sp|Q10MC0|NIN1_ORYSJ ----> Neutral/alkaline invertase 1, mitochondrial
Intron 1 GTAGTCATAC ... CTGTCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 62 | 19 | 11 | 51 |
| A2 | 65.81 | 20 | 16 | 61 |
| A3 | 74.58 | 15 | 15 | 73 |
| A4 | 67.92 | 17 | 34 | 38 |
| A5 | 80 | 5 | 15 | 25 |
| A6 | 71.01 | 10 | 15 | 34 |
| A7 | 76.07 | 14 | 26 | 63 |
| A8 | 47.62 | 11 | 4 | 16 |
| A9 | 76.92 | 12 | 21 | 59 |
| A10 | 68 | 24 | 30 | 72 |
>TRINITY_DN95193_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoformTATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGTTTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCA
CCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGGTACAATCTGGCCCTTTTAAAGCTC
TCTGTCTTCAGTAAAGTCAATATTCCTTATTTAGGTTATACAAACTTCCTCTCCAGATCCGGATCTAGTCCTGTGTATGATAATCCCACTCTGTTGGCCAGACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAACATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGATTGCTTAATCGATG
CTCTTTTGCAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGA
ATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCT
GCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAG
GGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTG
TCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATG
GGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGAC
AGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGG
CTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGG
AGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGA
AGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTA
GCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGCG
>TRINITY_DN95193_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGTTTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCA
CCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGgtagtcatacactaatctttcattcatttaacgtgcgctattcgattggttttagtacgtggcgtattttgtataagaagaattcatttgcggg
ttttgggattctgccattttatttcgtgcgtcggcgtttaatgtttgttgatatctgtatctgtctgaagATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGGTACAATCTGGCCCTTTTAAAGCTCTCTGTCTTCAGTAAAGTCAATATTCCTTATTTAGGT
TATACAAACTTCCTCTCCAGATCCGGATCTAGTCCTGTGTATGATAATCCCACTCTGTTGGCCAGACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAACATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGATTGCTTAATCGATGCTCTTTTGCAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTC
ATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCA
AAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCA
CTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCA
CACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCT
TATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTA
TTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAA
TATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATC
TTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCA
GAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCC
CATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCT
TTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGCG
Intron 2 GTACTGCTCT ... TGCCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.9 | 44.3 | 2 | 7 |
| A2 | 5.98 | 30.5 | 0 | 2.3 |
| A3 | 8.94 | 27.7 | 0 | 3.7 |
| A4 | 1.01 | 31.3 | 1 | 0.3 |
| A5 | 5.8 | 18.3 | 0 | 1.3 |
| A6 | 7.19 | 102.2 | 0 | 10 |
| A7 | 13.05 | 128.3 | 0 | 21.3 |
| A8 | 11.02 | 108.2 | 0 | 17.3 |
| A9 | 7.58 | 65.8 | 0 | 6.3 |
| A10 | 11.17 | 86.5 | 0 | 13 |
>TRINITY_DN35356_c0_g1_i3 from sample A8 / Example spliced isoformCGGGCCGTTCAATATTTAATATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGTTTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATT
TCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCTTTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGATTGGTTTTAGTACGTGGCGTATTTTGTATA
AGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGGTACAATCTGGCCCTTTTAAAGCTCTCTGTCTTCAGTAAAGT
CAATATTCCTTATTTAGGTTATACAAACTTCCTCTCCAGATCCGGATCTAGTCCTGTGTATGATAATCCCACTCTGTTGGCCAGACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAACATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGATTGCTTAATCGATGCTCTTTTGCAGCACAAA
GGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCT
TCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAA
GGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTG
TCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCT
GGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCC
TCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTG
ATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATT
GAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGGTACCAGATCATCCATATTTACTGCAGTCATTACCGTTGAAGGT
GTGGTGTTCTAACTTGTGTTTCTGGATGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGAT
ACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTA
GCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGT
GTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTG
TTTTATTGAACTGATTGATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAGCAGGCCCC
>TRINITY_DN35356_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:CTGGCAGTGATCCAAAGAATACgtactgctctctccttttgcttatattgattgttaatatgcatggttttgtacattgggatttagaagggaagcatatataaatgtttgtaggcatgcatgttttcaatttaatgttcggggttctgtttgcattcagtgttcacttttactattgaagtcatatgtcctatgtgagt
gctgaaggacaggatgaacttttgcagttgcattttgtgtgttgtatgttggcatgtacctgctgtaagatgctgaaaaagtattatgttcacctatcctaatgttgccatctgcttcatttttcctgctttatttttgattgcttgctatgggaaagggctaatgcatgtaataaaagcataaataatgattctagaaa
tggatggaagtagaaaaggaaaagacaaacacatgcttgaattacttttcagcataggatttctattcatggcattaatcgctgcaaaatatgattttgaaaaagtattatgttcacctgtcctagtgctgtcatctgtgatcatctatcctactttgtttttgattgcttgatatggaacagacctaatgcatgcaata
taagcatacagaatgattctagaactggatggaattagaattggaaaaacaaatacatgcttgaatcacttttcagcataggatttctatttttggcattaatagctgcaaaatatgccatgcagGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGGTACCAGATCATCCATATTTACTGCA
GTCATTACCGTTGAAGGTGTGGTGTTCTAACTTGTGTTTCTGGATGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGA
CCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAA
ATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTT
ATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTT
GCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATTGATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAGCAGGCCCC
Intron 3 GTACAATCTG ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.14 | 25 | 69 | 43 |
| A2 | 68.42 | 24 | 63 | 41 |
| A3 | 67.02 | 31 | 73 | 53 |
| A4 | 64.23 | 22 | 40 | 39 |
| A5 | 60.56 | 14 | 30 | 13 |
| A6 | 73.08 | 14 | 43 | 33 |
| A7 | 66.51 | 36 | 86 | 57 |
| A8 | 88 | 3 | 22 | 22 |
| A9 | 67.92 | 17 | 38 | 34 |
| A10 | 64.76 | 37 | 83 | 53 |
>TRINITY_DN38509_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoformACACTTATCTCGGGCCGTTCAATATTTAATATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGTTTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGT
GTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCTTTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGATTGGTTTTAGTACGTGGCGT
ATTTTGTATAAGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTG
AAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTC
GGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGA
AAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTT
CAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAG
GTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACT
CTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTAT
CCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGG
CAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAA
GGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGT
GCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGT
AATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTAC
CGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATTGATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAG
CAG
>TRINITY_DN38509_c0_g1_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:ACACTTATCTCGGGCCGTTCAATATTTAATATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGTTTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGT
GTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCTTTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGATTGGTTTTAGTACGTGGCGT
ATTTTGTATAAGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGgtacaatctggcccttttaaagctctctgtct
tcagtaaagtcaatattccttatttaggttatacaaacttcctctccagatccggatctagtcctgtgtatgataatcccactctgttggccagacatagatattattgtgaaaaatcgccgttaattatgagtccaagcagttcgttgggaacattagcagcacagccctgttgtcgattgcttaatcgatgctctttt
gcagCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGAATTCGAA
TGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCTGCTACAT
CGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAGGGGAGAG
ACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTGTCGCTCC
TGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATGGGCATTC
ATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGACAGAAGAA
TATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGGCTATATT
GAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAG
ATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGAC
CTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTAT
TTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAG
CTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATTGATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACT
CGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAGCAG
Intron 4 GCCTTGGTCG ... CCTTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.05 | 19 | 47 | 56 |
| A2 | 69.09 | 17 | 32 | 44 |
| A3 | 87.88 | 4 | 30 | 28 |
| A4 | 71.43 | 11 | 32 | 23 |
| A5 | 52.73 | 13 | 19 | 10 |
| A6 | 62.02 | 79 | 109 | 149 |
| A7 | 69.38 | 64 | 137 | 153 |
| A8 | 70.85 | 58 | 118 | 164 |
| A9 | 73.91 | 27 | 70 | 83 |
| A10 | 77.44 | 30 | 93 | 113 |
>TRINITY_DN96867_c0_g1_i4 from sample A5 / Example spliced isoformAACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCTTTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGA
TTGGTTTTAGTACGTGGCGTATTTTGTATAAGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGGTACAATCTGGC
CCTTTTAAAGCTCTCTGTCTTCAGTAAAGTCAATATTCCTTATTTAGGTTATACAAACTTCCTCTCCAGATCCGGATCTAGTCCTGTGTATGATAATCCCACTCTGTTGGCCAGACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAACATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGAT
TGCTTAATCGATGCTCTTTTGCAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGAT
TCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGA
TTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTG
CATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCG
GCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGAT
TGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTT
ATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCA
GAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCA
GAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCC
CATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCT
TTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCG
>TRINITY_DN96867_c0_g1_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:AACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCTTTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGA
TTGGTTTTAGTACGTGGCGTATTTTGTATAAGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTGGGCGGTGTTTGGGAGGTACAATCTGGC
CCTTTTAAAGCTCTCTGTCTTCAGTAAAGTCAATATTCCTTATTTAGGTTATACAAACTTCCTCTCCAGATCCGGATCTAGTCCTGTGTATGATAATCCCACTCTGTTGGCCAGACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAACATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGAT
TGCTTAATCGATGCTCTTTTGCAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGAT
TCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGA
TTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTG
CATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCG
GCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGAT
TGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTT
ATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCA
GAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACgccttggtcgtatcataatggaggatcatggccgacactcctttggcagTTTACTATTGCATG
CATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTA
TATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAAT
TACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCG
Intron 5 GTACCAGATC ... CTGGATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.53 | 50.7 | 3.6 | 15 |
| A2 | 33.57 | 40.4 | 1.6 | 20 |
| A3 | 19.53 | 25.6 | 1.9 | 6 |
| A4 | 21.3 | 20.1 | 1.1 | 5 |
| A5 | 29.63 | 9.6 | 0.2 | 4 |
| A6 | 32.12 | 139.2 | 4.7 | 65 |
| A7 | 23.33 | 141.2 | 11.2 | 42 |
| A8 | 25.85 | 152 | 7.6 | 52 |
| A9 | 22.27 | 73.9 | 3.6 | 20 |
| A10 | 22.33 | 103.7 | 9.7 | 29 |
>TRINITY_DN38509_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoformCCTTTTGCTTATATTGATTGTTAATATGCATGGTTTTGTACATTGGGATTTAGAAGGGAAGCATATATAAATGTTTGTAGGCATGCATGTTTTCAATTTAATGTTCGGGGTTCTGTTTGCATTCAGTGTTCACTTTTACTATTGAAGTCATATGTCCTATGTGAGTGCTGAAGGACAGGATGAACTTTTGCAGTTGCATT
TTGTGTGTTGTATGTTGGCATGTACCTGCTGTAAGATGCTGAAAAAGTATTATGTTCACCTATCCTAATGTTGCCATCTGCTTCATTTTTCCTGCTTTATTTTTGATTGCTTGCTATGGGAAAGGGCTAATGCATGTAATAAAAGCATAAATAATGATTCTAGAAATGGATGGAAGTAGAAAAGGAAAAGACAAACACAT
GCTTGAATTACTTTTCAGCATAGGATTTCTATTCATGGCATTAATCGCTGCAAAATATGATTTTGAAAAAGTATTATGTTCACCTGTCCTAGTGCTGTCATCTGTGATCATCTATCCTACTTTGTTTTTGATTGCTTGATATGGAACAGACCTAATGCATGCAATATAAGCATACAGAATGATTCTAGAACTGGATGGAA
TTAGAATTGGAAAAACAAATACATGCTTGAATCACTTTTCAGCATAGGATTTCTATTTTTGGCATTAATAGCTGCAAAATATGCCATGCAGGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATT
GCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATG
TCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTC
TCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATG
CAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATTGATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAG
AGAAATATAGCAG
>TRINITY_DN38509_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCTTTTGCTTATATTGATTGTTAATATGCATGGTTTTGTACATTGGGATTTAGAAGGGAAGCATATATAAATGTTTGTAGGCATGCATGTTTTCAATTTAATGTTCGGGGTTCTGTTTGCATTCAGTGTTCACTTTTACTATTGAAGTCATATGTCCTATGTGAGTGCTGAAGGACAGGATGAACTTTTGCAGTTGCATT
TTGTGTGTTGTATGTTGGCATGTACCTGCTGTAAGATGCTGAAAAAGTATTATGTTCACCTATCCTAATGTTGCCATCTGCTTCATTTTTCCTGCTTTATTTTTGATTGCTTGCTATGGGAAAGGGCTAATGCATGTAATAAAAGCATAAATAATGATTCTAGAAATGGATGGAAGTAGAAAAGGAAAAGACAAACACAT
GCTTGAATTACTTTTCAGCATAGGATTTCTATTCATGGCATTAATCGCTGCAAAATATGATTTTGAAAAAGTATTATGTTCACCTGTCCTAGTGCTGTCATCTGTGATCATCTATCCTACTTTGTTTTTGATTGCTTGATATGGAACAGACCTAATGCATGCAATATAAGCATACAGAATGATTCTAGAACTGGATGGAA
TTAGAATTGGAAAAACAAATACATGCTTGAATCACTTTTCAGCATAGGATTTCTATTTTTGGCATTAATAGCTGCAAAATATGCCATGCAGGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGgtaccagatcatccatatttactgcagtcattaccgttgaaggtgtggtgttctaacttg
tgtttctggatgcagTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTC
ATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTT
ATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTT
ATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATT
GATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAGCAG
Intron 6 GTACAATCTG ... TGTTGGCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.25 | 30 | 69 | 60 |
| A2 | 62.57 | 32 | 63 | 44 |
| A3 | 60.17 | 47 | 73 | 69 |
| A4 | 64.14 | 26 | 40 | 53 |
| A5 | 56.63 | 18 | 30 | 17 |
| A6 | 64.8 | 22 | 43 | 38 |
| A7 | 62.61 | 43 | 86 | 58 |
| A8 | 75.76 | 8 | 22 | 28 |
| A9 | 68 | 20 | 38 | 47 |
| A10 | 63.4 | 43 | 83 | 66 |
>TRINITY_DN31899_c0_g1_i1 from sample A6 / Example spliced isoformCCGTAACATCCCGCTTTACACTTTCGGCACCGTGCTTTATAGTCATTACACTTATCTCGGGCCGTTCAATATTTAATATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGT
TTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCT
TTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGATTGGTTTTAGTACGTGGCGTATTTTGTATAAGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTG
GGCGGTGTTTGGGAGACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAACATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGATTGCTTAATCGATGCTCTTTTGCAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCAT
GGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCTACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAA
ATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGAAAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTG
TGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCATAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTG
GACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAGGTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGA
GTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTTACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGG
ATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGATTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATC
AAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGGGCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAA
GAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGACACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAAC
AGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCATTCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCAC
AGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTATCAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTG
AAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTATCAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTC
TTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATTGATGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAGCAGGCCTA
>TRINITY_DN31899_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCGTAACATCCCGCTTTACACTTTCGGCACCGTGCTTTATAGTCATTACACTTATCTCGGGCCGTTCAATATTTAATATCACAAAGCTTGAAATGTGTGTTTGACTCTGTTTCTTTTGAACCTAATGACAGCAAAACAGCCAATGATCCGGGAAGCTTCAAGGAAGTAGCTTGGAGTGGGTTTCGGAAGGCACCCGGAGT
TTGAGTTTAATTTCCCGGACAAAGTTCAACCTTTCCGTTATTCATGTGTCAGATATTTCGTGTCCTGAGTTCCTCACCATCTCCGATATTTGTTTTGTCCGTCCGATATTTCAAGTTCTGAGTTACTCACCGATATCTGTTTTGTCCTTCCGACCATGTTGAGCTTGTGGCTGGGGCTAAAGGTAGTCATACACTAATCT
TTCATTCATTTAACGTGCGCTATTCGATTGGTTTTAGTACGTGGCGTATTTTGTATAAGAAGAATTCATTTGCGGGTTTTGGGATTCTGCCATTTTATTTCGTGCGTCGGCGTTTAATGTTTGTTGATATCTGTATCTGTCTGAAGATAAGAGATTAAGATTCCTGATCCGCAGGAAGGGTGTGAGGATTTCGTTCATTG
GGCGGTGTTTGGGAGgtacaatctggcccttttaaagctctctgtcttcagtaaagtcaatattccttatttaggttatacaaacttcctctccagatccggatctagtcctgtgtatgataatcccactctgttggccagACATAGATATTATTGTGAAAAATCGCCGTTAATTATGAGTCCAAGCAGTTCGTTGGGAA
CATTAGCAGCACAGCCCTGTTGTCGATTGCTTAATCGATGCTCTTTTGCAGCACAAAGGAAACCCTCATACATCTCATCTTTGAAAACCTTAGCTGTATCATGTGGATCCTTCAACAGATCGTCATGGTTCAGGCACGCTGCTTTCAAAAGGTGTACAAGTATGCCCAAAATCCATAGAAGGGCATTGTCAGATTTTGCT
ACGAGTGCCGAATTCTTACAGGAGGATTCAGAAATCAAGAATTCGAATGGGGGTTCTTCGTTTGCTGTTGCCATCAAAACCTCGGAAGAAGAATCTTGCATTTCTTCTCCCACAATTGGGCCTAAAATTGAATGTGTGAGGCCAGAGAGAATTTATGTTACTAGCGTAAATCCTCTTGAGGTAGAGAGGATCGAAGAAGA
AAAATTCACCGACGTTGTGTTGGAAGATTCACGGTCTCCTGCTACATCGGTTCCAAAGGAGGAAAAAGAATCGCCACTAGAGAAAGAAGCATGGAATCTTCTGAGAGCCGCGGTTGTGAATTATTGTGGAAGCCCAATTGGGACTGTTGCGGCAAACGATCCATCTGATACCACTCCCCTCAACTATGATCAGGTGTTCA
TAAGGGATTTTGTTCCTTCTGCTCTTGCATTTATGCTCAGGGGAGAGACAGAGATTGTCCGGAATTTCCTTCTCCACACTCTTCAATTGCAGAGCTGGGAAAAGACTGTGGACTGTTACAGCCCTGGACAGGGATTGATGCCAGCCAGTGTCAAGGTTAGGACTGTACCTCTTGATGGCAACAATCAAGCAGTTGAGGAG
GTGTTGGATCCTGATTTTGGAGAGTCGGCAATAGGCCGTGTCGCTCCTGTTGACTCTGGACTCTGGTGGATTATCTTATTGAGGTCTTATGGAAAGATAACTGGAGATTTTGCCCTTCAGGAGAGAGTGGATGTTCAAACAGGCATTAAATTGATTTTAAAGCTATGTTTAGCAGATGGGTTTGACATGTTCCCAACTTT
ACTAGTAACTGATGGTTCTTGTATGATTGATCGGCGCATGGGCATTCATGGACACCCTCTTGAAATTCAGGCTTTATTCTACTCTGCTCTTCGTTGTGCACGAGAAATAATGATTGTTGATGATGGATCAAAGAACTTACTGAGGGCTGTAAATAGCAGGCTAAGTGCACTGGCTTTTCATATCAGAGAGTATTATTGGA
TTGATACGATAAAGCTCAATGAAATTTATAGATACAAGACAGAAGAATATACCCCTGATGCTGTCAACAAGTTCAATATTTATCCAGAGCAAATTCCATCATGGCTTGTTGATTGGATGCCTGATCAAGGGGGGTTCCTAATTGGGAACCTCCAGCCTGCTCACATGGATTTCAGGTTTTTCTCTTTGGGAAATCTTTGG
GCTATAGTAACATCTCTAACTACTCCAGAACAGGCTGAGGCTATATTGAACCTAATTGAGAGCAAATGGGATGATCTTGTGGGCAACATGCCTATGAAAATCTGCTTTCCTGCATTGGAATATGAAGAGTGGCGAATTATCACTGGCAGTGATCCAAAGAATACGCCTTGGTCGTATCATAATGGAGGATCATGGCCGAC
ACTCCTTTGGCAGTTTACTATTGCATGCATAAAGATGGGGAGGCCAGATCTAGCAAGTAAAGCAGTGGAAATTGCAGAGAAAAGGATTTCGAAAGACCAGTGGCCAGAGTATTATGACACCAAAACAGCAAGATTTATTGGCAAGCAGGCTCGACTGTACCAGACCTGGTCAATTGCTGGATACCTTGCTGCCAAGTCAT
TCCTAGCTAATCCGGAGATAGCATGTATATTGGCATGTGAAGAGGACCTTGCCCTCATGGAAGGATGTTCATGTCCCATAAGTGCTAGCCCTCGTAGAAAATGTTCCCGAAATGCAATGCGAGCACAGTCACGCATTCTTGTATAGAAATCTCCCATGGAAAAAATTCTTTGCAATTTATTAGCTAGAATATTCATTTAT
CAAATTTAACCCAATTTGTAGAGGAATTACAAGCCCTCTAGCAGTATTTTAAATGCTAGAAGAGAGCTTTCTCTCTTTGGGGTAATTGTAATTAAATGTAATGTTAAAATTGTCAAAATTTGTTTGAAAGGAACACTCCCAACACCATTGCTTGTAACCTTTTTATACGAAACGATTTGGGTGTCAAGAGCTCATTTTAT
CAACAGGATTTATAACAGACCCAGCAATTTCATATGGAACTCGGAAGCTGAAAAGAGTGATGGGATTTTCATGCAAGGAGTACCGCAATATGTTTAGAGATCCGGTGGAATGATTTGCAACATGTCTTTCTTATTAAAAGTTCCACTTGCACAATGAACACTTTGCAACAAGTTTCTCTTTGTTTTATTGAACTGATTGA
TGATATCATCACATTCCATGTTCTGTACATGACTCAATTTAGTCACTCGATGCTTAGCAAATTCAGTGTAAAGAGAAATATAGCAGGCCTA