sp|Q40082|XYLA_HORVU ----> Xylose isomerase
Intron 1 GTAAGTCTCT ... TTTTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.98 | 13.5 | 1 | 15 |
| A2 | 30 | 5 | 0 | 1 |
| A3 | 15.27 | 14.5 | 2 | 2 |
| A4 | 44.92 | 8 | 0 | 6 |
| A5 | 58.34 | 4.5 | 2 | 6 |
| A6 | 0 | 22.5 | 0 | 0 |
| A7 | 32.78 | 22.5 | 1 | 7 |
| A8 | 16.76 | 26.5 | 0 | 3 |
| A9 | 17.66 | 25.5 | 0 | 1 |
| A10 | 27.63 | 9.5 | 0 | 1 |
>TRINITY_DN48295_c9_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTTGGGACACTGATCAATTTCTCACAGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTTGCTCCTGGTGG
TTTCAACTTTGATGCGAAACTGTAAGTACTCTAGAGTCTGGAAGTCGTCAACTTGCACATTCCTCATTTTGACCAATTACAAAAGACTCACGCATTCAATACAGTCAAATGTTACCACTGTTACATTGGAAGTCATCAACTTATACATTTCTCATTGTGGCTAGCCATAAAATATTTACATGTTCAAGACATCCAACCTA
TGTTAACCACTGTATTTAGAGAACAACTCCCATTGGATGGCATGAATGGATGAATTTTGTTTGATACTGGCTTGTTATGAGTAGACCTATGAATGTCATAGTTCAAGCTACCCCCTAGGTGTTAATATTCAAATAACACTTTTTTTACTTTAGTTGGAAGTGTCTTATGCTCATGGTCATTGGCTGTGCTCATGATCTTG
ACTTATCATTACCTAAAGACCCATTGCTTATTCAACAAGGTCAAAATTTGGGTCAATCAAGTCAACAACTGCTCTGGTTGCTTATGCTTTTGCTCGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATAGTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAAAAGGTCGAC
AGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGATTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGGTAAACCTATATTATTTCCTAATGTATTTTTAGGATTTGACTTTTTCTTATATAATAATCTTCATGATACCGTTTTCCTTTTTTGCTCCCCTTATATTCTTTCTATGCTTACTGTGCAAGATGGAA
CATTAACAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATTCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGA
>TRINITY_DN48295_c9_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:CATGTTGACTGTTATCAAGAATgtaagtctctacttgctttctatccggagaagtctctaattgctttcatgtttatgaatgtcataaaaattgtaaaatcctacttacacgacatctttaccttttatgcagGGTGGGCTTGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTGTAAGTACTCTAGAGTCTGGAAGTCG
TCAACTTGCACATTCCTCATTTTGACCAATTACAAAAGACTCACGCATTCAATACAGTCAAATGTTACCACTGTTACATTGGAAGTCATCAACTTATACATTTCTCATTGTGGCTAGCCATAAAATATTTACATGTTCAAGACATCCAACCTATGTTAACCACTGTATTTAGAGAACAACTCCCATTGGATGGCATGAAT
GGATGAATTTTGTTTGATACTGGCTTGTTATGAGTAGACCTATGAATGTCATAGTTCAAGCTACCCCCTAGGTGTTAATATTCAAATAACACTTTTTTTACTTTAGTTGGAAGTGTCTTATGCTCATGGTCATTGGCTGTGCTCATGATCTTGACTTATCATTACCTAAAGACCCATTGCTTATTCAACAAGGTCAAAAT
TTGGGTCAATCAAGTCAACAACTGCTCTGGTTGCTTATGCTTTTGCTCGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATAGTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAAAAGGTCGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGA
TTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGGTAAACCTATATTATTTCCTAATGTATTTTTAGGATTTGACTTTTTCTTATATAATAATCTTCATGATACCGTTTTCCTTTTTTGCTCCCCTTATATTCTTTCTATGCTTACTGTGCAAGATGGAACATTAACAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATTCTTTGATTCAAAA
TTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGA
Intron 2 GTAGGTATTT ... ATAATTAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.7 | 53 | 2 | 13 |
| A2 | 15.71 | 59 | 7 | 11 |
| A3 | 16.53 | 65.7 | 7 | 13 |
| A4 | 15.7 | 48.3 | 2 | 9 |
| A5 | 21.68 | 47 | 3 | 13 |
| A6 | 10.92 | 65.3 | 6 | 8 |
| A7 | 15.36 | 99.3 | 5 | 18 |
| A8 | 6.43 | 43.7 | 0 | 3 |
| A9 | 10.08 | 80.3 | 2 | 9 |
| A10 | 21.48 | 84.3 | 5 | 23 |
>TRINITY_DN121189_c0_g2_i7 from sample A3 / Example spliced isoformAAATAGATAACTATCACACGTCAAGTCCACGTTGACACTAAAAACCACGAATCCATCCACGTCATCTCAGCAGGCCAAACTTGGACCTTGGGGTTGGTTTCGAGGATATACACTGACTGCATTTTTTTCAAGCTTCTTTGCCTCTGCTTGATTACGGGAATCCTGTTATTTGAGGTGCTTGCAACAATGAAAACAACAAG
GCTTCTGCTTCTCTTTTTCTTCTGCTGTTTATCTCTAGGCCTTGCCAAGGATGAGATTGTAGCTGACATGACTTGTCGGGCCGAGACTGGGTTGCAATCTGAATTTGGCATTCACCAGGAATGGGAAGGCGAGTTCTTTCCTGGGATTCCAAAGATAAATTATGAGGGTCCATCGAGTAAGAACCCTCTGGCATACAAGT
GGTATAATGCAGAAGAAGAGATTCTCGGAAAGAAAATGAAGGATTGGTTGAGATTTAGTGTTGCTTTCTGGCACACATTTCGTGGGAGTGGTGCTGATCCATTTGGAGCTCCAACAAAGAGTTGGCCATGGGAAGATGGCACTAACTCATTGGCCATGGCTTTACGCAGAATGAGAGCAAATTTTGAGTTTCTCAGTAAG
TTAGGAGTTGAGAGGTGGTGCTTTCATGACCGGGATATTGCTCCTGATGGAAGAACACTCTCAGAATCAAATGCCAATCTAGATGCTGTTGTTGCTCTTGCGAAGCAGCTTCAGGAGGGAACTGAAATTCGTCCTTTGTGGGGAACTGCCCAATTGTTTATGCATCCCCGCTATATGCATGGAGCTGCTACAAGTCCAGA
TATGCATGTGTATGCATATGCTGCAGCTCAAGTTAAGAAATCTATGGAGGTGACAAATGAACTAGGGGGAGAGAATTTTGTTTTCTGGGGTGGAAGAGAGGGCTACCAAACTTTGTTGAATACTGATCTGAAAAAGGAACTTGACCATATGGCTAGGTTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCA
ATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTGCAGAGATATGGACTTGCAGATGATTTTAAACTAAACATTGAGTGCAATCATGCAACCCTCTCCGGGCACAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTT
GGTAATATTGATGCAAACACTGGAGATGCCCAGACAGGTTGGGACACTGATCAATTTCTCACAGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTTGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTGTAAGTACTCTAGAGTCTGGAAGTCGTCAACTTGCACATTCCTCATTTTGA
CCAATTACAAAAGACTCACGCATTCAATACAGTCAAATGTTACCACTGTTACATTGGAAGTCATCAACTTATACATTTCTCATTGTGGCTAGCCATAAAATATTTACATGTTCAAGACATCCAACCTATGTTAACCACTGTATTTAGAGAACAACTCCCATTGGATGGCATGAATGGATGAATTTTGTTTGATACTGGCT
TGTTATGAGTAGACCTATGAATGTCATAGTTCAAGCTACCCCCTAGGTGTTAATATTCAAATAACACTTTTTTTACTTTAGTTGGAAGTGTCTTATGCTCATGGTCATTGGCTGTGCTCATGATCTTGACTTATCATTACCTAAAGACCCATTGCTTATTCAACAAGGTCAAAATTTGGGTCAATCAAGTCAACAACTGC
TCTGGTTGCTTATGCTTTTGCTCGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATAGTCAAAAAGCGGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAG
>TRINITY_DN121189_c0_g2_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:AAATAGATAACTATCACACGTCAAGTCCACGTTGACACTAAAAACCACGAATCCATCCACGTCATCTCAGCAGGCCAAACTTGGACCTTGGGGTTGGTTTCGAGGATATACACTGACTGCATTTTTTTCAAGCTTCTTTGCCTCTGCTTGATTACGGGAATCCTGTTATTTGAGGTGCTTGCAACAATGAAAACAACAAG
GCTTCTGCTTCTCTTTTTCTTCTGCTGTTTATCTCTAGGCCTTGCCAAGGATGAGATTGTAGCTGACATGACTTGTCGGGCCGAGACTGGGTTGCAATCTGAATTTGGCATTCACCAGGAATGGGAAGGCGAGTTCTTTCCTGGGATTCCAAAGATAAATTATGAGGGTCCATCGAGTAAGAACCCTCTGGCATACAAGT
GGTATAATGCAGAAGAAGAGATTCTCGGAAAGAAAATGAAGgtaggtattttaattatttttaaatgtttccatctctgctgcctatgtcttgtattatcaattgaatttcaaaatgatgcgtactcatatgtatcattgattcatgtcattataattaaagGATTGGTTGAGATTTAGTGTTGCTTTCTGGCACACATT
TCGTGGGAGTGGTGCTGATCCATTTGGAGCTCCAACAAAGAGTTGGCCATGGGAAGATGGCACTAACTCATTGGCCATGGCTTTACGCAGAATGAGAGCAAATTTTGAGTTTCTCAGTAAGTTAGGAGTTGAGAGGTGGTGCTTTCATGACCGGGATATTGCTCCTGATGGAAGAACACTCTCAGAATCAAATGCCAATC
TAGATGCTGTTGTTGCTCTTGCGAAGCAGCTTCAGGAGGGAACTGAAATTCGTCCTTTGTGGGGAACTGCCCAATTGTTTATGCATCCCCGCTATATGCATGGAGCTGCTACAAGTCCAGATATGCATGTGTATGCATATGCTGCAGCTCAAGTTAAGAAATCTATGGAGGTGACAAATGAACTAGGGGGAGAGAATTTT
GTTTTCTGGGGTGGAAGAGAGGGCTACCAAACTTTGTTGAATACTGATCTGAAAAAGGAACTTGACCATATGGCTAGGTTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGG
TTTCCTGCAGAGATATGGACTTGCAGATGATTTTAAACTAAACATTGAGTGCAATCATGCAACCCTCTCCGGGCACAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATTGATGCAAACACTGGAGATGCCCAGACAGGTTGGGACACTGATCAATTTCTCACAGATATTAGTGAAGCAA
CTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTCGCTCCTGGTGGTTTCAATTTTGATGCGAAACTGCGGAGGGAAAGTGTTGATGTAGAAGATCTGTTCATTGCTCATATATCAGGGATGGACACTTTGGCACGAGGATTGAGAAATGCAGCTCAGCTGCTGCTGGATGGAACATTAACAGAGCTTGTTCGAAAG
CGTTATGAATTCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGTGACTACAACCCATTTCATATTTCTATTGGTCTTTGTAAGTGTTTTCTAAATCATGTCTACATCATTATGAGATACGCA
Intron 3 GTTCTTGAAA ... GATTATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.75 | 21 | 7 | 4 |
| A2 | 29.41 | 24 | 13 | 7 |
| A3 | 11.83 | 41 | 7 | 4 |
| A4 | 5.08 | 28 | 3 | 0 |
| A5 | 22.58 | 12 | 4 | 3 |
| A6 | 10.14 | 31 | 5 | 2 |
| A7 | 15.6 | 46 | 12 | 5 |
| A8 | 11.48 | 27 | 4 | 3 |
| A9 | 11.86 | 52 | 13 | 1 |
| A10 | 13.21 | 23 | 6 | 1 |
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoformCTCATCTTCATCTTCATGCATATCGTGTTTCAGGATATACACTGACTGCATTTTTTTTCAAGCTTCTTTGCCTCTGCTTGATTACGGGAATCCTGTTATTTGAGGTGCTTGCAACAATGAAAACAACAAGGCTTCTGCTTCTCTTTTTCTTCTGCTGTTTATCTCTAGGCCTTGCCAAGGATGAGATTGTAGCTGACATG
ACTTGTCGGGCCGAGACTGGTTTGCAATCTGAATTTGGCATTCACCAGGAATGGGAAGGCGAGTTCTTTCCTGGGATTCCAAAGATAAATTATGAGGGTCCATCGAGTAAGAACCCTCTGGCATACAAGTGGTATAATGCAGAAGAAGAGATTCTCGGAAAGAAAATGAAGGATTGGTTGAGATTTAGTGTTGCTTTCTG
GCACACATTTCGTGGGAGTGGTGCTGATCCATTTGGAGCTCCAACAAAGAGTTGGCCATGGGAAGATGGCACTAACTCATTGGCCATGGCTTTACGCAGAATGAGAGCAAATTTTGAGTTTCTCAGTAAGTTAGGAGTTGAGAGGTGGTGCTTTCATGACCGGGATATTGCTCCTGATGGAAGAACACTCTCAGAATCAA
ATGCCAATCTAGATGCTGTTGTTGCTCTTGCGAAGCAGCTTCAGGAGGGAACTGAAATTCGTCCTTTGTGGGGAACTGCCCAATTGTTTATGCATCCCCGCTATATGCATGGAGCTGCTACAAGTCCAGATATGCATGTGTATGCATATGCTGCAGCTCAAGTTAAGAAATCTATGGAGGTGACAAATGAACTAGGGGGA
GAGAATTTTGTTTTCTGGGGTGGAAGAGAGGGCTACCAAACTTTGTTGAATACTGATCTGAAAAAGGAACTTGACCATATGGCTAGGTTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAAC
AACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTAATGGGGCTTATAGTCCTGTGTTGTTTGATTGATTTCACAAGTTTCCACTTTCGAAGAAGGTATTGCATCCCTTTCTGGG
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i11 from sample A2 / Example unspliced isoform:CTCATCTTCATCTTCATGCATATCGTGTTTCAGGATATACACTGACTGCATTTTTTTTCAAGCTTCTTTGCCTCTGCTTGATTACGGGAATCCTGTTATTTGAGGTGCTTGCAACAATGAAAACAACAAGGCTTCTGCTTCTCTTTTTCTTCTGCTGTTTATCTCTAGGCCTTGCCAAGGATGAGATTGTAGCTGACATG
ACTTGTCGGGCCGAGACTGGTTTGCAATCTGAATTTGGCATTCACCAGGAATGGGAAGGCGAGTTCTTTCCTGGGATTCCAAAGATAAATTATGAGGGTCCATCGAGTAAGAACCCTCTGGCATACAAGTGGTATAATGCAGAAGAAGAGATTCTCGGAAAGAAAATGAAGGATTGGTTGAGATTTAGTGTTGCTTTCTG
GCACACATTTCGTGGGAGTGGTGCTGATCCATTTGGAGCTCCAACAAAGAGTTGGCCATGGGAAGATGGCACTAACTCATTGGCCATGGCTTTACGCAGAATGAGAGCAAATTTTGAGTTTCTCAGTAAGTTAGGAGTTGAGAGGTGGTGCTTTCATGACCGGGATATTGCTCCTGATGGAAGAACACTCTCAGAATCAA
ATGCCAATCTAGATGCTGTTGTTGCTCTTGCGAAGCAGCTTCAGGAGGGAACTGAAATTCGTCCTTTGTGGGGAACTGCCCAATTGTTTATGCATCCCCGCTATATGCATGGAGCTGCTACAAGgttcttgaaataagatttatagcatttgatccctgttaaattgataggctaacactgtcatttctctttacattct
attgatgcttttactttttccttgtctgattattcagTCCAGATATGCATGTGTATGCATATGCTGCAGCTCAAGTTAAGAAATCTATGGAGGTGACAAATGAACTAGGGGGAGAGAATTTTGTTTTCTGGGGTGGAAGAGAGGGCTACCAAACTTTGTTGAATACTGATCTGAAAAAGGAACTTGACCATATGGCTAGG
TTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATC
GATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTAATGGGGCTTATAGTCCTGTGTTGTTTGATTGATTTCACAAGTTTCCACTTTCGAAGAAGGTATTGCATCCCTTTCTGGG
Intron 4 GTAAACCTAT ... ACTGTGCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.52 | 39.9 | 44 | 44 |
| A2 | 22.86 | 36.1 | 12 | 9.4 |
| A3 | 18.74 | 71.1 | 13 | 19.9 |
| A4 | 40.46 | 36.3 | 31 | 18.3 |
| A5 | 30.08 | 24.4 | 11 | 10 |
| A6 | 24.04 | 58.1 | 16 | 21.1 |
| A7 | 34.78 | 78.9 | 44 | 40 |
| A8 | 26.3 | 60.9 | 23 | 20.6 |
| A9 | 21.31 | 84.3 | 17 | 29.1 |
| A10 | 28.16 | 62.6 | 23 | 26.3 |
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformATACATTTCTCATTGTGGCTAGCCATAAAATATTTACATGTTCAAGACATCCAACCTATGTTAACCACTGTATTTAGAGAACAACTCCCATTGGATGGCATGAATGGATGAATTTTGTTTGATACTGGCTTGTTATGAGTAGACCTATGAATGTCATAGTTCAAGCTACCCCCTAGGTGTTAATATTCAAATAACACTTT
TTTTACTTTAGTTGGAAGTGTCTTATGCTCATGGTCATTGGCTGTGCTCATGATCTTGACTTATCATTACCTAAAGACCCATTGCTTATTCAACAAGGTCAAAATTTGGGTCAATCAAGTCAACAACTGCTCTGGTTGCTTATGCTTTTGCTCGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATA
GTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAAAAGGTCGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGATTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGATGGAACATTAACAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATT
GAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATA
TAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCT
CAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGT
GAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTC
TACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAA
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAAATTTAAGTGAAGTGAATACAAATTAATTTTATGAGATTTAATGAGAGATTAATCTCATCCCTTGATCCAACTCATTTTCCACCGTTGGATTTTCCACCGTTGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATAGTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAA
AAGGTCGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGATTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGgtaaacctatattatttcctaatgtatttttaggatttgactttttcttatataataatcttcatgataccgttttccttttttgctccccttatattctttctatgcttactgtgc
aagATGGAACATTAACAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATC
ATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGG
ATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCTCAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACT
TTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGTGAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATT
TATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTCTACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAA
Intron 5 GTAAACCTAT ... ACATTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.7 | 42.3 | 43.6 | 38.7 |
| A2 | 27.04 | 36.1 | 11.9 | 12.1 |
| A3 | 21 | 54.7 | 12.7 | 19.3 |
| A4 | 50.36 | 31.6 | 30.6 | 19.4 |
| A5 | 38.72 | 19.8 | 10.8 | 8.6 |
| A6 | 27.7 | 53.1 | 15.8 | 27.3 |
| A7 | 41.18 | 69.8 | 43.8 | 33.3 |
| A8 | 34.46 | 61.1 | 22.8 | 29.8 |
| A9 | 21.5 | 76.8 | 16.5 | 31.5 |
| A10 | 35.47 | 48.2 | 22.5 | 21.9 |
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformATACATTTCTCATTGTGGCTAGCCATAAAATATTTACATGTTCAAGACATCCAACCTATGTTAACCACTGTATTTAGAGAACAACTCCCATTGGATGGCATGAATGGATGAATTTTGTTTGATACTGGCTTGTTATGAGTAGACCTATGAATGTCATAGTTCAAGCTACCCCCTAGGTGTTAATATTCAAATAACACTTT
TTTTACTTTAGTTGGAAGTGTCTTATGCTCATGGTCATTGGCTGTGCTCATGATCTTGACTTATCATTACCTAAAGACCCATTGCTTATTCAACAAGGTCAAAATTTGGGTCAATCAAGTCAACAACTGCTCTGGTTGCTTATGCTTTTGCTCGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATA
GTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAAAAGGTCGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGATTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATC
AGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACTAATGGAGA
GTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCTCAAGAGTTGTTATGT
ATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGTGAAAGCTTCAGCGAG
TTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTCTACATGGAGTGTTGA
TTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAA
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:AAAATTTAAGTGAAGTGAATACAAATTAATTTTATGAGATTTAATGAGAGATTAATCTCATCCCTTGATCCAACTCATTTTCCACCGTTGGATTTTCCACCGTTGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATAGTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAA
AAGGTCGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGATTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGgtaaacctatattatttcctaatgtatttttaggatttgactttttcttatataataatcttcatgataccgttttccttttttgctccccttatattctttctatgcttactgtgc
aagatggaacattaacagAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATC
ATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGG
ATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCTCAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACT
TTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGTGAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATT
TATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTCTACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAA
Intron 6 GTAAGTACTC ... GCTACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.04 | 32 | 19 | 57 |
| A2 | 66.67 | 23 | 4 | 46 |
| A3 | 66.67 | 35 | 20 | 70 |
| A4 | 75 | 13 | 6 | 39 |
| A5 | 78.79 | 7 | 5 | 26 |
| A6 | 56.15 | 57 | 24 | 73 |
| A7 | 66.67 | 45 | 27 | 90 |
| A8 | 55.48 | 69 | 35 | 86 |
| A9 | 58.43 | 74 | 22 | 104 |
| A10 | 68.82 | 29 | 7 | 64 |
>TRINITY_DN45138_c2_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformTATCCTTACATCTTGGGCAGACCTCCCCTATTTTTTGGTGATTTAGAATATGCCTCTCCTCTTTGACAGAATTTGGAAGTAAAACGTGTTCATTCCAAGACATCAGAATTTAGGAGCCAAATTTGTGCATTTGGAAACTTCCTGGAAAAACTGTCACTATTTTTTGGTGATTTAAAGAATGCCCCTCGTCTGACAGGGTC
TTCTTGTATTTAATATTTTCTGGGGTTTTTGCATTTAATATTTTCTAGGGTTTATAGGTTATTCTATTGAATAGAACATCTCCTCTACAGCTGTAGTGTCCAATGGATCATATCACTGCATGCATCTCCAACGACAGATGAGGGAGCTGCAAAGGAAGGCGAAATCCCCTTCGGATTTTCTTGCCTGACAACAGATACAA
TGTACAAGAATTAAGGTTTTTGATGGCCCTATTAAATTGCCATAAATTGGATTTCATATTCCAGATTCAACTAATTGGAAGGCATGAATACTCATCAAGGGAATGCATCCTCTCTCCCTGATCGCTATACTCAACCCACAGGCTAGGTTTCTACAAGCGATAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCT
TCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTTGGGACACTGATCAATTTCTCAC
AGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTTGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCA
CCTCTCACATCAGGGAAGCAGATTGCGGTTCAATAGCTTGCACCCAACCATTGACTTCTACTCCTCCTGGTGCACCATGTGGCTGTGTATATCCAATGCAAGTGGAGCTTGAGCTTAGGGTGGCACTTCACGCCTTTTTCCAATTGGTTTCAG
>TRINITY_DN45138_c2_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:TATCCTTACATCTTGGGCAGACCTCCCCTATTTTTTGGTGATTTAGAATATGCCTCTCCTCTTTGACAGAATTTGGAAGTAAAACGTGTTCATTCCAAGACATCAGAATTTAGGAGCCAAATTTGTGCATTTGGAAACTTCCTGGAAAAACTGTCACTATTTTTTGGTGATTTAAAGAATGCCCCTCGTCTGACAGGGTC
TTCTTGTATTTAATATTTTCTGGGGTTTTTGCATTTAATATTTTCTAGGGTTTATAGGTTATTCTATTGAATAGAACATCTCCTCTACAGCTGTAGTGTCCAATGGATCATATCACTGCATGCATCTCCAACGACAGATGAGGGAGCTGCAAAGGAAGGCGAAATCCCCTTCGGATTTTCTTGCCTGACAACAGATACAA
TGTACAAGAATTAAGGTTTTTGATGGCCCTATTAAATTGCCATAAATTGGATTTCATATTCCAGATTCAACTAATTGGAAGGCATGAATACTCATCAAGGGAATGCATCCTCTCTCCCTGATCGCTATACTCAACCCACAGGCTAGGTTTCTACAAGCGATAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCT
TCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTTGGGACACTGATCAATTTCTCAC
AGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTTGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTgtaagtactctagagtctggaagtcgtcaacttgcacattcctcattttgaccaattacaaaagactcacgcattcaatacagtcaaatgttaccactgttacattggaagtc
atcaacttatacatttctcattgtggctagccataaaatatttacatgttcaagacatccaacctatgttaaccactgtatttagagaacaactcccattggatggcatgaatggatgaattttgtttgatactggcttgttatgagtagacctatgaatgtcatagttcaagctaccccctaggtgttaatattcaaat
aacactttttttactttagttggaagtgtcttatgctcatggtcattggctgtgctcatgatcttgacttatcattacctaaagacccattgcttattcaacaaggtcaaaatttgggtcaatcaagtcaacaactgctctggttgcttatgcttttgctcgggaaaacaaaataaataggaactataaggggtgcttgc
ataggatagtcaaaaagctggaaaaagctagtatacacccctccatagaatgtacaaaaggtcgacagtgttgtgttgggttctagttgatggttgacactttagcatgaggattgagaaatgcaactcagctactgcagAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAG
ATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACT
AATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGCTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCTCAAGAGT
TGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCGAATGGTTCTTGACCCGTATGAGACTAGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGTGAAAGCT
TCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTCTACATGG
AGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAATGACTTGTGAAAAGCATTTAATGTGACTTTATAACTTAAAGTCAATTTTGGGAAAAAATTTAAGTGAAGTGAATACAAATTAATTTTATGAGATTTAATGAGAGATTAAT
CTCATCCCTTGATCCAACTCATTTTCCACCGTTGGATTTTCCACCGTTGGGAAAACAAAATAAATAGGAACTATAAGGGGTGCTTGCATAGGATAGTCAAAAAGCTGGAAAAAGCTAGTATACACCCCTCCATAGAATGTACAAAAGGTCGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGA
TTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGGTAAACCTATATTATTTCCTAATGTATTTTTAGGATTTGACTTTTTCTTATATAATAATCTTCATGATACCGTTTTCCTTTTTTGCTCCCCTTATATTCTTTCTATGCTTACTGTGCAAGATGGAACATTAACAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAA
TTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGA
Intron 7 GCGGAGGGAA ... ACATTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 50.56 | 32 | 13.5 | 52 |
| A2 | 57.39 | 23 | 21 | 41 |
| A3 | 57.17 | 35 | 25.5 | 68 |
| A4 | 66.88 | 13 | 15.5 | 37 |
| A5 | 59.34 | 7 | 2.5 | 18 |
| A6 | 64.61 | 57.5 | 84 | 126 |
| A7 | 66.66 | 46 | 82 | 102 |
| A8 | 60.11 | 68.5 | 73.5 | 133 |
| A9 | 62.91 | 73.5 | 95.5 | 154 |
| A10 | 69.5 | 30 | 47 | 90 |
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoformCTCATCTTCATCTTCATGCATATCGTGTTTCAGGATATACACTGACTGCATTTTTTTTCAAGCTTCTTTGCCTCTGCTTGATTACGGGAATCCTGTTATTTGAGGTGCTTGCAACAATGAAAACAACAAGGCTTCTGCTTCTCTTTTTCTTCTGCTGTTTATCTCTAGGCCTTGCCAAGGATGAGATTGTAGCTGACATG
ACTTGTCGGGCCGAGACTGGTTTGCAATCTGAATTTGGCATTCACCAGGAATGGGAAGGCGAGTTCTTTCCTGGGATTCCAAAGATAAATTATGAGGGTCCATCGAGTAAGAACCCTCTGGCATACAAGTGGTATAATGCAGAAGAAGAGATTCTCGGAAAGAAAATGAAGGATTGGTTGAGATTTAGTGTTGCTTTCTG
GCACACATTTCGTGGGAGTGGTGCTGATCCATTTGGAGCTCCAACAAAGAGTTGGCCATGGGAAGATGGCACTAACTCATTGGCCATGGCTTTACGCAGAATGAGAGCAAATTTTGAGTTTCTCAGTAAGTTAGGAGTTGAGAGGTGGTGCTTTCATGACCGGGATATTGCTCCTGATGGAAGAACACTCTCAGAATCAA
ATGCCAATCTAGATGCTGTTGTTGCTCTTGCGAAGCAGCTTCAGGAGGGAACTGAAATTCGTCCTTTGTGGGGAACTGCCCAATTGTTTATGCATCCCCGCTATATGCATGGAGCTGCTACAAGTCCAGATATGCATGTGTATGCATATGCTGCAGCTCAAGTTAAGAAATCTATGGAGGTGACAAATGAACTAGGGGGA
GAGAATTTTGTTTTCTGGGGTGGAAGAGAGGGCTACCAAACTTTGTTGAATACTGATCTGAAAAAGGAACTTGACCATATGGCTAGGTTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAAC
AACAATGGGTTTCCTGCAGAGATATGGACTTGCAGATGATTTTAAACTAAACATTGAGTGCAATCATGCAACCCTCTCCGGGCACAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATTGATGCAAACACTGGAGATGCCCAGACAGGTTGGGACACTGATCAATTTCTCACAGATATTA
GTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTCGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCAC
ATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGT
TTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCTCAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGT
AACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGTGAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATAC
ATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTCTACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAA
GGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAA
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:TATGGTCTGGACTCTGCTAGGTTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTGCAGAGATATGGACTTGCAGATGATTTTAAACTAAACATTGAGTGCAATCA
TGCAACCCTCTCCGGGCACAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATTGATGCAAACACTGGAGATGCCCAGACAGGTTGGGACACTGATCAATTTCTCACAGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTCGCTCCTGGTGGTTTCAACT
TTGATGCGAAACTgcggagggaaagtgttgatgtagaagatttgttcattgctcatatatcagggatggacactttggcacgaggattgagaaatgcagctcagctgctgctggatggaacattaacagAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGC
TTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAACCTCCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGGAGAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACTAATGGAGAGTG
CAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGAAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGCTTGTTTAAGACCTGATTTTTTAAGAAAGACGGGATTGACT
TTTGTCTCTATCAAAAGAGCAAACCAGTGAGAATGGAATCTTGGTGGATGGTGAGTGATTCATGTCTCAATTGGAAAATTGATTTAACTTTTATTATGTGAGCAAACCAGTGAGAATGGAATCTTGGTGGATGGTGAGTGATTCATGTCTCAATTGGAAAATTGATTTAACTTTTA
Intron 8 GTGAGTTTTT ... TTTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.42 | 62 | 1 | 14 |
| A2 | 25 | 42 | 2 | 14 |
| A3 | 24.32 | 56 | 11 | 18 |
| A4 | 31.37 | 35 | 12 | 16 |
| A5 | 18.75 | 26 | 2 | 6 |
| A6 | 12.71 | 103 | 0 | 15 |
| A7 | 15.74 | 91 | 3 | 17 |
| A8 | 14.19 | 127 | 2 | 21 |
| A9 | 14.53 | 100 | 0 | 17 |
| A10 | 19.54 | 70 | 0 | 17 |
>TRINITY_DN121189_c0_g2_i6 from sample A3 / Example spliced isoformGGTTGACAGTGTTGTGTTGGGTTCTAGTTGATGGTTGACACTTTAGCATGAGGATTGAGAAATGCAACTCAGCTACTGCAGAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATTCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTC
ACATCAGGGAAGCAGGAACTCACAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCTATATAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATA
GTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAATCTCAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCT
GTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTCAGTGAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAAT
ACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCTGTCTACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTA
AAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAATGACTTGTGAAAAGCATTTAATGTGACTTTATAACTTAAAGTCACTTTTGGGTAAAAATTGAAGTGAAG
>TRINITY_DN121189_c0_g2_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:GTGCCAACCGGGCTGATTCAATTTGTCTCAGCTCCGGAAAAAGTTGCGAGTATAACTTGGATTCCTGAATAAACTCAGGAAGTTTTTCAGATCCTCACTTGGTAAAACTCAGCAAGTTTTTGAATGAAATTTTGTGAGTTGTTGGCAAGTTCGAGTCATGCTCTTACTCTCCAACCTCTCCGAGTCGTTCGTTGAGCCAA
GTTTTTCATCATTCATGTAGAATGTAGTTTTTATGATTGTGGATCCTGATGCCTAAGTAAACTTTTAATATGTTTTATTATGTCCTTTTACAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGgtgagtttttatggatcattttatgaagt
ggcatttgtgattcttgtggggaccaatgattagctctagaaaaatgtcttgcaatatatttattacccatttatttcttgcagGAACTCACAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCATCTCT
ATATAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGGTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTAAAAAA
TCTCAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCAAATGGTTCTTGACTCGTATGAGACTTGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGATACTTC
AGTGAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCGACTCT
GTCTACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAATGACTTGTGAAAAGCATTTAATGTGACTTTATAACTTAAAGTCACTTTTGGGTAAAAATTGAAGTGAAG
Intron 9 GTAAATATCA ... TCTTTGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.52 | 19 | 1 | 2 |
| A2 | 12.82 | 34 | 2 | 5 |
| A3 | 3.57 | 27 | 0 | 1 |
| A4 | 10 | 18 | 0 | 2 |
| A5 | 0 | 5 | 0 | 0 |
| A6 | 2.74 | 35.5 | 0 | 1 |
| A7 | 2.5 | 39 | 0 | 1 |
| A8 | 0 | 24 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 32 | 0 | 0 |
| A10 | 5.71 | 33 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i11 from sample A2 / Example spliced isoformCTCATCTTCATCTTCATGCATATCGTGTTTCAGGATATACACTGACTGCATTTTTTTTCAAGCTTCTTTGCCTCTGCTTGATTACGGGAATCCTGTTATTTGAGGTGCTTGCAACAATGAAAACAACAAGGCTTCTGCTTCTCTTTTTCTTCTGCTGTTTATCTCTAGGCCTTGCCAAGGATGAGATTGTAGCTGACATG
ACTTGTCGGGCCGAGACTGGTTTGCAATCTGAATTTGGCATTCACCAGGAATGGGAAGGCGAGTTCTTTCCTGGGATTCCAAAGATAAATTATGAGGGTCCATCGAGTAAGAACCCTCTGGCATACAAGTGGTATAATGCAGAAGAAGAGATTCTCGGAAAGAAAATGAAGGATTGGTTGAGATTTAGTGTTGCTTTCTG
GCACACATTTCGTGGGAGTGGTGCTGATCCATTTGGAGCTCCAACAAAGAGTTGGCCATGGGAAGATGGCACTAACTCATTGGCCATGGCTTTACGCAGAATGAGAGCAAATTTTGAGTTTCTCAGTAAGTTAGGAGTTGAGAGGTGGTGCTTTCATGACCGGGATATTGCTCCTGATGGAAGAACACTCTCAGAATCAA
ATGCCAATCTAGATGCTGTTGTTGCTCTTGCGAAGCAGCTTCAGGAGGGAACTGAAATTCGTCCTTTGTGGGGAACTGCCCAATTGTTTATGCATCCCCGCTATATGCATGGAGCTGCTACAAGGTTCTTGAAATAAGATTTATAGCATTTGATCCCTGTTAAATTGATAGGCTAACACTGTCATTTCTCTTTACATTCT
ATTGATGCTTTTACTTTTTCCTTGTCTGATTATTCAGTCCAGATATGCATGTGTATGCATATGCTGCAGCTCAAGTTAAGAAATCTATGGAGGTGACAAATGAACTAGGGGGAGAGAATTTTGTTTTCTGGGGTGGAAGAGAGGGCTACCAAACTTTGTTGAATACTGATCTGAAAAAGGAACTTGACCATATGGCTAGG
TTTCTACAAGCGGCAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCTTCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATC
GATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTAATGGGGCTTATAGTCCTGTGTTGTTTGATTGATTTCACAAGTTTCCACTTTCGAAGAAGGTATTGCATCCCTTTCTGGG
>TRINITY_DN116881_c6_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAAGAGCCTACAAAACACCAgtaaatatcatttgttctttaagtttttatataaattcattgttttatgtcttcatccccatgctttttgttgtactattagaaattgacaggtttaatggtaatttaagatttggttatcctctttgccagGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGG
ACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTAATGGGGCTTATAGTCCTGTGTTGTTTGATTGATTTCACAAGTTTCCACTTTCGAAGAAGGTATTGCATCCCTTTCTGGG
Intron 10 GTAAGTACTC ... ACATTAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 64.04 | 32 | 19 | 57 |
| A2 | 66.67 | 23 | 4 | 46 |
| A3 | 69.57 | 35 | 20 | 80 |
| A4 | 75 | 13 | 6 | 39 |
| A5 | 78.13 | 7 | 5 | 25 |
| A6 | 57.78 | 57 | 24 | 78 |
| A7 | 66.67 | 45 | 27 | 90 |
| A8 | 57.93 | 69 | 35 | 95 |
| A9 | 59.56 | 74 | 22 | 109 |
| A10 | 70.71 | 29 | 7 | 70 |
>TRINITY_DN45138_c2_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoformTATCCTTACATCTTGGGCAGACCTCCCCTATTTTTTGGTGATTTAGAATATGCCTCTCCTCTTTGACAGAATTTGGAAGTAAAACGTGTTCATTCCAAGACATCAGAATTTAGGAGCCAAATTTGTGCATTTGGAAACTTCCTGGAAAAACTGTCACTATTTTTTGGTGATTTAAAGAATGCCCCTCGTCTGACAGGGTC
TTCTTGTATTTAATATTTTCTGGGGTTTTTGCATTTAATATTTTCTAGGGTTTATAGGTTATTCTATTGAATAGAACATCTCCTCTACAGCTGTAGTGTCCAATGGATCATATCACTGCATGCATCTCCAACGACAGATGAGGGAGCTGCAAAGGAAGGCGAAATCCCCTTCGGATTTTCTTGCCTGACAACAGATACAA
TGTACAAGAATTAAGGTTTTTGATGGCCCTATTAAATTGCCATAAATTGGATTTCATATTCCAGATTCAACTAATTGGAAGGCATGAATACTCATCAAGGGAATGCATCCTCTCTCCCTGATCGCTATACTCAACCCACAGGCTAGGTTTCTACAAGCGATAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCT
TCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTTGGGACACTGATCAATTTCTCAC
AGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTTGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAGCATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCA
CCTCTCACATCAGGGAAGCAGATTGCGGTTCAATAGCTTGCACCCAACCATTGACTTCTACTCCTCCTGGTGCACCATGTGGCTGTGTATATCCAATGCAAGTGGAGCTTGAGCTTAGGGTGGCACTTCACGCCTTTTTCCAATTGGTTTCAG
>TRINITY_DN45138_c2_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TATCCTTACATCTTGGGCAGACCTCCCCTATTTTTTGGTGATTTAGAATATGCCTCTCCTCTTTGACAGAATTTGGAAGTAAAACGTGTTCATTCCAAGACATCAGAATTTAGGAGCCAAATTTGTGCATTTGGAAACTTCCTGGAAAAACTGTCACTATTTTTTGGTGATTTAAAGAATGCCCCTCGTCTGACAGGGTC
TTCTTGTATTTAATATTTTCTGGGGTTTTTGCATTTAATATTTTCTAGGGTTTATAGGTTATTCTATTGAATAGAACATCTCCTCTACAGCTGTAGTGTCCAATGGATCATATCACTGCATGCATCTCCAACGACAGATGAGGGAGCTGCAAAGGAAGGCGAAATCCCCTTCGGATTTTCTTGCCTGACAACAGATACAA
TGTACAAGAATTAAGGTTTTTGATGGCCCTATTAAATTGCCATAAATTGGATTTCATATTCCAGATTCAACTAATTGGAAGGCATGAATACTCATCAAGGGAATGCATCCTCTCTCCCTGATCGCTATACTCAACCCACAGGCTAGGTTTCTACAAGCGATAGTCAATTGGAAGAAGAGTATAGGCTTCAATGGAACTCT
TCTAATTGAACCCAAACCACAAGAGCCTACAAAACACCAGTATGATTGGGATGCTGCAACAACAATGGGTTTCCTACAGAGATATGGACTTGCAGCTGTCATCATGAGCTGGAAATGGCACGAATTTATGGGATGCTTGGTAATATCGATGCAAACACTGGAGGTGCCCAGACATGTTGGGACACTGATCAATTTCTCAC
AGATATTAGTGAAGCAACTTTGATCATGTTGACTGTTATCAAGAATGGTGGGCTTGCTCCTGGTGGTTTCAACTTTGATGCGAAACTgtaagtactctagagtctggaagtcgtcaacttgcacattcctcattttgaccaattacaaaagactcacgcattcaatacagtcaaatgttaccactgttacattggaagtc
atcaacttatacatttctcattgtggctagccataaaatatttacatgttcaagacatccaacctatgttaaccactgtatttagagaacaactcccattggatggcatgaatggatgaattttgtttgatactggcttgttatgagtagacctatgaatgtcatagttcaagctaccccctaggtgttaatattcaaat
aacactttttttactttagttggaagtgtcttatgctcatggtcattggctgtgctcatgatcttgacttatcattacctaaagacccattgcttattcaacaaggtcaaaatttgggtcaatcaagtcaacaactgctctggttgcttatgcttttgctcgggaaaacaaaataaataggaactataaggggtgcttgc
ataggatagtcaaaaagctggaaaaagctagtatacacccctccatagaatgtacaaaaggtcgacagtgttgtgttgggttctagttgatggttgacactttagcatgaggattgagaaatgcaactcagctactgcagatggaacattaacagAGCTTGTTCGAAAGCGTTATGAATCCTTTGATTCAAAATTAGGAG
CATCAATTGAGGAAGATAGTATCAGCTTTGAAGAACTTGAGAAGAAAGCCATAGAGTGGGGTGAGCCACCTCTCACATCAGGGAAGCAGGAACTCGCAGAGATGATTTTCCAGTCATACTTGTGATTGAACAGTATCATTTGGATGACTATTGGCATATGATACATCCATATTATTTAATAATGGACATGTTCAAAACCA
TCTCTATATAAAACTAATGGAGAGTGCAGAACTTAAGATTTGACCACTCAAATTATTAGAAGTGAGCAAAAATAGTTTTGCACAAAGCTTAGGTAACATTGGTTTTGTTACTTATTGTTAAGTTTTAAATTGACTGGATTCCTATGATCAAGATTGAGGAGGAAATGAAGTATAAGGGCTTTAAGTTTGTCTCAAGAGTA
AAAAATCTCAAGAGTTGTTATGTATCACTTGGAAGCTCTCTTAAATCAGGCCTTCTATGAGGATTTTGAGAGCTGTAACTTTAAGAAAAATGGTGCTCGAATGGTTCTTGACCCGTATGAGACTAGTGCTGTGAACTTTGCATCTTTCACCTCACTCAGAAATTTGGGGTGGGATGAAGTTCTCAGCAAAGGAACCAGAT
ACTTCAGTGAAAGCTTCAGCGAGTTCTGTGACCAAAAGATGAGCTTGATCATGTACATGTTGAATTGGACCAATACATGGCCAGAGAAATTGCTACAAGAATTTTTCATTGCAGCAAAAAAGTATGGTTCGTTCATTTATTAGCATTTTCCTTTCACCCTCCCCTACATGTATTCAGGGTTGATAAACTCACAAATTTCG
ACTCTGTCTACATGGAGTGTTGATTTTTATACCTAGGAAGTGTTTCCATAGTGAATTTTTTCCTAAGTCACTTAAAGGGGGAAATAAAGTGACCCTTGCATTAAATGACTTGTGAAAAGCATTTAATGTGACTTTATAACTTAAAGTCAATTTTGGGAAAAAATTTAAGTGAAGTGAATACAAATTAATTTTATGAGATT
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