sp|Q9ZVN4|DSP1_ARATH ----> Tyrosine-protein phosphatase DSP1

Intron 1 GTAATACTTA ... ATTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.97	15.6	8	6.1
A2	0	3	0	2
A3	0	6.3	0	2.7
A4	5.41	18.1	1	4.1
A5	46.8	4.2	3	6.4
A6	33.22	38.4	19	4.7
A7	24.1	44.2	14	15.9
A8	19.63	37.4	9	4.8
A9	24.3	34.3	11	11.6
A10	27.03	35.1	13	7.4

>TRINITY_DN111110_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTGAATTTTGGCTCACGGCATGAAGTCTGAGTTCTTTTTTCAATCGAGGATACTTTAGCCTTGGCCTTTTGTGAGGTTTACAACAATTGTAAATAATGTTGTGCTGTTCTACAAGTCAATTTGATTGAATCTAATGGCCTCACGGCTCCTCAAAATTGTAGCCGTGAATGAACCAATCCCAATCCCATAATGGGAATCC
CCACATTTTGAAAAAACTAAAAGGAATATTATTAAATAACAATAACCACCACTCCCAGATAGGTATATGCAGAACAAGTGAGAAGATCCAGTTCCCTAGATTCCAACCATTACCTTAATCCGAATTTAGATTTCCTCAAAGTCCCTAATTCATTCTCGTGAATCGATACTTAGCTCCAAATTAGAGCAAGATCAAGCAAT
AGAATGGACTACTTAATAAGTATCGAGGCGCATGCATCTTTTCAACGGATCCATCCGAAATTAGCGTGAATATTCATCTGAAGCGTCGCCCAATTGATCGATTCGGCTTCAGAAGCATACCCACTATTCCGAGAGGAACCCAACGAGCTAAATTTATACTGAAGTGGCTAATTATAGGCATATTTTCATATGCGTATTCT
CTCGGGAATGTTGTATCGCCAGGCACTGACAACAGCAATCCAGAAGTACCATTACAGCTAAAAAGCACGGGTGGATCCTGTATTCAACAGAATTTTGTCGTTCTGGTTGATTCCATGAATCTGAGCGGGGCCCTTGCCTGTTGATTCCTGGCAAAATCTTCACAGTGAAATTTGAATTTTGGGTATGATAGACATGATAT
TCCACGAGCTGGACGTCGTCCAACAAGGAGGAAATGGTCATAGCCACGAAGGAGCAGTTGAAGAGGAGGGATTGCTAATTCCACCTGTTAATTATTCAATGGTGGACAAGGGCGTTTACAGGTCTGGATTCCCCAACATTATCAACTTCCCGTTTCTGGAGACTCTTCATCTGCGCTCAATCATCTATCTTTGCCAGGAG
CCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAATATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGGTAGGTGATTACTTGAACGGGAAATTGCAGGTAAGCTGCCATGCATTAAATTTCAGCTAGGATC
CTTTTTCATATTTTATTCATACTGTGTTACAGATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGCATCGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCAACATTTTATTG
AGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCA
AGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCATATGAATGTAC
ATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAA

>TRINITY_DN111110_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGAATTTTGGCTCACGGCATGAAGTCTGAGTTCTTTTTTCAATCGAGGATACTTTAGCCTTGGCCTTTTGTGAGGTTTACAACAATTGTAAATAATGTTGTGCTGTTCTACAAGTCAATTTGATTGAATCTAATGGCCTCACGGCTCCTCAAAATTGTAGCCGTGAATGAACCAATCCCAATCCCATAATGGGAATCC
CCACATTTTGAAAAAACTAAAAGGAATATTATTAAATAACAATAACCACCACTCCCAGATAGGTATATGCAGAACAAGTGAGAAGATCCAGTTCCCTAGATTCCAACCATTACCTTAATCCGAATTTAGATTTCCTCAAAGTCCCTAATTCATTCTCGTGAATCGATACTTAGCTCCAAATTAGAGCAAGATCAAGCAAT
AGAATGGACTACTTAATAAGTATCGAGGCGCATGCATCTTTTCAACGGATCCATCCGAAATTAGCGTGAATATTCATCTGAAGCGTCGCCCAATTGATCGATTCGGCTTCAGAAGCATACCCACTATTCCGAGAGGAACCCAACGAGCTAAATTTATACTGAAGTGGCTAATTATAGGCATATTTTCATATGCGTATTCT
CTCGGGAATGTTGTATCGCCAGGCACTGACAACAGCAATCCAGAAGTACCATTACAGCTAAAAAGCACGGGTGGATCCTGTATTCAACAGAATTTTGTCGTTCTGGTTGATTCCATGAATCTGAGCGGGGCCCTTGCCTGTTGATTCCTGGCAAAATCTTCACAGTGAAATTTGAATTTTGGGTATGATAGACATGATAT
TCCACGAGCTGGACGTCGTCCAACAAGGAGGAAATGGTCATAGCCACGAAGGAGCAGTTGAAGAGGAGGGATTGCTAATTCCACCTGTTAATTATTCAATGGTGGACAAGGGCGTTTACAGGTCTGGATTCCCCAACATTATCAACTTCCCGTTTCTGGAGACTCTTCATCTGCGCTCAATCATCTATCTTTGCCAGGAG
CCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAATATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGGTAGGTGATTACTTGAACGGGAAATTGCAGGTAAGCTGCCATGCATTAAATTTCAGCTAGGATC
CTTTTTCATATTTTATTCATACTGTGTTACAGATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGgtaatacttattattttgttcctatttcatgacatatatgaatcttggttgacttgtaaaatctgtaaaaaattgtcatttccataaatttccaaccctattatggttctcatttgtgcagCAT
CGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCAACATTTTATTGAGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGT
TGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCAAGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCC
CTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCATATGAATGTACATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAA

Intron 2 GTGATTACTT ... TGTGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.17	13	9	10
A2	20	2	1	0
A3	31.21	18	15	1.3
A4	33.49	16	8	8.3
A5	12.5	7	2	0
A6	38.95	46	33	26
A7	38.61	51	35.3	29
A8	36.14	45	22	29.3
A9	50.12	32	38	26.3
A10	38.32	55	38	30.7

>TRINITY_DN40811_c0_g1_i3 from sample A7 / Example spliced isoform

AAGAAATCATGGGCTGTGGATATCTGTCGTGAACGTCATCACATACATGGCCATTGAATTTTGGCTCACGGCATGAAGTCTGAGTTCTTTTTTCAATCGAGGATACTTTAGCCTTGGCCTTTTGTGAGGTTTACAACAATTGTAAATAATGTTGTGCTGTTCTACAAGTCAATTTGATTGAATCTAATGGCCTCACGGCT
CCTCAAAATTGTAGCCGTGAATGAACCAATCCCAATCCCATAATGGGAATCCCCACATTTTGAAAAAACTAAAAGGAATATTATTAAATAACAATAACCACCACTCCCAGATAGGTATATGCAGAACAAGTGAGAAGATCCAGTTCCCTAGATTCCAACCATTACCTTAATCCGAATTTAGATTTCCTCAAAGTCCCTAA
TTCATTCTCGTGAATCGATACTTAGCTCCAAATTAGAGCAAGATCAAGCAATAGAATGGACTACTTAATAAGTATCGAGGCGCATGCATCTTTTCAACGGATCCATCCGAAATTAGCGTGAATATTCATCTGAAGCGTCGCCCAATTGATCGATTCGGCTTCAGAAGCATACCCACTATTCCGAGAGGAACCCAACGAGC
TAAATTTATACTGAAGTGGCTAATTATAGGCATATTTTCATATGCGTATTCTCTCGGGAATGTTGTATCGCCAGGCACTGACAACAGCAATCCAGAAGTACCATTACAGCTAAAAAGCACGGGTGGATCCTGTATTCAACAGAATTTTGTCGTTCTGGTTGATTCCATGAATCTGAGCGGGGCCCTTGCCTGTTGATTCC
TGGCAAAATCTTCACAGTGAAATTTGAATTTTGGGTATGATAGACATGATATTCCACGAGCTGGACGTCGTCCAACAAGGAGGAAATGGTCATAGCCACGAAGGAGCAGTTGAAGAGGAGGGATTGCTAATTCCACCTGTTAATTATTCAATGGTGGACAAGGGCGTTTACAGGTCTGGATTCCCCAACATTATCAACTT
CCCGTTTCTGGAGACTCTTCATCTGCGCTCAATCATCTATCTTTGCCAGGAGCCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAATATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGGTAGATGTTGGG
AATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGCATCGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCAACATTTTATTGAGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGT
ATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCAAGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCAT
CTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCATATGAATGTACATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCT
TTAAGCAATCCATTTTAAGTCTATCAATTGCAGGGGATTCTTATTCATATGACAAACTTGCTCAGCTCCATTGACAAATCAATCTTTAACATTCAGGAGACCATTTTTAAATTAAGGCTAATATATATAGGAATGAATAAGATCTTTGTAAAGACGTTCAATCAGATAGCAAGTATAGAAAATAGTTTCCAGAAATACTT
GAATTGGAACTAATTGTTTATAGGATTATGCATGATAAAAAAAATTATATGGTTATG

>TRINITY_DN40811_c0_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AAGAAATCATGGGCTGTGGATATCTGTCGTGAACGTCATCACATACATGGCCATTGAATTTTGGCTCACGGCATGAAGTCTGAGTTCTTTTTTCAATCGAGGATACTTTAGCCTTGGCCTTTTGTGAGGTTTACAACAATTGTAAATAATGTTGTGCTGTTCTACAAGTCAATTTGATTGAATCTAATGGCCTCACGGCT
CCTCAAAATTGTAGCCGTGAATGAACCAATCCCAATCCCATAATGGGAATCCCCACATTTTGAAAAAACTAAAAGGAATATTATTAAATAACAATAACCACCACTCCCAGATAGGTATATGCAGAACAAGTGAGAAGATCCAGTTCCCTAGATTCCAACCATTACCTTAATCCGAATTTAGATTTCCTCAAAGTCCCTAA
TTCATTCTCGTGAATCGATACTTAGCTCCAAATTAGAGCAAGATCAAGCAATAGAATGGACTACTTAATAAGTATCGAGGCGCATGCATCTTTTCAACGGATCCATCCGAAATTAGCGTGAATATTCATCTGAAGCGTCGCCCAATTGATCGATTCGGCTTCAGAAGCATACCCACTATTCCGAGAGGAACCCAACGAGC
TAAATTTATACTGAAGTGGCTAATTATAGGCATATTTTCATATGCGTATTCTCTCGGGAATGTTGTATCGCCAGGCACTGACAACAGCAATCCAGAAGTACCATTACAGCTAAAAAGCACGGGTGGATCCTGTATTCAACAGAATTTTGTCGTTCTGGTTGATTCCATGAATCTGAGCGGGGCCCTTGCCTGTTGATTCC
TGGCAAAATCTTCACAGTGAAATTTGAATTTTGGGTATGATAGACATGATATTCCACGAGCTGGACGTCGTCCAACAAGGAGGAAATGGTCATAGCCACGAAGGAGCAGTTGAAGAGGAGGGATTGCTAATTCCACCTGTTAATTATTCAATGGTGGACAAGGGCGTTTACAGGTCTGGATTCCCCAACATTATCAACTT
CCCGTTTCTGGAGACTCTTCATCTGCGCTCAATCATCTATCTTTGCCAGGAGCCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAATATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGGTAGgtgattac
ttgaacgggaaattgcaggtaagctgccatgcattaaatttcagctaggatcctttttcatattttattcatactgtgttacagATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGGTAATACTTATTATTTTGTTTCTATTTCATGACATATATGAATCTTGGTTGACTTGTAAAATCTGTAAAAAA
TTGTCATTTCCATAAATTTCCAACCCTATTATGGTTCTCATTTGTGCAGCATCGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCAACATTTTATTGAGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGC
GGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCAAGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAG
CTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCATATGAATGTACATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATAT
CAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAAGTCTATCAATTGCAGGGGATTCTTATTCATATGACAAACTTGCTCAGCTCCATTGACAAATCAATCTTTAACATTCAGGAGACCATTTTTAAATTAAGGCTAATATATATAGGAATGAATAAGATCTTTGTAAAGACGTTCAATCAGATAGCAAGTATAGAAAATAGTT
TCCAGAAATACTTGAATTGGAACTAATTGTTTATAGGATTATGCATGATAAAAAAAATTATATGGTTATG

Intron 3 GTAGGTGATT ... TGTGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.02	13	6.5	10.9
A2	16.67	2	0.8	0
A3	29.07	18	13.5	1.6
A4	34.95	16	7	10.4
A5	13.55	8	2.6	0
A6	40.04	47	32.6	30.5
A7	38.51	52	32.9	32.6
A8	36.54	46	19.2	34.1
A9	48.63	34	37.3	27.5
A10	38.95	55	34.8	35.8

>TRINITY_DN111110_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTGAATTTTGGCTCACGGCATGAAGTCTGAGTTCTTTTTTCAATCGAGGATACTTTAGCCTTGGCCTTTTGTGAGGTTTACAACAATTGTAAATAATGTTGTGCTGTTCTACAAGTCAATTTGATTGAATCTAATGGCCTCACGGCTCCTCAAAATTGTAGCCGTGAATGAACCAATCCCAATCCCATAATGGGAATCC
CCACATTTTGAAAAAACTAAAAGGAATATTATTAAATAACAATAACCACCACTCCCAGATAGGTATATGCAGAACAAGTGAGAAGATCCAGTTCCCTAGATTCCAACCATTACCTTAATCCGAATTTAGATTTCCTCAAAGTCCCTAATTCATTCTCGTGAATCGATACTTAGCTCCAAATTAGAGCAAGATCAAGCAAT
AGAATGGACTACTTAATAAGTATCGAGGCGCATGCATCTTTTCAACGGATCCATCCGAAATTAGCGTGAATATTCATCTGAAGCGTCGCCCAATTGATCGATTCGGCTTCAGAAGCATACCCACTATTCCGAGAGGAACCCAACGAGCTAAATTTATACTGAAGTGGCTAATTATAGGCATATTTTCATATGCGTATTCT
CTCGGGAATGTTGTATCGCCAGGCACTGACAACAGCAATCCAGAAGTACCATTACAGCTAAAAAGCACGGGTGGATCCTGTATTCAACAGAATTTTGTCGTTCTGGTTGATTCCATGAATCTGAGCGGGGCCCTTGCCTGTTGATTCCTGGCAAAATCTTCACAGTGAAATTTGAATTTTGGGTATGATAGACATGATAT
TCCACGAGCTGGACGTCGTCCAACAAGGAGGAAATGGTCATAGCCACGAAGGAGCAGTTGAAGAGGAGGGATTGCTAATTCCACCTGTTAATTATTCAATGGTGGACAAGGGCGTTTACAGGTCTGGATTCCCCAACATTATCAACTTCCCGTTTCTGGAGACTCTTCATCTGCGCTCAATCATCTATCTTTGCCAGGAG
CCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAATATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGCATCGTACTGGCTGTCTGGT
AGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCAACATTTTATTGAGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTC
AGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCAAGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTG
AGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCATATGAATGTACATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAA

>TRINITY_DN111110_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTGAATTTTGGCTCACGGCATGAAGTCTGAGTTCTTTTTTCAATCGAGGATACTTTAGCCTTGGCCTTTTGTGAGGTTTACAACAATTGTAAATAATGTTGTGCTGTTCTACAAGTCAATTTGATTGAATCTAATGGCCTCACGGCTCCTCAAAATTGTAGCCGTGAATGAACCAATCCCAATCCCATAATGGGAATCC
CCACATTTTGAAAAAACTAAAAGGAATATTATTAAATAACAATAACCACCACTCCCAGATAGGTATATGCAGAACAAGTGAGAAGATCCAGTTCCCTAGATTCCAACCATTACCTTAATCCGAATTTAGATTTCCTCAAAGTCCCTAATTCATTCTCGTGAATCGATACTTAGCTCCAAATTAGAGCAAGATCAAGCAAT
AGAATGGACTACTTAATAAGTATCGAGGCGCATGCATCTTTTCAACGGATCCATCCGAAATTAGCGTGAATATTCATCTGAAGCGTCGCCCAATTGATCGATTCGGCTTCAGAAGCATACCCACTATTCCGAGAGGAACCCAACGAGCTAAATTTATACTGAAGTGGCTAATTATAGGCATATTTTCATATGCGTATTCT
CTCGGGAATGTTGTATCGCCAGGCACTGACAACAGCAATCCAGAAGTACCATTACAGCTAAAAAGCACGGGTGGATCCTGTATTCAACAGAATTTTGTCGTTCTGGTTGATTCCATGAATCTGAGCGGGGCCCTTGCCTGTTGATTCCTGGCAAAATCTTCACAGTGAAATTTGAATTTTGGGTATGATAGACATGATAT
TCCACGAGCTGGACGTCGTCCAACAAGGAGGAAATGGTCATAGCCACGAAGGAGCAGTTGAAGAGGAGGGATTGCTAATTCCACCTGTTAATTATTCAATGGTGGACAAGGGCGTTTACAGGTCTGGATTCCCCAACATTATCAACTTCCCGTTTCTGGAGACTCTTCATCTGCGCTCAATCATCTATCTTTGCCAGGAG
CCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAATATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGgtaggtgattacttgaacgggaaattgcaggtaagctgccatgcattaaatttcagctaggatc
ctttttcatattttattcatactgtgttacagATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGCATCGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCAACATTTTATTG
AGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCA
AGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCATATGAATGTAC
ATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAA

Intron 4 GTAATACTTA ... ATTTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.3	15.3	8	8
A2	33.33	3	0	3
A3	22.86	7	0	4
A4	15.46	19.7	1	6
A5	53.78	5.3	3	8
A6	25.33	37	19	6
A7	28.46	45.3	14	22
A8	17.07	39.3	9	7
A9	28.6	35	11	17
A10	24.92	34.7	13	10

>TRINITY_DN40811_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATTCGTTTTTACTCGGCGTCGGTTTTATCCACGTTGCATTAGGGGAGTCTGATTATAGGTTTTTTTGTTTTTTTGGGTGAAATGATTTCAGCTATCTTTGCCAGGAGCCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAAT
ATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGCATCGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCAAGAGTTGTAGATCA
ACATTTTATTGAGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTACCAGCAATTTACTG
GTTTGAAATCAAGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGTGAATTAGTGTACCA
TATGAATGTACATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAAGTCTATCAATTGCAGGGGATTCTTATTCATATGACAAACTTGCTCAGCTCCATTGACAAATCAATCTTTAACATTCAGGAGACCATTTTTAAATTAAGGCTAATATATATAGGAATGAATAAGATCTTTGT
AAAGACGTTCAATCAGATAGCAAGTATAGAAAATAGTTTCCAGAAATACTTGAATTGGAACTAATTGTTTATAGGATTATGCATGATAAAAAAAATTATATGGTTATG

>TRINITY_DN40811_c0_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATTCGTTTTTACTCGGCGTCGGTTTTATCCACGTTGCATTAGGGGAGTCTGATTATAGGTTTTTTTGTTTTTTTGGGTGAAATGATTTCAGCTATCTTTGCCAGGAGCCGTATCCAGAAGCCAATTTAGAGTTTATAGAGAATCATGGAATTAGGCTCTTTCATTTTGGTATCGAAAGAAACAAGGAACCTTTTGTAAAT
ATACCAGAGGATGTTATACGAGAAGCATTGAAGGTTTTGTTGGGTAGGTGATTACTTGAACGGGAAATTGCAGGTAAGCTGCCATGCATTAAATTTCAGCTAGGATCCTTTTTCATATTTTATTCATACTGTGTTACAGATGTTGGGAATCATCCTGTGCTGATTCATTGCAAGCGAGGAAAGgtaatacttattttgtt
tctatttcatgacatatatgaatcttggttgacttgtaaaatctgtaaaaaattgtcatttccataaatttccaaccctattatggttctcatttgtgcagCATCGTACTGGCTGTCTGGTAGGATGCCTAAGAAGAGTACAGAGTTGGTGCTTATCATCAATTTTTGATGAATACCAGCGATTTGCTGGGTTGAAATCA
AGAGTTGTAGATCAACATTTTATTGAGCTGTTTGACGTATCTAGCTTTAAGCGGTCAAACTGTGTATCAATGTATTTCCATGGTCCTGTGCTGAAATCATAAGTTGGAGCCAAAATTCTTCAGTGCTCAATCATACTGACTGTCTAACAGCTGATGCCTAAGAAGAGTAGAGCTGGTGCTTACGAGTAGTTTTTTATGTA
CCAGCAATTTACTGGTTTGAAATCAAGGGTTGTGAATCAACAGTTTATTGAGCTGTTTGATGCATCTGCCTTTAAGTGTTCAACCTGTGTATTAATGTATTTCCCTGGTCCTTCTGTGCTGAGATCATAAGTTGGAGCCAAAAAATTTCAGTGACTCAATGTTGAGCCATGTCCGGTAAATCTGAAGCATATAAATTTGT
GAATTAGTGTACCATATGAATGTACATCAGATAAAGAGACCATTTGTAATATCAAACTCAGCGCTTTAAGCAATCCATTTTAAGTCTATCAATTGCAGGGGATTCTTATTCATATGACAAACTTGCTCAGCTCCATTGACAAATCAATCTTTAACATTCAGGAGACCATTTTTAAATTAAGGCTAATATATATAGGAATG
AATAAGATCTTTGTAAAGACGTTCAATCAGATAGCAAGTATAGAAAATAGTTTCCAGAAATACTTGAATTGGAACTAATTGTTTATAGGATTATGCATGATAAAAAAAATTATATGGTTATG