sp|P55876|IF5_MAIZE ----> Eukaryotic translation initiation factor 5

Intron 1 GTATGTGATC ... AATGGTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.17	445.7	1	220
A2	26.17	459	1	160
A3	32.24	523.3	1	245
A4	27.85	454.3	3.3	173
A5	31.35	308.3	2.3	139
A6	28.81	121.7	0	48
A7	33.58	510	2	254
A8	31.74	156	2.3	72
A9	30.71	515.3	1.7	225
A10	32.32	612	0.7	289

>TRINITY_DN121999_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

ACCTTTCCAGTCGGTAAACCTTGTCACGTAACACCAGGATCGGGTTAAAAAATAATCGGGGTTCGTTCCCCGGTTAGGTATTTGGCGATCCCTCTGGATGCCTCGGCGTTCCATTTTCCACCATTGTCTCTAGCAGCGCCGTGCAAACTTATAAAGATAGCGCCTCTATAAATACAAGGCCTCTGAATTTATTATCTTCC
AACGCTTGCTAGCGGGAGTTTCAGTTTCTGTAAGTTCAGGGCTTCTTTTCGGAAGGGTTTAAAGTGCTAATCAATCTTTGTTGTGAACGACTTCTTCTGAACAAGTACAGGCGACACTCAATTTTATATCCTCAGCAAACTCTACATTCATTGCAGTTTTACATGTGAAATCCGTGAAATCTATGACGTTATTTCCAAAT
TCAGGTCCCGAAATTTGATCAAGGCGAAGCCTATTGGTTGTCAATTGCATTAAAAGTGGAGGGTGTACAGGTTGAATATTCTTTTATGTCTGTAGCCGTTTGTTCATATTTGGGACTGATTGGGCTGCTTGGAGAGTACTGTCCTACATCGAAGAAAAAGAATAAACAACTTCGTCCTCGTGGCAGAAAGGTTTGGCTGT
ATGCAGCTAAATCCAAGTCAGAAGTTGAGGTTGATTTGGGTTTGCAGTTGGATCCACCCATTTTTCCATGTTATAGGTGGAGTGTTAAAACATCATAGACAAAGTCCCTCTGCCTGGCAGGCATTTGGTGGCTTTTTGATATCTTATCTGGTCTCTACCTCTGGATATTAACGGTTCTTCAAAATCCTCTACTTTTACTC
TTGGCTTCCAGTTAATCACTAATTAGAAAAAATGGCTCTTCTAAATATTGGTGAGGGCAACAGGGATGATGCTTTTTACAGGTATAAGATGCCTAAGATGATGACAAAAATTGAGGGACGGGGTAATGGCATAAAGACAAATCTTGTCAATATGGTAGATGTGGCTAAAGCCCTTGCCAGACCCCCTTCTTATACAACAA
AGTATTTTGGTTGTGAACTTGGTGCACAATCAAAGTTCGATGAAAAAACTGGGATTGCTCTTGTTAACGGTTCTCATGATAATTCAAAACTTGTAGCTCTTTTGGAGATTTTTATTAAGAAGTATGTGCAATGCTATGGATGTGGCAATCCCGAGACAGAGATCCTTATTTCAAAAACACAGATGATTTCACTGAAGTGT
GCTGCATGTGGATATATTTCGGATGTAGATATGAGGGATAAGTTGACTACTTTTATTTTGAAGAATCCGCCAGAGCAGAAGAAGGGAGGCAAAGATAAGAAGGCCATGAGAAGAGCCGAAAAGGAACGCTTGAAAGCAGGAGAAGCTATGGACGAAGAAAACAAGAAAGTCAAGAAAGAGTCCAAGAAGAAAGGCCAAGA
GGTTGCGTCCAAAATTTCCAAGAAGAAAAGTAGTTCTGACGAGGACCGTTCACCTCCTGGAAGCCACGTTGATGAAAACGAGGAACCGGATGAAGATGACGATGAAGTGCAATGGCAGACTGACACTTCTATTGAGGCTGCACAGAAGCGAATCAAAGAGCAGTTGACTTCTGCTACAAGTGAAATGGTTATGTTGGAGA
TACCTGGTGAACAAAAATCTAAGCCAACAAAGAAGTCTTCTGTGAAGAATGAAAAGGTTGAGGTTGATAAAAAGTCCGAAGCTGAAAACGATGATCAAGTATCTGAGAAGCCCGTTAAAAAAGATGCAGAGGAGGAAACCGTTCTTTGTAAATTGAATACAATGAGCATTCACGATGAGCTTGTTCTTGTTTTCAAGGAC
CGTTTGAAGACTGGAGATGCTCCTGGACAACTAAAATCCTACATGCAATCGTTAAATGGTTCTTCACAGGAAATCATGAATGCCTATTTTGAAGCTCTTTTCGAGGGTGTTGGGAAAGGATTTTCAAGAGAGGCAGCTAGGAAGAAAGGCTATTTATCTGGAGTTGTAAAAGATGAAAATTCACAGTCGATGCTGCTTGG
TGCTATTGAAGCATTTTGTAACCATGCGCGTCCTGAAGCAGTCAAGGAGGTTGCTTTAGTTCTTAAATGTCTATATGATGAGGACATCTTGGAGGAAGACATCATTTTCCGATGGTATGATAAACGTTCAGCTGGAAACAACACAACACAGATATGGAAAAAGGTCAAGCCATTTGTTGAATGGCTGAAGAGTGCTGAGG
CCGAGTCGGATGAGGAATAAAATTTTTATCCTCTTTAGACAGTTACTTGCATTCTAGGAAACTGATAAGACTGCGATGAATTTAAGATTCTCTCAACAATGATGTGGAGACTATGATTATCATGATTTTCAGTATTTGGTGTCTTATCGTGACTGATATCTACATTCATGTATTTTCAGTGTTTGGGGTTGAATAGATGG
AAAATTATTGTTATGGTTGAAGTGTGTGCTTATCTACATTTCCTACATCTCACTAATGAATTGTTTATTATTAATGTATTTCTAGTTGTAGGTCAT

>TRINITY_DN121999_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAATCCGTGAAATCTATGACGTTgtatgtgatcccttttgttgctttttaatgttcgatttctttataatatcctttgtgatttatactgagttgtacttttaggttcttataattttagctaatctttctctgcacttccaatggtccagATTTCCAAATTCAGGTCCCGAAATTTGATCAAGGCGAAGCCTATTGGTT
GTCAATTGCATTAAAAGTGGAGGGTGTACAGGTTGAATATTCTTTTATGTCTGTAGCCGTTTGTTCATATTTGGGACTGATTGGGCTGCTTGGAGAGTACTGTCCTACATCGAAGAAAAAGAATAAACAACTTCGTCCTCGTGGCAGAAAGGTTTGGCTGTATGCAGCTAAATCCAAGTCAGAAGTTGAGGTTGATTTGG
GTTTGCAGTTGGATCCACCCATTTTTCCATGTTATAGGTGGAGTGTTAAAACATCATAGACAAAGTCCCTCTGCCTGGCAGGCATTTGGTGGCTTTTTGATATCTTATCTGGTCTCTACCTCTGGATATTAACGGTTCTTCAAAATCCTCTACTTTTACTCTTGGCTTCCAGTTAATCACTAATTAGAAAAAATGGCTCT
TCTAAATATTGGTGAGGGCAACAGGGATGATGCTTTTTACAGGTATAAGATGCCTAAGATGATGACAAAAATTGAGGGACGGGGTAATGGCATAAAGACAAATCTTGTCAATATGGTAGATGTGGCTAAAGCCCTTGCCAGACCCCCTTCTTATACAACAAAGTATTTTGGTTGTGAACTTGGTGCACAATCAAAGTTCG
ATGAAAAAACTGGGATTGCTCTTGTTAACGGTTCTCATGATAATTCAAAACTTGTAGCTCTTTTGGAGATTTTTATTAAGAAGTATGTGCAATGCTATGGATGTGGCAATCCCGAGACAGAGATCCTTATTTCAAAAACACAGATGATTTCACTGAAGTGTGCTGCATGTGGATATATTTCGGATGTAGATATGAGGGAT
AAGTTGACTACTTTTATTTTGAAGAATCCGCCAGAGCAGAAGAAGGGAGGCAAAGATAAGAAGGCCATGAGAAGAGCCGAAAAGGAACGCTTGAAAGCAGGAGAAGCTATGGACGAAGAAAACAAGAAAGTCAAGAAAGAGTCCAAGAAGAAAGGCCAAGAGGTTGCGTCCAAAATTTCCAAGAAGAAAAGTAGTTCTGA
CGAGGACCGTTCACCTCCTGGAAGCCACGTTGATGAAAACGAGGAACCGGATGAAGATGACGATGAAGTGCAATGGCAGACTGACACTTCTATTGAGGCTGCACAGAAGCGAATCAAAGAGCAGTTGACTTCTGCTACAAGTGAAATGGTTATGTTGGAGATACCTGGTGAACAAAAATCTAAGCCAACAAAGAAGTCTT
CTGTGAAGAATGAAAAGGTTGAGGTTGATAAAAAGTCCGAAGCTGAAAACGATGATCAAGTATCTGAGAAGCCCGTTAAAAAAGATGCAGAGGAGGAAACCGTTCTTTGTAAATTGAATACAATGAGCATTCACGATGAGCTTGTTCTTGTTTTCAAGGACCGTTTGAAGACTGGAGATGCTCCTGGACAACTAAAATCC
TACATGCAATCGTTAAATGGTTCTTCACAGGAAATCATGAATGCCTATTTTGAAGCTCTTTTCGAGGGTGTTGGGAAAGGATTTTCAAGAGAGGCAGCTAGGAAGAAAGGCTATTTATCTGGAGTTGTAAAAGATGAAAATTCACAGTCGATGCTGCTTGGTGCTATTGAAGCATTTTGTAACCATGCGCGTCCTGAAGC
AGTCAAGGAGGTTGCTTTAGTTCTTAAATGTCTATATGATGAGGACATCTTGGAGGAAGACATCATTTTCCGATGGTATGATAAACGTTCAGCTGGAAACAACACAACACAGATATGGAAAAAGGTCAAGCCATTTGTTGAATGGCTGAAGAGTGCTGAGGCCGAGTCGGATGAGGAATAAAATTTTTATCCTCTTTAGA
CAGTTACTTGCATTCTAGGAAACTGATAAGACTGCGATGAATTTAAGATTCTCTCAACAATGATGTGGAGACTATGATTATCATGATTTTCAGTATTTGGTGTCTTATCGTGACTGATATCTACATTCATGTATTTTCAGTGTTTGGGGTTGAATAGATGGAAAATTATTGTTATGGTTGAAGTGTGTGCTTATCTACAT
TTCCTACATCTCACTAATGAATTGTTTATTATTAATGTATTTCTAGTTGTAGGTCAT