sp|Q9SWF9|ZFNL_PEA ----> Zinc finger CCCH domain-containing protein ZFN-like
Intron 1 GTATCTTTGT ... GACATGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.38 | 44 | 6 | 8 |
| A2 | 16.67 | 20 | 0 | 4 |
| A3 | 22.22 | 56 | 1 | 16 |
| A4 | 10.71 | 25 | 3 | 3 |
| A5 | 21.74 | 18 | 1 | 5 |
| A6 | 18.52 | 22 | 0 | 5 |
| A7 | 8.33 | 22 | 0 | 2 |
| A8 | 15 | 17 | 0 | 3 |
| A9 | 16 | 21 | 0 | 4 |
| A10 | 16.67 | 20 | 0 | 4 |
>TRINITY_DN104684_c10_g1_i11 from sample A4 / Example spliced isoformCCGCGTTGTAAAAAGCGGTTTTCGAGCCTTTCTGCCTCGGTAACTATTGACGCGCGGTTTGAGCGAAGAAAAAGCGGACAAAGTGAAATGAATGAATGAATGAATGGATTCCTCTCCTCGGAAGGCAAAGCTCCTCTGTGGAGAGGACGCCATTGTTAATTATTTTTTAACGATATTTTTTTATCAGATCGGTCTGTGGG
ATGAGGCAAAACCCATCTGCAGAAGCCCGTGAAGACTGAGATTACGTTTTCAAGGAGCCTTTTTGATCCAGAATTGGAGGAGAATCAGTGAACAATGGTGTTTGTGGTATAGCGGTTTTGCTTTTTTCGGTTTATAATTGTACAGGGTTTGATGGAATACAATGCGGCAATGCAAGGCGGTTTTGGGAGGCAGCGGGGTT
TGGTGATTGATCCTGATGGCTGGCAGCAGCATGGGAGGCCGAGAGGAGAGATTGCTGGAGTTGAAGAGGCTATGTGGCAAATGGGTCTGCAACAACAGCATGAGAGTATGGAGGCAGAAATCGGACCTTATCCAGAAAGGCCCGGTGAGCCTGACTGCACATATTACATGCGGACTGGACTTTGTGGCTTTGGCCAGAGC
TGTCGATATAACCATCCTCCAAATAGGAAGCAGGTTGCAGCGGCTGCAAGAAATAAAGGCGAGTATCCGGAAAGATTAGGTCAACCTGAATGCCAGTATTATTTGAAGACAGGAACTTGCAAATTTGGTGCTACTTGCAAGTTCCATCATCCAAGAGACAAAGCAGGAAGCACAGGACGGGCAGCCATAAATGTCTTAGG
CTATCCATTACGCCCGAATGAAAAGGAGTGTGCATACTATTTGAGAACAGGACAGTGCAAGTATGGTGCTACATGTAAATTCCATCATCCACCACCAGTTGGTGCATTAATTCCAATGCGTGGGTCTTCACTTTTCACACCTGTACAGTCTCCAACAACTCCTGGCCCTCAACCCTACCCTGGAAGTATGCCAACATGGC
CAATGCAAAGGGCGTCTTTTATTCAGAGCCCTCGTTGGCAAGGTCCTTCTAGTTATCCACCTTTGATCCTTCCTCAAGGAATGGTGTCAGTTCCTAGCTGGAGTACATATCCTCAAGGGCAGGTGGGCTCAATTTCATCTTCAGATGGTCAGCAACAAGCAATAGGAGCAGGTTTAGTCTATGGGCCCACATCCCAAACA
GATCCAATGGCCTCTGGAATTCAGGGAACCTTTTCTCCTTTTCCACCTGGATCCCCAGCCATGGGGCCTCCAACTTTGCAATTACCGTCGAGCAGTGCTCAGAGGGAAAGTATGTTCCCTGAAAGACCTGGTCAGCCAGAATGTCAGTTCTACATGAAGACAGGCGACTGTAAATTTGGCATGACATGTAGATACCATCA
TCCTAAAGAGAGGAGCGTTCCCATGCCAAACTGCGTCCTCAATTCTCTTGGCCTACCCCTACGACCTGGGGCCCAAGCATGCAGCTTCTTCACTCGTTTTGGTATCTGCAAGTTTGGACCAACCTGCAAATATGATCATCCCATGGGACACTCTAGTTACAGTCAGTCAATCTCTTCACCAATTGATATTTCAGTTGGTC
GTCATCAGATAGGATCTGCATCAGCTACTCTTTCATCAATTTCATTGTCTCCAGACTTAGTGGTGGATTCTGGTGGAGGACAGTCTATAGAACACTCTTCTACAGCAGAAGCTCGTCAGCAGTCTTCTGGTGTTGAAAATTTAGGACCAGATGCATAGTGTTTCCACTTCAAGAAGAAAAGTGGGCTTTACTTTTTTGCA
AGGTTGACAGGCTCCGCTGGTTTAAGTATGAACCAGCTGTCTATTCTGTCAATTGGGTGCATAAGCCAAGCTAACATTGTCTGTTCAGGTTATCGACCAAGTAAGCAACAGATAATTTCTTCATGATAGTTGTGACCAGAGCCGTTTGGAATTTGATGAACATTATGATGCTCTTCATAATTGTCAAAGTCACCAGTTTG
CCTTGGATAAGGCTGGATGAATTTCATTGTAACTAGAAATTTCATTGGCCTTTGTTTCCTCCTATGAAAAAGAAGATGCTTTTTCCATGTTGATTGAGGCACACATTTCTCTTCCTCTTTTAGGTCATCTTCTTAAGTCCCTTGACCTTCATAACCATTGCTTCTGCCAGGTCCTTGTGCAGTCTCAACCAATAACTCCC
ATTGTGTAGCTTGCCTATGTTTAATTGTCCCTTTCAGCCTATTGTTTGTGGTAGATTTACTCCCGTTTTTTATTGTTACTATGTCAAATGTATCCTCAGTGTTCTACTATGCTTATCTATTTTCTGAAGGCTCGTAGTTAGTGAATTTGGTTTGATTGGTTTGTACATTCCATTGGAAACCATCATCCTGTGAGATTCCT
ATTTGTAACTTGATTTGTGAGACTTCTAAACTCCTTGGTTCTCTAGTTACTGTTAAGGTCTGATTTTATTGTCCATTGTCGTCAGTGGCCCTTCACCAGATGCCATGTTGTGCTCAAGCCATGCAAGTTCACCTTTATTTAAGTTATAATCTGTACAATCTAAGTGCTATTATTTTATTTATTATGCATTATCAAATGCA
CCTTGAAAATACTGGGGTCTAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAAGTTCATATGCTCAAGCCTCAAGTCAATGCAACCTAGTTGGCGACGTGAGCACAT
TTACTGGAAGCATTGAATGGCTTCGTATTCCTCAATTGGTCAAGACGTGTGAAATACCAGCTTCGTGTTCTTGCCAACAGCTTTGTTGAAGCATAGAATTGGATTGAGAGCCAGAACCAATTCATATTTTAGAGACAACTGCTAGATTCTCTCCTATGCAAGTCTCAGAGCCTGGAGAGCTTTGATCAATCAAACACTTG
GAACTCTTGACATTTGAGAAATTCCAGTTTGAAATATCCATTTTAAATGTATGCTATTTTTCAGCTTTGGATCCTTGAAAAATTGAGAAACATCTCTCAGGTTCATAATAATATTTTTAGAAACATGATTCATGAGTTCTTTCATGCAAGTAGCCTATTTGTGTTTGCATGATTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAG
GGTTGTTTCTATTCTATACATTCATAAGCC
>TRINITY_DN104684_c10_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:CATCCTCCAAATAGGAAGCAGgtatctttgtctcttttcttttcttgctatattcctaatttgaatttgactagggccttttcctaattagttgtatgcatatggtagacttgaatggaaatgtccagtgattaaaaccttaatactgtagacacttattacagactgttaagataaactagttaagctttccctgtgca
gtgaacatgaaaatgctagcagtaagccttgcttcttgcaggttgttacacattattagaatactgatattttcttgtctactagttggttaatgtgtcatactgttaatagcaatctctgcttgaagtgagcccgccctgtgggatttgtctactctatatgaaccagggttaacatttgtgatcccttatgatttcat
tcccacggccctcaatgataggttggggatctcaaaaatagtgtagtcaatcatttaattataatatttttttctataaaaatatgatatttctggtttgcttaatgtgacatgccagGTTGCAGCGGCTGCAAGAAATAAAGGCGAGTATCCGGAAAGATTAGGTCAACCTGAATGCCAGTATTATTTGAAGACAGGAA
CTTGCAAATTTGGTGCTACTTGCAAGTTCCATCATCCAAGAGACAAAGCAGGAAGCACAGGACGGGCAGCCATAAATGTCTTAGGCTATCCATTACGCCCGAATGAAAAGGAGTGTGCATACTATTTGAGAACAGGACAGTGCAAGTATGGTGCTACATGTAAATTCCATCATCCACCACCAGTTGGTGCATTAATTCCA
ATGCGTGGGTCTTCACTTTTCACACCTGTACAGTCTCCAACAACTCCTGGCCCTCAACCCTACCCTGGAAGTATGCCAACATGGCCAATGCAAAGGGCGTCTTTTATTCAGAGCCCTCGTTGGCAAGGTCCTTCTAGTTATCCACCTTTGATCCTTCCTCAAGGAATGGTGTCAGTTCCTAGCTGGAGTACATATCCTCA
AGGGCAGGTGGGCTCAATTTCATCTTCAGATGGTCAGCAACAAGCAATAGGAGCAGGTTTAGTCTATGGGCCCACATCCCAAACAGATCCAATGGCCTCTGGAATTCAGGGAACCTTTTCTCCTTTTCCACCTGGATCCCCAGCCATGGGGCCTCCAACTTTGCAATTACCGTCGAGCAGTGCTCAGAGGGAAAGTATGT
TCCCTGAAAGACCTGGTCAGCCAGAATGTCAGTTCTACATGAAGACAGGCGACTGTAAATTTGGCATGACATGTAGATACCATCATCCTAAAGAGAGGAGCGTTCCCATGCCAAACTGCGTCCTCAATTCTCTTGGCCTACCCCTACGACCTGGGGCCCAAGCATGCAGCTTCTTCACTCGTTTTGGTATCTGCAAGTTT
GGACCAACCTGCAAATATGATCATCCCATGGGACACTCTAGTTACAGTCAGTCAATCTCTTCACCAATTGATATTTCAGTTGGTCGTCATCAGATAGGATCTGCATCAGCTACTCTTTCATCAATTTCATTGTCTCCAGACTTAGTGGTGGATTCTGGTGGAGGACAGTCTATAGAACACTCTTCTACAGCAGAAGCTCG
TCAGCAGTCTTCTGGTGTTGAAAATTTAGGACCAGATGCATAGTGTTTCCACTTCAAGAAGAAAAGTGGGCTTTACTTTTTTGCAAGGTTGACAGGCTCCGCTGGTTTAAGTATGAACCAGCTGTCTATTCTGTCAATTGGGTGCATAAGCCAAGCTAACATTGTCTGTTCAGGTTATCGACCAAGTAAGCAACAGATAA
TTTCTTCATGATAGTTGTGACCAGAGCCGTTTGGAATTTGATGAACATTATGATGCTCTTCATAATTGTCAAAGTCACCAGTTTGCCTTGGATAAGGCTGGATGAATTTCATTGTAACTAGAAATTTCATTGGCCTTTGTTTCCTCCTATGAAAAAGAAGATGCTTTTTCCATGTTGATTGAGGCACACATTTCTCTTCC
TCTTTTAGGTCATCTTCTTAAGTCCCTTGACCTTCATAACCATTGCTTCTGCCAGGTCCTTGTGCAGTCTCAACCAATAACTCCCATTGTGTAGCTTGCCTATGTTTAATTGTCCCTTTCAGCCTATTGTTTGTGGTAGATTTACTCCCGTTTTTTATTGTTACTATGTCAAATGTATCCTCAGTGTTCTACTATGCTTA
TCTATTTTCTGAAGGCTCGTAGTTAGTGAATTTGGTTTGATTGGTTTGTACATTCCATTGGAAACCATCATCCTGTGAGATTCCTATTTGTAACTTGATTTGTGAGACTTCTAAACTCCTTGGTTCTCTAGTTACTGTTAAGGTCTGATTTTATTGTCCATTGTCGTCAGTGGCCCTTCACCAGATGCCATGTTGTGCTC
AAGCCATGCAAGTTCACCTTTATTTAAGTTATAATCTGTACAATCTAAGTGCTATTATTTTATTTATTATGCATTATCAAATGCACCTTGAAAATACTGGGGTCTAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAG
CAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAAGTTCATATGCTCAAGCCTCAAGTCAATGCAACCTAGTTGGCGACGTGAGCACATTTACTGGAAGCATTGAATGGCTTCGTATTCCTCAATTGGTCAAGACGTGTGAAATACCAGCTTCGTGTTCTTGCCAACAGCTTTGTTGAAGCATAGAATTGGATTGAGAGCCAGA
ACCAATTCATATTTTAGAGACAACTGCTAGATTCTCTCCTATGCAAGTCTCAGAGCCTGGAGAGCTTTGATCAATCAAACACTTGGAACTCTTGACATTTGAGAAATTCCAGTTTGAAATATCCATTTTAAATGTATGCTATTTTTCAGCTTTGGATCCTTGAAAAATTGAGAAACATCTCTCAGGTTCATAATAATATT
TTTAGAAACATGATTCATGAGTTCTTTCATGCAAGTAGCCTATTTGTGTTTGCATGATTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTTTCTATTCTATACATTCATAAGCC
Intron 2 GTAATTTCCA ... TGTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.67 | 8 | 3 | 11 |
| A2 | 30.43 | 8 | 2 | 5 |
| A3 | 20 | 12 | 2 | 4 |
| A4 | 22.22 | 14 | 3 | 5 |
| A5 | 33.33 | 4 | 3 | 1 |
| A6 | 20.59 | 54 | 6 | 22 |
| A7 | 24.24 | 25 | 6 | 10 |
| A8 | 24.49 | 37 | 9 | 15 |
| A9 | 30.12 | 29 | 12 | 13 |
| A10 | 20 | 18 | 3 | 6 |
>TRINITY_DN42172_c5_g3_i1 from sample A6 / Example spliced isoformGGATGTTTTACCTGTATTAATAGTTAGACCAAACCATGAAAAGAACCTTTGACATGCAATTCTCAGTGTTGCATGATTCCTTTGATGAGCACGTAGAACTGAAGTACCAGAGGTTAGAGATGTTTTCACTCAGGTCTTAAGGAACGTTAACTGCATGACCAGTATAAGATCTGAATGGCTCAATTTAGGAGTCTTTGAGG
CATAGTTTGGAGGTTAAACTGGAACTTTACTTATCTTGCTACATCATAATTAACCTGGGTTAAAGTTTAGACTGAATAATTTGATGTACTTGTTCAATTTTTGGAATATACCTACCATAATTGCATCACTGTTAATGTGGGTACACTTAATATTCTCACCTTCTATTTTGCATTTGTTGCACCTATAAATATTGTACTAT
TCACTTGTCTCCTTTTTTGTCATTCTGAATCTCTGTCTGGATCTTGTGATTAAACAGGGGGCCCAAGCATGCAGCTTCTTCACTCGTTTTGGTATCTGCAAGTTTGGACCAACCTGCAAATATGATCATCCCATGGGACACTCTAGTTACAGTCAGTCAATCTCTTCACCAATTGATATTTCAGTTGGTCGTCATCAGAT
AGGATCTGCATCAGCTACTCTTTCATCAATTTCATTGTCTCCAGACTTAGTGGTGGATTCTGGTGGAGGACAGTCTATAGAACACTCTTCTACAGCAGAAGCTCGTCAGCAGTCTTCTGGTGTTGAAAATTTAGGACCAGATGCATAGTGTTTCCACTTCAAGAAGAAAAGTGGGCTTTACTTTTTTGCAAGGTTGACAG
GCTCCGCTGGTTTAAGTATGAACCAGCTGTCTATTCTGTCAATTGGGTGCATAAGCCAAGCTAACATTGTCTGTTCAGGTTATCGACCAAGTAAGCAACAGATAATTTCTTCATGATAGTTGTGACCAGAGCCGTTTGGAATTTGATGAACATTATGATGCTCTTCATAATTGTCAAAGTCACCAGTTTGCCTTGGATAA
GGCTGGATGAATTTCATTGTAACTAGAAATTTCATTGGCCTTTGTTTCCTCCTATGAAAAAGAAGATGCTTTTTCCATGTTGATTGAGGCACACATTTCTCTTCCTCTTTTAGGTCATCTTCTTAAGTCCCTTGACCTTCATAACCATTGCTTCTGCCAGGTCCTTGTGCAGTCTCAACCAATAACTCCCATTGTGTAGC
TTGCCTATGTTTAATTGTCCCTTTCAGCCTATTGTTTGTGGTAGATTTACTCCCGTTTTTTATTGTTACTATGTCAAATGTATCCTCAGTGTTCTACTATGCTTATCTATTTTCTGAAGGCTCGTAGTTAGTGAATTTGGTTTGATTGGTTTGTACATTCCATTGGAAACCATCATCCTGTGAGATTCCTATTTGTAACT
TGATTTGTGAGACTTCTAAACTCCTTGGTTCTCTAGTTACTGTTAAGGTCTGATTTTATTGTCCATTGTCGTCAGTGGCCCTTCACCAGATGCCATGTTGTGCTCAAGCCATGCAAGTTCACCTTTATTTAAGTTATAATCTGTACAATCTAAGTGCTATTATTTTATTTATTATGCATTATCAAATGCACCTTGAAAAT
ACTGGGGTCTAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAAGTTCATATGCTCAAGCCTCAAGTCAATGCAACCTAGTTGGCGACGTGAGCACATTTACTGGAAG
CATTGAATGGCTTCGTATTCCTCAATTGGTCAAGACGTGTGAAATACCAGCTTCGTGTTCTTGCCAACAGCTTTGTTGAAGCATAGAATTGGATTGAGAGCCAGAACCAATTCATATTTTAGAGACAACTGCTAGATTCTCTCCTATGCAAGTCTCAGAGCCTGGAGAGCTTTGATCAATCAAACACTTGGAACTCTTGA
CATTTGAGAAATTCCAGTTTGAAATATCCATTTTAAATGTATGCTATTTTTCAGCTTTGGATCCTTGAAAAATTGAGAAACATCTCTCAGGTTCATAATAATATTTTTAGAAACATGATTCATGAGTTCTTTCATGCAAGTAGCCTATTTGTGTTTGCATGATTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTTTCT
ATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTAAATGGAGAAATATTTATTTTTGGGGAAAATTATATTATGTAGGCTTTCAAACTTGAGGCG
>TRINITY_DN42172_c5_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:GAAGAAAAAGCGGACAAAGTGAAATGAATGAATGAATGAATGGATTCCTCTCCTCGGAAGGCAAAGCTCCTCTGTGGAGAGGACGCCATTGTTAATTATTTTTTAACGATATTTTTTTATCAGATCGGTCTGTGGGATGAGGCAAAACCCATCTGCAGAAGCCCGTGAAGACTGAGATTACGTTTTCAAGGAGCCTTTTT
GATCCAGAATTGGAGGAGAATCAGTGAACAATGGTGTTTGTGGTATAGCGGTTTTGCTTTTTTCGGTTTATAATTGTACAGGGTTTGATGGAATACAATGCGGCAATGCAAGGCGGTTTTGGGAGGCAGCGGGGTTTGGTGATTGATCCTGATGGCTGGCAGCAGCATGGGAGGCCGAGAGGAGAGATTGCTGGAGTTGA
AGAGGCTATGTGGCAAATGGGTCTGCAACAACAGCATGAGAGTATGGAGGCAGAAATCGGACCTTATCCAGAAAGGCCCGGTGAGCCTGACTGCACATATTACATGCGGACTGGACTTTGTGGCTTTGGCCAGAGCTGTCGATATAACCATCCTCCAAATAGGAAGCAGGTTGCAGCGGCTGCAAGAAATAAAGGCGAGT
ATCCGGAAAGATTAGGTCAACCTGAATGCCAGTATTATTTGAAGACAGGAACTTGCAAATTTGGTGCTACTTGCAAGTTCCATCATCCAAGAGACAAAGCAGGAAGCACAGGACGGGCAGCCATAAATGTCTTAGGCTATCCATTACGCCCGAATGAAAAGGAGTGTGCATACTATTTGAGAACAGGACAGTGCAAGTAT
GGTGCTACATGTAAATTCCATCATCCACCACCAGTTGGTGCATTAATTCCAATGCGTGGGTCTTCACTTTTCACACCTGTACAGTCTCCAACAACTCCTGGCCCTCAACCCTACCCTGGAAGTATGCCAACATGGCCAATGCAAAGGGCGTCTTTTATTCAGAGCCCTCGTTGGCAAGGTCCTTCTAGTTATCCACCTTT
GATCCTTCCTCAAGGAATGGTGTCAGTTCCTAGCTGGAGTACATATCCTCAAGGGCAGGTGGGCTCAATTTCATCTTCAGATGGTCAGCAACAAGCAATAGGAGCAGGTTTAGTCTATGGGCCCACATCCCAAACAGATCCAATGGCCTCTGGAATTCAGGGAACCTTTTCTCCTTTTCCACCTGGATCCCCAGCCATGG
GGCCTCCAACTTTGCAATTACCGTCGAGCAGTGCTCAGAGGGAAAGTATGTTCCCTGAAAGACCTGGTCAGCCAGAATGTCAGTTCTACATGAAGACAGGCGACTGTAAATTTGGCATGACATGTAGATACCATCATCCTAAAGAGAGGAGCGTTCCCATGCCAAACTGCGTCCTCAATTCTCTTGGCCTACCCCTACGA
CCTGGGGCCCAAGCATGCAGCTTCTTCACTCGTTTTGGTATCTGCAAGTTTGGACCAACCTGCAAATATGATCATCCCATGGGACACTCTAGTTACAGTCAGTCAATCTCTTCACCAATTGATATTTCAGTTGGTCGTCATCAGATAGGATCTGCATCAGCTACTCTTTCATCAATTTCATTGTCTCCAGACTTAGTGGT
GGATTCTGGTGGAGGACAGTCTATAGAACACTCTTCTACAGCAGAAGCTCGTCAGCAGTCTTCTGGTGTTGAAAATTTAGGACCAGATGCATAGTGTTTCCACTTCAAGAAGAAAAGTGGGCTTTACTTTTTTGCAAGGTTGACAGGCTCCGCTGGTTTAAGTATGAACCAGCTGTCTATTCTGTCAATTGGGTGCATAA
GCCAAGCTAACATTGTCTGTTCAGGTTATCGACCAAGTAAGCAACAGATAATTTCTTCATGATAGTTGTGACCAGAGCCGTTTGGAATTTGATGAACATTATGATGCTCTTCATAATTGTCAAAGTCACCAGTTTGCCTTGGATAAGGCTGGATGAATTTCATTGTAACTAGAAATTTCATTGGCCTTTGTTTCCTCCTA
TGAAAAAGAAGATGCTTTTTCCATGTTGATTGAGGCACACATTTCTCTTCCTCTTTTAGGTCATCTTCTTAAGTCCCTTGACCTTCATAACCATTGCTTCTGCCAGGTCCTTGTGCAGTCTCAACCAATAACTCCCATTGTGTAGCTTGCCTATGTTTAATTGTCCCTTTCAGCCTATTGTTTGTGGTAGATTTACTCCC
GTTTTTTATTGTTACTATGTCAAATGTATCCTCAGTGTTCTACTATGCTTATCTATTTTCTGAAGGCTCGTAGTTAGTGAATTTGGTTTGATTGGTTTGTACATTCCATTGGAAACCATCATCCTGTGAGATTCCTATTTGTAACTTGATTTGTGAGACTTCTAAACTCCTTGGTTCTCTAGTTACTGTTAAGGTCTGAT
TTTATTGTCCATTGTCGTCAGTGGCCCTTCACCAGATGCCATGTTGTGCTCAAGCCATGCAAGTTCACCTTTATTTAAGTTATAATCTGTACAATCTAAGTGCTATTATTTTATTTATTATGCATTATCAAATGCACCTTGAAAATACTGGGGTCTAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTAC
CTTATACATTCATCTTCCAGTTGGTCTTTCTATGTCTAAAATATTTTTTAGCAGTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAAGTTCATATGCTCAAGCCTCAAGTCAATGCAACCTAGTTGGCGACGTGAGCACATTTACTGGAAGCATTGAATGGCTTCGTATTCCTCAATTGGTCAAGgtaatttccattctgcatat
cggttggctttgatatcttcatttatttttatgcagaactgatctggctttgagaagttggggactcattagttatggctttgaatgatgtgtctttcagACGTGTGAAATACCAGCTTCGTGTTCTTGCCAACAGCTTTGTTGAAGCATAGAATTGGATTGAGAGCCAGAACCAATTCATATTTTAGAGACAACTGCTA
GATTCTCTCCTATGCAAGTCTCAGAGCCTGGAGAGCTTTGATCAATCAAACACTTGGAACTCTTGACATTTGAGAAATTCCAGTTTGAAATATCCATTTTAAATGTATGCTATTTTTCAGCTTTGGATCCTTGAAAAATTGAGAAACATCTCTCAGGTTCATAATAATATTTTTAGAAACATGATTCATGAGTTCTTTCA
TGCAAGTAGCCTATTTGTGTTTGCATGATTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTTTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTAAATGGAGAAATATTTATTTTTGGGGAAAATTATATTATGTAGGCTTTCAAACTTGAGGCG
Intron 3 GTAAGCAACA ... TTTTTAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 85.71 | 2 | 11 | 13 |
| A2 | 66.67 | 4 | 5 | 11 |
| A3 | 70 | 3 | 4 | 10 |
| A4 | 80 | 2 | 8 | 8 |
| A5 | 60 | 3 | 3 | 6 |
| A6 | 56.52 | 10 | 10 | 16 |
| A7 | 50.94 | 13 | 11 | 16 |
| A8 | 63.38 | 13 | 18 | 27 |
| A9 | 66.67 | 6 | 8 | 16 |
| A10 | 52.38 | 5 | 6 | 5 |
>TRINITY_DN46699_c3_g2_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCAATTCTCTTGGCCTACCCCTACGACCTGGGGCCCAAGCATGCAGCTTCTTCACTCGTTTTGGTATCTGCAAGTTTGGACCAACCTGCAAATATGATCATCCCATGGGACACTCTAGTTACAGTCAGTCAATCTCTTCACCAATTGATATTTCAGTTGGTCGTCATCAGATAGGATCTGCATCAGCTACTCTTTCATCAA
TTTCATTGTCTCCAGACTTAGTGGTGGATTCTGGTGGAGGACAGTCTATAGAACACTCTTCTACAGCAGAAGCTCGTCAGCAGTCTTCTGGTGTTGAAAATTTAGGACCAGATGCATAGTGTTTCCACTTCAAGAAGAAAAGTGGGCTTTACTTTTTTGCAAGGTTGACAGGCTCCGCTGGTTTAAGTATGAACCAGCTG
TCTATTCTGTCAATTGGGTGCATAAGCCAAGCTAACATTGTCTGTTCAGGTTATCGACCAATCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAAGTTCATATGCTCAAGCCTCAAGTCAATGCAACCTAGTTGGCGACGTGAGCACATTTACTGGAAGCATTGAATGGCTTCGTATTCCTCAATTGGTCAAGACGTGTGAAATAC
CAGCTTCGTGTTCTTGCCAACAGCTTTGTTGAAGCATAGAATTGGATTGAGAGCCAGAACCAATTCATATTTTAGAGACAACTGCTAGATTCTCTCCTATGCAAGTCTCAGAGCCTGGAGAGCTTTGATCAATCAAACACTTGGAACTCTTGACATTTGAGAAATTCCAGTTTGAAATATCCATTTTAAATGTATGCTAT
TTTTCAGCTTTGGATCCTTGAAAAATTGAGAAACATCTCTCAGGTTCATAATAATATTTTTAGAAACATGATTCATGAGTTCTTTCATGCAAGTAGCCTATTTGTGTTTGCATGATTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTTTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTAAATGGAGAAATATTTA
TTTTTGGGGAAAATTATATTATGTAGGCTTTCAAACTTGAGGCAAATTTCTGTTGATATGGATATTTCATATTAGTACAC
>TRINITY_DN46699_c3_g2_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:CAATTCTCTTGGCCTACCCCTACGACCTGGGGCCCAAGCATGCAGCTTCTTCACTCGTTTTGGTATCTGCAAGTTTGGACCAACCTGCAAATATGATCATCCCATGGGACACTCTAGTTACAGTCAGTCAATCTCTTCACCAATTGATATTTCAGTTGGTCGTCATCAGATAGGATCTGCATCAGCTACTCTTTCATCAA
TTTCATTGTCTCCAGACTTAGTGGTGGATTCTGGTGGAGGACAGTCTATAGAACACTCTTCTACAGCAGAAGCTCGTCAGCAGTCTTCTGGTGTTGAAAATTTAGGACCAGATGCATAGTGTTTCCACTTCAAGAAGAAAAGTGGGCTTTACTTTTTTGCAAGGTTGACAGGCTCCGCTGGTTTAAGTATGAACCAGCTG
TCTATTCTGTCAATTGGGTGCATAAGCCAAGCTAACATTGTCTGTTCAGGTTATCGACCAAgtaagcaacagataatttcttcatgatagttgtgaccagagccgtttggaatttgatgaacattatgatgctcttcataattgtcaaagtcaccagtttgccttggataaggctggatgaatttcattgtaactagaaa
tttcattggcctttgtttcctcctatgaaaaagaagatgctttttccatgttgattgaggcacacatttctcttcctcttttaggtcatcttcttaagtcccttgaccttcataaccattgcttctgccaggtccttgtgcagtctcaaccaataactcccattgtgtagcttgcctatgtttaattgtccctttcagcc
tattgtttgtggtagatttactcccgttttttattgttactatgtcaaatgtatcctcagtgttctactatgcttatctattttctgaaggctcgtagttagtgaatttggtttgattggtttgtacattccattggaaaccatcatcctgtgagattcctatttgtaacttgatttgtgagacttctaaactccttggt
tctctagttactgttaaggtctgattttattgtccattgtcgtcagtggcccttcaccagatgccatgttgtgctcaagccatgcaagttcacctttatttaagttataatctgtacaatctaagtgctattattttatttattatgcattatcaaatgcaccttgaaaatactggggtctagttggtctttctatgtct
aaaatattttttagcagtcctttaccttatacattcatcttccagttggtctttctatgtctaaaatattttttagcagTCCTTTACCTTATACATTCATCTTCCAAGTTCATATGCTCAAGCCTCAAGTCAATGCAACCTAGTTGGCGACGTGAGCACATTTACTGGAAGCATTGAATGGCTTCGTATTCCTCAATTGG
TCAAGACGTGTGAAATACCAGCTTCGTGTTCTTGCCAACAGCTTTGTTGAAGCATAGAATTGGATTGAGAGCCAGAACCAATTCATATTTTAGAGACAACTGCTAGATTCTCTCCTATGCAAGTCTCAGAGCCTGGAGAGCTTTGATCAATCAAACACTTGGAACTCTTGACATTTGAGAAATTCCAGTTTGAAATATCC
ATTTTAAATGTATGCTATTTTTCAGCTTTGGATCCTTGAAAAATTGAGAAACATCTCTCAGGTTCATAATAATATTTTTAGAAACATGATTCATGAGTTCTTTCATGCAAGTAGCCTATTTGTGTTTGCATGATTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTGTTTCTATTCTATACATTCATAAGCTCGAGGGTTG
TAAATGGAGAAATATTTATTTTTGGGGAAAATTATATTATGTAGGCTTTCAAACTTGAGGCAAATTTCTGTTGATATGGATATTTCATATTAGTACAC