sp|Q8VZC9|VPS25_ARATH ----> Vacuolar protein sorting-associated protein 25

Intron 1 GTAAGTTGAT ... TAAATGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.82	46.7	4.7	2
A2	11.44	38.3	4.7	8
A3	18.65	51	12.3	2
A4	23.21	39	11.3	4
A5	25.99	18	6.3	0
A6	13.44	204	31	9
A7	14.56	163.7	27.3	14
A8	13.06	188.7	27.3	12
A9	11.05	151.7	18.7	10
A10	12.47	105.7	14	0

>TRINITY_DN43264_c1_g1_i10 from sample A8 / Example spliced isoform

CACCTCACCAGGTTGGAGGTTTCGAGTTCAGCTTTCAAGTGCTGAGACCAGAGAGAGAGCACAATCGTCGACGGTAAGTTATCCTGCAGTTCCAATCTAGGGCGTCGGTCGAAGCTTTAAACTCACGCGTTTTTTAATTTCTCTCACAGCATCCGGTAATTACCGACGGAGTTTGACAATTTCCCTGACAGACACAATAG
GAGGGACGCAGGCTGGTTTCTTAACAAGAAAAAACAAATGGGGGATTTGAAGCTACCAGACTTCTTCAATTACCCCCCTTACTTCACCTTGCAGCCTGTAAGGGACACTCGGGAAAAGCAAGTGCAGTTGTGGAAGGAGCTGATACTAAACTATTGCAAGCATCATAAGATCTATATTGTTAGTTTAGAAGAAGAATTTC
CTCTGTTTTTTAATCCAGCAATTGATAGAAAATTGAGCTACGAAGCTAAGAAGGTCTTCCTTTCAGCATTAGTTTCCGAAGGTCGAGCTGAATGGCTAGATAAAGGGCAGAAAAAATGTTTAATTCTTTGGCGTCGAATCCAGGATTGGGCTGAGTACATATTAAAATTTGTTCATGAGAATGGCCTGGAAGATGGTGTT
ATGACTCTTGAAGAAATTCGATCTGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGAGCTTGCTGGCATTGATCGCATAGTTTTAATCCGTTCTCTTAAGTTGCTAGAACAACGTGGGAAAGCTGTGATGTTTAAAGGAACATCCACAGACGATGAAGGTGTCAAATTTTCTGCTTAGGGCTCAGCTGCAAGAGCAGTGCTCTGTGTTGT
GGGAATACTAATCTGAATCTTCATGTTCTTTGGTTTCTGTGGAAAGAATAATAATTATATTTTAATTTTGAAGTGTAGTTTTGACATGCAGCAGTGGAACATTTCTCATATCCACTCACATTGTAAATGAATTACAAGCACAGTTATTCTCAGTGTGCTTACAAGATTCACATTGTATTTGTTTACCATTATCATCCAAG
ATTTAATGTTAGA

>TRINITY_DN43264_c1_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCTGAGTACATATTAAAATTTgtaagttgatacatctatcacttaaaaatcaaaggagcacatatttcataggaacaacatttgcaattgccatttttataggttactgaattcttatggtatggcattttgatacaagcatgccatggagcctgttgtattaacaaattatcatatgttcaatatatccaaaggccatg
aattatgttctcctttactgatcgtatttcaataagttgtctctattttttagttattaattttccacaggtaagcagtggatggatttcatatagatccaagttgtttattaacatagttataaccatagccgcaaagatttcattcattaaagctgatgcaaattttttatatgcaatcttgctaggagacggttgtt
ttctgtattgaacaaaacacttgatgaaattttctttttgtgggagatgagaatcctgttcgttttatggaaagaacaaatcatcaagcagtgatgcgttgggcattctttaatatgtgactggtttcctaaattattcattgaacttttgtaaataagtaaattcggaaatcattctgtaaatgtcagGTTCATGAGAA
TGGCCTGGAAGATGGTGTTATGACTCTTGAAGAAATTCGATCTGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGGTTTGCACTCTGCAACATGTTCAAGGATGAGAAAACTGTTATTTTATTTTTTGTTGATGTATTGGTCGACAGCTACTTACTATTTAATTAAATGGCTACAGAGCTTGCTGGCATTGATCGCATAGTTTTAATCCG
TTCTCTTAAGTTGCTAGAACAACGTGGGAAAGCTGTGATGTTTAAAGGAACATCCACAGACGATGAAGGTGTCAAATTTTCTGCTTAGGGCTCAGCTGCAAGAGCAGTGCTCTGTGTTGTGGGAATACTAATCTGAATCTTCATGTTCTTTGGTTTCTGTGGAAAGAATAATAATTATATTTTAATTTTGAAGTGTAGTT
TTGACATGCAGCAGTGGAACATTTCTCATATCCACTCACATTGTAAATGAATTACAAGCACAGTTATTCTCAGTGTGCTTACAAGATTCACATTGTATTTGTTTACCATTATCATCCAAGATTTAATGTTAGA

Intron 2 GTAAGTTGAT ... ATCTTGCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.29	3	0	1
A2	30.43	8	0	7
A3	14.29	18	1	5
A4	28	9	6	1
A5	23.08	5	3	0
A6	4.17	46	1	3
A7	4.11	35	2	1
A8	4.65	41	0	4
A9	1.82	27	0	1
A10	0	24	0	0

>TRINITY_DN43264_c1_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

ATTATAATATGTATTAATAATGGTATACATAAATGTTGCTAACATGATGAAGTATAACTTTATTAACTTTGAATGTTATTCTGGTGTCATGATTTCTATGAGCATCATCACGGGTTTTGTTGTGTAGGTTGTTATTTGTATTAAGTTGTTCACCATCTATCAAAAGATAGGAACCAGTACTGAGTCAGTGATATTTTTCT
ACTACCTATGGCAATGTAATTATCATTTCAATGATTGTAGAAGTTAAAAAATAAAAAAAGAGAGGTATCTCGCAATAGTTTGAAGTTCATGTGAAGTGTGGAACCATGTGTCTTGTTCATAATTATGTTTTACTTTCTTTAGTGCATGTCATGTCTTCCTTTTGGGACAGTCCAATTGAGGGGACATGCTTAGAAGATGA
AGCACGCATTTAGTTTTCATATCACAGTTCTAAAGCTCTATTTCCTTTTCTGCATTGATGGTTTCATTGAACAGGAAAATTGAGCTACGAAGCTAAGAAGGTCTTCCTTTCAGCATTAGTTTCCGAAGGTCGAGCTGAATGGCTAGATAAAGGGCAGAAAAAATGTTTAATTCTTTGGCGTCGAATCCAGGATTGGGCTG
AGTACATATTAAAATTTGAGACGGTTGTTTTCTGTATTGAACAAAACACTTGATGAAATTTTCTTTTTGTGGGAGATGAGAATCCTGTTCGTTTTATGGAAAGAACAAATCATCAAGCAGTGATGCGTTGGGCATTCTTTAATATGTGACTGGTTTCCTAAATTATTCATTGAACTTTTGTAAATAAGTAAATTCGGAAA
TCATTCTGTAAATGTCAGGTTCATGAGAATGGCCTGGAAGATGGTGTTATGACTCTTGAAGAAATTCGATCTGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGGTTTGCACTCTGCAACATGTTCAAGGATGAGAAAACTGTTATTTTATTTTTTGTTGATGTATTGGTCGACAGCTACTTACTATTTAATTAAATGGCTACAGAGCTT
GCTGGCATTGATCGCATAGTTTTAATCCGTTCTCTTAAGTTGCTAGAACAACGTGGGAAAGCTGTGATGTTTAAAGGAACATCCACAGACGATGAAGGTGTCAAATTTTCTGCTTAGGGCTCAGCTGCAAGAGCAGTGCTCTGTGTTGTGGGAATACTAATCTGAATCTTCATGTTCTTTGGTTTCTGTGGAAAGAATAA
TAATTATATTTTAATTTTGAAGTGTAGTTTTGACATGCAGCAGTGGAACATTTCTCATATCCACTCACATTGTAAATGAATTACAAGCACAGTTATTCTCAGTGTGCTTACAAGATTCACATTGTATTTGTTTACCATTATCATCCAAGATTTAATGTTAGA

>TRINITY_DN43264_c1_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCTGAGTACATATTAAAATTTgtaagttgatacatctatcacttaaaaatcaaaggagcacatatttcataggaacaacatttgcaattgccatttttataggttactgaattcttatggtatggcattttgatacaagcatgccatggagcctgttgtattaacaaattatcatatgttcaatatatccaaaggccatg
aattatgttctcctttactgatcgtatttcaataagttgtctctattttttagttattaattttccacaggtaagcagtggatggatttcatatagatccaagttgtttattaacatagttataaccatagccgcaaagatttcattcattaaagctgatgcaaattttttatatgcaatcttgctagGAGACGGTTGTT
TTCTGTATTGAACAAAACACTTGATGAAATTTTCTTTTTGTGGGAGATGAGAATCCTGTTCGTTTTATGGAAAGAACAAATCATCAAGCAGTGATGCGTTGGGCATTCTTTAATATGTGACTGGTTTCCTAAATTATTCATTGAACTTTTGTAAATAAGTAAATTCGGAAATCATTCTGTAAATGTCAGGTTCATGAGAA
TGGCCTGGAAGATGGTGTTATGACTCTTGAAGAAATTCGATCTGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGGTTTGCACTCTGCAACATGTTCAAGGATGAGAAAACTGTTATTTTATTTTTTGTTGATGTATTGGTCGACAGCTACTTACTATTTAATTAAATGGCTACAGAGCTTGCTGGCATTGATCGCATAGTTTTAATCCG
TTCTCTTAAGTTGCTAGAACAACGTGGGAAAGCTGTGATGTTTAAAGGAACATCCACAGACGATGAAGGTGTCAAATTTTCTGCTTAGGGCTCAGCTGCAAGAGCAGTGCTCTGTGTTGTGGGAATACTAATCTGAATCTTCATGTTCTTTGGTTTCTGTGGAAAGAATAATAATTATATTTTAATTTTGAAGTGTAGTT
TTGACATGCAGCAGTGGAACATTTCTCATATCCACTCACATTGTAAATGAATTACAAGCACAGTTATTCTCAGTGTGCTTACAAGATTCACATTGTATTTGTTTACCATTATCATCCAAGATTTAATGTTAGA

Intron 3 GTTTGCACTC ... ATGGCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.45	48.2	18.6	20
A2	21.57	50.9	9.2	14
A3	24.57	58.5	7.5	19
A4	21.42	62.5	6.7	17
A5	0	9.9	2	0
A6	19.24	277.2	40.1	66
A7	19.69	212.4	36.2	52
A8	18.29	219.3	26.6	49
A9	22.13	218.4	37.5	62
A10	18.36	177.7	15.3	39.9

>TRINITY_DN122493_c3_g6_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCCAATTTAAACATCGGTTTGCCTAGTGTTAAAGAACAATTAAGACAAAATCGCAGAAAAAATCAATTATCCTCCAATTTAAACAGTGGTTTGCCACGGCACGGGCCAACGAACCAGTTTGCCACGAATCGGTTTGTCGCGCACCTCACCAGGTTGGAGGTTTCGAGTTCAGCTTTCAAGTGCTGAGACCAGAGAGAGA
GCACAATCGTCGACGGAGTTTGACAATTTCCCTGACAGACACAATAGGAGGGACGCAGGCTGGTTTCTTAACAAGAAAAAACAAATGGGGGATTTGAAGCTACCAGACTTCTTCAATTACCCCCCTTACTTCACCTTGCAGCCTGTAAGGGACACTCGGGAAAAGCAAGTGCAGTTGTGGAAGGAGCTGATACTAAACTA
TTGCAAGCATCATAAGATCTATATTGTTAGTTTAGAAGAAGAATTTCCTCTGTTTTTTAATCCAGCAATTGATAGAAAATTGAGCTACGAAGCTAAGAAGGTCTTCCTTTCAGCATTAGTTTCCGAAGGTCGAGCTGAATGGCTAGATAAAGGGCAGAAAAAATGTTTAATTCTTTGGCGTCGAATCCAGGATTGGGCTG
AGTACATATTAAAATTTGTTCATGAGAATGGCCTGGAAGATGGTGTTATGACTCTTGAAGAAATTCGATCTGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGAGCTTGCTGGCATTGATCGCATAGTTTTAATCCGTTCTCTTAAGTTGCTAGAACAACGTGGGAAAGCTGTGATGTTTAAAGGAACATCCACAGACGATGAAGGTGTC
AAATTTTCTGCTTAGGGCTCAGCTGCAAGAGCAGTGCTCTGTGTTGTGGGAATACTAATCTGAATCTTCATGTTCTTTGGTTTCTGTGGAAAGAATAATAATTATATTTTAATTTTGAAGTGTAGTTTTGACATGCAGCAGTGGAACATTTCTCATATCCACTCACATTGTAAATGAATTACAAGCACAGTTATTCTCAG
TGTGCTTACAAGATTCACATTGTATTTGTTTACCATTATCATCC

>TRINITY_DN122493_c3_g6_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCCAATTTAAACATCGGTTTGCCTAGTGTTAAAGAACAATTAAGACAAAATCGCAGAAAAAATCAATTATCCTCCAATTTAAACAGTGGTTTGCCACGGCACGGGCCAACGAACCAGTTTGCCACGAATCGGTTTGTCGCGCACCTCACCAGGTTGGAGGTTTCGAGTTCAGCTTTCAAGTGCTGAGACCAGAGAGAGA
GCACAATCGTCGACGGAGTTTGACAATTTCCCTGACAGACACAATAGGAGGGACGCAGGCTGGTTTCTTAACAAGAAAAAACAAATGGGGGATTTGAAGCTACCAGACTTCTTCAATTACCCCCCTTACTTCACCTTGCAGCCTGTAAGGGACACTCGGGAAAAGCAAGTGCAGTTGTGGAAGGAGCTGATACTAAACTA
TTGCAAGCATCATAAGATCTATATTGTTAGTTTAGAAGAAGAATTTCCTCTGTTTTTTAATCCAGCAATTGATAGAAAATTGAGCTACGAAGCTAAGAAGGTCTTCCTTTCAGCATTAGTTTCCGAAGGTCGAGCTGAATGGCTAGATAAAGGGCAGAAAAAATGTTTAATTCTTTGGCGTCGAATCCAGGATTGGGCTG
AGTACATATTAAAATTTGTTCATGAGAATGGCCTGGAAGATGGTGTTATGACTCTTGAAGAAATTCGATCTGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGgtttgcactctgcaacatgttcaaggatgagaaaactgttattttattttttgttgatgtattggtcgacagctacttactatttaattaaatggctacagAGCTTG

CTGGCATTGATCGCATAGTTTTAATCCGTTCTCTTAAGTTGCTAGAACAACGTGGGAAAGCTGTGATGTTTAAAGGAACATCCACAGACGATGAAGGTGTCAAATTTTCTGCTTAGGGCTCAGCTGCAAGAGCAGTGCTCTGTGTTGTGGGAATACTAATCTGAATCTTCATGTTCTTTGGTTTCTGTGGAAAGAATAAT
AATTATATTTTAATTTTGAAGTGTAGTTTTGACATGCAGCAGTGGAACATTTCTCATATCCACTCACATTGTAAATGAATTACAAGCACAGTTATTCTCAGTGTGCTTACAAGATTCACATTGTATTTGTTTACCATTATCATCC