sp|Q0DYP5|C3H17_ORYSJ ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein 17

Intron 1 GTAAGTATAC ... TTTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.65	23.7	18	6
A2	26.11	11.3	8	0
A3	23.86	24	9	6
A4	37.63	15	14	4
A5	0	8	0	0
A6	10.01	36	6	2
A7	10.53	59.7	11	3
A8	26.66	51	24	13
A9	4.11	47	3	1
A10	17.16	44	7	11

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i12 from sample A7 / Example spliced isoform

GATAATGCAAGGTTTATGTTTCATTTCTCAGAATCTGGAGTTAATATTTTTGGGTTTCCTTTCTCACAGGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGTCTGCTTTGTTCTTCCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGTTCAGAGAACGAGGTAG
ATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACGGCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTCATCCCTTCATTTAAAAGT
GACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTGCAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCATTCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTTTTTGGTGGAACACAACCA
GTACCTTTGATCCTGCAGCTTCCCTTGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCAGAGTCTCAGGGGCAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTTTGGGACCTGGTCCGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCGGAGTCTCAGGGACAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGC
AAAAGAGTTTGGGACCTGGTAACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTGGTGGGACCAGTTTCTCTTGCCGTGCTCGTTAGACAACACGAACTCTGCTCAACTGGTTTTGATCCATGTCATTCACTGTTGACCCATTACTATTGTTTTGACAAAGTTGGTTAACAT
TATACTCTTTATTCTGAAAGAGTCGGAGATCGATTCAATCCATATTTTCCAAATGATGATATGCACTAGTCTTATGGCTGCTTCATCATGGATCGAAGGGCTATGACAAGTACAATACAATGCTAGAGTTTCA

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GATAATGCAAGGTTTATGTTTCATTTCTCAGAATCTGGAGTTAATATTTTTGGGTTTCCTTTCTCACAGGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCgtaagtatacctgctctcaagttcatgccattg
gttgtagcaatttttgcatgcttcacagtattgttttaacctttcatagatgtaaattcgtagtcgcgtgaaacagtataagctaagaatttgttaaatgggtgtttcaaagatctcagggaataagggaacacttttcaatccttgagtttgcttccttttcaattcacgagttctatctttcaatgttcactctttgt
aaaacaggagaacactcagtcaaatattggaaaatcgaaatgctttctttttttcctctgagaacggcaacaggttggattctggaatgcctctgggctgtttcagggtcattttctgcccattttagaaatatctcaaggagtaggagatctttcatgcactcattttggagttcaccatgttaattttgaaattggtg
ttgagaccatggatcatgttatgcatgaatgttattatcttggtataataacatttatatgtttgtctcagGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGC

Intron 2 GTTGGATTCT ... TTTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	45.45	12	14	6
A2	69.23	2	9	0
A3	38.46	8	4	6
A4	57.89	4	7	4
A5	27.27	4	3	0
A6	29.41	12	8	2
A7	21.28	37	17	3
A8	66.67	11	31	13
A9	18.37	20	8	1
A10	38.24	21	15	11

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

ATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATA
ACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGAGAACACTCAGTCAAATATTGGAAAATCGAAATGCTTTCTTTTTTTCCTCTGAGAACGGCAACAGGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTA
TGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGAAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTTTGGGCCGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCACAATGAAGAACATGTGTGCTATCTATATCCTTACTGTCTATAGCGACTGCATACATTTTGTAACTAGTTTT
TCACCCATTGAAGGGCTTGTTTACTTAGTTGTGGTGCATTGCTATCTCCTTTTAAATATGTTCTATGTTTATGATTTATCTATGAAGCTGCATTGCAATGTGCTTTCCGGGTAGCCTTAGACTATGAAATCAGAGATGGGTAACCGATACATGGGGTTGGTGTTGCCTCTATTTCTTTTTCTTTAACCCAGAGCTATTTC
CAAATAATTTATTAATAGATTT

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GATAATGCAAGGTTTATGTTTCATTTCTCAGAATCTGGAGTTAATATTTTTGGGTTTCCTTTCTCACAGGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGTAAGTATACCTGCTCTCAAGTTCATGCCATTG
GTTGTAGCAATTTTTGCATGCTTCACAGTATTGTTTTAACCTTTCATAGATGTAAATTCGTAGTCGCGTGAAACAGTATAAGCTAAGAATTTGTTAAATGGGTGTTTCAAAGATCTCAGGGAATAAGGGAACACTTTTCAATCCTTGAGTTTGCTTCCTTTTCAATTCACGAGTTCTATCTTTCAATGTTCACTCTTTGT
AAAACAGGAGAACACTCAGTCAAATATTGGAAAATCGAAATGCTTTCTTTTTTTCCTCTGAGAACGGCAACAGgttggattctggaatgcctctgggctgtttcagggtcattttctgcccattttagaaatatctcaaggagtaggagatctttcatgcactcattttggagttcaccatgttaattttgaaattggtg
ttgagaccatggatcatgttatgcatgaatgttattatcttggtataataacatttatatgtttgtctcagGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGC

Intron 3 GTAAGTCTGC ... AACTCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.94	40.8	11	19.4
A2	43.29	28.3	1	21.7
A3	29.32	26.4	1	11.1
A4	46.69	26.3	8	23.3
A5	57.95	12.6	5	17.2
A6	37.24	101.7	23	60.8
A7	42.02	130.1	23	95.2
A8	40.71	152.7	27	106.1
A9	45.03	120.6	23	99.3
A10	34.09	83	17	43.1

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i4 from sample A7 / Example spliced isoform

CTTCTCTGCTGGGACCAGTTTCTCCTGTTGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGTCTGCTTTGTTCTTCCAATGATAA
CAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACG
GCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTCATCCCTTCATTTAAAAGTGACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTGCAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCAT
TCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTTTTTGGTGGAACACAACCAGTACCTTTGATCCTGCAGCTTCCCTTGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCAGAGTCTCAGGGGCAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTTTGGGACCTGGTCACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGA
TCACACATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCGTTAGACAACACGAACTCTGCTCAACTGGTTTTGATCCATGTCATTCACTGTTGACCCATTACTATTGTTTTGACAAAGTTGGTTAACATTATACTCTTTATTCTGAAAGAGTCGGAGATCGATTCAATCCATATTTTCCAAA
TGATGATATGCACTAGTCTTATGGCTGCTTCATCATGGATCGAAGGGCTATGACAAGTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGAATCCATTGTGTTGAGGATATTATGGATTGAAGGGCTATGACAATTAACAGTTACAATACAATGCTAAAGTTTCAAATGATGAATCTGTTGTGTTTAGGATATGCATTAGTCT
TATGGCTGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATGGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGCCGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATTGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGAATCCATTGTGTTGAGGATATTATGGATTGAAGGGCTATGACAATTAACAGTTACAATACAATGCCAAA
GTTTCAAATGATGAATCCGTTGTGTTTAGGATATGCATTAGTCTCATGGCTGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATGGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGCCGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATTGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGCCGCTTTATCATGGATTGAAGGGCT
AATCCATTGTGTATAGGATATGCACTAGTCTTATGGCTGCTTTATCATGGATTGCAGGGCTATGACAATTAGAATACAATGCTAGAGTTTTTATTTGTATGCTTGTATAACAGATGAGTGTGAGATGTTGTTTTAATTGTGATTGTGTGCATTTTTCTGGATTCACAAGTGCATTATTGCAATGGAAATGTTCATTTTG

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i16 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CTTCTCTGCTGGGACCAGTTTCTCCTGTTGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGTCTGCTTTGTTCTTCCAATGATAA
CAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACG
GCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTCATCCCTTCATTTAAAAGTGACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTGCAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCAT
TCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTTTTTGGTGGAACACAAgtaagtctgctgccttggcttttttaatcatctatgtcatgtgttataccttattaagtagaatctaggtaatattttattacacttaatagccctgctgatttttttgactttctccactccacggatggcactattttggcgtggatgtttaactc
tgcagCCAGTACCTTTGATCCTGCAGCTTCCCTTGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCAGAGTCTCAGGGGCAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTTTGGGACCTGGTCACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGAC
CAGTTTCTCTTGTCGTGCTCGTTAGACAACACGAACTCTGCTCAACTGGTTTTGATCCATGTCATTCACTGTTGACCCATTACTATTGTTTTGACAAAGTTGGTTAACATTATACTCTTTATTCTGAAAGAGTCGGAGATCGATTCAATCCATATTTTCCAAATGATGATATGCACTAGTCTTATGGCTGCTTCATCATG
GATCGAAGGGCTATGACAAGTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGAATCCATTGTGTTGAGGATATTATGGATTGAAGGGCTATGACAATTAACAGTTACAATACAATGCTAAAGTTTCAAATGATGAATCTGTTGTGTTTAGGATATGCATTAGTCTTATGGCTGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATGGCAA
TTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGCCGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATTGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGAATCCATTGTGTTGAGGATATTATGGATTGAAGGGCTATGACAATTAACAGTTACAATACAATGCCAAAGTTTCAAATGATGAATCCGTTGTGTTTAGGATATGCA
TTAGTCTCATGGCTGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATGGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGCCGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTATTGCAATTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGCCGCTTTATCATGGATTGAAGGGCTAATCCATTGTGTATAGGATATGCACTAGTCTTATGGC
TGCTTTATCATGGATTGCAGGGCTATGACAATTAGAATACAATGCTAGAGTTTTTATTTGTATGCTTGTATAACAGATGAGTGTGAGATGTTGTTTTAATTGTGATTGTGTGCATTTTTCTGGATTCACAAGTGCATTATTGCAATGGAAATGTTCATTTTG

Intron 4 GTAATTTTCT ... CAATCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.79	35.7	9.3	13.2
A2	19.45	48.8	7.3	15.6
A3	23.19	43.6	4.2	20.4
A4	25.64	30.2	14.5	6.6
A5	19.33	20.6	2.1	7.2
A6	20.38	150.5	24.4	48.4
A7	21.28	205.1	39.5	66
A8	23.46	229.2	34.5	95
A9	22.42	251.8	39.1	97.6
A10	20.57	142.6	11.7	56

>TRINITY_DN46358_c0_g2_i1 from sample A8 / Example spliced isoform

TGCCCTGGATTTCGTTAATCAAATGCTTTTTGCTGGAACACAAGATGGCACTATTTTGGCATGGAAGTTTAACTCTGCATCCAATACCTTTGAGGCTGCAGCTTCCCTCGCAGGGCATACGCTGCCTGTTCTCTCGTTAGTCTCAGGGGCAAACAGACTTTACTCTGGTTCCATGGACCACACAATAAGAGTTTGGGACC
TGGAAACTTTTCAATGTATACAGACCCTGAGAGATCACACGTCAGTTGTAATGTCTCTTCTCTGCTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGAT
GGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTG
AGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACGGCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTCATCCCTTCATTTAAAAGTGACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTG
CAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCATTCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTTTTTGGTGGAACACAACCAGTACCTTTGATCCTGCAGCTTCCCTCGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCGGAGTCTCAGGGGCAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTTTGG

GACCTGGTAACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATGTCTCTTCTCTGGTGGGACCAGTTTCTCTTGCCGTGCTCGTTAGACAACACGAACTCTGCTCAACTGGTTTTGATCCATGTCATTCACTGTTGACCCATTACTATTTTTTTGACAAAGTTGGGTAACGTTGTACTCTTTAT
TCTGAAAGAGTCGAAGATCGATTCAATCCATAGTTTCCAAATGATGATATGCACTAGTCTTATGGCTGCTTCATCATGGATCGAAGGGCTATGACAAGTACAATACAATGCTAGAGTTTCAAATGATGAATCCATTGTGTTGAGGATATTATGGATTGAAGG

>TRINITY_DN46358_c0_g2_i15 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAgtaattttctttgcttcttctctactgtttttatttgtttacacaataagataagaacttttccttagactggttcggtttagaaataacagtgctgtgagtaaatagtgtcttccctgcgagttttaatgtttttcatgcacctgcaattctagaaaa
tgaagtatgtctctgatttcagatgattttatatttgacattgtgtaaaccaatccacagGTTTGGGACCTGGTAACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATG

Intron 5 GTAAGTATAC ... TTTGTCTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.75	23.9	15.6	22.2
A2	30.26	12.7	7.6	3.6
A3	24.86	22.7	3.8	11.4
A4	36.4	18.7	13.2	8.2
A5	15.43	8.8	1.2	2.4
A6	14.69	39.7	3.6	10.4
A7	21.53	66.9	12.4	26.4
A8	27.83	55	19.6	23.2
A9	16.31	51.3	7.8	13.6
A10	24.46	49.3	9.2	23.6

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i12 from sample A7 / Example spliced isoform

GATAATGCAAGGTTTATGTTTCATTTCTCAGAATCTGGAGTTAATATTTTTGGGTTTCCTTTCTCACAGGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGTCTGCTTTGTTCTTCCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGTTCAGAGAACGAGGTAG
ATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACGGCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTCATCCCTTCATTTAAAAGT
GACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTGCAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCATTCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTTTTTGGTGGAACACAACCA
GTACCTTTGATCCTGCAGCTTCCCTTGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCAGAGTCTCAGGGGCAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTTTGGGACCTGGTCCGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCGGAGTCTCAGGGACAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGC
AAAAGAGTTTGGGACCTGGTAACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTGGTGGGACCAGTTTCTCTTGCCGTGCTCGTTAGACAACACGAACTCTGCTCAACTGGTTTTGATCCATGTCATTCACTGTTGACCCATTACTATTGTTTTGACAAAGTTGGTTAACAT
TATACTCTTTATTCTGAAAGAGTCGGAGATCGATTCAATCCATATTTTCCAAATGATGATATGCACTAGTCTTATGGCTGCTTCATCATGGATCGAAGGGCTATGACAAGTACAATACAATGCTAGAGTTTCA

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGTCTGCTTT
GTTCTTCCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCgtaagtatacctgctctcaagttcatgccattggttgtagcaatttttgcatgcttcacagtattgttctaacctttcataaatgcaaattcgtagttgcgtgagacagtaaaagctaagaatttgttaaatgggtgtttcaaagatctcagggaat
aaggaacacttttcaatccttgagtttgcttccttttcaattcacaagttctatctttcaatgctcactcgttgtaaaacaggagaacactcagtcaaatattggaaaatcgaaatgcttttctttttttcctccaagaacggaaacaggttggattctggaatgcctctgggctgtttcagggtcattttctgcccatt
ttaaaaatatctcaaggatcaggagatctttcatgcactcattttggagttcaccatgttaattttgaaattggtgttgagaccatggatcatgttatgcatgaatgttattatcttggtataataacatttatatgtttgtctcagGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGA
TTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGAAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTTTGGGCCGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCACAATGAAGAACATGTGTG
CTATCTATATCCTTACTGTCTATAGCGACTGCATACATTTTGTAACTAGTTTTTCACCCATTGAAGGGCTTGTTTACTTAGTTGTGGTGCATTGCTATCTCCTTTTAAATATGTTCTATGTTTATGATTTATCTATGAAGCTGCATTGCAATGTGCTTTCCGGGTAGCCTTAGACTATGAAATCAGAGATGGGTAACCGA
TACATGGGGTTGGTGTTGCCTCTATTTCTTTTTCTTTAACCCAGAGCTATTTCCAAATAATTTATTAATAGATTT

Intron 6 GTAAGTATAC ... TGTAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.38	4	17	26
A2	72.33	4	8.5	12
A3	84.34	1.5	6	11
A4	76.45	4	15	11
A5	40.59	4	1.5	4
A6	72.5	2.5	5	8
A7	48.05	16.5	13.5	17
A8	65.38	13.5	22.5	27.5
A9	40.47	11	7.5	8
A10	61.47	12	9.5	27

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

ATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATA
ACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGAGAACACTCAGTCAAATATTGGAAAATCGAAATGCTTTCTTTTTTTCCTCTGAGAACGGCAACAGGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTA
TGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGAAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTTTGGGCCGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCACAATGAAGAACATGTGTGCTATCTATATCCTTACTGTCTATAGCGACTGCATACATTTTGTAACTAGTTTT
TCACCCATTGAAGGGCTTGTTTACTTAGTTGTGGTGCATTGCTATCTCCTTTTAAATATGTTCTATGTTTATGATTTATCTATGAAGCTGCATTGCAATGTGCTTTCCGGGTAGCCTTAGACTATGAAATCAGAGATGGGTAACCGATACATGGGGTTGGTGTTGCCTCTATTTCTTTTTCTTTAACCCAGAGCTATTTC
CAAATAATTTATTAATAGATTT

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i8 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GATAATGCAAGGTTTATGTTTCATTTCTCAGAATCTGGAGTTAATATTTTTGGGTTTCCTTTCTCACAGGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCgtaagtatacctgctctcaagttcatgccattg
gttgtagcaatttttgcatgcttcacagtattgttttaacctttcatagatgtaaattcgtagtcgcgtgaaacagtataagctaagaatttgttaaatgggtgtttcaaagatctcagggaataagggaacacttttcaatccttgagtttgcttccttttcaattcacgagttctatctttcaatgttcactctttgt
aaaacagGAGAACACTCAGTCAAATATTGGAAAATCGAAATGCTTTCTTTTTTTCCTCTGAGAACGGCAACAGGTTGGATTCTGGAATGCCTCTGGGCTGTTTCAGGGTCATTTTCTGCCCATTTTAGAAATATCTCAAGGAGTAGGAGATCTTTCATGCACTCATTTTGGAGTTCACCATGTTAATTTTGAAATTGGTG
TTGAGACCATGGATCATGTTATGCATGAATGTTATTATCTTGGTATAATAACATTTATATGTTTGTCTCAGGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGC

Intron 7 GTAAGTATAC ... TGTAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	83.86	4	15	26
A2	70.23	4	6.5	12
A3	82.64	1.5	3	11
A4	74.78	4	13	11
A5	40.59	4	1.5	4
A6	68.75	2.5	3	8
A7	46.64	16.5	12	17
A8	63.86	13.5	19.5	27
A9	45.7	11	10.5	8
A10	61.78	12	10	27

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i11 from sample A7 / Example spliced isoform

ATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGCAATGATA
ACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCGAGAACACTCAGTCAAATATTGGAAAATCGAAATGCTTTCTTTTTTTCCTCTGAGAACGGCAACAGGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTA
TGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGAAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTTTGGGCCGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCACAATGAAGAACATGTGTGCTATCTATATCCTTACTGTCTATAGCGACTGCATACATTTTGTAACTAGTTTT
TCACCCATTGAAGGGCTTGTTTACTTAGTTGTGGTGCATTGCTATCTCCTTTTAAATATGTTCTATGTTTATGATTTATCTATGAAGCTGCATTGCAATGTGCTTTCCGGGTAGCCTTAGACTATGAAATCAGAGATGGGTAACCGATACATGGGGTTGGTGTTGCCTCTATTTCTTTTTCTTTAACCCAGAGCTATTTC
CAAATAATTTATTAATAGATTT

>TRINITY_DN48735_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATCAGTTGCAATGCCTCTTCTCTAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTCTGGGCTGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCATCATGAAGAACATGGTGTTCTTGCACTGTGTGGAATGAATGATGGACAAGCCAAGCCTGTCCTGCTTTGTTCTTGTCTGCTTT
GTTCTTCCAATGATAACAGTGTGCGCCTTTACGACCTTCCATCgtaagtatacctgctctcaagttcatgccattggttgtagcaatttttgcatgcttcacagtattgttctaacctttcataaatgcaaattcgtagttgcgtgagacagtaaaagctaagaatttgttaaatgggtgtttcaaagatctcagggaat
aaggaacacttttcaatccttgagtttgcttccttttcaattcacaagttctatctttcaatgctcactcgttgtaaaacagGAGAACACTCAGTCAAATATTGGAAAATCGAAATGCTTTTCTTTTTTTCCTCCAAGAACGGAAACAGGTTGGATTCTGGAATGCCTCTGGGCTGTTTCAGGGTCATTTTCTGCCCATT
TTAAAAATATCTCAAGGATCAGGAGATCTTTCATGCACTCATTTTGGAGTTCACCATGTTAATTTTGAAATTGGTGTTGAGACCATGGATCATGTTATGCATGAATGTTATTATCTTGGTATAATAACATTTATATGTTTGTCTCAGGTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGA
TTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGAAGTGGGACCAGTTTCTCTTGTCGTGCTCTTTAGACAACACAGTGAAGGTTTGGGCCGCTACATCAAATGGAGCCCTTGAAGTGACTTACACTCACAATGAAGAACATGTGTG
CTATCTATATCCTTACTGTCTATAGCGACTGCATACATTTTGTAACTAGTTTTTCACCCATTGAAGGGCTTGTTTACTTAGTTGTGGTGCATTGCTATCTCCTTTTAAATATGTTCTATGTTTATGATTTATCTATGAAGCTGCATTGCAATGTGCTTTCCGGGTAGCCTTAGACTATGAAATCAGAGATGGGTAACCGA
TACATGGGGTTGGTGTTGCCTCTATTTCTTTTTCTTTAACCCAGAGCTATTTCCAAATAATTTATTAATAGATTT

Intron 8 GTAAGTCTGC ... GATCCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.09	31	11	19
A2	41.97	30	1	22.5
A3	31.87	25	1	12.5
A4	48	25	8	23.5
A5	54.76	17	5	21
A6	39.34	96	23	65
A7	44.84	117	23	99
A8	40.84	141	27	102.5
A9	45.17	130	23	114
A10	37.51	78	17	49.5

>TRINITY_DN44674_c0_g3_i9 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACGGCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTC
ATCCCTTCATTTAAAAGTGACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTGCAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCATTCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTT
TTTGGTGGAACACAACTTCCCTCGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCGGAGTCTCAGGGACAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTTTGGGACCTGGTAACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATG

>TRINITY_DN44674_c0_g3_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTCAGAGAACGAGGTAGATTATTCTCAAGAAACGAGGTGCGAGCATTTCAGATTGGATCCGGTGGATTATTTTTCACTGGCGATGGAAAGGGGGAACTTAAAGTATGGAAATGGGCTACCCAGACAGCTTGAGAGGCCGATATAACCTGTAAAACTTTTGTTGTAATCAACGGCCTCCAGTTTAAATGCTTCTGTGGTC
ATCCCTTCATTTAAAAGTGACCCCCGCTCATATCTCCCACATGTCCAGCTCCGCGTGTACTCTTCTCTCTCAACATACCCTAAATACAACCACTGTGCTATGATCCTATCGTCTAATGGAATGCTCTCATTGCAACAGAGCTATCTTTAGATGGCTGTAGGGGATAAGTTCATTCCCTGGCTGTTGCTAATCAAATGCTT
TTTGGTGGAACACAAgtaagtctgctgccttggcttttttaatcatctatgtcatgtgttataccttaccaagtagaatctaggtaatattttattacacttaatagccctgctgatttttttgactttctccactccacgggtggcactattttggcgtggatgtttaactctgcagccagtacctttgatcctgcagC
TTCCCTCGCAGGGCATACACTGCATGTTGTCTCATCGGAGTCTCAGGGACAGACAGACTTTATTCTGCTTCCATGGACCACGCAAAAGAGTAATTTTCTTTGCTTCTTCTCTACTGTTTTTATTTGTTTACACAATAAGATAAGAACTTTTCCTTAAACTGGTTCAGTTTAGAAATAACAGTGCTGTGAGTAAATAGTGT
CTTCCCTGCGAGTTTTAATGTTTTTCATGCACCTGCAATTCTAGAAAATGAAGTATGTCTCTGATTTCAGATGATTTTATATTTTACATTGTGTAAACCAATCCACAGGTTTGGGACCTGGTAACTTCTCAATAATGTACACAGAGTCCAAGAGATCACACATCAGTTGCAATGTCTCTTCTCTGGTGGGACCAGTTTCT
CTTGCTGTGCTCGTTAGACAACACGAACTCTGCTCAACTGGTTTTGATCCATGTCATTCACTGTTGACCCATTACTATTTTTTTGACAAAGTTGGTTAACATTATACTCTTTA