NA ----> NA

Intron 1 GTAAAGACAC ... CTGGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	2
A2	-1	0	0	0
A3	100	0	2	1
A4	43.33	1	0.6	1
A5	-1	0	0	0
A6	47.37	10	8	10
A7	47.06	9	5	11
A8	54.55	5	6	6
A9	63.64	4	7	7
A10	35.14	12	3	10

>TRINITY_DN37912_c0_g2_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGACAAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAG
AAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGGTACTACAACCCCATGACACGGTGTTAAACATTTTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGGTATAAGTCTTAAGGAGTCGCTACCCA
TGCCCATCTCCTATTTAGAGGGTAAGCTATAAGGGAAATGTGACCCCGCCAACAGTGGTAATACTTCGCTCTACCAACAACCTAAACTTTGGTTCCGACCTTAATACTATTTACCCGCCTCCCAACATACCTTGCACACACCTCTCTCTTAACTCGTACATCGTCCTACCTTCTGCCAGCTGTCGGAACTTTAGCCTCTT
ACAAGCCCCAAGGGACAGCTACACTAAATTATCTACCTACCTATCGTCCTTCCAGAACTACTGCTTTGAAGTTGATGTGACCCTAGCCTCTTCCAGTCTTATACGTTGTTGAAAGTATCAGTTACAGGCCATACCTGCTCATTTCCACATTTCCCATCGAGCTCTGCTCCGAGCTTCCAACCTATGCGCCCATGGGAAGG
TGCTCCTTTAGACCATTTCCGGTCCTGAAAAGGAGAGAAGGTTCAGGTTCGAGTTAGCAACCCTCCTGGTCGAGAATCACTTAGAATGCGACCTAAATCTGTAGATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAGTAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGG
CTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGGTTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGGAGGTAACCTAGTTCCTCCGGTCATTCACTTATTATGACCTAATGAACCCCTACGGGGTATTTCAGTGGAGACTTTCTGTGTTTACTTGTAGTTTTAGAACTATGTGTAACGACT
CTGTATAAATTTTGATCCCAATCGAGTTTTAATTTTTATAAAATGCAGAGGACTGTGGTTATGGTTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCAGTTATTAACATCTAGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAGTTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCC

>TRINITY_DN37912_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGACAAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAG
AAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGGTACTACAACCCCATGACACGGTGTTAAACATTTTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGGTATAAGTCTTAAGGAGTCGCTACCCA
TGCCCATCTCCTATTTAGAGGGTAAGCTATAAGGGAAATGTGACCCCGCCAACAGTGGTAATACTTCGCTCTACCAACAACCTAAACTTTGGTTCCGACCTTAATACTATTTACCCGCCTCCCAACATACCTTGCACACACCTCTCTCTTAACTCGTACATCGTCCTACCTTCTGCCAGCTGTCGGAACTTTAGCCTCTT
ACAAGCCCCAAGGGACAGCTACACTAAATTATCTACCTACCTATCGTCCTTCCAGAACTACTGCTTTGAAGTTGATGTGACCCTAGCCTCTTCCAGTCTTATACGTTGTTGAAAGTATCAGTTACAGGCCATACCTGCTCATTTCCACATTTCCCATCGAGCTCTGCTCCGAGCTTCCAACCTATGCGCCCATGGGAAGG
TGCTCCTTTAGACCATTTCCGGTCCTGAAAAGGAGAGAAGGTTCAGGTTCGAGTTAGCAACCCTCCTGGTCGAGAATCACTTAGAATGCGACCTAAATCTGTAGgtaaagacactcttcaggggtttctaaaatcgttatcgttctcttttgttaattacatgtggaaggtcctattctaaggcctacctctatttgcta
acaagtgctggttccagATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAGTAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGGTTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGGA
GGTAACCTAGTTCCTCCGGTCATTCACTTATTATGACCTAATGAACCCCTACGGGGTATTTCAGTGGAGACTTTCTGTGTTTACTTGTAGTTTTAGAACTATGTGTAACGACTCTGTATAAATTTTGATCCCAATCGAGTTTTAATTTTTATAAAATGCAGAGGACTGTGGTTATGGTTTCAATGTTATTTTGGGAACAA
CTCAGTTATTAACATCTAGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAGTTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCC

Intron 2 GTAGGTAAAG ... CTGGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	2
A2	-1	0	0	0
A3	100	0	2	1
A4	42.86	2	2	1
A5	-1	0	0	0
A6	47.37	10	8	10
A7	47.06	9	5	11
A8	50	7	8	6
A9	61.9	4	6	7
A10	31.43	12	1	10

>TRINITY_DN39388_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

AAACATTCCATGGGTCCCTTTAAGTAACTGATCGATATTTTGGGTAAAACGTTTGTCATCTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGAC
AAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAGAAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGGTACTACAACCCCATGACACGGTGTTAAACATT
TTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGGTATAAGTCTTAAGGAGTCGCTACCCATGCCCATCTCCTATTTAGAGGGTAAGCTATAAGGGAAATGTGACCCCGCCAACAGTGGTAATACTTCGCTCTACCAACAACCTAAACTTTGGTTCCGACCTTATACTATTTACCCGCCTCCCGACATACCTTGCACACACC
TCTCTCTTAACTCGTACATCGTCCTACCTTCTGCCAGCTGTCGGAACTTTAGCCTCTTACAAGCCCCAAGGGACAGCTACACTAAATTATCTACCTACCTATCGTCCTTCCAGAACTACTGCTTTGAAGTTGATGTGACCCTAGCCTCTTCCGGTCTTATACGTTGTTGAAAGTATCGTTTACGGGCCATACCTGCTCAT
TTCCACATTTCCCATCGAGCTCTGCTCCGAGCTTCCAACCTATGCGCCCATGGGAAGGTGCTCCTTTAGACCATTTCCGGTCCTGAAAAGGAGAGAAGGTTCAGGTTCGAGTTAGCAACCCTCCTGGTCGAGAATCACTTAGAATGCGACCTAAATCTATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAG
TAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGGTTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGGAGGTAACCTAGTTCCTCCGGTCATTCACTTATTATGACCTAATGAACCCCTACGGGGTAT
TTCAGTGGAGACTTTCTGTGTTTACTTGTAGTTTTAGAACTATGTGTAACGACTCTGTATAAATTTTGATCCCAATCGAGTTTTAATTTTTATAAAATGCAGAGGACTGTGGTTATGGTTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCAGTTATTAACATCTAGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAG
TTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCCGTTATGTACGTTTCCTTGTCGCCTGGGCATACTTTTGGCCACGC

>TRINITY_DN39388_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAACATTCCATGGGTCCCTTTAAGTAACTGATCGATATTTTGGGTAAAACGTTTGTCATCTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGAC
AAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAGAAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGGTACTACAACCCCATGACACGGTGTTAAACATT
TTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGGTATAAGTCTTAAGGAGTCGCTACCCATGCCCATCTCCTATTTAGAGGGTAAGCTATAAGGGAAATGTGACCCCGCCAACAGTGGTAATACTTCGCTCTACCAACAACCTAAACTTTGGTTCCGACCTTATACTATTTACCCGCCTCCCGACATACCTTGCACACACC
TCTCTCTTAACTCGTACATCGTCCTACCTTCTGCCAGCTGTCGGAACTTTAGCCTCTTACAAGCCCCAAGGGACAGCTACACTAAATTATCTACCTACCTATCGTCCTTCCAGAACTACTGCTTTGAAGTTGATGTGACCCTAGCCTCTTCCGGTCTTATACGTTGTTGAAAGTATCGTTTACGGGCCATACCTGCTCAT
TTCCACATTTCCCATCGAGCTCTGCTCCGAGCTTCCAACCTATGCGCCCATGGGAAGGTGCTCCTTTAGACCATTTCCGGTCCTGAAAAGGAGAGAAGGTTCAGGTTCGAGTTAGCAACCCTCCTGGTCGAGAATCACTTAGAATGCGACCTAAATCTgtaggtaaagacactcttcaggggtttctaaaatcgttatcg
ttctcttttgttaattacatgtggaaggtcctattctaaggcctacctctatttgctaacaagtgctggttccagATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAGTAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGG
TTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGAAGGTAACCTAGTTCCTCCGGTCATTCACTTATTATGACCTAATGAACCCCTACGGGGTATTTCAGTGGAGACTTTACCCTGTGTTTACTTGTAGTTTTAGAACTATGTGTAACGACTCTGTATAAATTTTGATCCCAATCGAG
TTTTAATTTTTATAAAATGCAGAGGATTGTGGTTATGGCTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCGGTTATTAACATCTCGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAGTTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCCGTTATGTACGTTTCCTTGTCGTCTGGGCATACTTTTGGCCATGCACTACC
ATGGATATAATTGTATTTTTGTTCATATATGTTACTCATTAAGCT

Intron 3 GTAACCTAGT ... TAAAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	2
A2	33.33	2	2	0
A3	-1	0	0	0
A4	100	0	0	2
A5	-1	0	0	0
A6	80.65	3	18	7
A7	54.84	7	9	8
A8	61.9	8	12	14
A9	74.19	4	11	12
A10	77.78	1	3	4

>TRINITY_DN39388_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAGTAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGGTTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGGAGAGGACTGTGGTTATGG
TTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCAGTTATTAACATCTAGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAGTTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCCGTTATGTACGTTTCCTTGTCGCCTGGGCATACTTTTGGCCACGC

>TRINITY_DN39388_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAACATTCCATGGGTCCCTTTAAGTAACTGATCGATATTTTGGGTAAAACGTTTGTCATCTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGAC
AAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAGAAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGGTACTACAACCCCATGACACGGTGTTAAACATT
TTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGGTATAAGTCTTAAGGAGTCGCTACCCATGCCCATCTCCTATTTAGAGGGTAAGCTATAAGGGAAATGTGACCCCGCCAACAGTGGTAATACTTCGCTCTACCAACAACCTAAACTTTGGTTCCGACCTTATACTATTTACCCGCCTCCCGACATACCTTGCACACACC
TCTCTCTTAACTCGTACATCGTCCTACCTTCTGCCAGCTGTCGGAACTTTAGCCTCTTACAAGCCCCAAGGGACAGCTACACTAAATTATCTACCTACCTATCGTCCTTCCAGAACTACTGCTTTGAAGTTGATGTGACCCTAGCCTCTTCCGGTCTTATACGTTGTTGAAAGTATCGTTTACGGGCCATACCTGCTCAT
TTCCACATTTCCCATCGAGCTCTGCTCCGAGCTTCCAACCTATGCGCCCATGGGAAGGTGCTCCTTTAGACCATTTCCGGTCCTGAAAAGGAGAGAAGGTTCAGGTTCGAGTTAGCAACCCTCCTGGTCGAGAATCACTTAGAATGCGACCTAAATCTATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAG
TAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGGTTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGGAGgtaacctagttcctccggtcattcacttattatgacctaatgaacccctacggggtat
ttcagtggagactttctgtgtttacttgtagttttagaactatgtgtaacgactctgtataaattttgatcccaatcgagttttaatttttataaaatgcagAGGACTGTGGTTATGGTTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCAGTTATTAACATCTAGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAG
TTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCCGTTATGTACGTTTCCTTGTCGCCTGGGCATACTTTTGGCCACGC

Intron 4 GTATAAGTCT ... CTGGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	0	2
A2	-1	0	0	0
A3	100	0	1	1
A4	100	0	0	1
A5	-1	0	0	0
A6	68	4	7	10
A7	61.54	5	5	11
A8	50	4	2	6
A9	80	1	1	7
A10	51.52	8	7	10

>TRINITY_DN39388_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoform

AAACATTCCATGGGTCCCTTTAAGTAACTGATCGATATTTTGGGTAAAACGTTTGTCATCTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGAC
AAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAGAAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGTTACCTTGTGCAGGTACTACAACCCCATGACAC
GGTGTTAAACATTTTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAGTAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGGTTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTT
TTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGAAGGTAACCTAGTTCCTCCGGTCATTCACTTATTATGACCTAATGAACCCCTACGGGGTATTTCAGTGGAGACTTTACCCTGTGTTTACTTGTAGTTTTAGAACTATGTGTAACGACTCTGTATAAATTTTGATCCCAATCGAGTTTTAATTTTTATAAAATGCAGAGGATTGT
GGTTATGGCTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCGGTTATTAACATCTCGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAGTTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCCGTTATGTACGTTTCCTTGTCGTCTGGGCATACTTTTGGCCATGCACTACCATGGATATAATTGTATTTTTGTTCATATAT
GTTACTCATTAAGCT

>TRINITY_DN39388_c0_g1_i4 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAACATTCCATGGGTCCCTTTAAGTAACTGATCGATATTTTGGGTAAAACGTTTGTCATCTCATTTTGGCTTTTGCTTAACGACTAAGGCAAGGCAAAGTGTCTGTGAAACATCACAACATGAGTTCTGGGGAATAGTGATTACAGATGGGCACCGCGTTCAAGCAGTACTGTTCAACACGAAGATTCCGCGCAGTTGAC
AAAGTCCCCAGTCATTACTGTCACCGTCATCTTGCCTTGGAAGAGTTGAGATTGTGAAGAAAAGATCAAGGTCTTTCTCTGTGTATAAATGGGGCATCACCATCATCACCACCACCATGAACAGGTTCCAAAGGATTCAATGATCCTAGTCTCTCCTCCAAGTTAAGGTACTACAACCCCATGACACGGTGTTAAACATT
TTTAACCTTCCAACTCCTAGCGGAAAGATAAGgtataagtcttaaggagtcgctacccatgcccatctcctatttagagggtaagctataagggaaatgtgaccccgccaacagtggtaatacttcgctctaccaacaacctaaactttggttccgaccttatactatttacccgcctcccgacataccttgcacacacc
tctctcttaactcgtacatcgtcctaccttctgccagctgtcggaactttagcctcttacaagccccaagggacagctacactaaattatctacctacctatcgtccttccagaactactgctttgaagttgatgtgaccctagcctcttccggtcttatacgttgttgaaagtatcgtttacgggccatacctgctcat
ttccacatttcccatcgagctctgctccgagcttccaacctatgcgcccatgggaaggtgctcctttagaccatttccggtcctgaaaaggagagaaggttcaggttcgagttagcaaccctcctggtcgagaatcacttagaatgcgacctaaatctgtaggtaaagacactcttcaggggtttctaaaatcgttatcg
ttctcttttgttaattacatgtggaaggtcctattctaaggcctacctctatttgctaacaagtgctggttccagATTTCAGACGAGGTTCACTAGTGCTTGCTCGTGGGAAATAAGTAAGTGATAATCCAACTAAAAACCTTGTCGTTGGTTAAGTTCACGAGAAGGTGGCTCCGTCTTTCCTCTGGAGTTGAAGAGGG
TTCTTTGGAATACTTTCCCGATCCGCTCTTTTGTCCCTCGGTCAGGCATTTTGGAGAAGGTAACCTAGTTCCTCCGGTCATTCACTTATTATGACCTAATGAACCCCTACGGGGTATTTCAGTGGAGACTTTACCCTGTGTTTACTTGTAGTTTTAGAACTATGTGTAACGACTCTGTATAAATTTTGATCCCAATCGAG
TTTTAATTTTTATAAAATGCAGAGGATTGTGGTTATGGCTTCAATGTTATTTTGGGAACAACTCGGTTATTAACATCTCGATGTATCGGAAAAGCCGCATGTAACTCGGTATAATTACAGTTTAATGGGAATAAATCATTTTCTCAATCCGTTATGTACGTTTCCTTGTCGTCTGGGCATACTTTTGGCCATGCACTACC
ATGGATATAATTGTATTTTTGTTCATATATGTTACTCATTAAGCT