATTGCAAATAATTATGGACTGATTAGCACTAAATTTAATTCATCGTTGTAATGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATT
T

Intron 4 GTGAAAAAGT ... GGTTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	67.83	37	78	3
A2	68.48	29	63	1
A3	66.67	33	66	0
A4	61.82	21	34	7
A5	68.97	18	40	0
A6	70.14	238	559	6
A7	71.15	206	508	13
A8	67.63	358	748	23
A9	70.1	250	586	18
A10	71.15	135	333	5

>TRINITY_DN39278_c5_g2_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

ACAATATAGCCCCAAAACTTGGCTTTTACAAAGAAAAAATAAAGCCCTCACTTTGGTACATCTGGAAGGAGCGCTTCAGAAACTCTTAGGCGTAACAAGCCTTTTATTAGAACTATTTTTATGCTCGGTTTTAGGAAGAAACAGAAGCTGCCTCAATGTCTATTACATTTATATGCTTTTAAATTATTGTTCATCAGTGA
AATATTAGCCAATGTCCACAAATACTTGGTATGAGTTTTTTGTTTCGTCTTTTGTATTTCTACACAATTTTTTTTTATACTTTCTCTGTTAATTTTTATCTGGTATGTGTGTTCATGGAATCTCGTGCTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTACACAGTTATGCTTTTATACTTTCTGTTAATTTTTTTTGTGGTGATGCATGT
TCATGGAGTATCGCTTCTTATGTGCAAGAAAAGAAATATATATATATATGTATCACAATTGGCAATTGCACACCTGTTATGATACTACTGTGACTATTTCATAATCACCATAAAAGAACAAGCTGTCAAAGCCAGAATATATTGCCCTTGATAATTTTTTCTAATAAATGTTTCTCATGAATATTTAACTGCGTCCTGTT
ATCTGTTTTCTCATTTGTTTTCTTTATTACCTGGTTGGCAACGAACACAGTTTAATGTATCAACTGAGTTTGTCTCCTGTATTTGAAAACTTGTGGTTTTAGCAACTATAACTAGGATTTTTAAGCTTGTGAAACTACTGTTCATGCATTGGAATTTAATTTTTTTTCTTTCTTTAACCTGGAAACGAGTCTTTACTTTT
TTCTTTTGCAGGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGGGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGGTGAGATAAGACTGTCCGACGTGATGGTGCAAATTTAGCCATACTGGGTTTACAAATAGAGG
CACGTAACATCATCCCTTGTGACTCATTCCATGTTGATAAAATACTGAGAGGCTTTGTCAAGTGGCTCAATATGATTCAAGTTAATAAAAAAATGATTTCTTTTATGCC

>TRINITY_DN39278_c5_g2_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CTGATTTGAACTCACATGATTTGCAATGCAAGAATCCAAAAAAACAACGACACTAAGCTTGAGCATCTATTGTTTGCATAGCAAAAACCCCTTCAAAACACTAAAATAAATGTTAATTAGGGCCCCCAAGATTTATTTGGCGAAAAATAGAGATCCAAATCCGGTTGGAAAGATACCTTTGACCAGATGCAAAGAATCAT
TTTTATGCATCTACACAAATATTTCCAATGTTGTCTTCCTTTTCACTTTTTATTTCAAAGCACAGAATAGGGGCTTGAACAGTATCTGAAGTAAGAATGGAGAAGGTGCAGCTGCTGGTGACGGGATTTTGTGCGTTTCTGTTTGTCTCCGATATACTGAATGCATTCAATCCCCCGCCCAGCAAGCCCCAGCATCATCA
CCAGCATGCCCATACGGTGGAGTCGATCCCTATACCTAAAGAAGTCCTCCAACATACCGGTATCAAGCCCCTTGAATCACTGGATGGAGCTGGAGTTGGAGCTGGTGCAGTACACATTTCTTTTTGTACATCATGCTCATACAGGGGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCGTTTCCTGGAGTTGATG
TGGTACTTTCAAATTACCCTCCACCATTGCCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTACTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCTTGGA
AATTCATTGCAGTCATTTTTGCAAGGCACAGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGGGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGgtgaaaaagt
tttgaacgttataaatctttttggttcattctgattgccacattattctttctacgactaattgaaaaaatagattctttctttgaattgaatttgtctcactttttgttgtatgcaaacctttattgttgtttacagattaatgctcctattgttgacatgaaagtggaattgcaaaggaacatgtgcagtagtttaaa
ggcaatttaaataggtgctattgagtaaaatagattttggaaccaggttgttcatgcctttatatggtatgtacatcatctattattgcaaaatttgtgtattagtgttatctggttcgaaatctctggcccagcacaattagagttttcaatattgcaagatatctataaaatttattccccttgaatggatattgcat
tgtttgcagttatagtctggatgtttgaaaatgaaccatttttgggtctgtcatttgcattttgaagtggagattggctgtgaattttagcacgccattgcaaataattatggactgattagcactaaatttaattcatcgttgtaatgggggcatatttgcaatttatttcattgttgtaacgggggcatatttgcaat
ttatttcattgttgtaacgggggcatattttttcaagttattgtgccaggtggtgcattgatttttaaacttcattacttttattatatatctataactgattgttcaagtttaaaatggttatacaagtgatacagaacggttttatattaaaatacagcttgcccaatcagttaattatctttggcgtttagtgaggc
aaacgttttttctttcaaatattgcttttatctgattttgcgaaagctcggttcccttgtatggatatgccattgattagtgtgtgtttggatgtccggcaactactaattaagaaatccaaatttcggtttgtcatgtctttgaggtggagattggcaatggagggtatcaagtagttccatataatcatgaatggaac
tatctccgaacgcaaattcttcttgtaacggggtcatttgatatgaatgtgccatgtattctctttcaatttggaagaattttatatttaatttttttttattggcgaagattattcaatgccctggatgtgggactagtctcaccggcataccccggaatactatagatttataacttattcctcgaatttaaatatgg
ttatacagGTGAGATAAGACTGTCCGACGTGATGGTGCAAATTTAGCCATACTGGGTTTACAAATAGAGGCACGTAACATCATCCCTTGTGACTCATTCCATGTTGATAAAATACTGAGAGGCTTTGTCAAGTGGCTCAATATGATTCAAGTTAATAAAAAAATGATTTCTTTTATGCC

Intron 5 GTGAAAAAGT ... TTGTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.57	272	79	29
A2	18.34	191.5	63	23
A3	15.32	245	67	21.7
A4	16.03	131	34	16
A5	19.66	95	38.5	8
A6	17.02	1890	562.5	213
A7	16.81	1791	512	211.3
A8	18.28	2338	751.5	295
A9	18.83	1714.5	584	211.3
A10	15.92	1152	335	101.3

>TRINITY_DN112368_c6_g2_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

TTATCTGATTTGAACTCACATGATTTGCAATGCAAGAATCCAAAAAAACAACGACACTAAGCTTGAGCATCTATTGTTTGCATAGCAAAAACCCCTTCAAAACACTAAAATAAATGTTAATTAGGGCCCCCAAGATTTATTTGGCGAAAAATAGAGATCCAAATCCGGTTGGAAAGATACCTTTGACCAGATGCAAAGAA
TCATTTTTATGCATCTACACAAATATTTCCAATGTTGTCTTCCTTTTCACTTTTTATTTCAAAGCACAGAATAGGGGCTTGAACAGTATCTGAAGTAAGAATGGAGAAGTTGCAGCTGCTGGTGACGGGATTTTGTGCGTTTCTGTTTGTCTCCGATATACTGAATGCATTCAATCCCCCGCCCAGCAAGCCCCAGCATC
ATCACCAGCATGCCCATACGGTGGAGTCGATCCCTATACCTAAAGAAGTCCTCCAACATACCGGTATCAAGCCCCTTGAATCACTGGATGGAGCTGGAGTTGGAGCTGGTGCAGTACACATTTCTTTTTGTACATCATGCTCATACAGGGGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCATTTCCTGGAGTT
GATGTGGTACTTTCAAATTACCCTCCACCATTGCCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTACTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCT
TGGAAATTCATTGCAGTCATTTTTGCAAGGCACAGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGAGAAAAATATTAAGCTGCTTCAACCGAGCATACTTTATAGATGACTGATATAGATTAAT

GCTCCTATTGTTGACATGAAAGTGGAATTGCAAAGGAACATGTGCAGTAGTTTAAAGGCAATTTAAATAGGTGCTATTGAGTAAAATAGATTTTGGAACCAGGTTGTTCATGCCTTTATATGGTATGTACATCATCTATTATTGCAAAACTTGTGTATTAGTGTTATCTGGTTCGAAATCTCTGGCCCAGCACAATTAGA
GTTTTCAATATTGCAAGATATCTATAAAATTTATTCCCCTTGAATGGATATTGCATTGTTTGCAGTTATAGTCTGGATGTTTGAAAATGAACCATTTTTGGGTCTGTCATTTGCATTTTGAAGTGGAGATTGGCTGTGAATTTTAGCACGCCATTGCAAATAATTATGGACTGATTAGCACTAAATTTAATTCATCGTTG
TAATGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTTGCAATTTATTTCATTGTTGTAACGGGGGCATATTTGCAATTTATTT

>TRINITY_DN112368_c6_g2_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGCACAGCTTTGACGATAAAGAAAATGTTAGAGAGTTCATTTCCTGGAGTTGATGTGGTACTTTCAAATTACCCTCCACCATTGCCAAAGCGCATTCTCAGCAAGTTTGTGCCAGTGCTACAGATAGGCAGTATTATACTTGTTACTGCAGGGGATCACATTTTTCCTAGACTGGGATACACAGTACCACCTCCCTGGTA
CTACTCCCTGAAACAGAAACGCTTTGGAGTTATTGCGACTACCTGGCTTCTTGGAAATTCATTGCAGTCATTTTTGCAAGGCACAGGGGCTTTCGAAGTAGAATGCAATGGTCATCTTGTGTTTTCAAAGCTGAGAGAGAATAGGTTTCCAGGTGAAATTGAATTGAGGGAACTCGTCGGCAGGTCATTGGGAGAAAAAT
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